affyfusion-109/src/affymetrix/calvin/parameter/AffymetrixParameterConsts.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21
11 13 Sep 07 nicklas 22 package affymetrix.calvin.parameter;
11 13 Sep 07 nicklas 23
11 13 Sep 07 nicklas 24 /** Defines constant names for static attributes. */
11 13 Sep 07 nicklas 25 public class AffymetrixParameterConsts {
11 13 Sep 07 nicklas 26
11 13 Sep 07 nicklas 27     /** Defines the static attribute name for the probe array type of the physical array. */
11 13 Sep 07 nicklas 28     public static final String ARRAY_TYPE_PARAM_NAME = "affymetrix-array-type";
11 13 Sep 07 nicklas 29
11 13 Sep 07 nicklas 30     /** Defines the static attribute name for the master file. */
11 13 Sep 07 nicklas 31     public static final String MASTER_FILE_PARAM_NAME = "affymetrix-master-file";
11 13 Sep 07 nicklas 32
11 13 Sep 07 nicklas 33     /** Defines the static attribute name for the library package. */
11 13 Sep 07 nicklas 34     public static final String LIBRARY_PACKAGE_PARAM_NAME = "affymetrix-library-package";
11 13 Sep 07 nicklas 35     
11 13 Sep 07 nicklas 36     /** Defines the static attribute name for the barcode of the physical array. */
11 13 Sep 07 nicklas 37     public static final String ARRAY_BARCODE_PARAM_NAME = "affymetrix-array-barcode";
11 13 Sep 07 nicklas 38
11 13 Sep 07 nicklas 39     /** Defines the static attribute name for the array lot number of the physical array. */
11 13 Sep 07 nicklas 40     public static final String ARRAY_LOT_PARAM_NAME = "affymetrix-array-lot";
11 13 Sep 07 nicklas 41
11 13 Sep 07 nicklas 42     /** Defines the static attribute name for the expiration date of the physical array. */
11 13 Sep 07 nicklas 43     public static final String ARRAY_EXPIRE_DATE_PARAM_NAME = "affymetrix-array-expiration-date";
11 13 Sep 07 nicklas 44
11 13 Sep 07 nicklas 45     /** Defines the static attribute name for the barcode of the array plate. */
11 13 Sep 07 nicklas 46     public static final String PLATE_BARCODE_PARAM_NAME = "affymetrix-plate-barcode";
11 13 Sep 07 nicklas 47
11 13 Sep 07 nicklas 48     /** Defines the static attribute name for the plate type of the array plate. */
11 13 Sep 07 nicklas 49     public static final String PLATE_TYPE_PARAM_NAME = "affymetrix-plate-type";
11 13 Sep 07 nicklas 50
11 13 Sep 07 nicklas 51     /** Defines the static attribute name for the row location of the array plate well. */
11 13 Sep 07 nicklas 52     public static final String PLATE_WELL_ROW_PARAM_NAME = "affymetrix-plate-well-row";
11 13 Sep 07 nicklas 53
11 13 Sep 07 nicklas 54     /** Defines the static attribute name for the column location of the array plate well. */
11 13 Sep 07 nicklas 55     public static final String PLATE_WELL_COL_PARAM_NAME = "affymetrix-plate-well-col";
11 13 Sep 07 nicklas 56
11 13 Sep 07 nicklas 57     /** Defines the static attribute name for the algorithm name. */
11 13 Sep 07 nicklas 58     public static final String ALGORITHM_NAME_PARAM_NAME = "affymetrix-algorithm-name";
11 13 Sep 07 nicklas 59
11 13 Sep 07 nicklas 60     /** Defines the static attribute for the algorithm version. */
11 13 Sep 07 nicklas 61     public static final String ALG_VERSION_PARAM_NAME = "affymetrix-algorithm-version";
11 13 Sep 07 nicklas 62
11 13 Sep 07 nicklas 63     /** Defines the static attribute prefix for algorithm parameter names */
11 13 Sep 07 nicklas 64     public static final String ALGORITHM_PARAM_NAME_PREFIX = "affymetrix-algorithm-param-";
11 13 Sep 07 nicklas 65
11 13 Sep 07 nicklas 66     /** A prefix for chip summary parameter ids. */
11 13 Sep 07 nicklas 67     public static final String ALGORITHM_SUMMARY_NAME_PREFIX = "affymetrix-chipsummary-";
11 13 Sep 07 nicklas 68
11 13 Sep 07 nicklas 69     /** Defines the static attribute name for the DATHeader */
11 13 Sep 07 nicklas 70     public static final String DAT_HEADER_PARAM_NAME = "affymetrix-dat-header";
11 13 Sep 07 nicklas 71
11 13 Sep 07 nicklas 72     /** Defines the static attribute name for the partial DATHeader */
11 13 Sep 07 nicklas 73     public static final String PARTIAL_DAT_HEADER_PARAM_NAME = "affymetrix-partial-dat-header";
11 13 Sep 07 nicklas 74
11 13 Sep 07 nicklas 75     /** Defines the static attribute name for the max pixel intensity */
11 13 Sep 07 nicklas 76     public static final String MAX_PIXEL_INTENSITY_PARAM_NAME = "affymetrix-max-pixel-intensity";
11 13 Sep 07 nicklas 77
11 13 Sep 07 nicklas 78     /** Defines the static attribute name for the min pixel intensity */
11 13 Sep 07 nicklas 79     public static final String MIN_PIXEL_INTENSITY_PARAM_NAME = "affymetrix-min-pixel-intensity";
11 13 Sep 07 nicklas 80
11 13 Sep 07 nicklas 81     /** Defines the static attribute name for the orientation */
11 13 Sep 07 nicklas 82     public static final String ORIENTATION_PARAM_NAME = "affymetrix-image-orientation";
11 13 Sep 07 nicklas 83
11 13 Sep 07 nicklas 84     /** Defines the static attribute name for the file version.  This is not the file format version. */
11 13 Sep 07 nicklas 85     public static final String FILE_VERSION_PARAM_NAME = "affymetrix-file-version";
11 13 Sep 07 nicklas 86
11 13 Sep 07 nicklas 87     /** Defines the static attribute name for the flip-flag which indicates if an image is flipped about the y-axis. */
11 13 Sep 07 nicklas 88     public static final String FLIP_FLAG_PARAM_NAME = "affymetrix-image-flip-flag";
11 13 Sep 07 nicklas 89
11 13 Sep 07 nicklas 90     /** CDF Data Type Expression */
11 13 Sep 07 nicklas 91     public static final String AFFY_EXPR_PS = "affymetrix-expression-probesets";
11 13 Sep 07 nicklas 92
11 13 Sep 07 nicklas 93     /** CDF Data Type Genotyping */
11 13 Sep 07 nicklas 94     public static final String AFFY_GENO_PS = "affymetrix-genotyping-probesets";
11 13 Sep 07 nicklas 95
11 13 Sep 07 nicklas 96     /** CDF Data Type Tag */
11 13 Sep 07 nicklas 97     public static final String AFFY_TAG_PS = "affymetrix-tag-probesets";
11 13 Sep 07 nicklas 98
11 13 Sep 07 nicklas 99     /** CDF Data Type Resequencing */
11 13 Sep 07 nicklas 100     public static final String AFFY_RESEQ_PS = "affymetrix-resequencing-probesets";
11 13 Sep 07 nicklas 101
11 13 Sep 07 nicklas 102     /** CDF Data Type Control */
11 13 Sep 07 nicklas 103     public static final String AFFY_CNTRL_PS = "affymetrix-control-probesets";
11 13 Sep 07 nicklas 104
11 13 Sep 07 nicklas 105     /** Defines US English locale. */
11 13 Sep 07 nicklas 106     public static final String US_ENGLISH_LOCALE = "en-US";
11 13 Sep 07 nicklas 107     
11 13 Sep 07 nicklas 108     /** Defines an identifier for the scan acquisition data file. */
11 13 Sep 07 nicklas 109     public static final String SCAN_ACQUISITION_DATA_TYPE = "affymetrix-calvin-scan-acquisition";
11 13 Sep 07 nicklas 110     
11 13 Sep 07 nicklas 111 }

Generated on Thu Jul 20 09:22:38 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)