www/views/experiments/bioassays/index.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2099 21 Mar 06 nicklas 1 <%-- $Id$
2099 21 Mar 06 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
5425 23 Sep 10 nicklas 3   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
2099 21 Mar 06 nicklas 4
2304 22 May 06 jari 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 6   Available at http://base.thep.lu.se/
2099 21 Mar 06 nicklas 7
2099 21 Mar 06 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
2099 21 Mar 06 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
2099 21 Mar 06 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
2099 21 Mar 06 nicklas 12
2099 21 Mar 06 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
2099 21 Mar 06 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2099 21 Mar 06 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
2099 21 Mar 06 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
2099 21 Mar 06 nicklas 17
2099 21 Mar 06 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4511 11 Sep 08 jari 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2099 21 Mar 06 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
2099 21 Mar 06 nicklas 21
2099 21 Mar 06 nicklas 22   @author Nicklas
2099 21 Mar 06 nicklas 23   @version 2.0
2099 21 Mar 06 nicklas 24 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 25 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
2099 21 Mar 06 nicklas 26   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
2099 21 Mar 06 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
2099 21 Mar 06 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.Item"
2099 21 Mar 06 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.Include"
2099 21 Mar 06 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.Experiment"
2099 21 Mar 06 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.BioAssaySet"
4978 23 Jun 09 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
2099 21 Mar 06 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.BioAssay"
2099 21 Mar 06 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.Job"
2099 21 Mar 06 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
2099 21 Mar 06 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.StringParameterType"
2099 21 Mar 06 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.IntegerParameterType"
2099 21 Mar 06 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.ItemParameterType"
2099 21 Mar 06 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
2099 21 Mar 06 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
2099 21 Mar 06 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.Permission"
2099 21 Mar 06 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
2099 21 Mar 06 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
2099 21 Mar 06 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
2099 21 Mar 06 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
2099 21 Mar 06 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.ItemAlreadyExistsException"
5130 13 Oct 09 nicklas 47   import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
2099 21 Mar 06 nicklas 48   import="net.sf.basedb.util.RemovableUtil"
2099 21 Mar 06 nicklas 49   import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
2099 21 Mar 06 nicklas 50   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
2099 21 Mar 06 nicklas 51   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
2753 20 Oct 06 nicklas 52   import="net.sf.basedb.util.Values"
2099 21 Mar 06 nicklas 53   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
4978 23 Jun 09 nicklas 54   import="net.sf.basedb.clients.web.plugins.BioAssayExperimentalFactorLoader"
5503 18 Nov 10 nicklas 55   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
5503 18 Nov 10 nicklas 56   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
5503 18 Nov 10 nicklas 57   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
5503 18 Nov 10 nicklas 58   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
5503 18 Nov 10 nicklas 59   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.EditUtil"
7604 25 Feb 19 nicklas 60   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveAction"
5503 18 Nov 10 nicklas 61   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveRenderer"
2099 21 Mar 06 nicklas 62   import="java.util.Enumeration"
2099 21 Mar 06 nicklas 63   import="java.util.Set"
2099 21 Mar 06 nicklas 64   import="java.util.HashSet"
2099 21 Mar 06 nicklas 65   import="java.util.List"
2099 21 Mar 06 nicklas 66   import="java.util.LinkedList"
2099 21 Mar 06 nicklas 67   import="java.util.Collections"
2099 21 Mar 06 nicklas 68   import="java.util.Arrays"
2099 21 Mar 06 nicklas 69 %>
2099 21 Mar 06 nicklas 70 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
4978 23 Jun 09 nicklas 71 <%!private static final ItemContext defaultContext = Base.createDefaultContext("name", "name,spots,tools");
2099 21 Mar 06 nicklas 72   private static final Item itemType = Item.BIOASSAY;
4978 23 Jun 09 nicklas 73   
4978 23 Jun 09 nicklas 74   private static void registerExportFormatters(ItemContext cc, List<AnnotationType> experimentalFactors)
5130 13 Oct 09 nicklas 75   {
5130 13 Oct 09 nicklas 76     SnapshotManager snapshotManager = new SnapshotManager();
4978 23 Jun 09 nicklas 77     for (AnnotationType at : experimentalFactors)
4978 23 Jun 09 nicklas 78     {
5130 13 Oct 09 nicklas 79       cc.setObject("export.dataloader.#" + at.getId(), new BioAssayExperimentalFactorLoader(snapshotManager));
4978 23 Jun 09 nicklas 80     }
4978 23 Jun 09 nicklas 81   }%>
2099 21 Mar 06 nicklas 82 <%
2099 21 Mar 06 nicklas 83 final int bioAssaySetId = Values.getInt(request.getParameter("bioassayset_id"));
2099 21 Mar 06 nicklas 84
2099 21 Mar 06 nicklas 85 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
2099 21 Mar 06 nicklas 86 final String ID = sc.getId();
2099 21 Mar 06 nicklas 87 final String cmd = request.getParameter("cmd");
2099 21 Mar 06 nicklas 88 final String root = request.getContextPath()+"/";
2099 21 Mar 06 nicklas 89 final String mode = request.getParameter("mode");
2099 21 Mar 06 nicklas 90 final String callback = request.getParameter("callback");
2099 21 Mar 06 nicklas 91 final String itemId = request.getParameter("item_id");
2099 21 Mar 06 nicklas 92 final String listPage = "list_bioassays.jsp?ID="+ID+"&bioassayset_id="+bioAssaySetId
2099 21 Mar 06 nicklas 93   +(mode == null ? "" : "&mode="+mode)
2099 21 Mar 06 nicklas 94   +(callback == null ? "" : "&callback="+callback)
2099 21 Mar 06 nicklas 95   +(itemId == null ? "" : "&item_id="+itemId);
2099 21 Mar 06 nicklas 96 final String viewPage = "view_bioassay.jsp?ID="+ID+"&bioassayset_id="+bioAssaySetId;
2099 21 Mar 06 nicklas 97 final String editPage = "edit_bioassay.jsp?ID="+ID+"&bioassayset_id="+bioAssaySetId;
2099 21 Mar 06 nicklas 98
2099 21 Mar 06 nicklas 99 String forward = null;
2099 21 Mar 06 nicklas 100 String redirect = null;
2099 21 Mar 06 nicklas 101 String message = null;
2099 21 Mar 06 nicklas 102 DbControl dc = null;
2099 21 Mar 06 nicklas 103
2099 21 Mar 06 nicklas 104 try
2099 21 Mar 06 nicklas 105 {
2099 21 Mar 06 nicklas 106   if (cmd == null || "List".equals(cmd))
2099 21 Mar 06 nicklas 107   {
2099 21 Mar 06 nicklas 108     // Display the list page without updatinging the current context
2811 26 Oct 06 nicklas 109     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext, true);
2099 21 Mar 06 nicklas 110     redirect = listPage;
2099 21 Mar 06 nicklas 111   }
2099 21 Mar 06 nicklas 112   else if ("UpdateContext".equals(cmd))
2099 21 Mar 06 nicklas 113   {
2099 21 Mar 06 nicklas 114     // Display the list page after updating the current context from the request parameters
2099 21 Mar 06 nicklas 115     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2099 21 Mar 06 nicklas 116     redirect = listPage;
2099 21 Mar 06 nicklas 117   }
2099 21 Mar 06 nicklas 118   else if ("LoadContext".equals(cmd))
2099 21 Mar 06 nicklas 119   {
2099 21 Mar 06 nicklas 120     // Display the list page after loading a saved context
2099 21 Mar 06 nicklas 121     int contextId = Values.getInt(request.getParameter("context"));
2099 21 Mar 06 nicklas 122     Base.loadContext(sc, contextId, defaultContext);
2099 21 Mar 06 nicklas 123     redirect = listPage;
2099 21 Mar 06 nicklas 124   }
2099 21 Mar 06 nicklas 125
2099 21 Mar 06 nicklas 126   else if ("ViewItem".equals(cmd))
2099 21 Mar 06 nicklas 127   {
2099 21 Mar 06 nicklas 128     // Display the view page for a single item 
2099 21 Mar 06 nicklas 129     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2099 21 Mar 06 nicklas 130     forward = viewPage;
2099 21 Mar 06 nicklas 131   }
2099 21 Mar 06 nicklas 132   else if ("EditItem".equals(cmd))
2099 21 Mar 06 nicklas 133   {
2099 21 Mar 06 nicklas 134     // Display the edit page for a single item (should be opened in a popup)
2099 21 Mar 06 nicklas 135     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2099 21 Mar 06 nicklas 136     redirect = editPage;
2099 21 Mar 06 nicklas 137   }
2099 21 Mar 06 nicklas 138   else if ("UpdateItem".equals(cmd))
2099 21 Mar 06 nicklas 139   {
2099 21 Mar 06 nicklas 140     // Update the properties on an item (will close the popup)
2099 21 Mar 06 nicklas 141     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext);
7605 26 Feb 19 nicklas 142     BioAssay ba = cc.getObject("item");
2099 21 Mar 06 nicklas 143     if (ba != null)
2099 21 Mar 06 nicklas 144     {
7954 12 May 21 nicklas 145       dc = sc.newDbControl(":Edit "+itemType);
5060 19 Aug 09 nicklas 146       dc.reattachItem(ba, false);
2099 21 Mar 06 nicklas 147       message = "Bioassay updated";
5503 18 Nov 10 nicklas 148       JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.item(Item.BIOASSAY), ba);
7604 25 Feb 19 nicklas 149       ExtensionsInvoker<OnSaveAction> invoker = EditUtil.useOnSaveExtensions(jspContext);
5503 18 Nov 10 nicklas 150       try
5503 18 Nov 10 nicklas 151       {
5503 18 Nov 10 nicklas 152         ba.setName(Values.getStringOrNull(request.getParameter("name")));
5503 18 Nov 10 nicklas 153         ba.setDescription(Values.getStringOrNull(request.getParameter("description")));
5503 18 Nov 10 nicklas 154   
5503 18 Nov 10 nicklas 155         // Annotations tab
5503 18 Nov 10 nicklas 156         Base.updateAnnotations(dc, ba, ba, request);
5503 18 Nov 10 nicklas 157         
5503 18 Nov 10 nicklas 158         // OnSave extensions
5503 18 Nov 10 nicklas 159         invoker.render(OnSaveRenderer.ON_SAVE);
5503 18 Nov 10 nicklas 160         dc.commit();
5503 18 Nov 10 nicklas 161         invoker.render(OnSaveRenderer.ON_COMMIT);
5503 18 Nov 10 nicklas 162       }
5503 18 Nov 10 nicklas 163       catch (Exception ex)
5503 18 Nov 10 nicklas 164       {
5503 18 Nov 10 nicklas 165         invoker.render(OnSaveRenderer.onRollback(ex));
5503 18 Nov 10 nicklas 166         throw ex;
5503 18 Nov 10 nicklas 167       }
5503 18 Nov 10 nicklas 168       finally
5503 18 Nov 10 nicklas 169       {
5503 18 Nov 10 nicklas 170         cc.removeObject("item");
5503 18 Nov 10 nicklas 171       }
2099 21 Mar 06 nicklas 172     }
2099 21 Mar 06 nicklas 173   }
2099 21 Mar 06 nicklas 174   else if ("ExportItems".equals(cmd))
2099 21 Mar 06 nicklas 175   {
2099 21 Mar 06 nicklas 176     // Run an export plugin in a list context
2099 21 Mar 06 nicklas 177     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
7954 12 May 21 nicklas 178     dc = sc.newDbControl(":Export "+itemType);
2099 21 Mar 06 nicklas 179     final BioAssaySet bioAssaySet = BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
4978 23 Jun 09 nicklas 180     final ItemQuery<AnnotationType> experimentalFactorQuery = bioAssaySet.getExperiment().getExperimentalFactors();
4978 23 Jun 09 nicklas 181     experimentalFactorQuery.include(Include.MINE, Include.SHARED, Include.IN_PROJECT, Include.OTHERS);
4978 23 Jun 09 nicklas 182     List<AnnotationType> experimentalFactors = experimentalFactorQuery.list(dc);
4978 23 Jun 09 nicklas 183     registerExportFormatters(cc, experimentalFactors);
5590 16 Mar 11 nicklas 184     final ItemQuery<BioAssay> query = bioAssaySet.getBioAssays();
5590 16 Mar 11 nicklas 185     cc.configureQuery(dc, query, true);
2099 21 Mar 06 nicklas 186     dc.close();
2099 21 Mar 06 nicklas 187     cc.setQuery(query);
2099 21 Mar 06 nicklas 188     redirect = "../../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Export+bioassays";
2099 21 Mar 06 nicklas 189   }
2099 21 Mar 06 nicklas 190   else if ("ExportItem".equals(cmd))
2099 21 Mar 06 nicklas 191   {
2099 21 Mar 06 nicklas 192     // Run an export plugin in single-item context
2099 21 Mar 06 nicklas 193     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2099 21 Mar 06 nicklas 194     redirect = "../../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Export+bioassay";
2099 21 Mar 06 nicklas 195   }
2099 21 Mar 06 nicklas 196   else if ("ImportItems".equals(cmd))
2099 21 Mar 06 nicklas 197   {
2099 21 Mar 06 nicklas 198     // Run an import plugin in a list context
2099 21 Mar 06 nicklas 199     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
7954 12 May 21 nicklas 200     dc = sc.newDbControl(":Import "+itemType);
2099 21 Mar 06 nicklas 201     final BioAssaySet bioAssaySet = BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
5590 16 Mar 11 nicklas 202     final ItemQuery<BioAssay> query = bioAssaySet.getBioAssays();
5590 16 Mar 11 nicklas 203     cc.configureQuery(dc, query, true);
2099 21 Mar 06 nicklas 204     dc.close();
2099 21 Mar 06 nicklas 205     cc.setQuery(query);
2099 21 Mar 06 nicklas 206     redirect = "../../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Import+bioassays";
2099 21 Mar 06 nicklas 207   }
2099 21 Mar 06 nicklas 208   else if ("ImportItem".equals(cmd))
2099 21 Mar 06 nicklas 209   {
2099 21 Mar 06 nicklas 210     // Run an import plugin in single-item context
2099 21 Mar 06 nicklas 211     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2099 21 Mar 06 nicklas 212     redirect = "../../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Import+bioassay";
2099 21 Mar 06 nicklas 213   }
2099 21 Mar 06 nicklas 214   else if ("RunListPlugin".equals(cmd))
2099 21 Mar 06 nicklas 215   {
2099 21 Mar 06 nicklas 216     // Run another plugin in a list context
2099 21 Mar 06 nicklas 217     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
7954 12 May 21 nicklas 218     dc = sc.newDbControl(":Run plugin "+itemType);
2099 21 Mar 06 nicklas 219     final BioAssaySet bioAssaySet = BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
5590 16 Mar 11 nicklas 220     final ItemQuery<BioAssay> query = bioAssaySet.getBioAssays();
5590 16 Mar 11 nicklas 221     cc.configureQuery(dc, query, true);
2099 21 Mar 06 nicklas 222     dc.close();
2099 21 Mar 06 nicklas 223     cc.setQuery(query);
2099 21 Mar 06 nicklas 224     redirect = "../../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
2099 21 Mar 06 nicklas 225   }
2099 21 Mar 06 nicklas 226   else if ("RunPlugin".equals(cmd))
2099 21 Mar 06 nicklas 227   {
2099 21 Mar 06 nicklas 228     // Run a plugin in single-item context
2099 21 Mar 06 nicklas 229     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2099 21 Mar 06 nicklas 230     redirect = "../../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
2099 21 Mar 06 nicklas 231   }
2738 17 Oct 06 nicklas 232   else if ("RunListAnalysisPlugin".equals(cmd))
2738 17 Oct 06 nicklas 233   {
2738 17 Oct 06 nicklas 234     // Run an analysis plugin in list context
2738 17 Oct 06 nicklas 235     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2738 17 Oct 06 nicklas 236     redirect = "../../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&main_type=ANALYZE&title=Run+analysis+plugin";
2738 17 Oct 06 nicklas 237   }
2738 17 Oct 06 nicklas 238   else if ("NewFilteredBioAssaySet".equals(cmd))
2738 17 Oct 06 nicklas 239   {
2738 17 Oct 06 nicklas 240     // Display the edit page for for filtering a bioassay set (should be opened in a popup)
2738 17 Oct 06 nicklas 241     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4338 17 Jun 08 nicklas 242     redirect = "../../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&main_type=ANALYZE&title=Filter+bioassay+set&plugin_type=net.sf.basedb.core.plugin.AnalysisFilterPlugin";
2738 17 Oct 06 nicklas 243   }
2099 21 Mar 06 nicklas 244   else
2099 21 Mar 06 nicklas 245   {
2099 21 Mar 06 nicklas 246     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
2099 21 Mar 06 nicklas 247   }
2099 21 Mar 06 nicklas 248 }
2099 21 Mar 06 nicklas 249 finally
2099 21 Mar 06 nicklas 250 {
2099 21 Mar 06 nicklas 251   if (dc != null) dc.close();
2099 21 Mar 06 nicklas 252 }
2099 21 Mar 06 nicklas 253
2099 21 Mar 06 nicklas 254 if (forward != null)
2099 21 Mar 06 nicklas 255 {
6192 31 Oct 12 nicklas 256   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
2099 21 Mar 06 nicklas 257   pageContext.forward(forward);
2099 21 Mar 06 nicklas 258 }
2099 21 Mar 06 nicklas 259 else if (redirect != null)
2099 21 Mar 06 nicklas 260 {
6192 31 Oct 12 nicklas 261   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
2099 21 Mar 06 nicklas 262   response.sendRedirect(redirect);
2099 21 Mar 06 nicklas 263 }
2099 21 Mar 06 nicklas 264 else if (message == null)
2099 21 Mar 06 nicklas 265 {
2099 21 Mar 06 nicklas 266   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&wait=0");
2099 21 Mar 06 nicklas 267 }
2099 21 Mar 06 nicklas 268 else
2099 21 Mar 06 nicklas 269 {
2099 21 Mar 06 nicklas 270   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
2099 21 Mar 06 nicklas 271 }
2099 21 Mar 06 nicklas 272 %>
2099 21 Mar 06 nicklas 273

Generated on Sat Oct  7 02:47:22 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)