www/common/annotations/inherit.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
927 13 Jul 05 nicklas 1 <%-- $Id$
927 13 Jul 05 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
3675 16 Aug 07 jari 3   Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
5425 23 Sep 10 nicklas 4   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
3675 16 Aug 07 jari 5   Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
927 13 Jul 05 nicklas 6
2304 22 May 06 jari 7   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 8   Available at http://base.thep.lu.se/
927 13 Jul 05 nicklas 9
927 13 Jul 05 nicklas 10   BASE is free software; you can redistribute it and/or
927 13 Jul 05 nicklas 11   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 12   as published by the Free Software Foundation; either version 3
927 13 Jul 05 nicklas 13   of the License, or (at your option) any later version.
927 13 Jul 05 nicklas 14
927 13 Jul 05 nicklas 15   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
927 13 Jul 05 nicklas 16   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
927 13 Jul 05 nicklas 17   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
927 13 Jul 05 nicklas 18   GNU General Public License for more details.
927 13 Jul 05 nicklas 19
927 13 Jul 05 nicklas 20   You should have received a copy of the GNU General Public License
4510 11 Sep 08 jari 21   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
927 13 Jul 05 nicklas 22   ------------------------------------------------------------------
927 13 Jul 05 nicklas 23
927 13 Jul 05 nicklas 24   This page is used to display and modify the attributes of
927 13 Jul 05 nicklas 25   the of a news item
927 13 Jul 05 nicklas 26
927 13 Jul 05 nicklas 27   @author Nicklas
927 13 Jul 05 nicklas 28   @version 2.0
927 13 Jul 05 nicklas 29 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 30 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
2166 19 Apr 06 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
2166 19 Apr 06 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
2166 19 Apr 06 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.Item"
2166 19 Apr 06 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.Type"
2166 19 Apr 06 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.BasicItem"
2166 19 Apr 06 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.Permission"
2166 19 Apr 06 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.Annotatable"
2166 19 Apr 06 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
2166 19 Apr 06 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.Annotation"
4131 08 Feb 08 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
5642 26 May 11 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
5749 19 Sep 11 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay"
5749 19 Sep 11 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.Extract"
5965 16 Feb 12 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
2166 19 Apr 06 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
2166 19 Apr 06 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.Include"
2166 19 Apr 06 nicklas 47   import="net.sf.basedb.core.Nameable"
2166 19 Apr 06 nicklas 48   import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
2166 19 Apr 06 nicklas 49   import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
2166 19 Apr 06 nicklas 50   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
6091 24 Aug 12 nicklas 51   import="net.sf.basedb.util.AnnotationUtil"
6091 24 Aug 12 nicklas 52   import="net.sf.basedb.core.Subtypable"
2166 19 Apr 06 nicklas 53   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
2166 19 Apr 06 nicklas 54   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
6737 13 Feb 15 nicklas 55   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
6737 13 Feb 15 nicklas 56   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
2166 19 Apr 06 nicklas 57   import="net.sf.basedb.util.Tree"
2166 19 Apr 06 nicklas 58   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
2229 10 May 06 nicklas 59   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
2166 19 Apr 06 nicklas 60   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
2753 20 Oct 06 nicklas 61   import="net.sf.basedb.util.Values"
2942 22 Nov 06 nicklas 62   import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
2942 22 Nov 06 nicklas 63   import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
2166 19 Apr 06 nicklas 64   import="java.util.List"
2166 19 Apr 06 nicklas 65   import="java.util.Set"
2166 19 Apr 06 nicklas 66   import="java.util.HashSet"
2166 19 Apr 06 nicklas 67   import="java.util.Map"
2166 19 Apr 06 nicklas 68   import="java.util.HashMap"
6384 18 Dec 13 nicklas 69   import="org.json.simple.JSONArray"
6384 18 Dec 13 nicklas 70   import="org.json.simple.JSONObject"
927 13 Jul 05 nicklas 71 %>
927 13 Jul 05 nicklas 72 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
2166 19 Apr 06 nicklas 73 <%!
6091 24 Aug 12 nicklas 74 private void loadParents(DbControl dc, Set<AnnotationSet> parentAnnotations, Set<Annotatable> parentItems, Annotatable current)
2166 19 Apr 06 nicklas 75 {
6091 24 Aug 12 nicklas 76   Set<Annotatable> parents = AnnotationUtil.getAllAnnotatableParentItems(dc, current, null);
6091 24 Aug 12 nicklas 77   for (Annotatable parent : parents)
6091 24 Aug 12 nicklas 78   {
6091 24 Aug 12 nicklas 79     if (parent != null && parentItems.add(parent))
6091 24 Aug 12 nicklas 80     {
6091 24 Aug 12 nicklas 81       if (parent.hasPermission(Permission.USE) && parent.isAnnotated())
6091 24 Aug 12 nicklas 82       {
6091 24 Aug 12 nicklas 83         parentAnnotations.add(parent.getAnnotationSet());
6091 24 Aug 12 nicklas 84       }
6091 24 Aug 12 nicklas 85     }
6091 24 Aug 12 nicklas 86   }
2166 19 Apr 06 nicklas 87 }
927 13 Jul 05 nicklas 88
6912 20 May 15 nicklas 89 JSONArray generateJoustTree(Set<AnnotationSet> parentAnnotations, Set<AnnotationSet> nonParents, Set<Annotation> inheritedAnnotations)
2166 19 Apr 06 nicklas 90 {
2173 21 Apr 06 nicklas 91   String itemIcon = "Annotatable";
2173 21 Apr 06 nicklas 92   String annotationIcon = "Annotation";
2883 09 Nov 06 nicklas 93   String parameterIcon = "Parameter";
3051 08 Jan 07 nicklas 94   String nonParentIcon = "NonParent";
6384 18 Dec 13 nicklas 95   JSONArray json = new JSONArray();
2166 19 Apr 06 nicklas 96   
2166 19 Apr 06 nicklas 97   for (AnnotationSet as : parentAnnotations)
2166 19 Apr 06 nicklas 98   {
2166 19 Apr 06 nicklas 99     Annotatable item = null;
5965 16 Feb 12 nicklas 100     String itemType = as.getItemType().toString();
2166 19 Apr 06 nicklas 101     try
2166 19 Apr 06 nicklas 102     {
2166 19 Apr 06 nicklas 103       item = as.getItem();
2166 19 Apr 06 nicklas 104     }
2166 19 Apr 06 nicklas 105     catch (PermissionDeniedException ex)
2166 19 Apr 06 nicklas 106     {}
5965 16 Feb 12 nicklas 107     if (item instanceof Subtypable)
5965 16 Feb 12 nicklas 108     {
5965 16 Feb 12 nicklas 109       try
5965 16 Feb 12 nicklas 110       {
5965 16 Feb 12 nicklas 111         ItemSubtype subtype = ((Subtypable)item).getItemSubtype();
5965 16 Feb 12 nicklas 112         if (subtype != null) itemType = subtype.getName();
5965 16 Feb 12 nicklas 113       }
5965 16 Feb 12 nicklas 114       catch (PermissionDeniedException ex)
5965 16 Feb 12 nicklas 115       {}
5965 16 Feb 12 nicklas 116     }
2166 19 Apr 06 nicklas 117     
3051 08 Jan 07 nicklas 118     String icon = nonParents.contains(as) ? nonParentIcon : itemIcon;
3051 08 Jan 07 nicklas 119     
6384 18 Dec 13 nicklas 120     String joustId = "as-"+as.getId();
2166 19 Apr 06 nicklas 121     String input = "<input type=\"checkbox\""+
6912 20 May 15 nicklas 122       " name=\""+joustId+"\">";
2166 19 Apr 06 nicklas 123     String name = item == null ? "<i>- denied -</i>" : 
6384 18 Dec 13 nicklas 124       HTML.encodeTags(((Nameable)item).getName()) + " <span class=\"itemsubtype\">(" + itemType + ")</span>";
6384 18 Dec 13 nicklas 125     
6947 08 Sep 15 nicklas 126     ItemQuery<Annotation> query = as.getAnnotations(Annotation.Source.PRIMARY);
6737 13 Feb 15 nicklas 127     query.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("annotationType.disableInheritance"), Expressions.bool(false)));
6737 13 Feb 15 nicklas 128     List<Annotation> annotations = query.list(as.getDbControl());
6912 20 May 15 nicklas 129     if (annotations.size() == 0) continue; // With the next AnnotationSet/item
6737 13 Feb 15 nicklas 130       
6947 08 Sep 15 nicklas 131     JSONObject jsonJoust = null;
2166 19 Apr 06 nicklas 132
2942 22 Nov 06 nicklas 133     SessionControl sc = as.getSessionControl();
2166 19 Apr 06 nicklas 134     for (Annotation a : annotations)
2166 19 Apr 06 nicklas 135     {
7605 26 Feb 19 nicklas 136       Formatter<Object> formatter = FormatterFactory.getAnnotationFormatter(sc, a, null);
2217 05 May 06 nicklas 137       boolean inherited = inheritedAnnotations != null && inheritedAnnotations.contains(a);
6947 08 Sep 15 nicklas 138       if (inherited) continue;
6947 08 Sep 15 nicklas 139       
6947 08 Sep 15 nicklas 140       if (jsonJoust == null)
6947 08 Sep 15 nicklas 141       {
6947 08 Sep 15 nicklas 142         jsonJoust = newJoustEntry(null, icon, input+name, joustId);
6947 08 Sep 15 nicklas 143         jsonJoust.put("isOpen", 1);
6947 08 Sep 15 nicklas 144         jsonJoust.put("type", "annotation-set");
6947 08 Sep 15 nicklas 145         jsonJoust.put("externalId", as.getId());
6947 08 Sep 15 nicklas 146         json.add(jsonJoust);
6947 08 Sep 15 nicklas 147       }
6947 08 Sep 15 nicklas 148       
6037 29 Mar 12 nicklas 149       AnnotationType at = a.getAnnotationType();
6037 29 Mar 12 nicklas 150       String annotationName = at.getName();
6037 29 Mar 12 nicklas 151       boolean isParameter = at.isProtocolParameter();
6037 29 Mar 12 nicklas 152
6384 18 Dec 13 nicklas 153       joustId = "a-"+a.getId();
4547 26 Sep 08 nicklas 154       String values = Values.getString(a.getValues(null), ", ", true, formatter);
6384 18 Dec 13 nicklas 155       name = HTML.encodeTags(annotationName +
2166 19 Apr 06 nicklas 156         " [" + Values.trimString(values, 20)+"]");
2166 19 Apr 06 nicklas 157       input = "<input type=\"checkbox\""+
6384 18 Dec 13 nicklas 158         " name=\""+joustId+"\""+
6912 20 May 15 nicklas 159         (inherited ? " checked" : "")+
2166 19 Apr 06 nicklas 160         ">";
6384 18 Dec 13 nicklas 161       
6384 18 Dec 13 nicklas 162       JSONObject jsonAnnotation = newJoustEntry(jsonJoust, isParameter ? parameterIcon : annotationIcon, input+name, joustId);
6384 18 Dec 13 nicklas 163       jsonAnnotation.put("type", "annotation");
6384 18 Dec 13 nicklas 164       jsonAnnotation.put("externalId", a.getId());
6384 18 Dec 13 nicklas 165       jsonAnnotation.put("annotationType", HTML.encodeTags(annotationName));
6384 18 Dec 13 nicklas 166       jsonAnnotation.put("values", HTML.encodeTags(values));
6384 18 Dec 13 nicklas 167       jsonAnnotation.put("inherited", inherited ? 1 : 0);
6912 20 May 15 nicklas 168       jsonAnnotation.put("modified", 0);
2166 19 Apr 06 nicklas 169     }
2166 19 Apr 06 nicklas 170   }
6384 18 Dec 13 nicklas 171   return json;
2166 19 Apr 06 nicklas 172 }
6384 18 Dec 13 nicklas 173
6384 18 Dec 13 nicklas 174 JSONObject newJoustEntry(JSONObject jsonParent, String icon, String text, String id)
6384 18 Dec 13 nicklas 175 {
6384 18 Dec 13 nicklas 176   JSONObject jsonJoust = new JSONObject();
6384 18 Dec 13 nicklas 177   jsonJoust.put("icon", icon);
6384 18 Dec 13 nicklas 178   jsonJoust.put("text", text);
6384 18 Dec 13 nicklas 179   jsonJoust.put("id", id);
6384 18 Dec 13 nicklas 180   if (jsonParent != null)
6384 18 Dec 13 nicklas 181   {
6384 18 Dec 13 nicklas 182     JSONArray jsonChildren = (JSONArray)jsonParent.get("children");
6384 18 Dec 13 nicklas 183     if (jsonChildren == null)
6384 18 Dec 13 nicklas 184     {
6384 18 Dec 13 nicklas 185       jsonChildren = new JSONArray();
6384 18 Dec 13 nicklas 186       jsonParent.put("children", jsonChildren);
6384 18 Dec 13 nicklas 187     }
6384 18 Dec 13 nicklas 188     jsonChildren.add(jsonJoust);
6384 18 Dec 13 nicklas 189   }
6384 18 Dec 13 nicklas 190   return jsonJoust;
6384 18 Dec 13 nicklas 191 }
2166 19 Apr 06 nicklas 192 %>
2166 19 Apr 06 nicklas 193 <%
2166 19 Apr 06 nicklas 194 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
2166 19 Apr 06 nicklas 195 final String ID = sc.getId();
2166 19 Apr 06 nicklas 196 final float scale = Base.getScale(sc);
2166 19 Apr 06 nicklas 197 final Item itemType = Item.valueOf(request.getParameter("item_type"));
2166 19 Apr 06 nicklas 198 final int itemId = Values.getInt(request.getParameter("item_id"));
2166 19 Apr 06 nicklas 199
6947 08 Sep 15 nicklas 200 //final boolean standalone = Values.getBoolean(request.getParameter("standalone"));
6947 08 Sep 15 nicklas 201
7954 12 May 21 nicklas 202 final DbControl dc = sc.newDbControl(":Inherit annotations");
2166 19 Apr 06 nicklas 203 ItemResultList<AnnotationType> annotationTypes = null;
2166 19 Apr 06 nicklas 204 try
2166 19 Apr 06 nicklas 205 {
2166 19 Apr 06 nicklas 206   final Annotatable item = itemId == 0 ? null : (Annotatable)itemType.getById(dc, itemId);
5749 19 Sep 11 nicklas 207   Set<AnnotationSet> parentAnnotations = new java.util.LinkedHashSet<AnnotationSet>();
2584 24 Aug 06 nicklas 208   Set<Annotatable> parentItems = new HashSet<Annotatable>();
3051 08 Jan 07 nicklas 209   Set<AnnotationSet> nonParents = new HashSet<AnnotationSet>();
2584 24 Aug 06 nicklas 210
2584 24 Aug 06 nicklas 211   if (item != null)
2584 24 Aug 06 nicklas 212   {
2584 24 Aug 06 nicklas 213     // Get all annotated parents and their annotation sets
6091 24 Aug 12 nicklas 214     loadParents(dc, parentAnnotations, parentItems, item);
2584 24 Aug 06 nicklas 215   }
6947 08 Sep 15 nicklas 216
3045 20 Dec 06 nicklas 217   String title = "Inherit annotations to " + 
3045 20 Dec 06 nicklas 218     HTML.encodeTags((item instanceof Nameable ? ((Nameable)item).getName() : 
3045 20 Dec 06 nicklas 219     (item == null ? " new item" : item.toString())));
3045 20 Dec 06 nicklas 220
2584 24 Aug 06 nicklas 221   // Parent items may have been submitted by caller
2584 24 Aug 06 nicklas 222   String[] parents = request.getParameterValues("parents");
2584 24 Aug 06 nicklas 223   // Each parameter is ITEMTYPE:ID:ID:...
2584 24 Aug 06 nicklas 224   if (parents != null)
2229 10 May 06 nicklas 225   {
2584 24 Aug 06 nicklas 226     for (String parent : parents)
2584 24 Aug 06 nicklas 227     {
2584 24 Aug 06 nicklas 228       String[] temp = parent.split(":");
2584 24 Aug 06 nicklas 229       Item parentType = Item.valueOf(temp[0]);
2584 24 Aug 06 nicklas 230       for (int i = 1; i < temp.length; ++i)
2584 24 Aug 06 nicklas 231       {
2584 24 Aug 06 nicklas 232         int parentId = Values.getInt(temp[i], -1);
2584 24 Aug 06 nicklas 233         if (parentId != -1) 
2584 24 Aug 06 nicklas 234         {
2584 24 Aug 06 nicklas 235           Annotatable parentItem = (Annotatable)parentType.getById(dc, parentId);
2584 24 Aug 06 nicklas 236           if (parentItems.add(parentItem))
2584 24 Aug 06 nicklas 237           {
2584 24 Aug 06 nicklas 238             // This is a new parent
2584 24 Aug 06 nicklas 239             if (parentItem.hasPermission(Permission.USE) && parentItem.isAnnotated()) 
2584 24 Aug 06 nicklas 240             {
2584 24 Aug 06 nicklas 241               parentAnnotations.add(parentItem.getAnnotationSet());
2584 24 Aug 06 nicklas 242             }
6091 24 Aug 12 nicklas 243             loadParents(dc, parentAnnotations, parentItems, parentItem);
2584 24 Aug 06 nicklas 244           }
2584 24 Aug 06 nicklas 245         }
2584 24 Aug 06 nicklas 246       }
2584 24 Aug 06 nicklas 247     }
2229 10 May 06 nicklas 248   }
2229 10 May 06 nicklas 249   
2166 19 Apr 06 nicklas 250   // Get the currently inherited annotations
2584 24 Aug 06 nicklas 251   final AnnotationSet as = item != null && item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
2166 19 Apr 06 nicklas 252   Set<Annotation> inheritedAnnotations = null;
6937 07 Aug 15 nicklas 253   
2166 19 Apr 06 nicklas 254   if (as != null)
2166 19 Apr 06 nicklas 255   {
6937 07 Aug 15 nicklas 256     ItemQuery<Annotation> inheritedQuery = as.getAnnotations(null);
6937 07 Aug 15 nicklas 257     inheritedQuery.restrict(
6937 07 Aug 15 nicklas 258         Restrictions.neq(
6937 07 Aug 15 nicklas 259           Hql.property("source"), 
6937 07 Aug 15 nicklas 260           Expressions.integer(Annotation.Source.PRIMARY.ordinal())
6937 07 Aug 15 nicklas 261       ));
6937 07 Aug 15 nicklas 262     
6947 08 Sep 15 nicklas 263     // Ignore annotations marked for DELETE (so it is possible to re-select them)
6947 08 Sep 15 nicklas 264     String d = request.getParameter("deleted");
6947 08 Sep 15 nicklas 265     if (d != null)
6947 08 Sep 15 nicklas 266     {
6947 08 Sep 15 nicklas 267       Integer[] deleted = Values.getInt(d.split(","));
6947 08 Sep 15 nicklas 268       if (deleted.length > 0)
6947 08 Sep 15 nicklas 269       {
6947 08 Sep 15 nicklas 270         inheritedQuery.restrict(Restrictions.not(Restrictions.in(Hql.property("id"), Expressions.parameter("deleted"))));
6947 08 Sep 15 nicklas 271         inheritedQuery.setParameter("deleted", java.util.Arrays.asList(deleted), Type.INT);
6947 08 Sep 15 nicklas 272       }
6947 08 Sep 15 nicklas 273     }
6947 08 Sep 15 nicklas 274         
2166 19 Apr 06 nicklas 275     inheritedQuery.order(Orders.asc(Hql.property("annotationSet")));
2166 19 Apr 06 nicklas 276     inheritedQuery.order(Orders.asc(Hql.property("annotationType.name")));
6937 07 Aug 15 nicklas 277     inheritedAnnotations = new HashSet<Annotation>();
6937 07 Aug 15 nicklas 278     for (Annotation a : inheritedQuery.list(dc))
2166 19 Apr 06 nicklas 279     {
6937 07 Aug 15 nicklas 280       a = a.getInheritedFrom();
6937 07 Aug 15 nicklas 281       if (a != null)
2166 19 Apr 06 nicklas 282       {
6937 07 Aug 15 nicklas 283         inheritedAnnotations.add(a);
6937 07 Aug 15 nicklas 284         AnnotationSet from = a.getAnnotationSet();
6937 07 Aug 15 nicklas 285         if (!parentAnnotations.contains(from) && from.hasPermission(Permission.USE))
6937 07 Aug 15 nicklas 286         {
6937 07 Aug 15 nicklas 287           parentAnnotations.add(from);
6937 07 Aug 15 nicklas 288           nonParents.add(from);
6937 07 Aug 15 nicklas 289         }
2166 19 Apr 06 nicklas 290       }
2166 19 Apr 06 nicklas 291     }
2166 19 Apr 06 nicklas 292   }
6912 20 May 15 nicklas 293   JSONArray json = generateJoustTree(parentAnnotations, nonParents, inheritedAnnotations);
2166 19 Apr 06 nicklas 294   %>
4547 26 Sep 08 nicklas 295   <base:page type="popup" title="Inherit annotations">
6386 18 Dec 13 nicklas 296   <base:head  scripts="joust-2.js,~inherit.js" styles="joust-2.css">
6384 18 Dec 13 nicklas 297   <style>
6384 18 Dec 13 nicklas 298   .selected .itemsubtype 
2166 19 Apr 06 nicklas 299   {
6384 18 Dec 13 nicklas 300     color: #E8E8E8;
2166 19 Apr 06 nicklas 301   }
6384 18 Dec 13 nicklas 302   </style>
2166 19 Apr 06 nicklas 303   </base:head>
6255 22 Mar 13 nicklas 304   <base:body>
6947 08 Sep 15 nicklas 305     
6947 08 Sep 15 nicklas 306   <h1><%=title%> <base:help helpid="annotations.inherit" /></h1>
6947 08 Sep 15 nicklas 307   <div class="content bottomborder">
6947 08 Sep 15 nicklas 308   
6947 08 Sep 15 nicklas 309   <div id="page-data" class="datacontainer"
6947 08 Sep 15 nicklas 310     data-callback="<%=HTML.encodeTags(request.getParameter("callback"))%>"
6947 08 Sep 15 nicklas 311   ></div>
6947 08 Sep 15 nicklas 312   
5913 15 Dec 11 nicklas 313   <form name="annotations">  
5913 15 Dec 11 nicklas 314   <div class="absolutefull">
5913 15 Dec 11 nicklas 315   
6607 19 Nov 14 nicklas 316     <div class="absolutefull bg-filled-100 rightborder" style="width: 28em;">
5913 15 Dec 11 nicklas 317     
6692 21 Jan 15 nicklas 318       <div class="absolutefull bottomborder" style="height: 2em;">
6692 21 Jan 15 nicklas 319       <%
6692 21 Jan 15 nicklas 320       if (parentAnnotations.size() > 0) 
6692 21 Jan 15 nicklas 321       {
6692 21 Jan 15 nicklas 322         %>
6692 21 Jan 15 nicklas 323         <table style="width: 100%;">
6692 21 Jan 15 nicklas 324         <tr>
6692 21 Jan 15 nicklas 325           <td style="padding-left: 4px; padding-right: 4px;"><base:icon image="filter.png"/></td>
6692 21 Jan 15 nicklas 326           <td style="width: 100%; padding-top: 1px;">
6692 21 Jan 15 nicklas 327             <input type="text" name="quickFilter" id="quickFilter" 
6692 21 Jan 15 nicklas 328               class="auto-init" data-auto-init="focus"
6692 21 Jan 15 nicklas 329               style="width: calc(100% - 10px);"
6692 21 Jan 15 nicklas 330               title="Type to filter annotation types">
6692 21 Jan 15 nicklas 331           </td>
6692 21 Jan 15 nicklas 332         </table>
6692 21 Jan 15 nicklas 333         <%
6692 21 Jan 15 nicklas 334       }
6692 21 Jan 15 nicklas 335       %>
6692 21 Jan 15 nicklas 336       </div>
6692 21 Jan 15 nicklas 337       <div class="absolutefull parameterlist" style="top: 2em; bottom: 3em;">
6384 18 Dec 13 nicklas 338         <div id="joust" class="joust absolutefull"
6384 18 Dec 13 nicklas 339           data-joust-tree="<%=HTML.encodeTags(json.toJSONString()) %>"
6384 18 Dec 13 nicklas 340           >
5913 15 Dec 11 nicklas 341           <%
5913 15 Dec 11 nicklas 342           if (parentAnnotations.size() == 0) 
5913 15 Dec 11 nicklas 343           {
5913 15 Dec 11 nicklas 344             %>
6692 21 Jan 15 nicklas 345             <div class="messagecontainer error" style="margin: 2em;">There are no parent items with annotations.</div>
5913 15 Dec 11 nicklas 346             <%
5913 15 Dec 11 nicklas 347           }
5913 15 Dec 11 nicklas 348           %>
6692 21 Jan 15 nicklas 349           <div id="noMatchingFilter" class="messagecontainer error" style="margin: 2em; display: none;">No annotations matches the filter.</div>
5913 15 Dec 11 nicklas 350         </div>
5913 15 Dec 11 nicklas 351       </div>
5913 15 Dec 11 nicklas 352       
5913 15 Dec 11 nicklas 353       <div class="absolutefull topborder" style="top: auto; bottom: 0px; height: 3em;">
5913 15 Dec 11 nicklas 354         <table style="height: 100%; margin:auto;"><tr><td>
6384 18 Dec 13 nicklas 355         <base:icon image="annotation.png" style="vertical-align: text-bottom;"/> = annotation
6384 18 Dec 13 nicklas 356         <base:icon image="parameter.png" style="vertical-align: text-bottom;"/> = protocol parameter<br>
6384 18 Dec 13 nicklas 357         <base:icon image="item-error.png" style="vertical-align: text-bottom;" /> = not a parent item
5913 15 Dec 11 nicklas 358         </td></tr></table>
5913 15 Dec 11 nicklas 359       </div>
5913 15 Dec 11 nicklas 360     
2166 19 Apr 06 nicklas 361     </div>
5913 15 Dec 11 nicklas 362     
6384 18 Dec 13 nicklas 363     <div class="absolutefull" style="left: 28em; padding: 1em;">
6384 18 Dec 13 nicklas 364       <div id="annotationType" style="font-weight: bold;"></div>
6384 18 Dec 13 nicklas 365       <div id="annotationValues"></div>
2166 19 Apr 06 nicklas 366     </div>
5913 15 Dec 11 nicklas 367   
5913 15 Dec 11 nicklas 368   </div>
2166 19 Apr 06 nicklas 369   </form>
6947 08 Sep 15 nicklas 370   </div>
3045 20 Dec 06 nicklas 371
6947 08 Sep 15 nicklas 372   <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
6981 08 Oct 15 nicklas 373     <base:button id="btnClone" title="Clone" image="copy.png" data-clone="1" />
6981 08 Oct 15 nicklas 374     <base:button id="btnInherit" title="Inherit" image="inherit.png" />
6947 08 Sep 15 nicklas 375     <base:button id="close" title="Cancel" />
6947 08 Sep 15 nicklas 376   </base:buttongroup>
6947 08 Sep 15 nicklas 377   
927 13 Jul 05 nicklas 378   </base:body>
927 13 Jul 05 nicklas 379   </base:page>
2166 19 Apr 06 nicklas 380   <%
2166 19 Apr 06 nicklas 381 }
2166 19 Apr 06 nicklas 382 finally
2166 19 Apr 06 nicklas 383 {
2166 19 Apr 06 nicklas 384   if (dc != null) dc.close();
2166 19 Apr 06 nicklas 385 }
2166 19 Apr 06 nicklas 386 %>
927 13 Jul 05 nicklas 387

Generated on Sat Oct  7 02:44:37 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)