affyfusion-109/src/affymetrix/calvin/data/FileHeader.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21
11 13 Sep 07 nicklas 22 package affymetrix.calvin.data;
11 13 Sep 07 nicklas 23
11 13 Sep 07 nicklas 24 import java.util.*;
11 13 Sep 07 nicklas 25
11 13 Sep 07 nicklas 26 /** This class defines a data container for the generic file header */
11 13 Sep 07 nicklas 27 public class FileHeader {
11 13 Sep 07 nicklas 28     
11 13 Sep 07 nicklas 29     /** The magic number for calvin files. */
11 13 Sep 07 nicklas 30     static private final byte MAGIC_NUM = 59;
11 13 Sep 07 nicklas 31     
11 13 Sep 07 nicklas 32     /** The version number for calvin files. */
11 13 Sep 07 nicklas 33     static private final byte VERSION = 1;
11 13 Sep 07 nicklas 34
11 13 Sep 07 nicklas 35     /** Creates a new instance of FileHeader */
11 13 Sep 07 nicklas 36     public FileHeader() {
11 13 Sep 07 nicklas 37         magic = MAGIC_NUM; 
11 13 Sep 07 nicklas 38   version = VERSION; 
11 13 Sep 07 nicklas 39     }
11 13 Sep 07 nicklas 40
11 13 Sep 07 nicklas 41     /** filename */
11 13 Sep 07 nicklas 42     private String filename;
11 13 Sep 07 nicklas 43     
11 13 Sep 07 nicklas 44     private byte magic;
11 13 Sep 07 nicklas 45     
11 13 Sep 07 nicklas 46     private byte version;
11 13 Sep 07 nicklas 47     
11 13 Sep 07 nicklas 48     private Vector /*DataGroupHdr*/ dataGroupHdrs;
11 13 Sep 07 nicklas 49     
11 13 Sep 07 nicklas 50     private GenericDataHeader genericHdr;
11 13 Sep 07 nicklas 51     
11 13 Sep 07 nicklas 52     /** Number of data dataGroups in the file */
11 13 Sep 07 nicklas 53     private int numDataGroups;
11 13 Sep 07 nicklas 54     
11 13 Sep 07 nicklas 55     /** Position of the first DataGroup. */
11 13 Sep 07 nicklas 56     private int firstDataGroupFilePos;
11 13 Sep 07 nicklas 57     
11 13 Sep 07 nicklas 58     public void clear() {
11 13 Sep 07 nicklas 59         dataGroupHdrs=null;
11 13 Sep 07 nicklas 60   genericHdr=null;
11 13 Sep 07 nicklas 61   numDataGroups = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 62   firstDataGroupFilePos = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 63     }
11 13 Sep 07 nicklas 64     
11 13 Sep 07 nicklas 65     public void setFilename(String p) { filename = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 66     
11 13 Sep 07 nicklas 67     public String getFilename() { return filename; }
11 13 Sep 07 nicklas 68     
11 13 Sep 07 nicklas 69     public byte getMagicNumber() { return magic; }
11 13 Sep 07 nicklas 70     
11 13 Sep 07 nicklas 71     public byte getVersion() { return version; }
11 13 Sep 07 nicklas 72     
11 13 Sep 07 nicklas 73     /** Get the number of DataGroupHeaders added */
11 13 Sep 07 nicklas 74     public int getDataGroupCnt() {
11 13 Sep 07 nicklas 75         if (dataGroupHdrs != null)
11 13 Sep 07 nicklas 76             return dataGroupHdrs.size();
11 13 Sep 07 nicklas 77         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 78     }
11 13 Sep 07 nicklas 79     
11 13 Sep 07 nicklas 80     public void addDataGroupHdr(DataGroupHeader p) {
11 13 Sep 07 nicklas 81         if (dataGroupHdrs == null)
11 13 Sep 07 nicklas 82             dataGroupHdrs = new Vector();
11 13 Sep 07 nicklas 83         dataGroupHdrs.add(p);
11 13 Sep 07 nicklas 84     }
11 13 Sep 07 nicklas 85
11 13 Sep 07 nicklas 86     /** Get a DataGroupHeader by index.  Max index < GetDataGroupCnt */
11 13 Sep 07 nicklas 87     public DataGroupHeader getDataGroup(int index) {
11 13 Sep 07 nicklas 88         if (dataGroupHdrs != null)
11 13 Sep 07 nicklas 89             return (DataGroupHeader) dataGroupHdrs.elementAt(index);
11 13 Sep 07 nicklas 90         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 91     }
11 13 Sep 07 nicklas 92
11 13 Sep 07 nicklas 93     public void setGenericDataHdr(GenericDataHeader p) { genericHdr = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 94     
11 13 Sep 07 nicklas 95     public GenericDataHeader getGenericDataHdr() { return genericHdr; }
11 13 Sep 07 nicklas 96     
11 13 Sep 07 nicklas 97     /** Finds a DataGroupHeader by name.
11 13 Sep 07 nicklas 98      *  @param name The name of the DataGroup
11 13 Sep 07 nicklas 99      *  @return A pointer to the DataGroupHeader.  If not found, the return is 0.
11 13 Sep 07 nicklas 100      */
11 13 Sep 07 nicklas 101     public DataGroupHeader findDataGroupHeader(String name) {
11 13 Sep 07 nicklas 102         int n = getDataGroupCnt();
11 13 Sep 07 nicklas 103         for (int i=0; i<n; i++)
11 13 Sep 07 nicklas 104         {
11 13 Sep 07 nicklas 105             DataGroupHeader h = getDataGroup(i);
11 13 Sep 07 nicklas 106             if (name.compareTo(h.getName()) == 0)
11 13 Sep 07 nicklas 107                 return h;
11 13 Sep 07 nicklas 108         }
11 13 Sep 07 nicklas 109         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 110     }
11 13 Sep 07 nicklas 111     
11 13 Sep 07 nicklas 112     /** Get the number of DataGroups in a file.*/
11 13 Sep 07 nicklas 113     public int getNumDataGroups() { return numDataGroups; }
11 13 Sep 07 nicklas 114     
11 13 Sep 07 nicklas 115     /** Set the number of DataGroups.  Set when reading a file */
11 13 Sep 07 nicklas 116     public void setNumDataGroups(int value) { numDataGroups = value; }
11 13 Sep 07 nicklas 117     
11 13 Sep 07 nicklas 118     /** Get the file position to the first DataGroup */
11 13 Sep 07 nicklas 119     public int getFirstDataGroupFilePos() { return firstDataGroupFilePos; }
11 13 Sep 07 nicklas 120     
11 13 Sep 07 nicklas 121     /** Set the file postion to the first DataGroup. Method should be protected.  It is set when the object is being read. */
11 13 Sep 07 nicklas 122     public void setFirstDataGroupFilePos(int value) { firstDataGroupFilePos = value; }
11 13 Sep 07 nicklas 123 }

Generated on Thu Jul 20 09:22:32 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)