affyfusion-109/src/affymetrix/fusion/cdf/FusionCDFQCProbeSetInformation.java

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11 13 Sep 07 nicklas 21 package affymetrix.fusion.cdf;
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11 13 Sep 07 nicklas 23 import affymetrix.gcos.cdf.*;
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11 13 Sep 07 nicklas 25 /** This class provides storage for the probes in a QC probe set. */
11 13 Sep 07 nicklas 26 public class FusionCDFQCProbeSetInformation {
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11 13 Sep 07 nicklas 28     /** The gcos object. */
11 13 Sep 07 nicklas 29     private CDFQCProbeSetInformation gcosProbeSet;
11 13 Sep 07 nicklas 30     
11 13 Sep 07 nicklas 31     /** Sets the GCOS QC probe set object.
11 13 Sep 07 nicklas 32      * @param set The probe set object.
11 13 Sep 07 nicklas 33      */
11 13 Sep 07 nicklas 34     public void setGCOSObject(CDFQCProbeSetInformation set) { gcosProbeSet=set; }
11 13 Sep 07 nicklas 35     
11 13 Sep 07 nicklas 36     /** Gets the number of cells in the set. */
11 13 Sep 07 nicklas 37     public int getNumCells() {
11 13 Sep 07 nicklas 38         if (gcosProbeSet != null)
11 13 Sep 07 nicklas 39             return gcosProbeSet.getNumCells();
11 13 Sep 07 nicklas 40         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 41     }
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11 13 Sep 07 nicklas 43     /** The type of QC probes. */
11 13 Sep 07 nicklas 44     public short getQCProbeSetType() {
11 13 Sep 07 nicklas 45         if (gcosProbeSet != null)
11 13 Sep 07 nicklas 46             return gcosProbeSet.getQCProbeSetType();
11 13 Sep 07 nicklas 47         return FusionGeneChipQCProbeSetType.UnknownQCProbeSetType;
11 13 Sep 07 nicklas 48     }
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11 13 Sep 07 nicklas 50     /** Gets the probe for the given index.
11 13 Sep 07 nicklas 51      * @param index The zero based index to the probe (cell) vector.
11 13 Sep 07 nicklas 52      * @param info The probe information.
11 13 Sep 07 nicklas 53      */
11 13 Sep 07 nicklas 54     public void getCell(int index, FusionCDFQCProbeInformation info) {
11 13 Sep 07 nicklas 55         info.clear();
11 13 Sep 07 nicklas 56         if (gcosProbeSet != null)
11 13 Sep 07 nicklas 57             info.setGCOSObject(gcosProbeSet.getCell(index));
11 13 Sep 07 nicklas 58     }
11 13 Sep 07 nicklas 59     
11 13 Sep 07 nicklas 60     /** Creates a new instance of FusionCDFQCProbeSetInformation */
11 13 Sep 07 nicklas 61     public FusionCDFQCProbeSetInformation() {
11 13 Sep 07 nicklas 62         clear();
11 13 Sep 07 nicklas 63     }
11 13 Sep 07 nicklas 64     
11 13 Sep 07 nicklas 65     /** Clears the members. */
11 13 Sep 07 nicklas 66     public void clear() {
11 13 Sep 07 nicklas 67         gcosProbeSet = null;
11 13 Sep 07 nicklas 68     }
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