affyfusion-109/src/affymetrix/calvin/data/CHPGenotypeEntry.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21 package affymetrix.calvin.data;
11 13 Sep 07 nicklas 22
11 13 Sep 07 nicklas 23 /** This class stores a zone's background value */
11 13 Sep 07 nicklas 24 public class CHPGenotypeEntry
11 13 Sep 07 nicklas 25 {
11 13 Sep 07 nicklas 26
11 13 Sep 07 nicklas 27     private String probeSetName;
11 13 Sep 07 nicklas 28     private byte call;
11 13 Sep 07 nicklas 29     private float confidence;
11 13 Sep 07 nicklas 30     private float RAS1;
11 13 Sep 07 nicklas 31     private float RAS2;
11 13 Sep 07 nicklas 32     private float aaCall;
11 13 Sep 07 nicklas 33     private float abCall;
11 13 Sep 07 nicklas 34     private float bbCall;
11 13 Sep 07 nicklas 35     private float noCall;
11 13 Sep 07 nicklas 36
11 13 Sep 07 nicklas 37     public CHPGenotypeEntry() { clear(); }
11 13 Sep 07 nicklas 38     
11 13 Sep 07 nicklas 39     public CHPGenotypeEntry(String psName,
11 13 Sep 07 nicklas 40                             byte c,
11 13 Sep 07 nicklas 41                             float conf,
11 13 Sep 07 nicklas 42                             float ras1,
11 13 Sep 07 nicklas 43                             float ras2,
11 13 Sep 07 nicklas 44                             float aa,
11 13 Sep 07 nicklas 45                             float ab,
11 13 Sep 07 nicklas 46                             float bb,
11 13 Sep 07 nicklas 47                             float no) {
11 13 Sep 07 nicklas 48         probeSetName = psName;
11 13 Sep 07 nicklas 49   call = c;
11 13 Sep 07 nicklas 50   confidence = conf;
11 13 Sep 07 nicklas 51   RAS1 = ras1;
11 13 Sep 07 nicklas 52   RAS2 = ras2;
11 13 Sep 07 nicklas 53   aaCall = aa;
11 13 Sep 07 nicklas 54   abCall = ab;
11 13 Sep 07 nicklas 55   bbCall = bb;
11 13 Sep 07 nicklas 56   noCall = no;
11 13 Sep 07 nicklas 57     }
11 13 Sep 07 nicklas 58     
11 13 Sep 07 nicklas 59     public CHPGenotypeEntry(CHPGenotypeEntry entry) {
11 13 Sep 07 nicklas 60         probeSetName = entry.getProbeSetName();
11 13 Sep 07 nicklas 61         call = entry.getCall();
11 13 Sep 07 nicklas 62         confidence = entry.getConfidence();
11 13 Sep 07 nicklas 63         RAS1 = entry.getRAS1();
11 13 Sep 07 nicklas 64         RAS2 = entry.getRAS2();
11 13 Sep 07 nicklas 65         aaCall = entry.getAACall();
11 13 Sep 07 nicklas 66         abCall = entry.getABCall();
11 13 Sep 07 nicklas 67         bbCall = entry.getBBCall();
11 13 Sep 07 nicklas 68         noCall = entry.getNoCall();
11 13 Sep 07 nicklas 69     }
11 13 Sep 07 nicklas 70     
11 13 Sep 07 nicklas 71     public void clear() {
11 13 Sep 07 nicklas 72         probeSetName = null;
11 13 Sep 07 nicklas 73   call = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 74   confidence = 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 75   RAS1 = 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 76   RAS2 = 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 77   aaCall = 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 78   abCall = 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 79   bbCall = 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 80   noCall = 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 81     }
11 13 Sep 07 nicklas 82
11 13 Sep 07 nicklas 83     public String getProbeSetName() { return probeSetName; }
11 13 Sep 07 nicklas 84
11 13 Sep 07 nicklas 85     public byte getCall() { return call; }
11 13 Sep 07 nicklas 86
11 13 Sep 07 nicklas 87     public float getConfidence() { return confidence; }
11 13 Sep 07 nicklas 88
11 13 Sep 07 nicklas 89     public float getRAS1() { return RAS1; }
11 13 Sep 07 nicklas 90
11 13 Sep 07 nicklas 91     public float getRAS2() { return RAS2; }
11 13 Sep 07 nicklas 92
11 13 Sep 07 nicklas 93     public float getAACall() { return aaCall; }
11 13 Sep 07 nicklas 94
11 13 Sep 07 nicklas 95     public float getABCall() { return abCall; }
11 13 Sep 07 nicklas 96
11 13 Sep 07 nicklas 97     public float getBBCall() { return bbCall; }
11 13 Sep 07 nicklas 98
11 13 Sep 07 nicklas 99     public float getNoCall() { return noCall; }
11 13 Sep 07 nicklas 100
11 13 Sep 07 nicklas 101     public void setProbeSetName(String p) { probeSetName = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 102
11 13 Sep 07 nicklas 103     public void setCall(byte p) { call = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 104
11 13 Sep 07 nicklas 105     public void setConfidence(float p) { confidence = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 106
11 13 Sep 07 nicklas 107     public void setRAS1(float p) { RAS1 = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 108
11 13 Sep 07 nicklas 109     public void setRAS2(float p) { RAS2 = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 110
11 13 Sep 07 nicklas 111     public void setAACall(float p) { aaCall = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 112
11 13 Sep 07 nicklas 113     public void setABCall(float p) { abCall = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 114
11 13 Sep 07 nicklas 115     public void setBBCall(float p) { bbCall = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 116
11 13 Sep 07 nicklas 117     public void setNoCall(float p) { noCall = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 118 }

Generated on Thu Jul 20 09:22:24 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)