www/views/experiments/experiments.js

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
7604 25 Feb 19 nicklas 1 /* $Id $
7604 25 Feb 19 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
7604 25 Feb 19 nicklas 3   Copyright (C) 2013 Nicklas Nordborg
7604 25 Feb 19 nicklas 4
7604 25 Feb 19 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7604 25 Feb 19 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
7604 25 Feb 19 nicklas 7
7604 25 Feb 19 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
7604 25 Feb 19 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
7604 25 Feb 19 nicklas 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
7604 25 Feb 19 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
7604 25 Feb 19 nicklas 12
7604 25 Feb 19 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
7604 25 Feb 19 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
7604 25 Feb 19 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
7604 25 Feb 19 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
7604 25 Feb 19 nicklas 17
7604 25 Feb 19 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
7604 25 Feb 19 nicklas 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
7604 25 Feb 19 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
7604 25 Feb 19 nicklas 21
7604 25 Feb 19 nicklas 22   @author Nicklas
7604 25 Feb 19 nicklas 23 */
7604 25 Feb 19 nicklas 24 'use strict';
7604 25 Feb 19 nicklas 25
7604 25 Feb 19 nicklas 26 var Experiments = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 27 {
7604 25 Feb 19 nicklas 28   var experiments = {};
7604 25 Feb 19 nicklas 29   
7604 25 Feb 19 nicklas 30   /**
7604 25 Feb 19 nicklas 31     Initialize the page.
7604 25 Feb 19 nicklas 32   */
7604 25 Feb 19 nicklas 33   experiments.initPage = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 34   {
7604 25 Feb 19 nicklas 35     var pageId = Doc.getPageId();
7604 25 Feb 19 nicklas 36     if (pageId == 'edit-page')
7604 25 Feb 19 nicklas 37     {
7604 25 Feb 19 nicklas 38       // Save + Close buttons
7604 25 Feb 19 nicklas 39       Buttons.addClickHandler('btnSave', experiments.save);
7604 25 Feb 19 nicklas 40       Buttons.addClickHandler('close', App.closeWindow);
7604 25 Feb 19 nicklas 41
7604 25 Feb 19 nicklas 42       // Tab validation
7604 25 Feb 19 nicklas 43       TabControl.addTabActivateListener('settings.annotations', Annotations.onSwitchToAnnotationsTab);
7604 25 Feb 19 nicklas 44       TabControl.addTabValidator('settings.info', experiments.validateExperiment);
7604 25 Feb 19 nicklas 45       
7604 25 Feb 19 nicklas 46       // RawBioAssays
7604 25 Feb 19 nicklas 47       Buttons.addClickHandler('btnAddRawBioAssays', experiments.addRawBioAssays);
7604 25 Feb 19 nicklas 48       
7604 25 Feb 19 nicklas 49       // Directory
7604 25 Feb 19 nicklas 50       Buttons.addClickHandler('directory_id.select', experiments.selectDirectory);
7604 25 Feb 19 nicklas 51       Events.addEventHandler('directory_id', 'base-selected', Items.onItemSelected);
7604 25 Feb 19 nicklas 52       
7604 25 Feb 19 nicklas 53     }
7604 25 Feb 19 nicklas 54     else if (pageId == 'view-page')
7604 25 Feb 19 nicklas 55     {
7604 25 Feb 19 nicklas 56       var itemId = Data.get('page-data', 'item-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 57       var attributes = {'item-type': 'EXPERIMENT', 'item-id': itemId};
7604 25 Feb 19 nicklas 58       
7604 25 Feb 19 nicklas 59       Buttons.addClickHandler('btnEdit', Buttons.editItem, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 60       Buttons.addClickHandler('btnDelete', Buttons.deleteItem, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 61       Buttons.addClickHandler('btnRestore', Buttons.restoreItem, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 62       Buttons.addClickHandler('btnUsingItems', Buttons.showUsingItems, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 63       Buttons.addClickHandler('btnDeletePermanently', Buttons.deleteItemPermanently, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 64       Buttons.addClickHandler('btnShare', Buttons.shareItem, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 65       Buttons.addClickHandler('btnSetOwner', Buttons.setOwner, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 66       Buttons.addClickHandler('btnExport', Buttons.runPlugin, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 67       Buttons.addClickHandler('btnImport', Buttons.runPlugin, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 68       Buttons.addClickHandler('btnRunPlugin', Buttons.runPlugin, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 69       Buttons.addClickHandler('btnCloneReporters', experiments.cloneReporters);
7604 25 Feb 19 nicklas 70       Buttons.addClickHandler('btnRemoveClonedReporters', experiments.removeClonedReporters);
7604 25 Feb 19 nicklas 71       
7604 25 Feb 19 nicklas 72       TabControl.addTabActivateListener('main.bioassaysets', experiments.viewBioAssaySets);
7604 25 Feb 19 nicklas 73       TabControl.addTabActivateListener('main.clonedreporters', experiments.viewClonedReporters);
7604 25 Feb 19 nicklas 74       TabControl.addTabActivateListener('main.annotations', AnnotationsList.loadOnce);
7604 25 Feb 19 nicklas 75       TabControl.addTabActivateListener('main.overview', Overview.loadOnce);
7604 25 Feb 19 nicklas 76       TabControl.addTabActivateListener('main.history', History.loadOnce);
7604 25 Feb 19 nicklas 77
7604 25 Feb 19 nicklas 78       experiments.initUsedFactorValues();
7604 25 Feb 19 nicklas 79     }
7604 25 Feb 19 nicklas 80     else if (pageId == 'list-page')
7604 25 Feb 19 nicklas 81     {
7604 25 Feb 19 nicklas 82       var attributes = {'item-type': 'EXPERIMENT'};
7604 25 Feb 19 nicklas 83       var tableAttributes = {'table-id': 'experiments'};
7604 25 Feb 19 nicklas 84       Buttons.addClickHandler('btnNewItem', Buttons.newItem, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 85       Buttons.addClickHandler('btnDeleteItems', Buttons.deleteItems, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 86       Buttons.addClickHandler('btnRestoreItems', Buttons.restoreItems, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 87       Buttons.addClickHandler('btnShareItems', Buttons.shareItems, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 88       Buttons.addClickHandler('btnSetOwner', Buttons.setOwnerOfItems, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 89       Buttons.addClickHandler('btnColumns', Buttons.configureColumns, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 90       Buttons.addClickHandler('btnExport', Buttons.runListPlugin, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 91       Buttons.addClickHandler('btnImport', Buttons.runListPlugin, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 92       Buttons.addClickHandler('btnRunPlugin', Buttons.runListPlugin, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 93
7604 25 Feb 19 nicklas 94       Buttons.addClickHandler('close', App.closeWindow);
7604 25 Feb 19 nicklas 95       Buttons.addClickHandler('btnOk', Buttons.returnSelected, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 96     }
7604 25 Feb 19 nicklas 97   }
7604 25 Feb 19 nicklas 98   
7604 25 Feb 19 nicklas 99   experiments.initElements = function(element, autoInit)
7604 25 Feb 19 nicklas 100   {
7604 25 Feb 19 nicklas 101     if (autoInit == 'edit-experimental-factor')
7604 25 Feb 19 nicklas 102     {
7604 25 Feb 19 nicklas 103       Buttons.addClickHandler(element, experiments.editExperimentalFactor);
7604 25 Feb 19 nicklas 104     }
7604 25 Feb 19 nicklas 105   }
7604 25 Feb 19 nicklas 106   
7604 25 Feb 19 nicklas 107   experiments.viewBioAssaySets = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 108   {
7604 25 Feb 19 nicklas 109     var experimentId = Data.get('page-data', 'item-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 110     var url = 'bioassaysets/index.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 111     url += '&experiment_id='+experimentId;
7604 25 Feb 19 nicklas 112     location.replace(url);
7604 25 Feb 19 nicklas 113   }
7604 25 Feb 19 nicklas 114   
7604 25 Feb 19 nicklas 115   experiments.viewClonedReporters = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 116   {
7604 25 Feb 19 nicklas 117     var experimentId = Data.get('page-data', 'item-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 118     var url = 'reporters/index.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 119     url += '&experiment_id='+experimentId;
7604 25 Feb 19 nicklas 120     location.replace(url);
7604 25 Feb 19 nicklas 121   }
7604 25 Feb 19 nicklas 122   
7604 25 Feb 19 nicklas 123   experiments.cloneReporters = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 124   {
7604 25 Feb 19 nicklas 125     var experimentId = Data.get('page-data', 'item-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 126     var url = 'clone_reporters.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 127     url += '&item_id='+experimentId;
7604 25 Feb 19 nicklas 128     Dialogs.openPopup(url, 'CloneReporters', 600, 400);
7604 25 Feb 19 nicklas 129   }
7604 25 Feb 19 nicklas 130   
7604 25 Feb 19 nicklas 131   experiments.removeClonedReporters = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 132   {
7604 25 Feb 19 nicklas 133     if (confirm('Are you sure that you want to remove all cloned reporter annotations?\nThis action can\'t be undone.'))
7604 25 Feb 19 nicklas 134     {
7604 25 Feb 19 nicklas 135       var experimentId = Data.get('page-data', 'item-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 136       var url = 'index.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 137       url += '&cmd=RemoveClonedReporters&item_id='+experimentId;
7604 25 Feb 19 nicklas 138       Dialogs.openPopup(url, 'RemoveClonedReporters', 450, 300);
7604 25 Feb 19 nicklas 139     }
7604 25 Feb 19 nicklas 140   }
7604 25 Feb 19 nicklas 141   
7604 25 Feb 19 nicklas 142   experiments.editExperimentalFactor = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 143   {
7604 25 Feb 19 nicklas 144     var url = App.getRoot() + 'common/annotations/annotate.jsp?ID='+App.getSessionId();
7604 25 Feb 19 nicklas 145     url += '&item_type='+Data.get(event.currentTarget, 'item-type');
7604 25 Feb 19 nicklas 146     url += '&item_id='+Data.get(event.currentTarget, 'item-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 147     url += '&annotationtype_id='+Data.get(event.currentTarget, 'annotation-type');
7604 25 Feb 19 nicklas 148     url += '&annotation_id='+Data.get(event.currentTarget, 'annotation');
7604 25 Feb 19 nicklas 149     url += '&standalone=1';
7604 25 Feb 19 nicklas 150     Dialogs.openPopup(url, 'EditAnnotation', 750, 500);
7604 25 Feb 19 nicklas 151   }
7604 25 Feb 19 nicklas 152   
7604 25 Feb 19 nicklas 153   experiments.initUsedFactorValues = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 154   {
7604 25 Feb 19 nicklas 155     var factorValues = Data.json('factor-values', 'factor-values');
7604 25 Feb 19 nicklas 156     var numRawBioAssays = Data.int('factor-values', 'num-raw-bioassays');
7604 25 Feb 19 nicklas 157     var numIncomplete = 0;
7604 25 Feb 19 nicklas 158     for (var i = 0; i < factorValues.length; i++)
7604 25 Feb 19 nicklas 159     {
7604 25 Feb 19 nicklas 160       var fv = factorValues[i];
7604 25 Feb 19 nicklas 161       if (fv.usedValues != undefined)
7604 25 Feb 19 nicklas 162       {
7604 25 Feb 19 nicklas 163         var div = Doc.element('usedvalues.'+fv.id);
7604 25 Feb 19 nicklas 164         div.innerHTML = Strings.encodeTags(fv.usedValues);
7604 25 Feb 19 nicklas 165       }
7604 25 Feb 19 nicklas 166       
7604 25 Feb 19 nicklas 167       var statusDiv = Doc.element('status.'+fv.id);
7604 25 Feb 19 nicklas 168       var status = '';
7604 25 Feb 19 nicklas 169       if (fv.numRawBioAssaysWithFactor >= numRawBioAssays)
7604 25 Feb 19 nicklas 170       {
7604 25 Feb 19 nicklas 171         status = '<img src="../../images/ok.png" alt="Ok" title="All ' + numRawBioAssays + 
7604 25 Feb 19 nicklas 172           ' raw bioassays have a value for this experimental factor">';
7604 25 Feb 19 nicklas 173       }
7604 25 Feb 19 nicklas 174       else if (fv.disableInheritance)
7604 25 Feb 19 nicklas 175       {
7604 25 Feb 19 nicklas 176         status = '<img src="../../images/notify.png" alt="!">&nbsp;Inheritance not allowed';
7604 25 Feb 19 nicklas 177       }
7604 25 Feb 19 nicklas 178       else if (fv.usePermission)
7604 25 Feb 19 nicklas 179       {
7604 25 Feb 19 nicklas 180         numIncomplete++;
7604 25 Feb 19 nicklas 181         var numMissing = numRawBioAssays - fv.numRawBioAssaysWithFactor;
7604 25 Feb 19 nicklas 182         status = '<img src="../../images/warning.png" alt="!"';
7604 25 Feb 19 nicklas 183         status += ' title="' + numMissing + ' raw bioassays are missing a value for this experimental factor">';
7604 25 Feb 19 nicklas 184         status += '<input type="checkbox" name="autoinherit" id="autoinherit'+fv.id+'" value="'+fv.id+'" checked';
7604 25 Feb 19 nicklas 185         status += ' title="Select to automatically inherit annotations from parents"></td>';
7604 25 Feb 19 nicklas 186         status += '<label for="autoinherit'+fv.id+'">' + numMissing + ' missing</label>';
7604 25 Feb 19 nicklas 187       }
7604 25 Feb 19 nicklas 188       else
7604 25 Feb 19 nicklas 189       {
7604 25 Feb 19 nicklas 190         status = 'Read-only';
7604 25 Feb 19 nicklas 191       }
7604 25 Feb 19 nicklas 192       statusDiv.innerHTML = status;
7604 25 Feb 19 nicklas 193     }
7604 25 Feb 19 nicklas 194     
7604 25 Feb 19 nicklas 195     if (numIncomplete > 0)
7604 25 Feb 19 nicklas 196     {
7604 25 Feb 19 nicklas 197       var checkAll = '';
7604 25 Feb 19 nicklas 198       checkAll += '<span id="check.uncheck" data-table-id="tbl.experimentalFactors" data-regexp="autoinherit" class="link" title="Toggle all (use CTRL, ALT or SHIFT to check/uncheck)">';
7604 25 Feb 19 nicklas 199       checkAll += '<img src="../../images/check_uncheck.png" alt="x"></span>';
7604 25 Feb 19 nicklas 200       checkAll += '&nbsp;<span id="autoInherit" class="link"';
7604 25 Feb 19 nicklas 201       checkAll += ' title="Automatically try to inherit values for the selected experimental factors from parent items">';
7604 25 Feb 19 nicklas 202       checkAll += 'Auto-inherit&hellip;</span>'
7604 25 Feb 19 nicklas 203       Doc.element('tbl.experimentalFactors.status').innerHTML = checkAll;
7604 25 Feb 19 nicklas 204       Doc.show('warning.missing');
7604 25 Feb 19 nicklas 205       
7604 25 Feb 19 nicklas 206       Events.addEventHandler('check.uncheck', 'click', Table.checkUncheckOnClick);
7604 25 Feb 19 nicklas 207       Events.addEventHandler('autoInherit', 'click', experiments.autoInheritFactors);
7604 25 Feb 19 nicklas 208     }
7604 25 Feb 19 nicklas 209   }
7604 25 Feb 19 nicklas 210
7604 25 Feb 19 nicklas 211   experiments.autoInheritFactors = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 212   {
7604 25 Feb 19 nicklas 213     var frm = document.forms['tbl.experimentalFactors'];
7604 25 Feb 19 nicklas 214     if (!Table.checkIfSelected('tbl.experimentalFactors', /autoinherit/)) return;
7604 25 Feb 19 nicklas 215     Table.submitToPopup('tbl.experimentalFactors', 'AutoInherit', 750, 500);
7604 25 Feb 19 nicklas 216   }
7604 25 Feb 19 nicklas 217
7604 25 Feb 19 nicklas 218   experiments.validateExperiment = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 219   {
7604 25 Feb 19 nicklas 220     var frm = document.forms['experiment'];
7604 25 Feb 19 nicklas 221     if (Strings.trim(frm.name.value) == '')
7604 25 Feb 19 nicklas 222     {
7604 25 Feb 19 nicklas 223       Forms.showNotification(frm.name, 'You must enter a name');
7604 25 Feb 19 nicklas 224       return false;
7604 25 Feb 19 nicklas 225     }
7604 25 Feb 19 nicklas 226     if (frm.rawdatatype)
7604 25 Feb 19 nicklas 227     {
7604 25 Feb 19 nicklas 228       if (frm.rawdatatype.value == '')
7604 25 Feb 19 nicklas 229       {
7604 25 Feb 19 nicklas 230         Forms.showNotification(frm.rawdatatype, 'You must select a raw data type');
7604 25 Feb 19 nicklas 231         return false;
7604 25 Feb 19 nicklas 232       }
7604 25 Feb 19 nicklas 233     }
7604 25 Feb 19 nicklas 234     return true;
7604 25 Feb 19 nicklas 235   }
7604 25 Feb 19 nicklas 236   
7604 25 Feb 19 nicklas 237   experiments.save = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 238   {
7604 25 Feb 19 nicklas 239     var frm = document.forms['experiment'];
7604 25 Feb 19 nicklas 240     if (TabControl.validateActiveTab('settings'))
7604 25 Feb 19 nicklas 241     {
7604 25 Feb 19 nicklas 242       Annotations.saveModifiedAnnotationsToForm(frm);
7604 25 Feb 19 nicklas 243       Link.exportActions('rawBioAssays');
7604 25 Feb 19 nicklas 244       Link.exportActions('annotationTypes');
7604 25 Feb 19 nicklas 245       frm.submit();
7604 25 Feb 19 nicklas 246     }
7604 25 Feb 19 nicklas 247   }
7604 25 Feb 19 nicklas 248
7604 25 Feb 19 nicklas 249   experiments.addRawBioAssays = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 250   {
7604 25 Feb 19 nicklas 251     var frm = document.forms['experiment'];
7604 25 Feb 19 nicklas 252     var currentRawBioAssays = Link.getIdsInList(frm.rawBioAssays, 'RAWBIOASSAY');
7604 25 Feb 19 nicklas 253     var rawDataType = frm.rawdatatype ? frm.rawdatatype.value : Data.get('page-data', 'current-raw-data-type');
7604 25 Feb 19 nicklas 254
7604 25 Feb 19 nicklas 255     var url = "&resetTemporary=1&exclude="+currentRawBioAssays.join(',');
7604 25 Feb 19 nicklas 256     url += '&tmpfilter:STRING:rawDataType='+rawDataType;
7604 25 Feb 19 nicklas 257   
7604 25 Feb 19 nicklas 258     Dialogs.selectItem('RAWBIOASSAY', 'rawBioAssays', 1, url);
7604 25 Feb 19 nicklas 259   }
7604 25 Feb 19 nicklas 260   
7604 25 Feb 19 nicklas 261   experiments.selectDirectory = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 262   {
7604 25 Feb 19 nicklas 263     var frm = document.forms['experiment'];
7604 25 Feb 19 nicklas 264     var url = '&resetTemporary=1';
7604 25 Feb 19 nicklas 265     if (frm.directory_id.length > 1) 
7604 25 Feb 19 nicklas 266     {
7604 25 Feb 19 nicklas 267       var id = Math.abs(parseInt(frm.directory_id[1].value));        
7604 25 Feb 19 nicklas 268       url += '&directory_id='+id;
7604 25 Feb 19 nicklas 269     }
7604 25 Feb 19 nicklas 270     Dialogs.selectItem('DIRECTORY', 'directory_id', 0, url);
7604 25 Feb 19 nicklas 271   }
7604 25 Feb 19 nicklas 272   
7604 25 Feb 19 nicklas 273   return experiments;
7604 25 Feb 19 nicklas 274 }();
7604 25 Feb 19 nicklas 275
7604 25 Feb 19 nicklas 276 Doc.onLoad(Experiments.initPage);
7604 25 Feb 19 nicklas 277 Doc.addElementInitializer(Experiments.initElements);
7604 25 Feb 19 nicklas 278

Generated on Sat Oct  7 02:47:47 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)