www/views/experiments/view_experiment.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2305 22 May 06 jari 1 <%-- $Id$
2305 22 May 06 jari 2   ------------------------------------------------------------------
5425 23 Sep 10 nicklas 3   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson, Gregory Vincic
3675 16 Aug 07 jari 4   Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg, Martin Svensson
2305 22 May 06 jari 5
2304 22 May 06 jari 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 7   Available at http://base.thep.lu.se/
2305 22 May 06 jari 8
2305 22 May 06 jari 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
2305 22 May 06 jari 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
2305 22 May 06 jari 12   of the License, or (at your option) any later version.
2305 22 May 06 jari 13
2305 22 May 06 jari 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
2305 22 May 06 jari 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2305 22 May 06 jari 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
2305 22 May 06 jari 17   GNU General Public License for more details.
2305 22 May 06 jari 18
2305 22 May 06 jari 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4511 11 Sep 08 jari 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2305 22 May 06 jari 21   ------------------------------------------------------------------
2305 22 May 06 jari 22
2305 22 May 06 jari 23   @author Nicklas
2305 22 May 06 jari 24   @version 2.0
2305 22 May 06 jari 25 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 26 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
2305 22 May 06 jari 27   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
2305 22 May 06 jari 28   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
2305 22 May 06 jari 29   import="net.sf.basedb.core.Item"
2305 22 May 06 jari 30   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
2305 22 May 06 jari 31   import="net.sf.basedb.core.Permission"
2305 22 May 06 jari 32   import="net.sf.basedb.core.Experiment"
5878 17 Nov 11 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.VirtualDb"
2305 22 May 06 jari 34   import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
6909 18 May 15 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.RootRawBioAssay"
2164 18 Apr 06 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.AnnotationType"
2164 18 Apr 06 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.AnnotationSet"
2164 18 Apr 06 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.Annotation"
3498 15 Jun 07 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.Annotatable"
4548 26 Sep 08 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.Unit"
3498 15 Jun 07 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.Type"
2305 22 May 06 jari 42   import="net.sf.basedb.core.User"
3547 03 Jul 07 martin 43   import="net.sf.basedb.core.Group"
6143 20 Sep 12 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.VirtualTable"
2305 22 May 06 jari 45   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
2305 22 May 06 jari 46   import="net.sf.basedb.core.ItemResultList"
3547 03 Jul 07 martin 47   import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
2305 22 May 06 jari 48   import="net.sf.basedb.core.Include"
3547 03 Jul 07 martin 49   import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
2305 22 May 06 jari 50   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
2305 22 May 06 jari 51   import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
2305 22 May 06 jari 52   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
2305 22 May 06 jari 53   import="net.sf.basedb.core.plugin.Plugin"
3547 03 Jul 07 martin 54   import="net.sf.basedb.core.Project"
2305 22 May 06 jari 55   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
2305 22 May 06 jari 56   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
2305 22 May 06 jari 57   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
2386 15 Jun 06 martin 58   import="net.sf.basedb.clients.web.PermissionUtil"
5069 20 Aug 09 nicklas 59   import="net.sf.basedb.clients.web.ChangeHistoryUtil"
2305 22 May 06 jari 60   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
2753 20 Oct 06 nicklas 61   import="net.sf.basedb.util.Values"
5120 08 Oct 09 nicklas 62   import="net.sf.basedb.core.snapshot.SnapshotManager"
5120 08 Oct 09 nicklas 63   import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSetSnapshot"
5120 08 Oct 09 nicklas 64   import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationSnapshot"
5131 14 Oct 09 nicklas 65   import="net.sf.basedb.core.snapshot.AnnotationTypeFilter"
2942 22 Nov 06 nicklas 66   import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
2942 22 Nov 06 nicklas 67   import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
4871 01 Apr 09 nicklas 68   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
4871 01 Apr 09 nicklas 69   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
4871 01 Apr 09 nicklas 70   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.renderer.PrefixSuffixRenderer"
7604 25 Feb 19 nicklas 71   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ButtonAction" 
4871 01 Apr 09 nicklas 72   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.toolbar.ToolbarUtil"
4871 01 Apr 09 nicklas 73   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
3547 03 Jul 07 martin 74   import="java.util.Collections"
2305 22 May 06 jari 75   import="java.util.Date"
2305 22 May 06 jari 76   import="java.util.Map"
3498 15 Jun 07 nicklas 77   import="java.util.HashMap"
2305 22 May 06 jari 78   import="java.util.Set"
3498 15 Jun 07 nicklas 79   import="java.util.HashSet"
3498 15 Jun 07 nicklas 80   import="java.util.List"
3875 24 Oct 07 nicklas 81   import="java.util.LinkedList"
2942 22 Nov 06 nicklas 82   import="java.util.Date"
6909 18 May 15 nicklas 83   import="org.json.simple.JSONObject"
6909 18 May 15 nicklas 84   import="org.json.simple.JSONArray"
2305 22 May 06 jari 85 %>
2305 22 May 06 jari 86 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
2305 22 May 06 jari 87 <%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
2305 22 May 06 jari 88 <%@ taglib prefix="t" uri="/WEB-INF/tab.tld" %>
2305 22 May 06 jari 89 <%@ taglib prefix="p" uri="/WEB-INF/path.tld" %>
4871 01 Apr 09 nicklas 90 <%@ taglib prefix="ext" uri="/WEB-INF/extensions.tld" %>
2305 22 May 06 jari 91 <%!
2305 22 May 06 jari 92   private static final Item itemType = Item.EXPERIMENT;
2305 22 May 06 jari 93   private static final GuiContext guiContext = new GuiContext(itemType, GuiContext.Type.ITEM);
2305 22 May 06 jari 94 %>
2305 22 May 06 jari 95 <%
2305 22 May 06 jari 96 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
2305 22 May 06 jari 97 final String ID = sc.getId();
2305 22 May 06 jari 98 final ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, null);
2305 22 May 06 jari 99 final int itemId = cc.getId();
4746 10 Feb 09 nicklas 100 final String tab = Values.getString(request.getParameter("tab"), "properties");
2305 22 May 06 jari 101 final float scale = Base.getScale(sc);
2305 22 May 06 jari 102 final String root = request.getContextPath();
7954 12 May 21 nicklas 103 final DbControl dc = sc.newDbControl(":View "+itemType);
2305 22 May 06 jari 104 try
2305 22 May 06 jari 105 {
2942 22 Nov 06 nicklas 106   Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
2305 22 May 06 jari 107   Map<Plugin.MainType, Integer> pluginCount = PluginDefinition.countPlugins(dc, guiContext);
2305 22 May 06 jari 108
2305 22 May 06 jari 109   String title = null;
2305 22 May 06 jari 110   Experiment experiment = Experiment.getById(dc, itemId);
5878 17 Nov 11 nicklas 111   VirtualDb virtualDb = experiment.getVirtualDb();
2305 22 May 06 jari 112   
2305 22 May 06 jari 113   final boolean writePermission = experiment.hasPermission(Permission.WRITE);
2305 22 May 06 jari 114   final boolean deletePermission = experiment.hasPermission(Permission.DELETE);
2305 22 May 06 jari 115   final boolean sharePermission = experiment.hasPermission(Permission.SET_PERMISSION);
2918 15 Nov 06 nicklas 116   final boolean setOwnerPermission = experiment.hasPermission(Permission.SET_OWNER);
2918 15 Nov 06 nicklas 117   final boolean isOwner = experiment.isOwner();
4003 26 Nov 07 nicklas 118   final boolean isRemoved = experiment.isRemoved();
4003 26 Nov 07 nicklas 119   final boolean isUsed = isRemoved && experiment.isUsed();
4003 26 Nov 07 nicklas 120   final boolean deletePermanentlyPermission = deletePermission && !isUsed;
3498 15 Jun 07 nicklas 121   
3498 15 Jun 07 nicklas 122   Map<AnnotationType, Set<Object>> usedFactorValues = 
3498 15 Jun 07 nicklas 123     new HashMap<AnnotationType, Set<Object>>();
4630 07 Nov 08 nicklas 124   Map<AnnotationType, Integer> factorValuesCount = new HashMap<AnnotationType, Integer>();
4872 02 Apr 09 nicklas 125   JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, guiContext, experiment);
7604 25 Feb 19 nicklas 126   ExtensionsInvoker<ButtonAction> invoker = ToolbarUtil.useExtensions(jspContext);
2305 22 May 06 jari 127   %>
6315 06 Sep 13 nicklas 128   <base:page title="<%=title%>" id="view-page">
6315 06 Sep 13 nicklas 129   <base:head scripts="table.js,tabcontrol-2.js,~experiments.js" styles="table.css,toolbar.css,headertabcontrol.css,path.css">
4871 01 Apr 09 nicklas 130     <ext:scripts context="<%=jspContext%>" />
4871 01 Apr 09 nicklas 131     <ext:stylesheets context="<%=jspContext%>" />
2305 22 May 06 jari 132   </base:head>
6315 06 Sep 13 nicklas 133   <base:body>
5939 30 Jan 12 nicklas 134     <p:path><p:pathelement 
5939 30 Jan 12 nicklas 135       title="Experiments" href="<%="index.jsp?ID="+ID%>" 
5939 30 Jan 12 nicklas 136       /><p:pathelement title="<%=HTML.encodeTags(experiment.getName())%>" 
5939 30 Jan 12 nicklas 137       /></p:path>
6315 06 Sep 13 nicklas 138     <div id="page-data" data-item-id="<%=itemId%>"></div>
2305 22 May 06 jari 139     
5939 30 Jan 12 nicklas 140     <t:tabcontrol 
5939 30 Jan 12 nicklas 141       id="main" 
5939 30 Jan 12 nicklas 142       subclass="content mastertabcontrol" 
6315 06 Sep 13 nicklas 143       active="<%=tab%>" remember="false">
2305 22 May 06 jari 144     <t:tab id="properties" title="Properties">
5939 30 Jan 12 nicklas 145       <div>
5939 30 Jan 12 nicklas 146       <table class="fullform">
5939 30 Jan 12 nicklas 147       <tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 148         <th class="itemstatus">
4003 26 Nov 07 nicklas 149           <base:icon 
5946 03 Feb 12 nicklas 150             image="shared.png" 
5939 30 Jan 12 nicklas 151             visible="<%=experiment.isShared()%>"
5939 30 Jan 12 nicklas 152             tooltip="This item is shared to other users, groups and/or projects"
5939 30 Jan 12 nicklas 153           />
5939 30 Jan 12 nicklas 154           <base:icon 
6315 06 Sep 13 nicklas 155             id="btnDeletePermanently"
5946 03 Feb 12 nicklas 156             image="deleted.png"
5939 30 Jan 12 nicklas 157             tooltip="This item has been flagged for deletion. Click to delete it now."
5939 30 Jan 12 nicklas 158             enabled="<%=deletePermanentlyPermission %>"
5939 30 Jan 12 nicklas 159             visible="<%=isRemoved%>" 
5939 30 Jan 12 nicklas 160           />
6315 06 Sep 13 nicklas 161           <base:icon
6315 06 Sep 13 nicklas 162             id="btnUsingItems"
6315 06 Sep 13 nicklas 163             image="used.png" 
5939 30 Jan 12 nicklas 164             tooltip="This item is used by other items and can't be permanently deleted. Show the items that are using this one"
5939 30 Jan 12 nicklas 165             visible="<%=isRemoved && isUsed%>" />
5939 30 Jan 12 nicklas 166         </th>
5939 30 Jan 12 nicklas 167         <td style="padding: 0px;">
6605 18 Nov 14 nicklas 168           <tbl:toolbar subclass="bottomborder bg-filled-50">
5939 30 Jan 12 nicklas 169             <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 170               id="btnEdit"
5942 01 Feb 12 nicklas 171               disabled="<%=!writePermission%>" 
5945 02 Feb 12 nicklas 172               image="edit.png" 
5939 30 Jan 12 nicklas 173               title="Edit&hellip;" 
5939 30 Jan 12 nicklas 174               tooltip="<%=writePermission ? "Edit this experiment" : "You do not have permission to edit this experiment"%>" 
5939 30 Jan 12 nicklas 175             />
5939 30 Jan 12 nicklas 176             <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 177               id="btnDelete"
5942 01 Feb 12 nicklas 178               disabled="<%=!deletePermission%>" 
5946 03 Feb 12 nicklas 179               image="delete.png" 
5939 30 Jan 12 nicklas 180               title="Delete"
5939 30 Jan 12 nicklas 181               visible="<%=!experiment.isRemoved()%>"
5939 30 Jan 12 nicklas 182               tooltip="<%=deletePermission ? "Delete this experiment" : "You do not have permission to delete this experiment"%>" 
5939 30 Jan 12 nicklas 183             />
5939 30 Jan 12 nicklas 184             <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 185               id="btnRestore"
5942 01 Feb 12 nicklas 186               disabled="<%=!writePermission%>" 
5946 03 Feb 12 nicklas 187               image="restore.png" 
5939 30 Jan 12 nicklas 188               title="Restore"
5939 30 Jan 12 nicklas 189               visible="<%=experiment.isRemoved()%>"
5939 30 Jan 12 nicklas 190               tooltip="<%=writePermission ? "Restore this experiment" : "You do not have permission to restore this experiment"%>" 
5939 30 Jan 12 nicklas 191             />
5939 30 Jan 12 nicklas 192             <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 193               id="btnShare"
5942 01 Feb 12 nicklas 194               disabled="<%=!sharePermission%>"
5945 02 Feb 12 nicklas 195               image="share.png"
5939 30 Jan 12 nicklas 196               title="Share&hellip;" 
5939 30 Jan 12 nicklas 197               tooltip="<%=sharePermission ? "Share this experiment to other user, groups and projects" : "You do not have permission to share this experiment"%>"
5939 30 Jan 12 nicklas 198             />
5939 30 Jan 12 nicklas 199             <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 200               id="btnSetOwner"
5942 01 Feb 12 nicklas 201               disabled="<%=!setOwnerPermission%>"
5939 30 Jan 12 nicklas 202               image="take_ownership.png"
5939 30 Jan 12 nicklas 203               title="Set owner&hellip;"
5939 30 Jan 12 nicklas 204               tooltip="<%=setOwnerPermission ? "Change owner of this item" : "You do not have permission to change ownership of this item"%>"
5939 30 Jan 12 nicklas 205             />
5939 30 Jan 12 nicklas 206             <tbl:button
6315 06 Sep 13 nicklas 207               id="btnCloneReporters"
5939 30 Jan 12 nicklas 208               visible="<%=writePermission && (virtualDb.hasTable(VirtualTable.POSITION) || experiment.getRawDataType().isStoredInDb()) %>"
5946 03 Feb 12 nicklas 209               image="copy.png"
5939 30 Jan 12 nicklas 210               title="Clone reporters&hellip;"
5939 30 Jan 12 nicklas 211               tooltip="Clone reporter annotations for all reporters that are used in this experiment"
5939 30 Jan 12 nicklas 212             />
5939 30 Jan 12 nicklas 213             <tbl:button
6315 06 Sep 13 nicklas 214               id="btnRemoveClonedReporters"
5939 30 Jan 12 nicklas 215               visible="<%=writePermission && virtualDb.hasClonedReporters() %>"
5939 30 Jan 12 nicklas 216               image="delete_permanently.png"
5939 30 Jan 12 nicklas 217               title="Remove cloned reporters&hellip;"
5939 30 Jan 12 nicklas 218               tooltip="Remove all cloned reporter annotations"
5939 30 Jan 12 nicklas 219             />
5939 30 Jan 12 nicklas 220             <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 221               id="btnImport"
5946 03 Feb 12 nicklas 222               image="import.png" 
6315 06 Sep 13 nicklas 223               data-plugin-type="IMPORT"  
5939 30 Jan 12 nicklas 224               title="Import&hellip;" 
5939 30 Jan 12 nicklas 225               tooltip="Import data" 
5939 30 Jan 12 nicklas 226               visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.IMPORT)%>"
5939 30 Jan 12 nicklas 227             />
5939 30 Jan 12 nicklas 228             <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 229               id="btnExport"
6315 06 Sep 13 nicklas 230               image="export.png"
6315 06 Sep 13 nicklas 231               data-plugin-type="EXPORT" 
5939 30 Jan 12 nicklas 232               title="Export&hellip;" 
5939 30 Jan 12 nicklas 233               tooltip="Export data" 
5939 30 Jan 12 nicklas 234               visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.EXPORT)%>"
5939 30 Jan 12 nicklas 235             />
5939 30 Jan 12 nicklas 236             <tbl:button 
6315 06 Sep 13 nicklas 237               id="btnRunPlugin"
6315 06 Sep 13 nicklas 238               image="runplugin.png"  
6315 06 Sep 13 nicklas 239               data-plugin-type="OTHER" 
5939 30 Jan 12 nicklas 240               title="Run plugin&hellip;" 
5939 30 Jan 12 nicklas 241               tooltip="Run a plugin" 
5939 30 Jan 12 nicklas 242               visible="<%=pluginCount.containsKey(Plugin.MainType.OTHER)%>"
5939 30 Jan 12 nicklas 243             />
5939 30 Jan 12 nicklas 244             <ext:render extensions="<%=invoker%>" context="<%=jspContext%>" 
7604 25 Feb 19 nicklas 245               wrapper="<%=new PrefixSuffixRenderer<ButtonAction>(jspContext, "<td>", "</td>") %>"/>
5939 30 Jan 12 nicklas 246             <tbl:button
5939 30 Jan 12 nicklas 247               image="help.png"
6315 06 Sep 13 nicklas 248               subclass="auto-init"
6315 06 Sep 13 nicklas 249               data-auto-init="help"
6315 06 Sep 13 nicklas 250               data-help-id="experiment.view.properties"
5939 30 Jan 12 nicklas 251               title="Help&hellip;"
5939 30 Jan 12 nicklas 252               tooltip="Get help about this page"
5939 30 Jan 12 nicklas 253             />
5939 30 Jan 12 nicklas 254           </tbl:toolbar>
5939 30 Jan 12 nicklas 255         </td>
2305 22 May 06 jari 256       </tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 257     </table>
5939 30 Jan 12 nicklas 258     <table style="width: 100%; height: 16em;" class="bottomborder">
6143 20 Sep 12 nicklas 259     <tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 260       <td style="width: 50%; height: 100%;">
5939 30 Jan 12 nicklas 261         <table class="fullform" >
5939 30 Jan 12 nicklas 262         <tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 263           <th>Name</th>
5939 30 Jan 12 nicklas 264           <td><%=HTML.encodeTags(experiment.getName())%></td>
5939 30 Jan 12 nicklas 265         </tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 266         <tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 267           <th>Registered</th>
5939 30 Jan 12 nicklas 268           <td><%=dateFormatter.format(experiment.getEntryDate())%></td>
5939 30 Jan 12 nicklas 269         </tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 270         <tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 271           <th>Raw data type</th>
5939 30 Jan 12 nicklas 272           <td><base:catch><%=HTML.encodeTags(experiment.getRawDataType().getName())%></base:catch></td>
5939 30 Jan 12 nicklas 273         </tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 274         <tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 275           <th>Directory</th>
5939 30 Jan 12 nicklas 276           <td><base:propertyvalue item="<%=experiment%>" property="directory" /></td>
5939 30 Jan 12 nicklas 277         </tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 278         <tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 279           <th>Reporter clone template</th>
5939 30 Jan 12 nicklas 280           <td><base:propertyvalue item="<%=experiment%>" property="virtualDb.reporterCloneTemplate" nulltext="<i>- no cloned reporters -</i>" /></td>
5939 30 Jan 12 nicklas 281         </tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 282         <tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 283           <th>Bytes</th>
5939 30 Jan 12 nicklas 284           <td><%=Values.formatBytes(experiment.getBytes())%></td>
5939 30 Jan 12 nicklas 285         </tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 286         <tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 287           <th>Owner</th>
5939 30 Jan 12 nicklas 288           <td><base:propertyvalue item="<%=experiment%>" property="owner" /></td>
5939 30 Jan 12 nicklas 289         </tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 290         <tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 291           <th>Permissions</th>
5939 30 Jan 12 nicklas 292           <td><%=PermissionUtil.getFullPermissionNames(experiment)%></td>
5939 30 Jan 12 nicklas 293         </tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 294         <tr class="dynamic">
5939 30 Jan 12 nicklas 295           <th>Description</th>
5939 30 Jan 12 nicklas 296           <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getDescription())%></td>
5939 30 Jan 12 nicklas 297         </tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 298         </table>
5939 30 Jan 12 nicklas 299       </td>
5939 30 Jan 12 nicklas 300       <td style="width: 50%; height: 100%;" class="leftborder">
5939 30 Jan 12 nicklas 301         <table class="fullform">
5939 30 Jan 12 nicklas 302         <tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 303           <th>PubMed ID</th>
5939 30 Jan 12 nicklas 304           <td>
5939 30 Jan 12 nicklas 305             <%=HTML.encodeTags(experiment.getPubMedId())%>
5939 30 Jan 12 nicklas 306             <%
5939 30 Jan 12 nicklas 307             int pubMedId = Values.getInt(experiment.getPubMedId(), -1);
5939 30 Jan 12 nicklas 308             if (pubMedId != -1)
5939 30 Jan 12 nicklas 309             {
5939 30 Jan 12 nicklas 310               %>
5939 30 Jan 12 nicklas 311               <b>Link to:</b>
5939 30 Jan 12 nicklas 312               <a href="http://www.ebi.ac.uk/citexplore/citationDetails.do?externalId=<%=pubMedId%>&dataSource=MED"
6139 19 Sep 12 nicklas 313                 target="_blank" title="External link to EBI Citation database"
5939 30 Jan 12 nicklas 314                 >EBI Citation database</a>,
5939 30 Jan 12 nicklas 315               <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=PureSearch&db=pubmed&details_term=<%=pubMedId%>"
6139 19 Sep 12 nicklas 316                 target="_blank" title="External link to NCBI Entrez PubMed">NCBI Entrez PubMed</a>
5939 30 Jan 12 nicklas 317               <%
5939 30 Jan 12 nicklas 318             }
2694 03 Oct 06 nicklas 319             %>
5939 30 Jan 12 nicklas 320           </td>
5939 30 Jan 12 nicklas 321         </tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 322         <tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 323           <th>Title</th>
5939 30 Jan 12 nicklas 324           <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getTitle())%></td>
5939 30 Jan 12 nicklas 325         </tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 326         <tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 327           <th>Publication date</th>
5939 30 Jan 12 nicklas 328           <td><%=dateFormatter.format(experiment.getPublicationDate())%></td>
5939 30 Jan 12 nicklas 329         </tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 330         <tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 331           <th>Abstract</th>
5939 30 Jan 12 nicklas 332           <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getAbstract())%></td>
5939 30 Jan 12 nicklas 333         </tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 334         <tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 335           <th>Experiment design</th>
5939 30 Jan 12 nicklas 336           <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getExperimentDesign())%></td>
5939 30 Jan 12 nicklas 337         </tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 338         <tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 339           <th>Experiment type</th>
5939 30 Jan 12 nicklas 340           <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getExperimentType())%></td>
5939 30 Jan 12 nicklas 341         </tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 342         <tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 343           <th>Affiliations</th>
5939 30 Jan 12 nicklas 344           <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getAffiliations())%></td>
5939 30 Jan 12 nicklas 345         </tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 346         <tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 347           <th>Authors</th>
5939 30 Jan 12 nicklas 348           <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getAuthors())%></td>
5939 30 Jan 12 nicklas 349         </tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 350         <tr class="dynamic">
5939 30 Jan 12 nicklas 351           <th>Publication</th>
5939 30 Jan 12 nicklas 352           <td><%=HTML.niceFormat(experiment.getPublication())%></td>
5939 30 Jan 12 nicklas 353         </tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 354         </table>
5939 30 Jan 12 nicklas 355       </td>
5939 30 Jan 12 nicklas 356     </tr>
5939 30 Jan 12 nicklas 357     </table>
5939 30 Jan 12 nicklas 358     </div>
2305 22 May 06 jari 359       
2164 18 Apr 06 nicklas 360       <%
2164 18 Apr 06 nicklas 361       ItemQuery<AnnotationType> efQuery = experiment.getExperimentalFactors();
3888 29 Oct 07 nicklas 362       efQuery.include(Include.ALL);
2164 18 Apr 06 nicklas 363       efQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
2164 18 Apr 06 nicklas 364       ItemResultList<AnnotationType> experimentalFactors = efQuery.list(dc);
2164 18 Apr 06 nicklas 365       %>
5939 30 Jan 12 nicklas 366       <base:section 
5939 30 Jan 12 nicklas 367         id="experimentalFactors" 
5939 30 Jan 12 nicklas 368         title="<%="Experimental factors (" + experimentalFactors.size() +")"%>"
5939 30 Jan 12 nicklas 369         context="<%=cc%>"
5939 30 Jan 12 nicklas 370         >
2305 22 May 06 jari 371         <%
5939 30 Jan 12 nicklas 372         if (experimentalFactors.size() == 0)
2164 18 Apr 06 nicklas 373         {
2164 18 Apr 06 nicklas 374           %>
5939 30 Jan 12 nicklas 375           <div class="messagecontainer note">
5939 30 Jan 12 nicklas 376           No experimental factors has been added to this experiment 
5939 30 Jan 12 nicklas 377           (or, you don't have permission to view them).
5939 30 Jan 12 nicklas 378           </div>
2164 18 Apr 06 nicklas 379           <%
2164 18 Apr 06 nicklas 380         }
5939 30 Jan 12 nicklas 381         else
5939 30 Jan 12 nicklas 382         {
5939 30 Jan 12 nicklas 383           %>
6963 02 Oct 15 nicklas 384           
5939 30 Jan 12 nicklas 385           <tbl:table
6143 20 Sep 12 nicklas 386             id="tbl.experimentalFactors"
5939 30 Jan 12 nicklas 387             columns="all"
5939 30 Jan 12 nicklas 388             action="index.jsp"
5939 30 Jan 12 nicklas 389             >
5939 30 Jan 12 nicklas 390             <tbl:hidden name="item_id" value="<%=Integer.toString(itemId)%>" />
5939 30 Jan 12 nicklas 391             <tbl:columndef 
5939 30 Jan 12 nicklas 392               id="name"
5939 30 Jan 12 nicklas 393               title="Name"
5939 30 Jan 12 nicklas 394             />
5939 30 Jan 12 nicklas 395             <tbl:columndef
5939 30 Jan 12 nicklas 396               id="type"
5939 30 Jan 12 nicklas 397               title="Value type"
5939 30 Jan 12 nicklas 398             />
5939 30 Jan 12 nicklas 399             <tbl:columndef
5939 30 Jan 12 nicklas 400               id="values"
5939 30 Jan 12 nicklas 401               title="Used values"
5939 30 Jan 12 nicklas 402             />
5939 30 Jan 12 nicklas 403             <tbl:columndef 
5939 30 Jan 12 nicklas 404               id="description"
5939 30 Jan 12 nicklas 405               title="Description"
5939 30 Jan 12 nicklas 406             />
5939 30 Jan 12 nicklas 407             <tbl:columndef 
5939 30 Jan 12 nicklas 408               id="status"
5939 30 Jan 12 nicklas 409               title="Status"
5939 30 Jan 12 nicklas 410             />
5939 30 Jan 12 nicklas 411             <tbl:data>
5939 30 Jan 12 nicklas 412               <tbl:headers>
5939 30 Jan 12 nicklas 413                 <tbl:headerrow>
5939 30 Jan 12 nicklas 414                   <tbl:columnheaders />
5939 30 Jan 12 nicklas 415                 </tbl:headerrow>
5939 30 Jan 12 nicklas 416               </tbl:headers>
5939 30 Jan 12 nicklas 417               <tbl:rows>
2164 18 Apr 06 nicklas 418               <%
5939 30 Jan 12 nicklas 419               for (AnnotationType item : experimentalFactors)
2164 18 Apr 06 nicklas 420               {
5939 30 Jan 12 nicklas 421                 Type valueType = item.getValueType();
5939 30 Jan 12 nicklas 422                 usedFactorValues.put(item, new HashSet<Object>());
5939 30 Jan 12 nicklas 423                 factorValuesCount.put(item, 0);
5939 30 Jan 12 nicklas 424                 %>
5939 30 Jan 12 nicklas 425                 <tbl:row>
5939 30 Jan 12 nicklas 426                   <tbl:cell column="name"><base:icon 
5946 03 Feb 12 nicklas 427                       image="deleted.png" 
5939 30 Jan 12 nicklas 428                       tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
5939 30 Jan 12 nicklas 429                       visible="<%=item.isRemoved()%>"
5939 30 Jan 12 nicklas 430                     /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
5939 30 Jan 12 nicklas 431                   <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
5939 30 Jan 12 nicklas 432                   <tbl:cell column="type">
5939 30 Jan 12 nicklas 433                     <%=valueType%>
5939 30 Jan 12 nicklas 434                     <%=item.isEnumeration() ? "(enumeration)" : ""%>
5939 30 Jan 12 nicklas 435                   </tbl:cell>
5939 30 Jan 12 nicklas 436                   <tbl:cell column="values">
5939 30 Jan 12 nicklas 437                     <%
5939 30 Jan 12 nicklas 438                     if (!item.isEnumeration() && (valueType == Type.TEXT || valueType == Type.STRING))
3875 24 Oct 07 nicklas 439                     {
5939 30 Jan 12 nicklas 440                       %>
5939 30 Jan 12 nicklas 441                       N/A
5939 30 Jan 12 nicklas 442                       <%
3875 24 Oct 07 nicklas 443                     }
5939 30 Jan 12 nicklas 444                     else
3875 24 Oct 07 nicklas 445                     {
5939 30 Jan 12 nicklas 446                       %>
5939 30 Jan 12 nicklas 447                       <div id="usedvalues.<%=item.getId()%>">Loading...</div>
5939 30 Jan 12 nicklas 448                       <%
3875 24 Oct 07 nicklas 449                     }
3875 24 Oct 07 nicklas 450                     %>
5939 30 Jan 12 nicklas 451                   </tbl:cell>
5939 30 Jan 12 nicklas 452                   <tbl:cell column="status" id="<%="status." + item.getId()%>">
5939 30 Jan 12 nicklas 453                   </tbl:cell>
5939 30 Jan 12 nicklas 454                 </tbl:row>
3498 15 Jun 07 nicklas 455                 <%
2164 18 Apr 06 nicklas 456               }
2305 22 May 06 jari 457               %>
5939 30 Jan 12 nicklas 458               </tbl:rows>
5939 30 Jan 12 nicklas 459             </tbl:data>
5939 30 Jan 12 nicklas 460           </tbl:table>
6143 20 Sep 12 nicklas 461           <div id="warning.missing" style="display: none; text-align: right;">
5946 03 Feb 12 nicklas 462             <base:icon image="warning.png" /> = Some raw bioassays are missing this factor value
5939 30 Jan 12 nicklas 463           </div>
2305 22 May 06 jari 464         <%
5939 30 Jan 12 nicklas 465         }
5939 30 Jan 12 nicklas 466         %>
5939 30 Jan 12 nicklas 467       </base:section>
5939 30 Jan 12 nicklas 468       <%
6909 18 May 15 nicklas 469       ItemQuery<RootRawBioAssay> rbaQuery = experiment.getRootRawBioAssays();
5939 30 Jan 12 nicklas 470       rbaQuery.include(Include.ALL);
6909 18 May 15 nicklas 471       rbaQuery.order(Orders.asc(Hql.property("rawBioAssay.name")));
6909 18 May 15 nicklas 472       ItemResultList<RootRawBioAssay> rawBioAssays = rbaQuery.list(dc);
5504 18 Nov 10 nicklas 473       %>
5939 30 Jan 12 nicklas 474       <base:section 
5939 30 Jan 12 nicklas 475         id="rawbioassays" 
6916 22 May 15 nicklas 476         title="<%="Root raw bioassays (" + rawBioAssays.size() +")"%>"
5939 30 Jan 12 nicklas 477         context="<%=cc%>">
5939 30 Jan 12 nicklas 478         <%
5939 30 Jan 12 nicklas 479         if (rawBioAssays.size() == 0)
5939 30 Jan 12 nicklas 480         {
5939 30 Jan 12 nicklas 481           %>
6037 29 Mar 12 nicklas 482           <div class="messagecontainer note">
5939 30 Jan 12 nicklas 483           No raw bioassays has been added to this experiment 
5939 30 Jan 12 nicklas 484           (or, you don't have permission to view them).
6037 29 Mar 12 nicklas 485           </div>
5939 30 Jan 12 nicklas 486           <%
5939 30 Jan 12 nicklas 487         }
5939 30 Jan 12 nicklas 488         else
5939 30 Jan 12 nicklas 489         {
5939 30 Jan 12 nicklas 490           %>
5939 30 Jan 12 nicklas 491           <tbl:table
6143 20 Sep 12 nicklas 492             id="tbl.rawbioassays"
5939 30 Jan 12 nicklas 493             columns="all"
5939 30 Jan 12 nicklas 494             >
3547 03 Jul 07 martin 495           <tbl:columndef 
3547 03 Jul 07 martin 496             id="name"
3547 03 Jul 07 martin 497             title="Name"
3547 03 Jul 07 martin 498           />
3547 03 Jul 07 martin 499           <tbl:columndef 
5939 30 Jan 12 nicklas 500             id="description"
5939 30 Jan 12 nicklas 501             title="Description"
3547 03 Jul 07 martin 502           />
5939 30 Jan 12 nicklas 503           <%
5939 30 Jan 12 nicklas 504           for (AnnotationType at : experimentalFactors)
5939 30 Jan 12 nicklas 505           {
7604 25 Feb 19 nicklas 506             Formatter<?> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, at.getValueType());
5939 30 Jan 12 nicklas 507             %>
5939 30 Jan 12 nicklas 508             <tbl:columndef
5939 30 Jan 12 nicklas 509               id="<%="at"+at.getId()%>"
5939 30 Jan 12 nicklas 510               title="<%=HTML.encodeTags(at.getName())%>"
5939 30 Jan 12 nicklas 511               formatter="<%=formatter%>"
5939 30 Jan 12 nicklas 512             />
5939 30 Jan 12 nicklas 513             <%
5939 30 Jan 12 nicklas 514           }
5939 30 Jan 12 nicklas 515           %>
3547 03 Jul 07 martin 516           <tbl:data>
5939 30 Jan 12 nicklas 517             <tbl:headers>
5939 30 Jan 12 nicklas 518               <tbl:headerrow>
5939 30 Jan 12 nicklas 519                 <tbl:columnheaders />
5939 30 Jan 12 nicklas 520               </tbl:headerrow>
5939 30 Jan 12 nicklas 521             </tbl:headers>
3547 03 Jul 07 martin 522             <tbl:rows>
3547 03 Jul 07 martin 523             <%
5939 30 Jan 12 nicklas 524             SnapshotManager manager = new SnapshotManager();
5939 30 Jan 12 nicklas 525             AnnotationTypeFilter annotationTypeFilter = new AnnotationTypeFilter();
6909 18 May 15 nicklas 526             for (RootRawBioAssay item : rawBioAssays)
3547 03 Jul 07 martin 527             {
7030 25 Nov 15 nicklas 528               RawBioAssay rba = null;
7030 25 Nov 15 nicklas 529               try
7030 25 Nov 15 nicklas 530               {
7030 25 Nov 15 nicklas 531                 rba = item.getRawBioAssay();
7030 25 Nov 15 nicklas 532               }
7030 25 Nov 15 nicklas 533               catch (PermissionDeniedException ex)
7030 25 Nov 15 nicklas 534               {}
5939 30 Jan 12 nicklas 535               AnnotationSet as = item.isAnnotated() ? item.getAnnotationSet() : null;
5939 30 Jan 12 nicklas 536               AnnotationSetSnapshot snapshot = as == null ? null : manager.getSnapshot(dc, as.getId());
5939 30 Jan 12 nicklas 537               %>
3547 03 Jul 07 martin 538               <tbl:row>
3888 29 Oct 07 nicklas 539                 <tbl:cell column="name"><base:icon 
5946 03 Feb 12 nicklas 540                     image="deleted.png" 
5939 30 Jan 12 nicklas 541                     tooltip="This item has been scheduled for deletion" 
7030 25 Nov 15 nicklas 542                     visible="<%=rba != null && rba.isRemoved()%>"
6916 22 May 15 nicklas 543                   /><%=Base.getLinkedName(ID, item, false, true)%></tbl:cell>
6916 22 May 15 nicklas 544                 <tbl:cell column="description"><%=HTML.encodeTags(item.getDescription())%></tbl:cell>
5939 30 Jan 12 nicklas 545                 <%
5939 30 Jan 12 nicklas 546                 for (AnnotationType at : experimentalFactors)
5939 30 Jan 12 nicklas 547                 {
5939 30 Jan 12 nicklas 548                   Unit unit = at.getDefaultUnit();
5939 30 Jan 12 nicklas 549                   String unitSymbol = unit == null ? "" : "&nbsp;" + unit.getDisplaySymbol();
5939 30 Jan 12 nicklas 550                   
5939 30 Jan 12 nicklas 551                   annotationTypeFilter.setAnnotationType(at);
5939 30 Jan 12 nicklas 552                   List<AnnotationSnapshot> all = snapshot == null ? 
5939 30 Jan 12 nicklas 553                       null : manager.findAnnotations(dc, snapshot, annotationTypeFilter, true);
5939 30 Jan 12 nicklas 554                   %>
6315 06 Sep 13 nicklas 555                   <tbl:cell column="<%="at"+at.getId()%>">
5939 30 Jan 12 nicklas 556                     <%
6942 31 Aug 15 nicklas 557                     if (all != null && all.size() > 0)
5939 30 Jan 12 nicklas 558                     {
6942 31 Aug 15 nicklas 559                       for (AnnotationSnapshot a : all)
5939 30 Jan 12 nicklas 560                       {
7210 19 Oct 16 nicklas 561                         boolean annotatePermission = a.hasPermission(dc, Permission.WRITE);
6942 31 Aug 15 nicklas 562                         factorValuesCount.put(at, factorValuesCount.get(at)+1);
7604 25 Feb 19 nicklas 563                         List<?> values = a.getActualValues();
6962 01 Oct 15 nicklas 564                         boolean isUpToDate = a.isUpToDate();
6942 31 Aug 15 nicklas 565                         usedFactorValues.get(at).addAll(values);
6942 31 Aug 15 nicklas 566                         %>
6942 31 Aug 15 nicklas 567                         <tbl:cellvalue list="<%=values%>" suffix="<%=unitSymbol%>"/>
6942 31 Aug 15 nicklas 568                         <base:icon 
6942 31 Aug 15 nicklas 569                           subclass="link auto-init"
6942 31 Aug 15 nicklas 570                           data-auto-init="edit-experimental-factor"
6942 31 Aug 15 nicklas 571                           data-item-type="<%=a.getThisItemType().name()%>"
6942 31 Aug 15 nicklas 572                           data-item-id="<%=a.getThisItemId() %>"
6942 31 Aug 15 nicklas 573                           data-annotation-type="<%=at.getId() %>"
6942 31 Aug 15 nicklas 574                           data-annotation="<%=a.getThisAnnotationId()%>"
7210 19 Oct 16 nicklas 575                           visible="<%=annotatePermission%>"
6962 01 Oct 15 nicklas 576                           image="<%=isUpToDate ? "edit.png" : "edit-outofsync.png"%>" 
6942 31 Aug 15 nicklas 577                           tooltip="Modify the values of this experimental factor"
6942 31 Aug 15 nicklas 578                         />
5939 30 Jan 12 nicklas 579                         <%
5939 30 Jan 12 nicklas 580                       }
5939 30 Jan 12 nicklas 581                     }
5939 30 Jan 12 nicklas 582                     %>
5939 30 Jan 12 nicklas 583                   </tbl:cell>
5939 30 Jan 12 nicklas 584                   <%
5939 30 Jan 12 nicklas 585                 }
5939 30 Jan 12 nicklas 586                 %>
3547 03 Jul 07 martin 587               </tbl:row>
3547 03 Jul 07 martin 588               <%
3547 03 Jul 07 martin 589             }
3547 03 Jul 07 martin 590             %>
3547 03 Jul 07 martin 591             </tbl:rows>
3547 03 Jul 07 martin 592           </tbl:data>
3547 03 Jul 07 martin 593         </tbl:table>
3547 03 Jul 07 martin 594         <%
2305 22 May 06 jari 595       }
2305 22 May 06 jari 596       %>
5939 30 Jan 12 nicklas 597       </base:section>
5939 30 Jan 12 nicklas 598       <jsp:include page="../../common/anytoany/list_anytoany.jsp">
5939 30 Jan 12 nicklas 599         <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
5939 30 Jan 12 nicklas 600         <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
5939 30 Jan 12 nicklas 601         <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
5939 30 Jan 12 nicklas 602         <jsp:param name="title" value="Other items related to this experiment" />
5939 30 Jan 12 nicklas 603       </jsp:include>
5939 30 Jan 12 nicklas 604       <jsp:include page="../../common/share/list_share.jsp">
5939 30 Jan 12 nicklas 605         <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
5939 30 Jan 12 nicklas 606         <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
5939 30 Jan 12 nicklas 607         <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
5939 30 Jan 12 nicklas 608         <jsp:param name="title" value="Shared to" />
5939 30 Jan 12 nicklas 609       </jsp:include>
3498 15 Jun 07 nicklas 610     
6315 06 Sep 13 nicklas 611         <%
6315 06 Sep 13 nicklas 612         JSONArray jsonFactorValues = new JSONArray();
6315 06 Sep 13 nicklas 613         for (Map.Entry<AnnotationType, Set<Object>> entry : usedFactorValues.entrySet())
3498 15 Jun 07 nicklas 614         {
6315 06 Sep 13 nicklas 615           AnnotationType at = entry.getKey();
6315 06 Sep 13 nicklas 616           
6315 06 Sep 13 nicklas 617           JSONObject jsonAt = new JSONObject();
6315 06 Sep 13 nicklas 618           jsonAt.put("id", at.getId());
6730 13 Feb 15 nicklas 619           jsonAt.put("disableInheritance", at.getDisableInheritance() ? 1 : 0);
7210 19 Oct 16 nicklas 620           jsonAt.put("usePermission", at.hasPermission(Permission.USE) ? 1 : 0);
6315 06 Sep 13 nicklas 621           jsonAt.put("numRawBioAssaysWithFactor", factorValuesCount.get(at));
6315 06 Sep 13 nicklas 622
6315 06 Sep 13 nicklas 623           Type valueType = at.getValueType();
6315 06 Sep 13 nicklas 624           if (at.isEnumeration() || (valueType != Type.TEXT && valueType != Type.STRING))
6315 06 Sep 13 nicklas 625           {
6315 06 Sep 13 nicklas 626             Set<Object> values = entry.getValue();
7605 26 Feb 19 nicklas 627             Formatter<Object> formatter = FormatterFactory.getTypeFormatter(sc, valueType);
6315 06 Sep 13 nicklas 628             Unit unit = at.getDefaultUnit();
6315 06 Sep 13 nicklas 629             if (unit != null) formatter = unit.getFormatter(formatter);
6315 06 Sep 13 nicklas 630             String formattedValues = HTML.encodeTags(Values.getString(values, ", ", true, formatter));
6315 06 Sep 13 nicklas 631             jsonAt.put("usedValues", formattedValues);
6315 06 Sep 13 nicklas 632           }
6315 06 Sep 13 nicklas 633           
6315 06 Sep 13 nicklas 634           jsonFactorValues.add(jsonAt);
3498 15 Jun 07 nicklas 635         }
5117 05 Oct 09 nicklas 636         %>
6387 18 Dec 13 nicklas 637         <div id="factor-values" class="datacontainer"
6315 06 Sep 13 nicklas 638           data-num-raw-bioassays="<%=rawBioAssays.size() %>"
6315 06 Sep 13 nicklas 639           data-factor-values="<%=HTML.encodeTags(jsonFactorValues.toJSONString()) %>"
6315 06 Sep 13 nicklas 640         ></div>
6315 06 Sep 13 nicklas 641
2097 21 Mar 06 nicklas 642       </t:tab>
5966 16 Feb 12 nicklas 643       <t:tab id="annotations" title="Annotations" 
6315 06 Sep 13 nicklas 644         tooltip="View annotation values" clazz="white">
6255 22 Mar 13 nicklas 645         <jsp:include page="../../common/annotations/list_frameset.jsp">
5966 16 Feb 12 nicklas 646           <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
5966 16 Feb 12 nicklas 647           <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
5966 16 Feb 12 nicklas 648           <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
5966 16 Feb 12 nicklas 649         </jsp:include>
5966 16 Feb 12 nicklas 650       </t:tab>
2097 21 Mar 06 nicklas 651       
2097 21 Mar 06 nicklas 652       <t:tab id="bioassaysets" title="Bioassay sets" />
5897 02 Dec 11 nicklas 653       <t:tab id="clonedreporters" 
5897 02 Dec 11 nicklas 654         title="Cloned reporters" 
5897 02 Dec 11 nicklas 655         visible="<%=virtualDb.hasClonedReporters() %>"
5897 02 Dec 11 nicklas 656         tooltip="Show information about cloned reporters"
5897 02 Dec 11 nicklas 657       />
3033 15 Dec 06 nicklas 658       <t:tab id="overview" title="Overview" 
6315 06 Sep 13 nicklas 659         tooltip="Display a tree overview of related items">
6242 25 Feb 13 nicklas 660         <jsp:include page="../../common/overview/overview.jsp">
6242 25 Feb 13 nicklas 661           <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
6242 25 Feb 13 nicklas 662           <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
6242 25 Feb 13 nicklas 663           <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
6242 25 Feb 13 nicklas 664         </jsp:include>
4767 17 Feb 09 nicklas 665       </t:tab>      
7166 07 Jun 16 nicklas 666       <t:tab id="history" title="History"
7166 07 Jun 16 nicklas 667         tooltip="Displays a log with the history of this item"
6315 06 Sep 13 nicklas 668         visible="<%=ChangeHistoryUtil.showChangeHistoryTab(sc)%>">
6244 25 Feb 13 nicklas 669         <jsp:include page="../../common/history/frameset.jsp">
6244 25 Feb 13 nicklas 670           <jsp:param name="item_type" value="<%=itemType.name()%>" />
6244 25 Feb 13 nicklas 671           <jsp:param name="item_id" value="<%=itemId%>" />
6244 25 Feb 13 nicklas 672           <jsp:param name="ID" value="<%=ID%>" />
6244 25 Feb 13 nicklas 673         </jsp:include>
5069 20 Aug 09 nicklas 674       </t:tab>
2305 22 May 06 jari 675       </t:tabcontrol>
2305 22 May 06 jari 676
2305 22 May 06 jari 677   </base:body>
2305 22 May 06 jari 678   </base:page>
2305 22 May 06 jari 679   <%
2305 22 May 06 jari 680 }
2305 22 May 06 jari 681 finally
2305 22 May 06 jari 682 {
2305 22 May 06 jari 683   if (dc != null) dc.close();
2305 22 May 06 jari 684 }
2305 22 May 06 jari 685
2305 22 May 06 jari 686 %>

Generated on Sat Oct  7 02:47:49 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)