affyfusion-109/src/affymetrix/fusion/cdf/FusionCDFHeader.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21 package affymetrix.fusion.cdf;
11 13 Sep 07 nicklas 22
11 13 Sep 07 nicklas 23 import affymetrix.gcos.cdf.*;
11 13 Sep 07 nicklas 24
11 13 Sep 07 nicklas 25 /** Stores information from the header section of the CDF file. */
11 13 Sep 07 nicklas 26 public class FusionCDFHeader {
11 13 Sep 07 nicklas 27
11 13 Sep 07 nicklas 28     /** The gcos cdf header object. */
11 13 Sep 07 nicklas 29     private CDFFileHeader gcosHeader;
11 13 Sep 07 nicklas 30     
11 13 Sep 07 nicklas 31     /** Sets the GCOS CDF file header object.
11 13 Sep 07 nicklas 32      * @param h The header object.
11 13 Sep 07 nicklas 33      */
11 13 Sep 07 nicklas 34     public void setGCOSObject(CDFFileHeader h) { gcosHeader = h; }
11 13 Sep 07 nicklas 35     
11 13 Sep 07 nicklas 36     /** Gets the number of probe sets in an XDA file.
11 13 Sep 07 nicklas 37      * @return The number of probe sets.
11 13 Sep 07 nicklas 38      */
11 13 Sep 07 nicklas 39     public int getNumProbeSets() {
11 13 Sep 07 nicklas 40         if (gcosHeader != null)
11 13 Sep 07 nicklas 41             return gcosHeader.getNumProbeSets();
11 13 Sep 07 nicklas 42         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 43     }
11 13 Sep 07 nicklas 44
11 13 Sep 07 nicklas 45     /** Gets the number of QC probe sets in the file.
11 13 Sep 07 nicklas 46      * @return The number of QC probe sets in the file.
11 13 Sep 07 nicklas 47      */
11 13 Sep 07 nicklas 48     public int getNumQCProbeSets() {
11 13 Sep 07 nicklas 49         if (gcosHeader != null)
11 13 Sep 07 nicklas 50             return gcosHeader.getNumQCProbeSets();
11 13 Sep 07 nicklas 51         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 52     }
11 13 Sep 07 nicklas 53
11 13 Sep 07 nicklas 54     /** Gets the reference sequence.
11 13 Sep 07 nicklas 55      * @return The reference sequence.
11 13 Sep 07 nicklas 56      */
11 13 Sep 07 nicklas 57     public String getReference() {
11 13 Sep 07 nicklas 58         if (gcosHeader != null)
11 13 Sep 07 nicklas 59             return gcosHeader.getReference();
11 13 Sep 07 nicklas 60         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 61     }
11 13 Sep 07 nicklas 62
11 13 Sep 07 nicklas 63     /** Gets the number of columns on the array.
11 13 Sep 07 nicklas 64      * @return The number of columns.
11 13 Sep 07 nicklas 65      */
11 13 Sep 07 nicklas 66     public int getCols() {
11 13 Sep 07 nicklas 67         if (gcosHeader != null)
11 13 Sep 07 nicklas 68             return gcosHeader.getCols();
11 13 Sep 07 nicklas 69         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 70     }
11 13 Sep 07 nicklas 71
11 13 Sep 07 nicklas 72     /** Gets the number of rows on the array.
11 13 Sep 07 nicklas 73      * @return The number of rows.
11 13 Sep 07 nicklas 74      */
11 13 Sep 07 nicklas 75     public int getRows() {
11 13 Sep 07 nicklas 76         if (gcosHeader != null)
11 13 Sep 07 nicklas 77             return gcosHeader.getRows();
11 13 Sep 07 nicklas 78         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 79     }
11 13 Sep 07 nicklas 80
11 13 Sep 07 nicklas 81     /** Creates a new instance of FusionCDFHeader */
11 13 Sep 07 nicklas 82     public FusionCDFHeader() {
11 13 Sep 07 nicklas 83         clear();
11 13 Sep 07 nicklas 84     }
11 13 Sep 07 nicklas 85
11 13 Sep 07 nicklas 86     /** Clears the members. */
11 13 Sep 07 nicklas 87     public void clear() {
11 13 Sep 07 nicklas 88         gcosHeader = null;
11 13 Sep 07 nicklas 89     }
11 13 Sep 07 nicklas 90 }

Generated on Thu Jul 20 09:22:53 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)