affyfusion-109/src/affymetrix/fusion/cdf/FusionCDFProbeInformation.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21 package affymetrix.fusion.cdf;
11 13 Sep 07 nicklas 22
11 13 Sep 07 nicklas 23 import affymetrix.gcos.cdf.*;
11 13 Sep 07 nicklas 24
11 13 Sep 07 nicklas 25 /** This class provides storage for an individual probe in a CDF file. */
11 13 Sep 07 nicklas 26 public class FusionCDFProbeInformation {
11 13 Sep 07 nicklas 27
11 13 Sep 07 nicklas 28     /** The GCOS probe object. */
11 13 Sep 07 nicklas 29     private CDFProbeInformation gcosProbe;
11 13 Sep 07 nicklas 30     
11 13 Sep 07 nicklas 31     /** Sets the GCOS probe object.
11 13 Sep 07 nicklas 32      * @param p The probe object.
11 13 Sep 07 nicklas 33      */
11 13 Sep 07 nicklas 34     public void setGCOSObject(CDFProbeInformation p) { gcosProbe = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 35     
11 13 Sep 07 nicklas 36     /** Gets the index of the probes probe pair or quartet (probe list). Also known as the atom position. */
11 13 Sep 07 nicklas 37     public int getListIndex() {
11 13 Sep 07 nicklas 38         if (gcosProbe != null)
11 13 Sep 07 nicklas 39             return gcosProbe.getListIndex();
11 13 Sep 07 nicklas 40         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 41     }
11 13 Sep 07 nicklas 42
11 13 Sep 07 nicklas 43     /** Gets the expos value in the CDF file, this can either be a zero based index equal to the
11 13 Sep 07 nicklas 44      * list index or the exon position. */
11 13 Sep 07 nicklas 45     public int getExpos() {
11 13 Sep 07 nicklas 46         if (gcosProbe != null)
11 13 Sep 07 nicklas 47             return gcosProbe.getExpos();
11 13 Sep 07 nicklas 48         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 49     }
11 13 Sep 07 nicklas 50
11 13 Sep 07 nicklas 51     /** Gets the X coordinate */
11 13 Sep 07 nicklas 52     public int getX() {
11 13 Sep 07 nicklas 53         if (gcosProbe != null)
11 13 Sep 07 nicklas 54             return gcosProbe.getX();
11 13 Sep 07 nicklas 55         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 56     }
11 13 Sep 07 nicklas 57
11 13 Sep 07 nicklas 58     /** Gets the Y coordinate */
11 13 Sep 07 nicklas 59     public int getY() {
11 13 Sep 07 nicklas 60         if (gcosProbe != null)
11 13 Sep 07 nicklas 61             return gcosProbe.getY();
11 13 Sep 07 nicklas 62         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 63     }
11 13 Sep 07 nicklas 64
11 13 Sep 07 nicklas 65     /** Gets the probes base at the interrogation position */
11 13 Sep 07 nicklas 66     public char getPBase() {
11 13 Sep 07 nicklas 67         if (gcosProbe != null)
11 13 Sep 07 nicklas 68             return gcosProbe.getPBase();
11 13 Sep 07 nicklas 69         return ' ';
11 13 Sep 07 nicklas 70     }
11 13 Sep 07 nicklas 71     
11 13 Sep 07 nicklas 72     /** Gets the targets base at the interrogation position */
11 13 Sep 07 nicklas 73     public char getTBase() {
11 13 Sep 07 nicklas 74         if (gcosProbe != null)
11 13 Sep 07 nicklas 75             return gcosProbe.getTBase();
11 13 Sep 07 nicklas 76         return ' ';
11 13 Sep 07 nicklas 77     }
11 13 Sep 07 nicklas 78     
11 13 Sep 07 nicklas 79     /** Creates a new instance of FusionCDFProbeInformation */
11 13 Sep 07 nicklas 80     public FusionCDFProbeInformation() {
11 13 Sep 07 nicklas 81         clear();
11 13 Sep 07 nicklas 82     }
11 13 Sep 07 nicklas 83     
11 13 Sep 07 nicklas 84     /** Clears the members. */
11 13 Sep 07 nicklas 85     public void clear() {
11 13 Sep 07 nicklas 86         gcosProbe = null;
11 13 Sep 07 nicklas 87     }
11 13 Sep 07 nicklas 88     
11 13 Sep 07 nicklas 89 }

Generated on Thu Jul 20 09:22:54 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)