www/views/derivedbioassays/edit_bioassay.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5657 16 Jun 11 nicklas 1 <%-- $Id $
5657 16 Jun 11 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
5657 16 Jun 11 nicklas 3   Copyright (C) 2011 Nicklas Nordborg
5657 16 Jun 11 nicklas 4
5657 16 Jun 11 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
5657 16 Jun 11 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
5657 16 Jun 11 nicklas 7
5657 16 Jun 11 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
5657 16 Jun 11 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
5657 16 Jun 11 nicklas 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
5657 16 Jun 11 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
5657 16 Jun 11 nicklas 12
5657 16 Jun 11 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
5657 16 Jun 11 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
5657 16 Jun 11 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
5657 16 Jun 11 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
5657 16 Jun 11 nicklas 17
5657 16 Jun 11 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
5657 16 Jun 11 nicklas 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
5657 16 Jun 11 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
5657 16 Jun 11 nicklas 21 --%>
5657 16 Jun 11 nicklas 22 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
5657 16 Jun 11 nicklas 23   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
5657 16 Jun 11 nicklas 24   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
5685 04 Aug 11 nicklas 25   import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay"
5685 04 Aug 11 nicklas 26   import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
5685 04 Aug 11 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.Extract"
5657 16 Jun 11 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
5657 16 Jun 11 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.Protocol"
6996 03 Nov 15 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.Kit"
5657 16 Jun 11 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.Hardware"
5657 16 Jun 11 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.Software"
5687 09 Aug 11 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.Project"
5657 16 Jun 11 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.Item"
5657 16 Jun 11 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
5657 16 Jun 11 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.Permission"
5657 16 Jun 11 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
5657 16 Jun 11 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
5657 16 Jun 11 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.Include"
6082 14 Aug 12 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.Type"
6082 14 Aug 12 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
5657 16 Jun 11 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
5657 16 Jun 11 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
6082 14 Aug 12 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
5657 16 Jun 11 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
5657 16 Jun 11 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.BaseException"
5657 16 Jun 11 nicklas 47   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
5657 16 Jun 11 nicklas 48   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
5657 16 Jun 11 nicklas 49   import="net.sf.basedb.util.Values"
5687 09 Aug 11 nicklas 50   import="net.sf.basedb.util.ListUtil"
5657 16 Jun 11 nicklas 51   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
5657 16 Jun 11 nicklas 52   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
5657 16 Jun 11 nicklas 53   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
5657 16 Jun 11 nicklas 54   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.EditUtil"
7604 25 Feb 19 nicklas 55   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.tabcontrol.TabAction"
5657 16 Jun 11 nicklas 56   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
6314 02 Sep 13 nicklas 57   import="net.sf.basedb.util.json.JsonUtil"
6314 02 Sep 13 nicklas 58   import="net.sf.basedb.util.json.NameableConverter"
6314 02 Sep 13 nicklas 59   import="org.json.simple.JSONObject"
5657 16 Jun 11 nicklas 60   import="java.util.Date"
5657 16 Jun 11 nicklas 61   import="java.util.List"
5687 09 Aug 11 nicklas 62   import="java.util.Collections"
5657 16 Jun 11 nicklas 63 %>
5657 16 Jun 11 nicklas 64 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
5657 16 Jun 11 nicklas 65 <%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
6139 19 Sep 12 nicklas 66 <%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
5657 16 Jun 11 nicklas 67 <%
5685 04 Aug 11 nicklas 68 final Item itemType = Item.DERIVEDBIOASSAY;
5657 16 Jun 11 nicklas 69 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
5657 16 Jun 11 nicklas 70 final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
5721 06 Sep 11 nicklas 71 final String tabId = Values.getString(request.getParameter("tab"), null);
5657 16 Jun 11 nicklas 72 final int itemId = cc.getId();
5657 16 Jun 11 nicklas 73 final String ID = sc.getId();
5657 16 Jun 11 nicklas 74 final float scale = Base.getScale(sc);
7954 12 May 21 nicklas 75 final DbControl dc = sc.newDbControl(":Edit "+itemType);
5657 16 Jun 11 nicklas 76 try
5657 16 Jun 11 nicklas 77 {
5685 04 Aug 11 nicklas 78   DerivedBioAssay bioAssay = null;
5657 16 Jun 11 nicklas 79   String title = null;
5657 16 Jun 11 nicklas 80   
5657 16 Jun 11 nicklas 81   boolean readCurrentSubtype = true;
5687 09 Aug 11 nicklas 82   ItemSubtype currentSubtype = null;
5657 16 Jun 11 nicklas 83
5685 04 Aug 11 nicklas 84   boolean readCurrentExtract = true;
5685 04 Aug 11 nicklas 85   Extract currentExtract = null;
5685 04 Aug 11 nicklas 86
5657 16 Jun 11 nicklas 87   boolean readCurrentProtocol = true;
5657 16 Jun 11 nicklas 88   Protocol currentProtocol = null;
6996 03 Nov 15 nicklas 89
6996 03 Nov 15 nicklas 90   boolean readCurrentKit = true;
6996 03 Nov 15 nicklas 91   Kit currentKit = null;
5657 16 Jun 11 nicklas 92   
5657 16 Jun 11 nicklas 93   boolean readCurrentHardware = true;
5657 16 Jun 11 nicklas 94   Hardware currentHardware = null;
5657 16 Jun 11 nicklas 95   
5657 16 Jun 11 nicklas 96   boolean readCurrentSoftware = true;
5657 16 Jun 11 nicklas 97   Software currentSoftware = null;
5657 16 Jun 11 nicklas 98
6082 14 Aug 12 nicklas 99   ItemQuery<PhysicalBioAssay> physicalQuery = null;
6082 14 Aug 12 nicklas 100   ItemQuery<DerivedBioAssay> parentQuery = null;
6082 14 Aug 12 nicklas 101   
6082 14 Aug 12 nicklas 102   Item parentType = null;
6082 14 Aug 12 nicklas 103   
5657 16 Jun 11 nicklas 104   if (itemId == 0)
5657 16 Jun 11 nicklas 105   {
5685 04 Aug 11 nicklas 106     title = "New derived bioassay";
5657 16 Jun 11 nicklas 107     cc.removeObject("item");
6082 14 Aug 12 nicklas 108     int parentId = Values.getInt(request.getParameter("parent_id"));
6082 14 Aug 12 nicklas 109     int physicalBioAssayId = Values.getInt(request.getParameter("physicalbioassay_id"));
5687 09 Aug 11 nicklas 110     int currentSubtypeId = Values.getInt(request.getParameter("subtype_id"));
5687 09 Aug 11 nicklas 111     List<ItemSubtype> relatedToParent = Collections.emptyList();
6082 14 Aug 12 nicklas 112     
5657 16 Jun 11 nicklas 113     if (parentId != 0)
5657 16 Jun 11 nicklas 114     {
6082 14 Aug 12 nicklas 115       parentType = Item.DERIVEDBIOASSAY;
6082 14 Aug 12 nicklas 116       DerivedBioAssay dba = DerivedBioAssay.getById(dc, parentId);
6082 14 Aug 12 nicklas 117       parentQuery = DerivedBioAssay.getQuery();
6082 14 Aug 12 nicklas 118       parentQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("id"), Expressions.integer(parentId)));
5687 09 Aug 11 nicklas 119       if (currentSubtypeId == 0)
5687 09 Aug 11 nicklas 120       {
6082 14 Aug 12 nicklas 121         relatedToParent = ItemSubtype.getParentSubtypes(dc, dba, Item.DERIVEDBIOASSAY);
5687 09 Aug 11 nicklas 122       }
5657 16 Jun 11 nicklas 123     }
6082 14 Aug 12 nicklas 124     else if (physicalBioAssayId != 0)
5657 16 Jun 11 nicklas 125     {
6082 14 Aug 12 nicklas 126       parentType = Item.PHYSICALBIOASSAY;
6082 14 Aug 12 nicklas 127       PhysicalBioAssay pba = PhysicalBioAssay.getById(dc, physicalBioAssayId);
6082 14 Aug 12 nicklas 128       physicalQuery = PhysicalBioAssay.getQuery();
6082 14 Aug 12 nicklas 129       physicalQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("id"), Expressions.integer(physicalBioAssayId)));
6082 14 Aug 12 nicklas 130       if (currentSubtypeId == 0)
5657 16 Jun 11 nicklas 131       {
6082 14 Aug 12 nicklas 132         relatedToParent = ItemSubtype.getParentSubtypes(dc, pba, Item.DERIVEDBIOASSAY);
5657 16 Jun 11 nicklas 133       }
5657 16 Jun 11 nicklas 134     }
6082 14 Aug 12 nicklas 135     else if ("PHYISCALBIOASSAY".equals(request.getParameter("useParents")))
6082 14 Aug 12 nicklas 136     {
6082 14 Aug 12 nicklas 137       parentType = Item.PHYSICALBIOASSAY;
6082 14 Aug 12 nicklas 138       physicalQuery = PhysicalBioAssay.getQuery();
6082 14 Aug 12 nicklas 139       physicalQuery.restrict(Restrictions.in(Hql.property("id"), Expressions.parameter("selected")));
6082 14 Aug 12 nicklas 140       physicalQuery.setParameter("selected", sc.getCurrentContext(Item.PHYSICALBIOASSAY).getSelected(), Type.INT);
6082 14 Aug 12 nicklas 141     }
6082 14 Aug 12 nicklas 142     else if ("DERIVEDBIOASSAY".equals(request.getParameter("useParents")))
6082 14 Aug 12 nicklas 143     {
6082 14 Aug 12 nicklas 144       parentType = Item.DERIVEDBIOASSAY;
6082 14 Aug 12 nicklas 145       parentQuery = DerivedBioAssay.getQuery();
6082 14 Aug 12 nicklas 146       parentQuery.restrict(Restrictions.in(Hql.property("id"), Expressions.parameter("selected")));
6082 14 Aug 12 nicklas 147       parentQuery.setParameter("selected", cc.getSelected(), Type.INT);
6082 14 Aug 12 nicklas 148     }
6082 14 Aug 12 nicklas 149
7587 06 Feb 19 nicklas 150     int extractId = Values.getInt(request.getParameter("extract_id"));
7587 06 Feb 19 nicklas 151     if (extractId != 0)
7587 06 Feb 19 nicklas 152     {
7587 06 Feb 19 nicklas 153       currentExtract = Extract.getById(dc, extractId);
7587 06 Feb 19 nicklas 154     }
7587 06 Feb 19 nicklas 155     else if (cc.getPropertyFilter("extract.name") != null)
7587 06 Feb 19 nicklas 156     {
7587 06 Feb 19 nicklas 157       currentExtract = Base.getFirstMatching(dc, Extract.getQuery(), "name", cc.getPropertyFilter("extract.name"));
7587 06 Feb 19 nicklas 158     }
7587 06 Feb 19 nicklas 159
5687 09 Aug 11 nicklas 160     if (currentSubtypeId == 0) 
5687 09 Aug 11 nicklas 161     {
5687 09 Aug 11 nicklas 162       if (relatedToParent.size() > 0)
5687 09 Aug 11 nicklas 163       {
5687 09 Aug 11 nicklas 164         // Find most recently used related subtype
7605 26 Feb 19 nicklas 165         List<ItemSubtype> recentSubtypes = cc.getRecent(dc, Item.ITEMSUBTYPE);
5687 09 Aug 11 nicklas 166         currentSubtype = ListUtil.findFirstCommon(recentSubtypes, relatedToParent, relatedToParent.get(0));
5687 09 Aug 11 nicklas 167       }
5687 09 Aug 11 nicklas 168       else
5687 09 Aug 11 nicklas 169       {
5687 09 Aug 11 nicklas 170         int recentSubtypeId = Values.getInt(cc.getRecent(Item.ITEMSUBTYPE.name(), 0));
5687 09 Aug 11 nicklas 171         currentSubtypeId = Values.getInt(cc.getPropertyValue("itemSubtype"), recentSubtypeId);
5687 09 Aug 11 nicklas 172         if (currentSubtypeId > 0) currentSubtype = ItemSubtype.getById(dc, currentSubtypeId);
5687 09 Aug 11 nicklas 173       }
5687 09 Aug 11 nicklas 174     }
5657 16 Jun 11 nicklas 175   }
5657 16 Jun 11 nicklas 176   else
5657 16 Jun 11 nicklas 177   {
5685 04 Aug 11 nicklas 178     bioAssay = DerivedBioAssay.getById(dc, itemId);
5685 04 Aug 11 nicklas 179     bioAssay.checkPermission(Permission.WRITE);
5685 04 Aug 11 nicklas 180     cc.setObject("item", bioAssay);
5685 04 Aug 11 nicklas 181     title = "Edit bioassay -- " + HTML.encodeTags(bioAssay.getName());
5657 16 Jun 11 nicklas 182     
6082 14 Aug 12 nicklas 183     if (bioAssay.isRoot())
5657 16 Jun 11 nicklas 184     {
6082 14 Aug 12 nicklas 185       physicalQuery = bioAssay.getPhysicalBioAssays();
6082 14 Aug 12 nicklas 186       parentType = Item.PHYSICALBIOASSAY;
5657 16 Jun 11 nicklas 187     }
6082 14 Aug 12 nicklas 188     else
5657 16 Jun 11 nicklas 189     {
6082 14 Aug 12 nicklas 190       parentQuery = bioAssay.getParents();
6082 14 Aug 12 nicklas 191       parentType = Item.DERIVEDBIOASSAY;
5657 16 Jun 11 nicklas 192     }
6082 14 Aug 12 nicklas 193     
5657 16 Jun 11 nicklas 194     try
5657 16 Jun 11 nicklas 195     {
6082 14 Aug 12 nicklas 196       currentSubtype = bioAssay.getItemSubtype();
5657 16 Jun 11 nicklas 197     }
5657 16 Jun 11 nicklas 198     catch (PermissionDeniedException ex)
5657 16 Jun 11 nicklas 199     {
6082 14 Aug 12 nicklas 200       readCurrentSubtype = false;
5685 04 Aug 11 nicklas 201     }
5685 04 Aug 11 nicklas 202     try
5685 04 Aug 11 nicklas 203     {
5685 04 Aug 11 nicklas 204       currentExtract = bioAssay.getExtract();
5657 16 Jun 11 nicklas 205     }
5657 16 Jun 11 nicklas 206     catch (PermissionDeniedException ex)
5657 16 Jun 11 nicklas 207     {
5685 04 Aug 11 nicklas 208       readCurrentExtract = false;
5685 04 Aug 11 nicklas 209     }
5685 04 Aug 11 nicklas 210     try
5685 04 Aug 11 nicklas 211     {
5685 04 Aug 11 nicklas 212       currentProtocol = bioAssay.getProtocol();
5685 04 Aug 11 nicklas 213     }
5685 04 Aug 11 nicklas 214     catch (PermissionDeniedException ex)
5685 04 Aug 11 nicklas 215     {
5657 16 Jun 11 nicklas 216       readCurrentProtocol = false;
5657 16 Jun 11 nicklas 217     }
5657 16 Jun 11 nicklas 218     try
5657 16 Jun 11 nicklas 219     {
6996 03 Nov 15 nicklas 220       currentKit = bioAssay.getKit();
6996 03 Nov 15 nicklas 221     }
6996 03 Nov 15 nicklas 222     catch (PermissionDeniedException ex)
6996 03 Nov 15 nicklas 223     {
6996 03 Nov 15 nicklas 224       readCurrentKit = false;
6996 03 Nov 15 nicklas 225     }
6996 03 Nov 15 nicklas 226     try
6996 03 Nov 15 nicklas 227     {
5685 04 Aug 11 nicklas 228       currentHardware = bioAssay.getHardware();
5657 16 Jun 11 nicklas 229     }
5657 16 Jun 11 nicklas 230     catch (PermissionDeniedException ex)
5657 16 Jun 11 nicklas 231     {
5657 16 Jun 11 nicklas 232       readCurrentHardware = false;
5657 16 Jun 11 nicklas 233     }
5657 16 Jun 11 nicklas 234     try
5657 16 Jun 11 nicklas 235     {
5685 04 Aug 11 nicklas 236       currentSoftware = bioAssay.getSoftware();
5657 16 Jun 11 nicklas 237     }
5657 16 Jun 11 nicklas 238     catch (PermissionDeniedException ex)
5657 16 Jun 11 nicklas 239     {
5657 16 Jun 11 nicklas 240       readCurrentSoftware = false;
5657 16 Jun 11 nicklas 241     }
5657 16 Jun 11 nicklas 242   }
5687 09 Aug 11 nicklas 243
5687 09 Aug 11 nicklas 244   // Default items 
5687 09 Aug 11 nicklas 245   int activeProjectId = sc.getActiveProjectId();
5687 09 Aug 11 nicklas 246   List<Protocol> defaultProtocols = null;
5687 09 Aug 11 nicklas 247   List<Hardware> defaultHardware = null;
5687 09 Aug 11 nicklas 248   List<Software> defaultSoftware = null;
5687 09 Aug 11 nicklas 249   if (activeProjectId > 0)
5687 09 Aug 11 nicklas 250   {
5687 09 Aug 11 nicklas 251     Project activeProject = Project.getById(dc, activeProjectId);
7605 26 Feb 19 nicklas 252     defaultProtocols = activeProject.findDefaultItemsOfRelatedSubtype(dc, currentSubtype, Item.PROTOCOL);
7605 26 Feb 19 nicklas 253     defaultHardware = activeProject.findDefaultItemsOfRelatedSubtype(dc, currentSubtype, Item.HARDWARE);
7605 26 Feb 19 nicklas 254     defaultSoftware = activeProject.findDefaultItemsOfRelatedSubtype(dc, currentSubtype, Item.SOFTWARE);
5687 09 Aug 11 nicklas 255   }
5687 09 Aug 11 nicklas 256
5687 09 Aug 11 nicklas 257   // Load recently used items
7605 26 Feb 19 nicklas 258   List<Protocol> recentProtocols = cc.getRecent(dc, Item.PROTOCOL, currentSubtype);
7605 26 Feb 19 nicklas 259   List<Kit> recentKits = cc.getRecent(dc, Item.KIT, currentSubtype);
7605 26 Feb 19 nicklas 260   List<Hardware> recentHardware = cc.getRecent(dc, Item.HARDWARE, currentSubtype);
7605 26 Feb 19 nicklas 261   List<Software> recentSoftware = cc.getRecent(dc, Item.SOFTWARE, currentSubtype);
5687 09 Aug 11 nicklas 262   
5657 16 Jun 11 nicklas 263   // Query to retrieve item types
5657 16 Jun 11 nicklas 264   final ItemQuery<ItemSubtype> subtypesQuery = Base.getSubtypesQuery(itemType);
5657 16 Jun 11 nicklas 265   subtypesQuery.include(Include.ALL);
5657 16 Jun 11 nicklas 266
6314 02 Sep 13 nicklas 267   // Load parent physical bioassays
6314 02 Sep 13 nicklas 268   JSONObject jsonPhysicalBioAssays = new JSONObject();
6314 02 Sep 13 nicklas 269   jsonPhysicalBioAssays.put("itemType", "PHYSICALBIOASSAY");
6314 02 Sep 13 nicklas 270   if (physicalQuery != null)
6314 02 Sep 13 nicklas 271   {
6314 02 Sep 13 nicklas 272     physicalQuery.include(Include.ALL);
6314 02 Sep 13 nicklas 273     physicalQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
7604 25 Feb 19 nicklas 274     jsonPhysicalBioAssays.put("items", JsonUtil.toArray(physicalQuery.iterate(dc), new NameableConverter<PhysicalBioAssay>()));
6314 02 Sep 13 nicklas 275   }
6314 02 Sep 13 nicklas 276
6314 02 Sep 13 nicklas 277   // Load parent derived bioassays
6314 02 Sep 13 nicklas 278   JSONObject jsonParents = new JSONObject();
6314 02 Sep 13 nicklas 279   jsonParents.put("itemType", "DERIVEDBIOASSAY");
6314 02 Sep 13 nicklas 280   if (parentQuery != null)
6314 02 Sep 13 nicklas 281   {
6314 02 Sep 13 nicklas 282     parentQuery.include(Include.ALL);
6314 02 Sep 13 nicklas 283     parentQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
6314 02 Sep 13 nicklas 284     ItemResultList<DerivedBioAssay> parents = parentQuery.list(dc);
7604 25 Feb 19 nicklas 285     jsonParents.put("items", JsonUtil.toArray(parents, new NameableConverter<DerivedBioAssay>()));
6314 02 Sep 13 nicklas 286     if (parents.size() == 1 && currentExtract == null)
6314 02 Sep 13 nicklas 287     {
6314 02 Sep 13 nicklas 288       try
6314 02 Sep 13 nicklas 289       {
6314 02 Sep 13 nicklas 290         currentExtract = parents.get(0).getExtract();
6314 02 Sep 13 nicklas 291       }
6314 02 Sep 13 nicklas 292       catch (PermissionDeniedException ex)
6314 02 Sep 13 nicklas 293       {}
6314 02 Sep 13 nicklas 294     }
6314 02 Sep 13 nicklas 295   }
6217 14 Dec 12 nicklas 296   
5685 04 Aug 11 nicklas 297   JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.item(itemType), bioAssay);
7604 25 Feb 19 nicklas 298   ExtensionsInvoker<TabAction> invoker = EditUtil.useEditExtensions(jspContext);
5657 16 Jun 11 nicklas 299   %>
6314 02 Sep 13 nicklas 300   <base:page type="popup" title="<%=title%>" id="edit-page">
6314 02 Sep 13 nicklas 301   <base:head scripts="tabcontrol-2.js,subtypes.js,linkitems-2.js,~bioassays.js" styles="tabcontrol.css">
5657 16 Jun 11 nicklas 302     <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
5657 16 Jun 11 nicklas 303     <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
5657 16 Jun 11 nicklas 304   </base:head>
6314 02 Sep 13 nicklas 305   <base:body>
5915 16 Dec 11 nicklas 306     <h1><%=title%> <base:help tabcontrol="settings" /></h1>
6162 10 Oct 12 nicklas 307     <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="bioAssay">
5657 16 Jun 11 nicklas 308     <input type="hidden" name="cmd" value="UpdateItem">
5915 16 Dec 11 nicklas 309     
5915 16 Dec 11 nicklas 310     <t:tabcontrol id="settings"
5915 16 Dec 11 nicklas 311       subclass="content dialogtabcontrol"
5915 16 Dec 11 nicklas 312       position="bottom" active="<%=tabId%>" remember="<%=tabId == null && bioAssay != null%>" 
5657 16 Jun 11 nicklas 313       extensions="<%=invoker%>">
6314 02 Sep 13 nicklas 314     <t:tab id="info" title="Bioassay" helpid="derivedbioassay.edit">
5915 16 Dec 11 nicklas 315       <table class="fullform input100">
5657 16 Jun 11 nicklas 316       <tr>
5915 16 Dec 11 nicklas 317         <th>Name</th>
6314 02 Sep 13 nicklas 318         <td><input class="text required auto-init" data-auto-init="<%=bioAssay == null ? "focus-select" : "focus" %>"
6314 02 Sep 13 nicklas 319           type="text" name="name" 
5685 04 Aug 11 nicklas 320           value="<%=HTML.encodeTags(bioAssay == null ? Values.getString(cc.getPropertyValue("name"), "New derived bioassay") : bioAssay.getName())%>" 
5915 16 Dec 11 nicklas 321           maxlength="<%=DerivedBioAssay.MAX_NAME_LENGTH%>"></td>
5915 16 Dec 11 nicklas 322         <td></td>
5657 16 Jun 11 nicklas 323       </tr>
5915 16 Dec 11 nicklas 324       <tr>
5915 16 Dec 11 nicklas 325         <th>Type</th>
5915 16 Dec 11 nicklas 326         <td>
6297 14 Jun 13 nicklas 327           <select name="subtype_id" id="subtype_id"
6314 02 Sep 13 nicklas 328             <%=!readCurrentSubtype ? "disabled readonly class=\"disabled selectionlist\"" : "class=\"selectionlist\""%>>
5657 16 Jun 11 nicklas 329           <%
5657 16 Jun 11 nicklas 330           if (!readCurrentSubtype)
5657 16 Jun 11 nicklas 331           {
5657 16 Jun 11 nicklas 332             %>
5657 16 Jun 11 nicklas 333             <option value="-1">- denied -
5657 16 Jun 11 nicklas 334             <%
5657 16 Jun 11 nicklas 335           }
5657 16 Jun 11 nicklas 336           else
5657 16 Jun 11 nicklas 337           {
5657 16 Jun 11 nicklas 338             %>
5657 16 Jun 11 nicklas 339             <option value="0">-none-
5657 16 Jun 11 nicklas 340             <%
5687 09 Aug 11 nicklas 341             int currentSubtypeId = currentSubtype == null ? 0 : currentSubtype.getId();
5657 16 Jun 11 nicklas 342             for (ItemSubtype subtype : subtypesQuery.list(dc))
5657 16 Jun 11 nicklas 343             {
5657 16 Jun 11 nicklas 344               int id = subtype.getId();
5657 16 Jun 11 nicklas 345               if (id != currentSubtypeId && subtype.isRemoved()) continue;
5657 16 Jun 11 nicklas 346               %>
5685 04 Aug 11 nicklas 347               <option value="<%=id == currentSubtypeId && bioAssay != null ? -id : id%>" 
5657 16 Jun 11 nicklas 348                 <%=id == currentSubtypeId ? "selected" : ""%>
5657 16 Jun 11 nicklas 349                 title="<%=HTML.encodeTags(subtype.getDescription()) %>"
5657 16 Jun 11 nicklas 350                 ><%=HTML.encodeTags(subtype.getName())%>
5657 16 Jun 11 nicklas 351               <%
5657 16 Jun 11 nicklas 352             }
5657 16 Jun 11 nicklas 353           }
5657 16 Jun 11 nicklas 354           %>
5657 16 Jun 11 nicklas 355           </select>
5657 16 Jun 11 nicklas 356         </td>
5915 16 Dec 11 nicklas 357         <td></td>
5657 16 Jun 11 nicklas 358       </tr>
5657 16 Jun 11 nicklas 359       <%
5685 04 Aug 11 nicklas 360       if (bioAssay == null)
5657 16 Jun 11 nicklas 361       {
5657 16 Jun 11 nicklas 362         %>
5657 16 Jun 11 nicklas 363         <tr>
5915 16 Dec 11 nicklas 364           <th>Parent type</th>
5657 16 Jun 11 nicklas 365           <td>
5657 16 Jun 11 nicklas 366             <input id="isRoot" type="radio" name="isRoot" value="1" 
6082 14 Aug 12 nicklas 367               <%=parentType == Item.PHYSICALBIOASSAY ? "checked" : "" %>
6314 02 Sep 13 nicklas 368               ><label for="isRoot">Physical bioassay</label>
5657 16 Jun 11 nicklas 369             <input id="isChild" type="radio" name="isRoot" value="0"
6082 14 Aug 12 nicklas 370               <%=parentType != Item.PHYSICALBIOASSAY ? "checked" : "" %>
6314 02 Sep 13 nicklas 371               ><label for="isChild">Derived bioassay</label><br>
5657 16 Jun 11 nicklas 372           </td>
5915 16 Dec 11 nicklas 373           <td></td>
5657 16 Jun 11 nicklas 374         </tr>
6082 14 Aug 12 nicklas 375         <%
6082 14 Aug 12 nicklas 376       }
6082 14 Aug 12 nicklas 377       %>
6082 14 Aug 12 nicklas 378       <%
6082 14 Aug 12 nicklas 379       if (bioAssay == null || bioAssay.isRoot())
6082 14 Aug 12 nicklas 380       {
6082 14 Aug 12 nicklas 381         %>
6082 14 Aug 12 nicklas 382         <tr id="physicalBioAssaySection">
6082 14 Aug 12 nicklas 383           <th class="subprompt">- physical bioassays</th>
5657 16 Jun 11 nicklas 384           <td>
6082 14 Aug 12 nicklas 385             <div class="selectionlist">
6082 14 Aug 12 nicklas 386             <table>
6082 14 Aug 12 nicklas 387             <tr>
6082 14 Aug 12 nicklas 388             <td>
6314 02 Sep 13 nicklas 389               <select name="physicalBioAssays" id="physicalBioAssays"
6314 02 Sep 13 nicklas 390                 class="auto-init"
6314 02 Sep 13 nicklas 391                 data-auto-init="link-container"
6314 02 Sep 13 nicklas 392                 data-initial-items="[<%=HTML.encodeTags(jsonPhysicalBioAssays.toJSONString()) %>]"
6314 02 Sep 13 nicklas 393                 data-initial-action="<%=bioAssay == null ? 1 : 0 %>"
6314 02 Sep 13 nicklas 394                 size="4" multiple>
6082 14 Aug 12 nicklas 395               </select>
6082 14 Aug 12 nicklas 396             </td>
6082 14 Aug 12 nicklas 397             <td>
6082 14 Aug 12 nicklas 398             <td style="vertical-align: top;">
6082 14 Aug 12 nicklas 399               <base:buttongroup vertical="true">
6082 14 Aug 12 nicklas 400                 <base:button 
6314 02 Sep 13 nicklas 401                   id="btnAddPhysicalBioAssays"
6082 14 Aug 12 nicklas 402                   subclass="leftaligned"
6082 14 Aug 12 nicklas 403                   style="width: 12em;"
6082 14 Aug 12 nicklas 404                   title="Add&nbsp;bioassays&hellip;" 
6082 14 Aug 12 nicklas 405                   tooltip="Add physical bioassays"
6082 14 Aug 12 nicklas 406                 />
6082 14 Aug 12 nicklas 407                 <base:button 
6314 02 Sep 13 nicklas 408                   subclass="leftaligned auto-init"
6314 02 Sep 13 nicklas 409                   data-auto-init="remove-link"
6314 02 Sep 13 nicklas 410                   data-list-id="physicalBioAssays"
6082 14 Aug 12 nicklas 411                   style="width: 12em;"
6082 14 Aug 12 nicklas 412                   title="Remove" 
6082 14 Aug 12 nicklas 413                   tooltip="Remove the selected physical bioassays"
6082 14 Aug 12 nicklas 414                 />
6082 14 Aug 12 nicklas 415               </base:buttongroup>
6082 14 Aug 12 nicklas 416             </td>
6082 14 Aug 12 nicklas 417             </tr>
6082 14 Aug 12 nicklas 418             </table>
6082 14 Aug 12 nicklas 419             </div>
5657 16 Jun 11 nicklas 420           </td>
5915 16 Dec 11 nicklas 421           <td></td>
5657 16 Jun 11 nicklas 422         </tr>
6082 14 Aug 12 nicklas 423         <%
6082 14 Aug 12 nicklas 424       }
6082 14 Aug 12 nicklas 425       if (bioAssay == null || !bioAssay.isRoot())
6082 14 Aug 12 nicklas 426       {
6082 14 Aug 12 nicklas 427         %>
6082 14 Aug 12 nicklas 428         <tr id="parentBioAssaySection">
6082 14 Aug 12 nicklas 429           <th class="subprompt">- bioassays</th>
5657 16 Jun 11 nicklas 430           <td>
6082 14 Aug 12 nicklas 431             <div class="selectionlist">
6082 14 Aug 12 nicklas 432             <table>
6082 14 Aug 12 nicklas 433             <tr>
6082 14 Aug 12 nicklas 434             <td>
6314 02 Sep 13 nicklas 435               <select name="parents" id="parents" 
6314 02 Sep 13 nicklas 436                 class="auto-init"
6314 02 Sep 13 nicklas 437                 data-auto-init="link-container"
6314 02 Sep 13 nicklas 438                 data-initial-items="[<%=HTML.encodeTags(jsonParents.toJSONString()) %>]"
6314 02 Sep 13 nicklas 439                 data-initial-action="<%=bioAssay == null ? 1 : 0 %>"
6314 02 Sep 13 nicklas 440                 size="4" multiple>
6082 14 Aug 12 nicklas 441               </select>
6082 14 Aug 12 nicklas 442             </td>
6082 14 Aug 12 nicklas 443             <td>
6082 14 Aug 12 nicklas 444             <td style="vertical-align: top;">
6082 14 Aug 12 nicklas 445               <base:buttongroup vertical="true">
6082 14 Aug 12 nicklas 446                 <base:button 
6314 02 Sep 13 nicklas 447                   id="btnAddParents"
6082 14 Aug 12 nicklas 448                   subclass="leftaligned"
6082 14 Aug 12 nicklas 449                   style="width: 12em;"
6082 14 Aug 12 nicklas 450                   title="Add&nbsp;bioassays&hellip;" 
6082 14 Aug 12 nicklas 451                   tooltip="Add parent derived bioassays"
6082 14 Aug 12 nicklas 452                 />
6082 14 Aug 12 nicklas 453                 <base:button 
6314 02 Sep 13 nicklas 454                   subclass="leftaligned auto-init"
6314 02 Sep 13 nicklas 455                   data-auto-init="remove-link"
6314 02 Sep 13 nicklas 456                   data-list-id="parents"
6082 14 Aug 12 nicklas 457                   style="width: 12em;"
6082 14 Aug 12 nicklas 458                   title="Remove" 
6082 14 Aug 12 nicklas 459                   tooltip="Remove the selected derived bioassays"
6082 14 Aug 12 nicklas 460                 />
6082 14 Aug 12 nicklas 461               </base:buttongroup>
6082 14 Aug 12 nicklas 462             </td>
6082 14 Aug 12 nicklas 463             </tr>
6082 14 Aug 12 nicklas 464             </table>
6082 14 Aug 12 nicklas 465             </div>
6082 14 Aug 12 nicklas 466             
5657 16 Jun 11 nicklas 467           </td>
5915 16 Dec 11 nicklas 468           <td></td>
5657 16 Jun 11 nicklas 469         </tr>
5657 16 Jun 11 nicklas 470         <%
5657 16 Jun 11 nicklas 471       }
5657 16 Jun 11 nicklas 472       %>
5657 16 Jun 11 nicklas 473       <tr>
5915 16 Dec 11 nicklas 474         <th>Extract</th>
5685 04 Aug 11 nicklas 475         <td>
6094 30 Aug 12 nicklas 476           <base:select 
6094 30 Aug 12 nicklas 477             id="extract_id"
6094 30 Aug 12 nicklas 478             clazz="selectionlist"
6094 30 Aug 12 nicklas 479             required="false"
6094 30 Aug 12 nicklas 480             current="<%=currentExtract%>"
6094 30 Aug 12 nicklas 481             denied="<%=!readCurrentExtract%>"
6094 30 Aug 12 nicklas 482             newitem="<%=bioAssay == null%>"
6094 30 Aug 12 nicklas 483           />
5685 04 Aug 11 nicklas 484         </td>
5915 16 Dec 11 nicklas 485         <td></td>
5685 04 Aug 11 nicklas 486       </tr>
5685 04 Aug 11 nicklas 487       <tr>
5915 16 Dec 11 nicklas 488         <th>Protocol</th>
5657 16 Jun 11 nicklas 489         <td>
5657 16 Jun 11 nicklas 490           <base:select 
5657 16 Jun 11 nicklas 491             id="protocol_id"
5657 16 Jun 11 nicklas 492             clazz="selectionlist"
5657 16 Jun 11 nicklas 493             required="false"
5657 16 Jun 11 nicklas 494             current="<%=currentProtocol%>"
5657 16 Jun 11 nicklas 495             denied="<%=!readCurrentProtocol%>"
5657 16 Jun 11 nicklas 496             recent="<%=recentProtocols%>"
5687 09 Aug 11 nicklas 497             defaultitems="<%=defaultProtocols%>"
5685 04 Aug 11 nicklas 498             newitem="<%=bioAssay == null%>"
5657 16 Jun 11 nicklas 499           />
5657 16 Jun 11 nicklas 500         </td>
5915 16 Dec 11 nicklas 501         <td></td>
5657 16 Jun 11 nicklas 502       </tr>
5657 16 Jun 11 nicklas 503       <tr>
6996 03 Nov 15 nicklas 504         <th>Kit</th>
6996 03 Nov 15 nicklas 505         <td>
6996 03 Nov 15 nicklas 506           <base:select 
6996 03 Nov 15 nicklas 507             id="kit_id"
6996 03 Nov 15 nicklas 508             clazz="selectionlist"
6996 03 Nov 15 nicklas 509             required="false"
6996 03 Nov 15 nicklas 510             current="<%=currentKit%>"
6996 03 Nov 15 nicklas 511             denied="<%=!readCurrentKit%>"
6996 03 Nov 15 nicklas 512             recent="<%=recentKits%>"
6996 03 Nov 15 nicklas 513             newitem="<%=bioAssay == null%>"
6996 03 Nov 15 nicklas 514           />
6996 03 Nov 15 nicklas 515         </td>
6996 03 Nov 15 nicklas 516         <td></td>
6996 03 Nov 15 nicklas 517       </tr>
6996 03 Nov 15 nicklas 518       <tr>
5915 16 Dec 11 nicklas 519         <th>Hardware</th>
5657 16 Jun 11 nicklas 520         <td>
5657 16 Jun 11 nicklas 521           <base:select 
5657 16 Jun 11 nicklas 522             id="hardware_id"
5657 16 Jun 11 nicklas 523             clazz="selectionlist"
5657 16 Jun 11 nicklas 524             required="false"
5657 16 Jun 11 nicklas 525             current="<%=currentHardware%>"
5657 16 Jun 11 nicklas 526             denied="<%=!readCurrentHardware%>"
5657 16 Jun 11 nicklas 527             recent="<%=recentHardware%>"
5687 09 Aug 11 nicklas 528             defaultitems="<%=defaultHardware%>"
5685 04 Aug 11 nicklas 529             newitem="<%=bioAssay == null%>"
5657 16 Jun 11 nicklas 530           />
5657 16 Jun 11 nicklas 531         </td>
5915 16 Dec 11 nicklas 532         <td></td>
5657 16 Jun 11 nicklas 533       </tr>
5657 16 Jun 11 nicklas 534       <tr>
5915 16 Dec 11 nicklas 535         <th>Software</th>
5657 16 Jun 11 nicklas 536         <td>
5657 16 Jun 11 nicklas 537           <base:select 
5657 16 Jun 11 nicklas 538             id="software_id"
5657 16 Jun 11 nicklas 539             clazz="selectionlist"
5657 16 Jun 11 nicklas 540             required="false"
5657 16 Jun 11 nicklas 541             current="<%=currentSoftware%>"
5657 16 Jun 11 nicklas 542             denied="<%=!readCurrentSoftware%>"
5657 16 Jun 11 nicklas 543             recent="<%=recentSoftware%>"
5687 09 Aug 11 nicklas 544             defaultitems="<%=defaultSoftware%>"
5685 04 Aug 11 nicklas 545             newitem="<%=bioAssay == null%>"
5657 16 Jun 11 nicklas 546           />
5657 16 Jun 11 nicklas 547         </td>
5915 16 Dec 11 nicklas 548         <td></td>
5657 16 Jun 11 nicklas 549       </tr>
5657 16 Jun 11 nicklas 550
5915 16 Dec 11 nicklas 551       <tr class="dynamic">
5915 16 Dec 11 nicklas 552         <th>Description</th>
5915 16 Dec 11 nicklas 553         <td>
6217 14 Dec 12 nicklas 554           <textarea class="text" rows="6" name="description" id="description"
5685 04 Aug 11 nicklas 555             ><%=HTML.encodeTags(bioAssay == null ? cc.getPropertyValue("description") : bioAssay.getDescription())%></textarea>
5657 16 Jun 11 nicklas 556         </td>
5915 16 Dec 11 nicklas 557         <td style="width: 20px;">
6215 13 Dec 12 nicklas 558           <base:zoom textarea="description" title="Description" />
5915 16 Dec 11 nicklas 559         </td>
5657 16 Jun 11 nicklas 560       </tr>
5657 16 Jun 11 nicklas 561       </table>
5657 16 Jun 11 nicklas 562     </t:tab>
5657 16 Jun 11 nicklas 563
6314 02 Sep 13 nicklas 564     <t:tab id="datafiles" title="Data files" helpid="datafiles.edit">
6256 25 Mar 13 nicklas 565       <jsp:include page="../../common/datafiles/select_frameset.jsp">
6256 25 Mar 13 nicklas 566         <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
6256 25 Mar 13 nicklas 567         <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
6256 25 Mar 13 nicklas 568         <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
6256 25 Mar 13 nicklas 569       </jsp:include>    
6256 25 Mar 13 nicklas 570     </t:tab>
5657 16 Jun 11 nicklas 571
6314 02 Sep 13 nicklas 572     <t:tab id="annotations" title="Annotations &amp; parameters" helpid="annotations.edit">
6254 22 Mar 13 nicklas 573       <jsp:include page="../../common/annotations/annotate_frameset.jsp">
6254 22 Mar 13 nicklas 574         <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
6254 22 Mar 13 nicklas 575         <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
6254 22 Mar 13 nicklas 576         <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
6254 22 Mar 13 nicklas 577       </jsp:include>
6254 22 Mar 13 nicklas 578     </t:tab>
5657 16 Jun 11 nicklas 579     </t:tabcontrol>
5915 16 Dec 11 nicklas 580     </form>
5657 16 Jun 11 nicklas 581
5915 16 Dec 11 nicklas 582     <div class="legend">
5946 03 Feb 12 nicklas 583       <base:icon image="required.png" />= required information
5915 16 Dec 11 nicklas 584       <%if (bioAssay == null) {%><br>
5967 16 Feb 12 nicklas 585         <base:icon image="unchangeable.png" />= can't be changed later
5915 16 Dec 11 nicklas 586       <%}%>
5915 16 Dec 11 nicklas 587     </div>
5915 16 Dec 11 nicklas 588
5915 16 Dec 11 nicklas 589     <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
6314 02 Sep 13 nicklas 590       <base:button id="btnSave" title="Save" />
6314 02 Sep 13 nicklas 591       <base:button id="close" title="Cancel" />
5915 16 Dec 11 nicklas 592     </base:buttongroup>
5915 16 Dec 11 nicklas 593
5657 16 Jun 11 nicklas 594   </base:body>
5657 16 Jun 11 nicklas 595   </base:page>
5657 16 Jun 11 nicklas 596   <%
5657 16 Jun 11 nicklas 597 }
5657 16 Jun 11 nicklas 598 finally
5657 16 Jun 11 nicklas 599 {
5657 16 Jun 11 nicklas 600   if (dc != null) dc.close();
5657 16 Jun 11 nicklas 601 }
5657 16 Jun 11 nicklas 602 %>

Generated on Sat Oct  7 02:47:16 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)