www/views/experiments/index.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1675 01 Dec 05 nicklas 1 <%-- $Id$
1675 01 Dec 05 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
3675 16 Aug 07 jari 3   Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
5425 23 Sep 10 nicklas 4   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
1675 01 Dec 05 nicklas 5
2304 22 May 06 jari 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 7   Available at http://base.thep.lu.se/
1675 01 Dec 05 nicklas 8
1675 01 Dec 05 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
1675 01 Dec 05 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
1675 01 Dec 05 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
1675 01 Dec 05 nicklas 13
1675 01 Dec 05 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
1675 01 Dec 05 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1675 01 Dec 05 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
1675 01 Dec 05 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
1675 01 Dec 05 nicklas 18
1675 01 Dec 05 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4511 11 Sep 08 jari 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
1675 01 Dec 05 nicklas 21   ------------------------------------------------------------------
1675 01 Dec 05 nicklas 22
1675 01 Dec 05 nicklas 23   @author Nicklas
1675 01 Dec 05 nicklas 24   @version 2.0
1675 01 Dec 05 nicklas 25 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 26 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
1675 01 Dec 05 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
1675 01 Dec 05 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
1675 01 Dec 05 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.Item"
1777 17 Jan 06 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.Include"
1675 01 Dec 05 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.Experiment"
1777 17 Jan 06 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
6909 18 May 15 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.RootRawBioAssay"
2164 18 Apr 06 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
1675 01 Dec 05 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
1675 01 Dec 05 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.RawDataTypes"
1777 17 Jan 06 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.User"
2694 03 Oct 06 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.Directory"
5878 17 Nov 11 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.ReporterCloneTemplate"
5878 17 Nov 11 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.ReporterCloneBatcher"
5878 17 Nov 11 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
5878 17 Nov 11 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.Job"
5878 17 Nov 11 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.ItemParameterType"
5897 02 Dec 11 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.StringParameterType"
1675 01 Dec 05 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
1675 01 Dec 05 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
1675 01 Dec 05 nicklas 47   import="net.sf.basedb.core.Permission"
1777 17 Jan 06 nicklas 48   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
1777 17 Jan 06 nicklas 49   import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
4587 15 Oct 08 martin 50   import="net.sf.basedb.core.OwnedItem"
1777 17 Jan 06 nicklas 51   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
1777 17 Jan 06 nicklas 52   import="net.sf.basedb.core.ItemAlreadyExistsException"
5186 06 Nov 09 nicklas 53   import="net.sf.basedb.core.SimpleProgressReporter"
5176 30 Oct 09 nicklas 54   import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
5878 17 Nov 11 nicklas 55   import="net.sf.basedb.plugins.CloneReportersPlugin"
1777 17 Jan 06 nicklas 56   import="net.sf.basedb.util.RemovableUtil"
1777 17 Jan 06 nicklas 57   import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
2918 15 Nov 06 nicklas 58   import="net.sf.basedb.util.OwnableUtil"
1675 01 Dec 05 nicklas 59   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
1777 17 Jan 06 nicklas 60   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
2753 20 Oct 06 nicklas 61   import="net.sf.basedb.util.Values"
1675 01 Dec 05 nicklas 62   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
2942 22 Nov 06 nicklas 63   import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
2942 22 Nov 06 nicklas 64   import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
5503 18 Nov 10 nicklas 65   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
5503 18 Nov 10 nicklas 66   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
5503 18 Nov 10 nicklas 67   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
5503 18 Nov 10 nicklas 68   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
5503 18 Nov 10 nicklas 69   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.EditUtil"
7604 25 Feb 19 nicklas 70   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveAction"
5503 18 Nov 10 nicklas 71   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveRenderer"
6040 30 Mar 12 nicklas 72   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnExportRenderer"
7604 25 Feb 19 nicklas 73   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
6040 30 Mar 12 nicklas 74   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
1777 17 Jan 06 nicklas 75   import="java.util.Enumeration"
1777 17 Jan 06 nicklas 76   import="java.util.Set"
1777 17 Jan 06 nicklas 77   import="java.util.HashSet"
1675 01 Dec 05 nicklas 78   import="java.util.List"
6696 28 Jan 15 nicklas 79   import="java.util.Arrays"
1777 17 Jan 06 nicklas 80   import="java.util.ArrayList"
1777 17 Jan 06 nicklas 81   import="java.util.Collections"
2942 22 Nov 06 nicklas 82   import="java.util.Date"
1675 01 Dec 05 nicklas 83 %>
1675 01 Dec 05 nicklas 84 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
1675 01 Dec 05 nicklas 85 <%!
1777 17 Jan 06 nicklas 86   private static final ItemContext defaultContext = Base.createDefaultContext("name", "name,rawDataType,description,actions");
1777 17 Jan 06 nicklas 87   private static final Item itemType = Item.EXPERIMENT;
1675 01 Dec 05 nicklas 88 %>
1675 01 Dec 05 nicklas 89 <%
1777 17 Jan 06 nicklas 90 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
1675 01 Dec 05 nicklas 91 final String ID = sc.getId();
1777 17 Jan 06 nicklas 92 final String cmd = request.getParameter("cmd");
1777 17 Jan 06 nicklas 93 final String root = request.getContextPath()+"/";
1777 17 Jan 06 nicklas 94 final String mode = request.getParameter("mode");
1777 17 Jan 06 nicklas 95 final String callback = request.getParameter("callback");
1777 17 Jan 06 nicklas 96 final String itemId = request.getParameter("item_id");
1777 17 Jan 06 nicklas 97 final String listPage = "list_experiments.jsp?ID="+ID
1777 17 Jan 06 nicklas 98   +(mode == null ? "" : "&mode="+mode)
1777 17 Jan 06 nicklas 99   +(callback == null ? "" : "&callback="+callback)
1777 17 Jan 06 nicklas 100   +(itemId == null ? "" : "&item_id="+itemId);
1777 17 Jan 06 nicklas 101 final String viewPage = "view_experiment.jsp?ID="+ID;
1777 17 Jan 06 nicklas 102 final String editPage = "edit_experiment.jsp?ID="+ID;
1675 01 Dec 05 nicklas 103
1777 17 Jan 06 nicklas 104 String forward = null;
1777 17 Jan 06 nicklas 105 String redirect = null;
1777 17 Jan 06 nicklas 106 String message = null;
1777 17 Jan 06 nicklas 107 DbControl dc = null;
1675 01 Dec 05 nicklas 108 try
1675 01 Dec 05 nicklas 109 {
1777 17 Jan 06 nicklas 110   if (cmd == null || "List".equals(cmd))
1777 17 Jan 06 nicklas 111   {
1777 17 Jan 06 nicklas 112     // Display the list page without updatinging the current context
2811 26 Oct 06 nicklas 113     Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext, true);
1777 17 Jan 06 nicklas 114     redirect = listPage;
1777 17 Jan 06 nicklas 115   }
1777 17 Jan 06 nicklas 116   else if ("UpdateContext".equals(cmd))
1777 17 Jan 06 nicklas 117   {
1777 17 Jan 06 nicklas 118     // Display the list page after updating the current context from the request parameters
1777 17 Jan 06 nicklas 119     Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1777 17 Jan 06 nicklas 120     redirect = listPage;
1777 17 Jan 06 nicklas 121   }
1777 17 Jan 06 nicklas 122   else if ("LoadContext".equals(cmd))
1777 17 Jan 06 nicklas 123   {
1777 17 Jan 06 nicklas 124     // Display the list page after loading a saved context
1777 17 Jan 06 nicklas 125     int contextId = Values.getInt(request.getParameter("context"));
1777 17 Jan 06 nicklas 126     Base.loadContext(sc, contextId, defaultContext);
1777 17 Jan 06 nicklas 127     redirect = listPage;
1777 17 Jan 06 nicklas 128   }
1675 01 Dec 05 nicklas 129
1777 17 Jan 06 nicklas 130   else if ("ViewItem".equals(cmd))
1777 17 Jan 06 nicklas 131   {
1777 17 Jan 06 nicklas 132     // Display the view page for a single item 
1777 17 Jan 06 nicklas 133     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1777 17 Jan 06 nicklas 134     forward = viewPage;
1777 17 Jan 06 nicklas 135   }
1777 17 Jan 06 nicklas 136   else if ("EditItem".equals(cmd))
1777 17 Jan 06 nicklas 137   {
1777 17 Jan 06 nicklas 138     // Display the edit page for a single item (should be opened in a popup)
1777 17 Jan 06 nicklas 139     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1777 17 Jan 06 nicklas 140     redirect = editPage;
1777 17 Jan 06 nicklas 141   }
1777 17 Jan 06 nicklas 142   else if ("NewItem".equals(cmd))
1777 17 Jan 06 nicklas 143   {
1777 17 Jan 06 nicklas 144     // Display the edit page for a new item (should be opened in a popup)
1777 17 Jan 06 nicklas 145     if (!sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType))
1675 01 Dec 05 nicklas 146     {
1777 17 Jan 06 nicklas 147       throw new PermissionDeniedException(Permission.CREATE, itemType.toString());
1675 01 Dec 05 nicklas 148     }
1777 17 Jan 06 nicklas 149     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1777 17 Jan 06 nicklas 150     cc.setId(0);
2420 22 Jun 06 nicklas 151     forward = editPage;
1777 17 Jan 06 nicklas 152   }
1777 17 Jan 06 nicklas 153   else if ("UpdateItem".equals(cmd))
1777 17 Jan 06 nicklas 154   {
1777 17 Jan 06 nicklas 155     // Update the properties on an item (will close the popup)
1777 17 Jan 06 nicklas 156     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext);
2597 25 Aug 06 nicklas 157     final int maxRecent = Base.getMaxRecent(sc);
7954 12 May 21 nicklas 158     dc = sc.newDbControl(":Edit "+itemType);
1777 17 Jan 06 nicklas 159     
7605 26 Feb 19 nicklas 160     Experiment experiment = cc.getObject("item");
1777 17 Jan 06 nicklas 161     if (experiment == null)
1675 01 Dec 05 nicklas 162     {
1777 17 Jan 06 nicklas 163       RawDataType rdt = RawDataTypes.getRawDataType(Values.getStringOrNull(request.getParameter("rawdatatype")));
1777 17 Jan 06 nicklas 164       experiment = Experiment.getNew(dc, rdt);
7703 11 Apr 19 nicklas 165       cc.setRecent("RawDataType", rdt.getId(), maxRecent);
1777 17 Jan 06 nicklas 166       message = "Experiment created";
1777 17 Jan 06 nicklas 167       dc.saveItem(experiment);
1675 01 Dec 05 nicklas 168     }
1777 17 Jan 06 nicklas 169     else
1675 01 Dec 05 nicklas 170     {
5060 19 Aug 09 nicklas 171       dc.reattachItem(experiment, false);
1777 17 Jan 06 nicklas 172       message = "Experiment updated";
1675 01 Dec 05 nicklas 173     }
1777 17 Jan 06 nicklas 174
5503 18 Nov 10 nicklas 175     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.item(Item.EXPERIMENT), experiment);
7604 25 Feb 19 nicklas 176     ExtensionsInvoker<OnSaveAction> invoker = EditUtil.useOnSaveExtensions(jspContext);
5503 18 Nov 10 nicklas 177     try
2694 03 Oct 06 nicklas 178     {
5503 18 Nov 10 nicklas 179       Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
5503 18 Nov 10 nicklas 180       experiment.setName(Values.getStringOrNull(request.getParameter("name")));
5503 18 Nov 10 nicklas 181       experiment.setTitle(Values.getStringOrNull(request.getParameter("title")));
5503 18 Nov 10 nicklas 182       experiment.setAbstract(Values.getStringOrNull(request.getParameter("abstract")));
5503 18 Nov 10 nicklas 183       experiment.setAffiliations(Values.getStringOrNull(request.getParameter("affiliations")));
5503 18 Nov 10 nicklas 184       experiment.setAuthors(Values.getStringOrNull(request.getParameter("authors")));
5503 18 Nov 10 nicklas 185       experiment.setExperimentDesign(Values.getStringOrNull(request.getParameter("experimentDesign")));
5503 18 Nov 10 nicklas 186       experiment.setExperimentType(Values.getStringOrNull(request.getParameter("experimentType")));
5503 18 Nov 10 nicklas 187       experiment.setPublication(Values.getStringOrNull(request.getParameter("publication")));
5503 18 Nov 10 nicklas 188       experiment.setPublicationDate(dateFormatter.parseString(Values.getStringOrNull(request.getParameter("publicationDate"))));
5503 18 Nov 10 nicklas 189       experiment.setPubMedId(Values.getStringOrNull(request.getParameter("pubMedId")));
5503 18 Nov 10 nicklas 190       experiment.setDescription(Values.getStringOrNull(request.getParameter("description")));
5503 18 Nov 10 nicklas 191   
5503 18 Nov 10 nicklas 192       int directoryId = Values.getInt(request.getParameter("directory_id"), -1);
5503 18 Nov 10 nicklas 193       if (directoryId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
5503 18 Nov 10 nicklas 194       {
5503 18 Nov 10 nicklas 195         Directory dir = directoryId == 0 ? null : Directory.getById(dc, directoryId);
5503 18 Nov 10 nicklas 196         experiment.setDirectory(dir);
7703 11 Apr 19 nicklas 197         cc.setRecent(Item.DIRECTORY, dir, maxRecent);
5503 18 Nov 10 nicklas 198       }
5503 18 Nov 10 nicklas 199   
6315 06 Sep 13 nicklas 200       String[] removeRawBioAssays = Values.getString(request.getParameter("-RAWBIOASSAY")).split(",");
5503 18 Nov 10 nicklas 201       for (int i = 0; i < removeRawBioAssays.length; ++i)
5503 18 Nov 10 nicklas 202       {
5503 18 Nov 10 nicklas 203         int rawBioAssayId = Values.getInt(removeRawBioAssays[i], -1);
5503 18 Nov 10 nicklas 204         if (rawBioAssayId != -1) experiment.removeRawBioAssay(RawBioAssay.getById(dc, rawBioAssayId));
5503 18 Nov 10 nicklas 205       }
5503 18 Nov 10 nicklas 206       
6315 06 Sep 13 nicklas 207       String[] addRawBioAssays = Values.getString(request.getParameter("+RAWBIOASSAY")).split(",");
5503 18 Nov 10 nicklas 208       for (int i = 0; i < addRawBioAssays.length; ++i)
5503 18 Nov 10 nicklas 209       {
5503 18 Nov 10 nicklas 210         int rawBioAssayId = Values.getInt(addRawBioAssays[i], -1);
5503 18 Nov 10 nicklas 211         if (rawBioAssayId != -1) experiment.addRawBioAssay(RawBioAssay.getById(dc, rawBioAssayId));
5503 18 Nov 10 nicklas 212       }
5503 18 Nov 10 nicklas 213       
6315 06 Sep 13 nicklas 214       String[] removeAnnotationTypes = Values.getString(request.getParameter("-ANNOTATIONTYPE")).split(",");
5503 18 Nov 10 nicklas 215       for (int i = 0; i < removeAnnotationTypes.length; ++i)
5503 18 Nov 10 nicklas 216       {
5503 18 Nov 10 nicklas 217         int annotationTypeId = Values.getInt(removeAnnotationTypes[i], -1);
5503 18 Nov 10 nicklas 218         if (annotationTypeId != -1) experiment.removeExperimentalFactor(AnnotationType.getById(dc, annotationTypeId));
5503 18 Nov 10 nicklas 219       }
5503 18 Nov 10 nicklas 220       
6315 06 Sep 13 nicklas 221       String[] addAnnotationTypes = Values.getString(request.getParameter("+ANNOTATIONTYPE")).split(",");
5503 18 Nov 10 nicklas 222       for (int i = 0; i < addAnnotationTypes.length; ++i)
5503 18 Nov 10 nicklas 223       {
5503 18 Nov 10 nicklas 224         int annotationTypeId = Values.getInt(addAnnotationTypes[i], -1);
5503 18 Nov 10 nicklas 225         if (annotationTypeId != -1) experiment.addExperimentalFactor(AnnotationType.getById(dc, annotationTypeId));
5503 18 Nov 10 nicklas 226       }
5503 18 Nov 10 nicklas 227       
5966 16 Feb 12 nicklas 228       // Annotations tab
5966 16 Feb 12 nicklas 229       Base.updateAnnotations(dc, experiment, experiment, request);
5966 16 Feb 12 nicklas 230
5503 18 Nov 10 nicklas 231       // OnSave extensions
5503 18 Nov 10 nicklas 232       invoker.render(OnSaveRenderer.ON_SAVE);
5503 18 Nov 10 nicklas 233       dc.commit();
5503 18 Nov 10 nicklas 234       invoker.render(OnSaveRenderer.ON_COMMIT);
2694 03 Oct 06 nicklas 235     }
5503 18 Nov 10 nicklas 236     catch (Exception ex)
1675 01 Dec 05 nicklas 237     {
5503 18 Nov 10 nicklas 238       invoker.render(OnSaveRenderer.onRollback(ex));
5503 18 Nov 10 nicklas 239       throw ex;
1675 01 Dec 05 nicklas 240     }
5503 18 Nov 10 nicklas 241     finally
1675 01 Dec 05 nicklas 242     {
5503 18 Nov 10 nicklas 243       cc.removeObject("item");
1675 01 Dec 05 nicklas 244     }
1777 17 Jan 06 nicklas 245   }
1777 17 Jan 06 nicklas 246   else if ("DeleteItem".equals(cmd))
1777 17 Jan 06 nicklas 247   {
1777 17 Jan 06 nicklas 248     // Delete a single item and then return to the view page
7954 12 May 21 nicklas 249     dc = sc.newDbControl(":Delete "+itemType);
1777 17 Jan 06 nicklas 250     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2526 15 Aug 06 martin 251     RemovableUtil.removeRecursively(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()), true);
1777 17 Jan 06 nicklas 252     dc.commit();
1777 17 Jan 06 nicklas 253     redirect = viewPage;
1777 17 Jan 06 nicklas 254   }
1777 17 Jan 06 nicklas 255   else if ("DeleteItems".equals(cmd))
1777 17 Jan 06 nicklas 256   {
1777 17 Jan 06 nicklas 257     // Delete all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 258     dc = sc.newDbControl(":Delete "+itemType);
1777 17 Jan 06 nicklas 259     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1777 17 Jan 06 nicklas 260     int numTotal = cc.getSelected().size();
2526 15 Aug 06 martin 261     int[] numRemoved = RemovableUtil.removeRecursively(dc, itemType, cc.getSelected(), true);
2526 15 Aug 06 martin 262     numTotal += numRemoved[1];
1777 17 Jan 06 nicklas 263     dc.commit();
2526 15 Aug 06 martin 264     if (numTotal != numRemoved[0])
1675 01 Dec 05 nicklas 265     {
2526 15 Aug 06 martin 266       message = (numRemoved[0] == 0 ? "No" : "Only "+numRemoved[0]+" of "+numTotal) + " items could be deleted, because you have no DELETE permission";
1675 01 Dec 05 nicklas 267     }
6192 31 Oct 12 nicklas 268     redirect = listPage;
1777 17 Jan 06 nicklas 269   }
1777 17 Jan 06 nicklas 270   else if ("RestoreItem".equals(cmd))
1777 17 Jan 06 nicklas 271   {
1777 17 Jan 06 nicklas 272     // Restore a single item and then return to the view page
7954 12 May 21 nicklas 273     dc = sc.newDbControl(":Restore "+itemType);
1777 17 Jan 06 nicklas 274     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
2526 15 Aug 06 martin 275     RemovableUtil.removeRecursively(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()), false);
1777 17 Jan 06 nicklas 276     dc.commit();
1777 17 Jan 06 nicklas 277     redirect = viewPage;
1777 17 Jan 06 nicklas 278   }
1777 17 Jan 06 nicklas 279   else if ("RestoreItems".equals(cmd))
1777 17 Jan 06 nicklas 280   {
1777 17 Jan 06 nicklas 281     // Restore all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 282     dc = sc.newDbControl(":Restore "+itemType);
1777 17 Jan 06 nicklas 283     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1777 17 Jan 06 nicklas 284     int numTotal = cc.getSelected().size();
2526 15 Aug 06 martin 285     int[] numRemoved = RemovableUtil.removeRecursively(dc, itemType, cc.getSelected(), false);
2526 15 Aug 06 martin 286     numTotal += numRemoved[1];
1777 17 Jan 06 nicklas 287     dc.commit();
2526 15 Aug 06 martin 288     if (numTotal != numRemoved[0])
1675 01 Dec 05 nicklas 289     {
2526 15 Aug 06 martin 290       message = (numRemoved[0] == 0 ? "No" : "Only "+numRemoved[0]+" of "+numTotal) + " items could be restored, because you have no WRITE permission";
1675 01 Dec 05 nicklas 291     }
6192 31 Oct 12 nicklas 292     redirect = listPage;
1777 17 Jan 06 nicklas 293   }
1777 17 Jan 06 nicklas 294   else if ("ShareItem".equals(cmd))
1777 17 Jan 06 nicklas 295   {
1777 17 Jan 06 nicklas 296     // Display a popup window for sharing a single item
7954 12 May 21 nicklas 297     dc = sc.newDbControl(":Share "+itemType);
1777 17 Jan 06 nicklas 298     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1777 17 Jan 06 nicklas 299     MultiPermissions permissions = ShareableUtil.getMultiPermissions(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()));
1777 17 Jan 06 nicklas 300     dc.close();
1777 17 Jan 06 nicklas 301     cc.setObject("MultiPermissions", permissions);
1777 17 Jan 06 nicklas 302     redirect = "../../common/share/share.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
1777 17 Jan 06 nicklas 303   }
1777 17 Jan 06 nicklas 304   else if ("ShareItems".equals(cmd))
1777 17 Jan 06 nicklas 305   {
1777 17 Jan 06 nicklas 306     // Display a popup window for sharing all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 307     dc = sc.newDbControl(":Share "+itemType);
1777 17 Jan 06 nicklas 308     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1777 17 Jan 06 nicklas 309     MultiPermissions permissions = ShareableUtil.getMultiPermissions(dc, itemType, cc.getSelected());
1777 17 Jan 06 nicklas 310     dc.close();
1777 17 Jan 06 nicklas 311     cc.setObject("MultiPermissions", permissions);
1777 17 Jan 06 nicklas 312     redirect = "../../common/share/share.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
1777 17 Jan 06 nicklas 313   }
4578 13 Oct 08 martin 314   else if ("SetOwnerOfItem".equals(cmd))
2918 15 Nov 06 nicklas 315   {
4578 13 Oct 08 martin 316     // Change owner of items selected on a list page
7954 12 May 21 nicklas 317     dc = sc.newDbControl(":Set owner of "+itemType);
2918 15 Nov 06 nicklas 318     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4587 15 Oct 08 martin 319     OwnedItem item = (OwnedItem)itemType.getById(dc, cc.getId());
4587 15 Oct 08 martin 320     cc.setObject("OwnedItems", Collections.singleton(item));
4578 13 Oct 08 martin 321     redirect = "../../common/ownership/ownership.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
2918 15 Nov 06 nicklas 322   }
4578 13 Oct 08 martin 323   else if ("SetOwnerOfItems".equals(cmd))
2918 15 Nov 06 nicklas 324   {
4578 13 Oct 08 martin 325     // Change owner of items selected on a list page
7954 12 May 21 nicklas 326     dc = sc.newDbControl(":Set owner of "+itemType);
2918 15 Nov 06 nicklas 327     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4587 15 Oct 08 martin 328     Set<OwnedItem> items = new HashSet<OwnedItem>();
4587 15 Oct 08 martin 329     for (Integer id : cc.getSelected())
4587 15 Oct 08 martin 330     {
4587 15 Oct 08 martin 331       if (id != null) items.add((OwnedItem)itemType.getById(dc, id));
4587 15 Oct 08 martin 332     }
4587 15 Oct 08 martin 333     dc.close();
4587 15 Oct 08 martin 334     cc.setObject("OwnedItems", items);
4578 13 Oct 08 martin 335     redirect = "../../common/ownership/ownership.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
2918 15 Nov 06 nicklas 336   }
1777 17 Jan 06 nicklas 337   else if ("ExportItems".equals(cmd))
1777 17 Jan 06 nicklas 338   {
1777 17 Jan 06 nicklas 339     // Run an export plugin in a list context
1777 17 Jan 06 nicklas 340     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1777 17 Jan 06 nicklas 341     final ItemQuery<Experiment> query = Experiment.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 342     dc = sc.newDbControl(":Export "+itemType);
7914 23 Feb 21 nicklas 343     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 344     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
6040 30 Mar 12 nicklas 345     cc.setQuery(query);
7604 25 Feb 19 nicklas 346     ExtensionsInvoker<ListColumnAction<Experiment,?>> listInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
7604 25 Feb 19 nicklas 347     listInvoker.render(new ListColumnExportRenderer<Experiment>(cc));
5590 16 Mar 11 nicklas 348     dc.close();
4835 24 Mar 09 nicklas 349     redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Export+experiments";
1777 17 Jan 06 nicklas 350   }
1777 17 Jan 06 nicklas 351   else if ("ExportItem".equals(cmd))
1777 17 Jan 06 nicklas 352   {
1777 17 Jan 06 nicklas 353     // Run an export plugin in single-item context
1777 17 Jan 06 nicklas 354     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4835 24 Mar 09 nicklas 355     redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Export+experiment";
1777 17 Jan 06 nicklas 356   }
1777 17 Jan 06 nicklas 357   else if ("ImportItems".equals(cmd))
1777 17 Jan 06 nicklas 358   {
1777 17 Jan 06 nicklas 359     // Run an import plugin in a list context
1777 17 Jan 06 nicklas 360     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1777 17 Jan 06 nicklas 361     final ItemQuery<Experiment> query = Experiment.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 362     dc = sc.newDbControl(":Import "+itemType);
7914 23 Feb 21 nicklas 363     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 364     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
5590 16 Mar 11 nicklas 365     dc.close();
1777 17 Jan 06 nicklas 366     cc.setQuery(query);
4835 24 Mar 09 nicklas 367     redirect = "../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Import+experiments";
1777 17 Jan 06 nicklas 368   }
1777 17 Jan 06 nicklas 369   else if ("ImportItem".equals(cmd))
1777 17 Jan 06 nicklas 370   {
1777 17 Jan 06 nicklas 371     // Run an import plugin in single-item context
1777 17 Jan 06 nicklas 372     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4835 24 Mar 09 nicklas 373     redirect = "../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Import+experiment";
1777 17 Jan 06 nicklas 374   }
1777 17 Jan 06 nicklas 375   else if ("RunListPlugin".equals(cmd))
1777 17 Jan 06 nicklas 376   {
1777 17 Jan 06 nicklas 377     // Run another plugin in a list context
1777 17 Jan 06 nicklas 378     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1777 17 Jan 06 nicklas 379     final ItemQuery<Experiment> query = Experiment.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 380     dc = sc.newDbControl(":Run plugin "+itemType);
7914 23 Feb 21 nicklas 381     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 382     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
5590 16 Mar 11 nicklas 383     dc.close();
1777 17 Jan 06 nicklas 384     cc.setQuery(query);
1789 18 Jan 06 nicklas 385     redirect = "../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
1777 17 Jan 06 nicklas 386   }
1777 17 Jan 06 nicklas 387   else if ("RunPlugin".equals(cmd))
1777 17 Jan 06 nicklas 388   {
1777 17 Jan 06 nicklas 389     // Run another plugin in single-item context
1777 17 Jan 06 nicklas 390     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1789 18 Jan 06 nicklas 391     redirect = "../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
1777 17 Jan 06 nicklas 392   }
4630 07 Nov 08 nicklas 393   else if ("AutoInherit".equals(cmd))
4630 07 Nov 08 nicklas 394   {
5186 06 Nov 09 nicklas 395     Integer[] annotationTypeIds = Values.getInt(request.getParameterValues("autoinherit"));
5186 06 Nov 09 nicklas 396     if (annotationTypeIds.length > 0)
4630 07 Nov 08 nicklas 397     {
7954 12 May 21 nicklas 398       dc = sc.newDbControl(":Auto-inherit experiment factors");
6696 28 Jan 15 nicklas 399       Set<AnnotationType> annotationTypes = new HashSet<AnnotationType>(annotationTypeIds.length);
5186 06 Nov 09 nicklas 400       for (int atId : annotationTypeIds)
5186 06 Nov 09 nicklas 401       {
5186 06 Nov 09 nicklas 402         annotationTypes.add(AnnotationType.getById(dc, atId));
5186 06 Nov 09 nicklas 403       }
6696 28 Jan 15 nicklas 404       
6696 28 Jan 15 nicklas 405       Experiment exp = Experiment.getById(dc, Values.getInt(itemId));
6909 18 May 15 nicklas 406       ItemQuery<RootRawBioAssay> query = exp.getRootRawBioAssays();
5186 06 Nov 09 nicklas 407       query.include(Include.ALL);
5186 06 Nov 09 nicklas 408       query.setItemPermission(Permission.WRITE);
6696 28 Jan 15 nicklas 409
6909 18 May 15 nicklas 410       List<RootRawBioAssay> all = query.list(dc);
6909 18 May 15 nicklas 411       ItemContext rawContext = sc.getCurrentContext(Item.ROOTRAWBIOASSAY);
7604 25 Feb 19 nicklas 412       rawContext.setObject("AnnotatedItems", new HashSet<>(all));
6696 28 Jan 15 nicklas 413       rawContext.setObject("AnnotationTypes", annotationTypes);
6909 18 May 15 nicklas 414       redirect = "../../common/annotations/batch_inherit.jsp?ID="+ID+"&item_type=ROOTRAWBIOASSAY";
4630 07 Nov 08 nicklas 415     }
4630 07 Nov 08 nicklas 416   }
5878 17 Nov 11 nicklas 417   else if ("CloneReporters".equals(cmd))
5878 17 Nov 11 nicklas 418   {
5878 17 Nov 11 nicklas 419     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext);
5878 17 Nov 11 nicklas 420     final int maxRecent = Base.getMaxRecent(sc);
5878 17 Nov 11 nicklas 421     
7954 12 May 21 nicklas 422     dc = sc.newDbControl(":Clone reporters");
5886 23 Nov 11 nicklas 423     int templateId = Values.getInt(request.getParameter("reporterclonetemplate_id"));
5886 23 Nov 11 nicklas 424     ReporterCloneTemplate template = null;
5886 23 Nov 11 nicklas 425     if (templateId > 0)
5886 23 Nov 11 nicklas 426     {
5886 23 Nov 11 nicklas 427       template = ReporterCloneTemplate.getById(dc, templateId);
7703 11 Apr 19 nicklas 428       cc.setRecent(Item.REPORTERCLONETEMPLATE, template, maxRecent);
5886 23 Nov 11 nicklas 429     }
5878 17 Nov 11 nicklas 430     
5878 17 Nov 11 nicklas 431     Experiment exp = Experiment.getById(dc, Values.getInt(itemId));
5878 17 Nov 11 nicklas 432     
5878 17 Nov 11 nicklas 433     PluginDefinition clonePlugin = PluginDefinition.getByClassName(dc, CloneReportersPlugin.class.getName());
5878 17 Nov 11 nicklas 434     Job cloneJob = Job.getNew(dc, clonePlugin, null, exp);
5886 23 Nov 11 nicklas 435     if (template == null)
5886 23 Nov 11 nicklas 436     {
5886 23 Nov 11 nicklas 437       cloneJob.setName("Cloning all reporter properties");
5886 23 Nov 11 nicklas 438     }
5886 23 Nov 11 nicklas 439     else
5886 23 Nov 11 nicklas 440     {
5886 23 Nov 11 nicklas 441       cloneJob.setName("Cloning reporters using template '" + template.getName() + "'");
5886 23 Nov 11 nicklas 442     }
5878 17 Nov 11 nicklas 443     cloneJob.setDescription(Values.getStringOrNull(request.getParameter("description")));
5878 17 Nov 11 nicklas 444     cloneJob.setParameterValue("template", "Reporter clone template", null, 
5878 17 Nov 11 nicklas 445       new ItemParameterType<ReporterCloneTemplate>(ReporterCloneTemplate.class, null), template);
5886 23 Nov 11 nicklas 446     cloneJob.setParameterValue("cloneSource", "Clone source", null, 
5886 23 Nov 11 nicklas 447       new StringParameterType(), request.getParameter("cloneSource"));
6684 14 Jan 15 nicklas 448     cloneJob.setScheduled(null, null);
5878 17 Nov 11 nicklas 449     dc.saveItem(cloneJob);
5878 17 Nov 11 nicklas 450     dc.commit();
5878 17 Nov 11 nicklas 451     
5878 17 Nov 11 nicklas 452     redirect = "../jobs/index.jsp?ID=" + ID + "&cmd=ViewItem&item_id="+cloneJob.getId();
5878 17 Nov 11 nicklas 453   }
5878 17 Nov 11 nicklas 454   else if ("RemoveClonedReporters".equals(cmd))
5878 17 Nov 11 nicklas 455   {
5878 17 Nov 11 nicklas 456     
7954 12 May 21 nicklas 457     dc = sc.newDbControl(":Remove cloned reporters");
5878 17 Nov 11 nicklas 458     Experiment exp = Experiment.getById(dc, Values.getInt(itemId));
5878 17 Nov 11 nicklas 459     ReporterCloneBatcher batcher = exp.getReporterCloneBatcher(dc);
5878 17 Nov 11 nicklas 460     batcher.dropClonedReporters();
5878 17 Nov 11 nicklas 461     dc.commit();
5878 17 Nov 11 nicklas 462     
5878 17 Nov 11 nicklas 463     message = "The cloned reporter annotations has been removed";
5878 17 Nov 11 nicklas 464     
5878 17 Nov 11 nicklas 465   }
1777 17 Jan 06 nicklas 466   else
1777 17 Jan 06 nicklas 467   {
1777 17 Jan 06 nicklas 468     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
1777 17 Jan 06 nicklas 469   }
1675 01 Dec 05 nicklas 470 }
1675 01 Dec 05 nicklas 471 finally
1675 01 Dec 05 nicklas 472 {
1675 01 Dec 05 nicklas 473   if (dc != null) dc.close();
1675 01 Dec 05 nicklas 474 }
1777 17 Jan 06 nicklas 475
1777 17 Jan 06 nicklas 476 if (forward != null)
1777 17 Jan 06 nicklas 477 {
6192 31 Oct 12 nicklas 478   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
1777 17 Jan 06 nicklas 479   pageContext.forward(forward);
1777 17 Jan 06 nicklas 480 }
1777 17 Jan 06 nicklas 481 else if (redirect != null)
1777 17 Jan 06 nicklas 482 {
6192 31 Oct 12 nicklas 483   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
1777 17 Jan 06 nicklas 484   response.sendRedirect(redirect);
1777 17 Jan 06 nicklas 485 }
1777 17 Jan 06 nicklas 486 else if (message == null)
1777 17 Jan 06 nicklas 487 {
1777 17 Jan 06 nicklas 488   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&wait=0");
1777 17 Jan 06 nicklas 489 }
1777 17 Jan 06 nicklas 490 else
1777 17 Jan 06 nicklas 491 {
1777 17 Jan 06 nicklas 492   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
1777 17 Jan 06 nicklas 493 }
1777 17 Jan 06 nicklas 494 %>
1777 17 Jan 06 nicklas 495

Generated on Sat Oct  7 02:47:48 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)