affyfusion-109/src/affymetrix/gcos/cdf/CDFProbeGroupInformation.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21
11 13 Sep 07 nicklas 22 package affymetrix.gcos.cdf;
11 13 Sep 07 nicklas 23
11 13 Sep 07 nicklas 24 import affymetrix.gcos.*;
11 13 Sep 07 nicklas 25 import affymetrix.portability.*;
11 13 Sep 07 nicklas 26 import java.util.*;
11 13 Sep 07 nicklas 27 import java.io.*;
11 13 Sep 07 nicklas 28 import java.nio.channels.*;
11 13 Sep 07 nicklas 29 import java.nio.channels.FileChannel.*;
11 13 Sep 07 nicklas 30 import java.nio.*;
11 13 Sep 07 nicklas 31
11 13 Sep 07 nicklas 32 /** This class provides storage for a group of probes, also known as a block. */
11 13 Sep 07 nicklas 33 public class CDFProbeGroupInformation {
11 13 Sep 07 nicklas 34
11 13 Sep 07 nicklas 35     /** This is the size of the object in a binary CDF file. */
11 13 Sep 07 nicklas 36     public static final int PROBE_GROUP_SIZE = (CDFProbeSetNames.MAX_PROBE_SET_NAME_LENGTH+4+4+4+4+1+1);
11 13 Sep 07 nicklas 37
11 13 Sep 07 nicklas 38     /** The number of probe pairs or probe quartets in the group. */
11 13 Sep 07 nicklas 39     private int numLists;
11 13 Sep 07 nicklas 40     
11 13 Sep 07 nicklas 41     public int getNumLists() { return numLists; }
11 13 Sep 07 nicklas 42     public void setNumLists(int value) { numLists = value; }
11 13 Sep 07 nicklas 43
11 13 Sep 07 nicklas 44     /** The number of probes in the group. */
11 13 Sep 07 nicklas 45     private int numCells;
11 13 Sep 07 nicklas 46
11 13 Sep 07 nicklas 47     public int getNumCells() { return numCells; }
11 13 Sep 07 nicklas 48     public void setNumCells(int value) { numCells = value; }
11 13 Sep 07 nicklas 49
11 13 Sep 07 nicklas 50     /** The first probes list index value. */
11 13 Sep 07 nicklas 51     private int start;
11 13 Sep 07 nicklas 52
11 13 Sep 07 nicklas 53     public int getStart() { return start; }
11 13 Sep 07 nicklas 54     public void setStart(int value) { start = value; }
11 13 Sep 07 nicklas 55
11 13 Sep 07 nicklas 56     /** The last probes list index value. */
11 13 Sep 07 nicklas 57     private int stop;
11 13 Sep 07 nicklas 58
11 13 Sep 07 nicklas 59     public int getStop() { return stop; }
11 13 Sep 07 nicklas 60     public void setStop(int value) { stop = value; }
11 13 Sep 07 nicklas 61
11 13 Sep 07 nicklas 62     /** The probe set index associated with the group. */
11 13 Sep 07 nicklas 63     private int probeSetIndex;
11 13 Sep 07 nicklas 64
11 13 Sep 07 nicklas 65     public int getProbeSetIndex() { return probeSetIndex; }
11 13 Sep 07 nicklas 66     public void setProbeSetIndex(int value) { probeSetIndex = value; }
11 13 Sep 07 nicklas 67
11 13 Sep 07 nicklas 68     /** The group index. */
11 13 Sep 07 nicklas 69     private int groupIndex;
11 13 Sep 07 nicklas 70
11 13 Sep 07 nicklas 71     public int getGroupIndex() { return groupIndex; }
11 13 Sep 07 nicklas 72     public void setGroupIndex(int value) { groupIndex = value; }
11 13 Sep 07 nicklas 73
11 13 Sep 07 nicklas 74     /** The name of the group. */
11 13 Sep 07 nicklas 75     private String name;
11 13 Sep 07 nicklas 76
11 13 Sep 07 nicklas 77     public String getName() { return name; }
11 13 Sep 07 nicklas 78     public void setName(String value) { name = value; }
11 13 Sep 07 nicklas 79
11 13 Sep 07 nicklas 80     /** The number of cells per list (2 for expression and genotyping, 4 for resquencing). */
11 13 Sep 07 nicklas 81     private byte numCellsPerList;
11 13 Sep 07 nicklas 82
11 13 Sep 07 nicklas 83     public byte getNumCellsPerList() { return numCellsPerList; }
11 13 Sep 07 nicklas 84     public void setNumCellsPerList(byte value) { numCellsPerList = value; }
11 13 Sep 07 nicklas 85
11 13 Sep 07 nicklas 86     /** The direction of the target that the probes are interrogating. */
11 13 Sep 07 nicklas 87     private byte direction;
11 13 Sep 07 nicklas 88
11 13 Sep 07 nicklas 89     public byte getDirection() { return direction; }
11 13 Sep 07 nicklas 90     public void setDirection(byte value) { direction = value; }
11 13 Sep 07 nicklas 91
11 13 Sep 07 nicklas 92     /** The probes in the group */
13 14 Sep 07 nicklas 93     private List<CDFProbeInformation> cells;
11 13 Sep 07 nicklas 94
11 13 Sep 07 nicklas 95     /** A mapped byte buffer for XDA files. */
11 13 Sep 07 nicklas 96     private MappedByteBuffer xdaBuffer;
11 13 Sep 07 nicklas 97     
11 13 Sep 07 nicklas 98     /** The offset from the map buffer to the probe set information. */
11 13 Sep 07 nicklas 99     private int offset;
11 13 Sep 07 nicklas 100     
11 13 Sep 07 nicklas 101     /** Sets the map and offset for memory mapping.
11 13 Sep 07 nicklas 102      * @param buf The buffer.
11 13 Sep 07 nicklas 103      * @param o The offset to the probe set names.
11 13 Sep 07 nicklas 104      */
11 13 Sep 07 nicklas 105     public void setMap(MappedByteBuffer buf, long o, int setIndex, int index)
11 13 Sep 07 nicklas 106     {
11 13 Sep 07 nicklas 107         xdaBuffer = buf;
11 13 Sep 07 nicklas 108         offset = (int)o;
11 13 Sep 07 nicklas 109
11 13 Sep 07 nicklas 110         int groupOffset = offset;
11 13 Sep 07 nicklas 111
11 13 Sep 07 nicklas 112         probeSetIndex = setIndex;
11 13 Sep 07 nicklas 113         groupIndex = index;
11 13 Sep 07 nicklas 114         
11 13 Sep 07 nicklas 115         numLists = FileIO.MmGetInt32_I(xdaBuffer, groupOffset);
11 13 Sep 07 nicklas 116         groupOffset += DataSizes.INT_SIZE;
11 13 Sep 07 nicklas 117
11 13 Sep 07 nicklas 118         numCells = FileIO.MmGetInt32_I(xdaBuffer, groupOffset);
11 13 Sep 07 nicklas 119         groupOffset += DataSizes.INT_SIZE;
11 13 Sep 07 nicklas 120
11 13 Sep 07 nicklas 121         numCellsPerList = FileIO.MmGetUInt8(xdaBuffer, groupOffset);
11 13 Sep 07 nicklas 122         groupOffset += DataSizes.CHAR_SIZE;
11 13 Sep 07 nicklas 123
11 13 Sep 07 nicklas 124         direction = FileIO.MmGetUInt8(xdaBuffer, groupOffset);
11 13 Sep 07 nicklas 125         groupOffset += DataSizes.CHAR_SIZE;
11 13 Sep 07 nicklas 126
11 13 Sep 07 nicklas 127         start = FileIO.MmGetInt32_I(xdaBuffer, groupOffset);
11 13 Sep 07 nicklas 128         groupOffset += DataSizes.INT_SIZE;
11 13 Sep 07 nicklas 129
11 13 Sep 07 nicklas 130         stop = FileIO.MmGetInt32_I(xdaBuffer, groupOffset);
11 13 Sep 07 nicklas 131         groupOffset += DataSizes.INT_SIZE;
11 13 Sep 07 nicklas 132
11 13 Sep 07 nicklas 133         name = FileIO.MmGetFixedString_I(xdaBuffer, groupOffset, CDFProbeSetNames.MAX_PROBE_SET_NAME_LENGTH);
11 13 Sep 07 nicklas 134
11 13 Sep 07 nicklas 135         // Reset the start/stop
11 13 Sep 07 nicklas 136         CDFProbeInformation probeInfo;
11 13 Sep 07 nicklas 137         probeInfo = getCell(0);
11 13 Sep 07 nicklas 138         start = probeInfo.getListIndex();
11 13 Sep 07 nicklas 139         probeInfo = getCell(numCells-1);
11 13 Sep 07 nicklas 140         stop = probeInfo.getListIndex();
11 13 Sep 07 nicklas 141     }
11 13 Sep 07 nicklas 142     
11 13 Sep 07 nicklas 143     /** Gets the cell information for the given cell index.
11 13 Sep 07 nicklas 144      * @param index The zero based index to the cell array.
11 13 Sep 07 nicklas 145      * @return The cell or probe information.
11 13 Sep 07 nicklas 146      */
11 13 Sep 07 nicklas 147     public CDFProbeInformation getCell(int index) {
11 13 Sep 07 nicklas 148         if (cells != null)
13 14 Sep 07 nicklas 149             return cells.get(index);
11 13 Sep 07 nicklas 150         else if (xdaBuffer != null)
11 13 Sep 07 nicklas 151         {
11 13 Sep 07 nicklas 152             CDFProbeInformation info = new CDFProbeInformation();
11 13 Sep 07 nicklas 153             int cellOffset = offset + PROBE_GROUP_SIZE + (index * CDFProbeInformation.PROBE_SIZE);
11 13 Sep 07 nicklas 154
11 13 Sep 07 nicklas 155             info.setListIndex(FileIO.MmGetInt32_I(xdaBuffer, cellOffset));
11 13 Sep 07 nicklas 156             cellOffset += DataSizes.INT_SIZE;
11 13 Sep 07 nicklas 157
11 13 Sep 07 nicklas 158             info.setX(FileIO.MmGetUInt16_I(xdaBuffer, cellOffset));
11 13 Sep 07 nicklas 159             cellOffset += DataSizes.SHORT_SIZE;
11 13 Sep 07 nicklas 160
11 13 Sep 07 nicklas 161             info.setY(FileIO.MmGetUInt16_I(xdaBuffer, cellOffset));
11 13 Sep 07 nicklas 162             cellOffset += DataSizes.SHORT_SIZE;
11 13 Sep 07 nicklas 163
11 13 Sep 07 nicklas 164             info.setExpos(FileIO.MmGetInt32_I(xdaBuffer, cellOffset));
11 13 Sep 07 nicklas 165             cellOffset += DataSizes.INT_SIZE;
11 13 Sep 07 nicklas 166
11 13 Sep 07 nicklas 167             info.setPBase((char)FileIO.MmGetInt8(xdaBuffer, cellOffset));
11 13 Sep 07 nicklas 168             cellOffset += DataSizes.CHAR_SIZE;
11 13 Sep 07 nicklas 169
11 13 Sep 07 nicklas 170             info.setTBase((char)FileIO.MmGetInt8(xdaBuffer, cellOffset));
11 13 Sep 07 nicklas 171             
11 13 Sep 07 nicklas 172             return info;
11 13 Sep 07 nicklas 173         }
11 13 Sep 07 nicklas 174         return null;
11 13 Sep 07 nicklas 175     }
13 14 Sep 07 nicklas 176     public void setCells(List<CDFProbeInformation> value) { cells = value; }
11 13 Sep 07 nicklas 177
11 13 Sep 07 nicklas 178     /** Creates a new instance of CDFProbeGroupInformation */
11 13 Sep 07 nicklas 179     public CDFProbeGroupInformation() {
11 13 Sep 07 nicklas 180         cells = null;
11 13 Sep 07 nicklas 181         numLists = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 182         numCells = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 183         start = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 184         stop = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 185         probeSetIndex = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 186         groupIndex = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 187         name = "";
11 13 Sep 07 nicklas 188         numCellsPerList = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 189         direction = DirectionType.NoDirection;
11 13 Sep 07 nicklas 190         xdaBuffer = null;
11 13 Sep 07 nicklas 191         offset = 0;
11 13 Sep 07 nicklas 192     }
11 13 Sep 07 nicklas 193     
11 13 Sep 07 nicklas 194 }

Generated on Thu Jul 20 09:23:07 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)