affyfusion-109/src/affymetrix/fusion/cel/FusionCELData.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21 package affymetrix.fusion.cel;
11 13 Sep 07 nicklas 22
11 13 Sep 07 nicklas 23 import java.util.*;
11 13 Sep 07 nicklas 24 import java.io.*;
15 17 Sep 07 nicklas 25
11 13 Sep 07 nicklas 26 import affymetrix.gcos.cel.*;
11 13 Sep 07 nicklas 27 import affymetrix.gcos.*;
11 13 Sep 07 nicklas 28 import affymetrix.fusion.*;
11 13 Sep 07 nicklas 29 import affymetrix.calvin.utils.*;
11 13 Sep 07 nicklas 30 import affymetrix.calvin.data.*;
11 13 Sep 07 nicklas 31 import affymetrix.calvin.parameter.*;
11 13 Sep 07 nicklas 32 import affymetrix.calvin.parsers.*;
11 13 Sep 07 nicklas 33
11 13 Sep 07 nicklas 34 /** Provides an interface to read CEL files in either GCOS or Calvin format. */
11 13 Sep 07 nicklas 35 public class FusionCELData {
11 13 Sep 07 nicklas 36     
11 13 Sep 07 nicklas 37     /** Flag to read all of the data in a CEL file. */
11 13 Sep 07 nicklas 38     public static final int CEL_ALL=1;
11 13 Sep 07 nicklas 39     
11 13 Sep 07 nicklas 40     /** Flag to read only the data from a CEL file. */
11 13 Sep 07 nicklas 41     public static final int CEL_DATA=2;
11 13 Sep 07 nicklas 42     
11 13 Sep 07 nicklas 43     /** Flag to read the outlier and data sections from a CEL file. */
11 13 Sep 07 nicklas 44     public static final int CEL_OUTLIER=4;
11 13 Sep 07 nicklas 45     
11 13 Sep 07 nicklas 46     /** Flag to read the mask and data sections from a CEL file. */
11 13 Sep 07 nicklas 47     public static final int CEL_MASK=8;
11 13 Sep 07 nicklas 48     
11 13 Sep 07 nicklas 49     /** The GCOS file object. */
11 13 Sep 07 nicklas 50     private CELFileData gcosFile;
11 13 Sep 07 nicklas 51     
11 13 Sep 07 nicklas 52     /** The Calvin file object. */
11 13 Sep 07 nicklas 53     private CELData calvinFile;
11 13 Sep 07 nicklas 54     
11 13 Sep 07 nicklas 55     /** Error string */
11 13 Sep 07 nicklas 56     private String strError;
11 13 Sep 07 nicklas 57     
11 13 Sep 07 nicklas 58     /** Gets the error.
11 13 Sep 07 nicklas 59      * @return The last error message.
11 13 Sep 07 nicklas 60      */
15 17 Sep 07 nicklas 61     public String getError() { 
15 17 Sep 07 nicklas 62         if (gcosFile != null) return gcosFile.getError();
15 17 Sep 07 nicklas 63         return strError; 
15 17 Sep 07 nicklas 64     }
11 13 Sep 07 nicklas 65     
11 13 Sep 07 nicklas 66     /** The file name. */
11 13 Sep 07 nicklas 67     private String fileName;
11 13 Sep 07 nicklas 68     
11 13 Sep 07 nicklas 69     /** Gets the file name.
11 13 Sep 07 nicklas 70      * @return The file name.
11 13 Sep 07 nicklas 71      */
11 13 Sep 07 nicklas 72     public String getFileName() { return fileName; }
11 13 Sep 07 nicklas 73     
11 13 Sep 07 nicklas 74     /** Sets the file name.
11 13 Sep 07 nicklas 75      * @param value The name of the CEL file to read.
11 13 Sep 07 nicklas 76      */
11 13 Sep 07 nicklas 77     public void setFileName(String value) { fileName = value; }
15 17 Sep 07 nicklas 78
15 17 Sep 07 nicklas 79     /** 
15 17 Sep 07 nicklas 80      * If set, we will read data from this input stream instead of 
15 17 Sep 07 nicklas 81      * from the file specified by fileName 
15 17 Sep 07 nicklas 82      */
15 17 Sep 07 nicklas 83     private InputStream in;
11 13 Sep 07 nicklas 84     
19 15 Nov 07 nicklas 85     /**
19 15 Nov 07 nicklas 86      * Temporary file in case we need to copy the entire InputStream
19 15 Nov 07 nicklas 87      */
19 15 Nov 07 nicklas 88     private File tempFile;
19 15 Nov 07 nicklas 89     
15 17 Sep 07 nicklas 90     /** 
15 17 Sep 07 nicklas 91      * Set the input stream to read from. If set
15 17 Sep 07 nicklas 92      * we use the stream instead of the file given by filename
15 17 Sep 07 nicklas 93      */
15 17 Sep 07 nicklas 94     public void setInputStream(InputStream in)
15 17 Sep 07 nicklas 95     {
15 17 Sep 07 nicklas 96         this.in = in;
15 17 Sep 07 nicklas 97     }
15 17 Sep 07 nicklas 98     
11 13 Sep 07 nicklas 99     /** Get the id of the file (only valid for Command Console "calvin" files)
11 13 Sep 07 nicklas 100      * @return The unique file id.
11 13 Sep 07 nicklas 101      */
11 13 Sep 07 nicklas 102     public AffymetrixGuidType getFileId() {
11 13 Sep 07 nicklas 103         if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 104             return calvinFile.getFileHeader().getGenericDataHdr().getFileId();
11 13 Sep 07 nicklas 105         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 106     }
11 13 Sep 07 nicklas 107     
11 13 Sep 07 nicklas 108     /**  Number of columns in array */
11 13 Sep 07 nicklas 109     public int getCols() {
11 13 Sep 07 nicklas 110         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 111             return gcosFile.getHeader().getCols();
11 13 Sep 07 nicklas 112         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 113             return calvinFile.getCols();
11 13 Sep 07 nicklas 114         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 115     }
11 13 Sep 07 nicklas 116     
11 13 Sep 07 nicklas 117     /**  Number of rows in array */
11 13 Sep 07 nicklas 118     public int getRows() {
11 13 Sep 07 nicklas 119         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 120             return gcosFile.getHeader().getRows();
11 13 Sep 07 nicklas 121         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 122             return calvinFile.getRows();
11 13 Sep 07 nicklas 123         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 124     }
11 13 Sep 07 nicklas 125
11 13 Sep 07 nicklas 126     /**  Number of cells in array */
11 13 Sep 07 nicklas 127     public int getCells() { 
11 13 Sep 07 nicklas 128         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 129             return gcosFile.getHeader().getCells();
11 13 Sep 07 nicklas 130         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 131             return calvinFile.getNumCells();
11 13 Sep 07 nicklas 132         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 133     }
11 13 Sep 07 nicklas 134
11 13 Sep 07 nicklas 135     /**  Header information concatenated in a string */
11 13 Sep 07 nicklas 136     public String getHeader() {
11 13 Sep 07 nicklas 137         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 138             return gcosFile.getHeader().getHeader();
11 13 Sep 07 nicklas 139         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 140             return "";
11 13 Sep 07 nicklas 141         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 142     }
11 13 Sep 07 nicklas 143     
11 13 Sep 07 nicklas 144     /**  Algorithm name */
11 13 Sep 07 nicklas 145     public String getAlg() {
11 13 Sep 07 nicklas 146         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 147             return gcosFile.getHeader().getAlg();
11 13 Sep 07 nicklas 148         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 149             return calvinFile.getAlgorithmName();
11 13 Sep 07 nicklas 150         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 151     }
11 13 Sep 07 nicklas 152
11 13 Sep 07 nicklas 153     /** Retrieve algorithm parameters
11 13 Sep 07 nicklas 154      *  @return  Algorithm parameters
11 13 Sep 07 nicklas 155      */
11 13 Sep 07 nicklas 156     public String getParams() {
11 13 Sep 07 nicklas 157         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 158         {
11 13 Sep 07 nicklas 159             String strparam = "";
11 13 Sep 07 nicklas 160             int n=gcosFile.getHeader().getParameters().size();
11 13 Sep 07 nicklas 161             for (int i=0; i<n; i++)
11 13 Sep 07 nicklas 162             {
11 13 Sep 07 nicklas 163                 if (i > 0)
11 13 Sep 07 nicklas 164                     strparam += ";";
11 13 Sep 07 nicklas 165                 TagValuePair param = (TagValuePair) gcosFile.getHeader().getParameters().elementAt(i);
11 13 Sep 07 nicklas 166                 strparam += param.getTag();
11 13 Sep 07 nicklas 167                 strparam += ":";
11 13 Sep 07 nicklas 168                 if (param.getValue() != null)
11 13 Sep 07 nicklas 169                     strparam += param.getValue();
11 13 Sep 07 nicklas 170             }
11 13 Sep 07 nicklas 171             return strparam;
11 13 Sep 07 nicklas 172         }
11 13 Sep 07 nicklas 173         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 174         {
11 13 Sep 07 nicklas 175             String strparam = "";
11 13 Sep 07 nicklas 176             Vector params = calvinFile.getAlgorithmParameters();
11 13 Sep 07 nicklas 177             for (int i=0; i<params.size(); i++)
11 13 Sep 07 nicklas 178             {
11 13 Sep 07 nicklas 179                 if (i > 0)
11 13 Sep 07 nicklas 180                     strparam += ";";
11 13 Sep 07 nicklas 181                 ParameterNameValue param = (ParameterNameValue) params.elementAt(i);
11 13 Sep 07 nicklas 182                 strparam += param.getName();
11 13 Sep 07 nicklas 183                 strparam += ":";
11 13 Sep 07 nicklas 184                 if (param.toString() != null)
11 13 Sep 07 nicklas 185                     strparam += param.toString();
11 13 Sep 07 nicklas 186             }
11 13 Sep 07 nicklas 187         }
11 13 Sep 07 nicklas 188         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 189     }
11 13 Sep 07 nicklas 190
11 13 Sep 07 nicklas 191     /**  Retrieve algorithm parameter of specified tag
11 13 Sep 07 nicklas 192      *  @param tag Algorithm parameter tag
11 13 Sep 07 nicklas 193      *  @return Algorithm parameter value
11 13 Sep 07 nicklas 194      */
11 13 Sep 07 nicklas 195     public String getAlgorithmParameter(String tag) {
11 13 Sep 07 nicklas 196         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 197         {
11 13 Sep 07 nicklas 198             int n=gcosFile.getHeader().getParameters().size();
11 13 Sep 07 nicklas 199             for (int i=0; i<n; i++)
11 13 Sep 07 nicklas 200             {
11 13 Sep 07 nicklas 201                 TagValuePair param = (TagValuePair) gcosFile.getHeader().getParameters().elementAt(i);
11 13 Sep 07 nicklas 202                 if (tag.compareTo(param.getTag()) == 0)
11 13 Sep 07 nicklas 203                     return param.getValue();
11 13 Sep 07 nicklas 204             }
11 13 Sep 07 nicklas 205         }
11 13 Sep 07 nicklas 206         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 207         {
11 13 Sep 07 nicklas 208             Vector params = calvinFile.getAlgorithmParameters();
11 13 Sep 07 nicklas 209             for (int i=0; i<params.size(); i++)
11 13 Sep 07 nicklas 210             {
11 13 Sep 07 nicklas 211                 ParameterNameValue param = (ParameterNameValue) params.elementAt(i);
11 13 Sep 07 nicklas 212                 if (tag.compareTo(param.getName()) == 0)
11 13 Sep 07 nicklas 213                     return param.toString();
11 13 Sep 07 nicklas 214             }
11 13 Sep 07 nicklas 215         }
11 13 Sep 07 nicklas 216         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 217     }
11 13 Sep 07 nicklas 218     
11 13 Sep 07 nicklas 219     /** Retrieves the algorithm parameter name (tag) for a given index position.
11 13 Sep 07 nicklas 220      *  @param index The zero based index to the parameter array (0 to the number of alg parameters - 1).
11 13 Sep 07 nicklas 221      *  @return The parameter name (tag).
11 13 Sep 07 nicklas 222      */
11 13 Sep 07 nicklas 223     public String getAlgorithmParameterTag(int index) {
11 13 Sep 07 nicklas 224         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 225         {
11 13 Sep 07 nicklas 226             TagValuePair param = (TagValuePair) gcosFile.getHeader().getParameters().elementAt(index);
11 13 Sep 07 nicklas 227             return param.getTag();
11 13 Sep 07 nicklas 228         }
11 13 Sep 07 nicklas 229         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 230         {
11 13 Sep 07 nicklas 231             ParameterNameValue param = (ParameterNameValue) calvinFile.getAlgorithmParameters().elementAt(index);
11 13 Sep 07 nicklas 232             return param.getName();
11 13 Sep 07 nicklas 233         }
11 13 Sep 07 nicklas 234         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 235     }
11 13 Sep 07 nicklas 236
11 13 Sep 07 nicklas 237     /** Retrieves the number of algorithm parameters.
11 13 Sep 07 nicklas 238      *  @return The number of algorithm parameters.
11 13 Sep 07 nicklas 239      */
11 13 Sep 07 nicklas 240     public int getNumberAlgorithmParameters() {
11 13 Sep 07 nicklas 241         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 242             return gcosFile.getHeader().getParameters().size();
11 13 Sep 07 nicklas 243         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 244             return calvinFile.getAlgorithmParameters().size();
11 13 Sep 07 nicklas 245         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 246     }
11 13 Sep 07 nicklas 247
11 13 Sep 07 nicklas 248     /** Retrieve algorithm parameters
11 13 Sep 07 nicklas 249      *  @return Algorithm parameters
11 13 Sep 07 nicklas 250      */
11 13 Sep 07 nicklas 251     public String getAlgorithmParameters() { return getParams(); }
11 13 Sep 07 nicklas 252
11 13 Sep 07 nicklas 253     /**  Algorithm parameters as a vector of FusionTagValuePair objects*/
11 13 Sep 07 nicklas 254     public Vector getParameters() {
11 13 Sep 07 nicklas 255         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 256         {
11 13 Sep 07 nicklas 257             Vector gcosParams = gcosFile.getHeader().getParameters();
11 13 Sep 07 nicklas 258             int n = gcosParams.size();
11 13 Sep 07 nicklas 259             Vector params = new Vector();
11 13 Sep 07 nicklas 260             params.setSize(n);
11 13 Sep 07 nicklas 261             for (int i=0; i<n; i++)
11 13 Sep 07 nicklas 262             {
11 13 Sep 07 nicklas 263                 FusionTagValuePair param = new FusionTagValuePair();
11 13 Sep 07 nicklas 264                 TagValuePair gcosParam = (TagValuePair) gcosParams.elementAt(i);
11 13 Sep 07 nicklas 265                 param.setTag(gcosParam.getTag());
11 13 Sep 07 nicklas 266                 param.setValue(gcosParam.getValue());
11 13 Sep 07 nicklas 267                 params.set(i, param);
11 13 Sep 07 nicklas 268             }
11 13 Sep 07 nicklas 269             return params;
11 13 Sep 07 nicklas 270         }
11 13 Sep 07 nicklas 271         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 272         {
11 13 Sep 07 nicklas 273             Vector calvinParams = calvinFile.getAlgorithmParameters();
11 13 Sep 07 nicklas 274             int n = calvinParams.size();
11 13 Sep 07 nicklas 275             Vector params = new Vector();
11 13 Sep 07 nicklas 276             params.setSize(n);
11 13 Sep 07 nicklas 277             for (int i=0; i<n; i++)
11 13 Sep 07 nicklas 278             {
11 13 Sep 07 nicklas 279                 FusionTagValuePair param = new FusionTagValuePair();
11 13 Sep 07 nicklas 280                 ParameterNameValue calvinParam = (ParameterNameValue) calvinParams.elementAt(i);
11 13 Sep 07 nicklas 281                 param.setTag(calvinParam.getName());
11 13 Sep 07 nicklas 282                 param.setValue(calvinParam.toString());
11 13 Sep 07 nicklas 283                 param.setDetailed(calvinParam);
11 13 Sep 07 nicklas 284                 params.set(i, param);
11 13 Sep 07 nicklas 285             }
11 13 Sep 07 nicklas 286             return params;
11 13 Sep 07 nicklas 287         }
11 13 Sep 07 nicklas 288         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 289     }      
11 13 Sep 07 nicklas 290         
11 13 Sep 07 nicklas 291     /**  Chip type of array */
11 13 Sep 07 nicklas 292     public String getChipType() {
11 13 Sep 07 nicklas 293         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 294             return gcosFile.getHeader().getChipType();
11 13 Sep 07 nicklas 295         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 296             return calvinFile.getArrayType();
11 13 Sep 07 nicklas 297         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 298     }
11 13 Sep 07 nicklas 299     
11 13 Sep 07 nicklas 300     /** Get the master file
11 13 Sep 07 nicklas 301      * @return The name of the master file (null if GCOS format CEL file)
11 13 Sep 07 nicklas 302      */
11 13 Sep 07 nicklas 303     public String getMasterFileName() {
11 13 Sep 07 nicklas 304         if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 305             return calvinFile.getMasterFileName();
11 13 Sep 07 nicklas 306         else
11 13 Sep 07 nicklas 307             return null;
11 13 Sep 07 nicklas 308     }
11 13 Sep 07 nicklas 309
11 13 Sep 07 nicklas 310     /** Get the library package
11 13 Sep 07 nicklas 311      * @return The name of the library package (null if GCOS format CEL file)
11 13 Sep 07 nicklas 312      */
11 13 Sep 07 nicklas 313     public String getLibraryPackageName() {
11 13 Sep 07 nicklas 314         if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 315             return calvinFile.getLibraryPackageName();
11 13 Sep 07 nicklas 316         else
11 13 Sep 07 nicklas 317             return null;
11 13 Sep 07 nicklas 318     }
11 13 Sep 07 nicklas 319     
11 13 Sep 07 nicklas 320     /**  DAT header string */
11 13 Sep 07 nicklas 321     public String getDatHeader() {
11 13 Sep 07 nicklas 322         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 323             return gcosFile.getHeader().getDatHeader();
11 13 Sep 07 nicklas 324         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 325         {
11 13 Sep 07 nicklas 326             GenericDataHeader gdh = calvinFile.getFileHeader().getGenericDataHdr().findParent(AffymetrixParameterConsts.SCAN_ACQUISITION_DATA_TYPE);
11 13 Sep 07 nicklas 327             if (gdh != null)
11 13 Sep 07 nicklas 328             {
11 13 Sep 07 nicklas 329                 // found the right header, now look for the parameter
11 13 Sep 07 nicklas 330                 ParameterNameValue nvt = gdh.findNameValParam(AffymetrixParameterConsts.DAT_HEADER_PARAM_NAME);
11 13 Sep 07 nicklas 331                 if (nvt != null)
11 13 Sep 07 nicklas 332                 {
11 13 Sep 07 nicklas 333                     if (nvt.getParameterType() == ParameterNameValue.TextType)
11 13 Sep 07 nicklas 334                         return nvt.getValueText();
11 13 Sep 07 nicklas 335                 }
11 13 Sep 07 nicklas 336                 
11 13 Sep 07 nicklas 337                 nvt = gdh.findNameValParam(AffymetrixParameterConsts.PARTIAL_DAT_HEADER_PARAM_NAME);
11 13 Sep 07 nicklas 338                 if (nvt != null)
11 13 Sep 07 nicklas 339                 {
11 13 Sep 07 nicklas 340                     if (nvt.getParameterType() == ParameterNameValue.TextType)
11 13 Sep 07 nicklas 341                     {
11 13 Sep 07 nicklas 342                         String partialDatHeader = nvt.getValueText();
11 13 Sep 07 nicklas 343
11 13 Sep 07 nicklas 344                         int min = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 345                         int max = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 346
11 13 Sep 07 nicklas 347                         // Find the max and min parameters and append to the string.
11 13 Sep 07 nicklas 348                         nvt = gdh.findNameValParam(AffymetrixParameterConsts.MAX_PIXEL_INTENSITY_PARAM_NAME);
11 13 Sep 07 nicklas 349                         if (nvt != null)
11 13 Sep 07 nicklas 350                         {
11 13 Sep 07 nicklas 351                             if (nvt.getParameterType() == ParameterNameValue.UInt16Type)
11 13 Sep 07 nicklas 352                                 max = nvt.getValueUInt16();
11 13 Sep 07 nicklas 353                         }
11 13 Sep 07 nicklas 354
11 13 Sep 07 nicklas 355                         nvt = gdh.findNameValParam(AffymetrixParameterConsts.MIN_PIXEL_INTENSITY_PARAM_NAME);
11 13 Sep 07 nicklas 356                         if (nvt != null)
11 13 Sep 07 nicklas 357                         {
11 13 Sep 07 nicklas 358                             if (nvt.getParameterType() == ParameterNameValue.UInt16Type)
11 13 Sep 07 nicklas 359                                 min = nvt.getValueUInt16();
11 13 Sep 07 nicklas 360                         }
11 13 Sep 07 nicklas 361
11 13 Sep 07 nicklas 362                         return "[" + Integer.toString(min) + ".." + Integer.toString(max) + "]" + partialDatHeader;
11 13 Sep 07 nicklas 363                     }
11 13 Sep 07 nicklas 364                 }
11 13 Sep 07 nicklas 365             }
11 13 Sep 07 nicklas 366         }
11 13 Sep 07 nicklas 367         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 368     }
11 13 Sep 07 nicklas 369     
11 13 Sep 07 nicklas 370     /**  Cell margin */
11 13 Sep 07 nicklas 371     public int getCellMargin() {
11 13 Sep 07 nicklas 372         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 373             return gcosFile.getHeader().getMargin();
11 13 Sep 07 nicklas 374         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 375         {
11 13 Sep 07 nicklas 376             ParameterNameValue nvt = calvinFile.findAlgorithmParameter(CELAlgorithmParameterNames.CELLMARGIN_PARAM_NAME);
11 13 Sep 07 nicklas 377             if (nvt != null)
11 13 Sep 07 nicklas 378             {
11 13 Sep 07 nicklas 379                 switch(nvt.getParameterType())
11 13 Sep 07 nicklas 380                 {
11 13 Sep 07 nicklas 381                 case ParameterNameValue.Int32Type:
11 13 Sep 07 nicklas 382                     return nvt.getValueInt32();
11 13 Sep 07 nicklas 383                 case ParameterNameValue.Int16Type:
11 13 Sep 07 nicklas 384                     return (int)nvt.getValueInt16();
11 13 Sep 07 nicklas 385                 case ParameterNameValue.Int8Type:
11 13 Sep 07 nicklas 386                     return (int)nvt.getValueInt8();
11 13 Sep 07 nicklas 387                 case ParameterNameValue.UInt32Type:
11 13 Sep 07 nicklas 388                     return (int)nvt.getValueUInt32();
11 13 Sep 07 nicklas 389                 case ParameterNameValue.UInt16Type:
11 13 Sep 07 nicklas 390                     return (int)nvt.getValueUInt16();
11 13 Sep 07 nicklas 391                 case ParameterNameValue.UInt8Type:
11 13 Sep 07 nicklas 392                     return (int)nvt.getValueUInt8();
11 13 Sep 07 nicklas 393                 case ParameterNameValue.AsciiType:
11 13 Sep 07 nicklas 394                     return Integer.parseInt(nvt.toString());
11 13 Sep 07 nicklas 395                 default:
11 13 Sep 07 nicklas 396                     return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 397                 }
11 13 Sep 07 nicklas 398             }
11 13 Sep 07 nicklas 399         }
11 13 Sep 07 nicklas 400         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 401     }
11 13 Sep 07 nicklas 402
11 13 Sep 07 nicklas 403     /**  Number of outliers */
11 13 Sep 07 nicklas 404     public int getNumOutliers() { 
11 13 Sep 07 nicklas 405         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 406             return gcosFile.getHeader().getOutliers();
11 13 Sep 07 nicklas 407         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 408             return calvinFile.getNumOutliers();
11 13 Sep 07 nicklas 409         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 410     }
11 13 Sep 07 nicklas 411
11 13 Sep 07 nicklas 412     /**  Number of masked cells */
11 13 Sep 07 nicklas 413     public int getNumMasked() {
11 13 Sep 07 nicklas 414         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 415             return gcosFile.getHeader().getMasked();
11 13 Sep 07 nicklas 416         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 417             return calvinFile.getNumMasked();
11 13 Sep 07 nicklas 418         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 419     }
11 13 Sep 07 nicklas 420   
11 13 Sep 07 nicklas 421     /** Get the grid coordinates.
11 13 Sep 07 nicklas 422      *  @return Returns the grid coordinates.
11 13 Sep 07 nicklas 423      */
11 13 Sep 07 nicklas 424     public FGridCoords getGridCorners() {
11 13 Sep 07 nicklas 425         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 426         {
11 13 Sep 07 nicklas 427             GridCoordinates grid = gcosFile.getHeader().getGrid();
11 13 Sep 07 nicklas 428             FGridCoords fgrid = new FGridCoords();
11 13 Sep 07 nicklas 429             FPoint fpt = new FPoint();
11 13 Sep 07 nicklas 430             fpt.setX((float) grid.getUpperLeft().getX());
11 13 Sep 07 nicklas 431             fpt.setY((float) grid.getUpperLeft().getY());
11 13 Sep 07 nicklas 432             fgrid.setUpperLeft(fpt);
11 13 Sep 07 nicklas 433             fpt = new FPoint();
11 13 Sep 07 nicklas 434             fpt.setX((float) grid.getUpperRight().getX());
11 13 Sep 07 nicklas 435             fpt.setY((float) grid.getUpperRight().getY());
11 13 Sep 07 nicklas 436             fgrid.setUpperRight(fpt);
11 13 Sep 07 nicklas 437             fpt = new FPoint();
11 13 Sep 07 nicklas 438             fpt.setX((float) grid.getLowerRight().getX());
11 13 Sep 07 nicklas 439             fpt.setY((float) grid.getLowerRight().getY());
11 13 Sep 07 nicklas 440             fgrid.setLowerRight(fpt);
11 13 Sep 07 nicklas 441             fpt = new FPoint();
11 13 Sep 07 nicklas 442             fpt.setX((float) grid.getLowerLeft().getX());
11 13 Sep 07 nicklas 443             fpt.setY((float) grid.getLowerLeft().getY());
11 13 Sep 07 nicklas 444             fgrid.setLowerLeft(fpt);
11 13 Sep 07 nicklas 445             return fgrid;
11 13 Sep 07 nicklas 446         }
11 13 Sep 07 nicklas 447         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 448         {
11 13 Sep 07 nicklas 449             FGridCoords grid = new FGridCoords();
11 13 Sep 07 nicklas 450             ParameterNameValue nvt;
11 13 Sep 07 nicklas 451
11 13 Sep 07 nicklas 452             nvt = calvinFile.findAlgorithmParameter(CELAlgorithmParameterNames.GRIDULX_PARAM_NAME);
11 13 Sep 07 nicklas 453             grid.getUpperLeft().setX(nvt.getValueFloat());
11 13 Sep 07 nicklas 454
11 13 Sep 07 nicklas 455             nvt = calvinFile.findAlgorithmParameter(CELAlgorithmParameterNames.GRIDULY_PARAM_NAME);
11 13 Sep 07 nicklas 456             grid.getUpperLeft().setY(nvt.getValueFloat());
11 13 Sep 07 nicklas 457             
11 13 Sep 07 nicklas 458             nvt = calvinFile.findAlgorithmParameter(CELAlgorithmParameterNames.GRIDURX_PARAM_NAME);
11 13 Sep 07 nicklas 459             grid.getUpperRight().setX(nvt.getValueFloat());
11 13 Sep 07 nicklas 460
11 13 Sep 07 nicklas 461             nvt = calvinFile.findAlgorithmParameter(CELAlgorithmParameterNames.GRIDURY_PARAM_NAME);
11 13 Sep 07 nicklas 462             grid.getUpperRight().setY(nvt.getValueFloat());
11 13 Sep 07 nicklas 463
11 13 Sep 07 nicklas 464             nvt = calvinFile.findAlgorithmParameter(CELAlgorithmParameterNames.GRIDLRX_PARAM_NAME);
11 13 Sep 07 nicklas 465             grid.getLowerRight().setX(nvt.getValueFloat());
11 13 Sep 07 nicklas 466
11 13 Sep 07 nicklas 467             nvt = calvinFile.findAlgorithmParameter(CELAlgorithmParameterNames.GRIDLRY_PARAM_NAME);
11 13 Sep 07 nicklas 468             grid.getLowerRight().setY(nvt.getValueFloat());
11 13 Sep 07 nicklas 469
11 13 Sep 07 nicklas 470             nvt = calvinFile.findAlgorithmParameter(CELAlgorithmParameterNames.GRIDLLX_PARAM_NAME);
11 13 Sep 07 nicklas 471             grid.getLowerLeft().setX(nvt.getValueFloat());
11 13 Sep 07 nicklas 472
11 13 Sep 07 nicklas 473             nvt = calvinFile.findAlgorithmParameter(CELAlgorithmParameterNames.GRIDLLY_PARAM_NAME);
11 13 Sep 07 nicklas 474             grid.getLowerLeft().setY(nvt.getValueFloat());
11 13 Sep 07 nicklas 475             
11 13 Sep 07 nicklas 476             return grid;
11 13 Sep 07 nicklas 477         }
11 13 Sep 07 nicklas 478         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 479     }
11 13 Sep 07 nicklas 480
11 13 Sep 07 nicklas 481     /** Gets the X coordinates from index.
11 13 Sep 07 nicklas 482      * @param index The 0 based index to the entry array.
11 13 Sep 07 nicklas 483      * @return X coordinate
11 13 Sep 07 nicklas 484      */
11 13 Sep 07 nicklas 485     public int indexToX(int index) {
11 13 Sep 07 nicklas 486         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 487             return gcosFile.indexToX(index);
11 13 Sep 07 nicklas 488         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 489             return calvinFile.indexToX(index);
11 13 Sep 07 nicklas 490         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 491     }
11 13 Sep 07 nicklas 492
11 13 Sep 07 nicklas 493     /** Gets the Y coordinates from index.
11 13 Sep 07 nicklas 494      * @param index The 0 based index to the entry array.
11 13 Sep 07 nicklas 495      * @return Y coordinate
11 13 Sep 07 nicklas 496      */
11 13 Sep 07 nicklas 497     public int indexToY(int index) { 
11 13 Sep 07 nicklas 498         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 499             return gcosFile.indexToY(index);
11 13 Sep 07 nicklas 500         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 501             return calvinFile.indexToY(index);
11 13 Sep 07 nicklas 502         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 503     }
11 13 Sep 07 nicklas 504
11 13 Sep 07 nicklas 505     /** Maps X/Y coordinates to CEL file index.
11 13 Sep 07 nicklas 506      * @param x The x coordinate
11 13 Sep 07 nicklas 507      * @param y The y coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 508      * @return The index to the entry array.
11 13 Sep 07 nicklas 509      */
11 13 Sep 07 nicklas 510     public int xyToIndex(int x, int y) {
11 13 Sep 07 nicklas 511         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 512             return gcosFile.xyToIndex(x, y);
11 13 Sep 07 nicklas 513         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 514             return calvinFile.xyToIndex(x, y);
11 13 Sep 07 nicklas 515         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 516     }
11 13 Sep 07 nicklas 517
11 13 Sep 07 nicklas 518     /** Maps X/Y coordinates to CEL file index.
11 13 Sep 07 nicklas 519      * @param x The x coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 520      * @param y The y coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 521      * @param r The number of rows.
11 13 Sep 07 nicklas 522      * @param c The number of columns.
11 13 Sep 07 nicklas 523      * @return The index to the intensity arrays.
11 13 Sep 07 nicklas 524      */
11 13 Sep 07 nicklas 525     public static int xyToIndex(int x, int y, int r, int c) {
11 13 Sep 07 nicklas 526         return CELFileData.xyToIndex(x, y, r, c);
11 13 Sep 07 nicklas 527     }
11 13 Sep 07 nicklas 528     
11 13 Sep 07 nicklas 529     /** Retrieves a CEL file entry.
11 13 Sep 07 nicklas 530      * @param index The index to the CEL file entries.
11 13 Sep 07 nicklas 531      * @param entry The CEL file entry.
11 13 Sep 07 nicklas 532      */
11 13 Sep 07 nicklas 533     public void getEntry(int index, FusionCELFileEntryType entry) {
11 13 Sep 07 nicklas 534         entry.setIntensity(getIntensity(index));
11 13 Sep 07 nicklas 535         entry.setStdv(getStdv(index));
11 13 Sep 07 nicklas 536         entry.setPixels(getPixels(index));   
11 13 Sep 07 nicklas 537     }
11 13 Sep 07 nicklas 538     
11 13 Sep 07 nicklas 539     /** Retrieves a CEL file entry.
11 13 Sep 07 nicklas 540      * @param x The X coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 541      * @param y The Y coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 542      * @param entry The CEL file entry.
11 13 Sep 07 nicklas 543      */
11 13 Sep 07 nicklas 544     public void getEntry(int x, int y, FusionCELFileEntryType entry) { getEntry(xyToIndex(x,y),entry); }
11 13 Sep 07 nicklas 545
11 13 Sep 07 nicklas 546     /** Retrieves a CEL file intensity.
11 13 Sep 07 nicklas 547      * @param index The index to the CEL file entries.
11 13 Sep 07 nicklas 548      * @return The CEL file intensity.
11 13 Sep 07 nicklas 549      */
11 13 Sep 07 nicklas 550     public float getIntensity(int index) {
11 13 Sep 07 nicklas 551         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 552             return gcosFile.getIntensity(index);
11 13 Sep 07 nicklas 553         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 554             return calvinFile.getIntensity(index);
11 13 Sep 07 nicklas 555         return 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 556     }
11 13 Sep 07 nicklas 557
11 13 Sep 07 nicklas 558     /** Retrieves a CEL file intensity.
11 13 Sep 07 nicklas 559      * @param x The X coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 560      * @param y The Y coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 561      * @return The CEL file intensity.
11 13 Sep 07 nicklas 562      */
11 13 Sep 07 nicklas 563     public float getIntensity(int x, int y) { return getIntensity(xyToIndex(x,y)); }
11 13 Sep 07 nicklas 564
11 13 Sep 07 nicklas 565     /** Retrieves a CEL file stdv value.
11 13 Sep 07 nicklas 566      * @param index The index to the CEL file entries.
11 13 Sep 07 nicklas 567      * @return The CEL file stdv value.
11 13 Sep 07 nicklas 568      */
11 13 Sep 07 nicklas 569     public float getStdv(int index) {
11 13 Sep 07 nicklas 570         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 571             return gcosFile.getStdv(index);
11 13 Sep 07 nicklas 572         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 573             return calvinFile.getStdv(index);
11 13 Sep 07 nicklas 574         return 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 575     }
11 13 Sep 07 nicklas 576
11 13 Sep 07 nicklas 577     /** Retrieves a CEL file stdv value.
11 13 Sep 07 nicklas 578      * @param x The X coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 579      * @param y The Y coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 580      * @return The CEL file stdv value.
11 13 Sep 07 nicklas 581      */
11 13 Sep 07 nicklas 582     public float getStdv(int x, int y) { return getStdv(xyToIndex(x,y)); }
11 13 Sep 07 nicklas 583     
11 13 Sep 07 nicklas 584     /** Retrieves a CEL file pixel count.
11 13 Sep 07 nicklas 585      * @param index The index to the CEL file entries.
11 13 Sep 07 nicklas 586      * @return The CEL file pixel count.
11 13 Sep 07 nicklas 587      */
11 13 Sep 07 nicklas 588     public short getPixels(int index) {
11 13 Sep 07 nicklas 589         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 590             return gcosFile.getPixels(index);
11 13 Sep 07 nicklas 591         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 592             return calvinFile.getPixels(index);
11 13 Sep 07 nicklas 593         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 594     }
11 13 Sep 07 nicklas 595
11 13 Sep 07 nicklas 596     /** Retrieves a CEL file pixel count.
11 13 Sep 07 nicklas 597      * @param x The X coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 598      * @param y The Y coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 599      * @return The CEL file pixel count.
11 13 Sep 07 nicklas 600      */
11 13 Sep 07 nicklas 601     public short getPixels(int x, int y) { return getPixels(xyToIndex(x,y)); }
11 13 Sep 07 nicklas 602
11 13 Sep 07 nicklas 603     /** Retrieves a CEL file mask flag.
11 13 Sep 07 nicklas 604      * @param x The X coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 605      * @param y The Y coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 606      * @return True if the feature is masked.
11 13 Sep 07 nicklas 607      */
11 13 Sep 07 nicklas 608     public boolean isMasked(int x, int y) { return isMasked(xyToIndex(x,y)); }
11 13 Sep 07 nicklas 609
11 13 Sep 07 nicklas 610     /** Retrieves a CEL file mask flag.
11 13 Sep 07 nicklas 611      * @param index The index to the CEL file entries.
11 13 Sep 07 nicklas 612      * @return True if the feature is masked.
11 13 Sep 07 nicklas 613      */
11 13 Sep 07 nicklas 614     public boolean isMasked(int index) {
11 13 Sep 07 nicklas 615         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 616             return gcosFile.isMasked(index);
11 13 Sep 07 nicklas 617         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 618             return calvinFile.isMasked(index);
11 13 Sep 07 nicklas 619         return false;
11 13 Sep 07 nicklas 620     }
11 13 Sep 07 nicklas 621
11 13 Sep 07 nicklas 622     /** Retrieves a CEL file outlier flag.
11 13 Sep 07 nicklas 623      * @param x The X coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 624      * @param y The Y coordinate.
11 13 Sep 07 nicklas 625      * @return True if the feature is an outlier.
11 13 Sep 07 nicklas 626      */
11 13 Sep 07 nicklas 627     public boolean isOutlier(int x, int y) { return isOutlier(xyToIndex(x,y)); }
11 13 Sep 07 nicklas 628
11 13 Sep 07 nicklas 629     /** Retrieves a CEL file outlier flag.
11 13 Sep 07 nicklas 630      * @param index The index to the CEL file entries.
11 13 Sep 07 nicklas 631      * @return True if the feature is an outlier.
11 13 Sep 07 nicklas 632      */
11 13 Sep 07 nicklas 633     public boolean isOutlier(int index) {
11 13 Sep 07 nicklas 634         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 635             return gcosFile.isOutlier(index);
11 13 Sep 07 nicklas 636         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 637             return calvinFile.isOutlier(index);
11 13 Sep 07 nicklas 638         return false;
11 13 Sep 07 nicklas 639     }
11 13 Sep 07 nicklas 640
15 17 Sep 07 nicklas 641     /** 
15 17 Sep 07 nicklas 642      * Checks if the file exists or if an input stream has been specified.
11 13 Sep 07 nicklas 643      * @return True if the file exists.
11 13 Sep 07 nicklas 644      */
15 17 Sep 07 nicklas 645     public boolean exists() { 
15 17 Sep 07 nicklas 646         return in != null || new File(fileName).exists(); 
11 13 Sep 07 nicklas 647     }
11 13 Sep 07 nicklas 648     
11 13 Sep 07 nicklas 649     /** Creates the GCOS or Calvin parser object as needed. */
11 13 Sep 07 nicklas 650     private void createFileParser() {
15 17 Sep 07 nicklas 651         if (gcosFile != null || calvinFile != null) return;
15 17 Sep 07 nicklas 652         
15 17 Sep 07 nicklas 653         gcosFile = new CELFileData();
15 17 Sep 07 nicklas 654         gcosFile.setFileName(fileName);
15 17 Sep 07 nicklas 655         gcosFile.setInputStream(in);
15 17 Sep 07 nicklas 656         if (gcosFile.isVersion3CompatibleFile() == true ||
15 17 Sep 07 nicklas 657                 gcosFile.isXDACompatibleFile() == true)
11 13 Sep 07 nicklas 658         {
11 13 Sep 07 nicklas 659             return;
11 13 Sep 07 nicklas 660         }
11 13 Sep 07 nicklas 661         
15 17 Sep 07 nicklas 662         if (gcosFile.isCalvinCompatibleFile())
11 13 Sep 07 nicklas 663         {
15 17 Sep 07 nicklas 664             // Peeking at the InputStream have changed it
15 17 Sep 07 nicklas 665             in = gcosFile.getInputStream();
15 17 Sep 07 nicklas 666             gcosFile = null;
15 17 Sep 07 nicklas 667             
15 17 Sep 07 nicklas 668             if (in != null)
15 17 Sep 07 nicklas 669             {
15 17 Sep 07 nicklas 670                 // We must copy the input stream to a temp file in this case
15 17 Sep 07 nicklas 671                 try
15 17 Sep 07 nicklas 672                 {
19 15 Nov 07 nicklas 673                     tempFile = File.createTempFile(fileName, null);
15 17 Sep 07 nicklas 674                     fileName = tempFile.getAbsolutePath();
15 17 Sep 07 nicklas 675                     OutputStream out = new BufferedOutputStream(new FileOutputStream(tempFile));
15 17 Sep 07 nicklas 676                     FileIO.copy(in, out);
15 17 Sep 07 nicklas 677                     out.close();
15 17 Sep 07 nicklas 678                     tempFile.deleteOnExit();
15 17 Sep 07 nicklas 679                 }
15 17 Sep 07 nicklas 680                 catch (Throwable t)
15 17 Sep 07 nicklas 681                 {
15 17 Sep 07 nicklas 682                     strError = t.getMessage();
15 17 Sep 07 nicklas 683                 }
15 17 Sep 07 nicklas 684             }
15 17 Sep 07 nicklas 685             
15 17 Sep 07 nicklas 686             calvinFile = new CELData();
15 17 Sep 07 nicklas 687             CELFileReader reader = new CELFileReader();
15 17 Sep 07 nicklas 688             reader.setFilename(fileName);
15 17 Sep 07 nicklas 689             try
15 17 Sep 07 nicklas 690             {
15 17 Sep 07 nicklas 691                 reader.read(calvinFile);
15 17 Sep 07 nicklas 692             }
15 17 Sep 07 nicklas 693             catch (Throwable t)
15 17 Sep 07 nicklas 694             {
15 17 Sep 07 nicklas 695                 strError = t.getClass() + ": " + t.getMessage();
15 17 Sep 07 nicklas 696                 calvinFile = null;
15 17 Sep 07 nicklas 697             }
15 17 Sep 07 nicklas 698             return;
11 13 Sep 07 nicklas 699         }
15 17 Sep 07 nicklas 700         strError = "Unknown file format: " + fileName;
11 13 Sep 07 nicklas 701     }
11 13 Sep 07 nicklas 702
11 13 Sep 07 nicklas 703     /** Reads the header of the CEL file.
11 13 Sep 07 nicklas 704      * @return True if successful.
11 13 Sep 07 nicklas 705      */
11 13 Sep 07 nicklas 706     public boolean readHeader() {
11 13 Sep 07 nicklas 707         createFileParser();
11 13 Sep 07 nicklas 708         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 709             return gcosFile.readHeader();
11 13 Sep 07 nicklas 710         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 711             return true;
11 13 Sep 07 nicklas 712         return false;
11 13 Sep 07 nicklas 713     }
11 13 Sep 07 nicklas 714
11 13 Sep 07 nicklas 715     /** Reads the CEL file.
11 13 Sep 07 nicklas 716      * @return True if successful.
11 13 Sep 07 nicklas 717      */
11 13 Sep 07 nicklas 718     public boolean read() {
11 13 Sep 07 nicklas 719         createFileParser();
11 13 Sep 07 nicklas 720         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 721             return gcosFile.read();
11 13 Sep 07 nicklas 722         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 723             return true;
11 13 Sep 07 nicklas 724         return false;
11 13 Sep 07 nicklas 725     }
11 13 Sep 07 nicklas 726     
11 13 Sep 07 nicklas 727     /** Reads the CEL file.
11 13 Sep 07 nicklas 728      * @param bIncludeMaskAndOutliers Flag to indicate if the mask and outlier sections should also be read.
11 13 Sep 07 nicklas 729      * @return True if successful.
11 13 Sep 07 nicklas 730      */
11 13 Sep 07 nicklas 731     public boolean read(boolean bIncludeMaskAndOutliers) {
11 13 Sep 07 nicklas 732         createFileParser();
11 13 Sep 07 nicklas 733         if (gcosFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 734             return gcosFile.read(bIncludeMaskAndOutliers);
11 13 Sep 07 nicklas 735         else if (calvinFile != null)
11 13 Sep 07 nicklas 736             return true;
11 13 Sep 07 nicklas 737         return false;
11 13 Sep 07 nicklas 738     }
11 13 Sep 07 nicklas 739     
11 13 Sep 07 nicklas 740     /** Clears the members. */
11 13 Sep 07 nicklas 741     public void clear() {
15 17 Sep 07 nicklas 742         if (in == null)
15 17 Sep 07 nicklas 743         {
15 17 Sep 07 nicklas 744             gcosFile = null;
15 17 Sep 07 nicklas 745             calvinFile = null;
15 17 Sep 07 nicklas 746         }
11 13 Sep 07 nicklas 747     }
11 13 Sep 07 nicklas 748
11 13 Sep 07 nicklas 749     /** Creates a new instance of CELFileData */
11 13 Sep 07 nicklas 750     public FusionCELData() {
11 13 Sep 07 nicklas 751         clear();
11 13 Sep 07 nicklas 752     }
19 15 Nov 07 nicklas 753     
19 15 Nov 07 nicklas 754     @Override
19 15 Nov 07 nicklas 755     protected void finalize()
19 15 Nov 07 nicklas 756         throws Throwable
19 15 Nov 07 nicklas 757     {
19 15 Nov 07 nicklas 758         super.finalize();
19 15 Nov 07 nicklas 759         if (tempFile != null && tempFile.exists())
19 15 Nov 07 nicklas 760         {
19 15 Nov 07 nicklas 761             tempFile.delete();
19 15 Nov 07 nicklas 762         }
19 15 Nov 07 nicklas 763     }
19 15 Nov 07 nicklas 764     
11 13 Sep 07 nicklas 765 }

Generated on Thu Jul 20 09:22:58 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)