affyfusion-109/src/affymetrix/calvin/data/ColumnInfo.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21
11 13 Sep 07 nicklas 22 package affymetrix.calvin.data;
11 13 Sep 07 nicklas 23
11 13 Sep 07 nicklas 24 import affymetrix.portability.*;
11 13 Sep 07 nicklas 25
11 13 Sep 07 nicklas 26 /** Base class for the varous columns. */
11 13 Sep 07 nicklas 27 public class ColumnInfo {
11 13 Sep 07 nicklas 28     
11 13 Sep 07 nicklas 29     /** Data dataSet column data types */
11 13 Sep 07 nicklas 30     public static final int ByteColType=0;
11 13 Sep 07 nicklas 31     public static final int UByteColType=1;
11 13 Sep 07 nicklas 32     public static final int ShortColType=2;
11 13 Sep 07 nicklas 33     public static final int UShortColType=3;
11 13 Sep 07 nicklas 34     public static final int IntColType=4;
11 13 Sep 07 nicklas 35     public static final int UIntColType=5;
11 13 Sep 07 nicklas 36     public static final int FloatColType=6;
11 13 Sep 07 nicklas 37     public static final int ASCIICharColType=7;
11 13 Sep 07 nicklas 38     public static final int UnicodeCharColType=8;
11 13 Sep 07 nicklas 39
11 13 Sep 07 nicklas 40     /** Name of the column. */
11 13 Sep 07 nicklas 41     private String name;
11 13 Sep 07 nicklas 42
11 13 Sep 07 nicklas 43     /** Type of data in this column */
11 13 Sep 07 nicklas 44     private int type;
11 13 Sep 07 nicklas 45     
11 13 Sep 07 nicklas 46     /** size of an individual element in bytes */
11 13 Sep 07 nicklas 47     private int size;
11 13 Sep 07 nicklas 48     
11 13 Sep 07 nicklas 49     /** number of elements in column */
11 13 Sep 07 nicklas 50     private int len;
11 13 Sep 07 nicklas 51     
11 13 Sep 07 nicklas 52     /** overhead size in bytes */
11 13 Sep 07 nicklas 53     private int overhead;
11 13 Sep 07 nicklas 54
11 13 Sep 07 nicklas 55     /** Constructor - used only by dervied types
11 13 Sep 07 nicklas 56      *  @param name_ Name of the column.
11 13 Sep 07 nicklas 57      *  @param type_ Type of data in the column.
11 13 Sep 07 nicklas 58      *  @param size_ Size of each element of in the column.
11 13 Sep 07 nicklas 59      *  @param len_ Number of elements of type in the column.
11 13 Sep 07 nicklas 60      *  @param overhead_ Number of extra bytes in the column
11 13 Sep 07 nicklas 61      */
11 13 Sep 07 nicklas 62     protected ColumnInfo(String name_, int type_, int size_, int len_, int overhead_) {
11 13 Sep 07 nicklas 63         name = name_;
11 13 Sep 07 nicklas 64         type = type_;
11 13 Sep 07 nicklas 65         size = size_;
11 13 Sep 07 nicklas 66         len = len_;
11 13 Sep 07 nicklas 67         overhead=overhead_;
11 13 Sep 07 nicklas 68     }
11 13 Sep 07 nicklas 69
11 13 Sep 07 nicklas 70     /** Constructor - used by the file read operation
11 13 Sep 07 nicklas 71      *  @param name_ Name of the column.
11 13 Sep 07 nicklas 72      *  @param type_ Type of data in the column.
11 13 Sep 07 nicklas 73      *  @param totalSize Total size of the colum in bytes.
11 13 Sep 07 nicklas 74      */
11 13 Sep 07 nicklas 75     public ColumnInfo(String name_, int type_, int totalSize) {
11 13 Sep 07 nicklas 76         name=name_;
11 13 Sep 07 nicklas 77         type=type_;
11 13 Sep 07 nicklas 78         size=totalSize;
11 13 Sep 07 nicklas 79         len=1;
11 13 Sep 07 nicklas 80         overhead=0;
11 13 Sep 07 nicklas 81         if (type == ASCIICharColType || type == UnicodeCharColType)
11 13 Sep 07 nicklas 82         {
11 13 Sep 07 nicklas 83             overhead = 4;
11 13 Sep 07 nicklas 84             if (type == UnicodeCharColType)
11 13 Sep 07 nicklas 85             {
11 13 Sep 07 nicklas 86                 size = DataSizes.SHORT_SIZE;
11 13 Sep 07 nicklas 87                 len = (totalSize-overhead)/size;
11 13 Sep 07 nicklas 88             }
11 13 Sep 07 nicklas 89             else if (type == ASCIICharColType)
11 13 Sep 07 nicklas 90             {
11 13 Sep 07 nicklas 91                 size = DataSizes.CHAR_SIZE;
11 13 Sep 07 nicklas 92                 len = (totalSize-overhead)/size;
11 13 Sep 07 nicklas 93             }
11 13 Sep 07 nicklas 94         }
11 13 Sep 07 nicklas 95     }
11 13 Sep 07 nicklas 96
11 13 Sep 07 nicklas 97     /** Equiality operator
11 13 Sep 07 nicklas 98      *  @param p object to compare against
11 13 Sep 07 nicklas 99      */
11 13 Sep 07 nicklas 100     public boolean equals(ColumnInfo p) { return (name.compareTo(p.name) == 0 && type == p.type && size == p.size); }
11 13 Sep 07 nicklas 101
11 13 Sep 07 nicklas 102     /** Returns the type of the data in the column
11 13 Sep 07 nicklas 103      *  @return Returns the type of the data in the column
11 13 Sep 07 nicklas 104      */
11 13 Sep 07 nicklas 105     public int getColumnType() { return type; }
11 13 Sep 07 nicklas 106
11 13 Sep 07 nicklas 107     /** Returns the total size of the column in bytes.
11 13 Sep 07 nicklas 108      *  @return Size in bytes of the column
11 13 Sep 07 nicklas 109      */
11 13 Sep 07 nicklas 110     public int getSize() { return size*len + overhead; }
11 13 Sep 07 nicklas 111
11 13 Sep 07 nicklas 112     /** Returns the number of elements of type in the column
11 13 Sep 07 nicklas 113      *  @return Number of elements of type in the column
11 13 Sep 07 nicklas 114      */
11 13 Sep 07 nicklas 115     int getLength() { return len; }
11 13 Sep 07 nicklas 116
11 13 Sep 07 nicklas 117     /** Get the column name.
11 13 Sep 07 nicklas 118      *  @return The column name.
11 13 Sep 07 nicklas 119      */
11 13 Sep 07 nicklas 120     public String getName() { return name; }
11 13 Sep 07 nicklas 121 }
11 13 Sep 07 nicklas 122
11 13 Sep 07 nicklas 123
11 13 Sep 07 nicklas 124 /** Byte column */
11 13 Sep 07 nicklas 125 class ByteColumn extends ColumnInfo {
11 13 Sep 07 nicklas 126     public ByteColumn(String name_) {
11 13 Sep 07 nicklas 127         super(name_, ByteColType, DataSizes.CHAR_SIZE, 1, 0);
11 13 Sep 07 nicklas 128     }
11 13 Sep 07 nicklas 129 }
11 13 Sep 07 nicklas 130
11 13 Sep 07 nicklas 131 /** Unsigned byte column */
11 13 Sep 07 nicklas 132 class UByteColumn extends ColumnInfo {
11 13 Sep 07 nicklas 133     public UByteColumn(String name_) {
11 13 Sep 07 nicklas 134         super(name_, UByteColType, DataSizes.CHAR_SIZE, 1, 0);
11 13 Sep 07 nicklas 135     }
11 13 Sep 07 nicklas 136 }
11 13 Sep 07 nicklas 137
11 13 Sep 07 nicklas 138 /** Short column */
11 13 Sep 07 nicklas 139 class ShortColumn extends ColumnInfo {
11 13 Sep 07 nicklas 140     public ShortColumn(String name_) {
11 13 Sep 07 nicklas 141         super(name_, ShortColType, DataSizes.SHORT_SIZE, 1, 0);
11 13 Sep 07 nicklas 142     }
11 13 Sep 07 nicklas 143 }
11 13 Sep 07 nicklas 144
11 13 Sep 07 nicklas 145 /** Unsigned short column */
11 13 Sep 07 nicklas 146 class UShortColumn extends ColumnInfo {
11 13 Sep 07 nicklas 147     public UShortColumn(String name_) {
11 13 Sep 07 nicklas 148         super(name_, UShortColType, DataSizes.SHORT_SIZE, 1, 0);
11 13 Sep 07 nicklas 149     }
11 13 Sep 07 nicklas 150 }
11 13 Sep 07 nicklas 151
11 13 Sep 07 nicklas 152 /** Int (int32_t) column */
11 13 Sep 07 nicklas 153 class IntColumn extends ColumnInfo {
11 13 Sep 07 nicklas 154     public IntColumn(String name_) {
11 13 Sep 07 nicklas 155         super(name_, IntColType, DataSizes.INT_SIZE, 1, 0);
11 13 Sep 07 nicklas 156     }
11 13 Sep 07 nicklas 157 };
11 13 Sep 07 nicklas 158
11 13 Sep 07 nicklas 159 /** Unsigned int (u_int32_t) column */
11 13 Sep 07 nicklas 160 class UIntColumn extends ColumnInfo {
11 13 Sep 07 nicklas 161     public UIntColumn(String name_) {
11 13 Sep 07 nicklas 162         super(name_, UIntColType, DataSizes.INT_SIZE, 1, 0);
11 13 Sep 07 nicklas 163     }
11 13 Sep 07 nicklas 164 };
11 13 Sep 07 nicklas 165
11 13 Sep 07 nicklas 166 /** Float column */
11 13 Sep 07 nicklas 167 class FloatColumn extends ColumnInfo {
11 13 Sep 07 nicklas 168     public FloatColumn(String name_) {
11 13 Sep 07 nicklas 169         super(name_, FloatColType, DataSizes.FLOAT_SIZE, 1, 0);
11 13 Sep 07 nicklas 170     }
11 13 Sep 07 nicklas 171 };
11 13 Sep 07 nicklas 172
11 13 Sep 07 nicklas 173 /** ASCII string column */
11 13 Sep 07 nicklas 174 class ASCIIColumn extends ColumnInfo {
11 13 Sep 07 nicklas 175     public ASCIIColumn(String name_, int maxLn) {
11 13 Sep 07 nicklas 176         super(name_, ASCIICharColType, DataSizes.CHAR_SIZE, maxLn, 4);
11 13 Sep 07 nicklas 177     }
11 13 Sep 07 nicklas 178 };
11 13 Sep 07 nicklas 179
11 13 Sep 07 nicklas 180 /* Unicode string column */
11 13 Sep 07 nicklas 181 class UnicodeColumn extends ColumnInfo {
11 13 Sep 07 nicklas 182     public UnicodeColumn(String name_, int maxLn) {
11 13 Sep 07 nicklas 183         super(name_, UnicodeCharColType, DataSizes.SHORT_SIZE, maxLn, 4);
11 13 Sep 07 nicklas 184     }
11 13 Sep 07 nicklas 185 };
11 13 Sep 07 nicklas 186

Generated on Thu Jul 20 09:22:28 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)