www/views/rawbioassays/rawdata/index.jsp

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1672 30 Nov 05 nicklas 1 <%-- $Id$
1672 30 Nov 05 nicklas 2   ------------------------------------------------------------------
3675 16 Aug 07 jari 3   Copyright (C) 2005 Nicklas Nordborg
5425 23 Sep 10 nicklas 4   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Nicklas Nordborg
1672 30 Nov 05 nicklas 5
2304 22 May 06 jari 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
2304 22 May 06 jari 7   Available at http://base.thep.lu.se/
1672 30 Nov 05 nicklas 8
1672 30 Nov 05 nicklas 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or
1672 30 Nov 05 nicklas 10   modify it under the terms of the GNU General Public License
4476 05 Sep 08 jari 11   as published by the Free Software Foundation; either version 3
1672 30 Nov 05 nicklas 12   of the License, or (at your option) any later version.
1672 30 Nov 05 nicklas 13
1672 30 Nov 05 nicklas 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful,
1672 30 Nov 05 nicklas 15   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1672 30 Nov 05 nicklas 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
1672 30 Nov 05 nicklas 17   GNU General Public License for more details.
1672 30 Nov 05 nicklas 18
1672 30 Nov 05 nicklas 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
4511 11 Sep 08 jari 20   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
1672 30 Nov 05 nicklas 21   ------------------------------------------------------------------
1672 30 Nov 05 nicklas 22
1672 30 Nov 05 nicklas 23   @author Nicklas
1672 30 Nov 05 nicklas 24   @version 2.0
1672 30 Nov 05 nicklas 25 --%>
5426 24 Sep 10 nicklas 26 <%@ page pageEncoding="UTF-8" session="false"
1672 30 Nov 05 nicklas 27   import="net.sf.basedb.core.SessionControl"
1672 30 Nov 05 nicklas 28   import="net.sf.basedb.core.DbControl"
1672 30 Nov 05 nicklas 29   import="net.sf.basedb.core.Item"
1765 13 Jan 06 nicklas 30   import="net.sf.basedb.core.ItemContext"
1672 30 Nov 05 nicklas 31   import="net.sf.basedb.core.data.RawData"
4305 21 May 08 nicklas 32   import="net.sf.basedb.core.data.ReporterData"
1672 30 Nov 05 nicklas 33   import="net.sf.basedb.core.RawBioAssay"
1933 07 Feb 06 nicklas 34   import="net.sf.basedb.core.RawDataType"
1672 30 Nov 05 nicklas 35   import="net.sf.basedb.core.ItemQuery"
1672 30 Nov 05 nicklas 36   import="net.sf.basedb.core.DataQuery"
1672 30 Nov 05 nicklas 37   import="net.sf.basedb.core.DataResultIterator"
1672 30 Nov 05 nicklas 38   import="net.sf.basedb.core.Permission"
1672 30 Nov 05 nicklas 39   import="net.sf.basedb.core.PermissionDeniedException"
5319 20 Apr 10 nicklas 40   import="net.sf.basedb.core.query.Hql"
1672 30 Nov 05 nicklas 41   import="net.sf.basedb.clients.web.Base"
1765 13 Jan 06 nicklas 42   import="net.sf.basedb.clients.web.WebException"
1672 30 Nov 05 nicklas 43   import="net.sf.basedb.clients.web.util.HTML"
2753 20 Oct 06 nicklas 44   import="net.sf.basedb.util.Values"
4866 31 Mar 09 martin 45   import="net.sf.basedb.util.formatter.WellCoordinateFormatter"
6040 30 Mar 12 nicklas 46   import="net.sf.basedb.core.plugin.GuiContext"
6040 30 Mar 12 nicklas 47   import="net.sf.basedb.util.extensions.ExtensionsInvoker"
6040 30 Mar 12 nicklas 48   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.ExtensionsControl"
6040 30 Mar 12 nicklas 49   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.JspContext"
6040 30 Mar 12 nicklas 50   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnExportRenderer"
7604 25 Feb 19 nicklas 51   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnAction"
6040 30 Mar 12 nicklas 52   import="net.sf.basedb.clients.web.extensions.list.ListColumnUtil"
1672 30 Nov 05 nicklas 53   import="java.util.List"
1672 30 Nov 05 nicklas 54 %>
1672 30 Nov 05 nicklas 55 <%@ taglib prefix="base" uri="/WEB-INF/base.tld" %>
1672 30 Nov 05 nicklas 56 <%@ taglib prefix="tbl" uri="/WEB-INF/table.tld" %>
1672 30 Nov 05 nicklas 57 <%!
1943 08 Feb 06 nicklas 58   private static final ItemContext defaultContext = Base.createDefaultContext("position", "position,block,row,column,reporter.name,reporter.externalId");
1765 13 Jan 06 nicklas 59   private static final Item itemType = Item.RAWDATA;
4866 31 Mar 09 martin 60   
4866 31 Mar 09 martin 61   private static void registerExportFormatters(ItemContext cc)
4866 31 Mar 09 martin 62   {
4866 31 Mar 09 martin 63     cc.setObject("export.formatter.feature.well.row", new WellCoordinateFormatter(true));
4866 31 Mar 09 martin 64     cc.setObject("export.formatter.feature.well.column", new WellCoordinateFormatter(false));
4866 31 Mar 09 martin 65   }
1672 30 Nov 05 nicklas 66 %>
1672 30 Nov 05 nicklas 67 <%
1672 30 Nov 05 nicklas 68 final int rawBioAssayId = Values.getInt(request.getParameter("rawbioassay_id"));
1765 13 Jan 06 nicklas 69
1765 13 Jan 06 nicklas 70 final SessionControl sc = Base.getExistingSessionControl(pageContext, true);
1672 30 Nov 05 nicklas 71 final String ID = sc.getId();
1765 13 Jan 06 nicklas 72 final String cmd = request.getParameter("cmd");
1765 13 Jan 06 nicklas 73 final String root = request.getContextPath()+"/";
1765 13 Jan 06 nicklas 74 final String listPage = "list_rawdata.jsp?ID="+ID+"&rawbioassay_id="+rawBioAssayId;
1765 13 Jan 06 nicklas 75 final String viewPage = "view_rawdata.jsp?ID="+ID+"&rawbioassay_id="+rawBioAssayId;
1877 01 Feb 06 nicklas 76 sc.getCurrentContext(Item.RAWBIOASSAY).setId(rawBioAssayId);
1672 30 Nov 05 nicklas 77
1765 13 Jan 06 nicklas 78 String forward = null;
1765 13 Jan 06 nicklas 79 String redirect = null;
1765 13 Jan 06 nicklas 80 String message = null;
1765 13 Jan 06 nicklas 81 DbControl dc = null;
1765 13 Jan 06 nicklas 82
1672 30 Nov 05 nicklas 83 try
1672 30 Nov 05 nicklas 84 {
7954 12 May 21 nicklas 85   dc = sc.newDbControl(":"+cmd+" Raw data");
1933 07 Feb 06 nicklas 86   RawBioAssay rba = RawBioAssay.getById(dc, rawBioAssayId);
1933 07 Feb 06 nicklas 87   RawDataType rawDataType = rba.getRawDataType();
1933 07 Feb 06 nicklas 88
1765 13 Jan 06 nicklas 89   if (cmd == null || "List".equals(cmd))
1672 30 Nov 05 nicklas 90   {
1765 13 Jan 06 nicklas 91     // Display the list page without updatinging the current context
1933 07 Feb 06 nicklas 92     Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, rawDataType.getId(), null, defaultContext);
1765 13 Jan 06 nicklas 93     redirect = listPage;
1672 30 Nov 05 nicklas 94   }
1765 13 Jan 06 nicklas 95   else if ("UpdateContext".equals(cmd))
1765 13 Jan 06 nicklas 96   {
1765 13 Jan 06 nicklas 97     // Display the list page after updating the current context from the request parameters
1933 07 Feb 06 nicklas 98     Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, rawDataType.getId(), pageContext, defaultContext);
1765 13 Jan 06 nicklas 99     redirect = listPage;
1765 13 Jan 06 nicklas 100   }
1765 13 Jan 06 nicklas 101   else if ("LoadContext".equals(cmd))
1765 13 Jan 06 nicklas 102   {
1765 13 Jan 06 nicklas 103     // Display the list page after loading a saved context
1765 13 Jan 06 nicklas 104     int contextId = Values.getInt(request.getParameter("context"));
1765 13 Jan 06 nicklas 105     Base.loadContext(sc, contextId, defaultContext);
1765 13 Jan 06 nicklas 106     redirect = listPage;
1765 13 Jan 06 nicklas 107   }
1765 13 Jan 06 nicklas 108   else if ("ViewItem".equals(cmd))
1765 13 Jan 06 nicklas 109   {
1765 13 Jan 06 nicklas 110     // Display the view page for a single item 
1933 07 Feb 06 nicklas 111     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, rawDataType.getId(), pageContext, defaultContext);
1765 13 Jan 06 nicklas 112     forward = viewPage;
1765 13 Jan 06 nicklas 113   }
1877 01 Feb 06 nicklas 114   else if ("ExportItems".equals(cmd))
1877 01 Feb 06 nicklas 115   {
1877 01 Feb 06 nicklas 116     // Run an export plugin in a list context
1933 07 Feb 06 nicklas 117     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, rawDataType.getId(), pageContext, defaultContext);
1877 01 Feb 06 nicklas 118     final DataQuery<RawData> query = rba.getRawData();
5319 20 Apr 10 nicklas 119     query.join(Hql.leftJoin(null, "reporter", "r", null, true));
5319 20 Apr 10 nicklas 120     query.join(Hql.leftJoin(null, "feature", "f", null, true));
7914 23 Feb 21 nicklas 121     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType, rawDataType.getId()), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 122     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
6040 30 Mar 12 nicklas 123     cc.setQuery(query);
4866 31 Mar 09 martin 124     registerExportFormatters(cc);
7604 25 Feb 19 nicklas 125     ExtensionsInvoker<ListColumnAction<RawData,?>> listInvoker = ListColumnUtil.useExtensions(jspContext);
7604 25 Feb 19 nicklas 126     listInvoker.render(new ListColumnExportRenderer<RawData>(cc));
1945 09 Feb 06 nicklas 127     redirect = "../../../common/export/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&subcontext="+rawDataType.getId()+"&context_type=LIST&title=Export+raw+data";
1877 01 Feb 06 nicklas 128   }
1945 09 Feb 06 nicklas 129   else if ("ImportItems".equals(cmd))
1945 09 Feb 06 nicklas 130   {
1945 09 Feb 06 nicklas 131     // Run an import plugin in a list context
1945 09 Feb 06 nicklas 132     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, rawDataType.getId(), pageContext, defaultContext);
1945 09 Feb 06 nicklas 133     final DataQuery<RawData> query = rba.getRawData();
5319 20 Apr 10 nicklas 134     query.join(Hql.leftJoin(null, "reporter", "r", null, true));
5319 20 Apr 10 nicklas 135     query.join(Hql.leftJoin(null, "feature", "f", null, true));
7914 23 Feb 21 nicklas 136     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType, rawDataType.getId()), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 137     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
1945 09 Feb 06 nicklas 138     cc.setQuery(query);
1945 09 Feb 06 nicklas 139     redirect = "../../../common/import/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&subcontext="+rawDataType.getId()+"&context_type=LIST&title=Import+raw+data";
1945 09 Feb 06 nicklas 140   }
1945 09 Feb 06 nicklas 141   else if ("RunListPlugin".equals(cmd))
1945 09 Feb 06 nicklas 142   {
1945 09 Feb 06 nicklas 143     // Run another plugin in a list context
1945 09 Feb 06 nicklas 144     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, rawDataType.getId(), pageContext, defaultContext);
1945 09 Feb 06 nicklas 145     final DataQuery<RawData> query = rba.getRawData();
5319 20 Apr 10 nicklas 146     query.join(Hql.leftJoin(null, "reporter", "r", null, true));
5319 20 Apr 10 nicklas 147     query.join(Hql.leftJoin(null, "feature", "f", null, true));
7914 23 Feb 21 nicklas 148     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType, rawDataType.getId()), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 149     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
1945 09 Feb 06 nicklas 150     cc.setQuery(query);
1945 09 Feb 06 nicklas 151     redirect = "../../../common/plugin/index.jsp?ID="+ID+"&cmd=SelectPlugin&item_type="+itemType.name()+"&subcontext="+rawDataType.getId()+"&context_type=LIST&main_type=OTHER&title=Run+plugin";
1945 09 Feb 06 nicklas 152   }
4305 21 May 08 nicklas 153   else if ("CreateReporterList".equals(cmd))
4305 21 May 08 nicklas 154   {
4305 21 May 08 nicklas 155     ItemContext cc = Base.getAndSetCurrentContext(sc, itemType, rawDataType.getId(), pageContext, defaultContext);
4305 21 May 08 nicklas 156     final DataQuery<ReporterData> query = rba.getReporters();
6935 23 Jun 15 nicklas 157     query.join(Hql.leftJoin("reporter", "r"));
6935 23 Jun 15 nicklas 158     query.join(Hql.leftJoin("feature", "f"));
7914 23 Feb 21 nicklas 159     JspContext jspContext = ExtensionsControl.createContext(dc, pageContext, GuiContext.list(itemType, rawDataType.getId()), null);
7914 23 Feb 21 nicklas 160     cc.configureQuery(dc, query, jspContext, true);
4305 21 May 08 nicklas 161     cc.setQuery(query);
4305 21 May 08 nicklas 162     redirect = "../../../views/reporterlists/index.jsp?ID="+ID+
4305 21 May 08 nicklas 163       "&cmd=NewItem&addReporters=1&formId=rawdata&fromContext=RAWDATA&subContext="+rawDataType.getId()+
4305 21 May 08 nicklas 164       "&name=" + HTML.urlEncode(rba.getName());
4305 21 May 08 nicklas 165   }
1765 13 Jan 06 nicklas 166   else
1765 13 Jan 06 nicklas 167   {
1765 13 Jan 06 nicklas 168     throw new WebException("popup", "Invalid command", "The command {1} is not recognised as a valid command.", cmd);
1765 13 Jan 06 nicklas 169   }
1765 13 Jan 06 nicklas 170
1672 30 Nov 05 nicklas 171 }
1672 30 Nov 05 nicklas 172 finally
1672 30 Nov 05 nicklas 173 {
1672 30 Nov 05 nicklas 174   if (dc != null) dc.close();
1672 30 Nov 05 nicklas 175 }
1765 13 Jan 06 nicklas 176 if (forward != null)
1765 13 Jan 06 nicklas 177 {
6192 31 Oct 12 nicklas 178   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
1765 13 Jan 06 nicklas 179   pageContext.forward(forward);
1765 13 Jan 06 nicklas 180 }
1765 13 Jan 06 nicklas 181 else if (redirect != null)
1765 13 Jan 06 nicklas 182 {
6192 31 Oct 12 nicklas 183   sc.setSessionSetting("alert-message", message);
1765 13 Jan 06 nicklas 184   response.sendRedirect(redirect);
1765 13 Jan 06 nicklas 185 }
1765 13 Jan 06 nicklas 186 else if (message == null)
1765 13 Jan 06 nicklas 187 {
1765 13 Jan 06 nicklas 188   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&wait=0");
1765 13 Jan 06 nicklas 189 }
1765 13 Jan 06 nicklas 190 else
1765 13 Jan 06 nicklas 191 {
1765 13 Jan 06 nicklas 192   response.sendRedirect(root + "common/close_popup.jsp?refresh_opener=1&message="+HTML.urlEncode(message));
1765 13 Jan 06 nicklas 193 }
1765 13 Jan 06 nicklas 194
3675 16 Aug 07 jari 195 %>

Generated on Sat Oct  7 02:48:14 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)