affyfusion-109/src/affymetrix/gcos/cdf/CDFProbeInformation.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
11 13 Sep 07 nicklas 1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 2 //
11 13 Sep 07 nicklas 3 // Copyright (C) 2005 Affymetrix, Inc.
11 13 Sep 07 nicklas 4 //
11 13 Sep 07 nicklas 5 // This library is free software; you can redistribute it and/or modify
11 13 Sep 07 nicklas 6 // it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published
11 13 Sep 07 nicklas 7 // by the Free Software Foundation; either version 2.1 of the License,
11 13 Sep 07 nicklas 8 // or (at your option) any later version.
11 13 Sep 07 nicklas 9 //
11 13 Sep 07 nicklas 10 // This library is distributed in the hope that it will be useful, but
11 13 Sep 07 nicklas 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
11 13 Sep 07 nicklas 12 // or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 13 // for more details.
11 13 Sep 07 nicklas 14 //
11 13 Sep 07 nicklas 15 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
11 13 Sep 07 nicklas 16 // along with this library; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
11 13 Sep 07 nicklas 17 // 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA 
11 13 Sep 07 nicklas 18 //
11 13 Sep 07 nicklas 19 /////////////////////////////////////////////////////////////////
11 13 Sep 07 nicklas 20
11 13 Sep 07 nicklas 21 package affymetrix.gcos.cdf;
11 13 Sep 07 nicklas 22
11 13 Sep 07 nicklas 23 /** This class provides storage for an individual probe in a CDF file. */
11 13 Sep 07 nicklas 24 public class CDFProbeInformation {
11 13 Sep 07 nicklas 25
11 13 Sep 07 nicklas 26     /** The size of the probe object as stored in the XDA CDF file. */
11 13 Sep 07 nicklas 27     public static final int PROBE_SIZE = (4+4+2+2+1+1);
11 13 Sep 07 nicklas 28
11 13 Sep 07 nicklas 29     /** The index of the probes probe pair or quartet (probe list). Also known as the atom position. */
11 13 Sep 07 nicklas 30     private int listIndex;
11 13 Sep 07 nicklas 31
11 13 Sep 07 nicklas 32     /** Gets the index of the probes probe pair or quartet (probe list). Also known as the atom position. */
11 13 Sep 07 nicklas 33     public int getListIndex() { return listIndex; }
11 13 Sep 07 nicklas 34
11 13 Sep 07 nicklas 35     /** Sets the index of the probes probe pair or quartet (probe list). Also known as the atom position. */
11 13 Sep 07 nicklas 36     public void setListIndex(int value) { listIndex=value; }
11 13 Sep 07 nicklas 37
11 13 Sep 07 nicklas 38     /** The expos value in the CDF file, this can either be a zero based index equal to the
11 13 Sep 07 nicklas 39      * list index or the exon position. */
11 13 Sep 07 nicklas 40     private int expos;
11 13 Sep 07 nicklas 41
11 13 Sep 07 nicklas 42     /** Gets the expos value in the CDF file, this can either be a zero based index equal to the
11 13 Sep 07 nicklas 43      * list index or the exon position. */
11 13 Sep 07 nicklas 44     public int getExpos() { return expos; }
11 13 Sep 07 nicklas 45
11 13 Sep 07 nicklas 46     /** Sets the expos value in the CDF file, this can either be a zero based index equal to the
11 13 Sep 07 nicklas 47      * list index or the exon position. */
11 13 Sep 07 nicklas 48     public void setExpos(int value) { expos=value; }
11 13 Sep 07 nicklas 49
11 13 Sep 07 nicklas 50     /** The X coordinate */
11 13 Sep 07 nicklas 51     private int x;
11 13 Sep 07 nicklas 52
11 13 Sep 07 nicklas 53     /** Gets the X coordinate */
11 13 Sep 07 nicklas 54     public int getX() { return x; }
11 13 Sep 07 nicklas 55
11 13 Sep 07 nicklas 56     /** Sets the X coordinate */
11 13 Sep 07 nicklas 57     public void setX(int value) { x=value; }
11 13 Sep 07 nicklas 58
11 13 Sep 07 nicklas 59     /** The Y coordinate */
11 13 Sep 07 nicklas 60     private int y;
11 13 Sep 07 nicklas 61
11 13 Sep 07 nicklas 62     /** Gets the Y coordinate */
11 13 Sep 07 nicklas 63     public int getY() { return y; }
11 13 Sep 07 nicklas 64
11 13 Sep 07 nicklas 65     /** Sets the Y coordinate */
11 13 Sep 07 nicklas 66     public void setY(int value) { y=value; }
11 13 Sep 07 nicklas 67
11 13 Sep 07 nicklas 68     /** The probes base at the interrogation position */
11 13 Sep 07 nicklas 69     private char pbase;
11 13 Sep 07 nicklas 70
11 13 Sep 07 nicklas 71     /** Gets the probes base at the interrogation position */
11 13 Sep 07 nicklas 72     public char getPBase() { return pbase; }
11 13 Sep 07 nicklas 73     
11 13 Sep 07 nicklas 74     /** Sets the probes base at the interrogation position */
11 13 Sep 07 nicklas 75     public void setPBase(char value) { pbase=value; }
11 13 Sep 07 nicklas 76
11 13 Sep 07 nicklas 77     /** The targets base at the interrogation position */
11 13 Sep 07 nicklas 78     private char tbase;
11 13 Sep 07 nicklas 79
11 13 Sep 07 nicklas 80     /** Gets the targets base at the interrogation position */
11 13 Sep 07 nicklas 81     public char getTBase() { return tbase; }
11 13 Sep 07 nicklas 82     
11 13 Sep 07 nicklas 83     /** Sets the targets base at the interrogation position */
11 13 Sep 07 nicklas 84     public void setTBase(char value) { tbase=value; }
11 13 Sep 07 nicklas 85
11 13 Sep 07 nicklas 86     /** Creates a new instance of CDFProbeInformation */
11 13 Sep 07 nicklas 87     public CDFProbeInformation() {
11 13 Sep 07 nicklas 88         listIndex=0;
11 13 Sep 07 nicklas 89         expos=0;
11 13 Sep 07 nicklas 90         x=0;
11 13 Sep 07 nicklas 91         y=0;
11 13 Sep 07 nicklas 92         pbase=' ';
11 13 Sep 07 nicklas 93         tbase=' ';
11 13 Sep 07 nicklas 94     }
11 13 Sep 07 nicklas 95     
11 13 Sep 07 nicklas 96 }

Generated on Thu Jul 20 09:23:07 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)