affyfusion-109/src/affymetrix/fusion/cdf/FusionCDFQCProbeInformation.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21 package affymetrix.fusion.cdf;
11 13 Sep 07 nicklas 22
11 13 Sep 07 nicklas 23 import affymetrix.gcos.cdf.*;
11 13 Sep 07 nicklas 24
11 13 Sep 07 nicklas 25 /** This class provides storage for QC probes from a CDF file. */
11 13 Sep 07 nicklas 26 public class FusionCDFQCProbeInformation {
11 13 Sep 07 nicklas 27
11 13 Sep 07 nicklas 28     /** The gcos object. */
11 13 Sep 07 nicklas 29     private CDFQCProbeInformation gcosProbe;
11 13 Sep 07 nicklas 30     
11 13 Sep 07 nicklas 31     /** Sets the GCOS QC probe object.
11 13 Sep 07 nicklas 32      * @param p The probe object.
11 13 Sep 07 nicklas 33      */
11 13 Sep 07 nicklas 34     public void setGCOSObject(CDFQCProbeInformation p) { gcosProbe=p; }
11 13 Sep 07 nicklas 35     
11 13 Sep 07 nicklas 36     /** Gets the X coordinate */
11 13 Sep 07 nicklas 37     public int getX() {
11 13 Sep 07 nicklas 38         if (gcosProbe != null)
11 13 Sep 07 nicklas 39             return gcosProbe.getX();
11 13 Sep 07 nicklas 40         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 41     }
11 13 Sep 07 nicklas 42
11 13 Sep 07 nicklas 43     /** Gets the Y coordinate */
11 13 Sep 07 nicklas 44     public int getY() {
11 13 Sep 07 nicklas 45         if (gcosProbe != null)
11 13 Sep 07 nicklas 46             return gcosProbe.getY();
11 13 Sep 07 nicklas 47         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 48     }
11 13 Sep 07 nicklas 49
11 13 Sep 07 nicklas 50     /** Gets the probe length. This value may be 1 for non-synthesized features. */
11 13 Sep 07 nicklas 51     public byte getProbeLength() {
11 13 Sep 07 nicklas 52         if (gcosProbe != null)
11 13 Sep 07 nicklas 53             return gcosProbe.getProbeLength();
11 13 Sep 07 nicklas 54         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 55     }
11 13 Sep 07 nicklas 56
11 13 Sep 07 nicklas 57     /** Gets a flag indicating if the probe is a perfect match probe. */
11 13 Sep 07 nicklas 58     public boolean isPMProbe() {
11 13 Sep 07 nicklas 59         if (gcosProbe != null)
11 13 Sep 07 nicklas 60             return gcosProbe.isPMProbe();
11 13 Sep 07 nicklas 61         return false;
11 13 Sep 07 nicklas 62     }
11 13 Sep 07 nicklas 63
11 13 Sep 07 nicklas 64     /** Gets a flag indicating if the probe is used for background calculations (blank feature). */
11 13 Sep 07 nicklas 65     public boolean isBackground() {
11 13 Sep 07 nicklas 66         if (gcosProbe != null)
11 13 Sep 07 nicklas 67             return gcosProbe.isBackground();
11 13 Sep 07 nicklas 68         return false;
11 13 Sep 07 nicklas 69     }
11 13 Sep 07 nicklas 70
11 13 Sep 07 nicklas 71     /** Creates a new instance of FusionCDFQCProbeInformation */
11 13 Sep 07 nicklas 72     public FusionCDFQCProbeInformation() {
11 13 Sep 07 nicklas 73         clear();
11 13 Sep 07 nicklas 74     }
11 13 Sep 07 nicklas 75     
11 13 Sep 07 nicklas 76     /** Clears the members. */
11 13 Sep 07 nicklas 77     public void clear() {
11 13 Sep 07 nicklas 78         gcosProbe = null;
11 13 Sep 07 nicklas 79     }
11 13 Sep 07 nicklas 80 }

Generated on Thu Jul 20 09:22:55 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)