affyfusion-109/src/affymetrix/calvin/data/ProbeSetMultiDataGenotypeData.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 ////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2006 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License 
11 13 Sep 07 nicklas 7 // (version 2.1) as published by the Free Software Foundation.
11 13 Sep 07 nicklas 8 // 
11 13 Sep 07 nicklas 9 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 10 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 11 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 12 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 13 // 
11 13 Sep 07 nicklas 14 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 15 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 16 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 17 //
11 13 Sep 07 nicklas 18 ////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 19
11 13 Sep 07 nicklas 20 package affymetrix.calvin.data;
11 13 Sep 07 nicklas 21
11 13 Sep 07 nicklas 22 import java.util.*;
11 13 Sep 07 nicklas 23
11 13 Sep 07 nicklas 24 /** Stores data for a genotype result of a probe set. */
11 13 Sep 07 nicklas 25 public class ProbeSetMultiDataGenotypeData {
11 13 Sep 07 nicklas 26     
11 13 Sep 07 nicklas 27     /** Creates a new instance of ProbeSetMultiDataGenotypeData */
11 13 Sep 07 nicklas 28     public ProbeSetMultiDataGenotypeData() {
11 13 Sep 07 nicklas 29         name = null;
11 13 Sep 07 nicklas 30         call = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 31         confidence = 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 32         metrics = null;
11 13 Sep 07 nicklas 33     }
11 13 Sep 07 nicklas 34
11 13 Sep 07 nicklas 35     /** The name of the probe set. */
11 13 Sep 07 nicklas 36     private String name;
11 13 Sep 07 nicklas 37     
11 13 Sep 07 nicklas 38     /** The name of the probe set. */
11 13 Sep 07 nicklas 39     public String getName() { return name; }
11 13 Sep 07 nicklas 40     
11 13 Sep 07 nicklas 41     /** Set the name */
11 13 Sep 07 nicklas 42     public void setName(String n) { name = n; }
11 13 Sep 07 nicklas 43
11 13 Sep 07 nicklas 44     /** The call. */
11 13 Sep 07 nicklas 45     private byte call;
11 13 Sep 07 nicklas 46     
11 13 Sep 07 nicklas 47     /** Get the call */
11 13 Sep 07 nicklas 48     public byte getCall() { return call; }
11 13 Sep 07 nicklas 49     
11 13 Sep 07 nicklas 50     /** Set the call. */
11 13 Sep 07 nicklas 51     public void setCall(byte c) { call = c; }
11 13 Sep 07 nicklas 52
11 13 Sep 07 nicklas 53     /** The confidence of the call. */
11 13 Sep 07 nicklas 54     private float confidence;
11 13 Sep 07 nicklas 55
11 13 Sep 07 nicklas 56     /** Get the confidence. */
11 13 Sep 07 nicklas 57     public float getConfidence() { return confidence; }
11 13 Sep 07 nicklas 58     
11 13 Sep 07 nicklas 59     /** Set the confidence */
11 13 Sep 07 nicklas 60     public void setConfidence(float c) { confidence = c; }
11 13 Sep 07 nicklas 61     
11 13 Sep 07 nicklas 62     /** Other metrics associated with the call. */
11 13 Sep 07 nicklas 63     private Vector /*ParameterNameValue*/ metrics;
11 13 Sep 07 nicklas 64     
11 13 Sep 07 nicklas 65     /** Get the other metrics associated with the call. */
11 13 Sep 07 nicklas 66     public Vector getMetrics() { return metrics; }
11 13 Sep 07 nicklas 67     
11 13 Sep 07 nicklas 68     /** Get the other metrics associated with the call. */
11 13 Sep 07 nicklas 69     public void setMetrics(Vector v) { metrics = v; }
11 13 Sep 07 nicklas 70     
11 13 Sep 07 nicklas 71 }
11 13 Sep 07 nicklas 72

Generated on Thu Jul 20 09:22:34 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)