www/views/derivedbioassays/index.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5657 16 Jun 11 nicklas 1 <%-- $Id $
5657 16 Jun 11 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
5657 16 Jun 11 nicklas 3   Copyright (C) 2011 Nicklas Nordborg
5657 16 Jun 11 nicklas 4
5657 16 Jun 11 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
5657 16 Jun 11 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
5657 16 Jun 11 nicklas 7
5657 16 Jun 11 nicklas 8   This file is part of BASE.
5657 16 Jun 11 nicklas 9
5657 16 Jun 11 nicklas 10   BASE is free software; you can redistribute it and/or
5657 16 Jun 11 nicklas 11   modify it under the terms of the GNU General Public License
5657 16 Jun 11 nicklas 12   as published by the Free Software Foundation; either version 3
5657 16 Jun 11 nicklas 13   of the License, or (at your option) any later version.
5657 16 Jun 11 nicklas 14
5657 16 Jun 11 nicklas 15   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
5657 16 Jun 11 nicklas 16   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
5657 16 Jun 11 nicklas 17   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
5657 16 Jun 11 nicklas 18   GNU General Public License for more details.
5657 16 Jun 11 nicklas 19
5657 16 Jun 11 nicklas 20   You should have received a copy of the GNU General Public License
5657 16 Jun 11 nicklas 21   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
5657 16 Jun 11 nicklas 22   ------------------------------------------------------------------
5657 16 Jun 11 nicklas 23
5657 16 Jun 11 nicklas 24 --%>
5657 16 Jun 11 nicklas 25 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
5657 16 Jun 11 nicklas 26   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
5657 16 Jun 11 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
5685 04 Aug 11 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay"
5657 16 Jun 11 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
5685 04 Aug 11 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
5657 16 Jun 11 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
5685 04 Aug 11 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.Extract"
6996 03 Nov 15 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.Kit"
5657 16 Jun 11 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.Protocol"
5657 16 Jun 11 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.Software"
5657 16 Jun 11 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.Hardware"
5657 16 Jun 11 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.Item"
5657 16 Jun 11 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.Include"
5657 16 Jun 11 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.User"
5657 16 Jun 11 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.OwnedItem"
6695 28 Jan 15 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.AnnotatedItem"
5657 16 Jun 11 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
5657 16 Jun 11 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
5657 16 Jun 11 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.Permission"
5657 16 Jun 11 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
5657 16 Jun 11 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
5657 16 Jun 11 nicklas 47   import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
5657 16 Jun 11 nicklas 48   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
5657 16 Jun 11 nicklas 49   import="net.sf.basedb.core.ItemAlreadyExistsException"
5685 04 Aug 11 nicklas 50   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
5685 04 Aug 11 nicklas 51   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
5685 04 Aug 11 nicklas 52   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
5685 04 Aug 11 nicklas 53   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
5657 16 Jun 11 nicklas 54   import="net.sf.basedb.util.RemovableUtil"
5657 16 Jun 11 nicklas 55   import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
5657 16 Jun 11 nicklas 56   import="net.sf.basedb.util.IncludeExcludeFilter"
5657 16 Jun 11 nicklas 57   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
5657 16 Jun 11 nicklas 58   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
5657 16 Jun 11 nicklas 59   import="net.sf.basedb.util.Values"
5657 16 Jun 11 nicklas 60   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
5657 16 Jun 11 nicklas 61   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
5657 16 Jun 11 nicklas 62   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
5685 04 Aug 11 nicklas 63   import="net.sf.basedb.util.formatter.NameableFormatter"
5657 16 Jun 11 nicklas 64   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
5657 16 Jun 11 nicklas 65   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
5657 16 Jun 11 nicklas 66   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.EditUtil"
7604 25 Feb 19 nicklas 67   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveAction"
5657 16 Jun 11 nicklas 68   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveRenderer"
6040 30 Mar 12 nicklas 69   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnExportRenderer"
7604 25 Feb 19 nicklas 70   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
6040 30 Mar 12 nicklas 71   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
5685 04 Aug 11 nicklas 72   import="net.sf.basedb.clients.web.plugins.ItemQueryLoader"
5657 16 Jun 11 nicklas 73   import="java.util.Enumeration"
5657 16 Jun 11 nicklas 74   import="java.util.Set"
5657 16 Jun 11 nicklas 75   import="java.util.HashSet"
5657 16 Jun 11 nicklas 76   import="java.util.List"
5657 16 Jun 11 nicklas 77   import="java.util.LinkedList"
5657 16 Jun 11 nicklas 78   import="java.util.Collections"
5657 16 Jun 11 nicklas 79   import="java.util.Arrays"
5657 16 Jun 11 nicklas 80 %>
5657 16 Jun 11 nicklas 81 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
5657 16 Jun 11 nicklas 82 <%!
5685 04 Aug 11 nicklas 83   private static final ItemContext defaultContext = Base.createDefaultContext("name", "name,itemSubtype,physicalBioAssay,extract,parent,description");
5685 04 Aug 11 nicklas 84   private static final Item itemType = Item.DERIVEDBIOASSAY;
5685 04 Aug 11 nicklas 85   
5685 04 Aug 11 nicklas 86   private static void registerExportUtils(ItemContext cc)
5685 04 Aug 11 nicklas 87   {
5685 04 Aug 11 nicklas 88     // Register formatters
6084 16 Aug 12 nicklas 89     cc.setObject("export.formatter.&physicalBioAssays(name)", new NameableFormatter());
6084 16 Aug 12 nicklas 90     cc.setObject("export.formatter.&parents(name)", new NameableFormatter());
5685 04 Aug 11 nicklas 91     cc.setObject("export.formatter.&children(name)", new NameableFormatter());
5685 04 Aug 11 nicklas 92     cc.setObject("export.formatter.&rawBioAssays(name)", new NameableFormatter());
5685 04 Aug 11 nicklas 93     
5685 04 Aug 11 nicklas 94     // Register dataloaders
5685 04 Aug 11 nicklas 95     String bioassayParameter = "bioassay";
6084 16 Aug 12 nicklas 96     // Physical bioassays
6084 16 Aug 12 nicklas 97     ItemQuery<PhysicalBioAssay> physicalQuery = PhysicalBioAssay.getQuery();
6084 16 Aug 12 nicklas 98     physicalQuery.include(cc.getInclude());
6084 16 Aug 12 nicklas 99     physicalQuery.join(Hql.innerJoin("derivedBioAssays", "dba"));
6084 16 Aug 12 nicklas 100     physicalQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("dba"), Expressions.parameter(bioassayParameter)));
6084 16 Aug 12 nicklas 101     physicalQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
7604 25 Feb 19 nicklas 102     cc.setObject("export.dataloader.&physicalBioAssays(name)", new ItemQueryLoader<DerivedBioAssay>(physicalQuery, bioassayParameter));
6084 16 Aug 12 nicklas 103
6084 16 Aug 12 nicklas 104     // Parent bioassays
6084 16 Aug 12 nicklas 105     ItemQuery<DerivedBioAssay> parentQuery = DerivedBioAssay.getQuery();
6084 16 Aug 12 nicklas 106     parentQuery.include(cc.getInclude());
6084 16 Aug 12 nicklas 107     parentQuery.join(Hql.innerJoin("children", "c"));
6084 16 Aug 12 nicklas 108     parentQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("c"), Expressions.parameter(bioassayParameter)));
6084 16 Aug 12 nicklas 109     parentQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
7604 25 Feb 19 nicklas 110     cc.setObject("export.dataloader.&parents(name)", new ItemQueryLoader<DerivedBioAssay>(parentQuery, bioassayParameter));
6084 16 Aug 12 nicklas 111
5685 04 Aug 11 nicklas 112     // Child bioassays
6084 16 Aug 12 nicklas 113     ItemQuery<DerivedBioAssay> childQuery = DerivedBioAssay.getQuery();
6084 16 Aug 12 nicklas 114     childQuery.include(cc.getInclude());
6084 16 Aug 12 nicklas 115     childQuery.join(Hql.innerJoin("parents", "p"));
6084 16 Aug 12 nicklas 116     childQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("p"), Expressions.parameter(bioassayParameter)));
6084 16 Aug 12 nicklas 117     childQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
7604 25 Feb 19 nicklas 118     cc.setObject("export.dataloader.&children(name)", new ItemQueryLoader<DerivedBioAssay>(childQuery, bioassayParameter));
5685 04 Aug 11 nicklas 119     
5685 04 Aug 11 nicklas 120     // Child raw bioassays
5685 04 Aug 11 nicklas 121     ItemQuery<RawBioAssay> rawQuery = RawBioAssay.getQuery();
5685 04 Aug 11 nicklas 122     rawQuery.include(cc.getInclude());
5685 04 Aug 11 nicklas 123     rawQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("parentBioAssay"), Expressions.parameter(bioassayParameter)));
5685 04 Aug 11 nicklas 124     rawQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
7604 25 Feb 19 nicklas 125     cc.setObject("export.dataloader.&rawBioAssays(name)", new ItemQueryLoader<DerivedBioAssay>(rawQuery, bioassayParameter));
5685 04 Aug 11 nicklas 126
5685 04 Aug 11 nicklas 127   }
5685 04 Aug 11 nicklas 128
5657 16 Jun 11 nicklas 129 %>
5657 16 Jun 11 nicklas 130 <%
5657 16 Jun 11 nicklas 131 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
5657 16 Jun 11 nicklas 132 final String ID = sc.getId();
5657 16 Jun 11 nicklas 133 final String cmd = request.getParameter("cmd");
5657 16 Jun 11 nicklas 134 final String root = request.getContextPath()+"/";
5657 16 Jun 11 nicklas 135 final String mode = request.getParameter("mode");
5657 16 Jun 11 nicklas 136 final String callback = request.getParameter("callback");
5657 16 Jun 11 nicklas 137 final String itemId = request.getParameter("item_id");
5685 04 Aug 11 nicklas 138 final String listPage = "list_bioassays.jsp?ID="+ID+"&item_id="+itemId
5657 16 Jun 11 nicklas 139   +(mode == null ? "" : "&mode="+mode)
5657 16 Jun 11 nicklas 140   +(callback == null ? "" : "&callback="+callback)
5657 16 Jun 11 nicklas 141   +(itemId == null ? "" : "&item_id="+itemId);
5685 04 Aug 11 nicklas 142 final String viewPage = "view_bioassay.jsp?ID="+ID;
5685 04 Aug 11 nicklas 143 final String editPage = "edit_bioassay.jsp?ID="+ID;
5657 16 Jun 11 nicklas 144
5657 16 Jun 11 nicklas 145 String forward = null;
5657 16 Jun 11 nicklas 146 String redirect = null;
5657 16 Jun 11 nicklas 147 String message = null;
5657 16 Jun 11 nicklas 148 DbControl dc = null;
5657 16 Jun 11 nicklas 149
5657 16 Jun 11 nicklas 150 try
5657 16 Jun 11 nicklas 151 {
5657 16 Jun 11 nicklas 152   if (cmd == null || "List".equals(cmd))
5657 16 Jun 11 nicklas 153   {
5657 16 Jun 11 nicklas 154     // Display the list page without updatinging the current context
5657 16 Jun 11 nicklas 155     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext, true);
5657 16 Jun 11 nicklas 156     redirect = listPage;
5657 16 Jun 11 nicklas 157   }
5657 16 Jun 11 nicklas 158   else if ("UpdateContext".equals(cmd))
5657 16 Jun 11 nicklas 159   {
5657 16 Jun 11 nicklas 160     // Display the list page after updating the current context from the request parameters
5657 16 Jun 11 nicklas 161     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5657 16 Jun 11 nicklas 162     redirect = listPage;
5657 16 Jun 11 nicklas 163   }
5657 16 Jun 11 nicklas 164   else if ("LoadContext".equals(cmd))
5657 16 Jun 11 nicklas 165   {
5657 16 Jun 11 nicklas 166     // Display the list page after loading a saved context
5657 16 Jun 11 nicklas 167     int contextId = Values.getInt(request.getParameter("context"));
5657 16 Jun 11 nicklas 168     Base.loadContext(sc, contextId, defaultContext);
5657 16 Jun 11 nicklas 169     redirect = listPage;
5657 16 Jun 11 nicklas 170   }
5657 16 Jun 11 nicklas 171   else if ("ViewItem".equals(cmd))
5657 16 Jun 11 nicklas 172   {
5657 16 Jun 11 nicklas 173     // Display the view page for a single item 
5657 16 Jun 11 nicklas 174     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5657 16 Jun 11 nicklas 175     forward = viewPage;
5657 16 Jun 11 nicklas 176   }
5657 16 Jun 11 nicklas 177   else if ("EditItem".equals(cmd))
5657 16 Jun 11 nicklas 178   {
5657 16 Jun 11 nicklas 179     // Display the edit page for a single item (should be opened in a popup)
5657 16 Jun 11 nicklas 180     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5721 06 Sep 11 nicklas 181     forward = editPage;
5657 16 Jun 11 nicklas 182   }
5657 16 Jun 11 nicklas 183   else if ("NewItem".equals(cmd))
5657 16 Jun 11 nicklas 184   {
5657 16 Jun 11 nicklas 185     // Display the edit page for a new item (should be opened in a popup)
5657 16 Jun 11 nicklas 186     if (!sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType))
5657 16 Jun 11 nicklas 187     {
5657 16 Jun 11 nicklas 188       throw new PermissionDeniedException(Permission.CREATE, itemType.toString());
5657 16 Jun 11 nicklas 189     }
5657 16 Jun 11 nicklas 190     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5657 16 Jun 11 nicklas 191     cc.setId(0);
5657 16 Jun 11 nicklas 192     forward = editPage;
5657 16 Jun 11 nicklas 193   }
5657 16 Jun 11 nicklas 194   else if ("UpdateItem".equals(cmd))
5657 16 Jun 11 nicklas 195   {
5657 16 Jun 11 nicklas 196     // Update the properties on an item (will close the popup)
5657 16 Jun 11 nicklas 197     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext);
5657 16 Jun 11 nicklas 198     final int maxRecent = Base.getMaxRecent(sc);
7954 12 May 21 nicklas 199     dc = sc.newDbControl(":Edit "+itemType);
5657 16 Jun 11 nicklas 200     
7605 26 Feb 19 nicklas 201     DerivedBioAssay bas = cc.getObject("item");
5657 16 Jun 11 nicklas 202     if (bas == null)
5657 16 Jun 11 nicklas 203     {
6082 14 Aug 12 nicklas 204       bas = DerivedBioAssay.getNew(dc, Values.getBoolean(request.getParameter("isRoot")), null);
5657 16 Jun 11 nicklas 205       dc.saveItem(bas);
5685 04 Aug 11 nicklas 206       message = "Derived bioassay created";
5657 16 Jun 11 nicklas 207     }
5657 16 Jun 11 nicklas 208     else
5657 16 Jun 11 nicklas 209     {
5657 16 Jun 11 nicklas 210       dc.reattachItem(bas, false);
5685 04 Aug 11 nicklas 211       message = "Derived bioassay updated";
5657 16 Jun 11 nicklas 212     }
5657 16 Jun 11 nicklas 213
5657 16 Jun 11 nicklas 214     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.item(itemType), bas);
7604 25 Feb 19 nicklas 215     ExtensionsInvoker<OnSaveAction> invoker = EditUtil.useOnSaveExtensions(jspContext);
5657 16 Jun 11 nicklas 216     try
5657 16 Jun 11 nicklas 217     {
5657 16 Jun 11 nicklas 218       bas.setName(Values.getStringOrNull(request.getParameter("name")));
5657 16 Jun 11 nicklas 219       bas.setDescription(Values.getStringOrNull(request.getParameter("description")));
5657 16 Jun 11 nicklas 220   
5657 16 Jun 11 nicklas 221       int subtypeId = Values.getInt(request.getParameter("subtype_id"), -1);
5687 09 Aug 11 nicklas 222       ItemSubtype subtype = null;
5657 16 Jun 11 nicklas 223       if (subtypeId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
5657 16 Jun 11 nicklas 224       {
5687 09 Aug 11 nicklas 225         subtype = subtypeId == 0 ? null : ItemSubtype.getById(dc, subtypeId);
5657 16 Jun 11 nicklas 226         bas.setItemSubtype(subtype);
7703 11 Apr 19 nicklas 227         cc.setRecent(Item.ITEMSUBTYPE, subtype, maxRecent);
5657 16 Jun 11 nicklas 228       }
5685 04 Aug 11 nicklas 229       
5685 04 Aug 11 nicklas 230       int extractId = Values.getInt(request.getParameter("extract_id"), -1);
5685 04 Aug 11 nicklas 231       if (extractId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
5685 04 Aug 11 nicklas 232       {
5685 04 Aug 11 nicklas 233         Extract extract = extractId == 0 ? null : Extract.getById(dc, extractId);
5685 04 Aug 11 nicklas 234         bas.setExtract(extract);
5685 04 Aug 11 nicklas 235       }
5657 16 Jun 11 nicklas 236
5657 16 Jun 11 nicklas 237       int protocolId = Values.getInt(request.getParameter("protocol_id"), -1);
5657 16 Jun 11 nicklas 238       if (protocolId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
5657 16 Jun 11 nicklas 239       {
5657 16 Jun 11 nicklas 240         Protocol pt = protocolId == 0 ? null : Protocol.getById(dc, protocolId);
5657 16 Jun 11 nicklas 241         bas.setProtocol(pt);
7703 11 Apr 19 nicklas 242         cc.setRecent(Item.PROTOCOL, pt, subtype, maxRecent);
5657 16 Jun 11 nicklas 243       }
5657 16 Jun 11 nicklas 244       
6996 03 Nov 15 nicklas 245       int kitId = Values.getInt(request.getParameter("kit_id"), -1);
6996 03 Nov 15 nicklas 246       if (kitId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
6996 03 Nov 15 nicklas 247       {
6996 03 Nov 15 nicklas 248         Kit kit = kitId == 0 ? null : Kit.getById(dc, kitId);
6996 03 Nov 15 nicklas 249         bas.setKit(kit);
7703 11 Apr 19 nicklas 250         cc.setRecent(Item.KIT, kit, subtype, maxRecent);
6996 03 Nov 15 nicklas 251       }
6996 03 Nov 15 nicklas 252       
5657 16 Jun 11 nicklas 253       int hardwareId = Values.getInt(request.getParameter("hardware_id"), -1);
5657 16 Jun 11 nicklas 254       if (hardwareId >= 0) // < 0 denied or unchanged
5657 16 Jun 11 nicklas 255       {
5657 16 Jun 11 nicklas 256         Hardware hw = hardwareId == 0 ? null : Hardware.getById(dc, hardwareId);
5657 16 Jun 11 nicklas 257         bas.setHardware(hw);
7703 11 Apr 19 nicklas 258         cc.setRecent(Item.HARDWARE, hw, subtype, maxRecent);
5657 16 Jun 11 nicklas 259       }
5657 16 Jun 11 nicklas 260
5657 16 Jun 11 nicklas 261       int softwareId = Values.getInt(request.getParameter("software_id"), -1);
5657 16 Jun 11 nicklas 262       if (softwareId >= 0) // < 0 denied or unchanged
5657 16 Jun 11 nicklas 263       {
5657 16 Jun 11 nicklas 264         Software sw = softwareId == 0 ? null : Software.getById(dc, softwareId);
5657 16 Jun 11 nicklas 265         bas.setSoftware(sw);
7703 11 Apr 19 nicklas 266         cc.setRecent(Item.SOFTWARE, sw, subtype, maxRecent);
5657 16 Jun 11 nicklas 267       }
5657 16 Jun 11 nicklas 268       
6082 14 Aug 12 nicklas 269       if (bas.isRoot())
6082 14 Aug 12 nicklas 270       {
6082 14 Aug 12 nicklas 271         // A root derived bioassay set may have physical bioassays as parents
6314 02 Sep 13 nicklas 272         String[] removePhysicalBioAssays = Values.getString(request.getParameter("-PHYSICALBIOASSAY")).split(",");
6082 14 Aug 12 nicklas 273         for (int i = 0; i < removePhysicalBioAssays.length; ++i)
6082 14 Aug 12 nicklas 274         {
6082 14 Aug 12 nicklas 275           int pbaId = Values.getInt(removePhysicalBioAssays[i], -1);
6082 14 Aug 12 nicklas 276           if (pbaId != -1) bas.removePhysicalBioAssay(PhysicalBioAssay.getById(dc, pbaId));
6082 14 Aug 12 nicklas 277         }
6082 14 Aug 12 nicklas 278         
6314 02 Sep 13 nicklas 279         String[] addPhysicalBioAssays = Values.getString(request.getParameter("+PHYSICALBIOASSAY")).split(",");
6082 14 Aug 12 nicklas 280         for (int i = 0; i < addPhysicalBioAssays.length; ++i)
6082 14 Aug 12 nicklas 281         {
6082 14 Aug 12 nicklas 282           int pbaId = Values.getInt(addPhysicalBioAssays[i], -1);
6082 14 Aug 12 nicklas 283           if (pbaId != -1) bas.addPhysicalBioAssay(PhysicalBioAssay.getById(dc, pbaId));
6082 14 Aug 12 nicklas 284         }
6082 14 Aug 12 nicklas 285       }
6082 14 Aug 12 nicklas 286       else
6082 14 Aug 12 nicklas 287       {
6082 14 Aug 12 nicklas 288         // A non-root derived bioassay set may have other derived bioassays as parents
6314 02 Sep 13 nicklas 289         String[] removeParents = Values.getString(request.getParameter("-DERIVEDBIOASSAY")).split(",");
6082 14 Aug 12 nicklas 290         for (int i = 0; i < removeParents.length; ++i)
6082 14 Aug 12 nicklas 291         {
6082 14 Aug 12 nicklas 292           int parentId = Values.getInt(removeParents[i], -1);
6082 14 Aug 12 nicklas 293           if (parentId != -1) bas.removeParent(DerivedBioAssay.getById(dc, parentId));
6082 14 Aug 12 nicklas 294         }
6082 14 Aug 12 nicklas 295         
6314 02 Sep 13 nicklas 296         String[] addParents = Values.getString(request.getParameter("+DERIVEDBIOASSAY")).split(",");
6082 14 Aug 12 nicklas 297         for (int i = 0; i < addParents.length; ++i)
6082 14 Aug 12 nicklas 298         {
6082 14 Aug 12 nicklas 299           int parentId = Values.getInt(addParents[i], -1);
6082 14 Aug 12 nicklas 300           if (parentId != -1) bas.addParent(DerivedBioAssay.getById(dc, parentId));
6082 14 Aug 12 nicklas 301         }
6082 14 Aug 12 nicklas 302       }
6082 14 Aug 12 nicklas 303       
5657 16 Jun 11 nicklas 304       // Data files tab
5657 16 Jun 11 nicklas 305       boolean validate = Values.getBoolean(request.getParameter("datafiles.validate"));
5657 16 Jun 11 nicklas 306       Base.updateFiles(dc, bas, request, validate, cc, maxRecent);
5657 16 Jun 11 nicklas 307       
5657 16 Jun 11 nicklas 308       // Annotations tab
5657 16 Jun 11 nicklas 309       Base.updateAnnotations(dc, bas, bas, request);
5657 16 Jun 11 nicklas 310         
5657 16 Jun 11 nicklas 311       // OnSave extensions
5657 16 Jun 11 nicklas 312       invoker.render(OnSaveRenderer.ON_SAVE);
5657 16 Jun 11 nicklas 313       dc.commit();
5657 16 Jun 11 nicklas 314       invoker.render(OnSaveRenderer.ON_COMMIT);
5657 16 Jun 11 nicklas 315     }
5657 16 Jun 11 nicklas 316     catch (Exception ex)
5657 16 Jun 11 nicklas 317     {
5657 16 Jun 11 nicklas 318       invoker.render(OnSaveRenderer.onRollback(ex));
5657 16 Jun 11 nicklas 319       throw ex;
5657 16 Jun 11 nicklas 320     }
5657 16 Jun 11 nicklas 321     finally
5657 16 Jun 11 nicklas 322     {
5657 16 Jun 11 nicklas 323       cc.removeObject("item");
5657 16 Jun 11 nicklas 324     }
5657 16 Jun 11 nicklas 325   }
5657 16 Jun 11 nicklas 326   else if ("DeleteItem".equals(cmd))
5657 16 Jun 11 nicklas 327   {
5657 16 Jun 11 nicklas 328     // Delete a single item and then return to the view page
7954 12 May 21 nicklas 329     dc = sc.newDbControl(":Delete "+itemType);
5657 16 Jun 11 nicklas 330     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5657 16 Jun 11 nicklas 331     RemovableUtil.removeRecursively(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()), true);
5657 16 Jun 11 nicklas 332     dc.commit();
5657 16 Jun 11 nicklas 333     redirect = viewPage;
5657 16 Jun 11 nicklas 334   }
5657 16 Jun 11 nicklas 335   else if ("DeleteItems".equals(cmd))
5657 16 Jun 11 nicklas 336   {
5657 16 Jun 11 nicklas 337     // Delete all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 338     dc = sc.newDbControl(":Delete "+itemType);
5657 16 Jun 11 nicklas 339     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5657 16 Jun 11 nicklas 340     int numTotal = cc.getSelected().size();
5657 16 Jun 11 nicklas 341     int numRemoved = RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, cc.getSelected(), true);
5657 16 Jun 11 nicklas 342     dc.commit();
5657 16 Jun 11 nicklas 343     if (numTotal != numRemoved)
5657 16 Jun 11 nicklas 344     {
5657 16 Jun 11 nicklas 345       message = (numRemoved == 0 ? "No" : "Only "+numRemoved+" of "+numTotal) + " items could be deleted, because you have no DELETE permission";
5657 16 Jun 11 nicklas 346     }
6192 31 Oct 12 nicklas 347     redirect = listPage;
5657 16 Jun 11 nicklas 348   }
5657 16 Jun 11 nicklas 349   else if ("RestoreItem".equals(cmd))
5657 16 Jun 11 nicklas 350   {
5657 16 Jun 11 nicklas 351     // Restore a single item and then return to the view page
7954 12 May 21 nicklas 352     dc = sc.newDbControl(":Restore "+itemType);
5657 16 Jun 11 nicklas 353     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5657 16 Jun 11 nicklas 354     RemovableUtil.removeRecursively(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()), false);
5657 16 Jun 11 nicklas 355     dc.commit();
5657 16 Jun 11 nicklas 356     redirect = viewPage;
5657 16 Jun 11 nicklas 357   }
5657 16 Jun 11 nicklas 358   else if ("RestoreItems".equals(cmd))
5657 16 Jun 11 nicklas 359   {
5657 16 Jun 11 nicklas 360     // Restore all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 361     dc = sc.newDbControl(":Restore "+itemType);
5657 16 Jun 11 nicklas 362     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5657 16 Jun 11 nicklas 363     int numTotal = cc.getSelected().size();
5657 16 Jun 11 nicklas 364     int numRemoved = RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, cc.getSelected(), false);
5657 16 Jun 11 nicklas 365     dc.commit();
5657 16 Jun 11 nicklas 366     if (numTotal != numRemoved)
5657 16 Jun 11 nicklas 367     {
5657 16 Jun 11 nicklas 368       message = (numRemoved == 0 ? "No" : "Only "+numRemoved+" of "+numTotal) + " items could be restored, because you have no WRITE permission";
5657 16 Jun 11 nicklas 369     }
6192 31 Oct 12 nicklas 370     redirect = listPage;
5657 16 Jun 11 nicklas 371   }
5657 16 Jun 11 nicklas 372   else if ("ShareItem".equals(cmd))
5657 16 Jun 11 nicklas 373   {
5657 16 Jun 11 nicklas 374     // Display a popup window for sharing a single item
7954 12 May 21 nicklas 375     dc = sc.newDbControl(":Share "+itemType);
5657 16 Jun 11 nicklas 376     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5657 16 Jun 11 nicklas 377     MultiPermissions permissions = ShareableUtil.getMultiPermissions(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()));
5657 16 Jun 11 nicklas 378     dc.close();
5657 16 Jun 11 nicklas 379     cc.setObject("MultiPermissions", permissions);
5657 16 Jun 11 nicklas 380     redirect = "../../common/share/share.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
5657 16 Jun 11 nicklas 381   }
5657 16 Jun 11 nicklas 382   else if ("ShareItems".equals(cmd))
5657 16 Jun 11 nicklas 383   {
5657 16 Jun 11 nicklas 384     // Display a popup window for sharing all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 385     dc = sc.newDbControl(":Share "+itemType);
5657 16 Jun 11 nicklas 386     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5657 16 Jun 11 nicklas 387     MultiPermissions permissions = ShareableUtil.getMultiPermissions(dc, itemType, cc.getSelected());
5657 16 Jun 11 nicklas 388     dc.close();
5657 16 Jun 11 nicklas 389     cc.setObject("MultiPermissions", permissions);
5657 16 Jun 11 nicklas 390     redirect = "../../common/share/share.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
5657 16 Jun 11 nicklas 391   }
5657 16 Jun 11 nicklas 392   else if ("SetOwnerOfItem".equals(cmd))
5657 16 Jun 11 nicklas 393   {
5657 16 Jun 11 nicklas 394     // Change owner of items selected on a list page
7954 12 May 21 nicklas 395     dc = sc.newDbControl(":Set owner of "+itemType);
5657 16 Jun 11 nicklas 396     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5657 16 Jun 11 nicklas 397     OwnedItem item = (OwnedItem)itemType.getById(dc, cc.getId());
5657 16 Jun 11 nicklas 398     cc.setObject("OwnedItems", Collections.singleton(item));
5657 16 Jun 11 nicklas 399     redirect = "../../common/ownership/ownership.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
5657 16 Jun 11 nicklas 400   }
5657 16 Jun 11 nicklas 401   else if ("SetOwnerOfItems".equals(cmd))
5657 16 Jun 11 nicklas 402   {
5657 16 Jun 11 nicklas 403     // Change owner of items selected on a list page
7954 12 May 21 nicklas 404     dc = sc.newDbControl(":Set owner of "+itemType);
5657 16 Jun 11 nicklas 405     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5657 16 Jun 11 nicklas 406     Set<OwnedItem> items = new HashSet<OwnedItem>();
5657 16 Jun 11 nicklas 407     for (Integer id : cc.getSelected())
5657 16 Jun 11 nicklas 408     {
5657 16 Jun 11 nicklas 409       if (id != null) items.add((OwnedItem)itemType.getById(dc, id));
5657 16 Jun 11 nicklas 410     }
5657 16 Jun 11 nicklas 411     dc.close();
5657 16 Jun 11 nicklas 412     cc.setObject("OwnedItems", items);
5657 16 Jun 11 nicklas 413     redirect = "../../common/ownership/ownership.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
5657 16 Jun 11 nicklas 414   }
6695 28 Jan 15 nicklas 415   else if ("InheritAnnotations".equals(cmd))
6695 28 Jan 15 nicklas 416   {
6695 28 Jan 15 nicklas 417     // Change owner of items selected on a list page
7954 12 May 21 nicklas 418     dc = sc.newDbControl(":Inherit annotations "+itemType);
6695 28 Jan 15 nicklas 419     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
6695 28 Jan 15 nicklas 420     Set<AnnotatedItem> items = new HashSet<AnnotatedItem>();
6695 28 Jan 15 nicklas 421     for (Integer id : cc.getSelected())
6695 28 Jan 15 nicklas 422     {
6695 28 Jan 15 nicklas 423       if (id != null) items.add((AnnotatedItem)itemType.getById(dc, id));
6695 28 Jan 15 nicklas 424     }
6695 28 Jan 15 nicklas 425     dc.close();
6695 28 Jan 15 nicklas 426     cc.setObject("AnnotatedItems", items);
6695 28 Jan 15 nicklas 427     redirect = "../../common/annotations/batch_inherit.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
6695 28 Jan 15 nicklas 428   }
5657 16 Jun 11 nicklas 429   else if ("ExportItems".equals(cmd))
5657 16 Jun 11 nicklas 430   {
5657 16 Jun 11 nicklas 431     // Run an export plugin in a list context
5657 16 Jun 11 nicklas 432     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5685 04 Aug 11 nicklas 433     final ItemQuery<DerivedBioAssay> query = DerivedBioAssay.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 434     dc = sc.newDbControl(":Export "+itemType);
7914 23 Feb 21 nicklas 435     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 436     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
6040 30 Mar 12 nicklas 437     cc.setQuery(query);
6040 30 Mar 12 nicklas 438     registerExportUtils(cc);
7604 25 Feb 19 nicklas 439     ExtensionsInvoker<ListColumnAction<DerivedBioAssay,?>> listInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
7604 25 Feb 19 nicklas 440     listInvoker.render(new ListColumnExportRenderer<DerivedBioAssay>(cc));
5657 16 Jun 11 nicklas 441     dc.close();
5657 16 Jun 11 nicklas 442     redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Export+bioassay+sets";
5657 16 Jun 11 nicklas 443   }
5657 16 Jun 11 nicklas 444   else if ("ExportItem".equals(cmd))
5657 16 Jun 11 nicklas 445   {
5657 16 Jun 11 nicklas 446     // Run an export plugin in single-item context
5657 16 Jun 11 nicklas 447     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5685 04 Aug 11 nicklas 448     registerExportUtils(cc);
5657 16 Jun 11 nicklas 449     redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Export+bioassay+set";
5657 16 Jun 11 nicklas 450   }
5657 16 Jun 11 nicklas 451   else if ("ImportItems".equals(cmd))
5657 16 Jun 11 nicklas 452   {
5657 16 Jun 11 nicklas 453     // Run an import plugin in a list context
5657 16 Jun 11 nicklas 454     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5685 04 Aug 11 nicklas 455     final ItemQuery<DerivedBioAssay> query = DerivedBioAssay.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 456     dc = sc.newDbControl(":Import "+itemType);
7914 23 Feb 21 nicklas 457     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 458     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
5657 16 Jun 11 nicklas 459     dc.close();
5657 16 Jun 11 nicklas 460     cc.setQuery(query);
5657 16 Jun 11 nicklas 461     redirect = "../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Import+bioassay+sets";
5657 16 Jun 11 nicklas 462   }
5657 16 Jun 11 nicklas 463   else if ("ImportItem".equals(cmd))
5657 16 Jun 11 nicklas 464   {
5657 16 Jun 11 nicklas 465     // Run an import plugin in single-item context
5657 16 Jun 11 nicklas 466     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5657 16 Jun 11 nicklas 467     redirect = "../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Import+bioassay+set";
5657 16 Jun 11 nicklas 468   }
5657 16 Jun 11 nicklas 469   else if ("RunListPlugin".equals(cmd))
5657 16 Jun 11 nicklas 470   {
5657 16 Jun 11 nicklas 471     // Run another plugin in a list context
5657 16 Jun 11 nicklas 472     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5685 04 Aug 11 nicklas 473     final ItemQuery<DerivedBioAssay> query = DerivedBioAssay.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 474     dc = sc.newDbControl(":Run plugin "+itemType);
7914 23 Feb 21 nicklas 475     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 476     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
5657 16 Jun 11 nicklas 477     dc.close();
5657 16 Jun 11 nicklas 478     cc.setQuery(query);
5657 16 Jun 11 nicklas 479     redirect = "../../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
5657 16 Jun 11 nicklas 480   }
5657 16 Jun 11 nicklas 481   else if ("RunPlugin".equals(cmd))
5657 16 Jun 11 nicklas 482   {
5657 16 Jun 11 nicklas 483     // Run a plugin in single-item context
5657 16 Jun 11 nicklas 484     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5657 16 Jun 11 nicklas 485     redirect = "../../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
5657 16 Jun 11 nicklas 486   }
5657 16 Jun 11 nicklas 487   else if ("RunAnalysisPlugin".equals(cmd))
5657 16 Jun 11 nicklas 488   {
5657 16 Jun 11 nicklas 489     // Run an analysis plugin in single-item context
5657 16 Jun 11 nicklas 490     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5657 16 Jun 11 nicklas 491     redirect = "../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&main_type=ANALYZE&title=Run+analysis+plugin";
5657 16 Jun 11 nicklas 492   }
6813 31 Mar 15 nicklas 493   else if ("CreateItemList".equals(cmd))
6813 31 Mar 15 nicklas 494   {
6813 31 Mar 15 nicklas 495     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
6813 31 Mar 15 nicklas 496     final ItemQuery<DerivedBioAssay> query = DerivedBioAssay.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 497     dc = sc.newDbControl(":Create "+itemType+" item list");
7914 23 Feb 21 nicklas 498     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 499     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
6813 31 Mar 15 nicklas 500     dc.close();
6813 31 Mar 15 nicklas 501     cc.setQuery(query);
6813 31 Mar 15 nicklas 502     redirect = "../../views/itemlists/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=NewItem&addItems=1&memberType=DERIVEDBIOASSAY&formId=bioassays";
6813 31 Mar 15 nicklas 503   }
7813 19 May 20 nicklas 504   else if ("AddItemsToList".equals(cmd))
7813 19 May 20 nicklas 505   {
7813 19 May 20 nicklas 506     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
7813 19 May 20 nicklas 507     final ItemQuery<DerivedBioAssay> query = DerivedBioAssay.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 508     dc = sc.newDbControl(":Add to "+itemType+" item list");
7914 23 Feb 21 nicklas 509     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 510     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
7813 19 May 20 nicklas 511     dc.close();
7813 19 May 20 nicklas 512     cc.setQuery(query);
7813 19 May 20 nicklas 513     redirect = "../../views/itemlists/add_items.jsp?ID="+ID+"&memberType=DERIVEDBIOASSAY&formId=bioassays";
7813 19 May 20 nicklas 514   }
6082 14 Aug 12 nicklas 515   else if ("NewMergedDerivedBioAssay".equals(cmd))
6082 14 Aug 12 nicklas 516   {
6082 14 Aug 12 nicklas 517     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
6082 14 Aug 12 nicklas 518     cc.setId(0);
6082 14 Aug 12 nicklas 519     forward = editPage + "&useParents=DERIVEDBIOASSAY";
6082 14 Aug 12 nicklas 520   }
5657 16 Jun 11 nicklas 521   else
5657 16 Jun 11 nicklas 522   {
5657 16 Jun 11 nicklas 523     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
5657 16 Jun 11 nicklas 524   }
5657 16 Jun 11 nicklas 525 }
5657 16 Jun 11 nicklas 526 finally
5657 16 Jun 11 nicklas 527 {
5657 16 Jun 11 nicklas 528   if (dc != null) dc.close();
5657 16 Jun 11 nicklas 529 }
5657 16 Jun 11 nicklas 530
5657 16 Jun 11 nicklas 531 if (forward != null)
5657 16 Jun 11 nicklas 532 {
6192 31 Oct 12 nicklas 533   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
5657 16 Jun 11 nicklas 534   pageContext.forward(forward);
5657 16 Jun 11 nicklas 535 }
5657 16 Jun 11 nicklas 536 else if (redirect != null)
5657 16 Jun 11 nicklas 537 {
6192 31 Oct 12 nicklas 538   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
5657 16 Jun 11 nicklas 539   response.sendRedirect(redirect);
5657 16 Jun 11 nicklas 540 }
5657 16 Jun 11 nicklas 541 else if (message == null)
5657 16 Jun 11 nicklas 542 {
5657 16 Jun 11 nicklas 543   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&wait=0");
5657 16 Jun 11 nicklas 544 }
5657 16 Jun 11 nicklas 545 else
5657 16 Jun 11 nicklas 546 {
5657 16 Jun 11 nicklas 547   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
5657 16 Jun 11 nicklas 548 }
5657 16 Jun 11 nicklas 549 %>
5657 16 Jun 11 nicklas 550

Generated on Sat Oct  7 02:47:16 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)