www/views/experiments/rootrawbioassays/index.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
6916 22 May 15 nicklas 1 <%-- $Id: index.jsp 6192 2012-10-31 12:34:19Z nicklas $
6916 22 May 15 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
6916 22 May 15 nicklas 3   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
6916 22 May 15 nicklas 4
6916 22 May 15 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
6916 22 May 15 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
6916 22 May 15 nicklas 7
6916 22 May 15 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
6916 22 May 15 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
6916 22 May 15 nicklas 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
6916 22 May 15 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
6916 22 May 15 nicklas 12
6916 22 May 15 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
6916 22 May 15 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
6916 22 May 15 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
6916 22 May 15 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
6916 22 May 15 nicklas 17
6916 22 May 15 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
6916 22 May 15 nicklas 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
6916 22 May 15 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
6916 22 May 15 nicklas 21
6916 22 May 15 nicklas 22   @author Nicklas
6916 22 May 15 nicklas 23   @version 2.0
6916 22 May 15 nicklas 24 --%>
6916 22 May 15 nicklas 25 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
6916 22 May 15 nicklas 26   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
6916 22 May 15 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
6916 22 May 15 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.Item"
6916 22 May 15 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.Include"
6916 22 May 15 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.Experiment"
6916 22 May 15 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.RootRawBioAssay"
6916 22 May 15 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
6916 22 May 15 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.Permission"
6916 22 May 15 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
6916 22 May 15 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
6916 22 May 15 nicklas 36   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
6916 22 May 15 nicklas 37   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
6916 22 May 15 nicklas 38   import="net.sf.basedb.util.Values"
6916 22 May 15 nicklas 39   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
6916 22 May 15 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
6916 22 May 15 nicklas 41   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
6916 22 May 15 nicklas 42   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
6916 22 May 15 nicklas 43   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
6916 22 May 15 nicklas 44   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.EditUtil"
7604 25 Feb 19 nicklas 45   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveAction"
6916 22 May 15 nicklas 46   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveRenderer"
6916 22 May 15 nicklas 47 %>
6916 22 May 15 nicklas 48 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
6916 22 May 15 nicklas 49 <%!
6916 22 May 15 nicklas 50   private static final ItemContext defaultContext = Base.createDefaultContext("name", "name,description");
6916 22 May 15 nicklas 51   private static final Item itemType = Item.ROOTRAWBIOASSAY;
6916 22 May 15 nicklas 52 %>
6916 22 May 15 nicklas 53 <%
6916 22 May 15 nicklas 54 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
6916 22 May 15 nicklas 55 final String ID = sc.getId();
6916 22 May 15 nicklas 56 final String cmd = request.getParameter("cmd");
6916 22 May 15 nicklas 57 final String root = request.getContextPath()+"/";
6916 22 May 15 nicklas 58 final String mode = request.getParameter("mode");
6916 22 May 15 nicklas 59 final String callback = request.getParameter("callback");
6916 22 May 15 nicklas 60 final String itemId = request.getParameter("item_id");
6916 22 May 15 nicklas 61 final String viewPage = "view_bioassay.jsp?ID="+ID;
6916 22 May 15 nicklas 62 final String editPage = "edit_bioassay.jsp?ID="+ID;
6916 22 May 15 nicklas 63
6916 22 May 15 nicklas 64 String forward = null;
6916 22 May 15 nicklas 65 String redirect = null;
6916 22 May 15 nicklas 66 String message = null;
6916 22 May 15 nicklas 67 DbControl dc = null;
6916 22 May 15 nicklas 68
6916 22 May 15 nicklas 69 try
6916 22 May 15 nicklas 70 {
6916 22 May 15 nicklas 71   if (cmd == null || "ViewItem".equals(cmd))
6916 22 May 15 nicklas 72   {
6916 22 May 15 nicklas 73     // Display the view page for a single item 
6916 22 May 15 nicklas 74     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
6916 22 May 15 nicklas 75     forward = viewPage;
6916 22 May 15 nicklas 76   }
6916 22 May 15 nicklas 77   else if ("EditItem".equals(cmd))
6916 22 May 15 nicklas 78   {
6916 22 May 15 nicklas 79     // Display the edit page for a single item (should be opened in a popup)
6916 22 May 15 nicklas 80     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
6916 22 May 15 nicklas 81     redirect = editPage;
6916 22 May 15 nicklas 82   }
6916 22 May 15 nicklas 83   else if ("UpdateItem".equals(cmd))
6916 22 May 15 nicklas 84   {
6916 22 May 15 nicklas 85     // Update the properties on an item (will close the popup)
6916 22 May 15 nicklas 86     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext);
7605 26 Feb 19 nicklas 87     RootRawBioAssay ba = cc.getObject("item");
6916 22 May 15 nicklas 88     if (ba != null)
6916 22 May 15 nicklas 89     {
7954 12 May 21 nicklas 90       dc = sc.newDbControl(":Edit "+itemType);
6916 22 May 15 nicklas 91       dc.reattachItem(ba, false);
6916 22 May 15 nicklas 92       message = "Root raw bioassay updated";
6916 22 May 15 nicklas 93       JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.item(Item.BIOASSAY), ba);
7604 25 Feb 19 nicklas 94       ExtensionsInvoker<OnSaveAction> invoker = EditUtil.useOnSaveExtensions(jspContext);
6916 22 May 15 nicklas 95       try
6916 22 May 15 nicklas 96       {
6916 22 May 15 nicklas 97         ba.setName(Values.getStringOrNull(request.getParameter("name")));
6916 22 May 15 nicklas 98         ba.setDescription(Values.getStringOrNull(request.getParameter("description")));
6916 22 May 15 nicklas 99   
6916 22 May 15 nicklas 100         // Annotations tab
6916 22 May 15 nicklas 101         Base.updateAnnotations(dc, ba, ba, request);
6916 22 May 15 nicklas 102         
6916 22 May 15 nicklas 103         // OnSave extensions
6916 22 May 15 nicklas 104         invoker.render(OnSaveRenderer.ON_SAVE);
6916 22 May 15 nicklas 105         dc.commit();
6916 22 May 15 nicklas 106         invoker.render(OnSaveRenderer.ON_COMMIT);
6916 22 May 15 nicklas 107       }
6916 22 May 15 nicklas 108       catch (Exception ex)
6916 22 May 15 nicklas 109       {
6916 22 May 15 nicklas 110         invoker.render(OnSaveRenderer.onRollback(ex));
6916 22 May 15 nicklas 111         throw ex;
6916 22 May 15 nicklas 112       }
6916 22 May 15 nicklas 113       finally
6916 22 May 15 nicklas 114       {
6916 22 May 15 nicklas 115         cc.removeObject("item");
6916 22 May 15 nicklas 116       }
6916 22 May 15 nicklas 117     }
6916 22 May 15 nicklas 118   }
6916 22 May 15 nicklas 119   else
6916 22 May 15 nicklas 120   {
6916 22 May 15 nicklas 121     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
6916 22 May 15 nicklas 122   }
6916 22 May 15 nicklas 123 }
6916 22 May 15 nicklas 124 finally
6916 22 May 15 nicklas 125 {
6916 22 May 15 nicklas 126   if (dc != null) dc.close();
6916 22 May 15 nicklas 127 }
6916 22 May 15 nicklas 128
6916 22 May 15 nicklas 129 if (forward != null)
6916 22 May 15 nicklas 130 {
6916 22 May 15 nicklas 131   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
6916 22 May 15 nicklas 132   pageContext.forward(forward);
6916 22 May 15 nicklas 133 }
6916 22 May 15 nicklas 134 else if (redirect != null)
6916 22 May 15 nicklas 135 {
6916 22 May 15 nicklas 136   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
6916 22 May 15 nicklas 137   response.sendRedirect(redirect);
6916 22 May 15 nicklas 138 }
6916 22 May 15 nicklas 139 else if (message == null)
6916 22 May 15 nicklas 140 {
6916 22 May 15 nicklas 141   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&wait=0");
6916 22 May 15 nicklas 142 }
6916 22 May 15 nicklas 143 else
6916 22 May 15 nicklas 144 {
6916 22 May 15 nicklas 145   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
6916 22 May 15 nicklas 146 }
6916 22 May 15 nicklas 147 %>
6916 22 May 15 nicklas 148

Generated on Sat Oct  7 02:47:41 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)