www/views/physicalbioassays/index.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1406 06 Oct 05 gregory 1 <%-- $Id$
1406 06 Oct 05 gregory 2   ------------------------------------------------------------------
3675 16 Aug 07 jari 3   Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg, Gregory Vincic
5425 23 Sep 10 nicklas 4   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
1406 06 Oct 05 gregory 5
2304 22 May 06 jari 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 7   Available at http://base.thep.lu.se/
1406 06 Oct 05 gregory 8
1406 06 Oct 05 gregory 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
1406 06 Oct 05 gregory 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
1406 06 Oct 05 gregory 12   of the License, or (at your option) any later version.
1406 06 Oct 05 gregory 13
1406 06 Oct 05 gregory 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
1406 06 Oct 05 gregory 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1406 06 Oct 05 gregory 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
1406 06 Oct 05 gregory 17   GNU General Public License for more details.
1406 06 Oct 05 gregory 18
1406 06 Oct 05 gregory 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4511 11 Sep 08 jari 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
1406 06 Oct 05 gregory 21   ------------------------------------------------------------------
1406 06 Oct 05 gregory 22
1806 23 Jan 06 nicklas 23   @author Nicklas
1406 06 Oct 05 gregory 24   @version 2.0
1406 06 Oct 05 gregory 25 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 26 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
1419 07 Oct 05 gregory 27   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
1419 07 Oct 05 gregory 28   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
1419 07 Oct 05 gregory 29   import="net.sf.basedb.core.Item"
1806 23 Jan 06 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.Include"
5642 26 May 11 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.PhysicalBioAssay"
1806 23 Jan 06 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.ArraySlide"
1806 23 Jan 06 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEvent"
5662 20 Jun 11 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.BioMaterialEventSource"
5641 25 May 11 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.Extract"
6994 03 Nov 15 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.Kit"
1806 23 Jan 06 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.Protocol"
2484 03 Aug 06 martin 38   import="net.sf.basedb.core.Hardware"
5649 30 May 11 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.ItemSubtype"
5685 04 Aug 11 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay"
1806 23 Jan 06 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
1806 23 Jan 06 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
1419 07 Oct 05 gregory 43   import="net.sf.basedb.core.Permission"
1806 23 Jan 06 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
1806 23 Jan 06 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
4587 15 Oct 08 martin 46   import="net.sf.basedb.core.OwnedItem"
6695 28 Jan 15 nicklas 47   import="net.sf.basedb.core.AnnotatedItem"
1419 07 Oct 05 gregory 48   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
1806 23 Jan 06 nicklas 49   import="net.sf.basedb.core.ItemAlreadyExistsException"
4901 23 Apr 09 martin 50   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
4901 23 Apr 09 martin 51   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
4901 23 Apr 09 martin 52   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
4901 23 Apr 09 martin 53   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
1806 23 Jan 06 nicklas 54   import="net.sf.basedb.util.RemovableUtil"
1806 23 Jan 06 nicklas 55   import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
2918 15 Nov 06 nicklas 56   import="net.sf.basedb.util.OwnableUtil"
1419 07 Oct 05 gregory 57   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
1419 07 Oct 05 gregory 58   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
2753 20 Oct 06 nicklas 59   import="net.sf.basedb.util.Values"
1419 07 Oct 05 gregory 60   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
2942 22 Nov 06 nicklas 61   import="net.sf.basedb.util.formatter.Formatter"
4901 23 Apr 09 martin 62   import="net.sf.basedb.util.formatter.NameableFormatter"
2942 22 Nov 06 nicklas 63   import="net.sf.basedb.clients.web.formatter.FormatterFactory"
4901 23 Apr 09 martin 64   import="net.sf.basedb.clients.web.plugins.ItemQueryLoader"
5963 15 Feb 12 nicklas 65   import="net.sf.basedb.clients.web.plugins.BioMaterialEventSourceFormatter"
5963 15 Feb 12 nicklas 66   import="net.sf.basedb.clients.web.plugins.ParentBioMaterialEventSourceLoaderFromBioAssay"
5501 18 Nov 10 nicklas 67   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
5501 18 Nov 10 nicklas 68   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
5501 18 Nov 10 nicklas 69   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
5501 18 Nov 10 nicklas 70   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
5501 18 Nov 10 nicklas 71   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.EditUtil"
7604 25 Feb 19 nicklas 72   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveAction"
5501 18 Nov 10 nicklas 73   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveRenderer"
6040 30 Mar 12 nicklas 74   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnExportRenderer"
7604 25 Feb 19 nicklas 75   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
6040 30 Mar 12 nicklas 76   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
1806 23 Jan 06 nicklas 77   import="java.util.Enumeration"
1806 23 Jan 06 nicklas 78   import="java.util.Set"
1806 23 Jan 06 nicklas 79   import="java.util.HashSet"
1460 13 Oct 05 gregory 80   import="java.util.List"
1806 23 Jan 06 nicklas 81   import="java.util.ArrayList"
1806 23 Jan 06 nicklas 82   import="java.util.Collections"
2942 22 Nov 06 nicklas 83   import="java.util.Date"
1406 06 Oct 05 gregory 84 %>
1406 06 Oct 05 gregory 85 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
1406 06 Oct 05 gregory 86 <%!
5652 10 Jun 11 nicklas 87   private static final ItemContext defaultContext = Base.createDefaultContext("name", "name,itemSubtype,extracts,arraySlide,description");
5642 26 May 11 nicklas 88   private static final Item itemType = Item.PHYSICALBIOASSAY;
4901 23 Apr 09 martin 89   
4901 23 Apr 09 martin 90   private static void registerExportUtils(ItemContext cc)
4901 23 Apr 09 martin 91   {
4901 23 Apr 09 martin 92     // Register formatters
5963 15 Feb 12 nicklas 93     cc.setObject("export.formatter.&creationEvent.sources(bioMaterial.name)", new BioMaterialEventSourceFormatter());
6721 10 Feb 15 nicklas 94     cc.setObject("export.formatter.&rootDerivedBioAssays(%name)", new NameableFormatter());
4901 23 Apr 09 martin 95     
4901 23 Apr 09 martin 96     // Register dataloaders
5642 26 May 11 nicklas 97     String bioassayParameter = "bioassay";
5963 15 Feb 12 nicklas 98     cc.setObject("export.dataloader.&creationEvent.sources(bioMaterial.name)", new ParentBioMaterialEventSourceLoaderFromBioAssay());
5652 10 Jun 11 nicklas 99
5685 04 Aug 11 nicklas 100     ItemQuery<DerivedBioAssay> dbasQuery = DerivedBioAssay.getQuery();
5652 10 Jun 11 nicklas 101     dbasQuery.include(cc.getInclude());
6084 16 Aug 12 nicklas 102     dbasQuery.join(Hql.innerJoin("physicalBioAssays", "pba"));
6084 16 Aug 12 nicklas 103     dbasQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("pba"), Expressions.parameter(bioassayParameter)));
6084 16 Aug 12 nicklas 104     dbasQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("root"), Expressions.bool(true)));
5652 10 Jun 11 nicklas 105     dbasQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name")));
7604 25 Feb 19 nicklas 106     cc.setObject("export.dataloader.&rootDerivedBioAssays(%name)", new ItemQueryLoader<PhysicalBioAssay>(dbasQuery, bioassayParameter));
4901 23 Apr 09 martin 107   }
1406 06 Oct 05 gregory 108 %>
1406 06 Oct 05 gregory 109 <%
1806 23 Jan 06 nicklas 110 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
1806 23 Jan 06 nicklas 111 final String ID = sc.getId();
1806 23 Jan 06 nicklas 112 final String cmd = request.getParameter("cmd");
1806 23 Jan 06 nicklas 113 final String root = request.getContextPath()+"/";
1806 23 Jan 06 nicklas 114 final String mode = request.getParameter("mode");
1806 23 Jan 06 nicklas 115 final String callback = request.getParameter("callback");
1806 23 Jan 06 nicklas 116 final String itemId = request.getParameter("item_id");
5642 26 May 11 nicklas 117 final String listPage = "list_bioassays.jsp?ID="+ID
1806 23 Jan 06 nicklas 118   +(mode == null ? "" : "&mode="+mode)
1806 23 Jan 06 nicklas 119   +(callback == null ? "" : "&callback="+callback)
1806 23 Jan 06 nicklas 120   +(itemId == null ? "" : "&item_id="+itemId);
5642 26 May 11 nicklas 121 final String viewPage = "view_bioassay.jsp?ID="+ID;
5642 26 May 11 nicklas 122 final String editPage = "edit_bioassay.jsp?ID="+ID;
1406 06 Oct 05 gregory 123
1806 23 Jan 06 nicklas 124 String forward = null;
1806 23 Jan 06 nicklas 125 String redirect = null;
1806 23 Jan 06 nicklas 126 String message = null;
1806 23 Jan 06 nicklas 127 DbControl dc = null;
1406 06 Oct 05 gregory 128
1406 06 Oct 05 gregory 129 try
1406 06 Oct 05 gregory 130 {
1806 23 Jan 06 nicklas 131   if (cmd == null || "List".equals(cmd))
1806 23 Jan 06 nicklas 132   {
1806 23 Jan 06 nicklas 133     // Display the list page without updatinging the current context
2811 26 Oct 06 nicklas 134     Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext, true);
1806 23 Jan 06 nicklas 135     redirect = listPage;
1806 23 Jan 06 nicklas 136   }
1806 23 Jan 06 nicklas 137   else if ("UpdateContext".equals(cmd))
1806 23 Jan 06 nicklas 138   {
1806 23 Jan 06 nicklas 139     // Display the list page after updating the current context from the request parameters
1806 23 Jan 06 nicklas 140     Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1806 23 Jan 06 nicklas 141     redirect = listPage;
1806 23 Jan 06 nicklas 142   }
1806 23 Jan 06 nicklas 143   else if ("LoadContext".equals(cmd))
1806 23 Jan 06 nicklas 144   {
1806 23 Jan 06 nicklas 145     // Display the list page after loading a saved context
1806 23 Jan 06 nicklas 146     int contextId = Values.getInt(request.getParameter("context"));
1806 23 Jan 06 nicklas 147     Base.loadContext(sc, contextId, defaultContext);
1806 23 Jan 06 nicklas 148     redirect = listPage;
1806 23 Jan 06 nicklas 149   }
1406 06 Oct 05 gregory 150
1806 23 Jan 06 nicklas 151   else if ("ViewItem".equals(cmd))
1406 06 Oct 05 gregory 152   {
1806 23 Jan 06 nicklas 153     // Display the view page for a single item 
1806 23 Jan 06 nicklas 154     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1806 23 Jan 06 nicklas 155     forward = viewPage;
1406 06 Oct 05 gregory 156   }
1806 23 Jan 06 nicklas 157   else if ("EditItem".equals(cmd))
1806 23 Jan 06 nicklas 158   {
1806 23 Jan 06 nicklas 159     // Display the edit page for a single item (should be opened in a popup)
1806 23 Jan 06 nicklas 160     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1806 23 Jan 06 nicklas 161     redirect = editPage;
1806 23 Jan 06 nicklas 162   }
1806 23 Jan 06 nicklas 163   else if ("NewItem".equals(cmd))
1806 23 Jan 06 nicklas 164   {
1806 23 Jan 06 nicklas 165     // Display the edit page for a new item (should be opened in a popup)
1806 23 Jan 06 nicklas 166     if (!sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType))
1806 23 Jan 06 nicklas 167     {
1806 23 Jan 06 nicklas 168       throw new PermissionDeniedException(Permission.CREATE, itemType.toString());
1806 23 Jan 06 nicklas 169     }
1806 23 Jan 06 nicklas 170     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1806 23 Jan 06 nicklas 171     cc.setId(0);
2465 05 Jul 06 martin 172     forward = editPage;
1806 23 Jan 06 nicklas 173   }
1806 23 Jan 06 nicklas 174   else if ("UpdateItem".equals(cmd))
1806 23 Jan 06 nicklas 175   {
1806 23 Jan 06 nicklas 176     // Update the properties on an item (will close the popup)
1806 23 Jan 06 nicklas 177     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext);
2597 25 Aug 06 nicklas 178     final int maxRecent = Base.getMaxRecent(sc);
7954 12 May 21 nicklas 179     dc = sc.newDbControl(":Edit "+itemType);
7605 26 Feb 19 nicklas 180     PhysicalBioAssay pba = cc.getObject("item");
1806 23 Jan 06 nicklas 181     BioMaterialEvent creationEvent = null;
5642 26 May 11 nicklas 182     if (pba == null)
1806 23 Jan 06 nicklas 183     {
5642 26 May 11 nicklas 184       pba = PhysicalBioAssay.getNew(dc);
5642 26 May 11 nicklas 185       creationEvent = pba.getCreationEvent();
5642 26 May 11 nicklas 186       message = "Physical bioassay created";
5642 26 May 11 nicklas 187       dc.saveItem(pba);
1806 23 Jan 06 nicklas 188     }
1806 23 Jan 06 nicklas 189     else
1806 23 Jan 06 nicklas 190     {
5642 26 May 11 nicklas 191       creationEvent = pba.getCreationEvent();
5642 26 May 11 nicklas 192       dc.reattachItem(pba, false);
5060 19 Aug 09 nicklas 193       dc.reattachItem(creationEvent, false);
5642 26 May 11 nicklas 194       message = "Physical bioassay updated";
1806 23 Jan 06 nicklas 195     }
5642 26 May 11 nicklas 196     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.item(Item.PHYSICALBIOASSAY), pba);
7604 25 Feb 19 nicklas 197     ExtensionsInvoker<OnSaveAction> invoker = EditUtil.useOnSaveExtensions(jspContext);
5501 18 Nov 10 nicklas 198     try
1806 23 Jan 06 nicklas 199     {
5642 26 May 11 nicklas 200       pba.setName(Values.getStringOrNull(request.getParameter("name")));
5642 26 May 11 nicklas 201       pba.setDescription(Values.getStringOrNull(request.getParameter("description")));
5642 26 May 11 nicklas 202       pba.setSize(Values.getInt(request.getParameter("size"), 1));
5687 09 Aug 11 nicklas 203
5687 09 Aug 11 nicklas 204       int subtypeId = Values.getInt(request.getParameter("subtype_id"), -1);
5687 09 Aug 11 nicklas 205       ItemSubtype subtype = null;
5687 09 Aug 11 nicklas 206       if (subtypeId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
5687 09 Aug 11 nicklas 207       {
5687 09 Aug 11 nicklas 208         if (subtypeId > 0) subtype = ItemSubtype.getById(dc, subtypeId);
5687 09 Aug 11 nicklas 209         pba.setItemSubtype(subtype);
7703 11 Apr 19 nicklas 210         cc.setRecent(Item.ITEMSUBTYPE, subtype, maxRecent);
5687 09 Aug 11 nicklas 211       }
5501 18 Nov 10 nicklas 212       
5501 18 Nov 10 nicklas 213       int arraySlideId = Values.getInt(request.getParameter("arrayslide_id"), -1);
5501 18 Nov 10 nicklas 214       if (arraySlideId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
5501 18 Nov 10 nicklas 215       {
5501 18 Nov 10 nicklas 216         ArraySlide slide = arraySlideId == 0 ? null : ArraySlide.getById(dc, arraySlideId);
5642 26 May 11 nicklas 217         pba.setArraySlide(slide);
5501 18 Nov 10 nicklas 218       }
5501 18 Nov 10 nicklas 219       Formatter<Date> dateFormatter = FormatterFactory.getDateFormatter(sc);
5501 18 Nov 10 nicklas 220       creationEvent.setEventDate(dateFormatter.parseString(Values.getStringOrNull(request.getParameter("event_date"))));
5501 18 Nov 10 nicklas 221       int protocolId = Values.getInt(request.getParameter("protocol_id"), -1);
5501 18 Nov 10 nicklas 222       if (protocolId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
5501 18 Nov 10 nicklas 223       {
5501 18 Nov 10 nicklas 224         Protocol pt = protocolId == 0 ? null : Protocol.getById(dc, protocolId);
5501 18 Nov 10 nicklas 225         creationEvent.setProtocol(pt);
7703 11 Apr 19 nicklas 226         cc.setRecent(Item.PROTOCOL, pt, subtype, maxRecent);
5501 18 Nov 10 nicklas 227       }
5501 18 Nov 10 nicklas 228       
5642 26 May 11 nicklas 229       //Hardware
5642 26 May 11 nicklas 230       int hardwareId = Values.getInt(request.getParameter("hardware_id"), -1);
5642 26 May 11 nicklas 231       if (hardwareId >= 0) // < 0 denied or unchanged
5501 18 Nov 10 nicklas 232       {
5642 26 May 11 nicklas 233         Hardware hw = hardwareId == 0 ? null : Hardware.getById(dc, hardwareId);
5501 18 Nov 10 nicklas 234         creationEvent.setHardware(hw);
7703 11 Apr 19 nicklas 235         cc.setRecent(Item.HARDWARE, hw, subtype, maxRecent);
5501 18 Nov 10 nicklas 236       }
5501 18 Nov 10 nicklas 237       
6994 03 Nov 15 nicklas 238       int kitId = Values.getInt(request.getParameter("kit_id"), -1);
6994 03 Nov 15 nicklas 239       if (kitId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
6994 03 Nov 15 nicklas 240       {
6994 03 Nov 15 nicklas 241         Kit kit = kitId == 0 ? null : Kit.getById(dc, kitId);
6994 03 Nov 15 nicklas 242         creationEvent.setKit(kit);
7703 11 Apr 19 nicklas 243         cc.setRecent(Item.KIT, kit, subtype, maxRecent);
6994 03 Nov 15 nicklas 244       }
6994 03 Nov 15 nicklas 245       
5642 26 May 11 nicklas 246       // Extracts
6314 02 Sep 13 nicklas 247       String[] modifiedExtracts = Values.getString(request.getParameter("+EXTRACT")).split(",");
5642 26 May 11 nicklas 248       for (int i = 0; i < modifiedExtracts.length; ++i)
5501 18 Nov 10 nicklas 249       {
5642 26 May 11 nicklas 250         int extractId = Values.getInt(modifiedExtracts[i], -1);
5642 26 May 11 nicklas 251         if (extractId != -1) 
5501 18 Nov 10 nicklas 252         {
5642 26 May 11 nicklas 253           Extract e = Extract.getById(dc, extractId);
6314 02 Sep 13 nicklas 254           String[] extra = request.getParameter("EXTRACT."+extractId).split(":");
5501 18 Nov 10 nicklas 255           Float usedQuantity = Values.getFloat(extra[0], null);
5657 16 Jun 11 nicklas 256           int position = extra.length > 1 ? Values.getInt(extra[1], 1) : 1;
5662 20 Jun 11 nicklas 257           BioMaterialEventSource evtSrc = creationEvent.addSource(e);
5662 20 Jun 11 nicklas 258           evtSrc.setUsedQuantity(usedQuantity);
5662 20 Jun 11 nicklas 259           evtSrc.setPosition(position);
5501 18 Nov 10 nicklas 260         }
5501 18 Nov 10 nicklas 261       }
6314 02 Sep 13 nicklas 262       String[] removedExtracts = Values.getString(request.getParameter("-EXTRACT")).split(",");
5642 26 May 11 nicklas 263       for (int i = 0; i < removedExtracts.length; ++i)
5501 18 Nov 10 nicklas 264       {
5642 26 May 11 nicklas 265         int extractId = Values.getInt(removedExtracts[i], -1);
5642 26 May 11 nicklas 266         if (extractId != -1) creationEvent.removeSource(Extract.getById(dc, extractId));
5501 18 Nov 10 nicklas 267       }
5501 18 Nov 10 nicklas 268       
5501 18 Nov 10 nicklas 269       // Annotations tab
5642 26 May 11 nicklas 270       Base.updateAnnotations(dc, pba, pba, request);
5501 18 Nov 10 nicklas 271       
5501 18 Nov 10 nicklas 272       // OnSave extensions
5501 18 Nov 10 nicklas 273       invoker.render(OnSaveRenderer.ON_SAVE);
5501 18 Nov 10 nicklas 274       dc.commit();
5501 18 Nov 10 nicklas 275       invoker.render(OnSaveRenderer.ON_COMMIT);
1806 23 Jan 06 nicklas 276     }
5501 18 Nov 10 nicklas 277     catch (Exception ex)
1806 23 Jan 06 nicklas 278     {
5501 18 Nov 10 nicklas 279       invoker.render(OnSaveRenderer.onRollback(ex));
5501 18 Nov 10 nicklas 280       throw ex;
1806 23 Jan 06 nicklas 281     }
5501 18 Nov 10 nicklas 282     finally
2484 03 Aug 06 martin 283     {
5501 18 Nov 10 nicklas 284       cc.removeObject("item");
2484 03 Aug 06 martin 285     }
1806 23 Jan 06 nicklas 286   }
1806 23 Jan 06 nicklas 287   else if ("DeleteItem".equals(cmd))
1806 23 Jan 06 nicklas 288   {
1806 23 Jan 06 nicklas 289     // Delete a single item and then return to the view page
7954 12 May 21 nicklas 290     dc = sc.newDbControl(":Delete "+itemType);
1806 23 Jan 06 nicklas 291     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1806 23 Jan 06 nicklas 292     RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()), true);
1806 23 Jan 06 nicklas 293     dc.commit();
1806 23 Jan 06 nicklas 294     redirect = viewPage;
1806 23 Jan 06 nicklas 295   }
1806 23 Jan 06 nicklas 296   else if ("DeleteItems".equals(cmd))
1806 23 Jan 06 nicklas 297   {
1806 23 Jan 06 nicklas 298     // Delete all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 299     dc = sc.newDbControl(":Delete "+itemType);
1806 23 Jan 06 nicklas 300     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1806 23 Jan 06 nicklas 301     int numTotal = cc.getSelected().size();
1806 23 Jan 06 nicklas 302     int numRemoved = RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, cc.getSelected(), true);
1806 23 Jan 06 nicklas 303     dc.commit();
1806 23 Jan 06 nicklas 304     if (numTotal != numRemoved)
1806 23 Jan 06 nicklas 305     {
1806 23 Jan 06 nicklas 306       message = (numRemoved == 0 ? "No" : "Only "+numRemoved+" of "+numTotal) + " items could be deleted, because you have no DELETE permission";
1806 23 Jan 06 nicklas 307     }
6192 31 Oct 12 nicklas 308     redirect = listPage;
1806 23 Jan 06 nicklas 309   }
1806 23 Jan 06 nicklas 310   else if ("RestoreItem".equals(cmd))
1806 23 Jan 06 nicklas 311   {
1806 23 Jan 06 nicklas 312     // Restore a single item and then return to the view page
7954 12 May 21 nicklas 313     dc = sc.newDbControl(":Restore "+itemType);
1806 23 Jan 06 nicklas 314     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1806 23 Jan 06 nicklas 315     RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()), false);
1806 23 Jan 06 nicklas 316     dc.commit();
1806 23 Jan 06 nicklas 317     redirect = viewPage;
1806 23 Jan 06 nicklas 318   }
1806 23 Jan 06 nicklas 319   else if ("RestoreItems".equals(cmd))
1806 23 Jan 06 nicklas 320   {
1806 23 Jan 06 nicklas 321     // Restore all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 322     dc = sc.newDbControl(":Restore "+itemType);
1806 23 Jan 06 nicklas 323     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1806 23 Jan 06 nicklas 324     int numTotal = cc.getSelected().size();
1806 23 Jan 06 nicklas 325     int numRemoved = RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, cc.getSelected(), false);
1806 23 Jan 06 nicklas 326     dc.commit();
1806 23 Jan 06 nicklas 327     if (numTotal != numRemoved)
1806 23 Jan 06 nicklas 328     {
2528 15 Aug 06 martin 329       message = (numRemoved == 0 ? "No" : "Only "+numRemoved+" of "+numTotal) + " items could be restored, because you have no WRITE permission";
1806 23 Jan 06 nicklas 330     }
6192 31 Oct 12 nicklas 331     redirect = listPage;
1806 23 Jan 06 nicklas 332   }
1806 23 Jan 06 nicklas 333   else if ("ShareItem".equals(cmd))
1806 23 Jan 06 nicklas 334   {
1806 23 Jan 06 nicklas 335     // Display a popup window for sharing a single item
7954 12 May 21 nicklas 336     dc = sc.newDbControl(":Share "+itemType);
1806 23 Jan 06 nicklas 337     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1806 23 Jan 06 nicklas 338     MultiPermissions permissions = ShareableUtil.getMultiPermissions(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()));
1806 23 Jan 06 nicklas 339     dc.close();
1806 23 Jan 06 nicklas 340     cc.setObject("MultiPermissions", permissions);
1806 23 Jan 06 nicklas 341     redirect = "../../common/share/share.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
1806 23 Jan 06 nicklas 342   }
1806 23 Jan 06 nicklas 343   else if ("ShareItems".equals(cmd))
1806 23 Jan 06 nicklas 344   {
1806 23 Jan 06 nicklas 345     // Display a popup window for sharing all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 346     dc = sc.newDbControl(":Share "+itemType);
1806 23 Jan 06 nicklas 347     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1806 23 Jan 06 nicklas 348     MultiPermissions permissions = ShareableUtil.getMultiPermissions(dc, itemType, cc.getSelected());
1806 23 Jan 06 nicklas 349     dc.close();
1806 23 Jan 06 nicklas 350     cc.setObject("MultiPermissions", permissions);
1806 23 Jan 06 nicklas 351     redirect = "../../common/share/share.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
1806 23 Jan 06 nicklas 352   }
4578 13 Oct 08 martin 353   else if ("SetOwnerOfItem".equals(cmd))
2918 15 Nov 06 nicklas 354   {
4578 13 Oct 08 martin 355     // Change owner of items selected on a list page
7954 12 May 21 nicklas 356     dc = sc.newDbControl(":Set owner of "+itemType);
2918 15 Nov 06 nicklas 357     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4587 15 Oct 08 martin 358     OwnedItem item = (OwnedItem)itemType.getById(dc, cc.getId());
4587 15 Oct 08 martin 359     cc.setObject("OwnedItems", Collections.singleton(item));
4578 13 Oct 08 martin 360     redirect = "../../common/ownership/ownership.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
2918 15 Nov 06 nicklas 361   }
4578 13 Oct 08 martin 362   else if ("SetOwnerOfItems".equals(cmd))
2918 15 Nov 06 nicklas 363   {
4578 13 Oct 08 martin 364     // Change owner of items selected on a list page
7954 12 May 21 nicklas 365     dc = sc.newDbControl(":Set owner of "+itemType);
2918 15 Nov 06 nicklas 366     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4587 15 Oct 08 martin 367     Set<OwnedItem> items = new HashSet<OwnedItem>();
4587 15 Oct 08 martin 368     for (Integer id : cc.getSelected())
4587 15 Oct 08 martin 369     {
4587 15 Oct 08 martin 370       if (id != null) items.add((OwnedItem)itemType.getById(dc, id));
4587 15 Oct 08 martin 371     }
4587 15 Oct 08 martin 372     dc.close();
4587 15 Oct 08 martin 373     cc.setObject("OwnedItems", items);
4578 13 Oct 08 martin 374     redirect = "../../common/ownership/ownership.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
2918 15 Nov 06 nicklas 375   }
6695 28 Jan 15 nicklas 376   else if ("InheritAnnotations".equals(cmd))
6695 28 Jan 15 nicklas 377   {
6695 28 Jan 15 nicklas 378     // Change owner of items selected on a list page
7954 12 May 21 nicklas 379     dc = sc.newDbControl(":Inherit annotations "+itemType);
6695 28 Jan 15 nicklas 380     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
6695 28 Jan 15 nicklas 381     Set<AnnotatedItem> items = new HashSet<AnnotatedItem>();
6695 28 Jan 15 nicklas 382     for (Integer id : cc.getSelected())
6695 28 Jan 15 nicklas 383     {
6695 28 Jan 15 nicklas 384       if (id != null) items.add((AnnotatedItem)itemType.getById(dc, id));
6695 28 Jan 15 nicklas 385     }
6695 28 Jan 15 nicklas 386     dc.close();
6695 28 Jan 15 nicklas 387     cc.setObject("AnnotatedItems", items);
6695 28 Jan 15 nicklas 388     redirect = "../../common/annotations/batch_inherit.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
6695 28 Jan 15 nicklas 389   }
1806 23 Jan 06 nicklas 390   else if ("ExportItems".equals(cmd))
1806 23 Jan 06 nicklas 391   {
1806 23 Jan 06 nicklas 392     // Run an export plugin in a list context
1806 23 Jan 06 nicklas 393     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5642 26 May 11 nicklas 394     final ItemQuery<PhysicalBioAssay> query = PhysicalBioAssay.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 395     dc = sc.newDbControl(":Export "+itemType);
7914 23 Feb 21 nicklas 396     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 397     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
6040 30 Mar 12 nicklas 398     cc.setQuery(query);
6040 30 Mar 12 nicklas 399     registerExportUtils(cc);
7604 25 Feb 19 nicklas 400     ExtensionsInvoker<ListColumnAction<PhysicalBioAssay,?>> listInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
7604 25 Feb 19 nicklas 401     listInvoker.render(new ListColumnExportRenderer<PhysicalBioAssay>(cc));
5590 16 Mar 11 nicklas 402     dc.close();
5642 26 May 11 nicklas 403     redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Export+physical+bioassays";
1806 23 Jan 06 nicklas 404   }
1806 23 Jan 06 nicklas 405   else if ("ExportItem".equals(cmd))
1806 23 Jan 06 nicklas 406   {
1806 23 Jan 06 nicklas 407     // Run an export plugin in single-item context
1806 23 Jan 06 nicklas 408     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4901 23 Apr 09 martin 409     registerExportUtils(cc);
5642 26 May 11 nicklas 410     redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Export+physical+bioassay";
1806 23 Jan 06 nicklas 411   }
1806 23 Jan 06 nicklas 412   else if ("ImportItems".equals(cmd))
1806 23 Jan 06 nicklas 413   {
1806 23 Jan 06 nicklas 414     // Run an import plugin in a list context
1806 23 Jan 06 nicklas 415     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5642 26 May 11 nicklas 416     final ItemQuery<PhysicalBioAssay> query = PhysicalBioAssay.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 417     dc = sc.newDbControl(":Import "+itemType);
7914 23 Feb 21 nicklas 418     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 419     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
5590 16 Mar 11 nicklas 420     dc.close();
1806 23 Jan 06 nicklas 421     cc.setQuery(query);
5642 26 May 11 nicklas 422     redirect = "../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Import+physical+bioassays";
1806 23 Jan 06 nicklas 423   }
1806 23 Jan 06 nicklas 424   else if ("ImportItem".equals(cmd))
1806 23 Jan 06 nicklas 425   {
1806 23 Jan 06 nicklas 426     // Run an import plugin in single-item context
1806 23 Jan 06 nicklas 427     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5642 26 May 11 nicklas 428     redirect = "../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Import+physical+bioassay";
1806 23 Jan 06 nicklas 429   }
1806 23 Jan 06 nicklas 430   else if ("RunListPlugin".equals(cmd))
1806 23 Jan 06 nicklas 431   {
1806 23 Jan 06 nicklas 432     // Run another plugin in a list context
1806 23 Jan 06 nicklas 433     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
5642 26 May 11 nicklas 434     final ItemQuery<PhysicalBioAssay> query = PhysicalBioAssay.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 435     dc = sc.newDbControl(":Run plugin "+itemType);
7914 23 Feb 21 nicklas 436     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 437     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
5590 16 Mar 11 nicklas 438     dc.close();
1806 23 Jan 06 nicklas 439     cc.setQuery(query);
1806 23 Jan 06 nicklas 440     redirect = "../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
1806 23 Jan 06 nicklas 441   }
1806 23 Jan 06 nicklas 442   else if ("RunPlugin".equals(cmd))
1806 23 Jan 06 nicklas 443   {
1806 23 Jan 06 nicklas 444     // Run another plugin in single-item context
1806 23 Jan 06 nicklas 445     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1806 23 Jan 06 nicklas 446     redirect = "../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
1806 23 Jan 06 nicklas 447   }
6813 31 Mar 15 nicklas 448   else if ("CreateItemList".equals(cmd))
6813 31 Mar 15 nicklas 449   {
6813 31 Mar 15 nicklas 450     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
6813 31 Mar 15 nicklas 451     final ItemQuery<PhysicalBioAssay> query = PhysicalBioAssay.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 452     dc = sc.newDbControl(":Create "+itemType+" item list");
7914 23 Feb 21 nicklas 453     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 454     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
6813 31 Mar 15 nicklas 455     dc.close();
6813 31 Mar 15 nicklas 456     cc.setQuery(query);
6813 31 Mar 15 nicklas 457     redirect = "../../views/itemlists/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=NewItem&addItems=1&memberType=PHYSICALBIOASSAY&formId=bioassays";
6813 31 Mar 15 nicklas 458   }
7813 19 May 20 nicklas 459   else if ("AddItemsToList".equals(cmd))
7813 19 May 20 nicklas 460   {
7813 19 May 20 nicklas 461     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
7813 19 May 20 nicklas 462     final ItemQuery<PhysicalBioAssay> query = PhysicalBioAssay.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 463     dc = sc.newDbControl(":Add items to "+itemType+" item list");
7914 23 Feb 21 nicklas 464     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 465     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
7813 19 May 20 nicklas 466     dc.close();
7813 19 May 20 nicklas 467     cc.setQuery(query);
7813 19 May 20 nicklas 468     redirect = "../../views/itemlists/add_items.jsp?ID="+ID+"&memberType=PHYSICALBIOASSAY&formId=bioassays";
7813 19 May 20 nicklas 469   }
6082 14 Aug 12 nicklas 470   else if ("NewMergedDerivedBioAssay".equals(cmd))
6082 14 Aug 12 nicklas 471   {
6082 14 Aug 12 nicklas 472     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
6082 14 Aug 12 nicklas 473     redirect = "../derivedbioassays/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=NewItem&useParents=PHYISCALBIOASSAY";
6082 14 Aug 12 nicklas 474   }
1806 23 Jan 06 nicklas 475   else
1806 23 Jan 06 nicklas 476   {
1806 23 Jan 06 nicklas 477     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
1806 23 Jan 06 nicklas 478   }
1406 06 Oct 05 gregory 479 }
1406 06 Oct 05 gregory 480 finally
1406 06 Oct 05 gregory 481 {
1406 06 Oct 05 gregory 482   if (dc != null) dc.close();
1406 06 Oct 05 gregory 483 }
1806 23 Jan 06 nicklas 484
1806 23 Jan 06 nicklas 485 if (forward != null)
1806 23 Jan 06 nicklas 486 {
6192 31 Oct 12 nicklas 487   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
1806 23 Jan 06 nicklas 488   pageContext.forward(forward);
1806 23 Jan 06 nicklas 489 }
1806 23 Jan 06 nicklas 490 else if (redirect != null)
1806 23 Jan 06 nicklas 491 {
6192 31 Oct 12 nicklas 492   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
1806 23 Jan 06 nicklas 493   response.sendRedirect(redirect);
1806 23 Jan 06 nicklas 494 }
1806 23 Jan 06 nicklas 495 else if (message == null)
1806 23 Jan 06 nicklas 496 {
1806 23 Jan 06 nicklas 497   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&wait=0");
1806 23 Jan 06 nicklas 498 }
1806 23 Jan 06 nicklas 499 else
1806 23 Jan 06 nicklas 500 {
1806 23 Jan 06 nicklas 501   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
1806 23 Jan 06 nicklas 502 }
1806 23 Jan 06 nicklas 503 %>
1806 23 Jan 06 nicklas 504

Generated on Sat Oct  7 02:48:12 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)