www/lims/platemappings/ajax.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5541 17 Jan 11 nicklas 1 <%-- $Id $
5541 17 Jan 11 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
5541 17 Jan 11 nicklas 3   Copyright (C) 2011 Nicklas Nordborg
5541 17 Jan 11 nicklas 4
5541 17 Jan 11 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
5541 17 Jan 11 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
5541 17 Jan 11 nicklas 7
5541 17 Jan 11 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
5541 17 Jan 11 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
5541 17 Jan 11 nicklas 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
5541 17 Jan 11 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
5541 17 Jan 11 nicklas 12
5541 17 Jan 11 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
5541 17 Jan 11 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
5541 17 Jan 11 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
5541 17 Jan 11 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
5541 17 Jan 11 nicklas 17
5541 17 Jan 11 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
5541 17 Jan 11 nicklas 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
5541 17 Jan 11 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
5541 17 Jan 11 nicklas 21
5541 17 Jan 11 nicklas 22   @author Nicklas
5541 17 Jan 11 nicklas 23 --%>
5557 28 Jan 11 nicklas 24 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false" contentType="application/json"
5541 17 Jan 11 nicklas 25   import="net.sf.basedb.core.PlateMapping"
5541 17 Jan 11 nicklas 26   import="net.sf.basedb.core.PlateGeometry"
5541 17 Jan 11 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.data.MappingCoordinate"
5541 17 Jan 11 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
5541 17 Jan 11 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
5541 17 Jan 11 nicklas 30   import="net.sf.basedb.util.Values"
5541 17 Jan 11 nicklas 31   import="net.sf.basedb.util.error.ThrowableUtil"
5541 17 Jan 11 nicklas 32   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
5541 17 Jan 11 nicklas 33   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
5557 28 Jan 11 nicklas 34   import="org.json.simple.JSONObject"
5557 28 Jan 11 nicklas 35   import="org.json.simple.JSONArray"
5541 17 Jan 11 nicklas 36 %>
5541 17 Jan 11 nicklas 37 <%
6124 13 Sep 12 nicklas 38 response.setHeader("Cache-Control", "no-cache, max-age=0");
5541 17 Jan 11 nicklas 39 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
5541 17 Jan 11 nicklas 40 final String ID = sc.getId();
5541 17 Jan 11 nicklas 41 final String cmd = request.getParameter("cmd");
5541 17 Jan 11 nicklas 42 final String root = request.getContextPath()+"/";
5541 17 Jan 11 nicklas 43 final int itemId = Values.getInt(request.getParameter("item_id"));
5541 17 Jan 11 nicklas 44 DbControl dc = null;
5541 17 Jan 11 nicklas 45 out.clear();
5557 28 Jan 11 nicklas 46 JSONObject json = new JSONObject();
5557 28 Jan 11 nicklas 47 json.put("status", "ok");
5541 17 Jan 11 nicklas 48 try
5541 17 Jan 11 nicklas 49 {
5541 17 Jan 11 nicklas 50   if ("GetMappingDetails".equals(cmd))
5541 17 Jan 11 nicklas 51   {
7954 12 May 21 nicklas 52     dc = sc.newDbControl(":Get plate mapping information");
5541 17 Jan 11 nicklas 53     
5541 17 Jan 11 nicklas 54     PlateMapping mapping = PlateMapping.getById(dc, itemId);
5541 17 Jan 11 nicklas 55     PlateGeometry destGeometry = mapping.getDestinationGeometry();
5541 17 Jan 11 nicklas 56     PlateGeometry sourceGeometry = mapping.getSourceGeometry();
5541 17 Jan 11 nicklas 57
5557 28 Jan 11 nicklas 58     json.put("id", mapping.getId());
5557 28 Jan 11 nicklas 59     json.put("name", mapping.getName());
5557 28 Jan 11 nicklas 60     json.put("sourcePlates", mapping.getSourceCount());
5557 28 Jan 11 nicklas 61     json.put("sourceRows", sourceGeometry.getRows());
5557 28 Jan 11 nicklas 62     json.put("sourceColumns", sourceGeometry.getColumns());
5557 28 Jan 11 nicklas 63     json.put("destinationPlates", mapping.getDestinationCount());
5557 28 Jan 11 nicklas 64     json.put("destinationRows", destGeometry.getRows());
5557 28 Jan 11 nicklas 65     json.put("destinationColumns", destGeometry.getColumns());
5557 28 Jan 11 nicklas 66
5557 28 Jan 11 nicklas 67     JSONArray jsonDetails = new JSONArray();
5541 17 Jan 11 nicklas 68     for (int plateNo = 0; plateNo < mapping.getDestinationCount(); ++plateNo)
5541 17 Jan 11 nicklas 69     {
5541 17 Jan 11 nicklas 70       for (int row = 0; row < destGeometry.getRows(); ++row)
5541 17 Jan 11 nicklas 71       {
5541 17 Jan 11 nicklas 72         for (int col = 0; col < destGeometry.getColumns(); ++col)
5541 17 Jan 11 nicklas 73         {
5541 17 Jan 11 nicklas 74           MappingCoordinate dest = new MappingCoordinate(plateNo, row, col);
5541 17 Jan 11 nicklas 75           MappingCoordinate src = mapping.getSourceCoordinate(dest);
5541 17 Jan 11 nicklas 76           if (src != null)
5541 17 Jan 11 nicklas 77           {
5557 28 Jan 11 nicklas 78             jsonDetails.add(src.getPlate() + "," + src.getRow() + "," + src.getColumn() + 
5541 17 Jan 11 nicklas 79                 "," + plateNo + "," + row + "," + col);
5541 17 Jan 11 nicklas 80           }
5541 17 Jan 11 nicklas 81         }
5541 17 Jan 11 nicklas 82       }
5557 28 Jan 11 nicklas 83     }
5557 28 Jan 11 nicklas 84     json.put("details", jsonDetails);
5541 17 Jan 11 nicklas 85     dc.close();
5541 17 Jan 11 nicklas 86   }
5541 17 Jan 11 nicklas 87   else
5541 17 Jan 11 nicklas 88   {
5541 17 Jan 11 nicklas 89     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
5541 17 Jan 11 nicklas 90   }
5541 17 Jan 11 nicklas 91 }
5541 17 Jan 11 nicklas 92 catch (Throwable t)
5541 17 Jan 11 nicklas 93 {
5541 17 Jan 11 nicklas 94   t.printStackTrace();
5557 28 Jan 11 nicklas 95   json.clear();
5557 28 Jan 11 nicklas 96   json.put("status", "error");
5557 28 Jan 11 nicklas 97   json.put("message", t.getMessage());
5557 28 Jan 11 nicklas 98   json.put("stacktrace", ThrowableUtil.stackTraceToString(t));
5541 17 Jan 11 nicklas 99 }
5541 17 Jan 11 nicklas 100 finally
5541 17 Jan 11 nicklas 101 {
5557 28 Jan 11 nicklas 102   json.writeJSONString(out);
5557 28 Jan 11 nicklas 103   out.flush();
5541 17 Jan 11 nicklas 104   if (dc != null) dc.close();
5541 17 Jan 11 nicklas 105 }
5541 17 Jan 11 nicklas 106 %>

Generated on Sat Oct  7 02:46:32 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)