affyfusion-109/src/affymetrix/fusion/chp/FusionGenotypeProbeSetResults.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 //////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21
11 13 Sep 07 nicklas 22 package affymetrix.fusion.chp;
11 13 Sep 07 nicklas 23
11 13 Sep 07 nicklas 24 import affymetrix.gcos.chp.*;
11 13 Sep 07 nicklas 25 import affymetrix.calvin.data.*;
11 13 Sep 07 nicklas 26
11 13 Sep 07 nicklas 27 /** Stores results for a genotyping probe set. */
11 13 Sep 07 nicklas 28 public class FusionGenotypeProbeSetResults {
11 13 Sep 07 nicklas 29     
11 13 Sep 07 nicklas 30     /** The AA allele call */
11 13 Sep 07 nicklas 31     public static final byte ALLELE_A_CALL = 6;
11 13 Sep 07 nicklas 32
11 13 Sep 07 nicklas 33     /** The BB allele call */
11 13 Sep 07 nicklas 34     public static final byte ALLELE_B_CALL = 7;
11 13 Sep 07 nicklas 35
11 13 Sep 07 nicklas 36     /** The AB allele call */
11 13 Sep 07 nicklas 37     public static final byte ALLELE_AB_CALL = 8;
11 13 Sep 07 nicklas 38
11 13 Sep 07 nicklas 39     /** The no call allele call */
11 13 Sep 07 nicklas 40     public static final byte ALLELE_NO_CALL = 11;
11 13 Sep 07 nicklas 41
11 13 Sep 07 nicklas 42     /** The GCOS probe set results object. */
11 13 Sep 07 nicklas 43     private GenotypeProbeSetResults gcosResult;
11 13 Sep 07 nicklas 44
11 13 Sep 07 nicklas 45     /** Sets the GCOS probe set results object.
11 13 Sep 07 nicklas 46      * @param r The GCOS probe set results object.
11 13 Sep 07 nicklas 47      */
11 13 Sep 07 nicklas 48     public void setGCOSObject(GenotypeProbeSetResults r) { gcosResult=r; }
11 13 Sep 07 nicklas 49     
11 13 Sep 07 nicklas 50     /** The calvin probe set results object. */
11 13 Sep 07 nicklas 51     private CHPGenotypeEntry calvinResult;
11 13 Sep 07 nicklas 52     
11 13 Sep 07 nicklas 53     /** Sets the calvin object.
11 13 Sep 07 nicklas 54      * @param r The calvin probe set object.
11 13 Sep 07 nicklas 55      */
11 13 Sep 07 nicklas 56     public void setCalvinObject(CHPGenotypeEntry r) { calvinResult=r; }
11 13 Sep 07 nicklas 57     
11 13 Sep 07 nicklas 58     /** Clears the members. */
11 13 Sep 07 nicklas 59     public void clear() {
11 13 Sep 07 nicklas 60         gcosResult = null;
11 13 Sep 07 nicklas 61         calvinResult = null;
11 13 Sep 07 nicklas 62     }
11 13 Sep 07 nicklas 63     
11 13 Sep 07 nicklas 64     /** Gets the allele call
11 13 Sep 07 nicklas 65      * @return The allele call.
11 13 Sep 07 nicklas 66      */
11 13 Sep 07 nicklas 67     public byte getAlleleCall() {
11 13 Sep 07 nicklas 68         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 69             return gcosResult.getAlleleCall();
11 13 Sep 07 nicklas 70         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 71             return calvinResult.getCall();
11 13 Sep 07 nicklas 72         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 73     }
11 13 Sep 07 nicklas 74
11 13 Sep 07 nicklas 75     /** Gets the confidence
11 13 Sep 07 nicklas 76      * @return The confidence.
11 13 Sep 07 nicklas 77      */
11 13 Sep 07 nicklas 78     public float getConfidence() {
11 13 Sep 07 nicklas 79         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 80             return gcosResult.getConfidence();
11 13 Sep 07 nicklas 81         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 82             return calvinResult.getConfidence();
11 13 Sep 07 nicklas 83         return 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 84     }
11 13 Sep 07 nicklas 85
11 13 Sep 07 nicklas 86     /** Gets the RAS1 value
11 13 Sep 07 nicklas 87      * @return The RAS1 value.
11 13 Sep 07 nicklas 88      */
11 13 Sep 07 nicklas 89     public float getRAS1() {
11 13 Sep 07 nicklas 90         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 91             return gcosResult.getRAS1();
11 13 Sep 07 nicklas 92         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 93             return calvinResult.getRAS1();
11 13 Sep 07 nicklas 94         return 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 95     }
11 13 Sep 07 nicklas 96
11 13 Sep 07 nicklas 97     /** Gets the RAS2 value
11 13 Sep 07 nicklas 98      * @return The RAS2 value.
11 13 Sep 07 nicklas 99      */
11 13 Sep 07 nicklas 100     public float getRAS2() {
11 13 Sep 07 nicklas 101         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 102             return gcosResult.getRAS2();
11 13 Sep 07 nicklas 103         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 104             return calvinResult.getRAS2();
11 13 Sep 07 nicklas 105         return 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 106     }
11 13 Sep 07 nicklas 107
11 13 Sep 07 nicklas 108     /** Gets the AA p-value
11 13 Sep 07 nicklas 109      * @return The AA p-value.
11 13 Sep 07 nicklas 110      */
11 13 Sep 07 nicklas 111     public float getPValue_AA() {
11 13 Sep 07 nicklas 112         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 113             return gcosResult.getPValue_AA();
11 13 Sep 07 nicklas 114         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 115             return calvinResult.getAACall();
11 13 Sep 07 nicklas 116         return 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 117     }
11 13 Sep 07 nicklas 118
11 13 Sep 07 nicklas 119     /** Gets the AB p-value
11 13 Sep 07 nicklas 120      * @return The AB p-value.
11 13 Sep 07 nicklas 121      */
11 13 Sep 07 nicklas 122     public float getPValue_AB() {
11 13 Sep 07 nicklas 123         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 124             return gcosResult.getPValue_AB();
11 13 Sep 07 nicklas 125         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 126             return calvinResult.getABCall();
11 13 Sep 07 nicklas 127         return 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 128     }
11 13 Sep 07 nicklas 129
11 13 Sep 07 nicklas 130     /** Gets the BB p-value
11 13 Sep 07 nicklas 131      * @return The BB p-value.
11 13 Sep 07 nicklas 132      */
11 13 Sep 07 nicklas 133     public float getPValue_BB() {
11 13 Sep 07 nicklas 134         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 135             return gcosResult.getPValue_BB();
11 13 Sep 07 nicklas 136         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 137             return calvinResult.getBBCall();
11 13 Sep 07 nicklas 138         return 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 139     }
11 13 Sep 07 nicklas 140
11 13 Sep 07 nicklas 141     /** Gets the NoCall p-value
11 13 Sep 07 nicklas 142      * @return The NoCall p-value.
11 13 Sep 07 nicklas 143      */
11 13 Sep 07 nicklas 144     public float getPValue_NoCall() {
11 13 Sep 07 nicklas 145         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 146             return gcosResult.getPValue_NoCall();
11 13 Sep 07 nicklas 147         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 148             return calvinResult.getNoCall();
11 13 Sep 07 nicklas 149         return 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 150     }
11 13 Sep 07 nicklas 151
11 13 Sep 07 nicklas 152     /** Returns a string representation of the allele call.
11 13 Sep 07 nicklas 153      * @return The allele call as a string.
11 13 Sep 07 nicklas 154      */
11 13 Sep 07 nicklas 155     public String getAlleleCallString() {
11 13 Sep 07 nicklas 156         switch (getAlleleCall())
11 13 Sep 07 nicklas 157   {
11 13 Sep 07 nicklas 158         case ALLELE_A_CALL:
11 13 Sep 07 nicklas 159             return "A";
11 13 Sep 07 nicklas 160
11 13 Sep 07 nicklas 161         case ALLELE_B_CALL:
11 13 Sep 07 nicklas 162             return "B";
11 13 Sep 07 nicklas 163
11 13 Sep 07 nicklas 164         case ALLELE_AB_CALL:
11 13 Sep 07 nicklas 165             return "AB";
11 13 Sep 07 nicklas 166
11 13 Sep 07 nicklas 167         default:
11 13 Sep 07 nicklas 168             return "No Call";
11 13 Sep 07 nicklas 169         }
11 13 Sep 07 nicklas 170     }
11 13 Sep 07 nicklas 171
11 13 Sep 07 nicklas 172     /** Creates a new instance of GenotypeProbeSetResults */
11 13 Sep 07 nicklas 173     public FusionGenotypeProbeSetResults() {
11 13 Sep 07 nicklas 174         clear();
11 13 Sep 07 nicklas 175     }
11 13 Sep 07 nicklas 176     
11 13 Sep 07 nicklas 177 }

Generated on Thu Jul 20 09:23:03 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)