www/views/experiments/spotdata/index.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2102 22 Mar 06 nicklas 1 <%-- $Id$
2102 22 Mar 06 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
5425 23 Sep 10 nicklas 3   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
2102 22 Mar 06 nicklas 4
2304 22 May 06 jari 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 6   Available at http://base.thep.lu.se/
2102 22 Mar 06 nicklas 7
2102 22 Mar 06 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
2102 22 Mar 06 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
2102 22 Mar 06 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
2102 22 Mar 06 nicklas 12
2102 22 Mar 06 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
2102 22 Mar 06 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2102 22 Mar 06 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
2102 22 Mar 06 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
2102 22 Mar 06 nicklas 17
2102 22 Mar 06 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4511 11 Sep 08 jari 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2102 22 Mar 06 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
2102 22 Mar 06 nicklas 21
2102 22 Mar 06 nicklas 22   @author Nicklas
2102 22 Mar 06 nicklas 23   @version 2.0
2102 22 Mar 06 nicklas 24 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 25 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
2102 22 Mar 06 nicklas 26   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
2102 22 Mar 06 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
2102 22 Mar 06 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.Item"
2678 28 Sep 06 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.BioAssaySet"
2102 22 Mar 06 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.BioAssay"
2102 22 Mar 06 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
2174 21 Apr 06 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.RawDataTypes"
2102 22 Mar 06 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
7603 22 Feb 19 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.query.SqlQuery"
2102 22 Mar 06 nicklas 35   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
2102 22 Mar 06 nicklas 36   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
2753 20 Oct 06 nicklas 37   import="net.sf.basedb.util.Values"
4857 27 Mar 09 nicklas 38   import="net.sf.basedb.util.formatter.LookupFormatter"
2102 22 Mar 06 nicklas 39   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
2174 21 Apr 06 nicklas 40   import="java.util.Map"
2174 21 Apr 06 nicklas 41   import="java.util.HashMap"
4306 21 May 08 nicklas 42   import="java.util.Collections"
2102 22 Mar 06 nicklas 43 %>
2102 22 Mar 06 nicklas 44 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
2102 22 Mar 06 nicklas 45 <%!
2174 21 Apr 06 nicklas 46   private static final Map<RawDataType, ItemContext> defaultContexts = 
2174 21 Apr 06 nicklas 47     new HashMap<RawDataType, ItemContext>();
2174 21 Apr 06 nicklas 48
2174 21 Apr 06 nicklas 49   static
2174 21 Apr 06 nicklas 50   {
2174 21 Apr 06 nicklas 51     for (RawDataType rdt : RawDataTypes.getRawDataTypes())
2174 21 Apr 06 nicklas 52     {
2669 27 Sep 06 nicklas 53       // Default visible columns are: position, ch1, ch2, ...
7982 14 Jun 21 nicklas 54       StringBuilder columns = new StringBuilder("POSITION,rep.externalId");
2174 21 Apr 06 nicklas 55       for (int ch = 1; ch <= rdt.getChannels(); ++ch)
2174 21 Apr 06 nicklas 56       {
2174 21 Apr 06 nicklas 57         columns.append(",ch").append(ch);
2174 21 Apr 06 nicklas 58       }
2174 21 Apr 06 nicklas 59       defaultContexts.put(rdt, 
7982 14 Jun 21 nicklas 60         Base.createDefaultContext("POSITION", columns.toString(), "rep.externalId"));
2174 21 Apr 06 nicklas 61     }
2174 21 Apr 06 nicklas 62   }
2174 21 Apr 06 nicklas 63   private static final Item itemType = Item.SPOTDATA;
4857 27 Mar 09 nicklas 64   
4857 27 Mar 09 nicklas 65   private static void registerExportFormatters(DbControl dc, ItemContext cc, 
4857 27 Mar 09 nicklas 66     BioAssaySet bas, BioAssay ba)
4857 27 Mar 09 nicklas 67   {
4857 27 Mar 09 nicklas 68     if (bas != null)
4857 27 Mar 09 nicklas 69     {
4857 27 Mar 09 nicklas 70       Map<Number, String> bioAssayMap = new HashMap<Number, String>();
4857 27 Mar 09 nicklas 71       for (BioAssay b : bas.getBioAssays().list(dc))
4857 27 Mar 09 nicklas 72       {
4857 27 Mar 09 nicklas 73         short columnNo = b.getDataCubeColumnNo();
4857 27 Mar 09 nicklas 74         String name = b.getName();
4857 27 Mar 09 nicklas 75         // Safety measure, since JDBC driver seems to return 'short' as 'int'
4857 27 Mar 09 nicklas 76         bioAssayMap.put(columnNo, name);
4857 27 Mar 09 nicklas 77         bioAssayMap.put((int)columnNo, name);
4857 27 Mar 09 nicklas 78       }
7604 25 Feb 19 nicklas 79       cc.setObject("export.formatter.COLUMN", new LookupFormatter<>(bioAssayMap));
4857 27 Mar 09 nicklas 80     }
4857 27 Mar 09 nicklas 81   }
2102 22 Mar 06 nicklas 82 %>
2102 22 Mar 06 nicklas 83 <%
2102 22 Mar 06 nicklas 84 final int bioAssayId = Values.getInt(request.getParameter("bioassay_id"));
2678 28 Sep 06 nicklas 85 final int bioAssaySetId = Values.getInt(request.getParameter("bioassayset_id"));
2102 22 Mar 06 nicklas 86
2102 22 Mar 06 nicklas 87 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
2102 22 Mar 06 nicklas 88 final String ID = sc.getId();
2102 22 Mar 06 nicklas 89 final String cmd = request.getParameter("cmd");
2102 22 Mar 06 nicklas 90 final String root = request.getContextPath()+"/";
2102 22 Mar 06 nicklas 91 final String mode = request.getParameter("mode");
2102 22 Mar 06 nicklas 92 final String callback = request.getParameter("callback");
2102 22 Mar 06 nicklas 93 final String itemId = request.getParameter("item_id");
2678 28 Sep 06 nicklas 94 final String listPage = "list_spotdata.jsp?ID="+ID
2678 28 Sep 06 nicklas 95   +"&bioassay_id="+bioAssayId+"&bioassayset_id="+bioAssaySetId
2102 22 Mar 06 nicklas 96   +(mode == null ? "" : "&mode="+mode)
2102 22 Mar 06 nicklas 97   +(callback == null ? "" : "&callback="+callback)
2102 22 Mar 06 nicklas 98   +(itemId == null ? "" : "&item_id="+itemId);
2102 22 Mar 06 nicklas 99
2102 22 Mar 06 nicklas 100 String forward = null;
2102 22 Mar 06 nicklas 101 String redirect = null;
2102 22 Mar 06 nicklas 102 String message = null;
2102 22 Mar 06 nicklas 103 DbControl dc = null;
2102 22 Mar 06 nicklas 104
2102 22 Mar 06 nicklas 105 try
2102 22 Mar 06 nicklas 106 {
7954 12 May 21 nicklas 107   dc = sc.newDbControl(":Load bioassays");
2678 28 Sep 06 nicklas 108   final BioAssay ba = bioAssayId == 0 ? null : BioAssay.getById(dc, bioAssayId);
2678 28 Sep 06 nicklas 109   final BioAssaySet bas = ba != null ? ba.getBioAssaySet() : BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
2174 21 Apr 06 nicklas 110   dc.close();
2678 28 Sep 06 nicklas 111   final RawDataType rawDataType = bas.getRawDataType();
2174 21 Apr 06 nicklas 112   final ItemContext defaultContext = defaultContexts.get(rawDataType);
2174 21 Apr 06 nicklas 113   final String subContext = rawDataType.getId();
2102 22 Mar 06 nicklas 114   
2102 22 Mar 06 nicklas 115   if (cmd == null || "List".equals(cmd))
2102 22 Mar 06 nicklas 116   {
2102 22 Mar 06 nicklas 117     // Display the list page without updatinging the current context
2102 22 Mar 06 nicklas 118     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, subContext, null, defaultContext);
2102 22 Mar 06 nicklas 119     redirect = listPage;
2102 22 Mar 06 nicklas 120   }
2102 22 Mar 06 nicklas 121   else if ("UpdateContext".equals(cmd))
2102 22 Mar 06 nicklas 122   {
2102 22 Mar 06 nicklas 123     // Display the list page after updating the current context from the request parameters
2102 22 Mar 06 nicklas 124     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, subContext, pageContext, defaultContext);
2102 22 Mar 06 nicklas 125     redirect = listPage;
2102 22 Mar 06 nicklas 126   }
2102 22 Mar 06 nicklas 127   else if ("LoadContext".equals(cmd))
2102 22 Mar 06 nicklas 128   {
2102 22 Mar 06 nicklas 129     // Display the list page after loading a saved context
2102 22 Mar 06 nicklas 130     int contextId = Values.getInt(request.getParameter("context"));
2102 22 Mar 06 nicklas 131     Base.loadContext(sc, contextId, defaultContext);
2102 22 Mar 06 nicklas 132     redirect = listPage;
2102 22 Mar 06 nicklas 133   }
2102 22 Mar 06 nicklas 134   else if ("ExportItems".equals(cmd))
2102 22 Mar 06 nicklas 135   {
2102 22 Mar 06 nicklas 136     // Run an export plugin in a list context
4951 27 May 09 nicklas 137     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, subContext, pageContext, defaultContext);
7954 12 May 21 nicklas 138     dc = sc.newDbControl(":Export "+itemType);
5060 19 Aug 09 nicklas 139     if (bas != null) dc.reattachItem(bas, false);
5060 19 Aug 09 nicklas 140     if (ba != null) dc.reattachItem(ba, false);
7603 22 Feb 19 nicklas 141     final SqlQuery query = ba != null ? ba.getSpotData() : bas.getSpotData();
4857 27 Mar 09 nicklas 142     registerExportFormatters(dc, cc, bas, ba);
2102 22 Mar 06 nicklas 143     dc.close();
2102 22 Mar 06 nicklas 144     cc.setQuery(query);
4951 27 May 09 nicklas 145     redirect = "../../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&subcontext="+subContext+"&context_type=LIST&title=Export+spot+data";
2102 22 Mar 06 nicklas 146   }
4306 21 May 08 nicklas 147   else if ("CreateReporterList".equals(cmd))
4306 21 May 08 nicklas 148   {
4306 21 May 08 nicklas 149     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, subContext, pageContext, defaultContext);
7954 12 May 21 nicklas 150     dc = sc.newDbControl(":Create reporter list");
5060 19 Aug 09 nicklas 151     if (bas != null) dc.reattachItem(bas, false);
5060 19 Aug 09 nicklas 152     if (ba != null) dc.reattachItem(ba, false);
7603 22 Feb 19 nicklas 153     final SqlQuery query = ba != null ? ba.getSpotData() : bas.getSpotData();
4306 21 May 08 nicklas 154     cc.configureQuery(dc, query, Collections.singletonList("@id"));
5590 16 Mar 11 nicklas 155     dc.close();
4306 21 May 08 nicklas 156     cc.setQuery(query);
4306 21 May 08 nicklas 157     redirect = "../../../views/reporterlists/index.jsp?ID="+ID+
4455 05 Sep 08 martin 158       "&cmd=NewItem&addReporters=1&formId=spotdata&fromContext=SPOTDATA&subContext=" + subContext +
4306 21 May 08 nicklas 159       "&name=" + HTML.urlEncode(ba != null ? ba.getName() : bas.getName());
4306 21 May 08 nicklas 160   }
4306 21 May 08 nicklas 161   
2102 22 Mar 06 nicklas 162   else
2102 22 Mar 06 nicklas 163   {
2102 22 Mar 06 nicklas 164     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
2102 22 Mar 06 nicklas 165   }
2102 22 Mar 06 nicklas 166 }
2102 22 Mar 06 nicklas 167 finally
2102 22 Mar 06 nicklas 168 {
2102 22 Mar 06 nicklas 169   if (dc != null) dc.close();
2102 22 Mar 06 nicklas 170 }
2102 22 Mar 06 nicklas 171
2102 22 Mar 06 nicklas 172 if (forward != null)
2102 22 Mar 06 nicklas 173 {
6192 31 Oct 12 nicklas 174   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
2102 22 Mar 06 nicklas 175   pageContext.forward(forward);
2102 22 Mar 06 nicklas 176 }
2102 22 Mar 06 nicklas 177 else if (redirect != null)
2102 22 Mar 06 nicklas 178 {
6192 31 Oct 12 nicklas 179   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
2102 22 Mar 06 nicklas 180   response.sendRedirect(redirect);
2102 22 Mar 06 nicklas 181 }
2102 22 Mar 06 nicklas 182 else if (message == null)
2102 22 Mar 06 nicklas 183 {
2102 22 Mar 06 nicklas 184   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&wait=0");
2102 22 Mar 06 nicklas 185 }
2102 22 Mar 06 nicklas 186 else
2102 22 Mar 06 nicklas 187 {
2102 22 Mar 06 nicklas 188   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
2102 22 Mar 06 nicklas 189 }
2102 22 Mar 06 nicklas 190 %>
2102 22 Mar 06 nicklas 191

Generated on Sat Oct  7 02:47:42 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)