affyfusion-109/src/affymetrix/calvin/parsers/DataSetHeaderReader.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21 package affymetrix.calvin.parsers;
11 13 Sep 07 nicklas 22
11 13 Sep 07 nicklas 23 import java.io.*;
11 13 Sep 07 nicklas 24 import affymetrix.calvin.data.*;
11 13 Sep 07 nicklas 25 import affymetrix.calvin.parameter.*;
11 13 Sep 07 nicklas 26
11 13 Sep 07 nicklas 27 /** This class reads the all DataSetHeader information associated with a DataGroup from a file. */
11 13 Sep 07 nicklas 28 public class DataSetHeaderReader {
11 13 Sep 07 nicklas 29     
11 13 Sep 07 nicklas 30     /** Creates a new instance of DataSetHeaderReader */
11 13 Sep 07 nicklas 31     public DataSetHeaderReader() {
11 13 Sep 07 nicklas 32     }
11 13 Sep 07 nicklas 33
11 13 Sep 07 nicklas 34     /** Reads the minimum DataSetHeader information for all DataSets associated with a DataGroup.
11 13 Sep 07 nicklas 35      *  @param fileStream Open fstream positioned at the start of the first DataSetHeader in a DataGroup.
11 13 Sep 07 nicklas 36      *  @param dch DataGroupHeader object to which to add the DataSetHeader information.
11 13 Sep 07 nicklas 37      *  @param dataSetCnt Number of DataSets in the DataGroup.
11 13 Sep 07 nicklas 38      */
11 13 Sep 07 nicklas 39     public void readAllMinimumInfo(FileInputStream fileStream, DataGroupHeader dch, int dataSetCnt) {
11 13 Sep 07 nicklas 40         // Get the first dataSet offset
11 13 Sep 07 nicklas 41   int nextDataSetFilePos = dch.getDataSetPos();
11 13 Sep 07 nicklas 42
11 13 Sep 07 nicklas 43   for (int i = 0; i < dataSetCnt; ++i)
11 13 Sep 07 nicklas 44   {
11 13 Sep 07 nicklas 45     DataSetHeader dph = new DataSetHeader();
11 13 Sep 07 nicklas 46
11 13 Sep 07 nicklas 47     // Move to the indicated position in the file
11 13 Sep 07 nicklas 48                 try
11 13 Sep 07 nicklas 49                 {
11 13 Sep 07 nicklas 50                     fileStream.getChannel().position(nextDataSetFilePos);
11 13 Sep 07 nicklas 51                 }
11 13 Sep 07 nicklas 52                 catch (Throwable t)
11 13 Sep 07 nicklas 53                 {
11 13 Sep 07 nicklas 54                 }
11 13 Sep 07 nicklas 55     nextDataSetFilePos = readMinimumInfo(fileStream, dph);
11 13 Sep 07 nicklas 56
11 13 Sep 07 nicklas 57     // Add the DataSetHeader to the file header
11 13 Sep 07 nicklas 58     dch.addDataSetHdr(dph);
11 13 Sep 07 nicklas 59   }
11 13 Sep 07 nicklas 60     }
11 13 Sep 07 nicklas 61
11 13 Sep 07 nicklas 62     /** Reads the complete DataSetHeader information for all DataSets associated with a DataGroup.
11 13 Sep 07 nicklas 63      *  @param fileStream Open fstream positioned at the start of the first DataSetHeader in a DataGroup.
11 13 Sep 07 nicklas 64      *  @param dch DataGroupHeader object to which to add the DataSetHeader information.
11 13 Sep 07 nicklas 65      *  @param dataSetCnt Number of DataSets in the DataGroup.
11 13 Sep 07 nicklas 66      */
11 13 Sep 07 nicklas 67     public void readAll(FileInputStream fileStream, DataGroupHeader dch, int dataSetCnt) {
11 13 Sep 07 nicklas 68
11 13 Sep 07 nicklas 69   // Get the first dataSet offset
11 13 Sep 07 nicklas 70   int nextDataSetFilePos = dch.getDataSetPos();
11 13 Sep 07 nicklas 71
11 13 Sep 07 nicklas 72   for (int i = 0; i < dataSetCnt; ++i)
11 13 Sep 07 nicklas 73   {
11 13 Sep 07 nicklas 74     DataSetHeader dph = new DataSetHeader();
11 13 Sep 07 nicklas 75
11 13 Sep 07 nicklas 76     // Move to the indicated position in the file
11 13 Sep 07 nicklas 77                 try
11 13 Sep 07 nicklas 78                 {
11 13 Sep 07 nicklas 79                     fileStream.getChannel().position(nextDataSetFilePos); 
11 13 Sep 07 nicklas 80                 }
11 13 Sep 07 nicklas 81                 catch (Throwable t)
11 13 Sep 07 nicklas 82                 {
11 13 Sep 07 nicklas 83                 }
11 13 Sep 07 nicklas 84
11 13 Sep 07 nicklas 85     nextDataSetFilePos = read(fileStream, dph);
11 13 Sep 07 nicklas 86
11 13 Sep 07 nicklas 87     // Add the DataSetHeader to the file header
11 13 Sep 07 nicklas 88     dch.addDataSetHdr(dph);
11 13 Sep 07 nicklas 89   }
11 13 Sep 07 nicklas 90     }
11 13 Sep 07 nicklas 91
11 13 Sep 07 nicklas 92     /** Reads the minimum DataSetHeader information.
11 13 Sep 07 nicklas 93      *  @param fileStream Open fstream positioned at the start of the DataSetHeader.
11 13 Sep 07 nicklas 94      *  @param dsh Reference to the DataSetHeader object to fill.
11 13 Sep 07 nicklas 95      *  @return The file position of the next DataSet.
11 13 Sep 07 nicklas 96      */
11 13 Sep 07 nicklas 97     public int readMinimumInfo(FileInputStream fileStream, DataSetHeader dsh) {
11 13 Sep 07 nicklas 98   readDataSetStartFilePos(fileStream, dsh);
11 13 Sep 07 nicklas 99   readDataFilePos(fileStream, dsh);
11 13 Sep 07 nicklas 100   int nextDataSetFilePos = readNextDataSetFilePos(fileStream, dsh);
11 13 Sep 07 nicklas 101   readName(fileStream, dsh);
11 13 Sep 07 nicklas 102   return nextDataSetFilePos;
11 13 Sep 07 nicklas 103     }
11 13 Sep 07 nicklas 104
11 13 Sep 07 nicklas 105     /** Reads the complete DataSetHeader information.
11 13 Sep 07 nicklas 106      *  @param fileStream Open fstream positioned at the start of the DataSetHeader.
11 13 Sep 07 nicklas 107      *  @param dsh Reference to the DataSetHeader object to fill.
11 13 Sep 07 nicklas 108      *  @return The file position of the next DataSet.
11 13 Sep 07 nicklas 109      */
11 13 Sep 07 nicklas 110     public int read(FileInputStream fileStream, DataSetHeader dsh) {
11 13 Sep 07 nicklas 111   readDataSetStartFilePos(fileStream, dsh);
11 13 Sep 07 nicklas 112   readDataFilePos(fileStream, dsh);
11 13 Sep 07 nicklas 113   int nextDataSetFilePos = readNextDataSetFilePos(fileStream, dsh);
11 13 Sep 07 nicklas 114   readName(fileStream, dsh);
11 13 Sep 07 nicklas 115   readParameters(fileStream, dsh);
11 13 Sep 07 nicklas 116   readColumns(fileStream, dsh);
11 13 Sep 07 nicklas 117   readRowCount(fileStream, dsh);
11 13 Sep 07 nicklas 118   return nextDataSetFilePos;
11 13 Sep 07 nicklas 119         
11 13 Sep 07 nicklas 120     }
11 13 Sep 07 nicklas 121
11 13 Sep 07 nicklas 122     /** Read the file position of the start of the DataSet.
11 13 Sep 07 nicklas 123      *  @param fileStream Open fstream positioned at the start of the DataSetHeader.
11 13 Sep 07 nicklas 124      *  @param dsh Reference to the DataSetHeader object to fill.
11 13 Sep 07 nicklas 125      */
11 13 Sep 07 nicklas 126     protected void readDataSetStartFilePos(FileInputStream fileStream, DataSetHeader dsh) {
11 13 Sep 07 nicklas 127         try
11 13 Sep 07 nicklas 128         {
11 13 Sep 07 nicklas 129             int pos = (int)fileStream.getChannel().position();
11 13 Sep 07 nicklas 130             dsh.setHeaderStartFilePos(pos);                }
11 13 Sep 07 nicklas 131         catch (Throwable t)
11 13 Sep 07 nicklas 132         {
11 13 Sep 07 nicklas 133         }
11 13 Sep 07 nicklas 134     }
11 13 Sep 07 nicklas 135
11 13 Sep 07 nicklas 136     /** Read the file position to the start of the data.
11 13 Sep 07 nicklas 137      *  @param fileStream Open fstream positioned at the start of the data file position.
11 13 Sep 07 nicklas 138      *  @param dsh Reference to the DataSetHeader object to fill.
11 13 Sep 07 nicklas 139      */
11 13 Sep 07 nicklas 140     protected void readDataFilePos(FileInputStream fileStream, DataSetHeader dsh) {
11 13 Sep 07 nicklas 141         dsh.setDataStartFilePos(FileInput.ReadUInt32(fileStream));
11 13 Sep 07 nicklas 142     }
11 13 Sep 07 nicklas 143
11 13 Sep 07 nicklas 144     /** Read the file position to the next DataSet.
11 13 Sep 07 nicklas 145      *  @param fileStream Open fstream positioned at the start of the next DataSet file position.
11 13 Sep 07 nicklas 146      *  @param dsh Reference to the DataSetHeader object to fill.
11 13 Sep 07 nicklas 147      *  @return The file position of the next data set.
11 13 Sep 07 nicklas 148      */
11 13 Sep 07 nicklas 149     protected int readNextDataSetFilePos(FileInputStream fileStream, DataSetHeader dsh) {
11 13 Sep 07 nicklas 150         int nextDataSetFilePos = FileInput.ReadUInt32(fileStream);
11 13 Sep 07 nicklas 151   dsh.setNextSetFilePos(nextDataSetFilePos);
11 13 Sep 07 nicklas 152   return nextDataSetFilePos;
11 13 Sep 07 nicklas 153     }
11 13 Sep 07 nicklas 154
11 13 Sep 07 nicklas 155     /** Read the DataSetHeader name.
11 13 Sep 07 nicklas 156      *  @param fileStream Open fstream positioned at the start of the DataSetHeader name.
11 13 Sep 07 nicklas 157      *  @param dsh Reference to the DataSetHeader object to fill.
11 13 Sep 07 nicklas 158      */
11 13 Sep 07 nicklas 159     protected void readName(FileInputStream fileStream, DataSetHeader dsh) {
11 13 Sep 07 nicklas 160         String name = FileInput.ReadString16(fileStream);
11 13 Sep 07 nicklas 161   dsh.setName(name);
11 13 Sep 07 nicklas 162     }
11 13 Sep 07 nicklas 163
11 13 Sep 07 nicklas 164     /** Read the parameter list (name-value-type).
11 13 Sep 07 nicklas 165      *  @param fileStream Open fstream positioned at the start of the DataSetHeader parameter list count.
11 13 Sep 07 nicklas 166      *  @param dsh Reference to the DataSetHeader object to fill.
11 13 Sep 07 nicklas 167      */
11 13 Sep 07 nicklas 168     protected void readParameters(FileInputStream fileStream, DataSetHeader dsh) {
11 13 Sep 07 nicklas 169         int params = FileInput.ReadUInt32(fileStream);
11 13 Sep 07 nicklas 170   for (int iparam = 0; iparam < params; ++iparam)
11 13 Sep 07 nicklas 171   {
11 13 Sep 07 nicklas 172     String paramName = FileInput.ReadString16(fileStream);
11 13 Sep 07 nicklas 173     byte[] mimeValue = FileInput.ReadBlob(fileStream);
11 13 Sep 07 nicklas 174     String paramType = FileInput.ReadString16(fileStream);
11 13 Sep 07 nicklas 175     ParameterNameValue nvt= new ParameterNameValue(paramName, mimeValue, mimeValue.length, paramType);
11 13 Sep 07 nicklas 176     dsh.addNameValParam(nvt);
11 13 Sep 07 nicklas 177   }
11 13 Sep 07 nicklas 178     }
11 13 Sep 07 nicklas 179
11 13 Sep 07 nicklas 180     /** Read column information.
11 13 Sep 07 nicklas 181      *  @param fileStream Open fstream positioned at the start of the DataSetHeader column count.
11 13 Sep 07 nicklas 182      *  @param dsh Reference to the DataSetHeader object to fill.
11 13 Sep 07 nicklas 183      */
11 13 Sep 07 nicklas 184     protected void readColumns(FileInputStream fileStream, DataSetHeader dsh) {
11 13 Sep 07 nicklas 185         // Read the number of columns
11 13 Sep 07 nicklas 186   int columns = FileInput.ReadUInt32(fileStream);
11 13 Sep 07 nicklas 187
11 13 Sep 07 nicklas 188   for (int icol = 0; icol < columns; ++icol)
11 13 Sep 07 nicklas 189   {
11 13 Sep 07 nicklas 190     // Read the name
11 13 Sep 07 nicklas 191     String name = FileInput.ReadString16(fileStream);
11 13 Sep 07 nicklas 192     // Read the type
11 13 Sep 07 nicklas 193     int type = (int) FileInput.ReadInt8(fileStream);
11 13 Sep 07 nicklas 194     // Read the size
11 13 Sep 07 nicklas 195     int size = FileInput.ReadInt32(fileStream);
11 13 Sep 07 nicklas 196
11 13 Sep 07 nicklas 197     dsh.addColumn(new ColumnInfo(name, type, size));
11 13 Sep 07 nicklas 198   }
11 13 Sep 07 nicklas 199     }
11 13 Sep 07 nicklas 200
11 13 Sep 07 nicklas 201     /** Read the number of rows.
11 13 Sep 07 nicklas 202      *  @param fileStream Open fstream positioned at the start of the DataSetHeader row count.
11 13 Sep 07 nicklas 203      *  @param dsh Reference to the DataSetHeader object to fill.
11 13 Sep 07 nicklas 204      */
11 13 Sep 07 nicklas 205     protected void readRowCount(FileInputStream fileStream, DataSetHeader dsh) {
11 13 Sep 07 nicklas 206         int numRows = FileInput.ReadInt32(fileStream);
11 13 Sep 07 nicklas 207   dsh.setRowCnt(numRows);
11 13 Sep 07 nicklas 208     }
11 13 Sep 07 nicklas 209
11 13 Sep 07 nicklas 210 }

Generated on Thu Jul 20 09:22:43 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)