www/common/annotations/list_annotations.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1855 27 Jan 06 nicklas 1 <%-- $Id$
1855 27 Jan 06 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
5425 23 Sep 10 nicklas 3   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
1855 27 Jan 06 nicklas 4
2304 22 May 06 jari 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 6   Available at http://base.thep.lu.se/
1855 27 Jan 06 nicklas 7
1855 27 Jan 06 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
1855 27 Jan 06 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
1855 27 Jan 06 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
1855 27 Jan 06 nicklas 12
1855 27 Jan 06 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
1855 27 Jan 06 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1855 27 Jan 06 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
1855 27 Jan 06 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
1855 27 Jan 06 nicklas 17
1855 27 Jan 06 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4510 11 Sep 08 jari 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
1855 27 Jan 06 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
1855 27 Jan 06 nicklas 21
1855 27 Jan 06 nicklas 22   @author Nicklas
1855 27 Jan 06 nicklas 23   @version 2.0
1855 27 Jan 06 nicklas 24 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 25 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
1855 27 Jan 06 nicklas 26   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
1855 27 Jan 06 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
1855 27 Jan 06 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.Item"
1855 27 Jan 06 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.Permission"
1855 27 Jan 06 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
2875 08 Nov 06 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.Protocol"
8083 20 Oct 22 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.Project"
1855 27 Jan 06 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
2166 19 Apr 06 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.Annotation"
1855 27 Jan 06 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.Annotatable"
3979 19 Nov 07 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.AnnotatableProxy"
4544 25 Sep 08 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.Unit"
2166 19 Apr 06 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.Nameable"
5984 24 Feb 12 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.Subtypable"
5984 24 Feb 12 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
6568 21 Oct 14 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
6568 21 Oct 14 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.BioPlateType"
7587 06 Feb 19 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
7587 06 Feb 19 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
1855 27 Jan 06 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
1855 27 Jan 06 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
6784 18 Mar 15 nicklas 47   import="net.sf.basedb.core.Include"
1855 27 Jan 06 nicklas 48   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
2166 19 Apr 06 nicklas 49   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
2166 19 Apr 06 nicklas 50   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
6568 21 Oct 14 nicklas 51   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
6568 21 Oct 14 nicklas 52   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
5123 09 Oct 09 nicklas 53   import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
5123 09 Oct 09 nicklas 54   import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
5123 09 Oct 09 nicklas 55   import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
8083 20 Oct 22 nicklas 56   import="net.sf.basedb.core.snapshot.ProjectFilter"
8083 20 Oct 22 nicklas 57   import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
1855 27 Jan 06 nicklas 58   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
1855 27 Jan 06 nicklas 59   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
5074 24 Aug 09 nicklas 60   import="net.sf.basedb.util.NameableComparator"
7587 06 Feb 19 nicklas 61   import="net.sf.basedb.util.units.UnitConverter"
2942 22 Nov 06 nicklas 62   import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
4544 25 Sep 08 nicklas 63   import="net.sf.basedb.util.formatter.PrefixSuffixFormatter"
2942 22 Nov 06 nicklas 64   import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
2753 20 Oct 06 nicklas 65   import="net.sf.basedb.util.Values"
8083 20 Oct 22 nicklas 66   import="net.sf.basedb.util.filter.Filter"
8083 20 Oct 22 nicklas 67   import="net.sf.basedb.util.filter.AllOfFilter"
8083 20 Oct 22 nicklas 68   import="java.util.Arrays"
7587 06 Feb 19 nicklas 69   import="java.util.Collections"
5123 09 Oct 09 nicklas 70   import="java.util.ArrayList"
1855 27 Jan 06 nicklas 71   import="java.util.List"
5074 24 Aug 09 nicklas 72   import="java.util.Set"
5074 24 Aug 09 nicklas 73   import="java.util.HashSet"
5074 24 Aug 09 nicklas 74   import="java.util.TreeSet"
5074 24 Aug 09 nicklas 75   import="java.util.Map"
5074 24 Aug 09 nicklas 76   import="java.util.HashMap"
6922 02 Jun 15 nicklas 77   import="java.util.Date"
1855 27 Jan 06 nicklas 78 %>
1855 27 Jan 06 nicklas 79 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
1855 27 Jan 06 nicklas 80 <%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
1855 27 Jan 06 nicklas 81
1855 27 Jan 06 nicklas 82 <%
1855 27 Jan 06 nicklas 83 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
1855 27 Jan 06 nicklas 84 final String ID = sc.getId();
1855 27 Jan 06 nicklas 85 final Item itemType = Item.valueOf(request.getParameter("item_type"));
1855 27 Jan 06 nicklas 86 final int itemId = Values.getInt(request.getParameter("item_id"));
1855 27 Jan 06 nicklas 87 final float scale = Base.getScale(sc);
7954 12 May 21 nicklas 88 final DbControl dc = sc.newDbControl(":List annotations");
1855 27 Jan 06 nicklas 89
5074 24 Aug 09 nicklas 90 Set<AnnotationType> annotationTypes = null;
5074 24 Aug 09 nicklas 91 Set<AnnotationType> protocolParameters = null;
5123 09 Oct 09 nicklas 92 Map<AnnotationType, AnnotationSnapshot> existing = null;
5074 24 Aug 09 nicklas 93
8083 20 Oct 22 nicklas 94 boolean hasProjectSpecificAnnotationType = false;
8083 20 Oct 22 nicklas 95 AnnotationTypeFilter annotationTypeFilter = null;
8083 20 Oct 22 nicklas 96 Filter<AnnotationSnapshot> projectFilter = null;
8083 20 Oct 22 nicklas 97
1855 27 Jan 06 nicklas 98 try
1855 27 Jan 06 nicklas 99 {
3979 19 Nov 07 nicklas 100   final Annotatable item = (Annotatable)itemType.getById(dc, itemId);
7213 19 Oct 16 nicklas 101   final boolean writePermission = item.hasPermission(Permission.RESTRICTED_WRITE);
5123 09 Oct 09 nicklas 102   final SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
5123 09 Oct 09 nicklas 103   
3979 19 Nov 07 nicklas 104   ItemQuery<AnnotationType> annotationTypeQuery = null;
3979 19 Nov 07 nicklas 105   String message = null;
3979 19 Nov 07 nicklas 106   boolean isProxy = item instanceof AnnotatableProxy;
3979 19 Nov 07 nicklas 107
5074 24 Aug 09 nicklas 108   // Load all annotation types that are possible for this item type
3979 19 Nov 07 nicklas 109   if (isProxy)
3979 19 Nov 07 nicklas 110   {
3979 19 Nov 07 nicklas 111     AnnotatableProxy proxy = (AnnotatableProxy)item;
3979 19 Nov 07 nicklas 112     annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(proxy);
3979 19 Nov 07 nicklas 113     message = proxy.getAnnotationMessage();
3979 19 Nov 07 nicklas 114   }
3979 19 Nov 07 nicklas 115   else
3979 19 Nov 07 nicklas 116   {
3979 19 Nov 07 nicklas 117     annotationTypeQuery = Base.getAnnotationTypesQuery(itemType, false);
3979 19 Nov 07 nicklas 118   }
7604 25 Feb 19 nicklas 119   annotationTypes = new TreeSet<AnnotationType>(new NameableComparator<>(false));
5074 24 Aug 09 nicklas 120   annotationTypes.addAll(annotationTypeQuery.list(dc));
2166 19 Apr 06 nicklas 121
5123 09 Oct 09 nicklas 122   final AnnotationSetSnapshot snapshot = item.isAnnotated() ? 
5123 09 Oct 09 nicklas 123       manager.getSnapshot(dc, item.getAnnotationSet().getId()) : null;
5123 09 Oct 09 nicklas 124   List<AnnotationSnapshot> inheritedAnnotations = null;
5123 09 Oct 09 nicklas 125   if (snapshot != null)
2166 19 Apr 06 nicklas 126   {
5123 09 Oct 09 nicklas 127     // Load the existing primary and inherited annotations
5123 09 Oct 09 nicklas 128     existing = new HashMap<AnnotationType, AnnotationSnapshot>();
5123 09 Oct 09 nicklas 129     inheritedAnnotations = new ArrayList<AnnotationSnapshot>();
5123 09 Oct 09 nicklas 130     for (AnnotationSnapshot a : manager.findAnnotations(dc, snapshot, null, true))
5074 24 Aug 09 nicklas 131     {
6037 29 Mar 12 nicklas 132       AnnotationType at = a.getAnnotationType(dc);
6937 07 Aug 15 nicklas 133       if (a.getSource() == Annotation.Source.PRIMARY)
5074 24 Aug 09 nicklas 134       {
6037 29 Mar 12 nicklas 135         existing.put(a.getAnnotationType(dc), a);
8083 20 Oct 22 nicklas 136         hasProjectSpecificAnnotationType |= at.getProjectAnnotations();
5074 24 Aug 09 nicklas 137       }
6037 29 Mar 12 nicklas 138       else
6037 29 Mar 12 nicklas 139       {
6037 29 Mar 12 nicklas 140         inheritedAnnotations.add(a);
6037 29 Mar 12 nicklas 141       }
5074 24 Aug 09 nicklas 142     }
6922 02 Jun 15 nicklas 143     Collections.sort(inheritedAnnotations, AnnotationSnapshot.sortByAnnotationType(dc));
5074 24 Aug 09 nicklas 144     annotationTypes.addAll(existing.keySet());
2166 19 Apr 06 nicklas 145   }
5074 24 Aug 09 nicklas 146   
8083 20 Oct 22 nicklas 147   if (hasProjectSpecificAnnotationType)
8083 20 Oct 22 nicklas 148   {
8083 20 Oct 22 nicklas 149     manager.setAllProjects();
8083 20 Oct 22 nicklas 150     annotationTypeFilter = new AnnotationTypeFilter();
8083 20 Oct 22 nicklas 151     projectFilter = new AllOfFilter<>(Arrays.asList(annotationTypeFilter, new ProjectFilter(dc)));
8083 20 Oct 22 nicklas 152   }
8083 20 Oct 22 nicklas 153   
5074 24 Aug 09 nicklas 154   // Load the possible protocol parameters
5074 24 Aug 09 nicklas 155   Protocol protocol = null;
5074 24 Aug 09 nicklas 156   boolean readProtocol = true;
5074 24 Aug 09 nicklas 157   try
5074 24 Aug 09 nicklas 158   {
5074 24 Aug 09 nicklas 159     protocol = item.getProtocol();
5074 24 Aug 09 nicklas 160   }
5074 24 Aug 09 nicklas 161   catch (PermissionDeniedException ex)
5074 24 Aug 09 nicklas 162   {
5074 24 Aug 09 nicklas 163     readProtocol = false;
5074 24 Aug 09 nicklas 164   }
5074 24 Aug 09 nicklas 165   ItemQuery<AnnotationType> parameterQuery = Base.getProtocolParametersQuery(protocol);
5074 24 Aug 09 nicklas 166   if (parameterQuery != null)
5074 24 Aug 09 nicklas 167   {
5074 24 Aug 09 nicklas 168     protocolParameters = new HashSet<AnnotationType>(parameterQuery.list(dc));
5074 24 Aug 09 nicklas 169     annotationTypes.removeAll(protocolParameters);
5074 24 Aug 09 nicklas 170   }
8083 20 Oct 22 nicklas 171   
6568 21 Oct 14 nicklas 172   // Load the current subtype
6568 21 Oct 14 nicklas 173   // NOTE! User may have selected a different subtype in the form than what is
6568 21 Oct 14 nicklas 174   // currently saved so if a subtype_id is sent in the request we use that
6568 21 Oct 14 nicklas 175   String selectedCategoryName = null;
6568 21 Oct 14 nicklas 176   try
6568 21 Oct 14 nicklas 177   {
6568 21 Oct 14 nicklas 178     ItemSubtype subtype = null;
6568 21 Oct 14 nicklas 179     if (item instanceof Subtypable)
6568 21 Oct 14 nicklas 180     {
6568 21 Oct 14 nicklas 181       subtype = ((Subtypable)item).getItemSubtype();
6568 21 Oct 14 nicklas 182     }
6568 21 Oct 14 nicklas 183     else if (item instanceof BioPlate)
6568 21 Oct 14 nicklas 184     {
6568 21 Oct 14 nicklas 185       BioPlateType bpt = ((BioPlate)item).getBioPlateType();
6568 21 Oct 14 nicklas 186       subtype = bpt.getItemSubtype();
6568 21 Oct 14 nicklas 187       if (subtype == null) selectedCategoryName = bpt.getName();
6568 21 Oct 14 nicklas 188     }
7587 06 Feb 19 nicklas 189     else if (item instanceof RawBioAssay)
7587 06 Feb 19 nicklas 190     {
7587 06 Feb 19 nicklas 191       RawDataType rdt = ((RawBioAssay)item).getRawDataType();
7587 06 Feb 19 nicklas 192       selectedCategoryName = rdt.getName();
7587 06 Feb 19 nicklas 193     }
6568 21 Oct 14 nicklas 194     if (subtype != null) selectedCategoryName = subtype.getName();
6568 21 Oct 14 nicklas 195   }
6568 21 Oct 14 nicklas 196   catch (PermissionDeniedException ex)
6568 21 Oct 14 nicklas 197   {}
6568 21 Oct 14 nicklas 198   Set<AnnotationType> annotationTypesInCategory = new HashSet<AnnotationType>();
6568 21 Oct 14 nicklas 199   if (selectedCategoryName != null)
6568 21 Oct 14 nicklas 200   {
6568 21 Oct 14 nicklas 201     ItemQuery<AnnotationType> query = AnnotationType.getQuery(item.getType());
6784 18 Mar 15 nicklas 202     query.setIncludes(Include.ALL);
6568 21 Oct 14 nicklas 203     query.join(Hql.innerJoin("categories", "ct"));
6568 21 Oct 14 nicklas 204     query.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("ct", "name"), Expressions.string(selectedCategoryName)));
6568 21 Oct 14 nicklas 205     annotationTypesInCategory.addAll(query.list(dc));
6568 21 Oct 14 nicklas 206   }
6922 02 Jun 15 nicklas 207   Formatter<Date> dateTimeFormatter = FormatterFactory.getDateTimeFormatter(sc);
8083 20 Oct 22 nicklas 208   String projectValuesTitle = "<div class=\"project-values\"><div>Project values</div><div></div><div></div><div class=\"last-modified\">Last modified</div></div>";
5074 24 Aug 09 nicklas 209   %>
6255 22 Mar 13 nicklas 210   <base:page type="iframe" id="list-annotations">
6568 21 Oct 14 nicklas 211   <base:head scripts="~list.js" styles="table.css">
6568 21 Oct 14 nicklas 212   <style>
6568 21 Oct 14 nicklas 213     #annotations-data.all
6568 21 Oct 14 nicklas 214     {}
6568 21 Oct 14 nicklas 215     
6568 21 Oct 14 nicklas 216     #annotations-data.values .novalues
6568 21 Oct 14 nicklas 217     {
6568 21 Oct 14 nicklas 218       display: none;
6568 21 Oct 14 nicklas 219     }
6568 21 Oct 14 nicklas 220     
6568 21 Oct 14 nicklas 221     #annotations-data.category .nocategory
6568 21 Oct 14 nicklas 222     {
6568 21 Oct 14 nicklas 223       display: none;
6568 21 Oct 14 nicklas 224     }
6938 19 Aug 15 nicklas 225     
6939 21 Aug 15 nicklas 226     .edit-annotation
6938 19 Aug 15 nicklas 227     {
6939 21 Aug 15 nicklas 228        float: right;
6938 19 Aug 15 nicklas 229     }
8083 20 Oct 22 nicklas 230     
8083 20 Oct 22 nicklas 231     .project-values
8083 20 Oct 22 nicklas 232     {
8083 20 Oct 22 nicklas 233       display: grid;
8083 20 Oct 22 nicklas 234       grid-template-columns: 1fr 1fr 18px 12em;
8083 20 Oct 22 nicklas 235     }
8083 20 Oct 22 nicklas 236     
8083 20 Oct 22 nicklas 237     .project-values div
8083 20 Oct 22 nicklas 238     {
8083 20 Oct 22 nicklas 239       padding: 1px 2px;
8083 20 Oct 22 nicklas 240       border-bottom-width: 1px;
8083 20 Oct 22 nicklas 241       border-bottom-style: dotted;
8083 20 Oct 22 nicklas 242     }
8083 20 Oct 22 nicklas 243     
8083 20 Oct 22 nicklas 244     /* Remove borders on last row */
8083 20 Oct 22 nicklas 245     .project-values div:nth-last-child(-n+4)
8083 20 Oct 22 nicklas 246     {
8083 20 Oct 22 nicklas 247       border-bottom-width: 0;
8083 20 Oct 22 nicklas 248     }
8083 20 Oct 22 nicklas 249     
8083 20 Oct 22 nicklas 250     .project-values .default-value
8083 20 Oct 22 nicklas 251     {
8083 20 Oct 22 nicklas 252       font-style: italic;
8083 20 Oct 22 nicklas 253     }
8083 20 Oct 22 nicklas 254     
8083 20 Oct 22 nicklas 255     .project-values .current-value::before 
8083 20 Oct 22 nicklas 256     {
8083 20 Oct 22 nicklas 257       font-weight: bold;
8083 20 Oct 22 nicklas 258       content: '›';
8083 20 Oct 22 nicklas 259       margin-right: 2px;
8083 20 Oct 22 nicklas 260     }
8083 20 Oct 22 nicklas 261
8083 20 Oct 22 nicklas 262     .project-values .other-value::before 
8083 20 Oct 22 nicklas 263     {
8083 20 Oct 22 nicklas 264       font-weight: bold;
8083 20 Oct 22 nicklas 265       content: '›';
8083 20 Oct 22 nicklas 266       color: transparent;
8083 20 Oct 22 nicklas 267       margin-right: 2px;
8083 20 Oct 22 nicklas 268     }
8083 20 Oct 22 nicklas 269     
8083 20 Oct 22 nicklas 270     /* Span accross first 2 columns */
8083 20 Oct 22 nicklas 271     .project-values .no-default
8083 20 Oct 22 nicklas 272     {
8083 20 Oct 22 nicklas 273       font-style: italic;
8083 20 Oct 22 nicklas 274       grid-column-start: 1;
8083 20 Oct 22 nicklas 275       grid-column-end: 3;
8083 20 Oct 22 nicklas 276     }
8083 20 Oct 22 nicklas 277     
8083 20 Oct 22 nicklas 278     .last-modified
8083 20 Oct 22 nicklas 279     {
8083 20 Oct 22 nicklas 280       white-space: nowrap;
8083 20 Oct 22 nicklas 281       border-left-width: 1px;
8083 20 Oct 22 nicklas 282       border-left-style: dotted;
8083 20 Oct 22 nicklas 283     }
6568 21 Oct 14 nicklas 284   </style>
6568 21 Oct 14 nicklas 285   </base:head>
1855 27 Jan 06 nicklas 286   <base:body>
5935 26 Jan 12 nicklas 287     <%
5935 26 Jan 12 nicklas 288     if (message != null)
5935 26 Jan 12 nicklas 289     {
5935 26 Jan 12 nicklas 290       %>
5935 26 Jan 12 nicklas 291       <div class="messagecontainer note"><%=message%></div>
1855 27 Jan 06 nicklas 292       <%
5935 26 Jan 12 nicklas 293     }
5935 26 Jan 12 nicklas 294     %>
5935 26 Jan 12 nicklas 295     <base:section
5935 26 Jan 12 nicklas 296       id="primaryAnnotations"
5935 26 Jan 12 nicklas 297       title="<%="Primary annotations (" + annotationTypes.size() + ")"%>"
5935 26 Jan 12 nicklas 298       >
5935 26 Jan 12 nicklas 299       <%
6568 21 Oct 14 nicklas 300       int allWithValues = 0;
6568 21 Oct 14 nicklas 301       int allOfCategory = 0;
1855 27 Jan 06 nicklas 302       if (annotationTypes.size() == 0)
1855 27 Jan 06 nicklas 303       {
1855 27 Jan 06 nicklas 304         %>
5935 26 Jan 12 nicklas 305         <div class="messagecontainer note">
2166 19 Apr 06 nicklas 306         No annotation types has been defined for this type of item 
2166 19 Apr 06 nicklas 307         (or you don't have permission to view them).
5935 26 Jan 12 nicklas 308         </div>
1855 27 Jan 06 nicklas 309         <%
1855 27 Jan 06 nicklas 310       }
1855 27 Jan 06 nicklas 311       else
1855 27 Jan 06 nicklas 312       {
1855 27 Jan 06 nicklas 313         %>
5935 26 Jan 12 nicklas 314         <tbl:table
5935 26 Jan 12 nicklas 315           id="annotations"
5935 26 Jan 12 nicklas 316           columns="all"
7943 04 May 21 nicklas 317           stickyheaders="<%=null%>"
1855 27 Jan 06 nicklas 318           >
5935 26 Jan 12 nicklas 319           <tbl:columndef 
5935 26 Jan 12 nicklas 320             id="annotation"
5935 26 Jan 12 nicklas 321             title="Annotation"
5935 26 Jan 12 nicklas 322           />
5935 26 Jan 12 nicklas 323           <tbl:columndef 
5935 26 Jan 12 nicklas 324             id="values"
8083 20 Oct 22 nicklas 325             title="<%=hasProjectSpecificAnnotationType ? "Current values" : "Values" %>"
5935 26 Jan 12 nicklas 326           />
6922 02 Jun 15 nicklas 327           <tbl:columndef
8083 20 Oct 22 nicklas 328             id="projectValues"
8083 20 Oct 22 nicklas 329             title="<%=projectValuesTitle%>"
8083 20 Oct 22 nicklas 330             tooltip="Project values"
8083 20 Oct 22 nicklas 331             show="<%=hasProjectSpecificAnnotationType ? "always" : "never" %>"
8083 20 Oct 22 nicklas 332             style="padding: 0;"
7334 11 Apr 17 nicklas 333           />
7334 11 Apr 17 nicklas 334           <tbl:columndef
6922 02 Jun 15 nicklas 335             id="lastModified"
6922 02 Jun 15 nicklas 336             title="Last modified"
6922 02 Jun 15 nicklas 337             formatter="<%=dateTimeFormatter%>"
8083 20 Oct 22 nicklas 338             show="<%=hasProjectSpecificAnnotationType ? "never" : "always" %>"
6922 02 Jun 15 nicklas 339           />
5935 26 Jan 12 nicklas 340           <tbl:columndef 
5935 26 Jan 12 nicklas 341             id="description"
5935 26 Jan 12 nicklas 342             title="Description"
5935 26 Jan 12 nicklas 343           />
6568 21 Oct 14 nicklas 344           <tbl:data id="annotations-data">
5935 26 Jan 12 nicklas 345             <tbl:headers>
5935 26 Jan 12 nicklas 346               <tbl:headerrow>
7943 04 May 21 nicklas 347                 <tbl:header colspan="5" subclass="bottomborder" style="padding: 5px;">
7943 04 May 21 nicklas 348                   <b>View:</b> 
7943 04 May 21 nicklas 349                   <%
7943 04 May 21 nicklas 350                   if (selectedCategoryName != null)
7943 04 May 21 nicklas 351                   {
7943 04 May 21 nicklas 352                     %>
7943 04 May 21 nicklas 353                     <label><input type="radio" name="view" id="view_category" value="category" checked>All of <i><%=HTML.encodeTags(selectedCategoryName)%></i> category</label> (<span id="allOfCategory">?</span>)
7943 04 May 21 nicklas 354                     <%
7943 04 May 21 nicklas 355                   }
7943 04 May 21 nicklas 356                   %>
7943 04 May 21 nicklas 357                   <label><input type="radio" name="view" id="view_values" value="values" <%=selectedCategoryName == null ? "checked" : ""%>>All with values</label> (<span id="allWithValues">?</span>)
7943 04 May 21 nicklas 358                   <label><input type="radio" name="view" id="view_all" value="all">All annotations</label> (<%=annotationTypes.size()%>)
7943 04 May 21 nicklas 359                 </tbl:header>
7943 04 May 21 nicklas 360               </tbl:headerrow>
7943 04 May 21 nicklas 361               <tbl:headerrow>
5935 26 Jan 12 nicklas 362                 <tbl:columnheaders />
5935 26 Jan 12 nicklas 363               </tbl:headerrow>
5935 26 Jan 12 nicklas 364             </tbl:headers>
5935 26 Jan 12 nicklas 365             <tbl:rows>
5935 26 Jan 12 nicklas 366             <%
5935 26 Jan 12 nicklas 367             for (AnnotationType at : annotationTypes)
5935 26 Jan 12 nicklas 368             {
7206 19 Oct 16 nicklas 369               // Permission for creating a new annotation
7206 19 Oct 16 nicklas 370               boolean annotatePermission = writePermission & at.hasPermission(Permission.USE);
5935 26 Jan 12 nicklas 371               AnnotationSnapshot a = existing != null ? existing.get(at) : null;
5935 26 Jan 12 nicklas 372               List<?> values = null;
7605 26 Feb 19 nicklas 373               Formatter<Object> formatter = null;
7334 11 Apr 17 nicklas 374               boolean projectSpecific = false;
5935 26 Jan 12 nicklas 375               if (a != null)
5935 26 Jan 12 nicklas 376               {
6939 21 Aug 15 nicklas 377                 Annotation ann = a.getThisAnnotation(dc);
7206 19 Oct 16 nicklas 378                 // Permission on this annotation
7206 19 Oct 16 nicklas 379                 annotatePermission = ann.hasPermission(Permission.WRITE);
6939 21 Aug 15 nicklas 380                 values = a.getActualValues(ann.getUnitConverter(null), ann.getValueType());
5935 26 Jan 12 nicklas 381                 formatter = FormatterFactory.getAnnotationFormatter(sc, ann, null);
7334 11 Apr 17 nicklas 382                 projectSpecific = a.getProjectId() != 0;
5935 26 Jan 12 nicklas 383               }
5935 26 Jan 12 nicklas 384               if (values != null || !at.isRemoved())
5935 26 Jan 12 nicklas 385               {
6568 21 Oct 14 nicklas 386                 String rowClass = "";
8160 07 Jun 23 nicklas 387                 String prefix = "";
8160 07 Jun 23 nicklas 388                 String sep = ", ";
8160 07 Jun 23 nicklas 389                 String suffix = "";
6568 21 Oct 14 nicklas 390                 if (values == null || values.size() == 0) 
6568 21 Oct 14 nicklas 391                 {
6568 21 Oct 14 nicklas 392                   rowClass += " novalues";
6568 21 Oct 14 nicklas 393                 }
6568 21 Oct 14 nicklas 394                 else
6568 21 Oct 14 nicklas 395                 {
8160 07 Jun 23 nicklas 396                   // Multi-valued text annotation that is not an enum is displayed as a bullet list
8160 07 Jun 23 nicklas 397                   if (values.size() > 1 && at.getValueType().isText() && !at.isEnumeration())
8160 07 Jun 23 nicklas 398                   {
8160 07 Jun 23 nicklas 399                     prefix = "<ul class=\"bullet-list\"><li>";
8160 07 Jun 23 nicklas 400                     sep = "<li>";
8160 07 Jun 23 nicklas 401                     suffix = "</ul>";
8160 07 Jun 23 nicklas 402                   }
6568 21 Oct 14 nicklas 403                   allWithValues++;
6568 21 Oct 14 nicklas 404                 }
6568 21 Oct 14 nicklas 405                 if (!annotationTypesInCategory.contains(at)) 
6568 21 Oct 14 nicklas 406                 {
6568 21 Oct 14 nicklas 407                   rowClass += " nocategory";
6568 21 Oct 14 nicklas 408                 }
6568 21 Oct 14 nicklas 409                 else
6568 21 Oct 14 nicklas 410                 {
6568 21 Oct 14 nicklas 411                   allOfCategory++;
6568 21 Oct 14 nicklas 412                 }
6568 21 Oct 14 nicklas 413                 %>
6568 21 Oct 14 nicklas 414                 <tbl:row subclass="<%=rowClass%>">
5935 26 Jan 12 nicklas 415                   <tbl:cell column="annotation"><base:icon 
5946 03 Feb 12 nicklas 416                     image="deleted.png" 
5935 26 Jan 12 nicklas 417                     tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
5935 26 Jan 12 nicklas 418                     visible="<%=at.isRemoved()%>"
6939 21 Aug 15 nicklas 419                     /><%=Base.getLinkedName(ID, at, false, true)%></tbl:cell>
8083 20 Oct 22 nicklas 420                   <tbl:cell column="values" clazz="<%=projectSpecific ? "cell ps-annotation" : "cell" %>" disableOverflowCheck="true">
8083 20 Oct 22 nicklas 421                     <base:icon image="<%=a==null?"edit_create.png":"edit.png" %>" subclass="edit-annotation auto-init link" 
6939 21 Aug 15 nicklas 422                       data-auto-init="edit-annotation" 
6939 21 Aug 15 nicklas 423                       data-annotation="<%=a!=null ? a.getThisAnnotationId() : 0 %>"
6939 21 Aug 15 nicklas 424                       data-annotation-type="<%=at.getId()%>"
6939 21 Aug 15 nicklas 425                       data-item-type="<%=itemType.name()%>" 
6939 21 Aug 15 nicklas 426                       data-item-id="<%=itemId %>"
8083 20 Oct 22 nicklas 427                       tooltip="<%=a==null?"Create this annotation":"Modify the values of this annotation"%>"
7206 19 Oct 16 nicklas 428                       visible="<%=annotatePermission %>"
6939 21 Aug 15 nicklas 429                     />
8160 07 Jun 23 nicklas 430                     <%=values == null || values.size() == 0 ? "<i>- no values -</i>" : prefix+Values.getString(values, sep, true, formatter)+suffix%>
5935 26 Jan 12 nicklas 431                   </tbl:cell>
8083 20 Oct 22 nicklas 432                   <tbl:cell column="projectValues" disableOverflowCheck="true" style="padding:0;">
8083 20 Oct 22 nicklas 433                     <div class="project-values">
7334 11 Apr 17 nicklas 434                     <%
8083 20 Oct 22 nicklas 435                     if (at.getProjectAnnotations())
7334 11 Apr 17 nicklas 436                     {
8083 20 Oct 22 nicklas 437                       annotationTypeFilter.setAnnotationType(at);
8083 20 Oct 22 nicklas 438                       List<AnnotationSnapshot> projectValues = manager.findAnnotations(dc, snapshot, projectFilter, false);
8083 20 Oct 22 nicklas 439                       projectValues.sort(AnnotationSnapshot.sortByProject(dc, true));
8083 20 Oct 22 nicklas 440                       int numValues = projectValues.size();
8083 20 Oct 22 nicklas 441                       if (numValues == 0 || projectValues.get(0).getProjectId() != 0)
8083 20 Oct 22 nicklas 442                       {
8083 20 Oct 22 nicklas 443                         %>
8083 20 Oct 22 nicklas 444                         <div class="no-default"><%=numValues > 0 ? "No default value":""%></div>
8083 20 Oct 22 nicklas 445                         <div><base:icon image="edit_create.png" subclass="edit-annotation auto-init link" 
8083 20 Oct 22 nicklas 446                             data-auto-init="edit-annotation" 
8083 20 Oct 22 nicklas 447                             data-annotation="0"
8083 20 Oct 22 nicklas 448                             data-annotation-type="<%=at.getId()%>"
8083 20 Oct 22 nicklas 449                             data-project="0"
8083 20 Oct 22 nicklas 450                             data-item-type="<%=itemType.name()%>" 
8083 20 Oct 22 nicklas 451                             data-item-id="<%=itemId %>"
8083 20 Oct 22 nicklas 452                             tooltip="Create a default value"
8083 20 Oct 22 nicklas 453                             visible="<%=annotatePermission %>"
8083 20 Oct 22 nicklas 454                           /></div>
8083 20 Oct 22 nicklas 455                         <div class="last-modified"></div>
8083 20 Oct 22 nicklas 456                         <%
8083 20 Oct 22 nicklas 457                       }
8083 20 Oct 22 nicklas 458                       if (numValues > 0)
8083 20 Oct 22 nicklas 459                       {
8083 20 Oct 22 nicklas 460                         for (AnnotationSnapshot pv : projectValues)
8083 20 Oct 22 nicklas 461                         {
8083 20 Oct 22 nicklas 462                           boolean isDefault = pv.getProjectId() == 0;
8083 20 Oct 22 nicklas 463                           boolean isCurrent = pv == a;
8083 20 Oct 22 nicklas 464                           Annotation ann = pv.getThisAnnotation(dc);
8083 20 Oct 22 nicklas 465                           values = pv.getActualValues(ann.getUnitConverter(null), ann.getValueType());
8083 20 Oct 22 nicklas 466                           formatter = FormatterFactory.getAnnotationFormatter(sc, ann, null);
8083 20 Oct 22 nicklas 467                           if (numValues > 1)
8083 20 Oct 22 nicklas 468                           {
8083 20 Oct 22 nicklas 469                             %>
8083 20 Oct 22 nicklas 470                             <div class="<%=isCurrent?"current-value":"other-value"%><%=isDefault ? " default-value":""%>"><%=isDefault ? "Default" : pv.getProject(dc).getName() %></div>
8083 20 Oct 22 nicklas 471                             <div><%=Values.getString(values, ", ", true, formatter) %></div>
8083 20 Oct 22 nicklas 472                             <%
8083 20 Oct 22 nicklas 473                           }
8083 20 Oct 22 nicklas 474                           else
8083 20 Oct 22 nicklas 475                           {
8083 20 Oct 22 nicklas 476                             %>
8083 20 Oct 22 nicklas 477                             <div></div><div></div>
8083 20 Oct 22 nicklas 478                             <%
8083 20 Oct 22 nicklas 479                           }
8083 20 Oct 22 nicklas 480                           %>
8083 20 Oct 22 nicklas 481                           <div><base:icon image="edit.png" subclass="edit-annotation auto-init link" 
8083 20 Oct 22 nicklas 482                               data-auto-init="edit-annotation" 
8083 20 Oct 22 nicklas 483                               data-annotation="<%=pv.getThisAnnotationId()%>"
8083 20 Oct 22 nicklas 484                               data-annotation-type="<%=at.getId()%>"
8083 20 Oct 22 nicklas 485                               data-project="<%=pv.getProjectId()%>"
8083 20 Oct 22 nicklas 486                               data-item-type="<%=itemType.name()%>" 
8083 20 Oct 22 nicklas 487                               data-item-id="<%=itemId %>"
8083 20 Oct 22 nicklas 488                               tooltip="<%=isDefault ? "Modify the default value" : "Modify the value in this project"%>"
8083 20 Oct 22 nicklas 489                               visible="<%=annotatePermission %>"
8083 20 Oct 22 nicklas 490                             /></div>
8083 20 Oct 22 nicklas 491                           <div class="last-modified"><%=dateTimeFormatter.format(pv.getThisLastUpdate())%></div>
8083 20 Oct 22 nicklas 492                           <%
8083 20 Oct 22 nicklas 493                         }
8083 20 Oct 22 nicklas 494                       }
8083 20 Oct 22 nicklas 495                     }
8083 20 Oct 22 nicklas 496                     else if (a != null)
8083 20 Oct 22 nicklas 497                     {
7334 11 Apr 17 nicklas 498                       %>
8083 20 Oct 22 nicklas 499                       <div></div><div></div><div></div>
8083 20 Oct 22 nicklas 500                       <div class="last-modified"><%=dateTimeFormatter.format(a.getThisLastUpdate())%></div>
7334 11 Apr 17 nicklas 501                       <%
7334 11 Apr 17 nicklas 502                     }
7334 11 Apr 17 nicklas 503                     %>
8083 20 Oct 22 nicklas 504                     </div>
7334 11 Apr 17 nicklas 505                   </tbl:cell>
6922 02 Jun 15 nicklas 506                   <tbl:cell column="lastModified" value="<%=a == null ? null : a.getThisLastUpdate() %>" />
5935 26 Jan 12 nicklas 507                   <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(at.getDescription())%></tbl:cell>
5935 26 Jan 12 nicklas 508                 </tbl:row>
5935 26 Jan 12 nicklas 509                 <%
5935 26 Jan 12 nicklas 510               }
5935 26 Jan 12 nicklas 511             }
5935 26 Jan 12 nicklas 512             %>
5935 26 Jan 12 nicklas 513             </tbl:rows>
5935 26 Jan 12 nicklas 514           </tbl:data>
5935 26 Jan 12 nicklas 515         </tbl:table>
5935 26 Jan 12 nicklas 516         <%
5935 26 Jan 12 nicklas 517       }
5935 26 Jan 12 nicklas 518       %>
6568 21 Oct 14 nicklas 519       <div id="annotations-stat" class="datacontainer"
6568 21 Oct 14 nicklas 520         data-all-with-values="<%=allWithValues %>"
6568 21 Oct 14 nicklas 521         data-all-of-category="<%=allOfCategory%>"
6568 21 Oct 14 nicklas 522       ></div>
5935 26 Jan 12 nicklas 523     </base:section>
5935 26 Jan 12 nicklas 524
5935 26 Jan 12 nicklas 525     <%
5935 26 Jan 12 nicklas 526     if (protocolParameters != null)
5935 26 Jan 12 nicklas 527     {
5935 26 Jan 12 nicklas 528       %>
5935 26 Jan 12 nicklas 529       <base:section 
5935 26 Jan 12 nicklas 530         id="parameterSection" 
5935 26 Jan 12 nicklas 531         title="<%="Protocol parameters for " + HTML.encodeTags(protocol.getName()) + 
5935 26 Jan 12 nicklas 532           " (" + protocolParameters.size() + ")"%>"
5935 26 Jan 12 nicklas 533         >
5935 26 Jan 12 nicklas 534         <%
5935 26 Jan 12 nicklas 535         if (protocolParameters.size() == 0)
5935 26 Jan 12 nicklas 536         {
5935 26 Jan 12 nicklas 537           %>
5935 26 Jan 12 nicklas 538           <div class="messagecontainer note">
5935 26 Jan 12 nicklas 539           No protocol parameters has been defined for the protocol 
5935 26 Jan 12 nicklas 540           <%=Base.getLinkedName(ID, protocol, !readProtocol, true)%> 
5935 26 Jan 12 nicklas 541           (or you don't have permission to view them).
5935 26 Jan 12 nicklas 542           </div>
5935 26 Jan 12 nicklas 543           <%
5935 26 Jan 12 nicklas 544         }
5935 26 Jan 12 nicklas 545         else
5935 26 Jan 12 nicklas 546         {
5935 26 Jan 12 nicklas 547           %>
2875 08 Nov 06 nicklas 548           <tbl:table
5935 26 Jan 12 nicklas 549             id="parameters"
2875 08 Nov 06 nicklas 550             columns="all"
2875 08 Nov 06 nicklas 551             >
2875 08 Nov 06 nicklas 552             <tbl:columndef 
5935 26 Jan 12 nicklas 553               id="parameter"
5935 26 Jan 12 nicklas 554               title="Parameter"
2875 08 Nov 06 nicklas 555             />
2875 08 Nov 06 nicklas 556             <tbl:columndef 
2875 08 Nov 06 nicklas 557               id="values"
8083 20 Oct 22 nicklas 558               title="<%=hasProjectSpecificAnnotationType ? "Current values" : "Values" %>"
2875 08 Nov 06 nicklas 559             />
6922 02 Jun 15 nicklas 560             <tbl:columndef
8083 20 Oct 22 nicklas 561               id="projectValues"
8083 20 Oct 22 nicklas 562               title="<%=projectValuesTitle%>"
8083 20 Oct 22 nicklas 563               tooltip="Project values"
8083 20 Oct 22 nicklas 564               show="<%=hasProjectSpecificAnnotationType ? "always" : "never" %>"
8083 20 Oct 22 nicklas 565               style="padding: 0;"
7334 11 Apr 17 nicklas 566             />
7334 11 Apr 17 nicklas 567             <tbl:columndef
6922 02 Jun 15 nicklas 568               id="lastModified"
6922 02 Jun 15 nicklas 569               title="Last modified"
6922 02 Jun 15 nicklas 570               formatter="<%=dateTimeFormatter%>"
8083 20 Oct 22 nicklas 571               show="<%=hasProjectSpecificAnnotationType ? "never" : "always" %>"
6922 02 Jun 15 nicklas 572             />
2875 08 Nov 06 nicklas 573             <tbl:columndef 
2875 08 Nov 06 nicklas 574               id="description"
2875 08 Nov 06 nicklas 575               title="Description"
2875 08 Nov 06 nicklas 576             />
2875 08 Nov 06 nicklas 577             <tbl:data>
5929 18 Jan 12 nicklas 578               <tbl:headers>
5929 18 Jan 12 nicklas 579                 <tbl:headerrow>
5929 18 Jan 12 nicklas 580                   <tbl:columnheaders />
5929 18 Jan 12 nicklas 581                 </tbl:headerrow>
5929 18 Jan 12 nicklas 582               </tbl:headers>
2875 08 Nov 06 nicklas 583               <tbl:rows>
2875 08 Nov 06 nicklas 584               <%
5935 26 Jan 12 nicklas 585               for (AnnotationType at : protocolParameters)
2875 08 Nov 06 nicklas 586               {
7206 19 Oct 16 nicklas 587                 // Permission for creating a new annotation
7206 19 Oct 16 nicklas 588                 boolean annotatePermission = writePermission & at.hasPermission(Permission.USE);
5123 09 Oct 09 nicklas 589                 AnnotationSnapshot a = existing != null ? existing.get(at) : null;
8083 20 Oct 22 nicklas 590                 List<?> values = null;
7605 26 Feb 19 nicklas 591                 Formatter<Object> formatter = null;
7334 11 Apr 17 nicklas 592                 boolean projectSpecific = false;
4544 25 Sep 08 nicklas 593                 if (a != null)
4544 25 Sep 08 nicklas 594                 {
6939 21 Aug 15 nicklas 595                   Annotation ann = a.getThisAnnotation(dc);
7206 19 Oct 16 nicklas 596                   // Permission on this annotation
7206 19 Oct 16 nicklas 597                   annotatePermission = ann.hasPermission(Permission.WRITE);
6939 21 Aug 15 nicklas 598                   values = a.getActualValues(ann.getUnitConverter(null), ann.getValueType());
5123 09 Oct 09 nicklas 599                   formatter = FormatterFactory.getAnnotationFormatter(sc, ann, null);
7334 11 Apr 17 nicklas 600                   projectSpecific = a.getProjectId() != 0;
4544 25 Sep 08 nicklas 601                 }
3888 29 Oct 07 nicklas 602                 if (values != null || !at.isRemoved())
3888 29 Oct 07 nicklas 603                 {
5935 26 Jan 12 nicklas 604                   %>
3888 29 Oct 07 nicklas 605                   <tbl:row>
5935 26 Jan 12 nicklas 606                     <tbl:cell column="parameter"><base:icon 
5946 03 Feb 12 nicklas 607                       image="deleted.png" 
3888 29 Oct 07 nicklas 608                       tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
3888 29 Oct 07 nicklas 609                       visible="<%=at.isRemoved()%>"
3888 29 Oct 07 nicklas 610                     /><%=Base.getLinkedName(ID, at, false, true)%></tbl:cell>
8083 20 Oct 22 nicklas 611                     <tbl:cell column="values" clazz="<%=projectSpecific ? "cell ps-annotation" : "cell" %>" disableOverflowCheck="true">
5935 26 Jan 12 nicklas 612                       <%=values == null || values.size() == 0 ? "<i>- no values -</i>" : Values.getString(values, ", ", true, formatter)%>
8083 20 Oct 22 nicklas 613                       <base:icon image="<%=a==null?"edit_create.png":"edit.png" %>" subclass="edit-annotation auto-init link" 
6939 21 Aug 15 nicklas 614                         data-auto-init="edit-annotation" 
7206 19 Oct 16 nicklas 615                         data-annotation="<%=a!=null ? a.getThisAnnotationId() : 0 %>"
7206 19 Oct 16 nicklas 616                         data-annotation-type="<%=at.getId()%>"
7206 19 Oct 16 nicklas 617                         data-item-type="<%=itemType.name()%>" 
7206 19 Oct 16 nicklas 618                         data-item-id="<%=itemId %>"
8083 20 Oct 22 nicklas 619                         tooltip="<%=a==null?"Create this protocol parameter":"Modify the values of this protocol parameter"%>"
7206 19 Oct 16 nicklas 620                         visible="<%=annotatePermission %>"
6939 21 Aug 15 nicklas 621                       />
3888 29 Oct 07 nicklas 622                     </tbl:cell>
8083 20 Oct 22 nicklas 623                     <tbl:cell column="projectValues" disableOverflowCheck="true" style="padding:0;"> 
8083 20 Oct 22 nicklas 624                       <div class="project-values">
7334 11 Apr 17 nicklas 625                       <%
8083 20 Oct 22 nicklas 626                       if (at.getProjectAnnotations())
7334 11 Apr 17 nicklas 627                       {
8083 20 Oct 22 nicklas 628                         annotationTypeFilter.setAnnotationType(at);
8083 20 Oct 22 nicklas 629                         List<AnnotationSnapshot> projectValues = manager.findAnnotations(dc, snapshot, projectFilter, false);
8083 20 Oct 22 nicklas 630                         projectValues.sort(AnnotationSnapshot.sortByProject(dc, true));
8083 20 Oct 22 nicklas 631                         int numValues = projectValues.size();
8083 20 Oct 22 nicklas 632                         if (numValues == 0 || projectValues.get(0).getProjectId() != 0)
8083 20 Oct 22 nicklas 633                         {
8083 20 Oct 22 nicklas 634                           %>
8083 20 Oct 22 nicklas 635                           <div class="no-default"><%=numValues > 0 ? "No default value":""%></div>
8083 20 Oct 22 nicklas 636                           <div><base:icon image="edit_create.png" subclass="edit-annotation auto-init link" 
8083 20 Oct 22 nicklas 637                               data-auto-init="edit-annotation" 
8083 20 Oct 22 nicklas 638                               data-annotation="0"
8083 20 Oct 22 nicklas 639                               data-annotation-type="<%=at.getId()%>"
8083 20 Oct 22 nicklas 640                               data-project="0"
8083 20 Oct 22 nicklas 641                               data-item-type="<%=itemType.name()%>" 
8083 20 Oct 22 nicklas 642                               data-item-id="<%=itemId %>"
8083 20 Oct 22 nicklas 643                               tooltip="Create a default value"
8083 20 Oct 22 nicklas 644                               visible="<%=annotatePermission %>"
8083 20 Oct 22 nicklas 645                             /></div>
8083 20 Oct 22 nicklas 646                           <div class="last-modified"></div>
8083 20 Oct 22 nicklas 647                           <%
8083 20 Oct 22 nicklas 648                         }
8083 20 Oct 22 nicklas 649                         if (numValues > 0)
8083 20 Oct 22 nicklas 650                         {
8083 20 Oct 22 nicklas 651                           for (AnnotationSnapshot pv : projectValues)
8083 20 Oct 22 nicklas 652                           {
8083 20 Oct 22 nicklas 653                             boolean isDefault = pv.getProjectId() == 0;
8083 20 Oct 22 nicklas 654                             boolean isCurrent = pv == a;
8083 20 Oct 22 nicklas 655                             Annotation ann = pv.getThisAnnotation(dc);
8083 20 Oct 22 nicklas 656                             values = pv.getActualValues(ann.getUnitConverter(null), ann.getValueType());
8083 20 Oct 22 nicklas 657                             formatter = FormatterFactory.getAnnotationFormatter(sc, ann, null);
8083 20 Oct 22 nicklas 658                             if (numValues > 1)
8083 20 Oct 22 nicklas 659                             {
8083 20 Oct 22 nicklas 660                               %>
8083 20 Oct 22 nicklas 661                               <div class="<%=isCurrent?"current-value":"other-value"%><%=isDefault ? " default-value":""%>"><%=isDefault ? "Default" : pv.getProject(dc).getName() %></div>
8083 20 Oct 22 nicklas 662                               <div><%=Values.getString(values, ", ", true, formatter) %></div>
8083 20 Oct 22 nicklas 663                               <%
8083 20 Oct 22 nicklas 664                             }
8083 20 Oct 22 nicklas 665                             else
8083 20 Oct 22 nicklas 666                             {
8083 20 Oct 22 nicklas 667                               %>
8083 20 Oct 22 nicklas 668                               <div></div><div></div>
8083 20 Oct 22 nicklas 669                               <%
8083 20 Oct 22 nicklas 670                             }
8083 20 Oct 22 nicklas 671                             %>
8083 20 Oct 22 nicklas 672                             <div><base:icon image="edit.png" subclass="edit-annotation auto-init link" 
8083 20 Oct 22 nicklas 673                                 data-auto-init="edit-annotation" 
8083 20 Oct 22 nicklas 674                                 data-annotation="<%=pv.getThisAnnotationId()%>"
8083 20 Oct 22 nicklas 675                                 data-annotation-type="<%=at.getId()%>"
8083 20 Oct 22 nicklas 676                                 data-project="<%=pv.getProjectId()%>"
8083 20 Oct 22 nicklas 677                                 data-item-type="<%=itemType.name()%>" 
8083 20 Oct 22 nicklas 678                                 data-item-id="<%=itemId %>"
8083 20 Oct 22 nicklas 679                                 tooltip="Modify the values of this protocol parameter"
8083 20 Oct 22 nicklas 680                                 visible="<%=annotatePermission %>"
8083 20 Oct 22 nicklas 681                             /></div>
8083 20 Oct 22 nicklas 682                             <div class="last-modified"><%=dateTimeFormatter.format(pv.getThisLastUpdate())%></div>
8083 20 Oct 22 nicklas 683                             <%
8083 20 Oct 22 nicklas 684                           }
8083 20 Oct 22 nicklas 685                         }
8083 20 Oct 22 nicklas 686                       }
8083 20 Oct 22 nicklas 687                       else if (a != null)
8083 20 Oct 22 nicklas 688                       {
7334 11 Apr 17 nicklas 689                         %>
8083 20 Oct 22 nicklas 690                         <div></div><div></div><div></div>
8083 20 Oct 22 nicklas 691                         <div class="last-modified"><%=dateTimeFormatter.format(a.getThisLastUpdate())%></div>
7334 11 Apr 17 nicklas 692                         <%
7334 11 Apr 17 nicklas 693                       }
7334 11 Apr 17 nicklas 694                       %>
8083 20 Oct 22 nicklas 695                       </div>
7334 11 Apr 17 nicklas 696                     </tbl:cell>
6922 02 Jun 15 nicklas 697                     <tbl:cell column="lastModified" value="<%=a == null ? null : a.getThisLastUpdate() %>" />
3888 29 Oct 07 nicklas 698                     <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(at.getDescription())%></tbl:cell>
3888 29 Oct 07 nicklas 699                   </tbl:row>
3888 29 Oct 07 nicklas 700                   <%
3888 29 Oct 07 nicklas 701                 }
2875 08 Nov 06 nicklas 702               }
2875 08 Nov 06 nicklas 703               %>
2875 08 Nov 06 nicklas 704               </tbl:rows>
2875 08 Nov 06 nicklas 705             </tbl:data>
2875 08 Nov 06 nicklas 706           </tbl:table>
5935 26 Jan 12 nicklas 707           <%
5935 26 Jan 12 nicklas 708         }
5935 26 Jan 12 nicklas 709         %>
5935 26 Jan 12 nicklas 710       </base:section>
5935 26 Jan 12 nicklas 711       <%
5935 26 Jan 12 nicklas 712     }
5935 26 Jan 12 nicklas 713     if (!isProxy)
5935 26 Jan 12 nicklas 714     {
5935 26 Jan 12 nicklas 715       int numInherited = inheritedAnnotations == null ? 0 : inheritedAnnotations.size();
5935 26 Jan 12 nicklas 716       %>
5935 26 Jan 12 nicklas 717       <base:section 
5935 26 Jan 12 nicklas 718         id="inherited"
6922 02 Jun 15 nicklas 719         title="<%="Inherited annotations (" + numInherited + ")"%>"          
5935 26 Jan 12 nicklas 720         >
5044 11 Aug 09 martin 721         <%
5935 26 Jan 12 nicklas 722         if (numInherited == 0)
5044 11 Aug 09 martin 723         {
5044 11 Aug 09 martin 724           %>
5935 26 Jan 12 nicklas 725           <div class="messagecontainer note">
5935 26 Jan 12 nicklas 726           No annotations are inherited by this item.
5044 11 Aug 09 martin 727           (or you don't have permission to view them).
5935 26 Jan 12 nicklas 728           </div>
2875 08 Nov 06 nicklas 729           <%
2875 08 Nov 06 nicklas 730         }
5044 11 Aug 09 martin 731         else
5044 11 Aug 09 martin 732         {
2166 19 Apr 06 nicklas 733         %>
5935 26 Jan 12 nicklas 734         <tbl:table
5935 26 Jan 12 nicklas 735           id="inheritedAnnotations"
5935 26 Jan 12 nicklas 736           columns="all"
2166 19 Apr 06 nicklas 737           >
5935 26 Jan 12 nicklas 738           <tbl:columndef 
5935 26 Jan 12 nicklas 739             id="annotation"
5935 26 Jan 12 nicklas 740             title="Annotation"
5935 26 Jan 12 nicklas 741           />
5935 26 Jan 12 nicklas 742           <tbl:columndef 
6937 07 Aug 15 nicklas 743             id="values"
6937 07 Aug 15 nicklas 744             title="Values"
6937 07 Aug 15 nicklas 745           />
6937 07 Aug 15 nicklas 746           <tbl:columndef 
6939 21 Aug 15 nicklas 747             id="item"
6939 21 Aug 15 nicklas 748             title="Parent item"
6922 02 Jun 15 nicklas 749           />
6922 02 Jun 15 nicklas 750           <tbl:columndef 
6939 21 Aug 15 nicklas 751             id="note"
6939 21 Aug 15 nicklas 752             title="Note"
5935 26 Jan 12 nicklas 753           />
6922 02 Jun 15 nicklas 754           <tbl:columndef
6922 02 Jun 15 nicklas 755             id="lastModified"
6922 02 Jun 15 nicklas 756             title="Last modified"
6922 02 Jun 15 nicklas 757             formatter="<%=dateTimeFormatter %>"
6922 02 Jun 15 nicklas 758           />
5935 26 Jan 12 nicklas 759           <tbl:columndef 
5935 26 Jan 12 nicklas 760             id="description"
5935 26 Jan 12 nicklas 761             title="Description"
5935 26 Jan 12 nicklas 762           />
5935 26 Jan 12 nicklas 763           <tbl:data>
5935 26 Jan 12 nicklas 764             <tbl:headers>
5935 26 Jan 12 nicklas 765               <tbl:headerrow>
5935 26 Jan 12 nicklas 766                 <tbl:columnheaders />
5935 26 Jan 12 nicklas 767               </tbl:headerrow>
5935 26 Jan 12 nicklas 768             </tbl:headers>
5935 26 Jan 12 nicklas 769             <tbl:rows>
5935 26 Jan 12 nicklas 770             <%
5935 26 Jan 12 nicklas 771             for (AnnotationSnapshot a : inheritedAnnotations)
5935 26 Jan 12 nicklas 772             {
7206 19 Oct 16 nicklas 773               boolean annotatePermission = a.hasPermission(dc, Permission.WRITE);
5935 26 Jan 12 nicklas 774               AnnotationType at = a.getAnnotationType(dc);
6922 02 Jun 15 nicklas 775               AnnotationSnapshot from = a.getInheritedFrom();
6922 02 Jun 15 nicklas 776               
6922 02 Jun 15 nicklas 777               // About this annotation
5935 26 Jan 12 nicklas 778               String name = HTML.encodeTags(at.getName());
5935 26 Jan 12 nicklas 779               String description = HTML.encodeTags(at.getDescription());
6922 02 Jun 15 nicklas 780               Date lastModified = a.getThisLastUpdate();
6962 01 Oct 15 nicklas 781               boolean isUpToDate = a.isUpToDate();
6922 02 Jun 15 nicklas 782               
6922 02 Jun 15 nicklas 783               // Which item are we inheriting from?
6922 02 Jun 15 nicklas 784               Nameable fromItem = null;
6922 02 Jun 15 nicklas 785               String fromType = null;
5935 26 Jan 12 nicklas 786               boolean writeInherited = false;
6922 02 Jun 15 nicklas 787               if (from != null)
2166 19 Apr 06 nicklas 788               {
6922 02 Jun 15 nicklas 789                 fromType = from.getThisItemType().toString();
6922 02 Jun 15 nicklas 790                 if (lastModified == null)
6922 02 Jun 15 nicklas 791                 {
6922 02 Jun 15 nicklas 792                   lastModified = from.getThisLastUpdate();
6922 02 Jun 15 nicklas 793                 }
5984 24 Feb 12 nicklas 794                 try
5984 24 Feb 12 nicklas 795                 {
6922 02 Jun 15 nicklas 796                   fromItem = (Nameable)from.getThisItem(dc);
6922 02 Jun 15 nicklas 797                   writeInherited = fromItem.hasPermission(Permission.WRITE);
6922 02 Jun 15 nicklas 798                   if (fromItem instanceof Subtypable)
6922 02 Jun 15 nicklas 799                   {
6922 02 Jun 15 nicklas 800                     ItemSubtype subtype = ((Subtypable)fromItem).getItemSubtype();
6922 02 Jun 15 nicklas 801                     if (subtype != null) fromType = subtype.getName();
6922 02 Jun 15 nicklas 802                   }
5984 24 Feb 12 nicklas 803                 }
5984 24 Feb 12 nicklas 804                 catch (PermissionDeniedException ex)
5984 24 Feb 12 nicklas 805                 {}
6922 02 Jun 15 nicklas 806               }
6922 02 Jun 15 nicklas 807               
6922 02 Jun 15 nicklas 808               // Values, units, etc.
7605 26 Feb 19 nicklas 809               Formatter<Object> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
6922 02 Jun 15 nicklas 810               Unit unit = a.getActualUnit(dc);
6922 02 Jun 15 nicklas 811               UnitConverter converter = null;
6922 02 Jun 15 nicklas 812               if (unit != null)
6922 02 Jun 15 nicklas 813               {
6922 02 Jun 15 nicklas 814                 converter = unit.getUnitConverter(at.getDefaultUnit());
6922 02 Jun 15 nicklas 815                 formatter = unit.getFormatter(formatter);
6922 02 Jun 15 nicklas 816               }
6922 02 Jun 15 nicklas 817               List<?> values = a.getActualValues(converter, at.getValueType());
7334 11 Apr 17 nicklas 818               List<?> defaultValues = null;
7334 11 Apr 17 nicklas 819               boolean projectSpecific = a.getProjectId() != 0;
7334 11 Apr 17 nicklas 820               if (projectSpecific)
7334 11 Apr 17 nicklas 821               {
7334 11 Apr 17 nicklas 822                 Annotation ann = a.getThisAnnotation(dc);
7334 11 Apr 17 nicklas 823                 if (ann.isOverridingDefault())
7334 11 Apr 17 nicklas 824                 {
7334 11 Apr 17 nicklas 825                   Annotation defAnn = ann.getDefaultAnnotation();
7334 11 Apr 17 nicklas 826                   Annotation defFrom = defAnn.getInheritedFrom();
7334 11 Apr 17 nicklas 827                   defaultValues = defAnn.getSource() == Annotation.Source.CLONED ? defAnn.getValues() : defFrom.getValues();
7334 11 Apr 17 nicklas 828                 }
7334 11 Apr 17 nicklas 829               }
6922 02 Jun 15 nicklas 830               %>
5935 26 Jan 12 nicklas 831               <tbl:row>
6922 02 Jun 15 nicklas 832                 <tbl:cell column="annotation"><%=Base.getLinkedName(ID, at, at == null, true)%></tbl:cell>
8083 20 Oct 22 nicklas 833                 <tbl:cell column="values" clazz="<%=projectSpecific ? "cell ps-annotation" : "cell" %>" disableOverflowCheck="true">
5935 26 Jan 12 nicklas 834                   <%=values == null || values.size() == 0 ? 
5935 26 Jan 12 nicklas 835                     "<i>- no values -</i>" : Values.getString(values, ", ", true, formatter)%>
6962 01 Oct 15 nicklas 836                   <base:icon image="<%=isUpToDate ? "edit.png" : "edit-outofsync.png"%>" 
6962 01 Oct 15 nicklas 837                     subclass="edit-annotation auto-init link" 
6939 21 Aug 15 nicklas 838                     data-auto-init="edit-annotation" 
6939 21 Aug 15 nicklas 839                     data-annotation="<%= a.getThisAnnotationId()%>"
6939 21 Aug 15 nicklas 840                     data-annotation-type="<%=at.getId()%>"
6939 21 Aug 15 nicklas 841                     data-item-type="<%=itemType.name()%>" 
6939 21 Aug 15 nicklas 842                     data-item-id="<%=itemId %>"
6939 21 Aug 15 nicklas 843                     tooltip="Modify the values of this annotation"
7206 19 Oct 16 nicklas 844                     visible="<%=annotatePermission %>"
6939 21 Aug 15 nicklas 845                   />
5935 26 Jan 12 nicklas 846                 </tbl:cell>
6939 21 Aug 15 nicklas 847                 <tbl:cell column="item"><%=from == null ? "<i>- missing -</i>" : Base.getLinkedName(ID, fromItem, fromItem == null, true)%><%=fromItem != null ? " <span class=\"itemsubtype\">("+fromType+")</span>" : ""%></tbl:cell>
7334 11 Apr 17 nicklas 848                 <tbl:cell column="note">
7334 11 Apr 17 nicklas 849                   <%=a.getSource() == Annotation.Source.CLONED ? "Cloned" + (isUpToDate ? "; up-to-date" : "; modified") : "" %>
7334 11 Apr 17 nicklas 850                     <%
7334 11 Apr 17 nicklas 851                     if (projectSpecific && at.getProjectAnnotations())
7334 11 Apr 17 nicklas 852                     {
7334 11 Apr 17 nicklas 853                       %>
7334 11 Apr 17 nicklas 854                       <%=defaultValues == null || defaultValues.size() == 0 ? "No default value" : "Default value: " + Values.getString(defaultValues, ", ", true, formatter)%>
7334 11 Apr 17 nicklas 855                       <%
7334 11 Apr 17 nicklas 856                     }
7334 11 Apr 17 nicklas 857                     %>
7334 11 Apr 17 nicklas 858                 </tbl:cell>
6922 02 Jun 15 nicklas 859                 <tbl:cell column="lastModified" value="<%=lastModified %>"></tbl:cell>
5935 26 Jan 12 nicklas 860                 <tbl:cell column="description"><%=description%></tbl:cell>
5935 26 Jan 12 nicklas 861               </tbl:row>
5935 26 Jan 12 nicklas 862               <%
5935 26 Jan 12 nicklas 863             }
5935 26 Jan 12 nicklas 864             %>
5935 26 Jan 12 nicklas 865             </tbl:rows>
5935 26 Jan 12 nicklas 866           </tbl:data>
5935 26 Jan 12 nicklas 867         </tbl:table>
2166 19 Apr 06 nicklas 868         <%
2166 19 Apr 06 nicklas 869       }
2166 19 Apr 06 nicklas 870       %>
5935 26 Jan 12 nicklas 871       </base:section>
6922 02 Jun 15 nicklas 872       
5935 26 Jan 12 nicklas 873       <%
5935 26 Jan 12 nicklas 874     }
5935 26 Jan 12 nicklas 875     %>
1855 27 Jan 06 nicklas 876   </base:body>
1855 27 Jan 06 nicklas 877   </base:page>
1855 27 Jan 06 nicklas 878   <%
1855 27 Jan 06 nicklas 879 }
1855 27 Jan 06 nicklas 880 finally
1855 27 Jan 06 nicklas 881 {
1855 27 Jan 06 nicklas 882   if (dc != null) dc.close();
1855 27 Jan 06 nicklas 883 }
1855 27 Jan 06 nicklas 884
1855 27 Jan 06 nicklas 885 %>

Generated on Sat Oct  7 02:44:38 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)