affyfusion-109/src/affymetrix/calvin/parsers/GenericDataHeaderReader.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1
11 13 Sep 07 nicklas 2
11 13 Sep 07 nicklas 3 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 6 //
11 13 Sep 07 nicklas 7 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 8 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 9 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 10 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 11 //
11 13 Sep 07 nicklas 12 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 13 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 14 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 15 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 16 //
11 13 Sep 07 nicklas 17 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 18 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 19 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 20 //
11 13 Sep 07 nicklas 21 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 22
11 13 Sep 07 nicklas 23 package affymetrix.calvin.parsers;
11 13 Sep 07 nicklas 24
11 13 Sep 07 nicklas 25 import java.io.*;
11 13 Sep 07 nicklas 26 import affymetrix.calvin.data.*;
11 13 Sep 07 nicklas 27 import affymetrix.calvin.parameter.*;
11 13 Sep 07 nicklas 28 import affymetrix.calvin.utils.*;
11 13 Sep 07 nicklas 29
11 13 Sep 07 nicklas 30 /** This class reads the GenericDataHeader from a file. */
11 13 Sep 07 nicklas 31 public class GenericDataHeaderReader {
11 13 Sep 07 nicklas 32     
11 13 Sep 07 nicklas 33     /** Constructor
11 13 Sep 07 nicklas 34      *  @param fis Open stream positioned at the start of the first GenericDataHeader.
11 13 Sep 07 nicklas 35      */
15 17 Sep 07 nicklas 36     public GenericDataHeaderReader(InputStream fis) {
11 13 Sep 07 nicklas 37         fileStream = fis;
11 13 Sep 07 nicklas 38     }
11 13 Sep 07 nicklas 39
11 13 Sep 07 nicklas 40     /** Read the GenericDataHeader and all parent GenericDataHeaders from the input stream.
11 13 Sep 07 nicklas 41      *  @param gdh Reference to the GenericDataHeader object to which to add the GenericDataHeader information.
11 13 Sep 07 nicklas 42      */
11 13 Sep 07 nicklas 43     public void read(GenericDataHeader gdh) {
11 13 Sep 07 nicklas 44   // Read data type identifier
11 13 Sep 07 nicklas 45   gdh.setFileTypeId(FileInput.ReadString8(fileStream));
11 13 Sep 07 nicklas 46
11 13 Sep 07 nicklas 47   // Read file identifier
11 13 Sep 07 nicklas 48         AffymetrixGuidType guid = new AffymetrixGuidType();
11 13 Sep 07 nicklas 49         guid.setGuid(FileInput.ReadString8(fileStream));
11 13 Sep 07 nicklas 50   gdh.setFileId(guid);
11 13 Sep 07 nicklas 51
11 13 Sep 07 nicklas 52   // Read file creation time
11 13 Sep 07 nicklas 53   gdh.setFileCreationTime(FileInput.ReadString16(fileStream));
11 13 Sep 07 nicklas 54
11 13 Sep 07 nicklas 55   // Read locale
11 13 Sep 07 nicklas 56   gdh.setLocale(FileInput.ReadString16(fileStream));
11 13 Sep 07 nicklas 57
11 13 Sep 07 nicklas 58   // Read name value pairs
11 13 Sep 07 nicklas 59   int paramCount = FileInput.ReadUInt32(fileStream);
11 13 Sep 07 nicklas 60   for (int iparam = 0; iparam < paramCount; ++iparam)
11 13 Sep 07 nicklas 61   {
11 13 Sep 07 nicklas 62     String name = FileInput.ReadString16(fileStream);
11 13 Sep 07 nicklas 63     byte[] mimeValue = FileInput.ReadBlob(fileStream);
11 13 Sep 07 nicklas 64     String type = FileInput.ReadString16(fileStream);
11 13 Sep 07 nicklas 65     ParameterNameValue nvt = new ParameterNameValue(name, mimeValue, mimeValue.length, type);
11 13 Sep 07 nicklas 66     gdh.addNameValParam(nvt);
11 13 Sep 07 nicklas 67   }
11 13 Sep 07 nicklas 68
11 13 Sep 07 nicklas 69   // Read number of generic data parent header
11 13 Sep 07 nicklas 70   int numParents = FileInput.ReadUInt32(fileStream);
11 13 Sep 07 nicklas 71
11 13 Sep 07 nicklas 72   // Read each parent header in turn - this needs to be recursive
11 13 Sep 07 nicklas 73   for (int iparent = 0; iparent < numParents; ++iparent)
11 13 Sep 07 nicklas 74   {
11 13 Sep 07 nicklas 75     GenericDataHeader parentGDH = new GenericDataHeader();
11 13 Sep 07 nicklas 76     read(parentGDH);
11 13 Sep 07 nicklas 77     gdh.addParent(parentGDH);
11 13 Sep 07 nicklas 78   }
11 13 Sep 07 nicklas 79     }
11 13 Sep 07 nicklas 80
11 13 Sep 07 nicklas 81     /** A reference to the file stream. */
15 17 Sep 07 nicklas 82     private InputStream fileStream;
11 13 Sep 07 nicklas 83 }

Generated on Thu Jul 20 09:22:45 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)