www/common/import/index.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3519 20 Jun 07 nicklas 1 <%@page import="net.sf.basedb.util.ContextUtil.ContextResult"%>
1730 20 Dec 05 nicklas 2 <%-- $Id$
1730 20 Dec 05 nicklas 3   ------------------------------------------------------------------
3675 16 Aug 07 jari 4   Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
5425 23 Sep 10 nicklas 5   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
3675 16 Aug 07 jari 6   Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
1730 20 Dec 05 nicklas 7
2304 22 May 06 jari 8   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 9   Available at http://base.thep.lu.se/
1730 20 Dec 05 nicklas 10
1730 20 Dec 05 nicklas 11   BASE is free software; you can redistribute it and/or
1730 20 Dec 05 nicklas 12   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 13   as published by the Free Software Foundation; either version 3
1730 20 Dec 05 nicklas 14   of the License, or (at your option) any later version.
1730 20 Dec 05 nicklas 15
1730 20 Dec 05 nicklas 16   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
1730 20 Dec 05 nicklas 17   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1730 20 Dec 05 nicklas 18   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
1730 20 Dec 05 nicklas 19   GNU General Public License for more details.
1730 20 Dec 05 nicklas 20
1730 20 Dec 05 nicklas 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
4510 11 Sep 08 jari 22   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
1730 20 Dec 05 nicklas 23   ------------------------------------------------------------------
1730 20 Dec 05 nicklas 24
1730 20 Dec 05 nicklas 25   @author Nicklas
1730 20 Dec 05 nicklas 26   @version 2.0
1730 20 Dec 05 nicklas 27 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 28 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
1730 20 Dec 05 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
1730 20 Dec 05 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
1730 20 Dec 05 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.Item"
2677 28 Sep 06 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
1730 20 Dec 05 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.File"
1730 20 Dec 05 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.Job"
1730 20 Dec 05 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.Path"
1730 20 Dec 05 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.BaseException"
1772 16 Jan 06 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
1772 16 Jan 06 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.PluginConfiguration"
1730 20 Dec 05 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.PluginConfigurationRequest"
1730 20 Dec 05 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.PluginExecutionRequest"
1730 20 Dec 05 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.PluginResponse"
1772 16 Jan 06 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
1772 16 Jan 06 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
1772 16 Jan 06 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.Include"
1772 16 Jan 06 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
1772 16 Jan 06 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
1772 16 Jan 06 nicklas 47   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
1772 16 Jan 06 nicklas 48   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
1730 20 Dec 05 nicklas 49   import="net.sf.basedb.core.plugin.Response"
1772 16 Jan 06 nicklas 50   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
1772 16 Jan 06 nicklas 51   import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
1772 16 Jan 06 nicklas 52   import="net.sf.basedb.core.plugin.InteractivePlugin"
4525 16 Sep 08 nicklas 53   import="net.sf.basedb.plugins.util.Parameters"
1730 20 Dec 05 nicklas 54   import="net.sf.basedb.util.AutoDetectFileFormat"
1730 20 Dec 05 nicklas 55   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
1730 20 Dec 05 nicklas 56   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
2753 20 Oct 06 nicklas 57   import="net.sf.basedb.util.Values"
3438 04 Jun 07 nicklas 58   import="net.sf.basedb.util.ContextUtil"
3438 04 Jun 07 nicklas 59   import="net.sf.basedb.util.ContextUtil.ContextResult"
1730 20 Dec 05 nicklas 60   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
1730 20 Dec 05 nicklas 61   import="java.util.List"
1772 16 Jan 06 nicklas 62   import="java.util.LinkedList"
3519 20 Jun 07 nicklas 63   import="java.util.ArrayList"
1772 16 Jan 06 nicklas 64   import="java.util.Map"
1772 16 Jan 06 nicklas 65   import="java.util.HashMap"
2195 26 Apr 06 nicklas 66   import="java.util.Set"
2195 26 Apr 06 nicklas 67   import="java.util.HashSet"
1730 20 Dec 05 nicklas 68 %>
1730 20 Dec 05 nicklas 69 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
1730 20 Dec 05 nicklas 70 <%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
1730 20 Dec 05 nicklas 71
1730 20 Dec 05 nicklas 72 <%
1730 20 Dec 05 nicklas 73 final String root = request.getContextPath()+"/";
1730 20 Dec 05 nicklas 74 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
1730 20 Dec 05 nicklas 75 final String ID = sc.getId();
1730 20 Dec 05 nicklas 76 final String cmd = request.getParameter("cmd");
1730 20 Dec 05 nicklas 77 final Item itemType = Item.valueOf(request.getParameter("item_type"));
1945 09 Feb 06 nicklas 78 final String subContext = Values.getString(request.getParameter("subcontext"), "");
1772 16 Jan 06 nicklas 79 final GuiContext.Type contextType = GuiContext.Type.valueOf(request.getParameter("context_type"));
2868 07 Nov 06 nicklas 80 final GuiContext context = new GuiContext(itemType, contextType, subContext);
2677 28 Sep 06 nicklas 81 final ItemContext cc = sc.getCurrentContext(itemType, subContext);
1730 20 Dec 05 nicklas 82
3630 03 Aug 07 nicklas 83 DbControl dc = null;;
1730 20 Dec 05 nicklas 84 String forward = null;
1730 20 Dec 05 nicklas 85 String message = null;
1730 20 Dec 05 nicklas 86 String redirect = null;
1730 20 Dec 05 nicklas 87 try
1730 20 Dec 05 nicklas 88 {
1730 20 Dec 05 nicklas 89   if ("SelectPlugin".equals(cmd))
1730 20 Dec 05 nicklas 90   {
3438 04 Jun 07 nicklas 91     ItemQuery<PluginDefinition> pluginQuery = PluginDefinition.getQuery(context, null);
3438 04 Jun 07 nicklas 92     pluginQuery.restrict(
1772 16 Jan 06 nicklas 93       Restrictions.eq(
1772 16 Jan 06 nicklas 94         Hql.property("mainType"),
1772 16 Jan 06 nicklas 95         Expressions.integer(Plugin.MainType.IMPORT.getValue())
1772 16 Jan 06 nicklas 96       )
1772 16 Jan 06 nicklas 97     );
5615 19 Apr 11 nicklas 98     pluginQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("disabled"), Expressions.parameter("isDisabled", false)));
3438 04 Jun 07 nicklas 99     pluginQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
3438 04 Jun 07 nicklas 100     pluginQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
3438 04 Jun 07 nicklas 101     
3438 04 Jun 07 nicklas 102     ItemQuery<PluginConfiguration> configQuery = PluginConfiguration.getQuery();
3438 04 Jun 07 nicklas 103     configQuery.restrict(
3438 04 Jun 07 nicklas 104         Restrictions.eq(
3438 04 Jun 07 nicklas 105           Hql.property("pluginDefinition"),
3438 04 Jun 07 nicklas 106           Expressions.parameter("plugin")
3438 04 Jun 07 nicklas 107         )
3438 04 Jun 07 nicklas 108       );
8107 23 Jan 23 nicklas 109     configQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("disabled"), Expressions.parameter("isDisabled", false)));
3438 04 Jun 07 nicklas 110     configQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
3438 04 Jun 07 nicklas 111     configQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
3438 04 Jun 07 nicklas 112     
7954 12 May 21 nicklas 113     dc = sc.newDbControl(":Select import plug-in");
3438 04 Jun 07 nicklas 114     Object currentItem = null;
3438 04 Jun 07 nicklas 115     if (contextType == GuiContext.Type.ITEM)
1772 16 Jan 06 nicklas 116     {
3438 04 Jun 07 nicklas 117       currentItem = itemType.getById(dc, cc.getId());
3438 04 Jun 07 nicklas 118     }
3438 04 Jun 07 nicklas 119     List<ContextResult> contextResult = ContextUtil.checkContext(dc, pluginQuery, configQuery, context, currentItem);
3438 04 Jun 07 nicklas 120     dc.close();
3438 04 Jun 07 nicklas 121
3495 14 Jun 07 nicklas 122     boolean showWarnings = Values.getBoolean(sc.getUserClientSetting("plugins.showWarnings"), false);
3438 04 Jun 07 nicklas 123     int totalPlugins = ContextUtil.countUsuablePlugins(contextResult);
3438 04 Jun 07 nicklas 124     Set<String> contextMessages = ContextUtil.getContextMessages(contextResult, showWarnings, true);
1772 16 Jan 06 nicklas 125     
1944 08 Feb 06 nicklas 126     if (totalPlugins == 0)
1773 16 Jan 06 nicklas 127     {
5917 19 Dec 11 nicklas 128       String msg = "<b>No plugins can be used in this context, for the following reasons:</b><br><ul><li>";
2392 16 Jun 06 nicklas 129       if (contextMessages.size() == 0)
2392 16 Jun 06 nicklas 130       {
3438 04 Jun 07 nicklas 131         msg += "Could not find any plugins that you have permission to use</ul>";
2392 16 Jun 06 nicklas 132       }
2392 16 Jun 06 nicklas 133       else
2392 16 Jun 06 nicklas 134       {
2392 16 Jun 06 nicklas 135         msg += Values.getString(contextMessages, "<li>", true) + "</ul>";
2392 16 Jun 06 nicklas 136       }
3438 04 Jun 07 nicklas 137       throw new WebException("popup", "No usable plugins found", msg);
1773 16 Jan 06 nicklas 138     }
3438 04 Jun 07 nicklas 139     sc.setSessionSetting("IMPORTERS", contextResult);
2430 27 Jun 06 nicklas 140     sc.setSessionSetting("MESSAGES", contextMessages);
1730 20 Dec 05 nicklas 141     forward = "select_plugin.jsp";
1730 20 Dec 05 nicklas 142   }
1730 20 Dec 05 nicklas 143   
1730 20 Dec 05 nicklas 144   else if ("RunPlugin".equals(cmd))
1730 20 Dec 05 nicklas 145   {
1730 20 Dec 05 nicklas 146     int pluginDefinitionId = Values.getInt(request.getParameter("plugindefinition_id"));
1730 20 Dec 05 nicklas 147     int pluginConfigurationId = Values.getInt(request.getParameter("pluginconfiguration_id"));
1730 20 Dec 05 nicklas 148     
2167 19 Apr 06 nicklas 149     if (pluginDefinitionId == -1 || pluginConfigurationId == -1)
1730 20 Dec 05 nicklas 150     {
1730 20 Dec 05 nicklas 151       // Auto-detect was selected
1730 20 Dec 05 nicklas 152       forward = "select_file.jsp";
1730 20 Dec 05 nicklas 153     }
1730 20 Dec 05 nicklas 154     else
1730 20 Dec 05 nicklas 155     {
1730 20 Dec 05 nicklas 156       // Specific plugin and configuration was selected
1787 18 Jan 06 nicklas 157       redirect = "../plugin/index.jsp?ID="+ID+
1787 18 Jan 06 nicklas 158         "&cmd=NewJob&pluginconfiguration_id="+pluginConfigurationId+
1787 18 Jan 06 nicklas 159         "&plugindefinition_id="+pluginDefinitionId+
7201 17 Oct 16 nicklas 160         "&title="+HTML.urlEncode(request.getParameter("title"))+
1787 18 Jan 06 nicklas 161         "&job_name="+HTML.urlEncode(request.getParameter("job_name"))+
1789 18 Jan 06 nicklas 162         "&job_description="+HTML.urlEncode(request.getParameter("job_description"))+
1789 18 Jan 06 nicklas 163         "&item_type="+context.getItem().name()+
7201 17 Oct 16 nicklas 164         "&subcontext="+HTML.urlEncode(subContext)+
3518 20 Jun 07 nicklas 165         "&context_type="+context.getType().name()+
3518 20 Jun 07 nicklas 166         "&warnIfOpen=0";
1730 20 Dec 05 nicklas 167     }
1730 20 Dec 05 nicklas 168   }
1730 20 Dec 05 nicklas 169   
1730 20 Dec 05 nicklas 170   else if ("AutoDetect".equals(cmd))
1730 20 Dec 05 nicklas 171   {
1730 20 Dec 05 nicklas 172     int fileId = Values.getInt(request.getParameter("file_id"));
1730 20 Dec 05 nicklas 173     String path = request.getParameter("path");
4525 16 Sep 08 nicklas 174     String charset = request.getParameter("charset");
7954 12 May 21 nicklas 175     dc = sc.newDbControl(":Auto-detect file format");
1730 20 Dec 05 nicklas 176     File f = fileId != 0 ? File.getById(dc, fileId) : File.getByPath(dc, new Path(path, Path.Type.FILE), false);
2677 28 Sep 06 nicklas 177     int maxRecent = Base.getMaxRecent(sc);
7703 11 Apr 19 nicklas 178     cc.setRecent(Item.FILE, f, maxRecent);
1730 20 Dec 05 nicklas 179
1772 16 Jan 06 nicklas 180     int pluginDefinitionId = Values.getInt(request.getParameter("plugindefinition_id"));
1772 16 Jan 06 nicklas 181     PluginDefinition plugin = null;
2167 19 Apr 06 nicklas 182     if (pluginDefinitionId != -1)
1772 16 Jan 06 nicklas 183     {
1772 16 Jan 06 nicklas 184       plugin = PluginDefinition.getById(dc, pluginDefinitionId);
1772 16 Jan 06 nicklas 185     }
1772 16 Jan 06 nicklas 186     
1730 20 Dec 05 nicklas 187     // Auto-detect file format
1772 16 Jan 06 nicklas 188     Map<PluginDefinition, List<PluginConfiguration>> plugins = 
4525 16 Sep 08 nicklas 189       AutoDetectFileFormat.findPlugins(dc, context, f, charset, plugin);
1730 20 Dec 05 nicklas 190
4111 31 Jan 08 nicklas 191     cc.setObject("auto-detected-file", f);
7494 04 Jun 18 nicklas 192     cc.setObject("last-file-charset", charset);
1772 16 Jan 06 nicklas 193     int matches = plugins.size();
1730 20 Dec 05 nicklas 194     if (matches == 0)
1730 20 Dec 05 nicklas 195     {
2431 27 Jun 06 nicklas 196       forward = "no_fileformat.jsp?ID="+ID+
2431 27 Jun 06 nicklas 197         "&file_id="+f.getId()+
7201 17 Oct 16 nicklas 198         "&title="+HTML.urlEncode(request.getParameter("title"))+
2431 27 Jun 06 nicklas 199         "&job_name="+HTML.urlEncode(request.getParameter("job_name"))+
2431 27 Jun 06 nicklas 200         "&job_description="+HTML.urlEncode(request.getParameter("job_description"))+
2431 27 Jun 06 nicklas 201         "&item_type="+context.getItem().name()+
7201 17 Oct 16 nicklas 202         "&subcontext="+HTML.urlEncode(subContext)+
2431 27 Jun 06 nicklas 203         "&context_type="+context.getType().name();
2431 27 Jun 06 nicklas 204       //throw new WebException("popup", "Import failed", "Couldn't find any file format matching file {1}", f);
1730 20 Dec 05 nicklas 205     }
1730 20 Dec 05 nicklas 206     else
1730 20 Dec 05 nicklas 207     {
1772 16 Jan 06 nicklas 208       if (matches == 1)
1772 16 Jan 06 nicklas 209       {
1772 16 Jan 06 nicklas 210         plugin = plugins.entrySet().iterator().next().getKey();
1772 16 Jan 06 nicklas 211         List<PluginConfiguration> configList = plugins.get(plugin);
2167 19 Apr 06 nicklas 212         if (configList != null && configList.size() > 1)
1772 16 Jan 06 nicklas 213         {
2167 19 Apr 06 nicklas 214           // Multiple configurations matches
2167 19 Apr 06 nicklas 215           matches = configList.size();
2167 19 Apr 06 nicklas 216         }
2167 19 Apr 06 nicklas 217         else
2167 19 Apr 06 nicklas 218         {
2167 19 Apr 06 nicklas 219           // 0 or 1 configuration matched
2167 19 Apr 06 nicklas 220           PluginConfiguration pc = null;
2167 19 Apr 06 nicklas 221           if (configList != null && configList.size() == 1)
2167 19 Apr 06 nicklas 222           {
2167 19 Apr 06 nicklas 223             pc = configList.get(0);
2167 19 Apr 06 nicklas 224           }
1787 18 Jan 06 nicklas 225           redirect = "../plugin/index.jsp?ID="+ID+
2167 19 Apr 06 nicklas 226             "&cmd=NewJob" + 
2167 19 Apr 06 nicklas 227             (pc == null ? "" : "&pluginconfiguration_id="+ pc.getId()) +
1787 18 Jan 06 nicklas 228             "&plugindefinition_id="+plugin.getId()+
7201 17 Oct 16 nicklas 229             "&title="+HTML.urlEncode(request.getParameter("title"))+
1787 18 Jan 06 nicklas 230             "&job_name="+HTML.urlEncode(request.getParameter("job_name"))+
1789 18 Jan 06 nicklas 231             "&job_description="+HTML.urlEncode(request.getParameter("job_description"))+
1789 18 Jan 06 nicklas 232             "&item_type="+context.getItem().name()+
7201 17 Oct 16 nicklas 233             "&subcontext="+HTML.urlEncode(subContext)+
3518 20 Jun 07 nicklas 234             "&context_type="+context.getType().name()+
4525 16 Sep 08 nicklas 235             "&parameter:" + Parameters.CHARSET_PARAMETER + "=" + HTML.urlEncode(charset) +
3518 20 Jun 07 nicklas 236             "&warnIfOpen=0";
1772 16 Jan 06 nicklas 237         }
1772 16 Jan 06 nicklas 238       }
1772 16 Jan 06 nicklas 239       if (matches > 1)
1772 16 Jan 06 nicklas 240       {
3519 20 Jun 07 nicklas 241         List<ContextResult> importers = new ArrayList<ContextResult>(matches);
3519 20 Jun 07 nicklas 242         for (Map.Entry<PluginDefinition, List<PluginConfiguration>> entry : plugins.entrySet())
3519 20 Jun 07 nicklas 243         {
3519 20 Jun 07 nicklas 244           PluginDefinition pd = entry.getKey();
3519 20 Jun 07 nicklas 245           List<PluginConfiguration> configList = entry.getValue();
3519 20 Jun 07 nicklas 246           if (configList != null && configList.size() > 0)
3519 20 Jun 07 nicklas 247           {
3519 20 Jun 07 nicklas 248             for (PluginConfiguration pc : configList)
3519 20 Jun 07 nicklas 249             {
3519 20 Jun 07 nicklas 250               importers.add(new ContextResult(pd, pc, (String)null));
3519 20 Jun 07 nicklas 251             }
3519 20 Jun 07 nicklas 252           }
3519 20 Jun 07 nicklas 253           else
3519 20 Jun 07 nicklas 254           {
3519 20 Jun 07 nicklas 255             importers.add(new ContextResult(pd, null, (String)null));
3519 20 Jun 07 nicklas 256           }
3519 20 Jun 07 nicklas 257         }
3519 20 Jun 07 nicklas 258         sc.setSessionSetting("IMPORTERS", importers);
1772 16 Jan 06 nicklas 259         forward = "select_plugin.jsp?noautodetect=1&message=Multiple+file+formats+found.+Please+select+one.";
1772 16 Jan 06 nicklas 260       }
1730 20 Dec 05 nicklas 261     }
1730 20 Dec 05 nicklas 262   }
1772 16 Jan 06 nicklas 263
1730 20 Dec 05 nicklas 264 }
1730 20 Dec 05 nicklas 265 finally
1730 20 Dec 05 nicklas 266 {
1730 20 Dec 05 nicklas 267   if (dc != null) dc.close();
1730 20 Dec 05 nicklas 268 }
1730 20 Dec 05 nicklas 269
1730 20 Dec 05 nicklas 270 if (forward != null)
1730 20 Dec 05 nicklas 271 {
6192 31 Oct 12 nicklas 272   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
1730 20 Dec 05 nicklas 273   pageContext.forward(forward);
1730 20 Dec 05 nicklas 274 }
1730 20 Dec 05 nicklas 275 else if (redirect != null)
1730 20 Dec 05 nicklas 276 {
6192 31 Oct 12 nicklas 277   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
1730 20 Dec 05 nicklas 278   response.sendRedirect(redirect);
1730 20 Dec 05 nicklas 279 }
1730 20 Dec 05 nicklas 280 else if (message == null)
1730 20 Dec 05 nicklas 281 {
1730 20 Dec 05 nicklas 282   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&wait=0");
1730 20 Dec 05 nicklas 283 }
1730 20 Dec 05 nicklas 284 else
1730 20 Dec 05 nicklas 285 {
1730 20 Dec 05 nicklas 286   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
1730 20 Dec 05 nicklas 287 }
1730 20 Dec 05 nicklas 288 %>
1730 20 Dec 05 nicklas 289

Generated on Sat Oct  7 02:44:58 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)