www/views/rawbioassays/index.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1672 30 Nov 05 nicklas 1 <%-- $Id$
1672 30 Nov 05 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
3675 16 Aug 07 jari 3   Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
5425 23 Sep 10 nicklas 4   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg, Martin Svensson
3675 16 Aug 07 jari 5   Copyright (C) 2007 Nicklas Nordborg
1672 30 Nov 05 nicklas 6
2304 22 May 06 jari 7   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 8   Available at http://base.thep.lu.se/
1672 30 Nov 05 nicklas 9
1672 30 Nov 05 nicklas 10   BASE is free software; you can redistribute it and/or
1672 30 Nov 05 nicklas 11   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 12   as published by the Free Software Foundation; either version 3
1672 30 Nov 05 nicklas 13   of the License, or (at your option) any later version.
1672 30 Nov 05 nicklas 14
1672 30 Nov 05 nicklas 15   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
1672 30 Nov 05 nicklas 16   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1672 30 Nov 05 nicklas 17   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
1672 30 Nov 05 nicklas 18   GNU General Public License for more details.
1672 30 Nov 05 nicklas 19
1672 30 Nov 05 nicklas 20   You should have received a copy of the GNU General Public License
4511 11 Sep 08 jari 21   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
1672 30 Nov 05 nicklas 22   ------------------------------------------------------------------
1672 30 Nov 05 nicklas 23
1672 30 Nov 05 nicklas 24   @author Nicklas
1672 30 Nov 05 nicklas 25   @version 2.0
1672 30 Nov 05 nicklas 26 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 27 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
3523 20 Jun 07 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.Application"
1672 30 Nov 05 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
1672 30 Nov 05 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
1672 30 Nov 05 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.Item"
1713 14 Dec 05 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.Include"
1672 30 Nov 05 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
5657 16 Jun 11 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.FeatureIdentificationMethod"
1713 14 Dec 05 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.Protocol"
1713 14 Dec 05 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.Software"
1713 14 Dec 05 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.ArrayDesign"
5685 04 Aug 11 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.Extract"
5685 04 Aug 11 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.DerivedBioAssay"
4901 23 Apr 09 martin 40   import="net.sf.basedb.core.Experiment"
1713 14 Dec 05 nicklas 41   import="net.sf.basedb.core.File"
1672 30 Nov 05 nicklas 42   import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
1672 30 Nov 05 nicklas 43   import="net.sf.basedb.core.RawDataTypes"
3820 12 Oct 07 nicklas 44   import="net.sf.basedb.core.Platform"
3820 12 Oct 07 nicklas 45   import="net.sf.basedb.core.PlatformVariant"
1713 14 Dec 05 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.User"
1713 14 Dec 05 nicklas 47   import="net.sf.basedb.core.Path"
1672 30 Nov 05 nicklas 48   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
1672 30 Nov 05 nicklas 49   import="net.sf.basedb.core.ItemResultIterator"
4587 15 Oct 08 martin 50   import="net.sf.basedb.core.OwnedItem"
6694 26 Jan 15 nicklas 51   import="net.sf.basedb.core.AnnotatedItem"
1713 14 Dec 05 nicklas 52   import="net.sf.basedb.core.Permission"
1708 13 Dec 05 nicklas 53   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
1713 14 Dec 05 nicklas 54   import="net.sf.basedb.core.MultiPermissions"
1713 14 Dec 05 nicklas 55   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
1713 14 Dec 05 nicklas 56   import="net.sf.basedb.core.ItemAlreadyExistsException"
1869 31 Jan 06 nicklas 57   import="net.sf.basedb.core.PluginDefinition"
1869 31 Jan 06 nicklas 58   import="net.sf.basedb.core.Job"
3523 20 Jun 07 nicklas 59   import="net.sf.basedb.core.ProgressReporter"
1869 31 Jan 06 nicklas 60   import="net.sf.basedb.core.IntegerParameterType"
1869 31 Jan 06 nicklas 61   import="net.sf.basedb.core.FloatParameterType"
1869 31 Jan 06 nicklas 62   import="net.sf.basedb.core.StringParameterType"
1869 31 Jan 06 nicklas 63   import="net.sf.basedb.core.FileParameterType"
1869 31 Jan 06 nicklas 64   import="net.sf.basedb.core.ItemParameterType"
1869 31 Jan 06 nicklas 65   import="net.sf.basedb.core.BooleanParameterType"
4901 23 Apr 09 martin 66   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
4901 23 Apr 09 martin 67   import="net.sf.basedb.core.query.Orders"
4901 23 Apr 09 martin 68   import="net.sf.basedb.core.query.Restrictions"
4901 23 Apr 09 martin 69   import="net.sf.basedb.core.query.Expressions"
1713 14 Dec 05 nicklas 70   import="net.sf.basedb.util.RemovableUtil"
1713 14 Dec 05 nicklas 71   import="net.sf.basedb.util.ShareableUtil"
2918 15 Nov 06 nicklas 72   import="net.sf.basedb.util.OwnableUtil"
1672 30 Nov 05 nicklas 73   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
1713 14 Dec 05 nicklas 74   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
2753 20 Oct 06 nicklas 75   import="net.sf.basedb.util.Values"
4901 23 Apr 09 martin 76   import="net.sf.basedb.util.formatter.NameableFormatter"
5382 05 Aug 10 nicklas 77   import="net.sf.basedb.util.formatter.FilePathFormatter"
4901 23 Apr 09 martin 78   import="net.sf.basedb.clients.web.plugins.ItemQueryLoader"
5382 05 Aug 10 nicklas 79   import="net.sf.basedb.clients.web.plugins.FileSetMemberLoader"
4901 23 Apr 09 martin 80   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"  
5501 18 Nov 10 nicklas 81   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
5501 18 Nov 10 nicklas 82   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
5501 18 Nov 10 nicklas 83   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
5501 18 Nov 10 nicklas 84   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
5501 18 Nov 10 nicklas 85   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.EditUtil"
7604 25 Feb 19 nicklas 86   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveAction"
5501 18 Nov 10 nicklas 87   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.edit.OnSaveRenderer"
6030 28 Mar 12 nicklas 88   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnExportRenderer"
7604 25 Feb 19 nicklas 89   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
6030 28 Mar 12 nicklas 90   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
1713 14 Dec 05 nicklas 91   import="java.util.Enumeration"
1713 14 Dec 05 nicklas 92   import="java.util.Set"
1713 14 Dec 05 nicklas 93   import="java.util.HashSet"
1672 30 Nov 05 nicklas 94   import="java.util.List"
1713 14 Dec 05 nicklas 95   import="java.util.ArrayList"
3523 20 Jun 07 nicklas 96   import="java.util.Arrays"
1765 13 Jan 06 nicklas 97   import="java.util.Collections"
1672 30 Nov 05 nicklas 98 %>
1672 30 Nov 05 nicklas 99 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
1672 30 Nov 05 nicklas 100 <%!
3820 12 Oct 07 nicklas 101   private static final ItemContext defaultContext = Base.createDefaultContext("name", "name,platform,variant,hasData,description");
1765 13 Jan 06 nicklas 102   private static final Item itemType = Item.RAWBIOASSAY;
3523 20 Jun 07 nicklas 103   
4901 23 Apr 09 martin 104   private static void registerExportUtils(ItemContext cc)
4901 23 Apr 09 martin 105   {
4901 23 Apr 09 martin 106     // Register formatters
4901 23 Apr 09 martin 107     cc.setObject("export.formatter.&experiments(name)", new NameableFormatter());
5382 05 Aug 10 nicklas 108     cc.setObject("export.formatter.&fileSet.members(file.name)", new FilePathFormatter());
4901 23 Apr 09 martin 109     
4901 23 Apr 09 martin 110     // Register dataloaders
4901 23 Apr 09 martin 111     String rawParameter = "rawBioAssay";
4901 23 Apr 09 martin 112     final ItemQuery<Experiment> experimentQuery = Experiment.getQuery();
4901 23 Apr 09 martin 113     experimentQuery.include(cc.getInclude());
4901 23 Apr 09 martin 114     experimentQuery.join(Hql.innerJoin("rawBioAssays", "rba"));
4901 23 Apr 09 martin 115     experimentQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.alias("rba"), Expressions.parameter(rawParameter)));
4901 23 Apr 09 martin 116     experimentQuery.order(Orders.asc(Hql.property("name"))); 
7604 25 Feb 19 nicklas 117     cc.setObject("export.dataloader.&experiments(name)", new ItemQueryLoader<RawBioAssay>(experimentQuery, rawParameter));
5382 05 Aug 10 nicklas 118     cc.setObject("export.dataloader.&fileSet.members(file.name)", new FileSetMemberLoader());
4901 23 Apr 09 martin 119   }
4901 23 Apr 09 martin 120   
3523 20 Jun 07 nicklas 121   private static class UpdateArrayDesign
3523 20 Jun 07 nicklas 122     implements Runnable
3523 20 Jun 07 nicklas 123   {
3523 20 Jun 07 nicklas 124     private final int jobId;
3523 20 Jun 07 nicklas 125     private final int rawBioAssayId;
3523 20 Jun 07 nicklas 126     private final int arrayDesignId;
3523 20 Jun 07 nicklas 127     private final SessionControl sc;
4093 18 Jan 08 enell 128     private final FeatureIdentificationMethod fiMethod;
3523 20 Jun 07 nicklas 129     
4093 18 Jan 08 enell 130     private UpdateArrayDesign(Job job, RawBioAssay rba, ArrayDesign design, FeatureIdentificationMethod fiMethod)
3523 20 Jun 07 nicklas 131     {
3523 20 Jun 07 nicklas 132       this.jobId = job.getId();
3523 20 Jun 07 nicklas 133       this.rawBioAssayId = rba.getId();
3523 20 Jun 07 nicklas 134       this.arrayDesignId = design.getId();
3523 20 Jun 07 nicklas 135       this.sc = job.getSessionControl();
4093 18 Jan 08 enell 136       this.fiMethod = fiMethod;
3523 20 Jun 07 nicklas 137     }
3523 20 Jun 07 nicklas 138     
3523 20 Jun 07 nicklas 139     public void run()
3523 20 Jun 07 nicklas 140     {
7954 12 May 21 nicklas 141       DbControl dc = sc.newDbControl(":Update array design on raw bioassay");
3523 20 Jun 07 nicklas 142       try
3523 20 Jun 07 nicklas 143       {
3523 20 Jun 07 nicklas 144         Job j = Job.getById(dc, jobId);
5590 16 Mar 11 nicklas 145         j.start("Initialising...", Application.getHostName(), null);
3524 20 Jun 07 nicklas 146         ProgressReporter progress = j.getProgressReporter(null);
3523 20 Jun 07 nicklas 147         dc.commit();
7954 12 May 21 nicklas 148         dc = sc.newDbControl(":Update array design on raw bioassay");
3523 20 Jun 07 nicklas 149         RawBioAssay rba = RawBioAssay.getById(dc, rawBioAssayId);
3523 20 Jun 07 nicklas 150         ArrayDesign design = ArrayDesign.getById(dc, arrayDesignId);
3523 20 Jun 07 nicklas 151         try
3523 20 Jun 07 nicklas 152         {
4093 18 Jan 08 enell 153           rba.updateArrayDesign(design, fiMethod, progress);
3523 20 Jun 07 nicklas 154           progress.display(99, "Committing changes to database...");
3523 20 Jun 07 nicklas 155           dc.commit();
7954 12 May 21 nicklas 156           dc = sc.newDbControl(":Update array design on raw bioassay");
3523 20 Jun 07 nicklas 157           j = Job.getById(dc, jobId);
3523 20 Jun 07 nicklas 158           j.doneOk("Array design updated successfully");
3523 20 Jun 07 nicklas 159           j.setRemoved(true);
3523 20 Jun 07 nicklas 160           dc.commit();
3523 20 Jun 07 nicklas 161         }
3523 20 Jun 07 nicklas 162         catch (Throwable t)
3523 20 Jun 07 nicklas 163         {
4093 18 Jan 08 enell 164           if (dc != null) dc.close();
7954 12 May 21 nicklas 165           dc = sc.newDbControl(":Update array design on raw bioassay");
3523 20 Jun 07 nicklas 166           j = Job.getById(dc, jobId);
3523 20 Jun 07 nicklas 167           j.doneError(t.getMessage(), Arrays.asList(t));
3523 20 Jun 07 nicklas 168           j.setRemoved(true);
3523 20 Jun 07 nicklas 169           dc.commit();
3523 20 Jun 07 nicklas 170         }
3523 20 Jun 07 nicklas 171       }
3523 20 Jun 07 nicklas 172       finally
3523 20 Jun 07 nicklas 173       {
3523 20 Jun 07 nicklas 174         if (dc != null) dc.close();
3523 20 Jun 07 nicklas 175       }
3523 20 Jun 07 nicklas 176     }
3523 20 Jun 07 nicklas 177   }
1672 30 Nov 05 nicklas 178 %>
1672 30 Nov 05 nicklas 179 <%
1713 14 Dec 05 nicklas 180 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
1713 14 Dec 05 nicklas 181 final String ID = sc.getId();
1713 14 Dec 05 nicklas 182 final String cmd = request.getParameter("cmd");
1713 14 Dec 05 nicklas 183 final String root = request.getContextPath()+"/";
1775 16 Jan 06 nicklas 184 final String mode = request.getParameter("mode");
1775 16 Jan 06 nicklas 185 final String callback = request.getParameter("callback");
1775 16 Jan 06 nicklas 186 final String itemId = request.getParameter("item_id");
1775 16 Jan 06 nicklas 187 final String listPage = "list_rawbioassays.jsp?ID="+ID
1775 16 Jan 06 nicklas 188   +(mode == null ? "" : "&mode="+mode)
1775 16 Jan 06 nicklas 189   +(callback == null ? "" : "&callback="+callback)
1775 16 Jan 06 nicklas 190   +(itemId == null ? "" : "&item_id="+itemId);
1765 13 Jan 06 nicklas 191 final String viewPage = "view_rawbioassay.jsp?ID="+ID;
1765 13 Jan 06 nicklas 192 final String editPage = "edit_rawbioassay.jsp?ID="+ID;
1672 30 Nov 05 nicklas 193
1713 14 Dec 05 nicklas 194 String forward = null;
1713 14 Dec 05 nicklas 195 String redirect = null;
1713 14 Dec 05 nicklas 196 String message = null;
1713 14 Dec 05 nicklas 197 DbControl dc = null;
1708 13 Dec 05 nicklas 198
1672 30 Nov 05 nicklas 199 try
1672 30 Nov 05 nicklas 200 {
1713 14 Dec 05 nicklas 201   if (cmd == null || "List".equals(cmd))
1672 30 Nov 05 nicklas 202   {
1765 13 Jan 06 nicklas 203     // Display the list page without updatinging the current context
2811 26 Oct 06 nicklas 204     Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext, true);
1727 19 Dec 05 nicklas 205     redirect = listPage;
1672 30 Nov 05 nicklas 206   }
1713 14 Dec 05 nicklas 207   else if ("UpdateContext".equals(cmd))
1672 30 Nov 05 nicklas 208   {
1765 13 Jan 06 nicklas 209     // Display the list page after updating the current context from the request parameters
1713 14 Dec 05 nicklas 210     Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1727 19 Dec 05 nicklas 211     redirect = listPage;
1672 30 Nov 05 nicklas 212   }
1713 14 Dec 05 nicklas 213   else if ("LoadContext".equals(cmd))
1672 30 Nov 05 nicklas 214   {
1765 13 Jan 06 nicklas 215     // Display the list page after loading a saved context
1726 19 Dec 05 nicklas 216     int contextId = Values.getInt(request.getParameter("context"));
1765 13 Jan 06 nicklas 217     Base.loadContext(sc, contextId, defaultContext);
1727 19 Dec 05 nicklas 218     redirect = listPage;
1672 30 Nov 05 nicklas 219   }
1769 13 Jan 06 nicklas 220
1765 13 Jan 06 nicklas 221   else if ("ViewItem".equals(cmd))
1672 30 Nov 05 nicklas 222   {
1765 13 Jan 06 nicklas 223     // Display the view page for a single item 
1713 14 Dec 05 nicklas 224     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1765 13 Jan 06 nicklas 225     forward = viewPage;
1713 14 Dec 05 nicklas 226   }
1765 13 Jan 06 nicklas 227   else if ("EditItem".equals(cmd))
1713 14 Dec 05 nicklas 228   {
1765 13 Jan 06 nicklas 229     // Display the edit page for a single item (should be opened in a popup)
1713 14 Dec 05 nicklas 230     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
3859 18 Oct 07 nicklas 231     forward = editPage;
1765 13 Jan 06 nicklas 232   }
1765 13 Jan 06 nicklas 233   else if ("NewItem".equals(cmd))
1765 13 Jan 06 nicklas 234   {
1765 13 Jan 06 nicklas 235     // Display the edit page for a new item (should be opened in a popup)
1765 13 Jan 06 nicklas 236     if (!sc.hasPermission(Permission.CREATE, itemType))
1672 30 Nov 05 nicklas 237     {
1765 13 Jan 06 nicklas 238       throw new PermissionDeniedException(Permission.CREATE, itemType.toString());
1672 30 Nov 05 nicklas 239     }
1713 14 Dec 05 nicklas 240     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1765 13 Jan 06 nicklas 241     cc.setId(0);
2413 22 Jun 06 nicklas 242     forward = editPage;
1713 14 Dec 05 nicklas 243   }
1765 13 Jan 06 nicklas 244   else if ("UpdateItem".equals(cmd))
1713 14 Dec 05 nicklas 245   {
1765 13 Jan 06 nicklas 246     // Update the properties on an item (will close the popup)
1765 13 Jan 06 nicklas 247     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, null, defaultContext);
2597 25 Aug 06 nicklas 248     final int maxRecent = Base.getMaxRecent(sc);
7954 12 May 21 nicklas 249     dc = sc.newDbControl(":Edit "+itemType);
7605 26 Feb 19 nicklas 250     RawBioAssay rba = cc.getObject("item");
3820 12 Oct 07 nicklas 251     
3820 12 Oct 07 nicklas 252     Platform platform = null;
3820 12 Oct 07 nicklas 253     PlatformVariant variant = null;
6413 05 Feb 14 nicklas 254     String pf = request.getParameter("platform");
3820 12 Oct 07 nicklas 255
6413 05 Feb 14 nicklas 256     if (pf != null)
3820 12 Oct 07 nicklas 257     {
6413 05 Feb 14 nicklas 258       if (pf.startsWith("PLATFORM:"))
6413 05 Feb 14 nicklas 259       {
6413 05 Feb 14 nicklas 260         int platformId = Values.getInt(pf.substring(9), -1);
6413 05 Feb 14 nicklas 261         if (platformId > 0) platform =  Platform.getById(dc, platformId);
6413 05 Feb 14 nicklas 262       }
6413 05 Feb 14 nicklas 263       else if (pf.startsWith("VARIANT:"))
6413 05 Feb 14 nicklas 264       {
6413 05 Feb 14 nicklas 265         int variantId = Values.getInt(pf.substring(8), -1);
6413 05 Feb 14 nicklas 266         if (variantId > 0) 
6413 05 Feb 14 nicklas 267         {
6413 05 Feb 14 nicklas 268           variant = PlatformVariant.getById(dc, variantId);
6413 05 Feb 14 nicklas 269           platform = variant.getPlatform();
6413 05 Feb 14 nicklas 270         }
6413 05 Feb 14 nicklas 271       }
3820 12 Oct 07 nicklas 272     }
1713 14 Dec 05 nicklas 273     RawDataType rdt = RawDataTypes.getRawDataType(Values.getStringOrNull(request.getParameter("rawdatatype")));
7703 11 Apr 19 nicklas 274     cc.setRecent(Item.PLATFORM, platform, maxRecent);
7703 11 Apr 19 nicklas 275     cc.setRecent(Item.PLATFORMVARIANT, variant, maxRecent);
2596 25 Aug 06 nicklas 276     if (rdt != null) cc.setRecent("RawDataType", rdt.getId(), maxRecent);
2596 25 Aug 06 nicklas 277
1713 14 Dec 05 nicklas 278     if (rba == null)
1672 30 Nov 05 nicklas 279     {
3820 12 Oct 07 nicklas 280       if (variant != null)
3820 12 Oct 07 nicklas 281       {
3820 12 Oct 07 nicklas 282         rba = RawBioAssay.getNew(dc, variant, rdt);
3820 12 Oct 07 nicklas 283       }
3820 12 Oct 07 nicklas 284       else
3820 12 Oct 07 nicklas 285       {
3820 12 Oct 07 nicklas 286         rba = RawBioAssay.getNew(dc, platform, rdt);
3820 12 Oct 07 nicklas 287       }
1713 14 Dec 05 nicklas 288       message = "Raw bioassay created";
1713 14 Dec 05 nicklas 289       dc.saveItem(rba);
1672 30 Nov 05 nicklas 290     }
1713 14 Dec 05 nicklas 291     else
1672 30 Nov 05 nicklas 292     {
5060 19 Aug 09 nicklas 293       dc.reattachItem(rba, false);
3820 12 Oct 07 nicklas 294       if (variant != null)
3820 12 Oct 07 nicklas 295       {
3820 12 Oct 07 nicklas 296         rba.setVariant(variant, rdt);
3820 12 Oct 07 nicklas 297       }
3820 12 Oct 07 nicklas 298       else if (platform != null)
3820 12 Oct 07 nicklas 299       {
3820 12 Oct 07 nicklas 300         rba.setPlatform(platform, rdt);
3820 12 Oct 07 nicklas 301       }
1713 14 Dec 05 nicklas 302       message = "Raw bioassay updated";
1672 30 Nov 05 nicklas 303     }
5501 18 Nov 10 nicklas 304     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.item(Item.RAWBIOASSAY), rba);
7604 25 Feb 19 nicklas 305     ExtensionsInvoker<OnSaveAction> invoker = EditUtil.useOnSaveExtensions(jspContext);
5501 18 Nov 10 nicklas 306     try
1672 30 Nov 05 nicklas 307     {
5501 18 Nov 10 nicklas 308       rba.setName(Values.getStringOrNull(request.getParameter("name")));
5501 18 Nov 10 nicklas 309       rba.setDescription(Values.getStringOrNull(request.getParameter("description")));
5501 18 Nov 10 nicklas 310       int protocolId = Values.getInt(request.getParameter("protocol_id"), -1);
5501 18 Nov 10 nicklas 311       if (protocolId >= 0)  // < 0 = denied or unchanged
3523 20 Jun 07 nicklas 312       {
5501 18 Nov 10 nicklas 313         Protocol pt = protocolId == 0 ? null : Protocol.getById(dc, protocolId);
5501 18 Nov 10 nicklas 314         rba.setProtocol(pt);
7703 11 Apr 19 nicklas 315         cc.setRecent(Item.PROTOCOL, pt, maxRecent);
5501 18 Nov 10 nicklas 316       }
5501 18 Nov 10 nicklas 317       int softwareId = Values.getInt(request.getParameter("software_id"), -1);
5501 18 Nov 10 nicklas 318       if (softwareId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
5501 18 Nov 10 nicklas 319       {
5501 18 Nov 10 nicklas 320         Software sw = softwareId == 0 ? null : Software.getById(dc, softwareId);
5501 18 Nov 10 nicklas 321         rba.setSoftware(sw);
7703 11 Apr 19 nicklas 322         cc.setRecent(Item.SOFTWARE, sw, maxRecent);
5501 18 Nov 10 nicklas 323       }
5685 04 Aug 11 nicklas 324       int bioAssayId = Values.getInt(request.getParameter("bioassay_id"), -1);
5685 04 Aug 11 nicklas 325       if (bioAssayId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
5685 04 Aug 11 nicklas 326       {
5685 04 Aug 11 nicklas 327         DerivedBioAssay bioAssay = bioAssayId == 0 ? null : DerivedBioAssay.getById(dc, bioAssayId);
5685 04 Aug 11 nicklas 328         rba.setParentBioAssay(bioAssay);
7703 11 Apr 19 nicklas 329         cc.setRecent(Item.DERIVEDBIOASSAY, bioAssay, maxRecent);
5685 04 Aug 11 nicklas 330       }
5685 04 Aug 11 nicklas 331       int extractId = Values.getInt(request.getParameter("extract_id"), -1);
5685 04 Aug 11 nicklas 332       if (extractId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
5685 04 Aug 11 nicklas 333       {
5685 04 Aug 11 nicklas 334         Extract extract = extractId == 0 ? null : Extract.getById(dc, extractId);
5685 04 Aug 11 nicklas 335         rba.setParentExtract(extract);
7703 11 Apr 19 nicklas 336         cc.setRecent(Item.EXTRACT, extract, maxRecent);
5685 04 Aug 11 nicklas 337       }
5657 16 Jun 11 nicklas 338
5501 18 Nov 10 nicklas 339       Job job = null;
5501 18 Nov 10 nicklas 340       ArrayDesign ad = null;
5501 18 Nov 10 nicklas 341       FeatureIdentificationMethod fiMethod = null;
5501 18 Nov 10 nicklas 342       int arrayDesignId = Values.getInt(request.getParameter("arraydesign_id"), -1);
5501 18 Nov 10 nicklas 343       if (arrayDesignId >= 0) // < 0 = denied or unchanged
5501 18 Nov 10 nicklas 344       {
5501 18 Nov 10 nicklas 345         ad = arrayDesignId == 0 ? null : ArrayDesign.getById(dc, arrayDesignId);
6600 17 Nov 14 nicklas 346         if (!rba.isSameArrayDesign(ad) || !rba.isInDatabase())
4093 18 Jan 08 enell 347         {
5807 14 Oct 11 nicklas 348           if (rba.hasData())
5501 18 Nov 10 nicklas 349           {
5807 14 Oct 11 nicklas 350             try
5807 14 Oct 11 nicklas 351             {
5807 14 Oct 11 nicklas 352               fiMethod = FeatureIdentificationMethod.valueOf(request.getParameter("fiMethod"));
5807 14 Oct 11 nicklas 353             }
5807 14 Oct 11 nicklas 354             catch (Exception ex)
5807 14 Oct 11 nicklas 355             {}
5807 14 Oct 11 nicklas 356             if (rba.getRawDataType().isStoredInDb() && ad != null && ad.hasFeatures())
5807 14 Oct 11 nicklas 357             {
5807 14 Oct 11 nicklas 358               // Create job and assign it to another thread
5807 14 Oct 11 nicklas 359               job = Job.getNew(dc, null, null, null);
5807 14 Oct 11 nicklas 360               job.setName("Validating array design on " + rba.getName());
5807 14 Oct 11 nicklas 361               job.setPrepared(Application.getHostName(), null);
5807 14 Oct 11 nicklas 362               job.setSendMessage(Values.getBoolean(sc.getUserClientSetting("plugins.sendmessage"), false));
5807 14 Oct 11 nicklas 363               dc.saveItem(job);
5807 14 Oct 11 nicklas 364             }
5807 14 Oct 11 nicklas 365             else
5807 14 Oct 11 nicklas 366             {
5807 14 Oct 11 nicklas 367               rba.updateArrayDesign(ad, fiMethod, null);
5807 14 Oct 11 nicklas 368             }
5501 18 Nov 10 nicklas 369           }
5501 18 Nov 10 nicklas 370           else
5501 18 Nov 10 nicklas 371           {
5807 14 Oct 11 nicklas 372             rba.setArrayDesign(ad);
5501 18 Nov 10 nicklas 373           }
4093 18 Jan 08 enell 374         }
7703 11 Apr 19 nicklas 375         cc.setRecent(Item.ARRAYDESIGN, ad, maxRecent);
3523 20 Jun 07 nicklas 376       }
5501 18 Nov 10 nicklas 377   
5501 18 Nov 10 nicklas 378       // Data files tab
5501 18 Nov 10 nicklas 379       boolean validate = Values.getBoolean(request.getParameter("datafiles.validate"));
5623 06 May 11 nicklas 380       Base.updateFiles(dc, rba, request, validate, cc, maxRecent);
5501 18 Nov 10 nicklas 381       
5501 18 Nov 10 nicklas 382       // Annotations tab
5501 18 Nov 10 nicklas 383       Base.updateAnnotations(dc, rba, rba, request);
5501 18 Nov 10 nicklas 384       
5501 18 Nov 10 nicklas 385       // OnSave extensions
5501 18 Nov 10 nicklas 386       invoker.render(OnSaveRenderer.ON_SAVE);
5501 18 Nov 10 nicklas 387       dc.commit();
5501 18 Nov 10 nicklas 388       invoker.render(OnSaveRenderer.ON_COMMIT);
5501 18 Nov 10 nicklas 389       if (job != null) 
3523 20 Jun 07 nicklas 390       {
5501 18 Nov 10 nicklas 391         redirect = "../jobs/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=ViewItem&item_id="+job.getId();
5501 18 Nov 10 nicklas 392         Thread updateThread = new Thread(new UpdateArrayDesign(job, rba, ad, fiMethod));
5501 18 Nov 10 nicklas 393         updateThread.setPriority(Thread.currentThread().getPriority() - 1);
5501 18 Nov 10 nicklas 394         updateThread.start();
3523 20 Jun 07 nicklas 395       }
1672 30 Nov 05 nicklas 396     }
5501 18 Nov 10 nicklas 397     catch (Exception ex)
3523 20 Jun 07 nicklas 398     {
5501 18 Nov 10 nicklas 399       invoker.render(OnSaveRenderer.onRollback(ex));
5501 18 Nov 10 nicklas 400       throw ex;
3523 20 Jun 07 nicklas 401     }
5501 18 Nov 10 nicklas 402     finally
5501 18 Nov 10 nicklas 403     {
5501 18 Nov 10 nicklas 404       cc.removeObject("item");
5501 18 Nov 10 nicklas 405     }
1713 14 Dec 05 nicklas 406   }
1765 13 Jan 06 nicklas 407   else if ("DeleteItem".equals(cmd))
1713 14 Dec 05 nicklas 408   {
1765 13 Jan 06 nicklas 409     // Delete a single item and then return to the view page
7954 12 May 21 nicklas 410     dc = sc.newDbControl(":Delete "+itemType);
1765 13 Jan 06 nicklas 411     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1765 13 Jan 06 nicklas 412     RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()), true);
1765 13 Jan 06 nicklas 413     dc.commit();
1765 13 Jan 06 nicklas 414     redirect = viewPage;
1765 13 Jan 06 nicklas 415   }
1765 13 Jan 06 nicklas 416   else if ("DeleteItems".equals(cmd))
1765 13 Jan 06 nicklas 417   {
1765 13 Jan 06 nicklas 418     // Delete all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 419     dc = sc.newDbControl(":Delete "+itemType);
1765 13 Jan 06 nicklas 420     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1765 13 Jan 06 nicklas 421     int numTotal = cc.getSelected().size();
1765 13 Jan 06 nicklas 422     int numRemoved = RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, cc.getSelected(), true);
1765 13 Jan 06 nicklas 423     dc.commit();
1765 13 Jan 06 nicklas 424     if (numTotal != numRemoved)
1765 13 Jan 06 nicklas 425     {
1765 13 Jan 06 nicklas 426       message = (numRemoved == 0 ? "No" : "Only "+numRemoved+" of "+numTotal) + " items could be deleted, because you have no DELETE permission";
1765 13 Jan 06 nicklas 427     }
6192 31 Oct 12 nicklas 428     redirect = listPage;
1765 13 Jan 06 nicklas 429   }
1765 13 Jan 06 nicklas 430   else if ("RestoreItem".equals(cmd))
1765 13 Jan 06 nicklas 431   {
1765 13 Jan 06 nicklas 432     // Restore a single item and then return to the view page
7954 12 May 21 nicklas 433     dc = sc.newDbControl(":Restore "+itemType);
1765 13 Jan 06 nicklas 434     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1765 13 Jan 06 nicklas 435     RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()), false);
1765 13 Jan 06 nicklas 436     dc.commit();
1765 13 Jan 06 nicklas 437     redirect = viewPage;
1765 13 Jan 06 nicklas 438   }
1765 13 Jan 06 nicklas 439   else if ("RestoreItems".equals(cmd))
1765 13 Jan 06 nicklas 440   {
1765 13 Jan 06 nicklas 441     // Restore all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 442     dc = sc.newDbControl(":Restore "+itemType);
1765 13 Jan 06 nicklas 443     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1765 13 Jan 06 nicklas 444     int numTotal = cc.getSelected().size();
1765 13 Jan 06 nicklas 445     int numRemoved = RemovableUtil.setRemoved(dc, itemType, cc.getSelected(), false);
1765 13 Jan 06 nicklas 446     dc.commit();
1765 13 Jan 06 nicklas 447     if (numTotal != numRemoved)
1765 13 Jan 06 nicklas 448     {
2528 15 Aug 06 martin 449       message = (numRemoved == 0 ? "No" : "Only "+numRemoved+" of "+numTotal) + " items could be restored, because you have no WRITE permission";
1765 13 Jan 06 nicklas 450     }
6192 31 Oct 12 nicklas 451     redirect = listPage;
1765 13 Jan 06 nicklas 452   }
1765 13 Jan 06 nicklas 453   else if ("ShareItem".equals(cmd))
1765 13 Jan 06 nicklas 454   {
1765 13 Jan 06 nicklas 455     // Display a popup window for sharing a single item
7954 12 May 21 nicklas 456     dc = sc.newDbControl(":Share "+itemType);
1765 13 Jan 06 nicklas 457     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1765 13 Jan 06 nicklas 458     MultiPermissions permissions = ShareableUtil.getMultiPermissions(dc, itemType, Collections.singleton(cc.getId()));
1765 13 Jan 06 nicklas 459     dc.close();
1765 13 Jan 06 nicklas 460     cc.setObject("MultiPermissions", permissions);
1765 13 Jan 06 nicklas 461     redirect = "../../common/share/share.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
1765 13 Jan 06 nicklas 462   }
1765 13 Jan 06 nicklas 463   else if ("ShareItems".equals(cmd))
1765 13 Jan 06 nicklas 464   {
1765 13 Jan 06 nicklas 465     // Display a popup window for sharing all selected items on the list page
7954 12 May 21 nicklas 466     dc = sc.newDbControl(":Share "+itemType);
1765 13 Jan 06 nicklas 467     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1765 13 Jan 06 nicklas 468     MultiPermissions permissions = ShareableUtil.getMultiPermissions(dc, itemType, cc.getSelected());
1765 13 Jan 06 nicklas 469     dc.close();
1765 13 Jan 06 nicklas 470     cc.setObject("MultiPermissions", permissions);
1765 13 Jan 06 nicklas 471     redirect = "../../common/share/share.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
1765 13 Jan 06 nicklas 472   }
4573 10 Oct 08 martin 473   else if ("SetOwnerOfItem".equals(cmd))
2918 15 Nov 06 nicklas 474   {
4573 10 Oct 08 martin 475     // Change owner of items selected on a list page
7954 12 May 21 nicklas 476     dc = sc.newDbControl(":Set owner of "+itemType);
2918 15 Nov 06 nicklas 477     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4587 15 Oct 08 martin 478     OwnedItem item = (OwnedItem)itemType.getById(dc, cc.getId());
4587 15 Oct 08 martin 479     cc.setObject("OwnedItems", Collections.singleton(item));
4573 10 Oct 08 martin 480     redirect = "../../common/ownership/ownership.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
2918 15 Nov 06 nicklas 481   }
4573 10 Oct 08 martin 482   else if ("SetOwnerOfItems".equals(cmd))
2918 15 Nov 06 nicklas 483   {
4573 10 Oct 08 martin 484     // Change owner of items selected on a list page
7954 12 May 21 nicklas 485     dc = sc.newDbControl(":Set owner of "+itemType);
2918 15 Nov 06 nicklas 486     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4587 15 Oct 08 martin 487     Set<OwnedItem> items = new HashSet<OwnedItem>();
4587 15 Oct 08 martin 488     for (Integer id : cc.getSelected())
4587 15 Oct 08 martin 489     {
4587 15 Oct 08 martin 490       if (id != null) items.add((OwnedItem)itemType.getById(dc, id));
4587 15 Oct 08 martin 491     }
4587 15 Oct 08 martin 492     dc.close();
4587 15 Oct 08 martin 493     cc.setObject("OwnedItems", items);
4573 10 Oct 08 martin 494     redirect = "../../common/ownership/ownership.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
2918 15 Nov 06 nicklas 495   }
6694 26 Jan 15 nicklas 496   else if ("InheritAnnotations".equals(cmd))
6694 26 Jan 15 nicklas 497   {
6694 26 Jan 15 nicklas 498     // Change owner of items selected on a list page
7954 12 May 21 nicklas 499     dc = sc.newDbControl(":Inherit annotations "+itemType);
6694 26 Jan 15 nicklas 500     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
6694 26 Jan 15 nicklas 501     Set<AnnotatedItem> items = new HashSet<AnnotatedItem>();
6694 26 Jan 15 nicklas 502     for (Integer id : cc.getSelected())
6694 26 Jan 15 nicklas 503     {
6694 26 Jan 15 nicklas 504       if (id != null) items.add((AnnotatedItem)itemType.getById(dc, id));
6694 26 Jan 15 nicklas 505     }
6694 26 Jan 15 nicklas 506     dc.close();
6694 26 Jan 15 nicklas 507     cc.setObject("AnnotatedItems", items);
6694 26 Jan 15 nicklas 508     redirect = "../../common/annotations/batch_inherit.jsp?ID="+ID+"&item_type="+itemType.name();
6694 26 Jan 15 nicklas 509   }
1765 13 Jan 06 nicklas 510   else if ("ExportItems".equals(cmd))
1765 13 Jan 06 nicklas 511   {
1765 13 Jan 06 nicklas 512     // Run an export plugin in a list context
1765 13 Jan 06 nicklas 513     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1713 14 Dec 05 nicklas 514     final ItemQuery<RawBioAssay> query = RawBioAssay.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 515     dc = sc.newDbControl(":Export "+itemType);
7903 25 Jan 21 nicklas 516     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
6030 28 Mar 12 nicklas 517     cc.setQuery(query);
7903 25 Jan 21 nicklas 518     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
6030 28 Mar 12 nicklas 519     registerExportUtils(cc);
7604 25 Feb 19 nicklas 520     ExtensionsInvoker<ListColumnAction<RawBioAssay,?>> listInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
7604 25 Feb 19 nicklas 521     listInvoker.render(new ListColumnExportRenderer<RawBioAssay>(cc));
5590 16 Mar 11 nicklas 522     dc.close();
1765 13 Jan 06 nicklas 523     redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Export+raw+bioassays";
1713 14 Dec 05 nicklas 524   }
1765 13 Jan 06 nicklas 525   else if ("ExportItem".equals(cmd))
1765 13 Jan 06 nicklas 526   {
1765 13 Jan 06 nicklas 527     // Run an export plugin in single-item context
1765 13 Jan 06 nicklas 528     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
4901 23 Apr 09 martin 529     registerExportUtils(cc);
1765 13 Jan 06 nicklas 530     redirect = "../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Export+raw+bioassay";
1765 13 Jan 06 nicklas 531   }
1765 13 Jan 06 nicklas 532   else if ("ImportItems".equals(cmd))
1765 13 Jan 06 nicklas 533   {
1765 13 Jan 06 nicklas 534     // Run an import plugin in a list context
1765 13 Jan 06 nicklas 535     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1765 13 Jan 06 nicklas 536     final ItemQuery<RawBioAssay> query = RawBioAssay.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 537     dc = sc.newDbControl(":Import "+itemType);
7903 25 Jan 21 nicklas 538     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7903 25 Jan 21 nicklas 539     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
5590 16 Mar 11 nicklas 540     dc.close();
1765 13 Jan 06 nicklas 541     cc.setQuery(query);
1765 13 Jan 06 nicklas 542     redirect = "../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&title=Import+raw+bioassays";
1765 13 Jan 06 nicklas 543   }
1765 13 Jan 06 nicklas 544   else if ("ImportItem".equals(cmd))
1765 13 Jan 06 nicklas 545   {
1765 13 Jan 06 nicklas 546     // Run an import plugin in single-item context
1765 13 Jan 06 nicklas 547     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1765 13 Jan 06 nicklas 548     redirect = "../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&title=Import+raw+bioassay";
1765 13 Jan 06 nicklas 549   }
1765 13 Jan 06 nicklas 550   else if ("RunListPlugin".equals(cmd))
1765 13 Jan 06 nicklas 551   {
1765 13 Jan 06 nicklas 552     // Run another plugin in a list context
1765 13 Jan 06 nicklas 553     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1765 13 Jan 06 nicklas 554     final ItemQuery<RawBioAssay> query = RawBioAssay.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 555     dc = sc.newDbControl(":Run plugin "+itemType);
7903 25 Jan 21 nicklas 556     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7903 25 Jan 21 nicklas 557     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
5590 16 Mar 11 nicklas 558     dc.close();
1765 13 Jan 06 nicklas 559     cc.setQuery(query);
1787 18 Jan 06 nicklas 560     redirect = "../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=LIST&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
1765 13 Jan 06 nicklas 561   }
1765 13 Jan 06 nicklas 562   else if ("RunPlugin".equals(cmd))
1765 13 Jan 06 nicklas 563   {
1765 13 Jan 06 nicklas 564     // Run another plugin in single-item context
1765 13 Jan 06 nicklas 565     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
1787 18 Jan 06 nicklas 566     redirect = "../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&context_type=ITEM&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
1765 13 Jan 06 nicklas 567   }
6311 23 Aug 13 nicklas 568   else if ("NewExperiment".equals(cmd))
6311 23 Aug 13 nicklas 569   {
6311 23 Aug 13 nicklas 570     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
6311 23 Aug 13 nicklas 571     redirect = "../experiments/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=NewItem&rawbioassays=1";
6311 23 Aug 13 nicklas 572   }
6813 31 Mar 15 nicklas 573   else if ("CreateItemList".equals(cmd))
6813 31 Mar 15 nicklas 574   {
6813 31 Mar 15 nicklas 575     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
6813 31 Mar 15 nicklas 576     final ItemQuery<RawBioAssay> query = RawBioAssay.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 577     dc = sc.newDbControl(":Create "+itemType+" item list");
7914 23 Feb 21 nicklas 578     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 579     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
6813 31 Mar 15 nicklas 580     dc.close();
6813 31 Mar 15 nicklas 581     cc.setQuery(query);
6813 31 Mar 15 nicklas 582     redirect = "../../views/itemlists/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=NewItem&addItems=1&memberType=RAWBIOASSAY&formId=rawbioassays";
6813 31 Mar 15 nicklas 583   }
7813 19 May 20 nicklas 584   else if ("AddItemsToList".equals(cmd))
7813 19 May 20 nicklas 585   {
7813 19 May 20 nicklas 586     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, pageContext, defaultContext);
7813 19 May 20 nicklas 587     final ItemQuery<RawBioAssay> query = RawBioAssay.getQuery();
7954 12 May 21 nicklas 588     dc = sc.newDbControl(":Add items to "+itemType+" item list");
7914 23 Feb 21 nicklas 589     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 590     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
7813 19 May 20 nicklas 591     dc.close();
7813 19 May 20 nicklas 592     cc.setQuery(query);
7813 19 May 20 nicklas 593     redirect = "../../views/itemlists/add_items.jsp?ID="+ID+"&memberType=RAWBIOASSAY&formId=rawbioassays";
7813 19 May 20 nicklas 594   }
1765 13 Jan 06 nicklas 595   else
1765 13 Jan 06 nicklas 596   {
1765 13 Jan 06 nicklas 597     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
1765 13 Jan 06 nicklas 598   }
1765 13 Jan 06 nicklas 599
1672 30 Nov 05 nicklas 600 }
1672 30 Nov 05 nicklas 601 finally
1672 30 Nov 05 nicklas 602 {
1672 30 Nov 05 nicklas 603   if (dc != null) dc.close();
1672 30 Nov 05 nicklas 604 }
1713 14 Dec 05 nicklas 605
1713 14 Dec 05 nicklas 606 if (forward != null)
1713 14 Dec 05 nicklas 607 {
6192 31 Oct 12 nicklas 608   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
1713 14 Dec 05 nicklas 609   pageContext.forward(forward);
1713 14 Dec 05 nicklas 610 }
1713 14 Dec 05 nicklas 611 else if (redirect != null)
1713 14 Dec 05 nicklas 612 {
6192 31 Oct 12 nicklas 613   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
1713 14 Dec 05 nicklas 614   response.sendRedirect(redirect);
1713 14 Dec 05 nicklas 615 }
1713 14 Dec 05 nicklas 616 else if (message == null)
1713 14 Dec 05 nicklas 617 {
1713 14 Dec 05 nicklas 618   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&wait=0");
1713 14 Dec 05 nicklas 619 }
1713 14 Dec 05 nicklas 620 else
1713 14 Dec 05 nicklas 621 {
1713 14 Dec 05 nicklas 622   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
1713 14 Dec 05 nicklas 623 }
1713 14 Dec 05 nicklas 624 %>
1713 14 Dec 05 nicklas 625

Generated on Sat Oct  7 02:48:17 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)