affyfusion-109/src/affymetrix/fusion/chp/FusionCHPGenericData.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21 package affymetrix.fusion.chp;
11 13 Sep 07 nicklas 22
11 13 Sep 07 nicklas 23 import affymetrix.calvin.data.*;
11 13 Sep 07 nicklas 24 import affymetrix.calvin.utils.*;
11 13 Sep 07 nicklas 25 import affymetrix.calvin.parsers.*;
11 13 Sep 07 nicklas 26 import java.util.*;
11 13 Sep 07 nicklas 27
11 13 Sep 07 nicklas 28 /** This class provides storage and reading capabilities for CHP files */
11 13 Sep 07 nicklas 29 public class FusionCHPGenericData extends FusionCHPData
11 13 Sep 07 nicklas 30 {
11 13 Sep 07 nicklas 31
11 13 Sep 07 nicklas 32     /** Deallocates any memory used by the class object */
11 13 Sep 07 nicklas 33     public void clear() { genericData = null; }
11 13 Sep 07 nicklas 34
11 13 Sep 07 nicklas 35     /** Gets the generic data object.
11 13 Sep 07 nicklas 36      * @return The generic data object.
11 13 Sep 07 nicklas 37      */
11 13 Sep 07 nicklas 38     public GenericData getData() { return genericData; }
11 13 Sep 07 nicklas 39
11 13 Sep 07 nicklas 40     /** Constructor */
11 13 Sep 07 nicklas 41     private FusionCHPGenericData() { clear(); }
11 13 Sep 07 nicklas 42
11 13 Sep 07 nicklas 43     /** The generic file data object. */
11 13 Sep 07 nicklas 44     private GenericData genericData;
11 13 Sep 07 nicklas 45
11 13 Sep 07 nicklas 46     /** Reads the CHP file.
11 13 Sep 07 nicklas 47      * @return True if successful.
11 13 Sep 07 nicklas 48      */
11 13 Sep 07 nicklas 49     protected boolean read() {
11 13 Sep 07 nicklas 50         genericData = new GenericData();
11 13 Sep 07 nicklas 51         GenericFileReader reader = new GenericFileReader();
11 13 Sep 07 nicklas 52         try
11 13 Sep 07 nicklas 53         {
11 13 Sep 07 nicklas 54             reader.setFilename(filename);
11 13 Sep 07 nicklas 55             reader.open(genericData, ReadHeaderOption.ReadAllHeaders);
11 13 Sep 07 nicklas 56             return true;
11 13 Sep 07 nicklas 57         }
11 13 Sep 07 nicklas 58         catch (Throwable t)
11 13 Sep 07 nicklas 59         {
11 13 Sep 07 nicklas 60             clear();
11 13 Sep 07 nicklas 61             return false;
11 13 Sep 07 nicklas 62         }
11 13 Sep 07 nicklas 63     }
11 13 Sep 07 nicklas 64
11 13 Sep 07 nicklas 65     /** Reads the header of the CHP file
11 13 Sep 07 nicklas 66      * @return True if successful
11 13 Sep 07 nicklas 67      */
11 13 Sep 07 nicklas 68     protected boolean readHeader() { return read(); }
11 13 Sep 07 nicklas 69
11 13 Sep 07 nicklas 70     /** Get the id of the file (only valid for Command Console "calvin" files)
11 13 Sep 07 nicklas 71      * @return The unique file id.
11 13 Sep 07 nicklas 72      */
11 13 Sep 07 nicklas 73     public AffymetrixGuidType getFileId() {
11 13 Sep 07 nicklas 74         return genericData.getFileIdentifier();
11 13 Sep 07 nicklas 75     }
11 13 Sep 07 nicklas 76     
11 13 Sep 07 nicklas 77     /** A class to register a generic CHP reader. */
11 13 Sep 07 nicklas 78     private static class Reg extends FusionCHPDataReg
11 13 Sep 07 nicklas 79     {
11 13 Sep 07 nicklas 80         /** Constructor - register the file type. */
11 13 Sep 07 nicklas 81         public Reg() {
11 13 Sep 07 nicklas 82             super();
11 13 Sep 07 nicklas 83             Vector ids = new Vector();
11 13 Sep 07 nicklas 84             setFileTypeIds(ids);
11 13 Sep 07 nicklas 85         }
11 13 Sep 07 nicklas 86
11 13 Sep 07 nicklas 87         /** Creates a generic CHP object.
11 13 Sep 07 nicklas 88          * @return The generic CHP object.
11 13 Sep 07 nicklas 89          */
11 13 Sep 07 nicklas 90         public FusionCHPData makeObject() { return new FusionCHPGenericData(); }
11 13 Sep 07 nicklas 91     };
11 13 Sep 07 nicklas 92
11 13 Sep 07 nicklas 93     /** The one and only registration object. This registers the class as a CHP reader. */
11 13 Sep 07 nicklas 94     private static Reg reg = new Reg();
11 13 Sep 07 nicklas 95
11 13 Sep 07 nicklas 96     /** Register the reader with the system. */
11 13 Sep 07 nicklas 97     public static void registerReader() {
11 13 Sep 07 nicklas 98         if (FusionCHPGenericData.reg == null)
11 13 Sep 07 nicklas 99             FusionCHPGenericData.reg = new Reg();
11 13 Sep 07 nicklas 100     }
11 13 Sep 07 nicklas 101
11 13 Sep 07 nicklas 102     /** Converts the type to the generic CHP type.
11 13 Sep 07 nicklas 103      * @param chip The pointer to the CHP data object.
11 13 Sep 07 nicklas 104      * @return The generic CHP data type or NULL if not compatible.
11 13 Sep 07 nicklas 105      */
11 13 Sep 07 nicklas 106     public static FusionCHPGenericData fromBase(FusionCHPData chip) {
11 13 Sep 07 nicklas 107         if (chip == null)
11 13 Sep 07 nicklas 108             return null;
11 13 Sep 07 nicklas 109         String chipName = chip.getClass().getName();
11 13 Sep 07 nicklas 110         String genName = FusionCHPGenericData.class.getName();
11 13 Sep 07 nicklas 111         if (chipName.compareTo(genName) == 0)
11 13 Sep 07 nicklas 112             return (FusionCHPGenericData) chip;
11 13 Sep 07 nicklas 113         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 114     }
11 13 Sep 07 nicklas 115
11 13 Sep 07 nicklas 116 }

Generated on Thu Jul 20 09:23:00 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)