affyfusion-109/src/affymetrix/fusion/cdf/FusionCDFProbeGroupInformation.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21 package affymetrix.fusion.cdf;
11 13 Sep 07 nicklas 22
11 13 Sep 07 nicklas 23 import affymetrix.gcos.cdf.*;
11 13 Sep 07 nicklas 24
11 13 Sep 07 nicklas 25 /** This class provides storage for a group of probes, also known as a block. */
11 13 Sep 07 nicklas 26 public class FusionCDFProbeGroupInformation {
11 13 Sep 07 nicklas 27
11 13 Sep 07 nicklas 28     /** The GCOS probe group object. */
11 13 Sep 07 nicklas 29     private CDFProbeGroupInformation gcosGroup;
11 13 Sep 07 nicklas 30     
11 13 Sep 07 nicklas 31     /** Sets the GCOS probe group object.
11 13 Sep 07 nicklas 32      * @param g The probe group object.
11 13 Sep 07 nicklas 33      */
11 13 Sep 07 nicklas 34     public void setGCOSObject(CDFProbeGroupInformation g) { gcosGroup=g; }
11 13 Sep 07 nicklas 35     
11 13 Sep 07 nicklas 36     /** The number of probe pairs or probe quartets in the group. */
11 13 Sep 07 nicklas 37     public int getNumLists() {
11 13 Sep 07 nicklas 38         if (gcosGroup != null)
11 13 Sep 07 nicklas 39             return gcosGroup.getNumLists();
11 13 Sep 07 nicklas 40         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 41     }
11 13 Sep 07 nicklas 42
11 13 Sep 07 nicklas 43     /** The number of probes in the group. */
11 13 Sep 07 nicklas 44     public int getNumCells() {
11 13 Sep 07 nicklas 45         if (gcosGroup != null)
11 13 Sep 07 nicklas 46             return gcosGroup.getNumCells();
11 13 Sep 07 nicklas 47         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 48     }
11 13 Sep 07 nicklas 49     
11 13 Sep 07 nicklas 50     /** The first probes list index value. */
11 13 Sep 07 nicklas 51     public int getStart() {
11 13 Sep 07 nicklas 52         if (gcosGroup != null)
11 13 Sep 07 nicklas 53             return gcosGroup.getStart();
11 13 Sep 07 nicklas 54         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 55     }
11 13 Sep 07 nicklas 56
11 13 Sep 07 nicklas 57     /** The last probes list index value. */
11 13 Sep 07 nicklas 58     public int getStop() { 
11 13 Sep 07 nicklas 59         if (gcosGroup != null)
11 13 Sep 07 nicklas 60             return gcosGroup.getStop();
11 13 Sep 07 nicklas 61         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 62     }
11 13 Sep 07 nicklas 63
11 13 Sep 07 nicklas 64     /** The probe set index associated with the group. */
11 13 Sep 07 nicklas 65     public int getProbeSetIndex() {
11 13 Sep 07 nicklas 66         if (gcosGroup != null)
11 13 Sep 07 nicklas 67             return gcosGroup.getProbeSetIndex();
11 13 Sep 07 nicklas 68         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 69     }
11 13 Sep 07 nicklas 70
11 13 Sep 07 nicklas 71     /** The group index. */
11 13 Sep 07 nicklas 72     public int getGroupIndex() {
11 13 Sep 07 nicklas 73         if (gcosGroup != null)
11 13 Sep 07 nicklas 74             return gcosGroup.getGroupIndex();
11 13 Sep 07 nicklas 75         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 76     }
11 13 Sep 07 nicklas 77
11 13 Sep 07 nicklas 78     /** The name of the group. */
11 13 Sep 07 nicklas 79     public String getName() {
11 13 Sep 07 nicklas 80         if (gcosGroup != null)
11 13 Sep 07 nicklas 81             return gcosGroup.getName();
11 13 Sep 07 nicklas 82         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 83     }
11 13 Sep 07 nicklas 84
11 13 Sep 07 nicklas 85     /** The number of cells per list (2 for expression and genotyping, 4 for resquencing). */
11 13 Sep 07 nicklas 86     public byte getNumCellsPerList() {
11 13 Sep 07 nicklas 87         if (gcosGroup != null)
11 13 Sep 07 nicklas 88             return gcosGroup.getNumCellsPerList();
11 13 Sep 07 nicklas 89         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 90     }
11 13 Sep 07 nicklas 91
11 13 Sep 07 nicklas 92     /** The direction of the target that the probes are interrogating. */
11 13 Sep 07 nicklas 93     public byte getDirection() {
11 13 Sep 07 nicklas 94         if (gcosGroup != null)
11 13 Sep 07 nicklas 95             return gcosGroup.getDirection();
11 13 Sep 07 nicklas 96         return FusionDirectionType.NoDirection;
11 13 Sep 07 nicklas 97     }
11 13 Sep 07 nicklas 98
11 13 Sep 07 nicklas 99     /** Gets the cell information for the given cell index.
11 13 Sep 07 nicklas 100      * @param index The zero based index to the cell array.
11 13 Sep 07 nicklas 101      * @param cel The cell or probe information.
11 13 Sep 07 nicklas 102      */
11 13 Sep 07 nicklas 103     public void getCell(int index, FusionCDFProbeInformation cel) {
11 13 Sep 07 nicklas 104         cel.clear();
11 13 Sep 07 nicklas 105         if (gcosGroup != null)
11 13 Sep 07 nicklas 106             cel.setGCOSObject(gcosGroup.getCell(index));
11 13 Sep 07 nicklas 107     }
11 13 Sep 07 nicklas 108
11 13 Sep 07 nicklas 109     /** Creates a new instance of FusionCDFProbeGroupInformation */
11 13 Sep 07 nicklas 110     public FusionCDFProbeGroupInformation() {
11 13 Sep 07 nicklas 111         clear();
11 13 Sep 07 nicklas 112     }
11 13 Sep 07 nicklas 113     
11 13 Sep 07 nicklas 114     /** Clears the members. */
11 13 Sep 07 nicklas 115     public void clear() {
11 13 Sep 07 nicklas 116         gcosGroup = null;
11 13 Sep 07 nicklas 117     }
11 13 Sep 07 nicklas 118 }

Generated on Thu Jul 20 09:22:53 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)