affyfusion-109/src/affymetrix/fusion/chp/FusionForceCallType.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21
11 13 Sep 07 nicklas 22 package affymetrix.fusion.chp;
11 13 Sep 07 nicklas 23
11 13 Sep 07 nicklas 24 /** A type to hold the force call, the call that the algorithm would have made
11 13 Sep 07 nicklas 25  * if the thresholds were relaxed.
11 13 Sep 07 nicklas 26  */
11 13 Sep 07 nicklas 27 public class FusionForceCallType {
11 13 Sep 07 nicklas 28     
11 13 Sep 07 nicklas 29
11 13 Sep 07 nicklas 30     /** The force call was made due to no signal threshold. */
11 13 Sep 07 nicklas 31     public static final byte NO_SIGNAL_THR_FORCE_CALL = 'N';
11 13 Sep 07 nicklas 32
11 13 Sep 07 nicklas 33     /** The force call was made due to weak signal threshold. */
11 13 Sep 07 nicklas 34     public static final byte WEAK_SIGNAL_THR_FORCE_CALL = 'W';
11 13 Sep 07 nicklas 35
11 13 Sep 07 nicklas 36     /** The force call was made due to saturation level. */
11 13 Sep 07 nicklas 37     public static final byte SATURATION_LEVEL_FORCE_CALL = 'S';
11 13 Sep 07 nicklas 38
11 13 Sep 07 nicklas 39     /** The force call was made due to quality score threshold. */
11 13 Sep 07 nicklas 40     public static final byte QUALITY_SCORE_THR_FORCE_CALL = 'Q';
11 13 Sep 07 nicklas 41
11 13 Sep 07 nicklas 42     /** The force call was made due to failed both trace and sequence profiles. */
11 13 Sep 07 nicklas 43     public static final byte TRACE_AND_SEQUENCE_PROFILES_FORCE_CALL = 'F';
11 13 Sep 07 nicklas 44
11 13 Sep 07 nicklas 45     /** The force call was made due to base reliability threshold. */
11 13 Sep 07 nicklas 46     public static final byte RELIABILITY_THR_FORCE_CALL = 'B';
11 13 Sep 07 nicklas 47
11 13 Sep 07 nicklas 48     /** The position (index) of the call. */
11 13 Sep 07 nicklas 49     private int position;
11 13 Sep 07 nicklas 50
11 13 Sep 07 nicklas 51     /** Gets the position of the call.
11 13 Sep 07 nicklas 52      * @return The position.
11 13 Sep 07 nicklas 53      */
11 13 Sep 07 nicklas 54     public int getPosition() { return position; }
11 13 Sep 07 nicklas 55     
11 13 Sep 07 nicklas 56     /** Sets the position of the call.
11 13 Sep 07 nicklas 57      * @param p The position.
11 13 Sep 07 nicklas 58      */
11 13 Sep 07 nicklas 59     public void setPosition(int p) { position = p; }
11 13 Sep 07 nicklas 60     
11 13 Sep 07 nicklas 61     /** The force call. */
11 13 Sep 07 nicklas 62     private char call;
11 13 Sep 07 nicklas 63
11 13 Sep 07 nicklas 64     /** Gets the call.
11 13 Sep 07 nicklas 65      * @return The call.
11 13 Sep 07 nicklas 66      */
11 13 Sep 07 nicklas 67     public char getCall() { return call; }
11 13 Sep 07 nicklas 68     
11 13 Sep 07 nicklas 69     /** Sets the call.
11 13 Sep 07 nicklas 70      * @param c The call.
11 13 Sep 07 nicklas 71      */
11 13 Sep 07 nicklas 72     public void setCall(char c) { call = c; }
11 13 Sep 07 nicklas 73     
11 13 Sep 07 nicklas 74     /** The reason for the call. */
11 13 Sep 07 nicklas 75     private byte reason;
11 13 Sep 07 nicklas 76
11 13 Sep 07 nicklas 77     /** Gets the reason of the call.
11 13 Sep 07 nicklas 78      * @return The reason.
11 13 Sep 07 nicklas 79      */
11 13 Sep 07 nicklas 80     public byte getReason() { return reason; }
11 13 Sep 07 nicklas 81     
11 13 Sep 07 nicklas 82     /** Sets the reason of the call.
11 13 Sep 07 nicklas 83      * @param r The reason.
11 13 Sep 07 nicklas 84      */
11 13 Sep 07 nicklas 85     public void setReason(byte r) { reason = r; }
11 13 Sep 07 nicklas 86
11 13 Sep 07 nicklas 87     /** Creates a new instance of FusionForceCallType */
11 13 Sep 07 nicklas 88     public FusionForceCallType() {
11 13 Sep 07 nicklas 89         position = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 90         call = ' ';
11 13 Sep 07 nicklas 91         reason = ' ';
11 13 Sep 07 nicklas 92     }
11 13 Sep 07 nicklas 93     
11 13 Sep 07 nicklas 94     /** Creates a new instance of FusionForceCallType */
11 13 Sep 07 nicklas 95     public FusionForceCallType(FusionForceCallType f) {
11 13 Sep 07 nicklas 96         position = f.getPosition();
11 13 Sep 07 nicklas 97         call = f.getCall();
11 13 Sep 07 nicklas 98         reason = f.getReason();
11 13 Sep 07 nicklas 99     }
11 13 Sep 07 nicklas 100     
11 13 Sep 07 nicklas 101 }

Generated on Thu Jul 20 09:23:03 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)