affyfusion-109/src/affymetrix/calvin/data/CHPReseqForceCall.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21 package affymetrix.calvin.data;
11 13 Sep 07 nicklas 22
11 13 Sep 07 nicklas 23 /** A structure to hold a force call, its position and reason.
11 13 Sep 07 nicklas 24  *
11 13 Sep 07 nicklas 25  * A force call is the call the algorithm would have made if the thresholds
11 13 Sep 07 nicklas 26  * were not applied.
11 13 Sep 07 nicklas 27  */
11 13 Sep 07 nicklas 28 public class CHPReseqForceCall {
11 13 Sep 07 nicklas 29     
11 13 Sep 07 nicklas 30     /** The force call was made due to no signal threshold. */
11 13 Sep 07 nicklas 31     public static final int CC_NO_SIGNAL_THR_FORCE_CALL = 'N';
11 13 Sep 07 nicklas 32
11 13 Sep 07 nicklas 33     /** The force call was made due to weak signal threshold. */
11 13 Sep 07 nicklas 34     public static final int CC_WEAK_SIGNAL_THR_FORCE_CALL = 'W';
11 13 Sep 07 nicklas 35
11 13 Sep 07 nicklas 36     /** The force call was made due to saturation level. */
11 13 Sep 07 nicklas 37     public static final int CC_SATURATION_LEVEL_FORCE_CALL = 'S';
11 13 Sep 07 nicklas 38
11 13 Sep 07 nicklas 39     /** The force call was made due to quality score threshold. */
11 13 Sep 07 nicklas 40     public static final int CC_QUALITY_SCORE_THR_FORCE_CALL = 'Q';
11 13 Sep 07 nicklas 41
11 13 Sep 07 nicklas 42     /** The force call was made due to failed both trace and sequence profiles. */
11 13 Sep 07 nicklas 43     public static final int CC_TRACE_AND_SEQUENCE_PROFILES_FORCE_CALL = 'F';
11 13 Sep 07 nicklas 44
11 13 Sep 07 nicklas 45     /** The force call was made due to base reliability threshold. */
11 13 Sep 07 nicklas 46     public static final int CC_RELIABILITY_THR_FORCE_CALL = 'B';
11 13 Sep 07 nicklas 47
11 13 Sep 07 nicklas 48     public CHPReseqForceCall() {
11 13 Sep 07 nicklas 49         position = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 50         call = ' ';
11 13 Sep 07 nicklas 51         reason = ' ';
11 13 Sep 07 nicklas 52     }
11 13 Sep 07 nicklas 53     
11 13 Sep 07 nicklas 54     /** The position (index) of the call. */
11 13 Sep 07 nicklas 55     private int position;
11 13 Sep 07 nicklas 56     public int getPosition() { return position; }
11 13 Sep 07 nicklas 57     public void setPosition(int p) { position = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 58
11 13 Sep 07 nicklas 59     /** The call at the given position. */
11 13 Sep 07 nicklas 60     private char call;
11 13 Sep 07 nicklas 61     public char getCall() { return call; }
11 13 Sep 07 nicklas 62     public void setCall(char c) { call = c; }
11 13 Sep 07 nicklas 63
11 13 Sep 07 nicklas 64     /** The reason for the call. */
11 13 Sep 07 nicklas 65     private char reason;
11 13 Sep 07 nicklas 66     public char getReason() { return reason; }
11 13 Sep 07 nicklas 67     public void setReason(char r) { reason = r; }
11 13 Sep 07 nicklas 68
11 13 Sep 07 nicklas 69 }

Generated on Thu Jul 20 09:22:26 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)