www/common/overview/ajax.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4816 16 Mar 09 martin 1 <%-- $Id$
4816 16 Mar 09 martin 2   ------------------------------------------------------------------
4816 16 Mar 09 martin 3   Copyright (C) 2009 Martin Svensson
4816 16 Mar 09 martin 4
4816 16 Mar 09 martin 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
4816 16 Mar 09 martin 6   Available at http://base.thep.lu.se/
4816 16 Mar 09 martin 7
4816 16 Mar 09 martin 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
4816 16 Mar 09 martin 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
4816 16 Mar 09 martin 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
4816 16 Mar 09 martin 11   of the License, or (at your option) any later version.
4816 16 Mar 09 martin 12
4816 16 Mar 09 martin 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
4816 16 Mar 09 martin 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4816 16 Mar 09 martin 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
4816 16 Mar 09 martin 16   GNU General Public License for more details.
4816 16 Mar 09 martin 17
4816 16 Mar 09 martin 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4816 16 Mar 09 martin 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
4816 16 Mar 09 martin 20   ------------------------------------------------------------------
4816 16 Mar 09 martin 21
4816 16 Mar 09 martin 22 --%>
5556 28 Jan 11 nicklas 23 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false" contentType="application/json"
4816 16 Mar 09 martin 24   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
4816 16 Mar 09 martin 25   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
5145 20 Oct 09 nicklas 26   import="net.sf.basedb.core.Annotation"
5145 20 Oct 09 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
5651 08 Jun 11 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
5651 08 Jun 11 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.Subtypable"
6214 13 Dec 12 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.BioPlate"
6214 13 Dec 12 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.BioPlateType"
7315 30 Mar 17 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
7315 30 Mar 17 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
4816 16 Mar 09 martin 34   import="net.sf.basedb.core.Item"
4816 16 Mar 09 martin 35   import="net.sf.basedb.util.overview.GenericOverview"
4816 16 Mar 09 martin 36   import="net.sf.basedb.util.overview.Node"
4830 23 Mar 09 martin 37   import="net.sf.basedb.util.overview.OverviewUtil"  
5556 28 Jan 11 nicklas 38   import="net.sf.basedb.util.error.ThrowableUtil"
4816 16 Mar 09 martin 39   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
4816 16 Mar 09 martin 40   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
5556 28 Jan 11 nicklas 41   import="org.json.simple.JSONObject"
5556 28 Jan 11 nicklas 42   import="org.json.simple.JSONArray"
7316 30 Mar 17 nicklas 43   import="java.util.Arrays"
7316 30 Mar 17 nicklas 44   import="java.util.HashSet"
7316 30 Mar 17 nicklas 45   import="java.util.Set"
4816 16 Mar 09 martin 46 %>
7316 30 Mar 17 nicklas 47 <%!
7316 30 Mar 17 nicklas 48   Set<Item> collapsedChildNodes = new HashSet<Item>(
7316 30 Mar 17 nicklas 49       Arrays.asList(Item.SAMPLE, Item.EXTRACT, Item.PHYSICALBIOASSAY, Item.DERIVEDBIOASSAY, Item.RAWBIOASSAY)
7316 30 Mar 17 nicklas 50     );
7316 30 Mar 17 nicklas 51 %>
4816 16 Mar 09 martin 52 <%
6124 13 Sep 12 nicklas 53 response.setHeader("Cache-Control", "no-cache, max-age=0");
4816 16 Mar 09 martin 54 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
4816 16 Mar 09 martin 55 final String ID = sc.getId();
4816 16 Mar 09 martin 56 final String cmd = request.getParameter("cmd");
4816 16 Mar 09 martin 57 final String root = request.getContextPath()+"/";
4816 16 Mar 09 martin 58 final String nodeId = request.getParameter("node_id");
4816 16 Mar 09 martin 59 DbControl dc = null;
4816 16 Mar 09 martin 60 out.clear();
5556 28 Jan 11 nicklas 61 JSONObject json = new JSONObject();
5556 28 Jan 11 nicklas 62 json.put("status", "ok");
4816 16 Mar 09 martin 63 try
4816 16 Mar 09 martin 64 {
4816 16 Mar 09 martin 65   if ("GetSubNodes".equals(cmd))
4816 16 Mar 09 martin 66   {
7954 12 May 21 nicklas 67     dc = sc.newDbControl(":Item overview - Get child nodes");
4816 16 Mar 09 martin 68     GenericOverview overview = OverviewUtil.getCurrentOverview(sc);
4840 24 Mar 09 martin 69     Node parent = overview.getNode(nodeId);
4816 16 Mar 09 martin 70     overview.expand(dc, parent, false);
4823 19 Mar 09 martin 71     overview.updateFailureCountOnNodes();
5556 28 Jan 11 nicklas 72     JSONArray jsonChildNodes = new JSONArray();
4816 16 Mar 09 martin 73     if (parent != null && parent.numChildren() > 0)
4816 16 Mar 09 martin 74     {
4816 16 Mar 09 martin 75       for (Node n : parent.getChildren())
4830 23 Mar 09 martin 76       {
7316 30 Mar 17 nicklas 77         if (n.getNodeType() == Node.Type.FOLDER && n.numChildren() == 1)
7316 30 Mar 17 nicklas 78         {
7316 30 Mar 17 nicklas 79           Node child = n.getChildren().get(0);
7316 30 Mar 17 nicklas 80           if (collapsedChildNodes.contains(child.getItemType())) n = child;
7316 30 Mar 17 nicklas 81         }
4816 16 Mar 09 martin 82         String folderIcon = n.getNodeType() == Node.Type.FOLDER ? "Folder" : "Item";
5145 20 Oct 09 nicklas 83         if (n.getItemType() == Item.ANNOTATIONTYPE)
4816 16 Mar 09 martin 84         {
5145 20 Oct 09 nicklas 85           if (parent.getItemType() == Item.PROTOCOL)
5145 20 Oct 09 nicklas 86           {
5145 20 Oct 09 nicklas 87             folderIcon = "ProtocolParameter";
5145 20 Oct 09 nicklas 88           }
5145 20 Oct 09 nicklas 89           else
5145 20 Oct 09 nicklas 90           {
5145 20 Oct 09 nicklas 91             try
5145 20 Oct 09 nicklas 92             {
5145 20 Oct 09 nicklas 93               AnnotationType at = (AnnotationType)n.getItem(dc);
5145 20 Oct 09 nicklas 94               if (at.isProtocolParameter()) folderIcon = "ProtocolParameter";
5145 20 Oct 09 nicklas 95             }
5145 20 Oct 09 nicklas 96             catch (Throwable t)
5145 20 Oct 09 nicklas 97             {}
5145 20 Oct 09 nicklas 98           }
4816 16 Mar 09 martin 99         }
4816 16 Mar 09 martin 100         else if (n.getItemType() == Item.ANNOTATION)
4816 16 Mar 09 martin 101         {
4816 16 Mar 09 martin 102           folderIcon = "Annotation";
5145 20 Oct 09 nicklas 103           try
5145 20 Oct 09 nicklas 104           {
5145 20 Oct 09 nicklas 105             AnnotationType at = ((Annotation)n.getItem(dc)).getAnnotationType();
5145 20 Oct 09 nicklas 106             if (at.isProtocolParameter()) folderIcon = "ProtocolParameter";
5145 20 Oct 09 nicklas 107           }
5145 20 Oct 09 nicklas 108           catch (Throwable t)
5145 20 Oct 09 nicklas 109           {}
5651 08 Jun 11 nicklas 110         }
5651 08 Jun 11 nicklas 111         String subtitle = null;
5651 08 Jun 11 nicklas 112         if (n.getNodeType() == Node.Type.FOLDER)
5651 08 Jun 11 nicklas 113         {
5651 08 Jun 11 nicklas 114           subtitle = n.getChildren() == null ? "0" : Integer.toString(n.getChildren().size());
5651 08 Jun 11 nicklas 115         }
5651 08 Jun 11 nicklas 116         else if (n.getItem() instanceof Subtypable)
5651 08 Jun 11 nicklas 117         {
5651 08 Jun 11 nicklas 118           try
5651 08 Jun 11 nicklas 119           {
5651 08 Jun 11 nicklas 120             ItemSubtype subtype = ((Subtypable)n.getItem(dc)).getItemSubtype();
5651 08 Jun 11 nicklas 121             if (subtype != null) subtitle = subtype.getName();
5651 08 Jun 11 nicklas 122           }
5651 08 Jun 11 nicklas 123           catch (Throwable t)
5651 08 Jun 11 nicklas 124           {}
5651 08 Jun 11 nicklas 125         }
6214 13 Dec 12 nicklas 126         else if (n.getItem() instanceof BioPlate)
6214 13 Dec 12 nicklas 127         {
6214 13 Dec 12 nicklas 128           try
6214 13 Dec 12 nicklas 129           {
6214 13 Dec 12 nicklas 130             BioPlateType plateType = ((BioPlate)n.getItem(dc)).getBioPlateType();
6214 13 Dec 12 nicklas 131             if (plateType != null) subtitle = plateType.getName();
6214 13 Dec 12 nicklas 132           }
6214 13 Dec 12 nicklas 133           catch (Throwable t)
6214 13 Dec 12 nicklas 134           {}
6214 13 Dec 12 nicklas 135         }
7315 30 Mar 17 nicklas 136         else if (n.getItem() instanceof RawBioAssay)
7315 30 Mar 17 nicklas 137         {
7315 30 Mar 17 nicklas 138           RawDataType rawDataType = ((RawBioAssay)n.getItem(dc)).getRawDataType();
7315 30 Mar 17 nicklas 139           subtitle = rawDataType.getName();
7315 30 Mar 17 nicklas 140         }
5651 08 Jun 11 nicklas 141         
4864 30 Mar 09 nicklas 142         int numChildren = n.numChildren();
5556 28 Jan 11 nicklas 143         JSONObject jsonNode = new JSONObject();
5556 28 Jan 11 nicklas 144         jsonNode.put("id", n.getId());
6382 17 Dec 13 nicklas 145         jsonNode.put("text", n.getTitle() + (subtitle != null ? " <span class=\"subtitle\">(" + subtitle + ")</span>" : ""));
6382 17 Dec 13 nicklas 146         jsonNode.put("icon", folderIcon);
6382 17 Dec 13 nicklas 147         jsonNode.put("isLazy", numChildren == 0 ? 0 : 1);
7347 28 Apr 17 nicklas 148         jsonNode.put("className", n.getNodeType().name());
5556 28 Jan 11 nicklas 149         jsonChildNodes.add(jsonNode);
4816 16 Mar 09 martin 150       }
4816 16 Mar 09 martin 151       dc.commit();
4816 16 Mar 09 martin 152     }
5556 28 Jan 11 nicklas 153     json.put("childNodes", jsonChildNodes);
4816 16 Mar 09 martin 154   }
4816 16 Mar 09 martin 155   else
4816 16 Mar 09 martin 156   {
4816 16 Mar 09 martin 157     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
4816 16 Mar 09 martin 158   }
4816 16 Mar 09 martin 159 }
5556 28 Jan 11 nicklas 160 catch (Throwable t)
5556 28 Jan 11 nicklas 161 {
5556 28 Jan 11 nicklas 162   t.printStackTrace();
5556 28 Jan 11 nicklas 163   json.clear();
5556 28 Jan 11 nicklas 164   json.put("status", "error");
5556 28 Jan 11 nicklas 165   json.put("message", t.getMessage());
5556 28 Jan 11 nicklas 166   json.put("stacktrace", ThrowableUtil.stackTraceToString(t));
5556 28 Jan 11 nicklas 167 }
4816 16 Mar 09 martin 168 finally
4816 16 Mar 09 martin 169 {
5556 28 Jan 11 nicklas 170   json.writeJSONString(out);
5556 28 Jan 11 nicklas 171   out.flush();
4816 16 Mar 09 martin 172   if (dc != null) dc.close();
4816 16 Mar 09 martin 173 }
4816 16 Mar 09 martin 174 %>

Generated on Sat Oct  7 02:45:02 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)