affyfusion-109/src/affymetrix/calvin/parsers/CHPQuantificationDetectionFileReader.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2006 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21 package affymetrix.calvin.parsers;
11 13 Sep 07 nicklas 22
11 13 Sep 07 nicklas 23 import affymetrix.calvin.data.*;
11 13 Sep 07 nicklas 24
11 13 Sep 07 nicklas 25 /** This class reads a quantification/detection CHP data file. It is an interpreter class.*/
11 13 Sep 07 nicklas 26 public class CHPQuantificationDetectionFileReader
11 13 Sep 07 nicklas 27 {
11 13 Sep 07 nicklas 28     /** Constructor */
11 13 Sep 07 nicklas 29     public CHPQuantificationDetectionFileReader() {
11 13 Sep 07 nicklas 30         fileName = "";        
11 13 Sep 07 nicklas 31     }
11 13 Sep 07 nicklas 32
11 13 Sep 07 nicklas 33     /** Gets the name of the input file.
11 13 Sep 07 nicklas 34      *
11 13 Sep 07 nicklas 35      * @return The name of the file to read.
11 13 Sep 07 nicklas 36      */
11 13 Sep 07 nicklas 37     public String getFilename() { return fileName; }
11 13 Sep 07 nicklas 38
11 13 Sep 07 nicklas 39     /** Sets the name of the input file.
11 13 Sep 07 nicklas 40      *
11 13 Sep 07 nicklas 41      * @param name The name of the file to read.
11 13 Sep 07 nicklas 42      */
11 13 Sep 07 nicklas 43     public void setFilename(String name) { fileName = name; }
11 13 Sep 07 nicklas 44
11 13 Sep 07 nicklas 45     /** Reads the file header of the generic file and reads all the DataPlaneHeader information.
11 13 Sep 07 nicklas 46      *
11 13 Sep 07 nicklas 47      * @param data A reference to a GenericData object that will receive information from the file.
11 13 Sep 07 nicklas 48      * @exception affymetrix_calvin_exceptions::FileNotFoundException The file does not exist.
11 13 Sep 07 nicklas 49      * @exception affymetrix_calvin_exceptions::InvalidVersionException The file version does not match.
11 13 Sep 07 nicklas 50      * @exception affymetrix_calvin_exceptions::InvalidFileTypeException The file is not of the right type.
11 13 Sep 07 nicklas 51      */
11 13 Sep 07 nicklas 52     public void read(CHPQuantificationDetectionData data) throws FileNotFoundException, InvalidVersionException, InvalidFileTypeException {
11 13 Sep 07 nicklas 53         data.clear();
11 13 Sep 07 nicklas 54   GenericFileReader reader = new GenericFileReader();
11 13 Sep 07 nicklas 55   if (fileName.length() == 0)
11 13 Sep 07 nicklas 56   {
11 13 Sep 07 nicklas 57             fileName = data.getFilename();
11 13 Sep 07 nicklas 58   }
11 13 Sep 07 nicklas 59   reader.setFilename(fileName);
11 13 Sep 07 nicklas 60   reader.readHeader(data.getGenericData(), ReadHeaderOption.ReadAllHeaders);
11 13 Sep 07 nicklas 61     }
11 13 Sep 07 nicklas 62
11 13 Sep 07 nicklas 63     /** Name of the file to read */
11 13 Sep 07 nicklas 64     protected String fileName;
11 13 Sep 07 nicklas 65
11 13 Sep 07 nicklas 66 };

Generated on Thu Jul 20 09:22:41 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)