www/lims/plates/wells/index.jsp

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1862 30 Jan 06 nicklas 1 <%-- $Id$
1862 30 Jan 06 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
5425 23 Sep 10 nicklas 3   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
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2304 22 May 06 jari 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 6   Available at http://base.thep.lu.se/
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1862 30 Jan 06 nicklas 22   @author Nicklas
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5426 24 Sep 10 nicklas 25 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
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1862 30 Jan 06 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
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4305 21 May 08 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.DataQuery"
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4305 21 May 08 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.data.ReporterData"
4866 31 Mar 09 martin 37   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
4866 31 Mar 09 martin 38   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
1862 30 Jan 06 nicklas 39   import="net.sf.basedb.util.RemovableUtil"
1862 30 Jan 06 nicklas 40   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
1862 30 Jan 06 nicklas 41   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
1862 30 Jan 06 nicklas 42   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
2753 20 Oct 06 nicklas 43   import="net.sf.basedb.util.Values"
4866 31 Mar 09 martin 44   import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
5498 17 Nov 10 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
5498 17 Nov 10 nicklas 46   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
5498 17 Nov 10 nicklas 47   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
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5498 17 Nov 10 nicklas 49   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.EditUtil"
7604 25 Feb 19 nicklas 50   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveAction"
5498 17 Nov 10 nicklas 51   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveRenderer"
6039 29 Mar 12 nicklas 52   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnExportRenderer"
7604 25 Feb 19 nicklas 53   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
6039 29 Mar 12 nicklas 54   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
1862 30 Jan 06 nicklas 55   import="java.util.List"
1862 30 Jan 06 nicklas 56   import="java.util.Collections"
1862 30 Jan 06 nicklas 57 %>
1862 30 Jan 06 nicklas 58 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
1862 30 Jan 06 nicklas 59 <%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
1862 30 Jan 06 nicklas 60 <%!
7982 14 Jun 21 nicklas 61   private static final ItemContext defaultContext = Base.createDefaultContext("row", "row,column,reporter.name,reporter.externalId", null);
1862 30 Jan 06 nicklas 62   private static final Item itemType = Item.WELL;
4866 31 Mar 09 martin 63   
4866 31 Mar 09 martin 64   private static void registerExportFormatters(ItemContext cc)
4866 31 Mar 09 martin 65   {
4866 31 Mar 09 martin 66     cc.setObject("export.formatter.row", new WellCoordinateFormatter(true));
4866 31 Mar 09 martin 67     cc.setObject("export.formatter.column", new WellCoordinateFormatter(false));
4866 31 Mar 09 martin 68   }
1862 30 Jan 06 nicklas 69 %>
1862 30 Jan 06 nicklas 70 <%
1862 30 Jan 06 nicklas 71 final int plateId = Values.getInt(request.getParameter("plate_id"));
1862 30 Jan 06 nicklas 72
1862 30 Jan 06 nicklas 73 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
1862 30 Jan 06 nicklas 74 final String ID = sc.getId();
1862 30 Jan 06 nicklas 75 final String cmd = request.getParameter("cmd");
1862 30 Jan 06 nicklas 76 final String root = request.getContextPath()+"/";
1862 30 Jan 06 nicklas 77 final String mode = request.getParameter("mode");
1862 30 Jan 06 nicklas 78 final String callback = request.getParameter("callback");
1862 30 Jan 06 nicklas 79 final String itemId = request.getParameter("item_id");
1862 30 Jan 06 nicklas 80 final String listPage = "list_wells.jsp?ID="+ID
1862 30 Jan 06 nicklas 81   +"&plate_id="+plateId
1862 30 Jan 06 nicklas 82   +(mode == null ? "" : "&mode="+mode)
1862 30 Jan 06 nicklas 83   +(callback == null ? "" : "&callback="+callback)
1862 30 Jan 06 nicklas 84   +(itemId == null ? "" : "&item_id="+itemId);
1862 30 Jan 06 nicklas 85 final String viewPage = "view_well.jsp?ID="+ID+"&plate_id="+plateId;
1862 30 Jan 06 nicklas 86 final String editPage = "edit_well.jsp?ID="+ID+"&plate_id="+plateId;
1862 30 Jan 06 nicklas 87
1862 30 Jan 06 nicklas 88 String forward = null;
1862 30 Jan 06 nicklas 89 String redirect = null;
1862 30 Jan 06 nicklas 90 String message = null;
1862 30 Jan 06 nicklas 91 DbControl dc = null;
1862 30 Jan 06 nicklas 92
1862 30 Jan 06 nicklas 93 try
1862 30 Jan 06 nicklas 94 {
1862 30 Jan 06 nicklas 95   if (cmd == null || "List".equals(cmd))
1862 30 Jan 06 nicklas 96   {
1862 30 Jan 06 nicklas 97     // Display the list page without updatinging the current context
2811 26 Oct 06 nicklas 98     Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext, true);
1862 30 Jan 06 nicklas 99     redirect = listPage;
1862 30 Jan 06 nicklas 100   }
1862 30 Jan 06 nicklas 101   else if ("UpdateContext".equals(cmd))
1862 30 Jan 06 nicklas 102   {
1862 30 Jan 06 nicklas 103     // Display the list page after updating the current context from the request parameters
1862 30 Jan 06 nicklas 104     Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1862 30 Jan 06 nicklas 105     redirect = listPage;
1862 30 Jan 06 nicklas 106   }
1862 30 Jan 06 nicklas 107   else if ("LoadContext".equals(cmd))
1862 30 Jan 06 nicklas 108   {
1862 30 Jan 06 nicklas 109     // Display the list page after loading a saved context
1862 30 Jan 06 nicklas 110     int contextId = Values.getInt(request.getParameter("context"));
1862 30 Jan 06 nicklas 111     Base.loadContext(sc, contextId, defaultContext);
1862 30 Jan 06 nicklas 112     redirect = listPage;
1862 30 Jan 06 nicklas 113   }
1862 30 Jan 06 nicklas 114   else if ("ViewItem".equals(cmd))
1862 30 Jan 06 nicklas 115   {
1862 30 Jan 06 nicklas 116     // Display the view page for a single item 
1862 30 Jan 06 nicklas 117     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1862 30 Jan 06 nicklas 118     forward = viewPage;
1862 30 Jan 06 nicklas 119   }
1862 30 Jan 06 nicklas 120   else if ("EditItem".equals(cmd))
1862 30 Jan 06 nicklas 121   {
1862 30 Jan 06 nicklas 122     // Display the edit page for a single item (should be opened in a popup)
1862 30 Jan 06 nicklas 123     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1862 30 Jan 06 nicklas 124     redirect = editPage;
1862 30 Jan 06 nicklas 125   }
1862 30 Jan 06 nicklas 126   else if ("UpdateItem".equals(cmd))
1862 30 Jan 06 nicklas 127   {
1862 30 Jan 06 nicklas 128     // Update the properties on an item (will close the popup)
1862 30 Jan 06 nicklas 129     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext);
7954 12 May 21 nicklas 130     dc = sc.newDbControl(":Edit "+itemType);
7605 26 Feb 19 nicklas 131     Well well = cc.getObject("item");
5060 19 Aug 09 nicklas 132     dc.reattachItem(well, false);
1862 30 Jan 06 nicklas 133     message = "Well updated";
1862 30 Jan 06 nicklas 134     
5498 17 Nov 10 nicklas 135     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.item(Item.WELL), well);
7604 25 Feb 19 nicklas 136     ExtensionsInvoker<OnSaveAction> invoker = EditUtil.useOnSaveExtensions(jspContext);
5498 17 Nov 10 nicklas 137     try
5498 17 Nov 10 nicklas 138     {
5498 17 Nov 10 nicklas 139       // Annotations tab
5498 17 Nov 10 nicklas 140       Base.updateAnnotations(dc, well, well, request);
5498 17 Nov 10 nicklas 141       
5498 17 Nov 10 nicklas 142       // OnSave extensions
5498 17 Nov 10 nicklas 143       invoker.render(OnSaveRenderer.ON_SAVE);
5498 17 Nov 10 nicklas 144       dc.commit();
5498 17 Nov 10 nicklas 145       invoker.render(OnSaveRenderer.ON_COMMIT);
5498 17 Nov 10 nicklas 146     }
5498 17 Nov 10 nicklas 147     catch (Exception ex)
5498 17 Nov 10 nicklas 148     {
5498 17 Nov 10 nicklas 149       invoker.render(OnSaveRenderer.onRollback(ex));
5498 17 Nov 10 nicklas 150       throw ex;
5498 17 Nov 10 nicklas 151     }
5498 17 Nov 10 nicklas 152     finally
5498 17 Nov 10 nicklas 153     {
5498 17 Nov 10 nicklas 154       cc.removeObject("item");
5498 17 Nov 10 nicklas 155     }
1862 30 Jan 06 nicklas 156   }
1862 30 Jan 06 nicklas 157   else if ("ExportItems".equals(cmd))
1862 30 Jan 06 nicklas 158   {
1862 30 Jan 06 nicklas 159     // Run an export plugin in a list context
1862 30 Jan 06 nicklas 160     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
7954 12 May 21 nicklas 161     dc = sc.newDbControl(":Export "+itemType);
1862 30 Jan 06 nicklas 162     final Plate plate = Plate.getById(dc, plateId);
5590 16 Mar 11 nicklas 163     final ItemQuery<Well> query = plate.getWells();
7914 23 Feb 21 nicklas 164     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 165     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
6039 29 Mar 12 nicklas 166     cc.setQuery(query);
4866 31 Mar 09 martin 167     if (!"row".equals(cc.getSortProperty()))
4866 31 Mar 09 martin 168     {
4866 31 Mar 09 martin 169       query.order(Orders.asc(Hql.property("row")));
4866 31 Mar 09 martin 170     }
4866 31 Mar 09 martin 171     if (!"column".equals(cc.getSortProperty()))
4866 31 Mar 09 martin 172     {
4866 31 Mar 09 martin 173       query.order(Orders.asc(Hql.property("column")));
4866 31 Mar 09 martin 174     }
4866 31 Mar 09 martin 175     registerExportFormatters(cc);
7604 25 Feb 19 nicklas 176     ExtensionsInvoker<ListColumnAction<Well,?>> listInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
7604 25 Feb 19 nicklas 177     listInvoker.render(new ListColumnExportRenderer<Well>(cc));
6039 29 Mar 12 nicklas 178     dc.close();
4866 31 Mar 09 martin 179     redirect = "../../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Export+wells";
1862 30 Jan 06 nicklas 180   }
1862 30 Jan 06 nicklas 181   else if ("ExportItem".equals(cmd))
1862 30 Jan 06 nicklas 182   {
1862 30 Jan 06 nicklas 183     // Run an export plugin in single-item context
1862 30 Jan 06 nicklas 184     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4866 31 Mar 09 martin 185     registerExportFormatters(cc);
1862 30 Jan 06 nicklas 186     redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Export+well";
1862 30 Jan 06 nicklas 187   }
1862 30 Jan 06 nicklas 188   else if ("ImportItems".equals(cmd))
1862 30 Jan 06 nicklas 189   {
1862 30 Jan 06 nicklas 190     // Run an import plugin in a list context
1862 30 Jan 06 nicklas 191     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
7954 12 May 21 nicklas 192     dc = sc.newDbControl(":Import "+itemType);
1862 30 Jan 06 nicklas 193     final Plate plate = Plate.getById(dc, plateId);
5590 16 Mar 11 nicklas 194     final ItemQuery<Well> query = plate.getWells();
7914 23 Feb 21 nicklas 195     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 196     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
1862 30 Jan 06 nicklas 197     dc.close();
1862 30 Jan 06 nicklas 198     cc.setQuery(query);
1862 30 Jan 06 nicklas 199     redirect = "../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Import+wells";
1862 30 Jan 06 nicklas 200   }
1862 30 Jan 06 nicklas 201   else if ("ImportItem".equals(cmd))
1862 30 Jan 06 nicklas 202   {
1862 30 Jan 06 nicklas 203     // Run an import plugin in single-item context
1862 30 Jan 06 nicklas 204     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1862 30 Jan 06 nicklas 205     redirect = "../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Import+well";
1862 30 Jan 06 nicklas 206   }
1862 30 Jan 06 nicklas 207   else if ("RunListPlugin".equals(cmd))
1862 30 Jan 06 nicklas 208   {
1862 30 Jan 06 nicklas 209     // Run another plugin in a list context
1862 30 Jan 06 nicklas 210     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
7954 12 May 21 nicklas 211     dc = sc.newDbControl(":Run plugin "+itemType);
1862 30 Jan 06 nicklas 212     final Plate plate = Plate.getById(dc, plateId);
5590 16 Mar 11 nicklas 213     final ItemQuery<Well> query = plate.getWells();
7914 23 Feb 21 nicklas 214     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 215     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
1862 30 Jan 06 nicklas 216     dc.close();
1862 30 Jan 06 nicklas 217     cc.setQuery(query);
1862 30 Jan 06 nicklas 218     redirect = "../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
1862 30 Jan 06 nicklas 219   }
1862 30 Jan 06 nicklas 220   else if ("RunPlugin".equals(cmd))
1862 30 Jan 06 nicklas 221   {
1862 30 Jan 06 nicklas 222     // Run another plugin in single-item context
1862 30 Jan 06 nicklas 223     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1862 30 Jan 06 nicklas 224     redirect = "../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
1862 30 Jan 06 nicklas 225   }
4305 21 May 08 nicklas 226   else if ("CreateReporterList".equals(cmd))
4305 21 May 08 nicklas 227   {
4305 21 May 08 nicklas 228     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
7954 12 May 21 nicklas 229     dc = sc.newDbControl(":Create reporter list from "+itemType);    
4305 21 May 08 nicklas 230     final Plate plate = Plate.getById(dc, plateId);
4305 21 May 08 nicklas 231     final DataQuery<ReporterData> query = plate.getReporters();
7914 23 Feb 21 nicklas 232     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 233     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
5590 16 Mar 11 nicklas 234     dc.close();
4305 21 May 08 nicklas 235     cc.setQuery(query);
4305 21 May 08 nicklas 236     redirect = "../../../views/reporterlists/index.jsp?ID="+ID+
4305 21 May 08 nicklas 237       "&cmd=NewItem&addReporters=1&formId=wells&fromContext=WELL"+
4305 21 May 08 nicklas 238       "&name=" + HTML.urlEncode(plate.getName());
4305 21 May 08 nicklas 239   }
1862 30 Jan 06 nicklas 240   else
1862 30 Jan 06 nicklas 241   {
1862 30 Jan 06 nicklas 242     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
1862 30 Jan 06 nicklas 243   }
1862 30 Jan 06 nicklas 244
1862 30 Jan 06 nicklas 245 }
1862 30 Jan 06 nicklas 246 finally
1862 30 Jan 06 nicklas 247 {
1862 30 Jan 06 nicklas 248   if (dc != null) dc.close();
1862 30 Jan 06 nicklas 249 }
1862 30 Jan 06 nicklas 250 if (forward != null)
1862 30 Jan 06 nicklas 251 {
6192 31 Oct 12 nicklas 252   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
1862 30 Jan 06 nicklas 253   pageContext.forward(forward);
1862 30 Jan 06 nicklas 254 }
1862 30 Jan 06 nicklas 255 else if (redirect != null)
1862 30 Jan 06 nicklas 256 {
6192 31 Oct 12 nicklas 257   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
1862 30 Jan 06 nicklas 258   response.sendRedirect(redirect);
1862 30 Jan 06 nicklas 259 }
1862 30 Jan 06 nicklas 260 else if (message == null)
1862 30 Jan 06 nicklas 261 {
1862 30 Jan 06 nicklas 262   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&wait=0");
1862 30 Jan 06 nicklas 263 }
1862 30 Jan 06 nicklas 264 else
1862 30 Jan 06 nicklas 265 {
1862 30 Jan 06 nicklas 266   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
1862 30 Jan 06 nicklas 267 }
1862 30 Jan 06 nicklas 268
3675 16 Aug 07 jari 269 %>

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