www/views/experiments/clone_reporters.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5878 17 Nov 11 nicklas 1 <%-- $Id $
5878 17 Nov 11 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
5878 17 Nov 11 nicklas 3   Copyright (C) 2011 Nicklas Nordborg
5878 17 Nov 11 nicklas 4
5878 17 Nov 11 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
5878 17 Nov 11 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
5878 17 Nov 11 nicklas 7
5878 17 Nov 11 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
5878 17 Nov 11 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
5878 17 Nov 11 nicklas 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
5878 17 Nov 11 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
5878 17 Nov 11 nicklas 12
5878 17 Nov 11 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
5878 17 Nov 11 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
5878 17 Nov 11 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
5878 17 Nov 11 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
5878 17 Nov 11 nicklas 17
5878 17 Nov 11 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
5878 17 Nov 11 nicklas 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
5878 17 Nov 11 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
5878 17 Nov 11 nicklas 21
5878 17 Nov 11 nicklas 22 --%>
5878 17 Nov 11 nicklas 23 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
5878 17 Nov 11 nicklas 24   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
5878 17 Nov 11 nicklas 25   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
5878 17 Nov 11 nicklas 26   import="net.sf.basedb.core.Item"
5878 17 Nov 11 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
5878 17 Nov 11 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.Permission"
5878 17 Nov 11 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.Experiment"
5886 23 Nov 11 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.VirtualDb"
5886 23 Nov 11 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.VirtualTable"
5878 17 Nov 11 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.ReporterCloneTemplate"
5878 17 Nov 11 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
5878 17 Nov 11 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
5878 17 Nov 11 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.Include"
5878 17 Nov 11 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.Type"
5878 17 Nov 11 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
5878 17 Nov 11 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
5878 17 Nov 11 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
5878 17 Nov 11 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
5878 17 Nov 11 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
5878 17 Nov 11 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.BaseException"
5878 17 Nov 11 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.Project"
5878 17 Nov 11 nicklas 44   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
5878 17 Nov 11 nicklas 45   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
5878 17 Nov 11 nicklas 46   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
5878 17 Nov 11 nicklas 47   import="net.sf.basedb.util.Values"
5878 17 Nov 11 nicklas 48   import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
5878 17 Nov 11 nicklas 49   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
5878 17 Nov 11 nicklas 50   import="java.util.Arrays"
5878 17 Nov 11 nicklas 51   import="java.util.Date"
5878 17 Nov 11 nicklas 52   import="java.util.List"
5878 17 Nov 11 nicklas 53 %>
5878 17 Nov 11 nicklas 54 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
5878 17 Nov 11 nicklas 55 <%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
5878 17 Nov 11 nicklas 56 <%
5878 17 Nov 11 nicklas 57 final Item itemType = Item.EXPERIMENT;
5878 17 Nov 11 nicklas 58 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
5878 17 Nov 11 nicklas 59 final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
5878 17 Nov 11 nicklas 60 final int itemId = cc.getId();
5878 17 Nov 11 nicklas 61 final String ID = sc.getId();
5878 17 Nov 11 nicklas 62 final float scale = Base.getScale(sc);
7954 12 May 21 nicklas 63 final DbControl dc = sc.newDbControl(":Clone reporters");
5878 17 Nov 11 nicklas 64 try
5878 17 Nov 11 nicklas 65 {
5878 17 Nov 11 nicklas 66   String title = "Clone reporters";
5878 17 Nov 11 nicklas 67   Experiment experiment = Experiment.getById(dc, itemId);
5878 17 Nov 11 nicklas 68   experiment.checkPermission(Permission.WRITE);
5886 23 Nov 11 nicklas 69   VirtualDb virtualDb = experiment.getVirtualDb();
5886 23 Nov 11 nicklas 70   boolean canCloneFromRaw = experiment.getRawDataType().isStoredInDb();
5886 23 Nov 11 nicklas 71   boolean canCloneFromVirtual = virtualDb.hasTable(VirtualTable.POSITION);
5878 17 Nov 11 nicklas 72   
5886 23 Nov 11 nicklas 73   if (!canCloneFromRaw && !canCloneFromVirtual)
5886 23 Nov 11 nicklas 74   {
5886 23 Nov 11 nicklas 75     throw new BaseException("Can't clone reporters for experiment since it has no raw data or analyzed data");
5886 23 Nov 11 nicklas 76   }
5886 23 Nov 11 nicklas 77   
7605 26 Feb 19 nicklas 78   List<ReporterCloneTemplate> recentTemplates = cc.getRecent(dc, Item.REPORTERCLONETEMPLATE);
5878 17 Nov 11 nicklas 79   %>
5878 17 Nov 11 nicklas 80   <base:page type="popup" title="<%=title%>">
6315 06 Sep 13 nicklas 81   <base:head scripts="~clone_reporters.js" />
6315 06 Sep 13 nicklas 82   <base:body>
5923 11 Jan 12 nicklas 83     <h1><%=title%> <base:help helpid="experiment.clonereporters" /></h1>
6162 10 Oct 12 nicklas 84     <form action="index.jsp?ID=<%=ID%>" method="post" name="clone">
5878 17 Nov 11 nicklas 85     <input type="hidden" name="cmd" value="CloneReporters">
5878 17 Nov 11 nicklas 86     <input type="hidden" name="item_id" value="<%=itemId %>">
5878 17 Nov 11 nicklas 87
5923 11 Jan 12 nicklas 88     <div class="content bottomborder">
5923 11 Jan 12 nicklas 89       <table class="fullform input100">
5878 17 Nov 11 nicklas 90       <tr>
5923 11 Jan 12 nicklas 91         <th>Clone template</th>
5878 17 Nov 11 nicklas 92         <td>
5878 17 Nov 11 nicklas 93           <base:select 
5878 17 Nov 11 nicklas 94             id="reporterclonetemplate_id"
5878 17 Nov 11 nicklas 95             clazz="selectionlist"
5886 23 Nov 11 nicklas 96             required="false"
5878 17 Nov 11 nicklas 97             current="<%=null%>"
5878 17 Nov 11 nicklas 98             denied="<%=false%>"
5878 17 Nov 11 nicklas 99             recent="<%=recentTemplates%>"
5878 17 Nov 11 nicklas 100             newitem="<%=false%>"
5886 23 Nov 11 nicklas 101             unselectedtext="- all properties -"
5878 17 Nov 11 nicklas 102           />
5878 17 Nov 11 nicklas 103         </td>
5923 11 Jan 12 nicklas 104         <td></td>
5878 17 Nov 11 nicklas 105       </tr>
5886 23 Nov 11 nicklas 106       <tr>
5923 11 Jan 12 nicklas 107         <th>Clone source</th>
5886 23 Nov 11 nicklas 108         <td>
5886 23 Nov 11 nicklas 109           <select name="cloneSource">
5886 23 Nov 11 nicklas 110           <%
5886 23 Nov 11 nicklas 111           if (canCloneFromRaw && canCloneFromVirtual)
5886 23 Nov 11 nicklas 112           {
5886 23 Nov 11 nicklas 113             %>
5886 23 Nov 11 nicklas 114             <option value="AUTO">Auto
5886 23 Nov 11 nicklas 115             <%
5886 23 Nov 11 nicklas 116           }
5886 23 Nov 11 nicklas 117           if (canCloneFromVirtual)
5886 23 Nov 11 nicklas 118           {
5886 23 Nov 11 nicklas 119             %>
5886 23 Nov 11 nicklas 120             <option value="VIRTUAL">Analyzed data
5886 23 Nov 11 nicklas 121             <%
5886 23 Nov 11 nicklas 122           }
5886 23 Nov 11 nicklas 123           if (canCloneFromRaw)
5886 23 Nov 11 nicklas 124           {
5886 23 Nov 11 nicklas 125             %>
5886 23 Nov 11 nicklas 126             <option value="RAW">Raw data
5886 23 Nov 11 nicklas 127             <%
5886 23 Nov 11 nicklas 128           }
5886 23 Nov 11 nicklas 129           %>
5886 23 Nov 11 nicklas 130           </select>
5886 23 Nov 11 nicklas 131         </td>
5923 11 Jan 12 nicklas 132         <td></td>
5886 23 Nov 11 nicklas 133       </tr>
5923 11 Jan 12 nicklas 134       <tr class="dynamic">
5923 11 Jan 12 nicklas 135         <th>Description</th>
5923 11 Jan 12 nicklas 136         <td>
6217 14 Dec 12 nicklas 137           <textarea class="text" rows="6" name="description" id="description"
5878 17 Nov 11 nicklas 138             ><%=HTML.encodeTags(experiment == null ? cc.getPropertyValue("description") : experiment.getDescription())%></textarea>
5878 17 Nov 11 nicklas 139         </td>
5923 11 Jan 12 nicklas 140         <td style="width: 20px;">
6215 13 Dec 12 nicklas 141           <base:zoom textarea="description" title="Description" />
5923 11 Jan 12 nicklas 142         </td>
5878 17 Nov 11 nicklas 143       </tr>
5878 17 Nov 11 nicklas 144       </table>
5923 11 Jan 12 nicklas 145     </div>
5923 11 Jan 12 nicklas 146     </form>
5923 11 Jan 12 nicklas 147     <base:buttongroup subclass="dialogbuttons">
6315 06 Sep 13 nicklas 148       <base:button id="btnSave" title="Next" />
6315 06 Sep 13 nicklas 149       <base:button id="close" title="Cancel" />
5923 11 Jan 12 nicklas 150     </base:buttongroup>
5878 17 Nov 11 nicklas 151
5878 17 Nov 11 nicklas 152   </base:body>
5878 17 Nov 11 nicklas 153   </base:page>
5878 17 Nov 11 nicklas 154   <%
5878 17 Nov 11 nicklas 155 }
5878 17 Nov 11 nicklas 156 finally
5878 17 Nov 11 nicklas 157 {
5878 17 Nov 11 nicklas 158   if (dc != null) dc.close();
5878 17 Nov 11 nicklas 159 }
5878 17 Nov 11 nicklas 160 %>

Generated on Sat Oct  7 02:47:46 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)