affyfusion-109/src/affymetrix/fusion/chp/FusionResequencingResults.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21 package affymetrix.fusion.chp;
11 13 Sep 07 nicklas 22 import affymetrix.vector.*;
11 13 Sep 07 nicklas 23 import affymetrix.gcos.chp.*;
11 13 Sep 07 nicklas 24 import affymetrix.calvin.data.*;
11 13 Sep 07 nicklas 25 import java.util.*;
11 13 Sep 07 nicklas 26
11 13 Sep 07 nicklas 27 /** Stores results for a resequencing analysis. */
11 13 Sep 07 nicklas 28 public class FusionResequencingResults {
11 13 Sep 07 nicklas 29
11 13 Sep 07 nicklas 30     /** The GCOS probe set results object. */
11 13 Sep 07 nicklas 31     private ResequencingResults gcosResult;
11 13 Sep 07 nicklas 32
11 13 Sep 07 nicklas 33     /** Sets the GCOS probe set results object.
11 13 Sep 07 nicklas 34      * @param r The GCOS probe set results object.
11 13 Sep 07 nicklas 35      */
11 13 Sep 07 nicklas 36     public void setGCOSObject(ResequencingResults r) { gcosResult=r; }
11 13 Sep 07 nicklas 37     
11 13 Sep 07 nicklas 38     /** The calvin probe set results object. */
11 13 Sep 07 nicklas 39     private CHPData calvinResult;
11 13 Sep 07 nicklas 40     
11 13 Sep 07 nicklas 41     /** Sets the calvin object.
11 13 Sep 07 nicklas 42      * @param r The calvin data file object.
11 13 Sep 07 nicklas 43      */
11 13 Sep 07 nicklas 44     public void setCalvinObject(CHPData r) { calvinResult=r; }
11 13 Sep 07 nicklas 45
11 13 Sep 07 nicklas 46     /** Clears the members. */
11 13 Sep 07 nicklas 47     public void clear() {
11 13 Sep 07 nicklas 48         gcosResult = null;
11 13 Sep 07 nicklas 49         calvinResult = null;
11 13 Sep 07 nicklas 50     }
11 13 Sep 07 nicklas 51
11 13 Sep 07 nicklas 52     /** Creates a new instance of FusionResequencingResults */
11 13 Sep 07 nicklas 53     public FusionResequencingResults() {
11 13 Sep 07 nicklas 54         clear();
11 13 Sep 07 nicklas 55     }
11 13 Sep 07 nicklas 56
11 13 Sep 07 nicklas 57     /** Gets the called bases.
11 13 Sep 07 nicklas 58      * @return The array of called bases.
11 13 Sep 07 nicklas 59      */
11 13 Sep 07 nicklas 60     public AffxCharVector getCalledBases() {
11 13 Sep 07 nicklas 61         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 62         {
11 13 Sep 07 nicklas 63             AffxCharVector calledBases = new AffxCharVector();
11 13 Sep 07 nicklas 64             int n = gcosResult.getCalledBasesSize();
11 13 Sep 07 nicklas 65             calledBases.setSize(n);
11 13 Sep 07 nicklas 66             for (int i=0; i<n; i++)
11 13 Sep 07 nicklas 67                 calledBases.setChar(i, gcosResult.getCalledBase(i));
11 13 Sep 07 nicklas 68             return calledBases;
11 13 Sep 07 nicklas 69         }
11 13 Sep 07 nicklas 70         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 71         {
11 13 Sep 07 nicklas 72             int n = calvinResult.getEntryCount();
11 13 Sep 07 nicklas 73             AffxCharVector calledBases = new AffxCharVector();
11 13 Sep 07 nicklas 74             calledBases.setSize(n);
11 13 Sep 07 nicklas 75             CHPReseqEntry entry = new CHPReseqEntry();
11 13 Sep 07 nicklas 76             for (int i=0; i<n; i++)
11 13 Sep 07 nicklas 77             {
11 13 Sep 07 nicklas 78                 calvinResult.getEntry(i, entry);
11 13 Sep 07 nicklas 79                 calledBases.setChar(i, entry.getCall());
11 13 Sep 07 nicklas 80             }
11 13 Sep 07 nicklas 81             return calledBases;
11 13 Sep 07 nicklas 82         }
11 13 Sep 07 nicklas 83         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 84     }
11 13 Sep 07 nicklas 85
11 13 Sep 07 nicklas 86     /** Gets the called base at the given index.
11 13 Sep 07 nicklas 87      * @param index The index to the called bases array.
11 13 Sep 07 nicklas 88      * @return The called base.
11 13 Sep 07 nicklas 89      */
11 13 Sep 07 nicklas 90     public char getCalledBase(int index) {
11 13 Sep 07 nicklas 91         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 92             return gcosResult.getCalledBase(index);
11 13 Sep 07 nicklas 93         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 94         {
11 13 Sep 07 nicklas 95             CHPReseqEntry entry = new CHPReseqEntry();
11 13 Sep 07 nicklas 96             calvinResult.getEntry(index, entry);
11 13 Sep 07 nicklas 97             return entry.getCall();
11 13 Sep 07 nicklas 98         }
11 13 Sep 07 nicklas 99         return ' ';
11 13 Sep 07 nicklas 100     }
11 13 Sep 07 nicklas 101
11 13 Sep 07 nicklas 102     /** Gets the size of the called bases array.
11 13 Sep 07 nicklas 103      * @return The size of the called bases array.
11 13 Sep 07 nicklas 104      */
11 13 Sep 07 nicklas 105     public int getCalledBasesSize() {
11 13 Sep 07 nicklas 106         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 107         {
11 13 Sep 07 nicklas 108             AffxCharVector calledBases = new AffxCharVector();
11 13 Sep 07 nicklas 109             return gcosResult.getCalledBasesSize();
11 13 Sep 07 nicklas 110         }
11 13 Sep 07 nicklas 111         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 112         {
11 13 Sep 07 nicklas 113             return calvinResult.getEntryCount();
11 13 Sep 07 nicklas 114         }
11 13 Sep 07 nicklas 115         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 116     }
11 13 Sep 07 nicklas 117
11 13 Sep 07 nicklas 118     /** Gets the scores.
11 13 Sep 07 nicklas 119      * @return The array of scores.
11 13 Sep 07 nicklas 120      */
11 13 Sep 07 nicklas 121     public AffxFloatVector getScores() {
11 13 Sep 07 nicklas 122         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 123         {
11 13 Sep 07 nicklas 124             AffxFloatVector scores = new AffxFloatVector();
11 13 Sep 07 nicklas 125             int n = gcosResult.getScoresSize();
11 13 Sep 07 nicklas 126             scores.setSize(n);
11 13 Sep 07 nicklas 127             for (int i=0; i<n; i++)
11 13 Sep 07 nicklas 128                 scores.setFloat(i, gcosResult.getScore(i));
11 13 Sep 07 nicklas 129             return scores;
11 13 Sep 07 nicklas 130         }
11 13 Sep 07 nicklas 131         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 132         {
11 13 Sep 07 nicklas 133             int n = calvinResult.getEntryCount();
11 13 Sep 07 nicklas 134             AffxFloatVector scores = new AffxFloatVector();
11 13 Sep 07 nicklas 135             scores.setSize(n);
11 13 Sep 07 nicklas 136             CHPReseqEntry entry = new CHPReseqEntry();
11 13 Sep 07 nicklas 137             for (int i=0; i<n; i++)
11 13 Sep 07 nicklas 138             {
11 13 Sep 07 nicklas 139                 calvinResult.getEntry(i, entry);
11 13 Sep 07 nicklas 140                 scores.setFloat(i, entry.getScore());
11 13 Sep 07 nicklas 141             }
11 13 Sep 07 nicklas 142             return scores;
11 13 Sep 07 nicklas 143         }
11 13 Sep 07 nicklas 144         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 145     }
11 13 Sep 07 nicklas 146
11 13 Sep 07 nicklas 147     /** Gets the score at the given index.
11 13 Sep 07 nicklas 148      * @param index The index to the scores array.
11 13 Sep 07 nicklas 149      * @return The score.
11 13 Sep 07 nicklas 150      */
11 13 Sep 07 nicklas 151     public float getScore(int index) {
11 13 Sep 07 nicklas 152         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 153             return gcosResult.getScore(index);
11 13 Sep 07 nicklas 154         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 155         {
11 13 Sep 07 nicklas 156             CHPReseqEntry entry = new CHPReseqEntry();
11 13 Sep 07 nicklas 157             calvinResult.getEntry(index, entry);
11 13 Sep 07 nicklas 158             return entry.getScore();
11 13 Sep 07 nicklas 159         }
11 13 Sep 07 nicklas 160         return 0.0f;
11 13 Sep 07 nicklas 161     }
11 13 Sep 07 nicklas 162
11 13 Sep 07 nicklas 163     /** Gets the size of the scores array.
11 13 Sep 07 nicklas 164      * @return The size of the scores array.
11 13 Sep 07 nicklas 165      */
11 13 Sep 07 nicklas 166     public int getScoresSize() {
11 13 Sep 07 nicklas 167         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 168             return gcosResult.getScoresSize();
11 13 Sep 07 nicklas 169         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 170         {
11 13 Sep 07 nicklas 171             return calvinResult.getEntryCount();
11 13 Sep 07 nicklas 172         }
11 13 Sep 07 nicklas 173         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 174     }
11 13 Sep 07 nicklas 175     
11 13 Sep 07 nicklas 176     /** Gets the force calls.
11 13 Sep 07 nicklas 177      * @return The array of force calls.
11 13 Sep 07 nicklas 178      */
11 13 Sep 07 nicklas 179     public Vector getForceCalls() {
11 13 Sep 07 nicklas 180         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 181         {
11 13 Sep 07 nicklas 182             Vector force = new Vector();
11 13 Sep 07 nicklas 183             int n=gcosResult.getForceCallsSize();
11 13 Sep 07 nicklas 184             force.setSize(n);
11 13 Sep 07 nicklas 185             for (int i=0; i<n; i++)
11 13 Sep 07 nicklas 186             {
11 13 Sep 07 nicklas 187                 ForceCallType f = gcosResult.getForceCall(i);
11 13 Sep 07 nicklas 188                 FusionForceCallType ff = new FusionForceCallType();
11 13 Sep 07 nicklas 189                 ff.setCall(f.getCall());
11 13 Sep 07 nicklas 190                 ff.setPosition(f.getPosition());
11 13 Sep 07 nicklas 191                 ff.setReason(f.getReason());
11 13 Sep 07 nicklas 192                 force.set(i, ff);
11 13 Sep 07 nicklas 193             }
11 13 Sep 07 nicklas 194             return force;
11 13 Sep 07 nicklas 195         }
11 13 Sep 07 nicklas 196         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 197         {
11 13 Sep 07 nicklas 198             Vector force = new Vector();
11 13 Sep 07 nicklas 199             int n = calvinResult.getForceCnt();
11 13 Sep 07 nicklas 200             force.setSize(n);
11 13 Sep 07 nicklas 201             CHPReseqForceCall f = new CHPReseqForceCall();
11 13 Sep 07 nicklas 202             for (int i=0; i<n; i++)
11 13 Sep 07 nicklas 203             {
11 13 Sep 07 nicklas 204                 calvinResult.getForceCall(i, f);
11 13 Sep 07 nicklas 205                 FusionForceCallType ff = new FusionForceCallType();
11 13 Sep 07 nicklas 206                 ff.setCall(f.getCall());
11 13 Sep 07 nicklas 207                 ff.setPosition(f.getPosition());
11 13 Sep 07 nicklas 208                 ff.setReason((byte)f.getReason());
11 13 Sep 07 nicklas 209                 force.set(i, ff);
11 13 Sep 07 nicklas 210             }
11 13 Sep 07 nicklas 211             return force;            
11 13 Sep 07 nicklas 212         }
11 13 Sep 07 nicklas 213         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 214     }
11 13 Sep 07 nicklas 215
11 13 Sep 07 nicklas 216     /** Gets the force call at the given index.
11 13 Sep 07 nicklas 217      * @param index The index to the force calls array.
11 13 Sep 07 nicklas 218      * @return The force call.
11 13 Sep 07 nicklas 219      */
11 13 Sep 07 nicklas 220     public FusionForceCallType getForceCall(int index) {
11 13 Sep 07 nicklas 221         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 222         {
11 13 Sep 07 nicklas 223             ForceCallType gcosForce = gcosResult.getForceCall(index);
11 13 Sep 07 nicklas 224             FusionForceCallType force = new FusionForceCallType();
11 13 Sep 07 nicklas 225             force.setCall(gcosForce.getCall());
11 13 Sep 07 nicklas 226             force.setPosition(gcosForce.getPosition());
11 13 Sep 07 nicklas 227             force.setReason(gcosForce.getReason());
11 13 Sep 07 nicklas 228             return force;
11 13 Sep 07 nicklas 229         }
11 13 Sep 07 nicklas 230         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 231         {
11 13 Sep 07 nicklas 232             CHPReseqForceCall f = new CHPReseqForceCall();
11 13 Sep 07 nicklas 233             calvinResult.getForceCall(index, f);
11 13 Sep 07 nicklas 234             FusionForceCallType force = new FusionForceCallType();
11 13 Sep 07 nicklas 235             force.setCall(f.getCall());
11 13 Sep 07 nicklas 236             force.setPosition(f.getPosition());
11 13 Sep 07 nicklas 237             force.setReason((byte)f.getReason());
11 13 Sep 07 nicklas 238             return force;
11 13 Sep 07 nicklas 239         }
11 13 Sep 07 nicklas 240         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 241     }
11 13 Sep 07 nicklas 242
11 13 Sep 07 nicklas 243     /** Gets the size of the force calls array.
11 13 Sep 07 nicklas 244      * @return The size of the force calls array.
11 13 Sep 07 nicklas 245      */
11 13 Sep 07 nicklas 246     public int getForceCallsSize() {
11 13 Sep 07 nicklas 247         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 248             return gcosResult.getForceCallsSize();
11 13 Sep 07 nicklas 249         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 250             return calvinResult.getForceCnt();
11 13 Sep 07 nicklas 251         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 252     }
11 13 Sep 07 nicklas 253
11 13 Sep 07 nicklas 254     /** Gets the original called bases.
11 13 Sep 07 nicklas 255      * @return The array of original calls.
11 13 Sep 07 nicklas 256      */
11 13 Sep 07 nicklas 257     public Vector getOrigCalls() {
11 13 Sep 07 nicklas 258         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 259         {
11 13 Sep 07 nicklas 260             Vector bases = new Vector();
11 13 Sep 07 nicklas 261             int n=gcosResult.getOrigCallsSize();
11 13 Sep 07 nicklas 262             bases.setSize(n);
11 13 Sep 07 nicklas 263             for (int i=0; i<n; i++)
11 13 Sep 07 nicklas 264             {
11 13 Sep 07 nicklas 265                 BaseCallType gcosBase = gcosResult.getOrigCall(i);
11 13 Sep 07 nicklas 266                 FusionBaseCallType base = new FusionBaseCallType();
11 13 Sep 07 nicklas 267                 base.setCall(gcosBase.getCall());
11 13 Sep 07 nicklas 268                 base.setPosition(gcosBase.getPosition());
11 13 Sep 07 nicklas 269                 bases.set(i, base);
11 13 Sep 07 nicklas 270             }
11 13 Sep 07 nicklas 271             return bases;
11 13 Sep 07 nicklas 272         }
11 13 Sep 07 nicklas 273         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 274         {
11 13 Sep 07 nicklas 275             Vector bases = new Vector();
11 13 Sep 07 nicklas 276             int n = calvinResult.getOrigCnt();
11 13 Sep 07 nicklas 277             bases.setSize(n);
11 13 Sep 07 nicklas 278             CHPReseqOrigCall calvinBase = new CHPReseqOrigCall();
11 13 Sep 07 nicklas 279             for (int i=0; i<n; i++)
11 13 Sep 07 nicklas 280             {
11 13 Sep 07 nicklas 281                 calvinResult.getOrigCall(i, calvinBase);
11 13 Sep 07 nicklas 282                 FusionBaseCallType base = new FusionBaseCallType();
11 13 Sep 07 nicklas 283                 base.setCall(calvinBase.getCall());
11 13 Sep 07 nicklas 284                 base.setPosition(calvinBase.getPosition());
11 13 Sep 07 nicklas 285                 bases.set(i, base);
11 13 Sep 07 nicklas 286             }
11 13 Sep 07 nicklas 287             return bases;
11 13 Sep 07 nicklas 288         }
11 13 Sep 07 nicklas 289         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 290     }
11 13 Sep 07 nicklas 291
11 13 Sep 07 nicklas 292     /** Gets the original called base at the given index.
11 13 Sep 07 nicklas 293      * @param index The index to the original calls array.
11 13 Sep 07 nicklas 294      * @return The original call.
11 13 Sep 07 nicklas 295      */
11 13 Sep 07 nicklas 296     public FusionBaseCallType getOrigCall(int index) {
11 13 Sep 07 nicklas 297         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 298         {
11 13 Sep 07 nicklas 299             BaseCallType gcosBase = gcosResult.getOrigCall(index);
11 13 Sep 07 nicklas 300             FusionBaseCallType base = new FusionBaseCallType();
11 13 Sep 07 nicklas 301             base.setCall(gcosBase.getCall());
11 13 Sep 07 nicklas 302             base.setPosition(gcosBase.getPosition());
11 13 Sep 07 nicklas 303             return base;
11 13 Sep 07 nicklas 304         }
11 13 Sep 07 nicklas 305         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 306         {
11 13 Sep 07 nicklas 307             CHPReseqOrigCall calvinBase = new CHPReseqOrigCall();
11 13 Sep 07 nicklas 308             calvinResult.getOrigCall(index, calvinBase);
11 13 Sep 07 nicklas 309             FusionBaseCallType base = new FusionBaseCallType();
11 13 Sep 07 nicklas 310             base.setCall(calvinBase.getCall());
11 13 Sep 07 nicklas 311             base.setPosition(calvinBase.getPosition());
11 13 Sep 07 nicklas 312             return base;
11 13 Sep 07 nicklas 313         }
11 13 Sep 07 nicklas 314         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 315     }
11 13 Sep 07 nicklas 316
11 13 Sep 07 nicklas 317     /** Gets the size of the original calls array.
11 13 Sep 07 nicklas 318      * @return The size of the original calls array.
11 13 Sep 07 nicklas 319      */
11 13 Sep 07 nicklas 320     public int getOrigCallsSize() {
11 13 Sep 07 nicklas 321         if (gcosResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 322             return gcosResult.getOrigCallsSize();
11 13 Sep 07 nicklas 323         else if (calvinResult != null)
11 13 Sep 07 nicklas 324             return calvinResult.getOrigCnt();
11 13 Sep 07 nicklas 325         return 0;
11 13 Sep 07 nicklas 326     }
11 13 Sep 07 nicklas 327 }

Generated on Thu Jul 20 09:23:04 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)