www/views/physicalbioassays/ajax.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
5685 04 Aug 11 nicklas 1 <%-- $Id $
5685 04 Aug 11 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
5685 04 Aug 11 nicklas 3   Copyright (C) 2011 Nicklas Nordborg
5685 04 Aug 11 nicklas 4
5685 04 Aug 11 nicklas 5   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
5685 04 Aug 11 nicklas 6   Available at http://base.thep.lu.se/
5685 04 Aug 11 nicklas 7
5685 04 Aug 11 nicklas 8   BASE is free software; you can redistribute it and/or
5685 04 Aug 11 nicklas 9   modify it under the terms of the GNU General Public License
5685 04 Aug 11 nicklas 10   as published by the Free Software Foundation; either version 3
5685 04 Aug 11 nicklas 11   of the License, or (at your option) any later version.
5685 04 Aug 11 nicklas 12
5685 04 Aug 11 nicklas 13   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
5685 04 Aug 11 nicklas 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
5685 04 Aug 11 nicklas 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
5685 04 Aug 11 nicklas 16   GNU General Public License for more details.
5685 04 Aug 11 nicklas 17
5685 04 Aug 11 nicklas 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
5685 04 Aug 11 nicklas 19   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
5685 04 Aug 11 nicklas 20   ------------------------------------------------------------------
5685 04 Aug 11 nicklas 21
5685 04 Aug 11 nicklas 22   @author Nicklas
5685 04 Aug 11 nicklas 23 --%>
5685 04 Aug 11 nicklas 24 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false" contentType="application/json" 
5685 04 Aug 11 nicklas 25   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
5685 04 Aug 11 nicklas 26   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
5685 04 Aug 11 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
6095 30 Aug 12 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.Extract"
5685 04 Aug 11 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.BioMaterial"
5685 04 Aug 11 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEventSource"
5685 04 Aug 11 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.SpecialQuery"
6095 30 Aug 12 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
6095 30 Aug 12 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.Include"
6095 30 Aug 12 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.Type"
5685 04 Aug 11 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
6095 30 Aug 12 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
6095 30 Aug 12 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
5685 04 Aug 11 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
5685 04 Aug 11 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
5685 04 Aug 11 nicklas 40   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
5685 04 Aug 11 nicklas 41   import="net.sf.basedb.util.Values"
5685 04 Aug 11 nicklas 42   import="net.sf.basedb.util.error.ThrowableUtil"
6799 25 Mar 15 nicklas 43   import="net.sf.basedb.util.listable.TransformContext"
6799 25 Mar 15 nicklas 44   import="net.sf.basedb.util.listable.ExtractToParentExtractTransformer"
6799 25 Mar 15 nicklas 45   import="net.sf.basedb.util.listable.SourceItemTransformer"
5685 04 Aug 11 nicklas 46   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
5685 04 Aug 11 nicklas 47   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
5685 04 Aug 11 nicklas 48   import="org.json.simple.JSONObject"
5685 04 Aug 11 nicklas 49   import="org.json.simple.JSONArray"
5685 04 Aug 11 nicklas 50   import="java.util.Date"
6095 30 Aug 12 nicklas 51   import="java.util.Arrays"
6095 30 Aug 12 nicklas 52   import="java.util.List"
6095 30 Aug 12 nicklas 53   import="java.util.Set"
6095 30 Aug 12 nicklas 54   import="java.util.HashSet"
5685 04 Aug 11 nicklas 55 %>
5685 04 Aug 11 nicklas 56 <%
6124 13 Sep 12 nicklas 57 response.setHeader("Cache-Control", "no-cache, max-age=0");
5685 04 Aug 11 nicklas 58 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
5685 04 Aug 11 nicklas 59 final String ID = sc.getId();
5685 04 Aug 11 nicklas 60 final String cmd = request.getParameter("cmd");
5685 04 Aug 11 nicklas 61 final String root = request.getContextPath()+"/";
5685 04 Aug 11 nicklas 62 final int itemId = Values.getInt(request.getParameter("item_id"));
5685 04 Aug 11 nicklas 63 out.clear();
5685 04 Aug 11 nicklas 64 JSONObject json = new JSONObject();
5685 04 Aug 11 nicklas 65 json.put("status", "ok");
5685 04 Aug 11 nicklas 66 DbControl dc = null;
5685 04 Aug 11 nicklas 67 try
5685 04 Aug 11 nicklas 68 {
5685 04 Aug 11 nicklas 69   if ("GetSources".equals(cmd))
5685 04 Aug 11 nicklas 70   {
7954 12 May 21 nicklas 71     dc = sc.newDbControl(":Get biomaterial sources");
5685 04 Aug 11 nicklas 72     PhysicalBioAssay pba = PhysicalBioAssay.getById(dc, itemId);
5685 04 Aug 11 nicklas 73     json.put("id", pba.getId());
5685 04 Aug 11 nicklas 74     json.put("name", pba.getName());
5685 04 Aug 11 nicklas 75     
5685 04 Aug 11 nicklas 76     SpecialQuery<BioMaterialEventSource> sourceQuery = pba.getCreationEvent().getEventSources();
5685 04 Aug 11 nicklas 77     sourceQuery.order(Orders.asc(Hql.property("position")));
5685 04 Aug 11 nicklas 78     sourceQuery.order(Orders.asc(Hql.property("bioMaterial.name")));
5685 04 Aug 11 nicklas 79     JSONArray jsonSources = new JSONArray();
5685 04 Aug 11 nicklas 80     for (BioMaterialEventSource src : sourceQuery.list(dc))
5685 04 Aug 11 nicklas 81     {
5685 04 Aug 11 nicklas 82       JSONObject jsonSrc = new JSONObject();
5685 04 Aug 11 nicklas 83       try
5685 04 Aug 11 nicklas 84       {
5685 04 Aug 11 nicklas 85         BioMaterial extract = src.getBioMaterial();
5685 04 Aug 11 nicklas 86         jsonSrc.put("id", extract.getId());
5685 04 Aug 11 nicklas 87         jsonSrc.put("name", extract.getName());
5685 04 Aug 11 nicklas 88         jsonSrc.put("position", src.getPosition());
5685 04 Aug 11 nicklas 89         jsonSources.add(jsonSrc);
5685 04 Aug 11 nicklas 90       }
5685 04 Aug 11 nicklas 91       catch (PermissionDeniedException ex)
5685 04 Aug 11 nicklas 92       {}
5685 04 Aug 11 nicklas 93     }
5685 04 Aug 11 nicklas 94     json.put("sources", jsonSources);
5685 04 Aug 11 nicklas 95     
5685 04 Aug 11 nicklas 96     dc.commit();
5685 04 Aug 11 nicklas 97   }
6095 30 Aug 12 nicklas 98   else if ("GetAllExtractIds".equals(cmd))
6095 30 Aug 12 nicklas 99   {
7954 12 May 21 nicklas 100     dc = sc.newDbControl(":Get all extracts");
6095 30 Aug 12 nicklas 101     
6095 30 Aug 12 nicklas 102     Integer[] bioAssayIds = Values.getInt(request.getParameter("bioassay_ids").split(","));
6095 30 Aug 12 nicklas 103
6095 30 Aug 12 nicklas 104     // Load all extracts that are directly linked with the given physical bioassays
6095 30 Aug 12 nicklas 105     ItemQuery<Extract> query = Extract.getQuery();
6095 30 Aug 12 nicklas 106     query.include(Include.ALL);
6095 30 Aug 12 nicklas 107     query.join(Hql.innerJoin("childCreationEvents", "cce"));
6095 30 Aug 12 nicklas 108     query.join(Hql.innerJoin("cce", "event", "evt"));
6095 30 Aug 12 nicklas 109     query.restrict(Restrictions.in(Hql.property("evt", "physicalBioAssay"), Expressions.parameter("bioAssays")));
6095 30 Aug 12 nicklas 110     query.setParameter("bioAssays", Arrays.asList(bioAssayIds), Type.INT);
6799 25 Mar 15 nicklas 111     Set<Integer> primaryExtracts = new HashSet<Integer>(query.idList(dc));
6095 30 Aug 12 nicklas 112     
6799 25 Mar 15 nicklas 113     // Use the ExtractToParentExtractTransformer to load all parent extracts as well
6799 25 Mar 15 nicklas 114     SourceItemTransformer transformer = new ExtractToParentExtractTransformer(true);
6799 25 Mar 15 nicklas 115     Set<Integer> allExtracts = transformer.transform(new TransformContext(dc), primaryExtracts);
6095 30 Aug 12 nicklas 116     
6095 30 Aug 12 nicklas 117     JSONArray jsonExtracts = new JSONArray();
6799 25 Mar 15 nicklas 118     for (Integer e : allExtracts)
6095 30 Aug 12 nicklas 119     {
6799 25 Mar 15 nicklas 120       jsonExtracts.add(e);
6095 30 Aug 12 nicklas 121     }
6095 30 Aug 12 nicklas 122     
6095 30 Aug 12 nicklas 123     json.put("allExtractIds", jsonExtracts);
6095 30 Aug 12 nicklas 124     dc.commit();
6095 30 Aug 12 nicklas 125   }
5685 04 Aug 11 nicklas 126   else
5685 04 Aug 11 nicklas 127   {
5685 04 Aug 11 nicklas 128     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
5685 04 Aug 11 nicklas 129   }
5685 04 Aug 11 nicklas 130 }
5685 04 Aug 11 nicklas 131 catch (Throwable t)
5685 04 Aug 11 nicklas 132 {
5685 04 Aug 11 nicklas 133   t.printStackTrace();
5685 04 Aug 11 nicklas 134   json.clear();
5685 04 Aug 11 nicklas 135   json.put("status", "error");
5685 04 Aug 11 nicklas 136   json.put("message", t.getMessage());
5685 04 Aug 11 nicklas 137   json.put("stacktrace", ThrowableUtil.stackTraceToString(t));
5685 04 Aug 11 nicklas 138 }
5685 04 Aug 11 nicklas 139 finally
5685 04 Aug 11 nicklas 140 {
5685 04 Aug 11 nicklas 141   json.writeJSONString(out);
5685 04 Aug 11 nicklas 142   out.flush();
5685 04 Aug 11 nicklas 143   if (dc != null) dc.close();
5685 04 Aug 11 nicklas 144 }
5685 04 Aug 11 nicklas 145 %>

Generated on Sat Oct  7 02:48:10 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)