www/lims/arraydesigns/index.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1411 06 Oct 05 gregory 1 <%-- $Id$
1411 06 Oct 05 gregory 2   ------------------------------------------------------------------
3675 16 Aug 07 jari 3   Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg, Gregory Vincic
5425 23 Sep 10 nicklas 4   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
3675 16 Aug 07 jari 5   Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
1411 06 Oct 05 gregory 6
2304 22 May 06 jari 7   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 8   Available at http://base.thep.lu.se/
1411 06 Oct 05 gregory 9
1666 25 Nov 05 nicklas 10   BASE is free software; you can redistribute it and/or
1411 06 Oct 05 gregory 11   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 12   as published by the Free Software Foundation; either version 3
1411 06 Oct 05 gregory 13   of the License, or (at your option) any later version.
1411 06 Oct 05 gregory 14
1411 06 Oct 05 gregory 15   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
1411 06 Oct 05 gregory 16   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1411 06 Oct 05 gregory 17   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
1411 06 Oct 05 gregory 18   GNU General Public License for more details.
1411 06 Oct 05 gregory 19
1411 06 Oct 05 gregory 20   You should have received a copy of the GNU General Public License
4511 11 Sep 08 jari 21   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
1411 06 Oct 05 gregory 22   ------------------------------------------------------------------
1411 06 Oct 05 gregory 23
1666 25 Nov 05 nicklas 24   @author Nicklas
1411 06 Oct 05 gregory 25   @version 2.0
1411 06 Oct 05 gregory 26 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 27 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
1411 06 Oct 05 gregory 28   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
1411 06 Oct 05 gregory 29   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
1411 06 Oct 05 gregory 30   import="net.sf.basedb.core.Item"
1820 24 Jan 06 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.Include"
4901 23 Apr 09 martin 32   import="net.sf.basedb.core.ArrayBatch"
1666 25 Nov 05 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.ArrayDesign"
5964 15 Feb 12 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.Project"
3820 12 Oct 07 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.Platform"
3820 12 Oct 07 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.PlatformVariant"
1976 13 Feb 06 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.Plate"
2384 15 Jun 06 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.File"
3820 12 Oct 07 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.FileSet"
3820 12 Oct 07 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.Path"
3820 12 Oct 07 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.DataFileType"
1666 25 Nov 05 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
1666 25 Nov 05 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
1411 06 Oct 05 gregory 44   import="net.sf.basedb.core.Permission"
1820 24 Jan 06 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
1820 24 Jan 06 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
4587 15 Oct 08 martin 47   import="net.sf.basedb.core.OwnedItem"
6695 28 Jan 15 nicklas 48   import="net.sf.basedb.core.AnnotatedItem"
1820 24 Jan 06 nicklas 49   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
1820 24 Jan 06 nicklas 50   import="net.sf.basedb.core.ItemAlreadyExistsException"
4901 23 Apr 09 martin 51   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
4901 23 Apr 09 martin 52   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
4901 23 Apr 09 martin 53   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
4901 23 Apr 09 martin 54   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
1820 24 Jan 06 nicklas 55   import="net.sf.basedb.util.RemovableUtil"
1820 24 Jan 06 nicklas 56   import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
2919 15 Nov 06 nicklas 57   import="net.sf.basedb.util.OwnableUtil"
4901 23 Apr 09 martin 58   import="net.sf.basedb.util.formatter.NameableFormatter"
1411 06 Oct 05 gregory 59   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
1820 24 Jan 06 nicklas 60   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
2753 20 Oct 06 nicklas 61   import="net.sf.basedb.util.Values"
4901 23 Apr 09 martin 62   import="net.sf.basedb.clients.web.plugins.ItemQueryLoader"
1411 06 Oct 05 gregory 63   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
5498 17 Nov 10 nicklas 64   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
5498 17 Nov 10 nicklas 65   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
5498 17 Nov 10 nicklas 66   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
5498 17 Nov 10 nicklas 67   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
5498 17 Nov 10 nicklas 68   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.EditUtil"
7604 25 Feb 19 nicklas 69   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveAction"
5498 17 Nov 10 nicklas 70   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveRenderer"
6039 29 Mar 12 nicklas 71   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnExportRenderer"
7604 25 Feb 19 nicklas 72   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
6039 29 Mar 12 nicklas 73   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
1820 24 Jan 06 nicklas 74   import="java.util.Enumeration"
1820 24 Jan 06 nicklas 75   import="java.util.Set"
1820 24 Jan 06 nicklas 76   import="java.util.HashSet"
1666 25 Nov 05 nicklas 77   import="java.util.List"
1820 24 Jan 06 nicklas 78   import="java.util.ArrayList"
1820 24 Jan 06 nicklas 79   import="java.util.Collections"
1411 06 Oct 05 gregory 80 %>
1411 06 Oct 05 gregory 81 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
1411 06 Oct 05 gregory 82 <%!
3820 12 Oct 07 nicklas 83   private static final ItemContext defaultContext = Base.createDefaultContext("name", "name,platform,numDbFeatures,numFileFeatures,description");
1820 24 Jan 06 nicklas 84   private static final Item itemType = Item.ARRAYDESIGN;
4901 23 Apr 09 martin 85   
4901 23 Apr 09 martin 86   private static void registerExportUtils(ItemContext cc)
4901 23 Apr 09 martin 87   {
4901 23 Apr 09 martin 88     // Register formatters
4901 23 Apr 09 martin 89     cc.setObject("export.formatter.&arrayBatches(name)", new NameableFormatter());
4901 23 Apr 09 martin 90     
4901 23 Apr 09 martin 91     // Register dataloaders  
4901 23 Apr 09 martin 92     String designParameter = "arrayDesign";
4901 23 Apr 09 martin 93     ItemQuery<ArrayBatch> batchQuery = ArrayBatch.getQuery();
4901 23 Apr 09 martin 94     batchQuery.include(cc.getInclude());
4901 23 Apr 09 martin 95     batchQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("arrayDesign"), Expressions.parameter(designParameter)));
4901 23 Apr 09 martin 96     batchQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
7604 25 Feb 19 nicklas 97     cc.setObject("export.dataloader.&arrayBatches(name)", new ItemQueryLoader<ArrayDesign>(batchQuery, designParameter));
4901 23 Apr 09 martin 98   }
1411 06 Oct 05 gregory 99 %>
1411 06 Oct 05 gregory 100 <%
1820 24 Jan 06 nicklas 101 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
1666 25 Nov 05 nicklas 102 final String ID = sc.getId();
1820 24 Jan 06 nicklas 103 final String cmd = request.getParameter("cmd");
1820 24 Jan 06 nicklas 104 final String root = request.getContextPath()+"/";
1820 24 Jan 06 nicklas 105 final String mode = request.getParameter("mode");
1820 24 Jan 06 nicklas 106 final String callback = request.getParameter("callback");
1820 24 Jan 06 nicklas 107 final String itemId = request.getParameter("item_id");
1820 24 Jan 06 nicklas 108 final String listPage = "list_designs.jsp?ID="+ID
1820 24 Jan 06 nicklas 109   +(mode == null ? "" : "&mode="+mode)
1820 24 Jan 06 nicklas 110   +(callback == null ? "" : "&callback="+callback)
1820 24 Jan 06 nicklas 111   +(itemId == null ? "" : "&item_id="+itemId);
1820 24 Jan 06 nicklas 112 final String viewPage = "view_design.jsp?ID="+ID;
1820 24 Jan 06 nicklas 113 final String editPage = "edit_design.jsp?ID="+ID;
1411 06 Oct 05 gregory 114
1820 24 Jan 06 nicklas 115 String forward = null;
1820 24 Jan 06 nicklas 116 String redirect = null;
1820 24 Jan 06 nicklas 117 String message = null;
1820 24 Jan 06 nicklas 118 DbControl dc = null;
1820 24 Jan 06 nicklas 119
1411 06 Oct 05 gregory 120 try
1411 06 Oct 05 gregory 121 {
1820 24 Jan 06 nicklas 122   if (cmd == null || "List".equals(cmd))
1820 24 Jan 06 nicklas 123   {
1820 24 Jan 06 nicklas 124     // Display the list page without updatinging the current context
2811 26 Oct 06 nicklas 125     Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext, true);
1820 24 Jan 06 nicklas 126     redirect = listPage;
1820 24 Jan 06 nicklas 127   }
1820 24 Jan 06 nicklas 128   else if ("UpdateContext".equals(cmd))
1820 24 Jan 06 nicklas 129   {
1820 24 Jan 06 nicklas 130     // Display the list page after updating the current context from the request parameters
1820 24 Jan 06 nicklas 131     Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1820 24 Jan 06 nicklas 132     redirect = listPage;
1820 24 Jan 06 nicklas 133   }
1820 24 Jan 06 nicklas 134   else if ("LoadContext".equals(cmd))
1820 24 Jan 06 nicklas 135   {
1820 24 Jan 06 nicklas 136     // Display the list page after loading a saved context
1820 24 Jan 06 nicklas 137     int contextId = Values.getInt(request.getParameter("context"));
1820 24 Jan 06 nicklas 138     Base.loadContext(sc, contextId, defaultContext);
1820 24 Jan 06 nicklas 139     redirect = listPage;
1820 24 Jan 06 nicklas 140   }
1666 25 Nov 05 nicklas 141
1820 24 Jan 06 nicklas 142   else if ("ViewItem".equals(cmd))
1820 24 Jan 06 nicklas 143   {
1820 24 Jan 06 nicklas 144     // Display the view page for a single item 
1820 24 Jan 06 nicklas 145     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1820 24 Jan 06 nicklas 146     forward = viewPage;
1820 24 Jan 06 nicklas 147   }
1820 24 Jan 06 nicklas 148   else if ("EditItem".equals(cmd))
1820 24 Jan 06 nicklas 149   {
1820 24 Jan 06 nicklas 150     // Display the edit page for a single item (should be opened in a popup)
1820 24 Jan 06 nicklas 151     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
3859 18 Oct 07 nicklas 152     forward = editPage;
1820 24 Jan 06 nicklas 153   }
1820 24 Jan 06 nicklas 154   else if ("NewItem".equals(cmd))
1820 24 Jan 06 nicklas 155   {
1820 24 Jan 06 nicklas 156     // Display the edit page for a new item (should be opened in a popup)
1820 24 Jan 06 nicklas 157     if (!sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType))
1666 25 Nov 05 nicklas 158     {
1820 24 Jan 06 nicklas 159       throw new PermissionDeniedException(Permission.CREATE, itemType.toString());
1666 25 Nov 05 nicklas 160     }
1820 24 Jan 06 nicklas 161     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1820 24 Jan 06 nicklas 162     cc.setId(0);
1820 24 Jan 06 nicklas 163     redirect = editPage;
1820 24 Jan 06 nicklas 164   }
1820 24 Jan 06 nicklas 165   else if ("UpdateItem".equals(cmd))
1820 24 Jan 06 nicklas 166   {
1820 24 Jan 06 nicklas 167     // Update the properties on an item (will close the popup)
1820 24 Jan 06 nicklas 168     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext);
2598 28 Aug 06 nicklas 169     final int maxRecent = Base.getMaxRecent(sc);
7954 12 May 21 nicklas 170     dc = sc.newDbControl(":Edit "+itemType);
7605 26 Feb 19 nicklas 171     ArrayDesign design = cc.getObject("item");
3820 12 Oct 07 nicklas 172     
3820 12 Oct 07 nicklas 173     String[] pv = request.getParameter("platform").split(":");
6312 28 Aug 13 nicklas 174     Platform platform = null;
6312 28 Aug 13 nicklas 175     PlatformVariant variant = null;
6312 28 Aug 13 nicklas 176     if ("PLATFORM".equals(pv[0]))
6312 28 Aug 13 nicklas 177     {
6312 28 Aug 13 nicklas 178       int platformId = Values.getInt(pv[1]);
6312 28 Aug 13 nicklas 179       platform = Platform.getById(dc, platformId);
6312 28 Aug 13 nicklas 180     }
6312 28 Aug 13 nicklas 181     else
6312 28 Aug 13 nicklas 182     {
6312 28 Aug 13 nicklas 183       int variantId = Values.getInt(pv[1]);
6312 28 Aug 13 nicklas 184       variant = PlatformVariant.getById(dc, variantId);
6312 28 Aug 13 nicklas 185       platform = variant.getPlatform();
6312 28 Aug 13 nicklas 186     }
7703 11 Apr 19 nicklas 187     cc.setRecent(Item.PLATFORM, platform, maxRecent);
7703 11 Apr 19 nicklas 188     cc.setRecent(Item.PLATFORMVARIANT, variant, maxRecent);
1820 24 Jan 06 nicklas 189     if (design == null)
1666 25 Nov 05 nicklas 190     {
3820 12 Oct 07 nicklas 191       if (variant != null)
3820 12 Oct 07 nicklas 192       {
3820 12 Oct 07 nicklas 193         design = ArrayDesign.getNew(dc, variant);  
3820 12 Oct 07 nicklas 194       }
3820 12 Oct 07 nicklas 195       else
3820 12 Oct 07 nicklas 196       {
3820 12 Oct 07 nicklas 197         design = ArrayDesign.getNew(dc, platform);
3820 12 Oct 07 nicklas 198       }
1820 24 Jan 06 nicklas 199       message = "Array design created";
1820 24 Jan 06 nicklas 200       dc.saveItem(design);
6037 29 Mar 12 nicklas 201       if (Values.getBoolean(request.getParameter("setAsProjectDefault")))
5964 15 Feb 12 nicklas 202       {
5964 15 Feb 12 nicklas 203         Project.getById(dc, sc.getActiveProjectId()).addDefaultItem(design);
5964 15 Feb 12 nicklas 204       }
1666 25 Nov 05 nicklas 205     }
1820 24 Jan 06 nicklas 206     else
1666 25 Nov 05 nicklas 207     {
5060 19 Aug 09 nicklas 208       dc.reattachItem(design, false);
3820 12 Oct 07 nicklas 209       if (variant != null)
3820 12 Oct 07 nicklas 210       {
3820 12 Oct 07 nicklas 211         design.setVariant(variant);
3820 12 Oct 07 nicklas 212       }
3820 12 Oct 07 nicklas 213       else
3820 12 Oct 07 nicklas 214       {
3820 12 Oct 07 nicklas 215         design.setPlatform(platform);
3820 12 Oct 07 nicklas 216       }
1820 24 Jan 06 nicklas 217       message = "Array design updated";
1666 25 Nov 05 nicklas 218     }
5498 17 Nov 10 nicklas 219     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.item(Item.ARRAYDESIGN), design);
7604 25 Feb 19 nicklas 220     ExtensionsInvoker<OnSaveAction> invoker = EditUtil.useOnSaveExtensions(jspContext);
5498 17 Nov 10 nicklas 221     try
5498 17 Nov 10 nicklas 222     {
5498 17 Nov 10 nicklas 223       design.setName(Values.getStringOrNull(request.getParameter("name")));
5498 17 Nov 10 nicklas 224       design.setDescription(Values.getStringOrNull(request.getParameter("description")));
5498 17 Nov 10 nicklas 225       design.setNumArrays(Values.getInt(request.getParameter("numArrays"), 1));
5498 17 Nov 10 nicklas 226   
5498 17 Nov 10 nicklas 227       // Data files tab
5498 17 Nov 10 nicklas 228       boolean validate = Values.getBoolean(request.getParameter("datafiles.validate"));
5623 06 May 11 nicklas 229       Base.updateFiles(dc, design, request, validate, cc, maxRecent);
5498 17 Nov 10 nicklas 230       
5498 17 Nov 10 nicklas 231       // Annotations tab
5498 17 Nov 10 nicklas 232       Base.updateAnnotations(dc, design, design, request);
5498 17 Nov 10 nicklas 233       
5498 17 Nov 10 nicklas 234       // OnSave extensions
5498 17 Nov 10 nicklas 235       invoker.render(OnSaveRenderer.ON_SAVE);
5498 17 Nov 10 nicklas 236       dc.commit();
5498 17 Nov 10 nicklas 237       invoker.render(OnSaveRenderer.ON_COMMIT);
5498 17 Nov 10 nicklas 238     }
5498 17 Nov 10 nicklas 239     catch (Exception ex)
5498 17 Nov 10 nicklas 240     {
5498 17 Nov 10 nicklas 241       invoker.render(OnSaveRenderer.onRollback(ex));
5498 17 Nov 10 nicklas 242       throw ex;
5498 17 Nov 10 nicklas 243     }
5498 17 Nov 10 nicklas 244     finally
5498 17 Nov 10 nicklas 245     {
5498 17 Nov 10 nicklas 246       cc.removeObject("item");
5498 17 Nov 10 nicklas 247     }
1820 24 Jan 06 nicklas 248   }
1820 24 Jan 06 nicklas 249   else if ("DeleteItem".equals(cmd))
1820 24 Jan 06 nicklas 250   {
1820 24 Jan 06 nicklas 251     // Delete a single item and then return to the view page
7954 12 May 21 nicklas 252     dc = sc.newDbControl(":Delete "+itemType);
1820 24 Jan 06 nicklas 253     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1820 24 Jan 06 nicklas 254     RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()), true);
1820 24 Jan 06 nicklas 255     dc.commit();
1820 24 Jan 06 nicklas 256     redirect = viewPage;
1820 24 Jan 06 nicklas 257   }
1820 24 Jan 06 nicklas 258   else if ("DeleteItems".equals(cmd))
1820 24 Jan 06 nicklas 259   {
1820 24 Jan 06 nicklas 260     // Delete all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 261     dc = sc.newDbControl(":Delete "+itemType);
1820 24 Jan 06 nicklas 262     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1820 24 Jan 06 nicklas 263     int numTotal = cc.getSelected().size();
1820 24 Jan 06 nicklas 264     int numRemoved = RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, cc.getSelected(), true);
1820 24 Jan 06 nicklas 265     dc.commit();
1820 24 Jan 06 nicklas 266     if (numTotal != numRemoved)
1666 25 Nov 05 nicklas 267     {
1820 24 Jan 06 nicklas 268       message = (numRemoved == 0 ? "No" : "Only "+numRemoved+" of "+numTotal) + " items could be deleted, because you have no DELETE permission";
1666 25 Nov 05 nicklas 269     }
6192 31 Oct 12 nicklas 270     redirect = listPage;
1820 24 Jan 06 nicklas 271   }
1820 24 Jan 06 nicklas 272   else if ("RestoreItem".equals(cmd))
1820 24 Jan 06 nicklas 273   {
1820 24 Jan 06 nicklas 274     // Restore a single item and then return to the view page
7954 12 May 21 nicklas 275     dc = sc.newDbControl(":Restore "+itemType);
1820 24 Jan 06 nicklas 276     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1820 24 Jan 06 nicklas 277     RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()), false);
1820 24 Jan 06 nicklas 278     dc.commit();
1820 24 Jan 06 nicklas 279     redirect = viewPage;
1820 24 Jan 06 nicklas 280   }
1820 24 Jan 06 nicklas 281   else if ("RestoreItems".equals(cmd))
1820 24 Jan 06 nicklas 282   {
1820 24 Jan 06 nicklas 283     // Restore all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 284     dc = sc.newDbControl(":Restore "+itemType);
1820 24 Jan 06 nicklas 285     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1820 24 Jan 06 nicklas 286     int numTotal = cc.getSelected().size();
1820 24 Jan 06 nicklas 287     int numRemoved = RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, cc.getSelected(), false);
1820 24 Jan 06 nicklas 288     dc.commit();
1820 24 Jan 06 nicklas 289     if (numTotal != numRemoved)
1666 25 Nov 05 nicklas 290     {
2528 15 Aug 06 martin 291       message = (numRemoved == 0 ? "No" : "Only "+numRemoved+" of "+numTotal) + " items could be restored, because you have no WRITE permission";
1666 25 Nov 05 nicklas 292     }
6192 31 Oct 12 nicklas 293     redirect = listPage;
1820 24 Jan 06 nicklas 294   }
1820 24 Jan 06 nicklas 295   else if ("ShareItem".equals(cmd))
1820 24 Jan 06 nicklas 296   {
1820 24 Jan 06 nicklas 297     // Display a popup window for sharing a single item
7954 12 May 21 nicklas 298     dc = sc.newDbControl(":Share "+itemType);
1820 24 Jan 06 nicklas 299     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1820 24 Jan 06 nicklas 300     MultiPermissions permissions = ShareableUtil.getMultiPermissions(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()));
1820 24 Jan 06 nicklas 301     dc.close();
1820 24 Jan 06 nicklas 302     cc.setObject("MultiPermissions", permissions);
1820 24 Jan 06 nicklas 303     redirect = "../../common/share/share.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
1820 24 Jan 06 nicklas 304   }
1820 24 Jan 06 nicklas 305   else if ("ShareItems".equals(cmd))
1820 24 Jan 06 nicklas 306   {
1820 24 Jan 06 nicklas 307     // Display a popup window for sharing all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 308     dc = sc.newDbControl(":Share "+itemType);
1820 24 Jan 06 nicklas 309     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1820 24 Jan 06 nicklas 310     MultiPermissions permissions = ShareableUtil.getMultiPermissions(dc, itemType, cc.getSelected());
1820 24 Jan 06 nicklas 311     dc.close();
1820 24 Jan 06 nicklas 312     cc.setObject("MultiPermissions", permissions);
1820 24 Jan 06 nicklas 313     redirect = "../../common/share/share.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
1820 24 Jan 06 nicklas 314   }
4578 13 Oct 08 martin 315   else if ("SetOwnerOfItem".equals(cmd))
2919 15 Nov 06 nicklas 316   {
4578 13 Oct 08 martin 317     // Change owner of items selected on a list page
7954 12 May 21 nicklas 318     dc = sc.newDbControl(":Set owner of "+itemType);
2919 15 Nov 06 nicklas 319     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4587 15 Oct 08 martin 320     OwnedItem item = (OwnedItem)itemType.getById(dc, cc.getId());
4587 15 Oct 08 martin 321     cc.setObject("OwnedItems", Collections.singleton(item));
4578 13 Oct 08 martin 322     redirect = "../../common/ownership/ownership.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
2919 15 Nov 06 nicklas 323   }
4578 13 Oct 08 martin 324   else if ("SetOwnerOfItems".equals(cmd))
2919 15 Nov 06 nicklas 325   {
4578 13 Oct 08 martin 326     // Change owner of items selected on a list page
7954 12 May 21 nicklas 327     dc = sc.newDbControl(":Set owner of "+itemType);
2919 15 Nov 06 nicklas 328     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4587 15 Oct 08 martin 329     Set<OwnedItem> items = new HashSet<OwnedItem>();
4587 15 Oct 08 martin 330     for (Integer id : cc.getSelected())
4587 15 Oct 08 martin 331     {
4587 15 Oct 08 martin 332       if (id != null) items.add((OwnedItem)itemType.getById(dc, id));
4587 15 Oct 08 martin 333     }
4587 15 Oct 08 martin 334     dc.close();
4587 15 Oct 08 martin 335     cc.setObject("OwnedItems", items);
4578 13 Oct 08 martin 336     redirect = "../../common/ownership/ownership.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
2919 15 Nov 06 nicklas 337   }
6695 28 Jan 15 nicklas 338   else if ("InheritAnnotations".equals(cmd))
6695 28 Jan 15 nicklas 339   {
6695 28 Jan 15 nicklas 340     // Change owner of items selected on a list page
7954 12 May 21 nicklas 341     dc = sc.newDbControl(":Inherit annotations "+itemType);
6695 28 Jan 15 nicklas 342     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
6695 28 Jan 15 nicklas 343     Set<AnnotatedItem> items = new HashSet<AnnotatedItem>();
6695 28 Jan 15 nicklas 344     for (Integer id : cc.getSelected())
6695 28 Jan 15 nicklas 345     {
6695 28 Jan 15 nicklas 346       if (id != null) items.add((AnnotatedItem)itemType.getById(dc, id));
6695 28 Jan 15 nicklas 347     }
6695 28 Jan 15 nicklas 348     dc.close();
6695 28 Jan 15 nicklas 349     cc.setObject("AnnotatedItems", items);
6695 28 Jan 15 nicklas 350     redirect = "../../common/annotations/batch_inherit.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
6695 28 Jan 15 nicklas 351   }
1820 24 Jan 06 nicklas 352   else if ("ExportItems".equals(cmd))
1820 24 Jan 06 nicklas 353   {
1820 24 Jan 06 nicklas 354     // Run an export plugin in a list context
1820 24 Jan 06 nicklas 355     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1820 24 Jan 06 nicklas 356     final ItemQuery<ArrayDesign> query = ArrayDesign.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 357     dc = sc.newDbControl(":Export "+itemType);
7914 23 Feb 21 nicklas 358     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 359     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
1820 24 Jan 06 nicklas 360     cc.setQuery(query);
4901 23 Apr 09 martin 361     registerExportUtils(cc);
7604 25 Feb 19 nicklas 362     ExtensionsInvoker<ListColumnAction<ArrayDesign,?>> listInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
7604 25 Feb 19 nicklas 363     listInvoker.render(new ListColumnExportRenderer<ArrayDesign>(cc));
6039 29 Mar 12 nicklas 364     dc.close();
1820 24 Jan 06 nicklas 365     redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Export+array+designs";
1820 24 Jan 06 nicklas 366   }
1820 24 Jan 06 nicklas 367   else if ("ExportItem".equals(cmd))
1820 24 Jan 06 nicklas 368   {
1820 24 Jan 06 nicklas 369     // Run an export plugin in single-item context
1820 24 Jan 06 nicklas 370     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4901 23 Apr 09 martin 371     registerExportUtils(cc);
1820 24 Jan 06 nicklas 372     redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Export+array+design";
1820 24 Jan 06 nicklas 373   }
1820 24 Jan 06 nicklas 374   else if ("ImportItems".equals(cmd))
1820 24 Jan 06 nicklas 375   {
1820 24 Jan 06 nicklas 376     // Run an import plugin in a list context
1820 24 Jan 06 nicklas 377     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1820 24 Jan 06 nicklas 378     final ItemQuery<ArrayDesign> query = ArrayDesign.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 379     dc = sc.newDbControl(":Import "+itemType);
7914 23 Feb 21 nicklas 380     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 381     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
5590 16 Mar 11 nicklas 382     dc.close();
1820 24 Jan 06 nicklas 383     cc.setQuery(query);
1820 24 Jan 06 nicklas 384     redirect = "../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Import+array+designs";
1820 24 Jan 06 nicklas 385   }
1820 24 Jan 06 nicklas 386   else if ("ImportItem".equals(cmd))
1820 24 Jan 06 nicklas 387   {
1820 24 Jan 06 nicklas 388     // Run an import plugin in single-item context
1820 24 Jan 06 nicklas 389     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1820 24 Jan 06 nicklas 390     redirect = "../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Import+features";
1820 24 Jan 06 nicklas 391   }
1820 24 Jan 06 nicklas 392   else if ("RunListPlugin".equals(cmd))
1820 24 Jan 06 nicklas 393   {
1820 24 Jan 06 nicklas 394     // Run another plugin in a list context
1820 24 Jan 06 nicklas 395     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1820 24 Jan 06 nicklas 396     final ItemQuery<ArrayDesign> query = ArrayDesign.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 397     dc = sc.newDbControl(":Run plugin "+itemType);
7914 23 Feb 21 nicklas 398     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 399     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
5590 16 Mar 11 nicklas 400     dc.close();
1820 24 Jan 06 nicklas 401     cc.setQuery(query);
1820 24 Jan 06 nicklas 402     redirect = "../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
1820 24 Jan 06 nicklas 403   }
1820 24 Jan 06 nicklas 404   else if ("RunPlugin".equals(cmd))
1820 24 Jan 06 nicklas 405   {
1820 24 Jan 06 nicklas 406     // Run another plugin in single-item context
1820 24 Jan 06 nicklas 407     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1820 24 Jan 06 nicklas 408     redirect = "../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
1820 24 Jan 06 nicklas 409   }
1976 13 Feb 06 nicklas 410   else if ("ManagePlates".equals(cmd))
1976 13 Feb 06 nicklas 411   {
1976 13 Feb 06 nicklas 412     // Open the attach plates page (in a popup)
1976 13 Feb 06 nicklas 413     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1976 13 Feb 06 nicklas 414     forward = "manage_plates.jsp";
1976 13 Feb 06 nicklas 415   }
1976 13 Feb 06 nicklas 416   else if ("UpdatePlates".equals(cmd))
1976 13 Feb 06 nicklas 417   {
1976 13 Feb 06 nicklas 418     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext);
7954 12 May 21 nicklas 419     dc = sc.newDbControl(":Update plates");
7605 26 Feb 19 nicklas 420     ArrayDesign design = cc.getObject("item");
5060 19 Aug 09 nicklas 421     dc.reattachItem(design, false);
1976 13 Feb 06 nicklas 422     
1976 13 Feb 06 nicklas 423     List<Plate> plates = new java.util.LinkedList<Plate>();
6312 28 Aug 13 nicklas 424     for (String pId : request.getParameter("+PLATE").split(","))
1976 13 Feb 06 nicklas 425     {
6312 28 Aug 13 nicklas 426       plates.add(Plate.getById(dc, Values.getInt(pId)));
1976 13 Feb 06 nicklas 427     }
1976 13 Feb 06 nicklas 428     design.setPlateList(plates);
1976 13 Feb 06 nicklas 429     
1976 13 Feb 06 nicklas 430     dc.commit();
1976 13 Feb 06 nicklas 431     cc.removeObject("item");
1976 13 Feb 06 nicklas 432   }
3482 13 Jun 07 nicklas 433   else if ("VerifyReporters".equals(cmd))
3482 13 Jun 07 nicklas 434   {
3482 13 Jun 07 nicklas 435     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
3482 13 Jun 07 nicklas 436     redirect = "../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=NewJob&plugin_class=net.sf.basedb.plugins.CdfFileReporterImporter";
3482 13 Jun 07 nicklas 437     redirect += "&item_type=ARRAYDESIGN&context_type=LIST&title=Verify+reporters&parameter:mode=verify";
3482 13 Jun 07 nicklas 438   }
1820 24 Jan 06 nicklas 439   else
1820 24 Jan 06 nicklas 440   {
1820 24 Jan 06 nicklas 441     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
1820 24 Jan 06 nicklas 442   }
1411 06 Oct 05 gregory 443 }
1411 06 Oct 05 gregory 444 finally
1411 06 Oct 05 gregory 445 {
1411 06 Oct 05 gregory 446   if (dc != null) dc.close();
1411 06 Oct 05 gregory 447 }
1820 24 Jan 06 nicklas 448
1820 24 Jan 06 nicklas 449 if (forward != null)
1820 24 Jan 06 nicklas 450 {
6192 31 Oct 12 nicklas 451   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
1820 24 Jan 06 nicklas 452   pageContext.forward(forward);
1820 24 Jan 06 nicklas 453 }
1820 24 Jan 06 nicklas 454 else if (redirect != null)
1820 24 Jan 06 nicklas 455 {
6192 31 Oct 12 nicklas 456   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
1820 24 Jan 06 nicklas 457   response.sendRedirect(redirect);
1820 24 Jan 06 nicklas 458 }
1820 24 Jan 06 nicklas 459 else if (message == null)
1820 24 Jan 06 nicklas 460 {
1820 24 Jan 06 nicklas 461   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&wait=0");
1820 24 Jan 06 nicklas 462 }
1820 24 Jan 06 nicklas 463 else
1820 24 Jan 06 nicklas 464 {
1820 24 Jan 06 nicklas 465   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
1820 24 Jan 06 nicklas 466 }
1820 24 Jan 06 nicklas 467 %>
1820 24 Jan 06 nicklas 468

Generated on Sat Oct  7 02:46:21 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)