affyfusion-109/src/affymetrix/fusion/cdf/FusionCDFProbeSetInformation.java

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11 13 Sep 07 nicklas 21 package affymetrix.fusion.cdf;
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11 13 Sep 07 nicklas 23 import affymetrix.gcos.cdf.*;
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11 13 Sep 07 nicklas 25 /** This class provides storage for probe set information from a CDF file. */
11 13 Sep 07 nicklas 26 public class FusionCDFProbeSetInformation {
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11 13 Sep 07 nicklas 28     /** The GCOS object. */
11 13 Sep 07 nicklas 29     private CDFProbeSetInformation probeSet;
11 13 Sep 07 nicklas 30     
11 13 Sep 07 nicklas 31     /** Sets the gcos object.
11 13 Sep 07 nicklas 32      * @param set The gcos probe set object.
11 13 Sep 07 nicklas 33      */
11 13 Sep 07 nicklas 34     public void setGCOSObject(CDFProbeSetInformation set) { probeSet = set; }
11 13 Sep 07 nicklas 35     
11 13 Sep 07 nicklas 36     /** The number of lists (atoms) in the probe set. */
11 13 Sep 07 nicklas 37     public int getNumLists() { 
11 13 Sep 07 nicklas 38         if (probeSet != null)
11 13 Sep 07 nicklas 39             return probeSet.getNumLists();
11 13 Sep 07 nicklas 40         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 41     }
11 13 Sep 07 nicklas 42
11 13 Sep 07 nicklas 43     /** The number of groups (blocks) in the probe set. */
11 13 Sep 07 nicklas 44     public int getNumGroups() { 
11 13 Sep 07 nicklas 45         if (probeSet != null)
11 13 Sep 07 nicklas 46             return probeSet.getNumGroups();
11 13 Sep 07 nicklas 47         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 48     }
11 13 Sep 07 nicklas 49
11 13 Sep 07 nicklas 50     /** The number of probes in the set. */
11 13 Sep 07 nicklas 51     public int getNumCells() {
11 13 Sep 07 nicklas 52         if (probeSet != null)
11 13 Sep 07 nicklas 53             return probeSet.getNumCells();
11 13 Sep 07 nicklas 54         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 55     }
11 13 Sep 07 nicklas 56
11 13 Sep 07 nicklas 57     /** An index for the probe set.*/
11 13 Sep 07 nicklas 58     public int getIndex() { 
11 13 Sep 07 nicklas 59         if (probeSet != null)
11 13 Sep 07 nicklas 60             return probeSet.getIndex();
11 13 Sep 07 nicklas 61         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 62     }
11 13 Sep 07 nicklas 63
11 13 Sep 07 nicklas 64     /** An arbitrary number assigned to the probe set. */
11 13 Sep 07 nicklas 65     public int getProbeSetNumber() {
11 13 Sep 07 nicklas 66         if (probeSet != null)
11 13 Sep 07 nicklas 67             return probeSet.getProbeSetNumber();
11 13 Sep 07 nicklas 68         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 69     }
11 13 Sep 07 nicklas 70
11 13 Sep 07 nicklas 71     /** The type of probe set. */
11 13 Sep 07 nicklas 72     public int getProbeSetType() {
11 13 Sep 07 nicklas 73         if (probeSet != null)
11 13 Sep 07 nicklas 74             return probeSet.getProbeSetType();
11 13 Sep 07 nicklas 75         return FusionGeneChipProbeSetType.UnknownProbeSetType;
11 13 Sep 07 nicklas 76     }
11 13 Sep 07 nicklas 77
11 13 Sep 07 nicklas 78     /** The direction of the target that the probes are interrogating. */
11 13 Sep 07 nicklas 79     public byte getDirection() { 
11 13 Sep 07 nicklas 80         if (probeSet != null)
11 13 Sep 07 nicklas 81             return probeSet.getDirection();
11 13 Sep 07 nicklas 82         return FusionDirectionType.NoDirection;
11 13 Sep 07 nicklas 83     }
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11 13 Sep 07 nicklas 85     /** The number of probes per list. */
11 13 Sep 07 nicklas 86     public byte getNumCellsPerList() {
11 13 Sep 07 nicklas 87         if (probeSet != null)
11 13 Sep 07 nicklas 88             return probeSet.getNumCellsPerList();
11 13 Sep 07 nicklas 89         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 90     }
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11 13 Sep 07 nicklas 92     /** Gets the group at the given index.
11 13 Sep 07 nicklas 93      * @param index The zero based index to the group array.
11 13 Sep 07 nicklas 94      * @param info The group information.
11 13 Sep 07 nicklas 95      */
11 13 Sep 07 nicklas 96     public void getGroup(int index, FusionCDFProbeGroupInformation info) {
11 13 Sep 07 nicklas 97         info.clear();
11 13 Sep 07 nicklas 98         if (probeSet != null)
11 13 Sep 07 nicklas 99             info.setGCOSObject(probeSet.getGroup(index));
11 13 Sep 07 nicklas 100     }
11 13 Sep 07 nicklas 101
11 13 Sep 07 nicklas 102     /** Creates a new instance of FusionCDFProbeSetInformation */
11 13 Sep 07 nicklas 103     public FusionCDFProbeSetInformation() {
11 13 Sep 07 nicklas 104         clear();
11 13 Sep 07 nicklas 105     }
11 13 Sep 07 nicklas 106     
11 13 Sep 07 nicklas 107     /** Clears the members. */
11 13 Sep 07 nicklas 108     public void clear() {
11 13 Sep 07 nicklas 109         probeSet = null;
11 13 Sep 07 nicklas 110     }
11 13 Sep 07 nicklas 111 }

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