affyfusion-109/src/affymetrix/calvin/data/CHPExpressionEntry.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21 package affymetrix.calvin.data;
11 13 Sep 07 nicklas 22
11 13 Sep 07 nicklas 23 /** This class stores the expression probe set analysis results. */
11 13 Sep 07 nicklas 24 public class CHPExpressionEntry {
11 13 Sep 07 nicklas 25
11 13 Sep 07 nicklas 26     /** The probe set name. */
11 13 Sep 07 nicklas 27     private String probeSetName;
11 13 Sep 07 nicklas 28
11 13 Sep 07 nicklas 29     /** The detection call. */
11 13 Sep 07 nicklas 30     private byte detection;
11 13 Sep 07 nicklas 31
11 13 Sep 07 nicklas 32     /** The detection p-value. */
11 13 Sep 07 nicklas 33     private float detectionPValue;
11 13 Sep 07 nicklas 34
11 13 Sep 07 nicklas 35     /** The signal. */
11 13 Sep 07 nicklas 36     private float signal;
11 13 Sep 07 nicklas 37
11 13 Sep 07 nicklas 38     /** The number of probe pairs in the probe set. */
11 13 Sep 07 nicklas 39     private short numPairs;
11 13 Sep 07 nicklas 40
11 13 Sep 07 nicklas 41     /** The number of probe pairs used in the analysis. */
11 13 Sep 07 nicklas 42     private short numPairsUsed;
11 13 Sep 07 nicklas 43
11 13 Sep 07 nicklas 44     /** A flag to indicate if comparison data exists. */
11 13 Sep 07 nicklas 45     private boolean hasComparisonData;
11 13 Sep 07 nicklas 46
11 13 Sep 07 nicklas 47     /** The change call. */
11 13 Sep 07 nicklas 48     private byte change;
11 13 Sep 07 nicklas 49
11 13 Sep 07 nicklas 50     /** The change p-value. */
11 13 Sep 07 nicklas 51     private float changePValue;
11 13 Sep 07 nicklas 52
11 13 Sep 07 nicklas 53     /** The signal log ratio. */
11 13 Sep 07 nicklas 54     private float sigLogRatio;
11 13 Sep 07 nicklas 55
11 13 Sep 07 nicklas 56     /** The signal log ratio low. */
11 13 Sep 07 nicklas 57     private float sigLogRatioLo;
11 13 Sep 07 nicklas 58
11 13 Sep 07 nicklas 59     /** The signal log ratio high. */
11 13 Sep 07 nicklas 60     private float sigLogRatioHi;
11 13 Sep 07 nicklas 61
11 13 Sep 07 nicklas 62     /** The number of probe pairs in common between control and experiment. */
11 13 Sep 07 nicklas 63     private short commonPairs;
11 13 Sep 07 nicklas 64
11 13 Sep 07 nicklas 65     /** Constructor. */
11 13 Sep 07 nicklas 66     public CHPExpressionEntry() { clear(); }
11 13 Sep 07 nicklas 67
11 13 Sep 07 nicklas 68     /** Constructor with absolute and comparison data.
11 13 Sep 07 nicklas 69      * @param psName The probe set name
11 13 Sep 07 nicklas 70      * @param detect The detection
11 13 Sep 07 nicklas 71      * @param detectPValue The detection p-value
11 13 Sep 07 nicklas 72      * @param sig The signal
11 13 Sep 07 nicklas 73      * @param nPairs The number of probe pairs in the set.
11 13 Sep 07 nicklas 74      * @param nPairsUsed The number of probe pairs used in the analysis
11 13 Sep 07 nicklas 75      * @param compData Flag indicating if comp data exists.
11 13 Sep 07 nicklas 76      * @param chg The change call
11 13 Sep 07 nicklas 77      * @param chgPValue The change p-value
11 13 Sep 07 nicklas 78      * @param sLogRatio The signal log ratio
11 13 Sep 07 nicklas 79      * @param sLogRatioLo The signal log ratio low
11 13 Sep 07 nicklas 80      * @param sLogRatioHi The signal log ratio high
11 13 Sep 07 nicklas 81      * @param commonPrs The number of probe pairs in common between control and experiment
11 13 Sep 07 nicklas 82      */
11 13 Sep 07 nicklas 83     public CHPExpressionEntry(String psName,
11 13 Sep 07 nicklas 84                         byte detect,
11 13 Sep 07 nicklas 85                         float detectPValue,
11 13 Sep 07 nicklas 86                         float sig,
11 13 Sep 07 nicklas 87                         short nPairs,
11 13 Sep 07 nicklas 88                         short nPairsUsed,
11 13 Sep 07 nicklas 89                         boolean compData,
11 13 Sep 07 nicklas 90                         byte chg,
11 13 Sep 07 nicklas 91                         float chgPValue,
11 13 Sep 07 nicklas 92                         float sLogRatio,
11 13 Sep 07 nicklas 93                         float sLogRatioLo,
11 13 Sep 07 nicklas 94                         float sLogRatioHi,
11 13 Sep 07 nicklas 95                         short commonPrs) {
11 13 Sep 07 nicklas 96         probeSetName = psName;
11 13 Sep 07 nicklas 97   detection = detect;
11 13 Sep 07 nicklas 98   detectionPValue = detectPValue;
11 13 Sep 07 nicklas 99   signal = sig;
11 13 Sep 07 nicklas 100   numPairs = nPairs;
11 13 Sep 07 nicklas 101   numPairsUsed = nPairsUsed;
11 13 Sep 07 nicklas 102   hasComparisonData = compData;
11 13 Sep 07 nicklas 103   change = chg;
11 13 Sep 07 nicklas 104   changePValue = chgPValue;
11 13 Sep 07 nicklas 105   sigLogRatio = sLogRatio;
11 13 Sep 07 nicklas 106   sigLogRatioLo = sLogRatioLo;
11 13 Sep 07 nicklas 107   sigLogRatioHi = sLogRatioHi;
11 13 Sep 07 nicklas 108   commonPairs = commonPrs;
11 13 Sep 07 nicklas 109     }
11 13 Sep 07 nicklas 110
11 13 Sep 07 nicklas 111     /** Constructor with absolute data only.
11 13 Sep 07 nicklas 112      * @param psName The probe set name
11 13 Sep 07 nicklas 113      * @param detect The detection
11 13 Sep 07 nicklas 114      * @param detectPValue The detection p-value
11 13 Sep 07 nicklas 115      * @param sig The signal
11 13 Sep 07 nicklas 116      * @param nPairs The number of probe pairs in the set.
11 13 Sep 07 nicklas 117      * @param nPairsUsed The number of probe pairs used in the analysis
11 13 Sep 07 nicklas 118      */
11 13 Sep 07 nicklas 119     public CHPExpressionEntry(String psName,
11 13 Sep 07 nicklas 120                         byte detect,
11 13 Sep 07 nicklas 121                         float detectPValue,
11 13 Sep 07 nicklas 122                         float sig,
11 13 Sep 07 nicklas 123                         short nPairs,
11 13 Sep 07 nicklas 124                         short nPairsUsed) {
11 13 Sep 07 nicklas 125         probeSetName = psName;
11 13 Sep 07 nicklas 126   detection = detect;
11 13 Sep 07 nicklas 127   detectionPValue = detectPValue;
11 13 Sep 07 nicklas 128   signal = sig;
11 13 Sep 07 nicklas 129   numPairs = nPairs;
11 13 Sep 07 nicklas 130   numPairsUsed = nPairsUsed;
11 13 Sep 07 nicklas 131   hasComparisonData = false;
11 13 Sep 07 nicklas 132   change = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 133   changePValue = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 134   sigLogRatio = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 135   sigLogRatioLo = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 136   sigLogRatioHi = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 137   commonPairs = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 138     }
11 13 Sep 07 nicklas 139
11 13 Sep 07 nicklas 140     
11 13 Sep 07 nicklas 141     /** Constructor with expression probe set result.
11 13 Sep 07 nicklas 142      * @param e The expression result.
11 13 Sep 07 nicklas 143      */
11 13 Sep 07 nicklas 144     public CHPExpressionEntry(CHPExpressionEntry e) {
11 13 Sep 07 nicklas 145   probeSetName = e.getProbeSetName();
11 13 Sep 07 nicklas 146   detection = e.getDetection();
11 13 Sep 07 nicklas 147   detectionPValue = e.getDetectionPValue();
11 13 Sep 07 nicklas 148   signal = e.getSignal();
11 13 Sep 07 nicklas 149   numPairs = e.getNumPairs();
11 13 Sep 07 nicklas 150   numPairsUsed = e.getNumPairsUsed();
11 13 Sep 07 nicklas 151   hasComparisonData = e.getHasComparisonData();
11 13 Sep 07 nicklas 152   change = e.getChange();
11 13 Sep 07 nicklas 153   changePValue = e.getChangePValue();
11 13 Sep 07 nicklas 154   sigLogRatio = e.getSigLogRatio();
11 13 Sep 07 nicklas 155   sigLogRatioLo = e.getSigLogRatioLo();
11 13 Sep 07 nicklas 156   sigLogRatioHi = e.getSigLogRatioHi();
11 13 Sep 07 nicklas 157   commonPairs = e.getCommonPairs();
11 13 Sep 07 nicklas 158     }
11 13 Sep 07 nicklas 159
11 13 Sep 07 nicklas 160     /** Clears the members. */
11 13 Sep 07 nicklas 161     public void clear() {
11 13 Sep 07 nicklas 162   probeSetName = null;
11 13 Sep 07 nicklas 163   detection = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 164   detectionPValue = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 165   signal = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 166   numPairs = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 167   numPairsUsed = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 168   hasComparisonData = false;
11 13 Sep 07 nicklas 169   change = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 170   changePValue = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 171   sigLogRatio = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 172   sigLogRatioLo = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 173   sigLogRatioHi = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 174   commonPairs = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 175     }
11 13 Sep 07 nicklas 176
11 13 Sep 07 nicklas 177     /** Gets the probe set name. */
11 13 Sep 07 nicklas 178     public String getProbeSetName() { return probeSetName; }
11 13 Sep 07 nicklas 179
11 13 Sep 07 nicklas 180     /** Get the detection call. */
11 13 Sep 07 nicklas 181     public byte getDetection() { return detection; }
11 13 Sep 07 nicklas 182
11 13 Sep 07 nicklas 183     /** Gets the detection p-value. */
11 13 Sep 07 nicklas 184     public float getDetectionPValue() { return detectionPValue; }
11 13 Sep 07 nicklas 185
11 13 Sep 07 nicklas 186     /** Gets the signal value. */
11 13 Sep 07 nicklas 187     public float getSignal() { return signal; }
11 13 Sep 07 nicklas 188
11 13 Sep 07 nicklas 189     /** Gets the number of probe pairs in the set. */
11 13 Sep 07 nicklas 190     public short getNumPairs() { return numPairs; }
11 13 Sep 07 nicklas 191
11 13 Sep 07 nicklas 192     /** Gets the number of probe pairs used in the analysis. */
11 13 Sep 07 nicklas 193     public short getNumPairsUsed() { return numPairsUsed; }
11 13 Sep 07 nicklas 194
11 13 Sep 07 nicklas 195     /** A flag to indicate if comparison data exists. */
11 13 Sep 07 nicklas 196     public boolean getHasComparisonData() { return hasComparisonData; }
11 13 Sep 07 nicklas 197
11 13 Sep 07 nicklas 198     /** Gets the change call. */
11 13 Sep 07 nicklas 199     public byte getChange() { return change; }
11 13 Sep 07 nicklas 200
11 13 Sep 07 nicklas 201     /** Gets the change p-value. */
11 13 Sep 07 nicklas 202     public float getChangePValue() { return changePValue; }
11 13 Sep 07 nicklas 203
11 13 Sep 07 nicklas 204     /** Gets the signal log ratio. */
11 13 Sep 07 nicklas 205     public float getSigLogRatio() { return sigLogRatio; }
11 13 Sep 07 nicklas 206
11 13 Sep 07 nicklas 207     /** Gets the signal log ratio low. */
11 13 Sep 07 nicklas 208     public float getSigLogRatioLo() { return sigLogRatioLo; }
11 13 Sep 07 nicklas 209
11 13 Sep 07 nicklas 210     /** Gets the signal log ratio high. */
11 13 Sep 07 nicklas 211     public float getSigLogRatioHi() { return sigLogRatioHi; }
11 13 Sep 07 nicklas 212
11 13 Sep 07 nicklas 213     /** Gets the number of probe pairs in common between control and experiment. */
11 13 Sep 07 nicklas 214     public short getCommonPairs() { return commonPairs; }
11 13 Sep 07 nicklas 215
11 13 Sep 07 nicklas 216     /** Sets the probe set name. */
11 13 Sep 07 nicklas 217     public void setProbeSetName(String p) { probeSetName = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 218
11 13 Sep 07 nicklas 219     /** Sets the detection value. */
11 13 Sep 07 nicklas 220     public void setDetection(byte p) { detection = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 221
11 13 Sep 07 nicklas 222     /** Sets the detection p-value. */
11 13 Sep 07 nicklas 223     public void setDetectionPValue(float p) { detectionPValue = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 224
11 13 Sep 07 nicklas 225     /** Sets the signal value. */
11 13 Sep 07 nicklas 226     public void setSignal(float p) { signal = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 227
11 13 Sep 07 nicklas 228     /** Sets the number of pairs in the probe sets. */
11 13 Sep 07 nicklas 229     public void setNumPairs(short p) { numPairs = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 230
11 13 Sep 07 nicklas 231     /** Sets the number of pairs used in the analysis. */
11 13 Sep 07 nicklas 232     public void setNumPairsUsed(short p) { numPairsUsed = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 233
11 13 Sep 07 nicklas 234     /** Sets the flag to indicate if comparison data exists. */
11 13 Sep 07 nicklas 235     public void setHasComparisonData(boolean b) { hasComparisonData = b; }
11 13 Sep 07 nicklas 236
11 13 Sep 07 nicklas 237     /** Sets the change call. */
11 13 Sep 07 nicklas 238     public void setChange(byte p) { change = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 239
11 13 Sep 07 nicklas 240     /** Sets the change p-value. */
11 13 Sep 07 nicklas 241     public void setChangePValue(float p) { changePValue = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 242
11 13 Sep 07 nicklas 243     /** Sets the signal log ratio. */
11 13 Sep 07 nicklas 244     public void setSigLogRatio(float p) { sigLogRatio = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 245
11 13 Sep 07 nicklas 246     /** Sets the signal log ratio low. */
11 13 Sep 07 nicklas 247     public void setSigLogRatioLo(float p) { sigLogRatioLo = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 248
11 13 Sep 07 nicklas 249     /** Sets the signal log ratio high. */
11 13 Sep 07 nicklas 250     public void setSigLogRatioHi(float p) { sigLogRatioHi = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 251
11 13 Sep 07 nicklas 252     /** Sets the number of probe pairs in common between control and experiment. */
11 13 Sep 07 nicklas 253     public void setCommonPairs(short p) { commonPairs = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 254
11 13 Sep 07 nicklas 255 }

Generated on Thu Jul 20 09:22:24 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)