www/views/experiments/spotdata/list_spotdata.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2102 22 Mar 06 nicklas 1 <%-- $Id$
2102 22 Mar 06 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
5425 23 Sep 10 nicklas 3   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
3675 16 Aug 07 jari 4   Copyright (C) 2007 Johan Enell
2102 22 Mar 06 nicklas 5
2304 22 May 06 jari 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 7   Available at http://base.thep.lu.se/
2102 22 Mar 06 nicklas 8
2102 22 Mar 06 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
2102 22 Mar 06 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
2102 22 Mar 06 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
2102 22 Mar 06 nicklas 13
2102 22 Mar 06 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
2102 22 Mar 06 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2102 22 Mar 06 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
2102 22 Mar 06 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
2102 22 Mar 06 nicklas 18
2102 22 Mar 06 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4511 11 Sep 08 jari 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2102 22 Mar 06 nicklas 21   ------------------------------------------------------------------
2102 22 Mar 06 nicklas 22
2102 22 Mar 06 nicklas 23   @author Nicklas
2102 22 Mar 06 nicklas 24   @version 2.0
2102 22 Mar 06 nicklas 25 --%>
7604 25 Feb 19 nicklas 26 <%@page import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.plot.OverviewPlotAction"%>
5426 24 Sep 10 nicklas 27 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
2102 22 Mar 06 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
2102 22 Mar 06 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
2102 22 Mar 06 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.Item"
2678 28 Sep 06 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.Type"
2102 22 Mar 06 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
2102 22 Mar 06 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.Permission"
2102 22 Mar 06 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.Experiment"
2102 22 Mar 06 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.BioAssaySet"
2102 22 Mar 06 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.BioAssay"
2102 22 Mar 06 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
2102 22 Mar 06 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.BaseException"
2102 22 Mar 06 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.DynamicResultIterator"
2102 22 Mar 06 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
2491 08 Aug 06 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.Formula"
4916 30 Apr 09 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.IntensityTransform"
2102 22 Mar 06 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
2102 22 Mar 06 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
7603 22 Feb 19 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.query.SqlQuery"
2102 22 Mar 06 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.query.SqlResult"
2678 28 Sep 06 nicklas 47   import="net.sf.basedb.util.Enumeration"
2733 16 Oct 06 nicklas 48   import="net.sf.basedb.util.ColorGenerator"
4857 27 Mar 09 nicklas 49   import="net.sf.basedb.util.formatter.LookupFormatter"
2102 22 Mar 06 nicklas 50   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
2102 22 Mar 06 nicklas 51   import="net.sf.basedb.clients.web.ModeInfo"
2102 22 Mar 06 nicklas 52   import="net.sf.basedb.clients.web.DynamicUtil"
2733 16 Oct 06 nicklas 53   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
2102 22 Mar 06 nicklas 54   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
2753 20 Oct 06 nicklas 55   import="net.sf.basedb.util.Values"
2102 22 Mar 06 nicklas 56   import="net.sf.basedb.clients.web.taglib.table.TableColumn"
4871 01 Apr 09 nicklas 57   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
4871 01 Apr 09 nicklas 58   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
4871 01 Apr 09 nicklas 59   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
7604 25 Feb 19 nicklas 60   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
4871 01 Apr 09 nicklas 61   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
4871 01 Apr 09 nicklas 62   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
2102 22 Mar 06 nicklas 63   import="java.util.Map"
2678 28 Sep 06 nicklas 64   import="java.util.HashMap"
2102 22 Mar 06 nicklas 65   import="java.util.List"
2102 22 Mar 06 nicklas 66   import="java.util.LinkedList"
2102 22 Mar 06 nicklas 67   import="java.util.ArrayList"
2102 22 Mar 06 nicklas 68   import="java.util.Set"
2102 22 Mar 06 nicklas 69   import="java.util.HashSet"
2102 22 Mar 06 nicklas 70   import="java.util.Arrays"
2733 16 Oct 06 nicklas 71   import="java.awt.Color"
2102 22 Mar 06 nicklas 72 %>
2102 22 Mar 06 nicklas 73 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
2102 22 Mar 06 nicklas 74 <%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
2102 22 Mar 06 nicklas 75 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
2102 22 Mar 06 nicklas 76 <%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
4871 01 Apr 09 nicklas 77 <%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
2102 22 Mar 06 nicklas 78 <%!
2174 21 Apr 06 nicklas 79   private static final Item itemType = Item.SPOTDATA;
2174 21 Apr 06 nicklas 80   private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.LIST);
2102 22 Mar 06 nicklas 81 %>
2102 22 Mar 06 nicklas 82 <%
2102 22 Mar 06 nicklas 83 final int bioAssayId = Values.getInt(request.getParameter("bioassay_id"));
2678 28 Sep 06 nicklas 84 final int bioAssaySetId = Values.getInt(request.getParameter("bioassayset_id"));
2102 22 Mar 06 nicklas 85 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
2102 22 Mar 06 nicklas 86 final String ID = sc.getId();
2102 22 Mar 06 nicklas 87
2102 22 Mar 06 nicklas 88 final ModeInfo mode = ModeInfo.get(request.getParameter("mode"));
2102 22 Mar 06 nicklas 89 final String callback = request.getParameter("callback");
2102 22 Mar 06 nicklas 90 final String title = mode.generateTitle("spot data", "spot data");
7954 12 May 21 nicklas 91 final DbControl dc = sc.newDbControl(":List "+itemType);
2102 22 Mar 06 nicklas 92 DynamicResultIterator spotData = null;
2102 22 Mar 06 nicklas 93 try
2102 22 Mar 06 nicklas 94 {
2678 28 Sep 06 nicklas 95   final BioAssay bioAssay = bioAssayId == 0 ? null : BioAssay.getById(dc, bioAssayId);
2678 28 Sep 06 nicklas 96   final BioAssaySet bioAssaySet = bioAssay != null ? bioAssay.getBioAssaySet() : BioAssaySet.getById(dc, bioAssaySetId);
2678 28 Sep 06 nicklas 97   final Experiment experiment = bioAssaySet.getExperiment();
2678 28 Sep 06 nicklas 98   final int experimentId = experiment.getId();
2678 28 Sep 06 nicklas 99   final RawDataType rawDataType = bioAssaySet.getRawDataType();
4916 30 Apr 09 nicklas 100   final IntensityTransform transform = bioAssaySet.getIntensityTransform();
2678 28 Sep 06 nicklas 101   
2174 21 Apr 06 nicklas 102   final String subContext = rawDataType.getId();
2102 22 Mar 06 nicklas 103   final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, subContext, null, null);
2102 22 Mar 06 nicklas 104   Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
2102 22 Mar 06 nicklas 105   
2102 22 Mar 06 nicklas 106   List<TableColumn> columns = new LinkedList<TableColumn>();
4916 30 Apr 09 nicklas 107   DynamicUtil.addSpotColumns(columns, dc, rawDataType.getChannels(), transform);
4917 30 Apr 09 nicklas 108   DynamicUtil.addFormulaColumns(columns, dc, rawDataType, Formula.Type.COLUMN_EXPRESSION, 
5438 04 Oct 10 nicklas 109       transform, "frm.", "[Formula] ", true);
2664 26 Sep 06 nicklas 110   DynamicUtil.addExtraColumns(columns, dc, bioAssaySet, "ev", "#", "[Xtra] ");
2733 16 Oct 06 nicklas 111   DynamicUtil.addRawDataColumns(columns, dc, rawDataType, "raw.", "$", "[Raw] ");
5879 18 Nov 11 nicklas 112   DynamicUtil.addReporterColumns(columns, dc, experiment.getVirtualDb().getReporterCloneTemplate(), "rep.", "@", "[Rep] ");
2813 27 Oct 06 nicklas 113   DynamicUtil.SelectedInfo selected = DynamicUtil.getSelectedColumns(cc, columns, false);
6315 06 Sep 13 nicklas 114   
6315 06 Sep 13 nicklas 115   int externalIdColumn = selected.selectedIds.indexOf("rep.externalId") + 1;
6315 06 Sep 13 nicklas 116   int reporterIdColumn = selected.selectedIds.indexOf("rep.id") + 1;
6315 06 Sep 13 nicklas 117   if (reporterIdColumn <= 0 && externalIdColumn > 0)
6315 06 Sep 13 nicklas 118   {
6315 06 Sep 13 nicklas 119     // Force selecting reporter id column if external id is selected
6315 06 Sep 13 nicklas 120     selected.selectedIds.add("rep.id");
6315 06 Sep 13 nicklas 121     selected.selectedProperties.add("@id");
6315 06 Sep 13 nicklas 122     reporterIdColumn = selected.selectedIds.size();
6315 06 Sep 13 nicklas 123   }
2678 28 Sep 06 nicklas 124   if (bioAssay == null && cc.getSetting("columns").indexOf("COLUMN") >= 0) 
2678 28 Sep 06 nicklas 125   {
2678 28 Sep 06 nicklas 126     selected.selectedIds.add("COLUMN");
2678 28 Sep 06 nicklas 127     selected.selectedProperties.add("COLUMN");
2678 28 Sep 06 nicklas 128   }
2102 22 Mar 06 nicklas 129   try
2102 22 Mar 06 nicklas 130   {
7603 22 Feb 19 nicklas 131     final SqlQuery query = bioAssay != null ? bioAssay.getSpotData() : bioAssaySet.getSpotData();
2664 26 Sep 06 nicklas 132     cc.configureQuery(dc, query, selected.selectedProperties);
5881 21 Nov 11 nicklas 133     query.setFailSafe(true);
2102 22 Mar 06 nicklas 134     spotData = query.iterate(dc);
2102 22 Mar 06 nicklas 135   }
2102 22 Mar 06 nicklas 136   catch (Throwable t)
2102 22 Mar 06 nicklas 137   {
2102 22 Mar 06 nicklas 138     cc.setMessage(t.getMessage());
4928 13 May 09 nicklas 139     t.printStackTrace();
2102 22 Mar 06 nicklas 140   }
2733 16 Oct 06 nicklas 141
2102 22 Mar 06 nicklas 142   int numListed = 0;
4872 02 Apr 09 nicklas 143   JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, 
4872 02 Apr 09 nicklas 144     guiContext, bioAssay == null ? bioAssaySet : bioAssay);
7604 25 Feb 19 nicklas 145   ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
7604 25 Feb 19 nicklas 146   ExtensionsInvoker<OverviewPlotAction> overviewPlotInvoker = bioAssay != null ? 
7605 26 Feb 19 nicklas 147     null : ExtensionsControl.useExtensions(jspContext, "net.sf.basedb.clients.web.bioassayset.overviewplots");
2102 22 Mar 06 nicklas 148   %>
2102 22 Mar 06 nicklas 149   <base:page title="<%=title%>">
6315 06 Sep 13 nicklas 150   <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~spotdata.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
4871 01 Apr 09 nicklas 151     <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
4871 01 Apr 09 nicklas 152     <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
7943 04 May 21 nicklas 153     <style>
7943 04 May 21 nicklas 154     .row-index > div
7943 04 May 21 nicklas 155     {
7943 04 May 21 nicklas 156       grid-template-columns: 1fr !important;
7943 04 May 21 nicklas 157     }
7943 04 May 21 nicklas 158     .row-index .index
7943 04 May 21 nicklas 159     {
7943 04 May 21 nicklas 160       padding-right: 3px;
7943 04 May 21 nicklas 161     }
7943 04 May 21 nicklas 162     </style>
2102 22 Mar 06 nicklas 163   </base:head>
2102 22 Mar 06 nicklas 164   <base:body>
2102 22 Mar 06 nicklas 165     <p:path>
5952 10 Feb 12 nicklas 166       <p:pathelement 
5952 10 Feb 12 nicklas 167         title="Experiments" href="<%="../index.jsp?ID="+ID%>" 
5952 10 Feb 12 nicklas 168       /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(experiment.getName())%>" 
6143 20 Sep 12 nicklas 169         href="<%="../bioassaysets/index.jsp?ID="+ID+"&amp;experiment_id="+experiment.getId()%>" 
5952 10 Feb 12 nicklas 170       /><%
2678 28 Sep 06 nicklas 171       if (bioAssay == null)
2678 28 Sep 06 nicklas 172       {
5952 10 Feb 12 nicklas 173         %><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(bioAssaySet.getName())%>" 
5952 10 Feb 12 nicklas 174         /><%
2678 28 Sep 06 nicklas 175       }
2678 28 Sep 06 nicklas 176       else
2678 28 Sep 06 nicklas 177       {
5952 10 Feb 12 nicklas 178         %><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(bioAssaySet.getName())%>" 
6143 20 Sep 12 nicklas 179           href="<%="../bioassays/index.jsp?ID="+ID+"&amp;bioassayset_id="+bioAssaySet.getId()%>" 
5952 10 Feb 12 nicklas 180         /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(bioAssay.getName())%>" 
5952 10 Feb 12 nicklas 181         /><%
2678 28 Sep 06 nicklas 182       }
5952 10 Feb 12 nicklas 183       %></p:path>
2102 22 Mar 06 nicklas 184
5952 10 Feb 12 nicklas 185     <t:tabcontrol 
5952 10 Feb 12 nicklas 186       id="main" 
5952 10 Feb 12 nicklas 187       subclass="mastertabcontrol content"
6315 06 Sep 13 nicklas 188       active="spotdata">
6315 06 Sep 13 nicklas 189     <t:tab id="bioassayset.properties" title="Properties" visible="<%=bioAssay == null%>"/>
6315 06 Sep 13 nicklas 190     <t:tab id="bioassay.properties" title="Properties" visible="<%=bioAssay != null%>"/>
2892 10 Nov 06 nicklas 191
6315 06 Sep 13 nicklas 192     <t:tab id="bioassayset.annotations" title="Annotations" 
6315 06 Sep 13 nicklas 193         tooltip="View annotation values" visible="<%=bioAssay == null%>" />
6315 06 Sep 13 nicklas 194     <t:tab id="bioassay.annotations" title="Annotations" 
2892 10 Nov 06 nicklas 195       tooltip="View annotation values" visible="<%=bioAssay != null%>" />
2892 10 Nov 06 nicklas 196
2678 28 Sep 06 nicklas 197     <t:tab id="bioassays" visible="<%=bioAssay == null%>" title="BioAssays" />
2102 22 Mar 06 nicklas 198     <t:tab id="spotdata" title="Spot data" >
2102 22 Mar 06 nicklas 199     <tbl:table 
2102 22 Mar 06 nicklas 200       id="spotdata" 
2102 22 Mar 06 nicklas 201       columns="<%=cc.getSetting("columns")%>"
2102 22 Mar 06 nicklas 202       sortby="<%=cc.getSortProperty()%>" 
2102 22 Mar 06 nicklas 203       direction="<%=cc.getSortDirection()%>"
2102 22 Mar 06 nicklas 204       action="index.jsp"
2102 22 Mar 06 nicklas 205       sc="<%=sc%>"
2102 22 Mar 06 nicklas 206       item="<%=itemType%>"
2102 22 Mar 06 nicklas 207       subcontext="<%=subContext%>"
6700 30 Jan 15 nicklas 208       filterrows="<%=cc.getFilterRows()%>"
5952 10 Feb 12 nicklas 209       subclass="fulltable"
7982 14 Jun 21 nicklas 210       stickyheaders="<%=cc.getSetting("columns.sticky", "rep.externalId")%>"
2102 22 Mar 06 nicklas 211       >
2102 22 Mar 06 nicklas 212       <tbl:hidden 
2102 22 Mar 06 nicklas 213         name="mode" 
2102 22 Mar 06 nicklas 214         value="<%=mode.getName()%>" 
2102 22 Mar 06 nicklas 215       />
2102 22 Mar 06 nicklas 216       <tbl:hidden 
2678 28 Sep 06 nicklas 217         name="bioassayset_id" 
2678 28 Sep 06 nicklas 218         value="<%=String.valueOf(bioAssaySetId)%>" 
2678 28 Sep 06 nicklas 219       />
2678 28 Sep 06 nicklas 220       <tbl:hidden 
2102 22 Mar 06 nicklas 221         name="bioassay_id" 
2102 22 Mar 06 nicklas 222         value="<%=String.valueOf(bioAssayId)%>" 
2102 22 Mar 06 nicklas 223       />
2102 22 Mar 06 nicklas 224       <tbl:hidden 
2102 22 Mar 06 nicklas 225         name="callback" 
2102 22 Mar 06 nicklas 226         value="<%=callback%>" 
2102 22 Mar 06 nicklas 227         skip="<%=callback == null%>" 
2102 22 Mar 06 nicklas 228       />
2102 22 Mar 06 nicklas 229       <%
2102 22 Mar 06 nicklas 230       for (TableColumn tc : columns)
2102 22 Mar 06 nicklas 231       {
2102 22 Mar 06 nicklas 232         %>
2102 22 Mar 06 nicklas 233         <tbl:columndef
2102 22 Mar 06 nicklas 234           id="<%=tc.getId()%>"
2102 22 Mar 06 nicklas 235           property="<%=tc.getProperty()%>"
4916 30 Apr 09 nicklas 236           tooltip="<%=tc.getDescription()%>"
2102 22 Mar 06 nicklas 237           datatype="<%=tc.getDatatype().getStringValue()%>"
4371 03 Jul 08 nicklas 238           title="<%=HTML.encodeTags(tc.getTitle())%>"
2102 22 Mar 06 nicklas 239           sortable="<%=tc.getSortable()%>"
2102 22 Mar 06 nicklas 240           filterable="<%=tc.getFilterable()%>"
2102 22 Mar 06 nicklas 241           exportable="<%=tc.getExportable()%>"
2102 22 Mar 06 nicklas 242           show="<%=tc.getShow()%>"
2733 16 Oct 06 nicklas 243           formatter="<%=tc.getFormatter()%>"
2102 22 Mar 06 nicklas 244         />
2102 22 Mar 06 nicklas 245         <%
2102 22 Mar 06 nicklas 246       }
2102 22 Mar 06 nicklas 247       %>
2678 28 Sep 06 nicklas 248       <%
2678 28 Sep 06 nicklas 249       if (bioAssay == null)
2678 28 Sep 06 nicklas 250       {
4857 27 Mar 09 nicklas 251         Map<Number, String> bioAssayMap = new HashMap<Number, String>();
2678 28 Sep 06 nicklas 252         Enumeration<String, String> bioAssayEnum = new Enumeration<String, String>();
2678 28 Sep 06 nicklas 253         for (BioAssay ba : bioAssaySet.getBioAssays().list(dc))
2678 28 Sep 06 nicklas 254         {
4857 27 Mar 09 nicklas 255           short columnNo = ba.getDataCubeColumnNo();
4857 27 Mar 09 nicklas 256           String linkedBioAssay = Base.getLinkedName(ID, ba, false, true);
4857 27 Mar 09 nicklas 257           // Safety measure, since JDBC driver seems to return 'short' as 'int'
4857 27 Mar 09 nicklas 258           bioAssayMap.put(columnNo, linkedBioAssay);
4857 27 Mar 09 nicklas 259           bioAssayMap.put((int)columnNo, linkedBioAssay);
2678 28 Sep 06 nicklas 260           bioAssayEnum.add(String.valueOf(columnNo), HTML.encodeTags(ba.getName()));
2678 28 Sep 06 nicklas 261         }
2678 28 Sep 06 nicklas 262         %>
2678 28 Sep 06 nicklas 263         <tbl:columndef
2678 28 Sep 06 nicklas 264           id="COLUMN"
2678 28 Sep 06 nicklas 265           property="COLUMN"
2678 28 Sep 06 nicklas 266           datatype="int"
2678 28 Sep 06 nicklas 267           title="Bioassay"
2678 28 Sep 06 nicklas 268           sortable="true"
2678 28 Sep 06 nicklas 269           filterable="true"
2678 28 Sep 06 nicklas 270           exportable="true"
2678 28 Sep 06 nicklas 271           enumeration="<%=bioAssayEnum%>"
4857 27 Mar 09 nicklas 272           formatter="<%=new LookupFormatter<Number>(bioAssayMap)%>"
2678 28 Sep 06 nicklas 273         />
2678 28 Sep 06 nicklas 274         <%
2678 28 Sep 06 nicklas 275       }
2678 28 Sep 06 nicklas 276       %>
4302 19 May 08 nicklas 277       <tbl:columndef 
4302 19 May 08 nicklas 278         id="reporterList"
5425 23 Sep 10 nicklas 279         property="£reporterList"
4302 19 May 08 nicklas 280         datatype="int"
4302 19 May 08 nicklas 281         title="Reporter list"
4302 19 May 08 nicklas 282         filterable="true"
4302 19 May 08 nicklas 283         enumeration="<%=Base.getReporterListsEnum(dc)%>"
4302 19 May 08 nicklas 284         multiple="false"
4302 19 May 08 nicklas 285       />
6604 18 Nov 14 nicklas 286       <div class="panelgroup bg-filled-50 bottomborder">
5952 10 Feb 12 nicklas 287         <tbl:toolbar
5952 10 Feb 12 nicklas 288           subclass="bottomborder"
5952 10 Feb 12 nicklas 289           visible="<%=mode.hasToolbar()%>"
5952 10 Feb 12 nicklas 290           >
5952 10 Feb 12 nicklas 291           <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 292             id="btnColumns"
5952 10 Feb 12 nicklas 293             image="columns.png" 
5952 10 Feb 12 nicklas 294             title="Columns&hellip;" 
5952 10 Feb 12 nicklas 295             tooltip="Show, hide and re-order columns" 
5952 10 Feb 12 nicklas 296           />
5952 10 Feb 12 nicklas 297           <tbl:button
6315 06 Sep 13 nicklas 298             id="btnNewReporterList"
5952 10 Feb 12 nicklas 299             image="add.png"
5952 10 Feb 12 nicklas 300             title="New reporter list&hellip;"
5952 10 Feb 12 nicklas 301             tooltip="Create a new reporter list from matching spots"
5952 10 Feb 12 nicklas 302             visible="<%=sc.hasPermission(Permission.CREATE, Item.REPORTERLIST)%>"
5952 10 Feb 12 nicklas 303           />
5952 10 Feb 12 nicklas 304           <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 305             id="btnExport"
6315 06 Sep 13 nicklas 306             data-plugin-type="EXPORT"
5952 10 Feb 12 nicklas 307             image="export.png" 
5952 10 Feb 12 nicklas 308             title="Export&hellip;" 
5952 10 Feb 12 nicklas 309             tooltip="Export data" 
5952 10 Feb 12 nicklas 310             visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
5952 10 Feb 12 nicklas 311           />
5952 10 Feb 12 nicklas 312           <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
7604 25 Feb 19 nicklas 313             wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
5952 10 Feb 12 nicklas 314         </tbl:toolbar>
5952 10 Feb 12 nicklas 315         <tbl:panel>
6182 23 Oct 12 nicklas 316           <tbl:presetselector />
5952 10 Feb 12 nicklas 317           <tbl:navigator
5952 10 Feb 12 nicklas 318             page="<%=cc.getPage()%>" 
5952 10 Feb 12 nicklas 319             rowsperpage="<%=cc.getRowsPerPage()%>" 
5952 10 Feb 12 nicklas 320             totalrows="<%=spotData == null ? 0 : spotData.getTotalCount()%>" 
5952 10 Feb 12 nicklas 321             visible="<%=mode.hasNavigator()%>"
5952 10 Feb 12 nicklas 322           />
5952 10 Feb 12 nicklas 323         </tbl:panel>
5952 10 Feb 12 nicklas 324       </div>
2102 22 Mar 06 nicklas 325       <tbl:data>
5949 08 Feb 12 nicklas 326         <tbl:headers>
5949 08 Feb 12 nicklas 327           <tbl:headerrow>
7943 04 May 21 nicklas 328             <tbl:header clazz="row-index bg-filled-100" />
5949 08 Feb 12 nicklas 329             <tbl:columnheaders />
5949 08 Feb 12 nicklas 330           </tbl:headerrow>
6700 30 Jan 15 nicklas 331           <%
6700 30 Jan 15 nicklas 332           int numFilters = cc.getNumPropertyFilters();
6700 30 Jan 15 nicklas 333           int numRows = cc.getFilterRows();
6700 30 Jan 15 nicklas 334           for (int filterNo = 0; filterNo < numRows; filterNo++)
6700 30 Jan 15 nicklas 335           {
6700 30 Jan 15 nicklas 336             boolean lastRow = filterNo == numRows-1;
6700 30 Jan 15 nicklas 337             %>
6700 30 Jan 15 nicklas 338             <tbl:headerrow>
7943 04 May 21 nicklas 339               <tbl:header subclass="row-index bg-filled-100">
7943 04 May 21 nicklas 340                 <div class="index-<%=mode.getName()%>">
7943 04 May 21 nicklas 341                   <div class="icons">
7943 04 May 21 nicklas 342                     <base:icon
7943 04 May 21 nicklas 343                       subclass="link table-filter-row-action"
7943 04 May 21 nicklas 344                       image="add.png"
7943 04 May 21 nicklas 345                       tooltip="Add extra filter row"
7943 04 May 21 nicklas 346                       visible="<%=lastRow%>"
7943 04 May 21 nicklas 347                     /><base:icon
7943 04 May 21 nicklas 348                       subclass="link table-filter-row-action"
7943 04 May 21 nicklas 349                       image="remove.png"
7943 04 May 21 nicklas 350                       tooltip="Remove this filter row"
7943 04 May 21 nicklas 351                       visible="<%=numRows > 1 || numFilters > 0 %>"
7943 04 May 21 nicklas 352                       data-remove-row="<%=filterNo%>"
7943 04 May 21 nicklas 353                     />
7943 04 May 21 nicklas 354                   </div>
7943 04 May 21 nicklas 355                 </div>
6700 30 Jan 15 nicklas 356               </tbl:header>
6700 30 Jan 15 nicklas 357               <tbl:propertyfilter row="<%=filterNo%>" />
6700 30 Jan 15 nicklas 358             </tbl:headerrow>
6700 30 Jan 15 nicklas 359             <%
6700 30 Jan 15 nicklas 360           }
6700 30 Jan 15 nicklas 361           %>
7913 22 Feb 21 nicklas 362           <tbl:columnsubtitles />
5949 08 Feb 12 nicklas 363         </tbl:headers>
5949 08 Feb 12 nicklas 364         <tbl:rows>
2102 22 Mar 06 nicklas 365           <%
5952 10 Feb 12 nicklas 366           if (cc.getMessage() != null)
5952 10 Feb 12 nicklas 367           {
5952 10 Feb 12 nicklas 368             %>
6604 18 Nov 14 nicklas 369             <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
5952 10 Feb 12 nicklas 370               <div class="messagecontainer error"><%=cc.getMessage()%></div>
5952 10 Feb 12 nicklas 371             </tbl:panel>
5952 10 Feb 12 nicklas 372             <%
5952 10 Feb 12 nicklas 373             cc.setMessage(null);
5952 10 Feb 12 nicklas 374           }
2102 22 Mar 06 nicklas 375           int index = cc.getPage()*cc.getRowsPerPage();
2102 22 Mar 06 nicklas 376           int selectedItemId = cc.getId();
2102 22 Mar 06 nicklas 377           if (spotData != null)
2102 22 Mar 06 nicklas 378           {
6315 06 Sep 13 nicklas 379             boolean writeReporterPermission = sc.hasPermission(Permission.WRITE, Item.REPORTER);
6315 06 Sep 13 nicklas 380             String tooltip = "View this item" + (writeReporterPermission ? " (use CTRL, ALT or SHIFT to edit)" : "");
2102 22 Mar 06 nicklas 381             while (spotData.hasNext())
2102 22 Mar 06 nicklas 382             {
2102 22 Mar 06 nicklas 383               SqlResult item = spotData.next();
2102 22 Mar 06 nicklas 384               index++;
2102 22 Mar 06 nicklas 385               numListed++;
2102 22 Mar 06 nicklas 386               %>
2102 22 Mar 06 nicklas 387               <tbl:row>
7943 04 May 21 nicklas 388                 <tbl:header clazz="row-index bg-filled-100">
7943 04 May 21 nicklas 389                   <div class="index-<%=mode.getName()%>">
7943 04 May 21 nicklas 390                     <div class="index <%=index>999?"index-smaller":""%>"><%=index%></div>
7943 04 May 21 nicklas 391                   </div>
7943 04 May 21 nicklas 392                 </tbl:header>
2102 22 Mar 06 nicklas 393                 <%
2102 22 Mar 06 nicklas 394                 int i = 1;
2102 22 Mar 06 nicklas 395                 for (String columnId : selected.selectedIds)
2102 22 Mar 06 nicklas 396                 {
6315 06 Sep 13 nicklas 397                   if (i == externalIdColumn)
6315 06 Sep 13 nicklas 398                   {
6315 06 Sep 13 nicklas 399                     %>
6315 06 Sep 13 nicklas 400                     <tbl:cell column="<%=columnId%>"><div 
6315 06 Sep 13 nicklas 401                       class="link auto-init"
6315 06 Sep 13 nicklas 402                       data-auto-init="item-link"
6315 06 Sep 13 nicklas 403                       data-item-id="<%=item.getInt(reporterIdColumn)%>"
6315 06 Sep 13 nicklas 404                       data-item-type="REPORTER"
6315 06 Sep 13 nicklas 405                       data-no-edit="<%=writeReporterPermission ? 0 : 1 %>" 
6315 06 Sep 13 nicklas 406                       tabindex="0"
6315 06 Sep 13 nicklas 407                       title="<%=tooltip%>"><%=HTML.encodeTags(item.getString(i++))%></div></tbl:cell>
6315 06 Sep 13 nicklas 408                     <%
6315 06 Sep 13 nicklas 409                   }
6315 06 Sep 13 nicklas 410                   else
6315 06 Sep 13 nicklas 411                   {
6315 06 Sep 13 nicklas 412                     %>
6315 06 Sep 13 nicklas 413                     <tbl:cell column="<%=columnId%>" value="<%=item.getObject(i++)%>" />
6315 06 Sep 13 nicklas 414                     <%
6315 06 Sep 13 nicklas 415                   }
2102 22 Mar 06 nicklas 416                 }
2102 22 Mar 06 nicklas 417                 %>
2102 22 Mar 06 nicklas 418               </tbl:row>
2102 22 Mar 06 nicklas 419               <%
2102 22 Mar 06 nicklas 420             }
2102 22 Mar 06 nicklas 421           }
5952 10 Feb 12 nicklas 422           if (numListed == 0)
5952 10 Feb 12 nicklas 423           {
5952 10 Feb 12 nicklas 424             %>
6604 18 Nov 14 nicklas 425             <tbl:panel subclass="bg-filled-50">
5952 10 Feb 12 nicklas 426               <div class="messagecontainer note">
5952 10 Feb 12 nicklas 427               <%=spotData == null || spotData.getTotalCount() == 0 ? "No spot data were found" : "No spot data on this page. Please select another page!" %>
5952 10 Feb 12 nicklas 428               </div>
5952 10 Feb 12 nicklas 429             </tbl:panel>
5952 10 Feb 12 nicklas 430             <%
5952 10 Feb 12 nicklas 431           }
2102 22 Mar 06 nicklas 432           %>
2102 22 Mar 06 nicklas 433           </tbl:rows>
2102 22 Mar 06 nicklas 434         </tbl:data>
2102 22 Mar 06 nicklas 435     </tbl:table>
2102 22 Mar 06 nicklas 436     </t:tab>
2678 28 Sep 06 nicklas 437
6315 06 Sep 13 nicklas 438     <t:tab id="bioassayset.overviewplots" title="Overview plots"
4908 28 Apr 09 nicklas 439       visible="<%=overviewPlotInvoker != null && overviewPlotInvoker.getNumExtensions() > 0%>" 
2678 28 Sep 06 nicklas 440     />
2102 22 Mar 06 nicklas 441     </t:tabcontrol>
2102 22 Mar 06 nicklas 442
5952 10 Feb 12 nicklas 443     <base:buttongroup>
6315 06 Sep 13 nicklas 444       <base:button id="btnOk" title="Ok" visible="<%=mode.hasOkButton()%>" />
6315 06 Sep 13 nicklas 445       <base:button id="close" title="Cancel" visible="<%=mode.hasCancelButton()%>" />
6315 06 Sep 13 nicklas 446       <base:button id="close" title="Close" visible="<%=mode.hasCloseButton()%>" />
5952 10 Feb 12 nicklas 447     </base:buttongroup>
5952 10 Feb 12 nicklas 448
2102 22 Mar 06 nicklas 449   </base:body>
2102 22 Mar 06 nicklas 450   </base:page>
2102 22 Mar 06 nicklas 451   <%
2102 22 Mar 06 nicklas 452 }
2102 22 Mar 06 nicklas 453 finally
2102 22 Mar 06 nicklas 454 {
2102 22 Mar 06 nicklas 455   if (dc != null) dc.close();
2102 22 Mar 06 nicklas 456 }
2102 22 Mar 06 nicklas 457 %>

Generated on Sat Oct  7 02:47:42 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)