www/views/formulas/formulas.js

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
7604 25 Feb 19 nicklas 1 /* $Id $
7604 25 Feb 19 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
7604 25 Feb 19 nicklas 3   Copyright (C) 2013 Nicklas Nordborg
7604 25 Feb 19 nicklas 4
7604 25 Feb 19 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
7604 25 Feb 19 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
7604 25 Feb 19 nicklas 7
7604 25 Feb 19 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
7604 25 Feb 19 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
7604 25 Feb 19 nicklas 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
7604 25 Feb 19 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
7604 25 Feb 19 nicklas 12
7604 25 Feb 19 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
7604 25 Feb 19 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
7604 25 Feb 19 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
7604 25 Feb 19 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
7604 25 Feb 19 nicklas 17
7604 25 Feb 19 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
7604 25 Feb 19 nicklas 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
7604 25 Feb 19 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
7604 25 Feb 19 nicklas 21
7604 25 Feb 19 nicklas 22   @author Nicklas
7604 25 Feb 19 nicklas 23 */
7604 25 Feb 19 nicklas 24 'use strict';
7604 25 Feb 19 nicklas 25
7604 25 Feb 19 nicklas 26 var Formulas = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 27 {
7604 25 Feb 19 nicklas 28   var formulas = {};
7604 25 Feb 19 nicklas 29   
7604 25 Feb 19 nicklas 30   /**
7604 25 Feb 19 nicklas 31     Initialize the page.
7604 25 Feb 19 nicklas 32   */
7604 25 Feb 19 nicklas 33   formulas.initPage = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 34   {
7604 25 Feb 19 nicklas 35     var pageId = Doc.getPageId();
7604 25 Feb 19 nicklas 36     if (pageId == 'edit-page')
7604 25 Feb 19 nicklas 37     {
7604 25 Feb 19 nicklas 38       // Save + Close buttons
7604 25 Feb 19 nicklas 39       Buttons.addClickHandler('btnSave', formulas.save);
7604 25 Feb 19 nicklas 40       Buttons.addClickHandler('close', App.closeWindow);
7604 25 Feb 19 nicklas 41
7604 25 Feb 19 nicklas 42       // Tab validation
7604 25 Feb 19 nicklas 43       TabControl.addTabValidator('settings.info', formulas.validateFormula);
7604 25 Feb 19 nicklas 44       
7604 25 Feb 19 nicklas 45       // Channels
7604 25 Feb 19 nicklas 46       Events.addEventHandler('channels', 'keypress', Events.integerOnly);
7604 25 Feb 19 nicklas 47
7604 25 Feb 19 nicklas 48       // Color values
7604 25 Feb 19 nicklas 49       Events.addEventHandler('useColors', 'click', formulas.useColorsOnClick);
7604 25 Feb 19 nicklas 50       Events.addEventHandler('min_value', 'keypress', Events.numberOnly);
7604 25 Feb 19 nicklas 51       Events.addEventHandler('mid_value', 'keypress', Events.numberOnly);
7604 25 Feb 19 nicklas 52       Events.addEventHandler('max_value', 'keypress', Events.numberOnly);
7604 25 Feb 19 nicklas 53       
7604 25 Feb 19 nicklas 54       // Raw data type
7604 25 Feb 19 nicklas 55       Events.addEventHandler('rawdatatype', 'change', formulas.rawDataTypeOnChange);
7604 25 Feb 19 nicklas 56       
7604 25 Feb 19 nicklas 57       // Formula type
7604 25 Feb 19 nicklas 58       Events.addEventHandler('formulaType', 'change', formulas.formulaTypeOnChange);
7604 25 Feb 19 nicklas 59       formulas.formulaTypeOnChange();
7604 25 Feb 19 nicklas 60       
7604 25 Feb 19 nicklas 61       // Expressions
7604 25 Feb 19 nicklas 62       Events.addEventHandler('expressions', 'change', formulas.expressionsOnClick);
7604 25 Feb 19 nicklas 63       Events.addEventHandler('expression', 'keyup', formulas.expressionOnBlur);
7604 25 Feb 19 nicklas 64       Events.addEventHandler('expression', 'change', formulas.expressionOnChange);
7604 25 Feb 19 nicklas 65       Buttons.addClickHandler('btnRemoveExpression', formulas.removeOnClick);
7604 25 Feb 19 nicklas 66       Buttons.addClickHandler('btnAddExpression', formulas.addOnClick);
7604 25 Feb 19 nicklas 67       Buttons.addClickHandler('btnExpressionBuilder', formulas.openExpressionBuilder);
7604 25 Feb 19 nicklas 68       
7604 25 Feb 19 nicklas 69     }
7604 25 Feb 19 nicklas 70     else if (pageId == 'view-page')
7604 25 Feb 19 nicklas 71     {
7604 25 Feb 19 nicklas 72       var itemId = Data.get('page-data', 'item-id');
7604 25 Feb 19 nicklas 73       var attributes = {'item-type': 'FORMULA', 'item-id': itemId};
7604 25 Feb 19 nicklas 74       Buttons.addClickHandler('btnEdit', Buttons.editItem, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 75       Buttons.addClickHandler('btnDelete', Buttons.deleteItem, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 76       Buttons.addClickHandler('btnRestore', Buttons.restoreItem, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 77       Buttons.addClickHandler('btnUsingItems', Buttons.showUsingItems, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 78       Buttons.addClickHandler('btnDeletePermanently', Buttons.deleteItemPermanently, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 79       Buttons.addClickHandler('btnShare', Buttons.shareItem, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 80       Buttons.addClickHandler('btnSetOwner', Buttons.setOwner, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 81       Buttons.addClickHandler('btnExport', Buttons.runPlugin, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 82       Buttons.addClickHandler('btnImport', Buttons.runPlugin, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 83       Buttons.addClickHandler('btnRunPlugin', Buttons.runPlugin, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 84       
7604 25 Feb 19 nicklas 85       TabControl.addTabActivateListener('main.history', History.loadOnce);
7604 25 Feb 19 nicklas 86     }
7604 25 Feb 19 nicklas 87     else if (pageId == 'list-page')
7604 25 Feb 19 nicklas 88     {
7604 25 Feb 19 nicklas 89       var attributes = {'item-type': 'FORMULA'};
7604 25 Feb 19 nicklas 90       var tableAttributes = {'table-id': 'formulas'};
7604 25 Feb 19 nicklas 91       Buttons.addClickHandler('btnNewItem', Buttons.newItem, attributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 92       Buttons.addClickHandler('btnDeleteItems', Buttons.deleteItems, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 93       Buttons.addClickHandler('btnRestoreItems', Buttons.restoreItems, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 94       Buttons.addClickHandler('btnShareItems', Buttons.shareItems, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 95       Buttons.addClickHandler('btnSetOwner', Buttons.setOwnerOfItems, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 96       Buttons.addClickHandler('btnColumns', Buttons.configureColumns, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 97       Buttons.addClickHandler('btnExport', Buttons.runListPlugin, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 98       Buttons.addClickHandler('btnImport', Buttons.runListPlugin, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 99       Buttons.addClickHandler('btnRunPlugin', Buttons.runListPlugin, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 100
7604 25 Feb 19 nicklas 101       Buttons.addClickHandler('close', App.closeWindow);
7604 25 Feb 19 nicklas 102       Buttons.addClickHandler('btnOk', Buttons.returnSelected, tableAttributes);
7604 25 Feb 19 nicklas 103     }
7604 25 Feb 19 nicklas 104   }
7604 25 Feb 19 nicklas 105   
7604 25 Feb 19 nicklas 106   formulas.validateFormula = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 107   {
7604 25 Feb 19 nicklas 108     var frm = document.forms['formula'];
7604 25 Feb 19 nicklas 109     if (Strings.trim(frm.name.value) == '')
7604 25 Feb 19 nicklas 110     {
7604 25 Feb 19 nicklas 111       Forms.showNotification(frm.name, 'You must enter a name');
7604 25 Feb 19 nicklas 112       return false;
7604 25 Feb 19 nicklas 113     }
7604 25 Feb 19 nicklas 114     
7604 25 Feb 19 nicklas 115     var type = frm.type.value;
7604 25 Feb 19 nicklas 116     var numFormulas = frm.expressions.length;
7604 25 Feb 19 nicklas 117     var numChannels = frm.channels.value;
7604 25 Feb 19 nicklas 118     if (type == 'INTENSITY_EXPRESSION' || type == 'INTENSITY_TRANSFORMATION')
7604 25 Feb 19 nicklas 119     {
7604 25 Feb 19 nicklas 120       // One formula per channel required
7604 25 Feb 19 nicklas 121       if (numFormulas != numChannels)
7604 25 Feb 19 nicklas 122       {
7604 25 Feb 19 nicklas 123         Forms.showNotification(frm.expressions, 'You must enter one formula per channel for type = ' + frm.type[frm.type.selectedIndex].text, null, 'pointer-left');
7604 25 Feb 19 nicklas 124         return false;
7604 25 Feb 19 nicklas 125       }
7604 25 Feb 19 nicklas 126     }
7604 25 Feb 19 nicklas 127     else
7604 25 Feb 19 nicklas 128     {
7604 25 Feb 19 nicklas 129       // Only one formula can be specified
7604 25 Feb 19 nicklas 130       if (numFormulas != 1)
7604 25 Feb 19 nicklas 131       {
7604 25 Feb 19 nicklas 132         Forms.showNotification(frm.expressions, 'You must enter exactly one formula for type = ' + frm.type[frm.type.selectedIndex].text, null, 'pointer-left');
7604 25 Feb 19 nicklas 133         return false;
7604 25 Feb 19 nicklas 134       }
7604 25 Feb 19 nicklas 135     }
7604 25 Feb 19 nicklas 136     
7604 25 Feb 19 nicklas 137     if (frm.use_colors.checked && !frm.use_colors.disabled)
7604 25 Feb 19 nicklas 138     {
7604 25 Feb 19 nicklas 139       var minValue = parseFloat(frm.min_value.value);
7604 25 Feb 19 nicklas 140       var midValue = parseFloat(frm.mid_value.value);
7604 25 Feb 19 nicklas 141       var maxValue = parseFloat(frm.max_value.value);
7604 25 Feb 19 nicklas 142       if (isNaN(minValue))
7604 25 Feb 19 nicklas 143       {
7604 25 Feb 19 nicklas 144         Forms.showNotification(frm.min_value, 'No min value has been specified');
7604 25 Feb 19 nicklas 145         return false;
7604 25 Feb 19 nicklas 146       }
7604 25 Feb 19 nicklas 147       if (isNaN(midValue))
7604 25 Feb 19 nicklas 148       {
7604 25 Feb 19 nicklas 149         Forms.showNotification(frm.mid_value, 'No mid value has been specified');
7604 25 Feb 19 nicklas 150         return false;
7604 25 Feb 19 nicklas 151       }
7604 25 Feb 19 nicklas 152       if (isNaN(maxValue))
7604 25 Feb 19 nicklas 153       {
7604 25 Feb 19 nicklas 154         Forms.showNotification(frm.max_value, 'No max value has been specified');
7604 25 Feb 19 nicklas 155         return false;
7604 25 Feb 19 nicklas 156       }
7604 25 Feb 19 nicklas 157       if (minValue > midValue)
7604 25 Feb 19 nicklas 158       {
7604 25 Feb 19 nicklas 159         Forms.showNotification(frm.mid_value, 'The mid value must be greater than the min value');
7604 25 Feb 19 nicklas 160         return false;
7604 25 Feb 19 nicklas 161       }
7604 25 Feb 19 nicklas 162       if (midValue > maxValue)
7604 25 Feb 19 nicklas 163       {
7604 25 Feb 19 nicklas 164         Forms.showNotification(frm.max_value, 'The max value must be greater than the mid value');
7604 25 Feb 19 nicklas 165         return false;
7604 25 Feb 19 nicklas 166       }
7604 25 Feb 19 nicklas 167     }
7604 25 Feb 19 nicklas 168     return true;
7604 25 Feb 19 nicklas 169   }
7604 25 Feb 19 nicklas 170
7604 25 Feb 19 nicklas 171   formulas.save = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 172   {
7604 25 Feb 19 nicklas 173     var frm = document.forms['formula'];
7604 25 Feb 19 nicklas 174     if (TabControl.validateActiveTab('settings'))
7604 25 Feb 19 nicklas 175     {
7604 25 Feb 19 nicklas 176       for (var i = 0; i < frm.expressions.length; i++)
7604 25 Feb 19 nicklas 177       {
7604 25 Feb 19 nicklas 178         Forms.addHidden(frm, 'formulas', frm.expressions[i].text);
7604 25 Feb 19 nicklas 179       }
7604 25 Feb 19 nicklas 180       frm.channels.disabled = false; // Otherwise the channels info, isn't sent
7604 25 Feb 19 nicklas 181       frm.submit();
7604 25 Feb 19 nicklas 182     }
7604 25 Feb 19 nicklas 183   }
7604 25 Feb 19 nicklas 184   
7604 25 Feb 19 nicklas 185   formulas.useColorsOnClick = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 186   {
7604 25 Feb 19 nicklas 187     var frm = document.forms['formula'];
7604 25 Feb 19 nicklas 188     var useColors = frm.use_colors.checked && !frm.use_colors.disabled;
7604 25 Feb 19 nicklas 189     frm.min_value.disabled = !useColors;
7604 25 Feb 19 nicklas 190     frm.mid_value.disabled = !useColors;
7604 25 Feb 19 nicklas 191     frm.max_value.disabled = !useColors;
7604 25 Feb 19 nicklas 192     frm.logarithmic.disabled = !useColors;
7604 25 Feb 19 nicklas 193     if (useColors)
7604 25 Feb 19 nicklas 194     {
7604 25 Feb 19 nicklas 195       Doc.addClass(frm.min_value, 'required');
7604 25 Feb 19 nicklas 196       Doc.addClass(frm.mid_value, 'required');
7604 25 Feb 19 nicklas 197       Doc.addClass(frm.max_value, 'required');
7604 25 Feb 19 nicklas 198     }
7604 25 Feb 19 nicklas 199     else
7604 25 Feb 19 nicklas 200     {
7604 25 Feb 19 nicklas 201       Doc.removeClass(frm.min_value, 'required');
7604 25 Feb 19 nicklas 202       Doc.removeClass(frm.mid_value, 'required');
7604 25 Feb 19 nicklas 203       Doc.removeClass(frm.max_value, 'required');
7604 25 Feb 19 nicklas 204     }
7604 25 Feb 19 nicklas 205   }
7604 25 Feb 19 nicklas 206
7604 25 Feb 19 nicklas 207   formulas.rawDataTypeOnChange = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 208   {
7604 25 Feb 19 nicklas 209     var frm = document.forms['formula'];
7604 25 Feb 19 nicklas 210     var rawDataType = frm.rawdatatype[frm.rawdatatype.selectedIndex];
7604 25 Feb 19 nicklas 211     if (rawDataType.value != '')
7604 25 Feb 19 nicklas 212     {
7604 25 Feb 19 nicklas 213       frm.channels.value = Data.get(rawDataType, 'channels');
7604 25 Feb 19 nicklas 214       frm.channels.disabled = true;
7604 25 Feb 19 nicklas 215       Doc.addClass(frm.channels, 'disabled');
7604 25 Feb 19 nicklas 216       Doc.removeClass(frm.channels, 'required');
7604 25 Feb 19 nicklas 217     }
7604 25 Feb 19 nicklas 218     else
7604 25 Feb 19 nicklas 219     {
7604 25 Feb 19 nicklas 220       frm.channels.disabled = false;
7604 25 Feb 19 nicklas 221       Doc.removeClass(frm.channels, 'disabled');
7604 25 Feb 19 nicklas 222       Doc.addClass(frm.channels, 'required');
7604 25 Feb 19 nicklas 223     }
7604 25 Feb 19 nicklas 224   }
7604 25 Feb 19 nicklas 225
7604 25 Feb 19 nicklas 226   formulas.formulaTypeOnChange = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 227   {
7604 25 Feb 19 nicklas 228     var frm = document.forms['formula'];
7604 25 Feb 19 nicklas 229     var formulaType = frm.type[frm.type.selectedIndex];
7604 25 Feb 19 nicklas 230     
7604 25 Feb 19 nicklas 231     // Enable/disable colors
7604 25 Feb 19 nicklas 232     frm.use_colors.disabled = !Data.int(formulaType, 'supports-colors');
7604 25 Feb 19 nicklas 233     formulas.useColorsOnClick();
7604 25 Feb 19 nicklas 234     
7604 25 Feb 19 nicklas 235     // Enable/disable average method
7604 25 Feb 19 nicklas 236     var supportsAvg = Data.int(formulaType, 'supports-average');
7604 25 Feb 19 nicklas 237     frm.averageMethod.disabled = !supportsAvg;
7604 25 Feb 19 nicklas 238     if (!supportsAvg) frm.averageMethod.selectedIndex = 0;
7604 25 Feb 19 nicklas 239     
7604 25 Feb 19 nicklas 240     // Value type
7604 25 Feb 19 nicklas 241     var valueType = Data.get(formulaType, 'value-type');
7604 25 Feb 19 nicklas 242     if (valueType)
7604 25 Feb 19 nicklas 243     {
7604 25 Feb 19 nicklas 244       Forms.selectListOption(frm.valueType, valueType);
7604 25 Feb 19 nicklas 245       frm.valueType.disabled = true;
7604 25 Feb 19 nicklas 246     }
7604 25 Feb 19 nicklas 247     else
7604 25 Feb 19 nicklas 248     {
7604 25 Feb 19 nicklas 249       frm.valueType.disabled = false;
7604 25 Feb 19 nicklas 250     }
7604 25 Feb 19 nicklas 251   }
7604 25 Feb 19 nicklas 252
7604 25 Feb 19 nicklas 253   formulas.expressionsOnClick = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 254   {
7604 25 Feb 19 nicklas 255     var frm = document.forms['formula'];
7604 25 Feb 19 nicklas 256     var selectedExpressionIndex = frm.expressions.selectedIndex;
7604 25 Feb 19 nicklas 257     if (selectedExpressionIndex >= 0)
7604 25 Feb 19 nicklas 258     {
7604 25 Feb 19 nicklas 259       frm.expression.value = frm.expressions[selectedExpressionIndex].text;
7604 25 Feb 19 nicklas 260       Data.set(frm.expression, 'linked-index', selectedExpressionIndex);
7604 25 Feb 19 nicklas 261     }
7604 25 Feb 19 nicklas 262   }
7604 25 Feb 19 nicklas 263   
7604 25 Feb 19 nicklas 264   formulas.expressionOnBlur = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 265   {
7604 25 Feb 19 nicklas 266     var frm = document.forms['formula'];
7604 25 Feb 19 nicklas 267     var selectedExpressionIndex = Data.int(frm.expression, 'linked-index', -1);
7604 25 Feb 19 nicklas 268     if (selectedExpressionIndex >= 0)
7604 25 Feb 19 nicklas 269     {
7604 25 Feb 19 nicklas 270       frm.expressions[selectedExpressionIndex].text = frm.expression.value;
7604 25 Feb 19 nicklas 271     }
7604 25 Feb 19 nicklas 272   }
7604 25 Feb 19 nicklas 273   
7604 25 Feb 19 nicklas 274   formulas.removeOnClick = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 275   {
7604 25 Feb 19 nicklas 276     var frm = document.forms['formula'];
7604 25 Feb 19 nicklas 277     for (var i = frm.expressions.length-1; i >= 0; i--)
7604 25 Feb 19 nicklas 278     {
7604 25 Feb 19 nicklas 279       if (frm.expressions[i].selected) frm.expressions[i] = null;
7604 25 Feb 19 nicklas 280     }
7604 25 Feb 19 nicklas 281     frm.expression.value = '';
7604 25 Feb 19 nicklas 282     Data.set(frm.expression, 'linked-index', -1);
7604 25 Feb 19 nicklas 283   }
7604 25 Feb 19 nicklas 284   
7604 25 Feb 19 nicklas 285   formulas.addOnClick = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 286   {
7604 25 Feb 19 nicklas 287     var frm = document.forms['formula'];
7604 25 Feb 19 nicklas 288     if (frm.expression.value != '')
7604 25 Feb 19 nicklas 289     {
7604 25 Feb 19 nicklas 290       frm.expressions[frm.expressions.length] = new Option(frm.expression.value);
7604 25 Feb 19 nicklas 291       frm.expressions.selectedIndex = frm.expressions.length - 1;
7604 25 Feb 19 nicklas 292       Data.set(frm.expression, 'linked-index', frm.expressions.selectedIndex);
7604 25 Feb 19 nicklas 293     }
7604 25 Feb 19 nicklas 294   }
7604 25 Feb 19 nicklas 295
7604 25 Feb 19 nicklas 296   formulas.openExpressionBuilder = function()
7604 25 Feb 19 nicklas 297   {
7604 25 Feb 19 nicklas 298     var frm = document.forms['formula'];
7604 25 Feb 19 nicklas 299     var rdt = frm.rawdatatype.value;
7604 25 Feb 19 nicklas 300     var formulaType = frm.type.value;
7604 25 Feb 19 nicklas 301     var channels = frm.channels.value;
7604 25 Feb 19 nicklas 302     var restrictions = formulaType == 'COLUMN_RESTRICTION';
7604 25 Feb 19 nicklas 303     Dialogs.openExpressionBuilder('expression', 'Expression', formulaType, rdt, channels)
7604 25 Feb 19 nicklas 304   }
7604 25 Feb 19 nicklas 305
7604 25 Feb 19 nicklas 306
7604 25 Feb 19 nicklas 307   formulas.expressionOnChange = function(event)
7604 25 Feb 19 nicklas 308   {
7604 25 Feb 19 nicklas 309     var frm = document.forms['formula'];
7604 25 Feb 19 nicklas 310     if (frm.expressions.length == 0) 
7604 25 Feb 19 nicklas 311     {
7604 25 Feb 19 nicklas 312       formulas.addOnClick();
7604 25 Feb 19 nicklas 313     }
7604 25 Feb 19 nicklas 314     else
7604 25 Feb 19 nicklas 315     {
7604 25 Feb 19 nicklas 316       formulas.expressionOnBlur();
7604 25 Feb 19 nicklas 317     }
7604 25 Feb 19 nicklas 318   }
7604 25 Feb 19 nicklas 319
7604 25 Feb 19 nicklas 320   return formulas;
7604 25 Feb 19 nicklas 321 }();
7604 25 Feb 19 nicklas 322
7604 25 Feb 19 nicklas 323 Doc.onLoad(Formulas.initPage);

Generated on Sat Oct  7 02:47:50 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)