affyfusion-109/src/affymetrix/calvin/parsers/CHPMultiDataFileReader.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 ////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2006 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License 
11 13 Sep 07 nicklas 7 // (version 2.1) as published by the Free Software Foundation.
11 13 Sep 07 nicklas 8 // 
11 13 Sep 07 nicklas 9 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 10 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 11 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 12 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 13 // 
11 13 Sep 07 nicklas 14 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 15 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 16 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 17 //
11 13 Sep 07 nicklas 18 ////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 19
11 13 Sep 07 nicklas 20 package affymetrix.calvin.parsers;
11 13 Sep 07 nicklas 21
11 13 Sep 07 nicklas 22 import affymetrix.calvin.data.*;
11 13 Sep 07 nicklas 23
11 13 Sep 07 nicklas 24 /** This class reads a multi-data CHP data file. It is an interpreter class.*/
11 13 Sep 07 nicklas 25 public class CHPMultiDataFileReader {
11 13 Sep 07 nicklas 26
11 13 Sep 07 nicklas 27     /** Constructor */
11 13 Sep 07 nicklas 28     public CHPMultiDataFileReader() {
11 13 Sep 07 nicklas 29         fileName = "";        
11 13 Sep 07 nicklas 30     }
11 13 Sep 07 nicklas 31
11 13 Sep 07 nicklas 32     /** Gets the name of the input file.
11 13 Sep 07 nicklas 33      *
11 13 Sep 07 nicklas 34      * @return The name of the file to read.
11 13 Sep 07 nicklas 35      */
11 13 Sep 07 nicklas 36     public String getFilename() { return fileName; }
11 13 Sep 07 nicklas 37
11 13 Sep 07 nicklas 38     /** Sets the name of the input file.
11 13 Sep 07 nicklas 39      *
11 13 Sep 07 nicklas 40      * @param name The name of the file to read.
11 13 Sep 07 nicklas 41      */
11 13 Sep 07 nicklas 42     public void setFilename(String name) { fileName = name; }
11 13 Sep 07 nicklas 43
11 13 Sep 07 nicklas 44     /** Reads the file header of the generic file and reads all the DataPlaneHeader information.
11 13 Sep 07 nicklas 45      *
11 13 Sep 07 nicklas 46      * @param data A reference to a GenericData object that will receive information from the file.
11 13 Sep 07 nicklas 47      * @exception affymetrix_calvin_exceptions::FileNotFoundException The file does not exist.
11 13 Sep 07 nicklas 48      * @exception affymetrix_calvin_exceptions::InvalidVersionException The file version does not match.
11 13 Sep 07 nicklas 49      * @exception affymetrix_calvin_exceptions::InvalidFileTypeException The file is not of the right type.
11 13 Sep 07 nicklas 50      */
11 13 Sep 07 nicklas 51     public void read(CHPMultiDataData data) throws FileNotFoundException, InvalidVersionException, InvalidFileTypeException {
11 13 Sep 07 nicklas 52         data.clear();
11 13 Sep 07 nicklas 53   GenericFileReader reader = new GenericFileReader();
11 13 Sep 07 nicklas 54   if (fileName.length() == 0)
11 13 Sep 07 nicklas 55   {
11 13 Sep 07 nicklas 56             fileName = data.getFilename();
11 13 Sep 07 nicklas 57   }
11 13 Sep 07 nicklas 58   reader.setFilename(fileName);
11 13 Sep 07 nicklas 59   reader.readHeader(data.getGenericData(), ReadHeaderOption.ReadAllHeaders);
11 13 Sep 07 nicklas 60     }
11 13 Sep 07 nicklas 61
11 13 Sep 07 nicklas 62     /** Name of the file to read */
11 13 Sep 07 nicklas 63     protected String fileName;
11 13 Sep 07 nicklas 64 }

Generated on Thu Jul 20 09:22:41 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)