www/views/experiments/reporters/index.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5897 02 Dec 11 nicklas 1 <%-- $Id$
5897 02 Dec 11 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
5897 02 Dec 11 nicklas 3   Copyright (C) 2011 Nicklas Nordborg
5897 02 Dec 11 nicklas 4
5897 02 Dec 11 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
5897 02 Dec 11 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
5897 02 Dec 11 nicklas 7
5897 02 Dec 11 nicklas 8   This file is part of BASE.
5897 02 Dec 11 nicklas 9
5897 02 Dec 11 nicklas 10   BASE is free software; you can redistribute it and/or
5897 02 Dec 11 nicklas 11   modify it under the terms of the GNU General Public License
5897 02 Dec 11 nicklas 12   as published by the Free Software Foundation; either version 3
5897 02 Dec 11 nicklas 13   of the License, or (at your option) any later version.
5897 02 Dec 11 nicklas 14
5897 02 Dec 11 nicklas 15   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
5897 02 Dec 11 nicklas 16   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
5897 02 Dec 11 nicklas 17   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
5897 02 Dec 11 nicklas 18   GNU General Public License for more details.
5897 02 Dec 11 nicklas 19
5897 02 Dec 11 nicklas 20   You should have received a copy of the GNU General Public License
5897 02 Dec 11 nicklas 21   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
5897 02 Dec 11 nicklas 22   ------------------------------------------------------------------
5897 02 Dec 11 nicklas 23 --%>
5897 02 Dec 11 nicklas 24 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
5897 02 Dec 11 nicklas 25   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
5897 02 Dec 11 nicklas 26   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
5897 02 Dec 11 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.Item"
5897 02 Dec 11 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.Include"
5897 02 Dec 11 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.Experiment"
5897 02 Dec 11 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.VirtualDb"
5897 02 Dec 11 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.Job"
5897 02 Dec 11 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.Reporter"
5897 02 Dec 11 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.ReporterCloneTemplate"
5897 02 Dec 11 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.StringParameterType"
5897 02 Dec 11 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.IntegerParameterType"
5897 02 Dec 11 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.ItemParameterType"
5897 02 Dec 11 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.User"
5897 02 Dec 11 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
5897 02 Dec 11 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
5897 02 Dec 11 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.Permission"
5897 02 Dec 11 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
5897 02 Dec 11 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
5897 02 Dec 11 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
5897 02 Dec 11 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
5897 02 Dec 11 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.ItemAlreadyExistsException"
5897 02 Dec 11 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.query.Restriction"
7603 22 Feb 19 nicklas 47   import="net.sf.basedb.core.query.SqlQuery"
5897 02 Dec 11 nicklas 48   import="net.sf.basedb.plugins.CloneReportersPlugin"
5897 02 Dec 11 nicklas 49   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
5897 02 Dec 11 nicklas 50   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
5897 02 Dec 11 nicklas 51   import="net.sf.basedb.util.Values"
5897 02 Dec 11 nicklas 52   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
5897 02 Dec 11 nicklas 53   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
5897 02 Dec 11 nicklas 54   import="java.util.Enumeration"
5897 02 Dec 11 nicklas 55   import="java.util.Set"
5897 02 Dec 11 nicklas 56   import="java.util.HashSet"
5897 02 Dec 11 nicklas 57   import="java.util.List"
5897 02 Dec 11 nicklas 58   import="java.util.LinkedList"
5897 02 Dec 11 nicklas 59   import="java.util.Collections"
5897 02 Dec 11 nicklas 60   import="java.util.Arrays"
5897 02 Dec 11 nicklas 61 %>
5897 02 Dec 11 nicklas 62 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
5897 02 Dec 11 nicklas 63 <%!
7982 14 Jun 21 nicklas 64   private static final ItemContext defaultContext = Base.createDefaultContext("@externalId", "cln.externalId,upToDate","cln.externalId");
5897 02 Dec 11 nicklas 65   private static final Item itemType = Item.REPORTER;
5897 02 Dec 11 nicklas 66 %>
5897 02 Dec 11 nicklas 67 <%
5897 02 Dec 11 nicklas 68 final int experimentId = Values.getInt(request.getParameter("experiment_id"));
5897 02 Dec 11 nicklas 69 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
5897 02 Dec 11 nicklas 70 final String ID = sc.getId();
5897 02 Dec 11 nicklas 71 final String cmd = request.getParameter("cmd");
5897 02 Dec 11 nicklas 72 final String root = request.getContextPath()+"/";
5897 02 Dec 11 nicklas 73 final String mode = request.getParameter("mode");
5897 02 Dec 11 nicklas 74 final String callback = request.getParameter("callback");
5897 02 Dec 11 nicklas 75 final String listPage = "list_reporters.jsp?ID="+ID+"&experiment_id="+experimentId;
5897 02 Dec 11 nicklas 76 final String subContext = "clonedreporters." + experimentId;
5897 02 Dec 11 nicklas 77 if (experimentId != 0) sc.getCurrentContext(Item.EXPERIMENT).setId(experimentId);
5897 02 Dec 11 nicklas 78
5897 02 Dec 11 nicklas 79 String forward = null;
5897 02 Dec 11 nicklas 80 String redirect = null;
5897 02 Dec 11 nicklas 81 String message = null;
5897 02 Dec 11 nicklas 82 DbControl dc = null;
5897 02 Dec 11 nicklas 83
5897 02 Dec 11 nicklas 84 try
5897 02 Dec 11 nicklas 85 {
5897 02 Dec 11 nicklas 86   if (cmd == null || "List".equals(cmd))
5897 02 Dec 11 nicklas 87   {
5897 02 Dec 11 nicklas 88     // Display the list page without updatinging the current context
5897 02 Dec 11 nicklas 89     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, subContext, (PageContext)null, defaultContext, true);
5897 02 Dec 11 nicklas 90     redirect = listPage;
5897 02 Dec 11 nicklas 91   }
5897 02 Dec 11 nicklas 92   else if ("UpdateContext".equals(cmd))
5897 02 Dec 11 nicklas 93   {
5897 02 Dec 11 nicklas 94     // Display the list page after updating the current context from the request parameters
5897 02 Dec 11 nicklas 95     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, subContext, pageContext, defaultContext);
5897 02 Dec 11 nicklas 96     redirect = listPage;
5897 02 Dec 11 nicklas 97   }
5897 02 Dec 11 nicklas 98   else if ("LoadContext".equals(cmd))
5897 02 Dec 11 nicklas 99   {
5897 02 Dec 11 nicklas 100     // Display the list page after loading a saved context
5897 02 Dec 11 nicklas 101     int contextId = Values.getInt(request.getParameter("context"));
5897 02 Dec 11 nicklas 102     Base.loadContext(sc, contextId, defaultContext);
5897 02 Dec 11 nicklas 103     redirect = listPage;
5897 02 Dec 11 nicklas 104   }
5897 02 Dec 11 nicklas 105   else if ("ExportItems".equals(cmd))
5897 02 Dec 11 nicklas 106   {
5897 02 Dec 11 nicklas 107     // Run an export plugin in a list context
5897 02 Dec 11 nicklas 108     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, subContext, pageContext, defaultContext);
7954 12 May 21 nicklas 109     dc = sc.newDbControl(":Export "+itemType);
5897 02 Dec 11 nicklas 110     final Experiment experiment = Experiment.getById(dc, experimentId);
7603 22 Feb 19 nicklas 111     final SqlQuery query = Reporter.getDynamicQuery(experiment);
5897 02 Dec 11 nicklas 112     dc.close();
5897 02 Dec 11 nicklas 113     cc.setQuery(query);
5897 02 Dec 11 nicklas 114     redirect = "../../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&subcontext="+subContext+"&context_type=LIST&title=Export+bioassay+sets";
5897 02 Dec 11 nicklas 115   }
5897 02 Dec 11 nicklas 116   else if ("RunListPlugin".equals(cmd))
5897 02 Dec 11 nicklas 117   {
5897 02 Dec 11 nicklas 118     // Run another plugin in a list context
5897 02 Dec 11 nicklas 119     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, subContext, pageContext, defaultContext);
7954 12 May 21 nicklas 120     dc = sc.newDbControl(":Run plugin "+itemType);
5897 02 Dec 11 nicklas 121     final Experiment experiment = Experiment.getById(dc, experimentId);
7603 22 Feb 19 nicklas 122     final SqlQuery query = Reporter.getDynamicQuery(experiment);
5897 02 Dec 11 nicklas 123     dc.close();
5897 02 Dec 11 nicklas 124     cc.setQuery(query);
5897 02 Dec 11 nicklas 125     redirect = "../../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&subcontext="+subContext+"&context_type=LIST&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
5897 02 Dec 11 nicklas 126   }
5897 02 Dec 11 nicklas 127   else if ("CreateReporterList".equals(cmd))
5897 02 Dec 11 nicklas 128   {
5897 02 Dec 11 nicklas 129     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, subContext, pageContext, defaultContext);
7954 12 May 21 nicklas 130     dc = sc.newDbControl(":Create reporter list");
5897 02 Dec 11 nicklas 131     final Experiment experiment = Experiment.getById(dc, experimentId);
7603 22 Feb 19 nicklas 132     final SqlQuery query = Reporter.getDynamicQuery(experiment);
5897 02 Dec 11 nicklas 133     cc.configureQuery(dc, query, Collections.singletonList("@id"));
5897 02 Dec 11 nicklas 134     dc.close();
5897 02 Dec 11 nicklas 135     cc.setQuery(query);
5897 02 Dec 11 nicklas 136     redirect = "../../../views/reporterlists/index.jsp?ID="+ID+
5897 02 Dec 11 nicklas 137       "&cmd=NewItem&addReporters=1&formId=reporters&fromContext=" + itemType.name() + "&subContext=" + subContext +
5897 02 Dec 11 nicklas 138       "&name=" + HTML.urlEncode(experiment.getName());
5897 02 Dec 11 nicklas 139   }
5897 02 Dec 11 nicklas 140   else if ("UpdateClonedReporters".equals(cmd))
5897 02 Dec 11 nicklas 141   {
5897 02 Dec 11 nicklas 142     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext);
5897 02 Dec 11 nicklas 143     
7954 12 May 21 nicklas 144     dc = sc.newDbControl(":Update cloned reporters");
5897 02 Dec 11 nicklas 145     Experiment exp = Experiment.getById(dc, experimentId);
5897 02 Dec 11 nicklas 146     VirtualDb virtualDb = exp.getVirtualDb();
5897 02 Dec 11 nicklas 147     if (!virtualDb.hasClonedReporters())
5897 02 Dec 11 nicklas 148     {
5897 02 Dec 11 nicklas 149       throw new WebException("popup", "This experiment has no cloned reporters", "");
5897 02 Dec 11 nicklas 150     }
5897 02 Dec 11 nicklas 151     ReporterCloneTemplate template = exp.getVirtualDb().getReporterCloneTemplate();
5897 02 Dec 11 nicklas 152     
5897 02 Dec 11 nicklas 153     PluginDefinition clonePlugin = PluginDefinition.getByClassName(dc, CloneReportersPlugin.class.getName());
5897 02 Dec 11 nicklas 154     Job cloneJob = Job.getNew(dc, clonePlugin, null, exp);
5897 02 Dec 11 nicklas 155     cloneJob.setName("Update cloned reporters using template '" + template.getName() + "'");
5897 02 Dec 11 nicklas 156
5897 02 Dec 11 nicklas 157     cloneJob.setDescription(Values.getStringOrNull(request.getParameter("description")));
5897 02 Dec 11 nicklas 158     cloneJob.setParameterValue("template", "Reporter clone template", null, 
5897 02 Dec 11 nicklas 159       new ItemParameterType<ReporterCloneTemplate>(ReporterCloneTemplate.class, null), template);
5897 02 Dec 11 nicklas 160     cloneJob.setParameterValue("cloneSource", "Clone source", null, new StringParameterType(), "VIRTUAL");
7432 08 Dec 17 nicklas 161     cloneJob.setScheduled(null, null);
5897 02 Dec 11 nicklas 162     dc.saveItem(cloneJob);
5897 02 Dec 11 nicklas 163     dc.commit();
5897 02 Dec 11 nicklas 164     
5897 02 Dec 11 nicklas 165     redirect = "../../jobs/index.jsp?ID=" + ID + "&cmd=ViewItem&item_id="+cloneJob.getId();
5897 02 Dec 11 nicklas 166     
5897 02 Dec 11 nicklas 167   }
5897 02 Dec 11 nicklas 168   else
5897 02 Dec 11 nicklas 169   {
5897 02 Dec 11 nicklas 170     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
5897 02 Dec 11 nicklas 171   }
5897 02 Dec 11 nicklas 172 }
5897 02 Dec 11 nicklas 173 finally
5897 02 Dec 11 nicklas 174 {
5897 02 Dec 11 nicklas 175   if (dc != null) dc.close();
5897 02 Dec 11 nicklas 176 }
5897 02 Dec 11 nicklas 177
5897 02 Dec 11 nicklas 178 if (forward != null)
5897 02 Dec 11 nicklas 179 {
6192 31 Oct 12 nicklas 180   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
5897 02 Dec 11 nicklas 181   pageContext.forward(forward);
5897 02 Dec 11 nicklas 182 }
5897 02 Dec 11 nicklas 183 else if (redirect != null)
5897 02 Dec 11 nicklas 184 {
6192 31 Oct 12 nicklas 185   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
5897 02 Dec 11 nicklas 186   response.sendRedirect(redirect);
5897 02 Dec 11 nicklas 187 }
5897 02 Dec 11 nicklas 188 else if (message == null)
5897 02 Dec 11 nicklas 189 {
5897 02 Dec 11 nicklas 190   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&wait=0");
5897 02 Dec 11 nicklas 191 }
5897 02 Dec 11 nicklas 192 else
5897 02 Dec 11 nicklas 193 {
5897 02 Dec 11 nicklas 194   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
5897 02 Dec 11 nicklas 195 }
5897 02 Dec 11 nicklas 196 %>
5897 02 Dec 11 nicklas 197

Generated on Sat Oct  7 02:47:38 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)