affyfusion-109/src/affymetrix/fusion/chp/FusionExpressionProbeSetResults.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21 package affymetrix.fusion.chp;
11 13 Sep 07 nicklas 22
11 13 Sep 07 nicklas 23 import affymetrix.gcos.chp.*;
11 13 Sep 07 nicklas 24 import affymetrix.calvin.data.*;
11 13 Sep 07 nicklas 25
11 13 Sep 07 nicklas 26 /** Expression analysis probe set results for the MAS5 algorithm */
11 13 Sep 07 nicklas 27 public class FusionExpressionProbeSetResults {
11 13 Sep 07 nicklas 28     
11 13 Sep 07 nicklas 29     /** Present call for expression analysis */
11 13 Sep 07 nicklas 30     public static final byte ABS_PRESENT_CALL = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 31
11 13 Sep 07 nicklas 32     /** Marginal call for expression analysis */
11 13 Sep 07 nicklas 33     public static final byte ABS_MARGINAL_CALL = 1;
11 13 Sep 07 nicklas 34
11 13 Sep 07 nicklas 35     /** Absent call for expression analysis */
11 13 Sep 07 nicklas 36     public static final byte ABS_ABSENT_CALL = 2;
11 13 Sep 07 nicklas 37
11 13 Sep 07 nicklas 38     /** No call call for expression analysis */
11 13 Sep 07 nicklas 39     public static final byte ABS_NO_CALL = 3;
11 13 Sep 07 nicklas 40
11 13 Sep 07 nicklas 41     /** Increase call for expression comparison analysis */
11 13 Sep 07 nicklas 42     public static final byte COMP_INCREASE_CALL = 1;
11 13 Sep 07 nicklas 43
11 13 Sep 07 nicklas 44     /** Decrease call for expression comparison analysis */
11 13 Sep 07 nicklas 45     public static final byte COMP_DECREASE_CALL = 2;
11 13 Sep 07 nicklas 46
11 13 Sep 07 nicklas 47     /** Moderate increase call for expression comparison analysis */
11 13 Sep 07 nicklas 48     public static final byte COMP_MOD_INCREASE_CALL = 3;
11 13 Sep 07 nicklas 49
11 13 Sep 07 nicklas 50     /** Moderate decrease call for expression comparison analysis */
11 13 Sep 07 nicklas 51     public static final byte COMP_MOD_DECREASE_CALL = 4;
11 13 Sep 07 nicklas 52
11 13 Sep 07 nicklas 53     /** No change call for expression comparison analysis */
11 13 Sep 07 nicklas 54     public static final byte COMP_NO_CHANGE_CALL = 5;
11 13 Sep 07 nicklas 55
11 13 Sep 07 nicklas 56     /** No call call for expression comparison analysis */
11 13 Sep 07 nicklas 57     public static final byte COMP_NO_CALL = 6;
11 13 Sep 07 nicklas 58     
11 13 Sep 07 nicklas 59     /** Creates a new instance of FusionExpressionProbeSetResults */
11 13 Sep 07 nicklas 60     public FusionExpressionProbeSetResults() {
11 13 Sep 07 nicklas 61         clear();
11 13 Sep 07 nicklas 62     }
11 13 Sep 07 nicklas 63     
11 13 Sep 07 nicklas 64     /** The GCOS probe set results object. */
11 13 Sep 07 nicklas 65     private ExpressionProbeSetResults gcosResult;
11 13 Sep 07 nicklas 66     
11 13 Sep 07 nicklas 67     /** Sets the GCOS probe set results object.
11 13 Sep 07 nicklas 68      * @param r The GCOS probe set results object.
11 13 Sep 07 nicklas 69      */
11 13 Sep 07 nicklas 70     public void setGCOSObject(ExpressionProbeSetResults r) { gcosResult=r; }
11 13 Sep 07 nicklas 71     
11 13 Sep 07 nicklas 72     /** The calvin probe set results object. */
11 13 Sep 07 nicklas 73     private CHPExpressionEntry calvinResult;
11 13 Sep 07 nicklas 74     
11 13 Sep 07 nicklas 75     /** Sets the calvin object.
11 13 Sep 07 nicklas 76      * @param r The calvin probe set object.
11 13 Sep 07 nicklas 77      */
11 13 Sep 07 nicklas 78     public void setCalvinObject(CHPExpressionEntry r) { calvinResult=r; }
11 13 Sep 07 nicklas 79     
11 13 Sep 07 nicklas 80     /** Clears the members. */
11 13 Sep 07 nicklas 81     public void clear() {
11 13 Sep 07 nicklas 82         gcosResult = null;
11 13 Sep 07 nicklas 83         calvinResult = null;
11 13 Sep 07 nicklas 84     }
11 13 Sep 07 nicklas 85
11 13 Sep 07 nicklas 86     /** Gets detection pvalue
11 13 Sep 07 nicklas 87      *  return Detection pvalue.
11 13 Sep 07 nicklas 88      */
11 13 Sep 07 nicklas 89     public float getDetectionPValue() {
11 13 Sep 07 nicklas 90         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 91             return gcosResult.getDetectionPValue();
11 13 Sep 07 nicklas 92         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 93             return calvinResult.getDetectionPValue();
11 13 Sep 07 nicklas 94         return 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 95     }
11 13 Sep 07 nicklas 96
11 13 Sep 07 nicklas 97     /** Gets the signal.
11 13 Sep 07 nicklas 98      *  return Signal.
11 13 Sep 07 nicklas 99      */
11 13 Sep 07 nicklas 100     public float getSignal() {
11 13 Sep 07 nicklas 101         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 102             return gcosResult.getSignal();
11 13 Sep 07 nicklas 103         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 104             return calvinResult.getSignal();
11 13 Sep 07 nicklas 105         return 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 106     }
11 13 Sep 07 nicklas 107
11 13 Sep 07 nicklas 108     /** gets the number of pairs.
11 13 Sep 07 nicklas 109      *  return Number of pairs.
11 13 Sep 07 nicklas 110      */
11 13 Sep 07 nicklas 111     public short getNumPairs() {
11 13 Sep 07 nicklas 112         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 113             return gcosResult.getNumPairs();
11 13 Sep 07 nicklas 114         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 115             return calvinResult.getNumPairs();
11 13 Sep 07 nicklas 116         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 117     }
11 13 Sep 07 nicklas 118
11 13 Sep 07 nicklas 119     /** Gets the number used pairs.
11 13 Sep 07 nicklas 120      *  return Number of used pairs.
11 13 Sep 07 nicklas 121      */
11 13 Sep 07 nicklas 122     public short getNumUsedPairs() {
11 13 Sep 07 nicklas 123         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 124             return gcosResult.getNumUsedPairs();
11 13 Sep 07 nicklas 125         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 126             return calvinResult.getNumPairsUsed();
11 13 Sep 07 nicklas 127         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 128     }
11 13 Sep 07 nicklas 129
11 13 Sep 07 nicklas 130     /** Gets the detection.
11 13 Sep 07 nicklas 131      *  return Detection.
11 13 Sep 07 nicklas 132      */
11 13 Sep 07 nicklas 133     public byte getDetection() {
11 13 Sep 07 nicklas 134         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 135             return gcosResult.getDetection();
11 13 Sep 07 nicklas 136         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 137             return calvinResult.getDetection();
11 13 Sep 07 nicklas 138         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 139     }
11 13 Sep 07 nicklas 140
11 13 Sep 07 nicklas 141     /** Determines if comp results exsist.
11 13 Sep 07 nicklas 142      *  return True if comp results exsist.
11 13 Sep 07 nicklas 143      */
11 13 Sep 07 nicklas 144     public boolean hasCompResults() {
11 13 Sep 07 nicklas 145         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 146             return gcosResult.getHasCompResults(); 
11 13 Sep 07 nicklas 147         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 148             return calvinResult.getHasComparisonData();
11 13 Sep 07 nicklas 149         return false;
11 13 Sep 07 nicklas 150     }
11 13 Sep 07 nicklas 151
11 13 Sep 07 nicklas 152     /** Gets the change pvalue.
11 13 Sep 07 nicklas 153      *  return Cahnge pvalue.
11 13 Sep 07 nicklas 154      */
11 13 Sep 07 nicklas 155     public float getChangePValue() {
11 13 Sep 07 nicklas 156         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 157             return gcosResult.getChangePValue(); 
11 13 Sep 07 nicklas 158         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 159             return calvinResult.getChangePValue();
11 13 Sep 07 nicklas 160         return 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 161     }
11 13 Sep 07 nicklas 162
11 13 Sep 07 nicklas 163     /** Gets the signal log ratio.
11 13 Sep 07 nicklas 164      *  return Signal log ratio.
11 13 Sep 07 nicklas 165      */
11 13 Sep 07 nicklas 166     public float getSignalLogRatio() { 
11 13 Sep 07 nicklas 167         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 168             return gcosResult.getSignalLogRatio();
11 13 Sep 07 nicklas 169         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 170             return calvinResult.getSigLogRatio(); 
11 13 Sep 07 nicklas 171         return 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 172     }
11 13 Sep 07 nicklas 173
11 13 Sep 07 nicklas 174     /** Gets the signal log ratio low
11 13 Sep 07 nicklas 175      *  return Signal log ratio low.
11 13 Sep 07 nicklas 176      */
11 13 Sep 07 nicklas 177     public float getSignalLogRatioLow() {
11 13 Sep 07 nicklas 178         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 179             return gcosResult.getSignalLogRatioLow(); 
11 13 Sep 07 nicklas 180         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 181             return calvinResult.getSigLogRatioLo();
11 13 Sep 07 nicklas 182         return 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 183     }
11 13 Sep 07 nicklas 184
11 13 Sep 07 nicklas 185     /** Gets the signal log ratio high
11 13 Sep 07 nicklas 186      *  return Signal log ratio high.
11 13 Sep 07 nicklas 187      */
11 13 Sep 07 nicklas 188     public float getSignalLogRatioHigh() {
11 13 Sep 07 nicklas 189         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 190             return gcosResult.getSignalLogRatioHigh(); 
11 13 Sep 07 nicklas 191         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 192             return calvinResult.getSigLogRatioHi();
11 13 Sep 07 nicklas 193         return 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 194     }
11 13 Sep 07 nicklas 195
11 13 Sep 07 nicklas 196     /** Gets the number of common pairs
11 13 Sep 07 nicklas 197      *  return Number of common pairs.
11 13 Sep 07 nicklas 198      */
11 13 Sep 07 nicklas 199     public short getNumCommonPairs() {
11 13 Sep 07 nicklas 200         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 201             return gcosResult.getNumCommonPairs(); 
11 13 Sep 07 nicklas 202         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 203             return calvinResult.getCommonPairs();
11 13 Sep 07 nicklas 204         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 205     }
11 13 Sep 07 nicklas 206
11 13 Sep 07 nicklas 207     /** Gets the change.
11 13 Sep 07 nicklas 208      *  return Change.
11 13 Sep 07 nicklas 209      */
11 13 Sep 07 nicklas 210     public byte getChange() {
11 13 Sep 07 nicklas 211         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 212             return gcosResult.getChange();
11 13 Sep 07 nicklas 213         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 214             return calvinResult.getChange();
11 13 Sep 07 nicklas 215         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 216      }
11 13 Sep 07 nicklas 217
11 13 Sep 07 nicklas 218     /** Returns a string representation of the detection call.
11 13 Sep 07 nicklas 219      * @return The detection call
11 13 Sep 07 nicklas 220      */
11 13 Sep 07 nicklas 221     public String getDetectionString() {
11 13 Sep 07 nicklas 222         switch (getDetection())
11 13 Sep 07 nicklas 223         {
11 13 Sep 07 nicklas 224         case ABS_PRESENT_CALL:
11 13 Sep 07 nicklas 225             return "P";
11 13 Sep 07 nicklas 226
11 13 Sep 07 nicklas 227         case ABS_MARGINAL_CALL:
11 13 Sep 07 nicklas 228             return "M";
11 13 Sep 07 nicklas 229
11 13 Sep 07 nicklas 230         case ABS_ABSENT_CALL:
11 13 Sep 07 nicklas 231             return "A";
11 13 Sep 07 nicklas 232
11 13 Sep 07 nicklas 233         case ABS_NO_CALL:
11 13 Sep 07 nicklas 234             return "No Call";
11 13 Sep 07 nicklas 235         }
11 13 Sep 07 nicklas 236         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 237     }
11 13 Sep 07 nicklas 238
11 13 Sep 07 nicklas 239     /** Returns a string representation of the change call.
11 13 Sep 07 nicklas 240      * @return The change call
11 13 Sep 07 nicklas 241      */
11 13 Sep 07 nicklas 242     public String getChangeString() {
11 13 Sep 07 nicklas 243   switch (getChange())
11 13 Sep 07 nicklas 244   {
11 13 Sep 07 nicklas 245         case COMP_INCREASE_CALL:
11 13 Sep 07 nicklas 246             return "I";
11 13 Sep 07 nicklas 247
11 13 Sep 07 nicklas 248         case COMP_DECREASE_CALL:
11 13 Sep 07 nicklas 249             return "D";
11 13 Sep 07 nicklas 250
11 13 Sep 07 nicklas 251         case COMP_MOD_INCREASE_CALL:
11 13 Sep 07 nicklas 252             return "MI";
11 13 Sep 07 nicklas 253
11 13 Sep 07 nicklas 254         case COMP_MOD_DECREASE_CALL:
11 13 Sep 07 nicklas 255             return "MD";
11 13 Sep 07 nicklas 256
11 13 Sep 07 nicklas 257         case COMP_NO_CHANGE_CALL:
11 13 Sep 07 nicklas 258             return "NC";
11 13 Sep 07 nicklas 259
11 13 Sep 07 nicklas 260         case COMP_NO_CALL:
11 13 Sep 07 nicklas 261             return "No Call";
11 13 Sep 07 nicklas 262   }
11 13 Sep 07 nicklas 263   return null;
11 13 Sep 07 nicklas 264     }
11 13 Sep 07 nicklas 265 }

Generated on Thu Jul 20 09:23:02 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)