affyfusion-109/src/affymetrix/calvin/data/GenericDataHeader.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21
11 13 Sep 07 nicklas 22 package affymetrix.calvin.data;
11 13 Sep 07 nicklas 23
11 13 Sep 07 nicklas 24 import java.util.*;
11 13 Sep 07 nicklas 25 import affymetrix.calvin.utils.*;
11 13 Sep 07 nicklas 26 import affymetrix.calvin.parameter.*;
11 13 Sep 07 nicklas 27
11 13 Sep 07 nicklas 28 /**
11 13 Sep 07 nicklas 29  *
11 13 Sep 07 nicklas 30  * @author ljevon
11 13 Sep 07 nicklas 31  */
11 13 Sep 07 nicklas 32 public class GenericDataHeader {
11 13 Sep 07 nicklas 33
11 13 Sep 07 nicklas 34     /** Creates a new instance of GenericDataHeader */
11 13 Sep 07 nicklas 35     public GenericDataHeader() {
11 13 Sep 07 nicklas 36         clear();
11 13 Sep 07 nicklas 37     }
11 13 Sep 07 nicklas 38
11 13 Sep 07 nicklas 39     /**  */
11 13 Sep 07 nicklas 40     private String fileTypeId;
11 13 Sep 07 nicklas 41     /**  */
11 13 Sep 07 nicklas 42     private AffymetrixGuidType fileId;
11 13 Sep 07 nicklas 43     /**  */
11 13 Sep 07 nicklas 44     private String fileCreationTime;
11 13 Sep 07 nicklas 45     /**  */
11 13 Sep 07 nicklas 46     private String locale;
11 13 Sep 07 nicklas 47     /**  */
11 13 Sep 07 nicklas 48     private Vector /*ParameterNameValue*/ nameValParams;
11 13 Sep 07 nicklas 49     /**  */
11 13 Sep 07 nicklas 50     private Vector /*GenericDataHeader*/ genericDataHdrs;
11 13 Sep 07 nicklas 51
11 13 Sep 07 nicklas 52     /**  */
11 13 Sep 07 nicklas 53     public void clear() {
11 13 Sep 07 nicklas 54         fileTypeId = "";
11 13 Sep 07 nicklas 55   fileId = null;
11 13 Sep 07 nicklas 56   fileCreationTime = "";
11 13 Sep 07 nicklas 57   nameValParams = null;
11 13 Sep 07 nicklas 58   genericDataHdrs= null;
11 13 Sep 07 nicklas 59         locale = AffymetrixParameterConsts.US_ENGLISH_LOCALE;
11 13 Sep 07 nicklas 60     }
11 13 Sep 07 nicklas 61     /**  */
11 13 Sep 07 nicklas 62     public void setFileTypeId(String p) { fileTypeId = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 63     /**  */
11 13 Sep 07 nicklas 64     public String getFileTypeId() { return fileTypeId; }
11 13 Sep 07 nicklas 65     /**  */
11 13 Sep 07 nicklas 66     public void setFileId(AffymetrixGuidType p) { fileId = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 67     /**  */
11 13 Sep 07 nicklas 68     public AffymetrixGuidType getFileId() { return fileId; }
11 13 Sep 07 nicklas 69     /**  */
11 13 Sep 07 nicklas 70     public void setFileCreationTime(String f) { fileCreationTime = f; }
11 13 Sep 07 nicklas 71     /**  */
11 13 Sep 07 nicklas 72     public String getFileCreationTime() { return fileCreationTime; }
11 13 Sep 07 nicklas 73     /**  */
11 13 Sep 07 nicklas 74     public void setLocale(String p) { locale = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 75     /**  */
11 13 Sep 07 nicklas 76     public String getLocale() { return locale; }
11 13 Sep 07 nicklas 77     /**  */
11 13 Sep 07 nicklas 78     public void addNameValParam(ParameterNameValue p) {
11 13 Sep 07 nicklas 79         if (nameValParams == null)
11 13 Sep 07 nicklas 80             nameValParams = new Vector();
11 13 Sep 07 nicklas 81         nameValParams.add(p);
11 13 Sep 07 nicklas 82     }
11 13 Sep 07 nicklas 83     /**  */
11 13 Sep 07 nicklas 84     public ParameterNameValue getNameValParam(int index) {
11 13 Sep 07 nicklas 85         if (nameValParams != null)
11 13 Sep 07 nicklas 86             return (ParameterNameValue) nameValParams.elementAt(index);
11 13 Sep 07 nicklas 87         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 88     }
11 13 Sep 07 nicklas 89     /**  */
11 13 Sep 07 nicklas 90     public int getNameValParamCnt() {
11 13 Sep 07 nicklas 91         if (nameValParams != null)
11 13 Sep 07 nicklas 92             return nameValParams.size();
11 13 Sep 07 nicklas 93         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 94     }
11 13 Sep 07 nicklas 95     /**  */
11 13 Sep 07 nicklas 96     public Vector getNameValParams() { return nameValParams; }
11 13 Sep 07 nicklas 97     /**  */
11 13 Sep 07 nicklas 98     public int getParentCnt() {
11 13 Sep 07 nicklas 99         if (genericDataHdrs != null)
11 13 Sep 07 nicklas 100             return genericDataHdrs.size();
11 13 Sep 07 nicklas 101         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 102     }
11 13 Sep 07 nicklas 103     /**  */
11 13 Sep 07 nicklas 104     public void addParent(GenericDataHeader hdr) {
11 13 Sep 07 nicklas 105         if (genericDataHdrs == null)
11 13 Sep 07 nicklas 106             genericDataHdrs = new Vector();
11 13 Sep 07 nicklas 107         genericDataHdrs.add(hdr);
11 13 Sep 07 nicklas 108     }
11 13 Sep 07 nicklas 109     /**  */
11 13 Sep 07 nicklas 110     public GenericDataHeader getParent(int index) {
11 13 Sep 07 nicklas 111         if (genericDataHdrs != null)
11 13 Sep 07 nicklas 112             return (GenericDataHeader) genericDataHdrs.elementAt(index);
11 13 Sep 07 nicklas 113         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 114     }
11 13 Sep 07 nicklas 115     /**  */
11 13 Sep 07 nicklas 116     public Vector getParents() { return genericDataHdrs; }
11 13 Sep 07 nicklas 117     /** Finds a ParameterNameValue by name in the nameValPairs collection
11 13 Sep 07 nicklas 118      *  @param name The name of the NameValPair to find
11 13 Sep 07 nicklas 119      *  @return Reference to a ParameterNameValue with the found ParameterNameValue, null if not found.
11 13 Sep 07 nicklas 120      */
11 13 Sep 07 nicklas 121     public ParameterNameValue findNameValParam(String name) {
11 13 Sep 07 nicklas 122         int n = getNameValParamCnt();
11 13 Sep 07 nicklas 123         for (int i=0; i<n; i++)
11 13 Sep 07 nicklas 124         {
11 13 Sep 07 nicklas 125             ParameterNameValue param = getNameValParam(i);
11 13 Sep 07 nicklas 126             if (name.compareTo(param.getName()) == 0)
11 13 Sep 07 nicklas 127                 return param;
11 13 Sep 07 nicklas 128         }
11 13 Sep 07 nicklas 129         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 130     }
11 13 Sep 07 nicklas 131     /** Find an immediate parent GenericDataHeader based on file type id.  Does not search grand-parents or above.
11 13 Sep 07 nicklas 132      *  @param fileTypeId The fileTypeId of the parent header to find.
11 13 Sep 07 nicklas 133      *  @return Returns a pointer to the parent GenericDataHeader if found, otherwise returns 0.
11 13 Sep 07 nicklas 134      */
11 13 Sep 07 nicklas 135     public GenericDataHeader findParent(String fileTypeId) {
11 13 Sep 07 nicklas 136         Vector parents = getParents();
11 13 Sep 07 nicklas 137         for (int i=0; i<parents.size(); i++)
11 13 Sep 07 nicklas 138         {
11 13 Sep 07 nicklas 139             GenericDataHeader p = (GenericDataHeader) parents.elementAt(i);
11 13 Sep 07 nicklas 140             if (fileTypeId.compareTo(p.getFileTypeId()) == 0)
11 13 Sep 07 nicklas 141                 return p;
11 13 Sep 07 nicklas 142         }
11 13 Sep 07 nicklas 143         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 144     }
11 13 Sep 07 nicklas 145
11 13 Sep 07 nicklas 146     /** Gets all ParameterNameValue where the name starts with a given string.
11 13 Sep 07 nicklas 147      *  @param beginsWith The string that the beginning of the ParameterNameValue name needs to match.
11 13 Sep 07 nicklas 148      *  @return A result vector of ParameterNameValues where the name begins with the beginsWith argument.
11 13 Sep 07 nicklas 149      */
11 13 Sep 07 nicklas 150     public Vector getNameValParamsBeginsWith(String beginsWith) {
11 13 Sep 07 nicklas 151         
11 13 Sep 07 nicklas 152         Vector p = null;
11 13 Sep 07 nicklas 153         int n = getNameValParamCnt();
11 13 Sep 07 nicklas 154         for (int i=0; i<n; i++)
11 13 Sep 07 nicklas 155         {
11 13 Sep 07 nicklas 156             ParameterNameValue param = getNameValParam(i);
11 13 Sep 07 nicklas 157             if (param.getName().startsWith(beginsWith) == true)
11 13 Sep 07 nicklas 158             {
11 13 Sep 07 nicklas 159                 if (p == null)
11 13 Sep 07 nicklas 160                     p = new Vector();
11 13 Sep 07 nicklas 161                 p.add(param);
11 13 Sep 07 nicklas 162             }
11 13 Sep 07 nicklas 163         }
11 13 Sep 07 nicklas 164         return p;
11 13 Sep 07 nicklas 165     }
11 13 Sep 07 nicklas 166
11 13 Sep 07 nicklas 167 }

Generated on Thu Jul 20 09:22:32 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)