affyfusion-109/src/affymetrix/gcos/cdf/CDFFileHeader.java

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11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
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11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
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11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
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11 13 Sep 07 nicklas 21 package affymetrix.gcos.cdf;
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11 13 Sep 07 nicklas 23 /** Stores information from the header section of the CDF file. */
11 13 Sep 07 nicklas 24 public class CDFFileHeader {
11 13 Sep 07 nicklas 25     /** The magic number in an XDA file */
11 13 Sep 07 nicklas 26     private int magic;
11 13 Sep 07 nicklas 27     
11 13 Sep 07 nicklas 28     /** Gets the magic number in an XDA file.
11 13 Sep 07 nicklas 29      * @return The magic number.
11 13 Sep 07 nicklas 30      */
11 13 Sep 07 nicklas 31     public int getMagic() { return magic; }
11 13 Sep 07 nicklas 32
11 13 Sep 07 nicklas 33     /** Sets the magic number in an XDA file.
11 13 Sep 07 nicklas 34      * @param value The magic number.
11 13 Sep 07 nicklas 35      */
11 13 Sep 07 nicklas 36     public void setMagic(int value) { magic = value; }
11 13 Sep 07 nicklas 37
11 13 Sep 07 nicklas 38     /** The version number */
11 13 Sep 07 nicklas 39     private int version;
11 13 Sep 07 nicklas 40
11 13 Sep 07 nicklas 41     /** Gets the version number in an XDA file.
11 13 Sep 07 nicklas 42      * @return The version number.
11 13 Sep 07 nicklas 43      */
11 13 Sep 07 nicklas 44     public int getVersion() { return version; }
11 13 Sep 07 nicklas 45
11 13 Sep 07 nicklas 46     /** Sets the version number in an XDA file.
11 13 Sep 07 nicklas 47      * @param value The version number.
11 13 Sep 07 nicklas 48      */
11 13 Sep 07 nicklas 49     public void setVersion(int value) { version = value; }
11 13 Sep 07 nicklas 50
11 13 Sep 07 nicklas 51     /** The number of probe sets defined in the file */
11 13 Sep 07 nicklas 52     private int numProbeSets;
11 13 Sep 07 nicklas 53
11 13 Sep 07 nicklas 54     /** Gets the number of probe sets in an XDA file.
11 13 Sep 07 nicklas 55      * @return The number of probe sets.
11 13 Sep 07 nicklas 56      */
11 13 Sep 07 nicklas 57     public int getNumProbeSets() { return numProbeSets; }
11 13 Sep 07 nicklas 58
11 13 Sep 07 nicklas 59     /** Sets the number of probe sets in an XDA file.
11 13 Sep 07 nicklas 60      * @param value The number of probe sets.
11 13 Sep 07 nicklas 61      */
11 13 Sep 07 nicklas 62     public void setNumProbeSets(int value) { numProbeSets = value; }
11 13 Sep 07 nicklas 63
11 13 Sep 07 nicklas 64     /** The number of QC probe sets in the file */
11 13 Sep 07 nicklas 65     private int numQCProbeSets;
11 13 Sep 07 nicklas 66
11 13 Sep 07 nicklas 67     /** Gets the number of QC probe sets in the file.
11 13 Sep 07 nicklas 68      * @return The number of QC probe sets in the file.
11 13 Sep 07 nicklas 69      */
11 13 Sep 07 nicklas 70     public int getNumQCProbeSets() { return numQCProbeSets; }
11 13 Sep 07 nicklas 71
11 13 Sep 07 nicklas 72     /** Sets the number of QC probe sets in the file.
11 13 Sep 07 nicklas 73      * @param value The number of QC probe sets in the file.
11 13 Sep 07 nicklas 74      */
11 13 Sep 07 nicklas 75     public void setNumQCProbeSets(int value) { numQCProbeSets = value; }
11 13 Sep 07 nicklas 76
11 13 Sep 07 nicklas 77     /** The reference sequence (used for resequencing arrays only) */
11 13 Sep 07 nicklas 78     private String reference;
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11 13 Sep 07 nicklas 80     /** Gets the reference sequence.
11 13 Sep 07 nicklas 81      * @return The reference sequence.
11 13 Sep 07 nicklas 82      */
11 13 Sep 07 nicklas 83     public String getReference() { return reference; }
11 13 Sep 07 nicklas 84
11 13 Sep 07 nicklas 85     /** Sets the reference sequence.
11 13 Sep 07 nicklas 86      * @param value The reference sequence.
11 13 Sep 07 nicklas 87      */
11 13 Sep 07 nicklas 88     public void setReference(String value) { reference = value; }
11 13 Sep 07 nicklas 89
11 13 Sep 07 nicklas 90     /** The number of feature columns in the array */
11 13 Sep 07 nicklas 91     private int cols;
11 13 Sep 07 nicklas 92
11 13 Sep 07 nicklas 93     /** Gets the number of columns on the array.
11 13 Sep 07 nicklas 94      * @return The number of columns.
11 13 Sep 07 nicklas 95      */
11 13 Sep 07 nicklas 96     public int getCols() { return cols; }
11 13 Sep 07 nicklas 97
11 13 Sep 07 nicklas 98     /** Sets the number of columns on the array.
11 13 Sep 07 nicklas 99      * @param value The cols number.
11 13 Sep 07 nicklas 100      */
11 13 Sep 07 nicklas 101     public void setCols(int value) { cols = value; }
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11 13 Sep 07 nicklas 103     /** The number of feature rows in the array */
11 13 Sep 07 nicklas 104     private int rows;
11 13 Sep 07 nicklas 105
11 13 Sep 07 nicklas 106     /** Gets the number of rows on the array.
11 13 Sep 07 nicklas 107      * @return The number of rows.
11 13 Sep 07 nicklas 108      */
11 13 Sep 07 nicklas 109     public int getRows() { return rows; }
11 13 Sep 07 nicklas 110
11 13 Sep 07 nicklas 111     /** Sets the number of rows on the array.
11 13 Sep 07 nicklas 112      * @param value The rows number.
11 13 Sep 07 nicklas 113      */
11 13 Sep 07 nicklas 114     public void setRows(int value) { rows = value; }
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11 13 Sep 07 nicklas 116     /** Creates a new instance of CDFFileHeader */
11 13 Sep 07 nicklas 117     public CDFFileHeader() {
11 13 Sep 07 nicklas 118         cols=0;
11 13 Sep 07 nicklas 119         rows=0;
11 13 Sep 07 nicklas 120         magic=0;
11 13 Sep 07 nicklas 121         version=0;
11 13 Sep 07 nicklas 122         numProbeSets=0;
11 13 Sep 07 nicklas 123         numQCProbeSets=0;
11 13 Sep 07 nicklas 124         reference=null;
11 13 Sep 07 nicklas 125     }
11 13 Sep 07 nicklas 126     
11 13 Sep 07 nicklas 127 }

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